IntAct European Bioinformatics Institute IntAct intact http://www.ebi.ac.uk/ http://www.ebi.ac.uk/intact/query/${ac} EBI-[0-9]+|IA:[0-9]+ INTerAction database (IntAct) provides an open source database and toolkit for the storage, presentation and analysis of molecular interactions. http://www.ebi.ac.uk/intact European Bioinformatics Institute; Wellcome Trust Genome Campus; Hinxton, Cambridge; CB10 1SD; United Kingdom http://www.ebi.ac.uk/intact/ http://www.ebi.ac.uk/ zhang-2018-2 human Homo sapiens Human mirna interference luciferase assay miRNA interference luciferase reporter assay miRNA interference luciferase assay tag luciferase tag visualisation by luciferase assay tag luciferase Zhang H., Cai Y., Zheng L., Zhang Z., Lin X., Jiang N. The cell line stated to have been used was Kat5;however this cell line, according to Cellosaurus, is "Contaminated. and shown to be a HT-29 derivative". wuziuqin285878@163.com Journal of cellular physiology 2018 Only protein-protein interactions imex curation imex curation zhang-2018-3 human Homo sapiens Human affinity chrom affinity chromatography technology Affinity purification Affinity purification affinity chrom rt-pcr reverse transcription pcr RT-PCR Zhang H., Cai Y., Zheng L., Zhang Z., Lin X., Jiang N. The cell line stated to have been used was Kat5;however this cell line, according to Cellosaurus, is "Contaminated. and shown to be a HT-29 derivative". wuziuqin285878@163.com Journal of cellular physiology 2018 Only protein-protein interactions imex curation imex curation lncrn_neat1 human long Homo sapiens nuclear paraspeckle assembly transcript 1 (NEAT1) long isoform lncrna long non-coding ribonucleic acid lncRNA long non coding RNA long non coding ribonucleic acid long non-coding RNA lncrna human Homo sapiens Human GGAGTTAGCGACAGGGAGGGATGCGCGCCTGGGTGTAGTTGTGGGGGAGGAAGTGGCTAGCTCAGGGCTTCAGGGGACAGACAGGGAGAGATGACTGAGTTAGATGAGACGAGGGGGCGGGCTGGGGGTGCGAGAAGGAAGCTTGGCAAGGAGACTAGGTCTAGGGGGACCACAGTGGGGCAGGCTGCATGGAAAATATCCGCAGGGTCCCCCAGGCAGAACAGCCACGCTCCAGGCCAGGCTGTCCCTACTGCCTGGTGGAGGGGGAACTTGACCTCTGGGAGGGCGCCGCTCTTGCATAGCTGAGCGAGCCCGGGTGCGCTGGTCTGTGTGGAAGGAGGAAGGCAGGGAGAGGTAGAAGGGGTGGAGGAGTCAGGAGGAATAGGCCGCAGCAGCCCTGGAAATGATCAGGAAGGCAGGCAGTGGGTGCAGGGCTGCAGGAGGGCCGGGAGGGCTAATCTTCAACTTGTCCATGCCAGCAGCCCCTTTTTTTCCAGACCAAGGGCTGTGAACCCGCCTGGGGATGAGGCCTGGTCTTGTGGAACTGAACTTAGCTCGACGGGGCTGACCGCTCTGGCCCAGGGTGGTATGTAATTTTCGCTCGGCCTGGGACGGGGCCCAGGCCGGGCCCAGCCTGGTGGAGCGTCCAGGTCTGGGTGCGAAGCCAGGCCCCTGGGCGGAGGTGAGGGGTGGTCTGAGGAGTGATGTGGAGTTAAGGCGCCATCCTCACCGGTGACTGGTGCGGCACCTAGCATGTTTGACAGGCGGGGACTGCGAGGCACGCTGCTCGGGTGTTGGGGACAACATTGACCAACGCTTTATTTTCCAGGTGGCAGTGCTCCTTTTGGACTTTTCTCTAGGTTTGGCGCTAAACTCTTCTTGTGAGCTCACTCCACCCCTTCTTCCTCCCTTTAACTTATCCATTCACTTAAAACATTACCTGGTCATCTGGTAAGCCCGGGACAGTAAGCCGAGTGGCTGTTGGAGTCGGTATTGTTGGTAATGGTGGAGGAAGAGAGGCCTTCCCGCTGAGGCTGGGGTGGGGCGGATCGGTGTTGCTTGCCTGCAGAGAGGGTGGGGAGTGAATGTGCACCCTTGGGTGGGCCTGCAGCCATCCAGCTGAAAGTTACAAAAATGCTTCATGGACCGTGGTTTGTTACTATAGTGTTCCTCATGGCGAGCAGATGGAACCGGGAGACATGGAGTCCCTGGCCAGTGTGAGTCCTAGCATTGCAGGAGGGGAGACCCTGGAGGAGAGAGCCCGCCTCAATTGATGCCTGCAGATTGAATTTCCAGAGGCTTAGGAGGAGGAAGTTCTCCAATGTTCTGTTTCCAGGCCTTGCTCAGGAAGCCCTGTATTCAGGAGGCTACCATTTAAAGTTTGCAGATGAGCTTATGGGGGGCAATCTTAAAAAGTCCACAGCAGATGCATCCGGCTCGAGGGGCCATCAGCTTTGAATAAATGCTTGTTCCAGAGCCCATGAATGCCAGCAGGCACCCCTCCTTTCCTGGGGTAAAGGTTTTCAGATGCTGCATCTTCTAAATTGAGCCTCCGGTCATACTAGTTTTGTGCTTGGAACCTTGCTTCAAGAAGATCCCTAAGCTGTAGAACATTTTAACGTTGATGCCACAACGCAGATTGATGCCTTGTAGATGGAGCTTGCAGATGGAGCCCCGTGACCTCTCACCTACCCACCTGTTTGCCTGCCTTCTTGTGCGTTTCTCGGAGAAGTTCTTAGCCTGATGAAATAACTTGGGGCGTTGAAGAGCTGTTTAATTTTAAATGCCTTAGACTGGGGATATATTAGAGGAAGCAGATTGTCAAATTAAGGGTGTCATTGTGTTGTGCTAAACGCTGGGAGGGTACAAGTTGGTCATTCCTAAATCTGTGTGTGAGAAATGGCAGGTCTAGTTTGGGCATTGTGATTGCATTGCAGATTACTAGGAGAAGGGAATGGTGGGTACACCGGTAGTGCTCTTTTGTTCTTGCTTCGTTTTTTTAAACTTGAACTTTACTTCGTTAGATTTCATAATACTTTCTTGGCATTCTAGTAAGAGGACCCTGAGGTGGGAGTTGTGGGGGACGGGGAGAAGGGGACAGCTTGGCACCGGTCCCGTGGGCGTTGCAGTGTGGGGGATGGGGGTATGCAGCTTGGCACTGGTACTGGGAGGGATGAGGGTGAAGAAGGGGAGAGGGTTGGTTAGAGATACAGTGTGGGTGGTGGGGGTGGTAGGAAATGCAGGTTGAAGGGAATTCTCTGGGGCTTTGGGGAATTTAGTGCGTGGGTGAGCCAAGAAAATACTAATTAATAATAGTAAGTTGTTAGTGTTGGTTAAGTTGTTGCTTGGAAGTGAGAAGTTGCTTAGAAACTTTCCAAAGTGCTTAGAACTTTAAGTGCAAACAGACAAACTAACAAACAAAAATTGTTTTGCTTTGCTACAAGGTGGGGAAGACTGAAGAAGTGTTAACTGAAAACAGGTGACACAGAGTCACCAGTTTTCCGAGAACCAAAGGGAGGGGTGTGTGATGCCATCTCACAGGCAGGGGAAATGTCTTTACCAGCTTCCTCCTGGTGGCCAAGACAGCCTGTTTCAGAGGGTTGTTTTGTTTGGGGTGTGGGTGTTATCAAGTGAATTAGTCACTTGAAAGATGGGCGTCAGACTTGCATACGCAGCAGATCAGCATCCTTCGCTGCCCCTTAGCAACTTAGGTGGTTGATTTGAAACTGTGAAGGTGTGATTTTTTCAGGAGCTGGAAGTCTTAGAAAAGCCTTGTAAATGCCTATATTGTGGGCTTTTAACGTATTTAAGGGACCACTTAAGACGAGATTAGATGGGCTCTTCTGGATTTGTTCCTCATTTGTCACAGGTGTCTTGTGATTGAAAATCATGAGCGAAGTGAAATTGCATTGAATTTCAAGGGAATTTAGTATGTAAATCGTGCCTTAGAAACACATCTGTTGTCTTTTCTGTGTTTGGTCGATATTAATAATGGCAAAATTTTTGCCTATCTAGTATCTTCAAATTGTAGTCTTTGTAACAACCAAATAACCTTTTGTGGTCACTGTAAAATTAATATTTGGTAGACAGAATCCATGTACCTTTGCTAAGGTTAGAATGAATAATTTATTGTATTTTTAATTTGAATGTTTGTGCTTTTTAAATGAGCCAAGACTAGAGGGGAAACTATCACCTAAAATCAGTTTGGAAAACAAGACCTAAAAAGGGAAGGGGATGGGGATTGTGGGGAGAGAGTGGGCGAGGTGCCTTTACTACATGTGTGATCTGAAAACCCTGCTTGGTTCTGAGCTGCGTCTATTGAATTGGTAAAGTAATACCAATGGCTTTTTATCATTTCCTTCTTCCCTTTAAGTTTCACTTGAAATTTTAAAAATCATGGTTATTTTTATCGTTGGGATCTTTCTGTCTTCTGGGTTCCATTTTTTAAATGTTTAAAAATATGTTGACATGGTAGTTCAGTTCTTAACCAATGACTTGGGGATGATGCAAACAATTACTGTCGTTGGGATTTAGAGTGTATTAGTCACGCATGTATGGGGAAGTAGTCTCGGGTATGCTGTTGTGAAATTGAAACTGTAAAAGTAGATGGTTGAAAGTACTGGTATGTTGCTCTGTATGGTAAGAACTAATTCTGTTACGTCATGTACATAATTACTAATCACTTTTCTTCCCCTTTACAGCACAAATAAAGTTTGAGTTCTAAACTCATTAGAATTGTTGTATTGCTATGTTACATTTCTCGACCCCTATCACATTGCCTTCATAACGACTTTGGATGTATCTTCATATTGTAGATTTAGGTCTAGATTTGCTAGCTCCAAGTAATTAAGGCCATGTAGGAGAGCATGGTAACCACAGATAGAACTGGTATTATCCCAAGTGGTCTGCAGACTGCTGAGTGGGGATGGGATCTGCTCTCTGTTGAGAGTTGGTAATCATTGGTTTGAAATGTGATGAAACCACTCAAGCCAATGAAGGTGGGTGTGTAGGTGGGGAGTACTTTGCCATAATATTTTAAAACATTACCTGGTTAGAGTTCTAAGTGGTACTTATTTTTGTTTGGTTAGGGGAAAGCCTGAATAAAAACAGAAATGGACACATAATATGCATATTCCATAGTCTTTGGGAGGCTGGAATGTGCCTGGGATTTGGGTCTAAGTGTATGCGTAATTCTTACCTCACTAAAGAATTTGCCTTGTTTTTTTCCTTTTGGTGAGTGACTAAAACGTCTGGGCTTCCCTGTGTGCGTGCTACAGTAAGCAAGCAGAGGCTGTGCAAAGGTGTGAGCAGGATCACGTGGAATCTGGAGGATACATCTTGGCTTGCAAACTGCCTCTGTCTCCTGGGTGGGACTGTTCTGTCCTTGCACTGCTGTTCTGTGTTACCTCTTGGGGTGTAAGGTTTTGCTTACAGGAGACAAACTTTGGGCGTAGAATGGAAGCCACTGCCAGCCTCTGTGCTGAGAAGGAAGGTGCTTGTTTCAAAGGGAGCAGCAAGGGAGGCTTGTTCTACTCACCTGGGCCTGTTTGCCTGAGAAGGGGAGATAAGGGCTGAACTGGGACTAGCCAGGGGGACCAACACAAATGGTGGGGGATCATGACCTGAAGGATTCTTTCCTTCCCATGAGCTGCAGGGCTGGTTGCCGTCCTTGCAACTGTGTCTTATTTGCCTGTGCCGTTATATCTTGGTGACCCCTCCACGTGTACACTACTGACAAACGGGTGGAGTGCTGGGGAGAAGTCACTGTGCCGCCCACCTAGTAAACCTTCTGTCTGTGCTCATGGCATCTCCAAGATGGGGCACTGCTGTGTGCAGAATCCAGGGTCCTCTTTCTGCTTGCAACTCCTTTCCCTGGATGCCCCAGAAACAATCCAGGCCTCCTTTCCTATCTTACCCCTTTGCTTTGCTTTTTACCCCAGCACCTCTATAACCGCCTTCTCTTCTTTTCAGAACTCCTTGTTTCTCGTCCTGTTTTTTAT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I have not added the sequence because it is more than 22700 nucleotides long. should I? hsa-mir-129-5p mirna micro rna micro RNA micro-RNA micro-rna mirna miRNA human Homo