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            <go:definition>Inhibition of the reactions brought about by dioxygen (O2) or peroxides. Usually the antioxidant is effective because it can itself be more easily oxidized than the substance protected. The term is often applied to components that can trap free radicals, thereby breaking the chain reaction that normally leads to extensive biological damage.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with an antigen, any substance which is capable of inducing a specific immune response and of reacting with the products of that response, the specific antibody or specifically sensitized T-lymphocytes, or both. Binding may counteract the biological activity of the antigen.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with an exogenous lipid antigen (examples include microbial lipids and glycolipids).</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with an antigen peptide, a fragment of a foreign protein derived by proteolysis within the cell.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with an antigen peptide, a fragment of an endogenous foreign protein, derived by proteolysis within the cell.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with an antigen peptide, a fragment of an exogenous foreign protein derived by endocytosis of the protein and proteolysis within the cell.</go:definition>
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            <go:name>toxin binding</go:name>
            <go:synonym>antitoxin activity</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a toxin, a poisonous substance that causes damage to biological systems. Toxins are differentiated from simple chemical poisons and vegetable alkaloids by their high molecular weight and antigenicity (they elicit an antibody response).</go:definition>
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            <go:name>bacterial binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with any part of a bacterial cell.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively, in a non-covalent manner with peptidoglycan, any of a class of glycoconjugates found in bacterial cell walls.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with any simple or complex galacturonan. Galacturonan is any glycan composed solely of galacturonic acid residues, a specific type of glycuronan, and a constituent of some pectins.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with any monosaccharide. Monosaccharides are the simplest carbohydrates; they are polyhydric alcohols containing either an aldehyde or a keto group and between three to ten or more carbon atoms. They form the constitutional repeating units of oligo- and polysaccharides.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with any galacturonate. Galacturonate is the anion of galacturonic acid, the uronic acid formally derived from galactose by oxidation of the hydroxymethylene group at C-6 to a carboxyl group.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with mannose, a monosaccharide hexose, stereoisomeric with glucose, that occurs naturally only in polymerized forms called mannans.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with N-acetylgalactosamine, 2-acetamido-2-deoxygalactopyranose, the n-acetyl derivative of galactosamine.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with any trisaccharide. Trisaccharides are sugars composed of three monosaccharide units.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with any of various non-protein organic cofactors that are required, in addition to an enzyme and a substrate, for an enzymatic reaction to proceed.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a coenzyme, any nonprotein organic cofactor that is required (in addition to an enzyme and a substrate) for a reaction to proceed.</go:definition>
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            <go:synonym>flavine-adenine dinucleotide binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with FAD, flavin-adenine dinucleotide, the coenzyme or the prosthetic group of various flavoprotein oxidoreductase enzymes.</go:definition>
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            <go:synonym>flavin mononucleotide binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with FMN, flavin mononucleotide, the coenzyme or the prosthetic group of various flavoprotein oxidoreductase enzymes.</go:definition>
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            <go:synonym>NADP (reduced) binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with NADPH, reduced nicotinamide-adenine dinucleotide phosphate, a coenzyme involved in many redox and biosynthetic reactions.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a quinone, any member of a class of diketones derivable from aromatic compounds by conversion of two CH groups into CO groups with any necessary rearrangement of double bonds.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a drug, any naturally occurring or synthetic substance, other than a nutrient, that, when administered or applied to an organism, affects the structure or functioning of the organism; in particular, any such substance used in the diagnosis, prevention, or treatment of disease.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with cocaine (2-beta-carbomethoxy-3-beta-benzoxytropane), an alkaloid obtained from dried leaves of the South American shrub Erythroxylon coca or by chemical synthesis.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with cyclosporin A, a cyclic undecapeptide that contains several N-methylated and unusual amino acids.</go:definition>
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            <go:synonym>Valium binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with diazepam, one of the most widely used benzodiazepine drugs. It is used as an anti-anxiety-hypnotic agent and has the proprietary name Valium.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a macrolide, any of a large group of structurally related antibiotics produced by Streptomyces species.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with the immunosuppressant FK506.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with N-1-naphthylphthalamic acid, an auxin transport inhibitor.</go:definition>
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            <go:name>extracellular matrix binding</go:name>
            <go:synonym>extracellular matrix constituent binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a component of the extracellular matrix.</go:definition>
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            <go:name>host cell extracellular matrix binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with the extracellular matrix of a host cell.</go:definition>
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            <go:name>glycosaminoglycan binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with any glycan (polysaccharide) containing a substantial proportion of aminomonosaccharide residues.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with heparin, any member of a group of glycosaminoglycans found mainly as an intracellular component of mast cells and which consist predominantly of alternating alpha1-4-linked D-galactose and N-acetyl-D-glucosamine-6-sulfate residues.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with hyaluronic acid, a polymer composed of repeating dimeric units of glucuronic acid and N-acetyl glucosamine.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with hemoglobin, an oxygen carrying, conjugated protein containing four heme groups and globin.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with any isoprenoid compound, isoprene (2-methylbuta-1,3-diene) or compounds containing or derived from linked isoprene (3-methyl-2-butenylene) residues.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with retinoids, any member of a class of isoprenoids that contain or are derived from four prenyl groups linked head-to-tail.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with 3,4-didehydroretinal, a form of retinal that plays a role in the visual process in freshwater fish and some amphibians analogous to that of all-trans retinal in other vertebrates. 3,4-didehydro-11-cis-retinal combines with an opsin to form cyanopsin (cone) or porphyropsin (rod).</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with retinal, a compound that plays an important role in the visual process in most vertebrates. In the retina, retinal combines with opsins to form visual pigments.</go:definition>
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            <go:name>11-cis retinal binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with 11-cis retinal, an isomer of retinal that plays an important role in the visual process in most vertebrates. 11-cis retinal combines with opsin in the rods (scotopsin) to form rhodopsin or visual purple.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with all-trans retinal, a compound that plays an important role in the visual process in most vertebrates. All-trans retinal (trans r., visual yellow, xanthopsin) results from the bleaching of rhodopsin by light, in which the 11-cis form is converted to the all-trans form.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with retinol, vitamin A1 alcohol, 2,6,6-trimethyl-1-(9'-hydroxy-3',7'-dimethylnona-1',3',5',7'-tetraenyl)cyclohex-1-ene. Retinol is an intermediate in the vision cycle and it also plays a role in growth and differentiation.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with acyl-CoA or acyl, any derivative of coenzyme A in which the sulfhydryl group is in thioester linkage with a fatty acyl group, or any group formally derived by removal of a hydroxyl group from the acid function of an organic acid.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with arachidonic acid, a straight chain fatty acid with 20 carbon atoms and four double bonds per molecule. Arachidonic acid is the all-Z-(5,8,11,14)-isomer.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate, the diphosphorylated derivative of phosphatidylinositol.</go:definition>
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            <go:name>sphingolipid binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with sphingolipids, a class of lipids containing the long-chain amine diol sphingosine or a closely related base (a sphingoid).</go:definition>
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            <go:name>triglyceride binding</go:name>
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            <go:name>lipopolysaccharide binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with lipopolysaccharide (LPS, endotoxin in the outer membrane in Gram-negative bacteria) to membrane bound CD14 in monocytes and macrophages, as well as soluble CD14. Facilitated by a lipopolysaccharide binding protein.</go:definition>
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            <go:name>lipoprotein binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with any conjugated, water-soluble protein in which the nonprotein moiety consists of a lipid or lipids.</go:definition>
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            <go:name>diacylated lipoprotein binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with any conjugated, water-soluble protein in which the nonprotein moiety consists of a two acyl groups.</go:definition>
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            <go:name>high-density lipoprotein binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with high-density lipoprotein: one of the classes of lipoproteins found in blood plasma in many animals (data normally relate to humans).</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with low-density lipoprotein, one of the classes of lipoproteins found in blood plasma in many animals (data normally relate to humans).</go:definition>
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            <go:name>triacylated lipoprotein binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with any conjugated, water-soluble protein in which the nonprotein moiety consists of a three acyl groups.</go:definition>
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            <go:name>metal ion binding</go:name>
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            <go:name>DNA end binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with the ends of DNA that are exposed by the creation of double-strand breaks (DSBs). For example, the eukaryotic protein Ku which is involved in the joining of DNA ends to repair chromosomal DSBs.</go:definition>
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            <go:name>DNA replication origin binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with the DNA replication origin, a unique DNA sequence of a replicon at which DNA replication is initiated and proceeds bidirectionally or unidirectionally.</go:definition>
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            <go:name>pre-mRNA cleavage factor activity</go:name>
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            <go:definition>A factor is necessary for cleavage but not for poly(A) addition in mRNA 3' end processing; can stimulate poly(A) addition on substrates with a CstF binding site upstream of the AAUAAA hexanucleotide.</go:definition>
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            <go:name>cleavage/polyadenylation specificity factor activity</go:name>
            <go:synonym>CPSF</go:synonym>
            <go:definition>A factor required in mRNA 3' end processing for both the cleavage and poly(A) addition reactions and, consistent with this function, recognizes AAUAAA, a signal also essential for both reactions.</go:definition>
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            <go:definition>An activity involved in the removal of an intron from a pre-mRNA.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a pre-mRNA branch point sequence, located upstream of the 3' splice site.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with any stretch of pyrimidines (cytosine or uracil) in an RNA molecule.</go:definition>
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            <go:name>uridine-rich cytoplasmic polyadenylation element binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with U-rich sequence in the 3'-end of mRNAs; required for cytoplasmic polyadenylation.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a 7-methylguanosine (m7G) moiety or derivative located at the 5' end of an RNA molecule.</go:definition>
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            <go:name>RNA 7-methylguanosine cap binding</go:name>
            <go:synonym>RNA m7G cap binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the 7-methylguanosine moiety added cotranscriptionally to the 5' end of RNA molecules transcribed by polymerase II.</go:definition>
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            <go:name>RNA cap 4 binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a hypermethylated cap structure consisting of 7-methylguanosine (m(7)G) followed by four methylated nucleotides (cap 4): 7-methylguanosine-ppp-N6, N6, 2'-O-trimethyladenosine-p-2'-O-methyladenosine-p-2'-O-methylcytosine-p-N3, 2'-O-dimethyluridine Such caps are known to be found at the 5' ends of SL RNAs of trypanosomatid protozoa.</go:definition>
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            <go:name>RNA trimethylguanosine cap binding</go:name>
            <go:synonym>RNA m2,2,7G cap binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the trimethylguanosine (m(3)(2,2,7)-GTP) moiety located at the 5' end of some RNA molecules. Such trimethylated cap structures, generally produced by posttranscriptional modification of a 7-methylguanosine cap, are often found on snRNAs and snoRNAs transcribed by RNA polymerase II, but have also be found on snRNAs transcribed by RNA polymerase III. They have also been found on a subset of the mRNA population in some species, eg. C. elegans.</go:definition>
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            <go:definition>Activity that provides specificity to a methylase by using base complementarity to guide site-specific 2'-O-ribose methylations to a small nuclear RNA molecule.</go:definition>
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            <go:definition>Activity that provides specificity to a pseudouridine synthetase by using base complementarity to guide site-specific pseudouridylations to a small nuclear RNA molecule.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS), a naturally occurring mixed anhydride. It is an intermediate in the formation of a variety of sulfo compounds in biological systems.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a pheromone, a substance, or characteristic mixture of substances, that is secreted and released by an organism and detected by a second organism of the same or a closely related species, in which it causes a specific reaction, such as a definite behavioral reaction or a developmental process.</go:definition>
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            <go:definition>Combining with chemokines, small chemoattractant molecules normally used to stimulate leukocytes, to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:definition>Combining with a C-X3-C chemokine to initiate a change in cell activity. A C-X3-C chemokine has three amino acids between the first two cysteines of the characteristic four-cysteine motif.</go:definition>
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            <go:synonym>Fmet-leu-phe receptor</go:synonym>
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            <go:definition>G-protein coupled receptor for the tridecapeptide neurotensin. Associated with G-protein signaling, coupled to IP3 second messenger (phospholipase C activating).</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with an amino terminal propeptide, which functions as a sorting signal to sort away the soluble vacuolar protein from Golgi to lytic vacuole via clathrin coated vesicles.</go:definition>