sapiens Human CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC mrna_klk7 mrna kallikrein related peptidase 7 mrna messenger rna mRNA mrna human Homo sapiens Human GGAGAGGGTGATGCTGGCTCCAAGCCTGACTCTGCTCTCGAGAGCTCCAGCAGGAGAGGCCCTTCCTCGCCTGGCAGCCCCTGAGCGGCTCAGCAGGGCACCATGGCAAGATCCCTTCTCCTGCCCCTGCAGATCTTACTGCTATCCTTAGCCTTGGAAACTGCAGGAGAAGAAGCCCAGGGTGACAAGATTATTGATGGCGCCCCATGTGCAAGAGGCTCCCACCCATGGCAGGTGGCCCTGCTCAGTGGCAATCAGCTCCACTGCGGAGGCGTCCTGGTCAATGAGCGCTGGGTGCTCACTGCCGCCCACTGCAAGATGAATGAGTACACCGTGCACCTGGGCAGTGATACGCTGGGCGACAGGAGAGCTCAGAGGATCAAGGCCTCGAAGTCATTCCGCCACCCCGGCTACTCCACACAGACCCATGTTAATGACCTCATGCTCGTGAAGCTCAATAGCCAGGCCAGGCTGTCATCCATGGTGAAGAAAGTCAGGCTGCCCTCCCGCTGCGAACCCCCTGGAACCACCTGTACTGTCTCCGGCTGGGGCACTACCACGAGCCCAGATGTGACCTTTCCCTCTGACCTCATGTGCGTGGATGTCAAGCTCATCTCCCCCCAGGACTGCACGAAGGTTTACAAGGACTTACTGGAAAATTCCATGCTGTGCGCTGGCATCCCCGACTCCAAGAAAAACGCCTGCAATGGTGACTCAGGGGGACCGTTGGTGTGCAGAGGTACCCTGCAAGGTCTGGTGTCCTGGGGAACTTTCCCTTGCGGCCAACCCAATGACCCAGGAGTCTACACTCAAGTGTGCAAGTTCACCAAGTGGATAAATGACACCATGAAAAAGCATCGCTAACGCCACACTGAGTTAATTAACTGTGTGCTTCCAACAGAAAATGCACAGGAGTGAGGACGCCGATGACCTATGAAGTCAAATTTGACTTTACCTTTCCTCAAAGATATATTTAAACCAACCTCATGCCCTGTTGATAAACCAATCAAATTGGTAAAGACCTAAAACCAAAACAAATAAAGAAACACAAAACCCTCAGTGCTGGAGAAGAGTCAGTGAGACCAGCACTCTCAAACACTGGAACTGGACGTTCGTACAGTCTTTACGGAAGACACTTGGTCAACGTACACCGAGACCCTTATTCACCACCTTTGACCCAGTAACTCTAATCTTAGGAAGAACCTACTGAAACAAAAAAAATCCAAAATGTAGAACAAGACTTGAATTTACCATGATATTATTTATCACAGAAATGAAGTGAAACCATCAAACATGTTCCAAAAGTACCAGATGGCTTAAATAATAGTCTGGCTTGGCACAACGATGTTTTTTTTCTTTGAGACAGAGTCTCTGTTGCTTGGGCTGCAATGCAGTGATGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCGTGCTTCAGCCTCCCAAGTACCTGGGACTACAGGTGTGCACCACCACACCAGGCTAATTTTTTGTGTATTTTTACTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTGGCCAGCATGGTCTTGAACGCCTGACCTCAGATGATCCACCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCACGGCCAGCCCACAATGATATTACAAACCTATTAAAAATGATACTTAGACAGAATTGTCAGTATTATTCAAGAACATTTAGGCTATAGGATGTTAAATGACAAAAGGAAGGACAAAAATATATATGTATGTGACCCTACCCATAAAAAATGAAATATTCACAGAATCAGATCTGAAAACACATGTCCCAGACTGCATACTGGGGTCGTCATGAGGTGTCTCCTTCCTTCTGTGTACTTTTCCTTGAATGTGCACTTTTATAACATGAAAAATAAAGGTGGGGAAAAAAGTCAAAAAAAAAAAAA hsa_mir_129 5p-lncrn_neat1 human long-1 3437309 N/A 3437311 regulator target regulator target regulator target modulator target neutral component neutral component over-expressed over