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            <go:synonym>HDEL receptor activity</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a HDEL sequence, the C terminus tetrapeptide sequence His-Asp-Glu-Leu found in proteins that are to be retained in the endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:synonym>KDEL receptor activity</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a KDEL sequence, the C terminus tetrapeptide sequence Lys-Asp-Glu-Leu found in proteins that are to be retained in the endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a peroxisomal targeting sequence, any of several sequences of amino acids within a protein that can act as a signal for the localization of the protein into the peroxisome.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with ARF, ADP-ribosylation factor, a small monomeric cytosolic GTPase that, when bound to GTP, binds to the membranes of cells.</go:definition>
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            <go:synonym>antisigma factor antagonist activity</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with an antisigma factor, inhibiting its action and consequently enabling the sigma factor to function as a transcriptional initiator.</go:definition>
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            <go:name>ATP-dependent protein binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules) using energy from the hydrolysis of ATP.</go:definition>
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            <go:name>cell adhesion molecule binding</go:name>
            <go:synonym>CAM binding</go:synonym>
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            <go:name>clathrin binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with clathrin, a 180 kDa protein that is the main component of the coat of coated vesicles and coated pits, and which also occurs in synaptic vesicles.</go:definition>
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            <go:name>collagen binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with collagen, a group of fibrous proteins of very high tensile strength that form the main component of connective tissue in animals. Collagen is highly enriched in glycine (some regions are 33% glycine) and proline, occurring predominantly as 3-hydroxyproline (about 20%).</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with cyclins, proteins whose levels in a cell varies markedly during the cell cycle, rising steadily until mitosis, then falling abruptly to zero. As cyclins reach a threshold level, they are thought to drive cells into G2 phase and thus to mitosis.</go:definition>
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            <go:synonym>CFTR binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator (CFTR) protein.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a cytokine, any of a group of proteins that are released by mammalian cells and which have autocrine and paracrine activity.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a chemokine, any of a subgroup of cytokines which act primarily on hemopoietic cells in acute and inflammatory processes and other immunoregulatory functions.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a C-C chemokine; C-C chemokines do not have an amino acid between the first two cysteines of the characteristic four-cysteine motif.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a C-X-C chemokine; C-X-C chemokines have a single amino acid between the first two cysteines of the characteristic four cysteine motif.</go:definition>
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            <go:synonym>IL-8 binding</go:synonym>
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            <go:definition>Interacting selectively with a C-X3-C chemokine; C-X3-C chemokines have three amino acids between the first two cysteines of the characteristic four-cysteine motif.</go:definition>
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            <go:name>granulocyte macrophage colony-stimulating factor complex binding</go:name>
            <go:synonym>GMC-SF complex binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the granulocyte macrophage colony-stimulating factor complex.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with an interferon, a protein produced by the immune systems of many animals in response to a challenge by a foreign agent.</go:definition>
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            <go:definition>Combining with an interferon to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:definition>Combining with interferon-gamma to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:synonym>IL binding</go:synonym>
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            <go:definition>Combining with interleukin-1 to initiate a change in cell activity. Interleukin-1 is produced mainly by activated macrophages and is involved in the inflammatory response.</go:definition>
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            <go:definition>The activity of linking kinesins, cytoplasmic proteins responsible for moving vesicles and organelles towards the distal end of microtubules, to mitochondria.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with spectrin, a protein that is the major constituent of the erythrocyte cytoskeletal network. It associates with band 4.1 (see band protein) and actin to form the cytoskeletal superstructure of the erythrocyte plasma membrane. It is composed of nonhomologous chains, alpha and beta, which aggregate side-to-side in an antiparallel fashion to form dimers, tetramers, and higher polymers.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with tropomyosin, a protein associated with actin filaments both in cytoplasm and, in association with troponin, in the thin filament of striated muscle.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with monomeric or multimeric forms of tubulin, including microtubules.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with vinculin, a protein found in muscle, fibroblasts, and epithelial cells that binds actin and appears to mediate attachment of actin filaments to integral proteins of the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:synonym>MAPK p38 binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with mitogen-activated protein kinase p38, an enzyme that catalyses the transfer of phosphate from ATP to hydroxyl side chains on proteins in response to mitogen activation.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with neuronal Cdc2-like kinase, an enzyme involved in the regulation of neuronal differentiation and neuro-cytoskeleton dynamics.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with eukaryotic initiation factor 4E, a polypeptide factor involved in the initiation of ribosome-mediated translation.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with any growth factor, proteins or polypeptides that stimulate a cell or organism to grow or proliferate.</go:definition>
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            <go:synonym>IGF binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with an insulin-like growth factor, any member of a group of polypeptides that are structurally homologous to insulin and share many of its biological activities, but are immunologically distinct from it.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with any protein or protein complex (a complex of two or more proteins that may include other nonprotein molecules) using energy from the hydrolysis of GTP.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a histone, any of a group of water-soluble proteins found in association with the DNA of plant and animal chromosomes. They are involved in the condensation and coiling of chromosomes during cell division and have also been implicated in nonspecific suppression of gene activity.</go:definition>
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            <go:name>methylated histone residue binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a methylated residue on a histone protein. Histones are any of a group of water-soluble proteins found in association with the DNA of plant and animal chromosomes.</go:definition>
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            <go:name>Hsp70 protein binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with Hsp70 proteins, any of a group of heat-shock proteins around 70kDa in size.</go:definition>
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            <go:name>Hsc70 protein regulator activity</go:name>
            <go:synonym>Hsc70 interacting protein</go:synonym>
            <go:definition>Binds to and modulates the activity of the molecular chaperone Hsc70.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with an intermediate filament, a distinct elongated structure, characteristically 10 nm in diameter, that occurs in the cytoplasm of higher eukaryotic cells. Intermediate filaments form a fibrous system, composed of chemically heterogeneous subunits and involved in mechanically integrating the various components of the cytoplasmic space.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with lamin; any of a group of intermediate-filament proteins that form the fibrous matrix on the inner surface of the nuclear envelope.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with metarhodopsin, a transient intermediate produced upon irradiation of rhodopsin in the visual cycle and existing in two forms, metarhodopsins I and II. The latter dissociates to form opsin and all-trans retinal.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with neurexins, synaptic cell surface proteins related to latrotoxin receptor, laminin and agrin. Neurexins act as cell recognition molecules at nerve terminals.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with profilin, an actin-binding protein that forms a complex with G-actin and prevents it from polymerizing to form F-actin.</go:definition>
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            <go:synonym>protein-protein adaptor</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with two or more protein molecules, or a protein and another macromolecule or complex simultaneously, thereby physically linking the bound proteins or complexes to each other.</go:definition>
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            <go:synonym>C-terminal binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a protein C-terminus, the end of any peptide chain at which the 1-carboxy function of a constituent amino acid is not attached in peptide linkage to another amino-acid residue.</go:definition>
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            <go:name>protein dimerization activity</go:name>
            <go:definition>The formation of a protein dimer, a macromolecular structure consists of two noncovalently associated identical or nonidentical subunits.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a nonidentical protein to form a heterodimer.</go:definition>
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            <go:name>protein homodimerization activity</go:name>
            <go:synonym>dimerization activity</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with an identical protein to form a homodimer.</go:definition>
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            <go:name>protein domain specific binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a specific domain of a protein.</go:definition>
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            <go:name>AF-1 domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with the AF-2 domain of a protein, a ligand-independent transactivation domain which is required for the full transcriptional activity of the receptor.</go:definition>
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            <go:name>AF-2 domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with the AF-2 domain of a protein, a highly conserved ligand-dependent transactivation domain which is essential for receptor-mediated transcriptional activation.</go:definition>
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            <go:name>CARD domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a CARD (N-terminal caspase recruitment) domain, a protein-protein interaction domain that belongs to the death domain-fold superfamily. These protein molecule families are similar in structure with each consisting of six or seven anti-parallel alpha-helices that form highly specific homophilic interactions between signaling partners. CARD exists in the N-terminal prodomains of several caspases and in apoptosis-regulatory proteins and mediates the assembly of CARD-containing proteins that participate in activation or suppression of CARD carrying members of the caspase family.</go:definition>
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            <go:name>DBD domain binding</go:name>
            <go:synonym>DNA binding domain binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the DBD, DNA binding domain, of a protein. The DNA binding domain of the vitamin D receptor, one of a family of receptors with the DBD, is split into three regions, the P, D and T boxes. Residues that are critical for target sequence selectivity form the P-box. The D-box contains residues that are important for homodimerization of class I nuclear receptors. The T-box is essential for both DNA-binding and transactivation of the VDR; this region may also be important for dimerization with RXR for class II nuclear receptors.</go:definition>
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            <go:name>FH1-domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a FH1-domain of a protein, a proline-rich domain, usually located in front of a FH2 domain.</go:definition>
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            <go:name>LBD domain binding</go:name>
            <go:synonym>ligand binding domain binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the LBD, the ligand binding domain found in nuclear receptors. In general, the LBDs consist of three layers comprised of twelve alpha-helices and several beta-strands that are organized around a lipophilic ligand-binding pocket.</go:definition>
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            <go:name>LIM-domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a LIM-domain (for Lin-11 Isl-1 Mec-3) of a protein, a domain with seven conserved cysteine residues and a histidine, that binds two zinc ions and acts as an interface for protein-protein interactions.</go:definition>
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            <go:name>LRR-domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a LRR-domain (leucine rich repeats) of a protein.</go:definition>
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            <go:name>PDZ-domain binding</go:name>
            <go:synonym>DHR-domain binding</go:synonym>
            <go:synonym>GLGF-domain binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a PDZ-domain of a protein, a domain found in diverse signaling proteins.</go:definition>
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            <go:name>PH-domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a PH-domain (pleckstrin homology) of a protein, a domain of about 100 residues that occurs in a wide range of proteins involved in intracellular signaling or as constituents of the cytoskeleton.</go:definition>
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            <go:name>RS domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with an RS domain of a protein; RS domains are usually highly phosphorylated and characterized by the presence of arginine (R)/serine (S) dipeptides. The RS domain promotes protein-protein interactions and directs subcellular localization and, in certain situations, nucleocytoplasmic shuttling of individual SR proteins. They also play a role in splicing.</go:definition>
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            <go:name>SH2-domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a SH2-domain (Src homology 2) of a protein, a protein domain of about 100 amino-acid residues and belonging to the alpha + beta domain class.</go:definition>
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            <go:name>SH3-domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a SH3-domain (Src homology 3) of a protein, small protein modules containing approximately 50 amino acid residues found in a great variety of intracellular or membrane-associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>WW domain binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a WW domain of a protein, a small module composed of 40 amino acids and plays a role in mediating protein-protein interactions via proline-rich regions.</go:definition>
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            <go:name>protein N-terminus binding</go:name>
            <go:synonym>N-terminal binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a protein N-terminus, the end of any peptide chain at which the 2-amino (or 2-imino) function of a constituent amino acid is not attached in peptide linkage to another amino-acid residue.</go:definition>
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            <go:name>protein self binding</go:name>
            <go:synonym>protein self-association</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with an identical protein or proteins.</go:definition>
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            <go:name>protein homooligomerization activity</go:name>
            <go:synonym>oligomerization activity</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with identical proteins to form a homooligomer.</go:definition>
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            <go:synonym>Rhophilin</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with Rho protein, a small GTPase involved in various cellular processes.</go:definition>
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            <go:synonym>receptor protein tyrosine phosphatase-like protein binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with proteins with similar structure/function to receptor protein tyrosine phosphatases.</go:definition>
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            <go:name>S100 alpha binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with S100 alpha protein. S100 is a small calcium and zinc binding protein produced in astrocytes that is implicated in Alzheimers, Down Syndrome and ALS.</go:definition>
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            <go:name>S100 beta binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with S100 beta protein. S100 is a small calcium and zinc binding protein produced in astrocytes that is implicated in Alzheimers, Down Syndrome and ALS.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a SMAD signaling protein.</go:definition>
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            <go:synonym>SNAP receptor binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a SNARE (soluble N-ethylmaleimide-sensitive factor attached protein receptor) protein.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a syntaxin, a SNAP receptor involved in the docking of synaptic vesicles at the presynaptic zone of a synapse.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with syndecan, an integral membrane proteoglycan (250-300 kDa) associated largely with epithelial cells.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with TAP protein, transporter associated with antigen processing protein. TAP protein is a heterodimeric peptide transporter consisting of the subunits TAP1 and TAP2.</go:definition>
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            <go:name>TAP1 binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with the TAP1 subunit of TAP (transporter associated with antigen processing) protein.</go:definition>
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            <go:name>TAP2 binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with the TAP2 subunit of TAP (transporter associated with antigen processing) protein.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with tapasin, a member of the MHC class I loading complex which bridges the TAP peptide transporter to class I molecules.</go:definition>
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            <go:name>TATA-binding protein binding</go:name>
            <go:synonym>TBP binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with TATA-binding protein (TBP), a component of various transcription factors.</go:definition>
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            <go:name>tau protein binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with tau protein. tau is a microtubule-associated protein, implicated in Alzheimers, Down Syndrome and ALS.</go:definition>
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            <go:name>TRAIL binding</go:name>
            <go:synonym>Apo-2L binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with TRAIL (TNF-related apoptosis inducing ligand), a member of the tumor necrosis factor ligand family that rapidly induces apoptosis in a variety of transformed cell lines.</go:definition>
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            <go:name>transcription factor binding</go:name>
            <go:synonym>TF binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a transcription factor, any protein required to initiate or regulate transcription.</go:definition>
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            <go:synonym>babo binding</go:synonym>
            <go:synonym>babo ligand</go:synonym>
            <go:synonym>baboon ligand</go:synonym>
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            <go:definition>Interacting selectively with the baboon (babo) protein, a type I transforming growth factor beta receptor.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a CD4, a receptor found on the surface of T-cells, monocytes and macrophages.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a CD70, a receptor found on the surface of most activated B-cells and some activated T-cells.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a CD8, a receptor found on the surface of thymocytes and cytotoxic and suppressor T-lymphocytes.</go:definition>
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            <go:synonym>attractant</go:synonym>
            <go:definition>The function of attracting motile cells or organisms, eliciting positive chemotaxis.</go:definition>
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            <go:name>chemokine activity</go:name>
            <go:definition>The function of a family of chemotactic pro-inflammatory activation-inducible cytokines (GO:0005125) acting primarily upon hemopoietic cells in immunoregulatory processes; all chemokines possess a number of conserved cysteine residues involved in intramolecular disulfide bond formation.</go:definition>
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            <go:definition>Any substance formed in very small amounts in one specialized organ or group of cells and carried (sometimes in the bloodstream) to another organ or group of cells, in the same organism, upon which it has a specific regulatory action. The term was originally applied to agents with a stimulatory physiological action in vertebrate animals (as opposed to a chalone, which has a depressant action). Usage is now extended to regulatory compounds in lower animals and plants, and to synthetic substances having comparable effects.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with receptors for intercellular adhesion molecule-3 (ICAM-3), such as DC-SIGN and LFA-1.</go:definition>
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            <go:synonym>major histocompatibility complex class II ligand</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with major histocompatibility complex class I molecules; a set of molecules displayed on cell surfaces that are responsible for lymphocyte recognition and antigen presentation.</go:definition>
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            <go:synonym>KLRC4 receptor binding</go:synonym>
            <go:synonym>NKG2D receptor binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a lectin-like natural killer cell receptor.</go:definition>
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            <go:name>neuromedin U receptor binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with one or more specific sites on a neuromedin U receptor.</go:definition>
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            <go:name>Notch binding</go:name>
            <go:synonym>N binding</go:synonym>
            <go:synonym>N ligand</go:synonym>
            <go:synonym>Notch ligand</go:synonym>
            <go:synonym>Notch receptor binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the Notch (N) protein, a surface receptor.</go:definition>
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            <go:name>opioid peptide activity</go:name>
            <go:definition>Naturally occurring peptide that is an opioid (any non-alkaloid having an opiate-like effect that can be reversed by naloxone or other recognized morphine antagonist). These include Leu- and Met-enkephalin, dynorphin and neoendorphin, alpha, beta, gamma and delta endorphins formed from beta-lipotropin, various pronase-resistant peptides such as beta casamorphin, and other peptides whose opiate-like action seems to be indirect.</go:definition>
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            <go:name>patched binding</go:name>
            <go:synonym>patched ligand</go:synonym>
            <go:synonym>ptc binding</go:synonym>
            <go:synonym>ptc ligand</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the patched (ptc) protein, a receptor for hedgehog proteins.</go:definition>
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            <go:name>peroxisome proliferator activated receptor binding</go:name>
            <go:synonym>PPAR binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with any of the peroxisome proliferator activated receptors, alpha, beta or gamma.</go:definition>
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            <go:name>pheromone activity</go:name>
            <go:definition>The activity of binding to and activating specific cell surface receptors, thereby inducing behavioral, developmental, or physiological response(s) from a responding organism or cell. The substance may be released or retained on the cell surface. Pheromones may serve as a specific attractant, social communicator, or sexual stimulant.</go:definition>
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                <go:reference>PF05842 Euplotes_phero</go:reference>
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            <go:name>competence pheromone activity</go:name>
            <go:definition>A small peptide excreted by a naturally transformable bacterium (eg. Bacillus subtilis) that transmits a signal required for the establishment of competence.</go:definition>