expressed level over-expressed living cell living cell engineered engineered tag luciferase tag luciferase tag undetermined undetermined sequence position undetermined undetermined undetermined sequence position undetermined false r.10211_10217delinsatggccc mutation decreasing strength mutation decreasing interaction strength mutation decreasing strength certain certain sequence position certain certain certain sequence position certain false N/A 3437312 predetermined predetermined participant predetermined regulator regulator modulator regulator neutral component neutral component over-expressed over expressed level over-expressed living cell living cell engineered engineered physical association physical association false false false Fig 3A, B hsa_mir_129 5p-mrna_klk7-1 3437309 N/A 3437312 predetermined predetermined participant predetermined regulator regulator modulator regulator neutral component neutral component over-expressed over expressed level over-expressed living cell living cell engineered engineered N/A 3437313 regulator target regulator target regulator target modulator target neutral component neutral component over-expressed over expressed level over-expressed living cell living cell engineered engineered r.1213_1218delinstggccc mutation decreasing mutation decreasing interaction hotspot hotspot mutation decreasing certain certain sequence position certain certain certain sequence position certain false tag luciferase tag luciferase tag undetermined undetermined sequence position undetermined undetermined undetermined sequence position undetermined false physical association physical association false false false Fig 5C, D hsa_mir_129 5p-lncrn_neat1 human long-2 3437310 N/A 3437311 unspecified role unspecified role prey prey living cell living cell physiological level physiological level endogenous level endogenous endogenous endogenous level N/A 3437312 unspecified role unspecified role bait bait over-expressed over expressed level over-expressed living cell living cell engineered engineered tag biotin tag biotin tag undetermined undetermined sequence position undetermined undetermined undetermined sequence position undetermined false physical association physical association false false false Fig 3 C There is a mistake in Materials and Methods 2.12; lncRNA neat1 is not biotinylated.