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            <go:name>mating pheromone activity</go:name>
            <go:definition>The activity of binding to and activating specific cell surface receptors, thereby inducing a behavioral or physiological response(s) from a responding organism or cell that leads to the transfer or union of genetic material between organisms or cells. The mating pheromone can either be retained on the cell surface or secreted.</go:definition>
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            <go:name>punt binding</go:name>
            <go:synonym>punt ligand</go:synonym>
            <go:synonym>put binding</go:synonym>
            <go:synonym>put ligand</go:synonym>
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            <go:name>RAGE receptor binding</go:name>
            <go:synonym>advanced glycation end-product receptor binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the RAGE receptor, the receptor for advanced glycation end-products.</go:definition>
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            <go:name>receptor agonist activity</go:name>
            <go:definition>Interacts with receptors such that the proportion of receptors in the active form is increased.</go:definition>
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            <go:name>receptor antagonist activity</go:name>
            <go:definition>Interacts with receptors to reduce the action of another ligand, the agonist.</go:definition>
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            <go:name>chemokine receptor antagonist activity</go:name>
            <go:definition>Interacts with chemokine receptors to reduce the action of a chemokine.</go:definition>
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            <go:name>receptor tyrosine kinase-like orphan receptor binding</go:name>
            <go:synonym>Ror binding</go:synonym>
            <go:synonym>Ror ligand</go:synonym>
            <go:synonym>receptor tyrosine kinase-like orphan receptor ligand</go:synonym>
            <go:definition>Interaction with the receptor tyrosine kinase-like orphan receptor (Ror).</go:definition>
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            <go:name>retinoic acid receptor binding</go:name>
            <go:synonym>RAR binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the retinoic acid receptor, a ligand-regulated transcription factor belonging to the nuclear receptor superfamily.</go:definition>
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            <go:name>retinoid X receptor binding</go:name>
            <go:synonym>RXR binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with a retinoid X receptor.</go:definition>
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            <go:synonym>sax binding</go:synonym>
            <go:synonym>sax ligand</go:synonym>
            <go:synonym>saxophone ligand</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the saxophone (sax) protein, a type I transforming growth factor beta receptor.</go:definition>
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            <go:name>scavenger receptor binding</go:name>
            <go:synonym>scavenger receptor ligand</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with scavenger receptors, a family of proteins that are expressed on myeloid cells and are involved in the uptake of effete cellular components and foreign particles.</go:definition>
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            <go:name>semaphorin receptor binding</go:name>
            <go:synonym>plexin binding</go:synonym>
            <go:synonym>plexin ligand</go:synonym>
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            <go:definition>Interacting selectively with semaphorin receptors (plexins).</go:definition>
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            <go:synonym>sev ligand</go:synonym>
            <go:synonym>sevenless ligand</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the sevenless (sev) protein, a receptor tyrosine kinase.</go:definition>
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            <go:name>smoothened binding</go:name>
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            <go:synonym>smo ligand</go:synonym>
            <go:synonym>smoothened ligand</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the smoothened (smo) protein, which interacts with patched to transmit hedgehog signals.</go:definition>
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            <go:name>sulfonylurea receptor binding</go:name>
            <go:synonym>sulfonylurea receptor ligand</go:synonym>
            <go:synonym>sulphonylurea receptor binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the sulfonylurea receptor, a regulatory subunit of the ATP-sensitive potassium ion channel.</go:definition>
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            <go:name>T-cell receptor binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a T-cell receptor, the antigen-recognizing receptor on the surface of T-cells.</go:definition>
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            <go:name>thickveins binding</go:name>
            <go:synonym>thickveins ligand</go:synonym>
            <go:synonym>tkv binding</go:synonym>
            <go:synonym>tkv ligand</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the thickveins (tkv) protein, a type I transforming growth factor beta receptor.</go:definition>
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            <go:name>thyroid hormone receptor binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a thyroid hormone receptor.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with the Toll protein, a transmembrane receptor.</go:definition>
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            <go:synonym>tor ligand</go:synonym>
            <go:synonym>torso ligand</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with the torso (tor) protein, a receptor tyrosine kinase.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a toxin receptor, a receptor for substances that cause injury to living organisms.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a steroid, any of a large group of substances that have in common a ring system based on 1,2-cyclopentanoperhydrophenanthrene.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with a tetrapyrrole, a compound containing four pyrrole nuclei variously substituted and linked to each other through carbons at the alpha position.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with chlorophyll; any compound of magnesium complexed in a porphyrin (tetrapyrrole) ring and which functions as a photosynthetic pigment.</go:definition>
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            <go:name>bacteriochlorophyll binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with bacteriochlorophyll, a form of chlorophyll found in photosynthetic bacteria, such as the purple and green bacteria. There are several types, designated a to g. Bacteriochlorophyll a and bacteriochlorophyll b are structurally similar to the chlorophyll a and chlorophyll b found in plants.</go:definition>
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            <go:name>heme binding</go:name>
            <go:synonym>haem binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with heme, any compound of iron complexed in a porphyrin (tetrapyrrole) ring.</go:definition>
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            <go:name>virion binding</go:name>
            <go:definition>Interacting selectively with a virion, either by binding to components of the capsid or the viral envelope.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with vitamins, organic substances needed for the normal nutrition of an organism.</go:definition>
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            <go:synonym>vitamin H binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with biotin (cis-tetrahydro-2-oxothieno(3,4-d)imidazoline-4-valeric acid), the (+) enantiomer of which is very widely distributed in cells and serves as a carrier in a number of enzymatic beta-carboxylation reactions.</go:definition>
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            <go:synonym>folate binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with folic acid, pteroylglutamic acid. Folic acid is widely distributed as a member of the vitamin B complex and is essential for the synthesis of purine and pyrimidines.</go:definition>
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            <go:definition>Interacting selectively with tocopherol, any of a series of structurally similar compounds, methyl-substituted tocols, some of which have biological vitamin E activity.</go:definition>
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            <go:synonym>ice crystal binding</go:synonym>
            <go:definition>Interacting selectively with ice, water reduced to the solid state by cold temperature. It is a white or transparent colorless substance, crystalline, brittle, and viscoidal.</go:definition>
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            <go:synonym>enzyme activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of a biochemical reaction at physiological temperatures. In biologically catalyzed reactions, the reactants are known as substrates, and the catalysts are naturally occurring macromolecular substances known as enzymes. Enzymes possess specific binding sites for substrates, and are usually composed wholly or largely of protein, but RNA that has catalytic activity (ribozyme) is often also regarded as enzymatic.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,5-diamino-6-hydroxy-4-(5-phosphoribosylamino)-pyrimidine + H2O = 5-amino-6-(ribosylamino)-2,4-(1H,3H)-pyrimidinone 5'-phosphate + NH3.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: alkene group + alcohol group on same molecule = cyclic ether. Substrates are 2-methyl-6-phytyl-1,4- hydroquinone (forms delta-tocopherol) and 2,3-dimethyl-5-phytyl-1,4-hydroquinone (forms gamma-tocopherol).</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of a segment of a (1,4)-alpha-D-glucan to a new 4-position in an acceptor, which may be glucose or (1,4)-alpha-D-glucan.</go:definition>
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            <go:name>amylo-alpha-1,6-glucosidase activity</go:name>
            <go:synonym>amylo-1,6-glucosidase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of (1-&gt;6)-alpha-D-glucosidic branch linkages in glycogen phosphorylase limit dextrin. Limit dextrin is the highly branched core that remains after exhaustive treatment of glycogen with glycogen phosphorylase. It is formed because these enzymes cannot hydrolyze the 1-&gt;6 glycosidic linkages present.</go:definition>
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            <go:synonym>dynamine GTPase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: GTP + H2O = GDP + phosphate. An enzyme that is involved in endocytosis and is instrumental in pinching off membrane vesicles.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: GTP + H2O = GDP + phosphate. GTP-hydrolyzing enzymes, where GTP and GDP alternate in binding. Includes stimulatory and inhibitory G-proteins such as Gs, Gi, Go and Golf, targeting adenylate cyclase and/or potassium ion and calcium ion channels; Gq stimulating phospholipase C; transducin activating cGMP phosphodiesterase; gustducin activating cAMP phosphodiesterase.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: GTP + H2O = GDP + phosphate. A GTPase involved in protein synthesis. In the initiation factor complex, it is IF-2b (98 kDa) that binds GTP and subsequently hydrolyzes it in prokaryotes. In eukaryotes, it is eIF-2 (150 kDa) that binds GTP. In the elongation phase, the GTP-hydrolyzing proteins are the EF-Tu polypeptide of the prokaryotic transfer factor (43 kDa), the eukaryotic elongation factor EF-1a (53 kDa), the prokaryotic EF-G (77 kDa), the eukaryotic EF-2 (70-110 kDa) and the signal recognition particle that play a role in endoplasmic reticulum protein synthesis (325 kDa). EF-Tu and EF1a catalyze binding of aminoacyl-tRNA to the ribosomal A-site, while EF-G and EF-2 catalyze the translocation of peptidyl-tRNA from the A-site to the P-site. GTPase activity is also involved in polypeptide release from the ribosome with the aid of the pRFs and eRFs.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: GTP + H2O = GDP + phosphate. Activity is associated with the signal-recognition particle, a protein and RNA-containing structure involved in endoplasmic reticulum-associated protein synthesis.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: GTP + H2O = GDP + phosphate. Small monomeric enzymes with a molecular mass of 21 kDa that are distantly related to the alpha-subunit of heterotrimeric G-protein GTPase. They are involved in cell-growth regulation (RAS subfamily), membrane vesicle traffic and uncoating (RAB and ARF subfamilies), nuclear protein import (RAN subfamily) and organization of the cytoskeleton (Rho and Rac subfamilies).</go:definition>
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            <go:synonym>cystic fibrosis transmembrane conductance regulator</go:synonym>
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            <go:synonym>multidrug resistance exporter</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: ATP + H2O + iron chelate(out) = ADP + phosphate + iron chelate(in). Fe-enterobactin, Fe-dicitrate, Fe-hydroxamate and other siderophores are imported.</go:definition>
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            <go:name>polyamine-transporting ATPase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: ATP + H2O + Cl-(out) = ADP + phosphate + Cl-(in).</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the movement of sphingolipids from one membrane face to the other ('flippase' activity), driven by the hydrolysis of ATP.</go:definition>
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            <go:name>hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides</go:name>
            <go:synonym>hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorous-containing anhydrides</go:synonym>
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            <go:synonym>actin-activated ATPase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>RNA-dependent adenosinetriphosphatase</go:synonym>
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            <go:name>bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity</go:name>
            <go:synonym>diadenosine 5',5'''-P1,P4-tetraphosphate hydrolase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: P(1),P(4)-bis(5'-guanosyl)tetraphosphate + H2O = GTP + GMP. Also acts on bis(5'-xanthosyl)-tetraphosphate and, more slowly, on bis(5'-adenosyl)-tetraphosphate and bis(5'-uridyl)-tetraphosphate.</go:definition>
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            <go:synonym>diadenosine tetraphosphatase (symmetrical)</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: P(1),P(4)-bis(5'-adenosyl)tetraphosphate + H2O = 2 ADP.</go:definition>
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            <go:synonym>CDP-glycerol pyrophosphatase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + H2O = adenosine 3',5'-bisphosphate + SO4(2-) (sulfate).</go:definition>
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            <go:name>hydrolase activity, acting on acid carbon-carbon bonds, in ketonic substances</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of any acid carbon-carbon bond in a ketonic substance, a substance containing a keto (C=O) group.</go:definition>
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            <go:name>2-hydroxy-6-ketonona-2,4-dienedoic acid hydrolase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-hydroxy-6-keto-nona-2,4-dienedioate + OH- = cis-2-hydroxypenta-2,4-dienoate + succinate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-hydroxy-6-oxo-(2'-aminophenyl)-hexa-2,4-dienoat + H2O = 2-aminobenzoate + cis-2-hydroxypenta-2,4-dienoate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 6-oxo-2-hydroxy-7-(4'-chlorophenyl)-3,8,8-trichloroocta-2E,4E,7-trienoate + H2O = 2-(4'-chlorophenyl)-3,3-dichloropropenoate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: alkyl halide + H2O = alcohol + HCl. Substrates are 1,3(R),4,6(R)-tetrachloro-1,4-cyclohexadiene (forms 2,4,5-trichloro-2,5-cyclohexadiene-1-ol) and 2,4,5-trichloro-2,5-cyclohexadiene-1-ol (forms 2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol).</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: (S)-3-(5-oxo-4,5-dihydro-3H-imidazol-4-yl)propanoate + H2O = H+ + N-formimidoyl-L-glutamate.</go:definition>
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            <go:name>N-methylhydantoinase (ATP-hydrolyzing) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 H2O + N-methylhydantoin + ATP = phosphate + N-carbamoylsarcosine + ADP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of any non-peptide carbon-nitrogen bond in a cyclic amidine, a compound of the form R-C(=NH)-NH2.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5,10-methenyl-5,6,7,8-tetrahydromethanopterin + H2O = N5-formyl-5,6,7,8-tetrahydromethanopterin.</go:definition>
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            <go:name>(3,5-dichlorophenylurea)acetate amidohydrolase activity</go:name>
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            <go:name>2-(acetamidomethylene)succinate hydrolase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 H2O + 2-(acetamidomethylene)succinate = CO2 + NH3 + succinate semialdehyde + acetate.</go:definition>
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            <go:name>2-(hydroxymethyl)-3-(acetamidomethylene)succinate hydrolase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 H2O + 2-(hydroxymethyl)-3-(acetamidomethylene)succinate = CO2 + NH3 + 2-(hydroxymethyl)-4-oxobutanoate + acetate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of the link between N-acetylmuramoyl residues and L-amino acid residues in certain bacterial cell-wall glycopeptides.</go:definition>
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            <go:name>hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in nitriles</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of any non-peptide carbon-nitrogen bond in a nitrile, a compound containing the cyano radical, -CN.</go:definition>
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            <go:name>arylacetonitrilase activity</go:name>
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            <go:name>bromoxynil nitrilase activity</go:name>
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            <go:synonym>bromoxynil-specific nitrilase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3,5-dibromo-4-hydroxybenzonitrile + 2 H2O = 3,5-dibromo-4-hydroxy-benzoate + NH3. Involved in the bacterial degradation of the herbicide bromoxynil.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 H2O + 3-cyano-L-alanine = NH3 + L-aspartate.</go:definition>
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            <go:name>nitrilase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: a nitrile + H2O = a carboxylate + NH3. Acts on a wide range of aromatic nitriles including (indole-3-yl)-acetonitrile and some aliphatic nitriles, and on the corresponding acid amides.</go:definition>
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            <go:name>hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in other compounds</go:name>
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            <go:name>2-aminomuconate deaminase activity</go:name>
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            <go:name>hydroxydechloroatrazine ethylaminohydrolase activity</go:name>
            <go:synonym>hydroxyatrazine ethylaminohydrolase activity</go:synonym>
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            <go:name>hydrolase activity, acting on carbon-sulfur bonds</go:name>
            <go:synonym>hydrolase activity, acting on carbon-sulphur bonds</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of any carbon-sulfur bond, C-S.</go:definition>
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            <go:name>UDPsulfoquinovose synthase activity</go:name>
            <go:synonym>UDPsulphoquinovose synthase activity</go:synonym>
            <go:synonym>sulfite:UDP-glucose sulfotransferase</go:synonym>
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            <go:synonym>2-acetyl-1-alkylglycerophosphocholine esterase activity</go:synonym>
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            <go:name>5-(3,4-diacetoxybut-1-ynyl)-2,2'-bithiophene deacetylase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + 5-(3,4-diacetoxybut-1-ynyl)-2,2'-bithiophene = acetate + 5-(3-hydroxy-4-acetoxybut-1-ynyl)-2,2'-bithiophene.</go:definition>
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            <go:name>6-acetylglucose deacetylase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,2-diacyl-3-beta-D-galactosyl-sn-glycerol + 2 H2O = 3-beta-D-galactosyl-sn-glycerol + 2 carboxylates.</go:definition>
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            <go:name>poly(3-hydroxybutyrate) depolymerase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + poly[(R)-3-hydroxybutanoate](n) = poly[(R)-3-hydroxybutanoate](x) + poly[(R)-3-hydroxybutanoate](n-x); x = 1-5.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + poly[(R)-3-hydroxyoctanoate](n) = poly[(R)-3-hydroxyoctanoate](x) + poly[(R)-3-hydroxyoctanoate](n-x); x = 1-5.</go:definition>
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            <go:name>5' flap endonuclease activity</go:name>
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            <go:name>purine-specific oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:synonym>8-oxoguanine DNA glycosylase activity</go:synonym>
            <go:synonym>DNA glycosylase/AP-lyase activity</go:synonym>
            <go:synonym>DNA glycosylase/beta-lyase activity</go:synonym>
            <go:synonym>DNA-formamidopyrimidine glycosylase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>bifunctional DNA glycosylase activity</go:synonym>
            <go:synonym>formamidopyrimidine-DNA glycosylase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the removal of oxidized purine bases by cleaving the N-C1' glycosidic bond between the oxidized purine and the deoxyribose sugar. The reaction involves the formation of a covalent enzyme substrate intermediate. Release of the enzyme and free base by a beta-elimination or a beta, gamma-elimination mechanism results in the cleavage of the DNA backbone 3' of the apurinic (AP) site.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine dimer DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the removal of pyrimidine dimers by removing the 5' pyrimidine of the dimer by cleaving the N-C1' glycosidic bond between the 5' pyrimidine of the dimer and the deoxyribose sugar. The reaction releases the 5' pyrimidine of the dimer and leaves an apurinic (AP) site. The reaction involves the formation of a covalent enzyme substrate intermediate. Release of the enzyme and free base by a beta-elimination or a beta, gamma-elimination mechanism results in the cleavage of the DNA backbone 3' of the apyrimidinic (AP) site.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine-specific oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:synonym>DNA glycosylase/AP-lyase</go:synonym>
            <go:synonym>DNA glycosylase/beta-lyase</go:synonym>
            <go:synonym>GO:0019004</go:synonym>
            <go:synonym>bifunctional DNA glycosylase</go:synonym>
            <go:synonym>endodeoxyribonuclease III</go:synonym>
            <go:synonym>endonuclease III</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the formation of a covalent enzyme-pyrimidine base intermediate. Release of the enzyme and free base by a beta-elimination or a beta, gamma-elimination mechanism results in the cleavage of the DNA backbone 3' of the apyrimidinic (AP) site. Enzymes with this activity recognize and remove oxidized pyrimidine bases by cleaving the N-C1' glycosidic bond between the oxidized pyrimidine and the deoxyribose sugar.</go:definition>
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            <go:name>exodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters</go:name>
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            <go:name>double-stranded DNA specific 3'-5' exodeoxyribonuclease activity</go:name>
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            <go:name>single-stranded DNA specific 3'-5' exodeoxyribonuclease activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the sequential cleavage of mononucleotides from a free 3' terminus of a single-stranded DNA molecule.</go:definition>
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            <go:name>double-stranded DNA specific exodeoxyribonuclease activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the sequential cleavage of mononucleotides from a free 5' or 3' terminus of a double-stranded DNA molecule.</go:definition>
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            <go:name>exodeoxyribonuclease I activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the degradation of single-stranded DNA. It acts progressively in a 3' to 5' direction, releasing 5'-phosphomononucleotides.</go:definition>
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            <go:name>exodeoxyribonuclease III activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the degradation of double-stranded DNA. It acts progressively in a 3' to 5' direction, releasing 5'-phosphomononucleotides.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + 6-(D-glucose-1-phospho)-D-mannosylglycoprotein = D-mannosylglycoprotein + D-glucose-alpha-1-phosphate.</go:definition>
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            <go:name>2-phosphosulfolactate phosphatase activity</go:name>
            <go:synonym>2-phosphosulpholactate phosphatase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-phospho-3-sulfolactate + H2O = 3-sulfolactate + phosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate + H2O = 3-deoxy-D-manno-octulosonate + phosphate.</go:definition>
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            <go:synonym>inositol-3,4-bisphosphate 4-phosphatase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: D-myo-inositol 1,4,5-trisphosphate + H2O = myo-inositol 1,4-bisphosphate + phosphate.</go:definition>
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            <go:name>mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase activity</go:name>
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            <go:name>methylphosphothioglycerate phosphatase activity</go:name>
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            <go:synonym>[Myosin light-chain]-phosphatase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: a phosphoprotein + H2O = a protein + phosphate. An ATP, magnesium-dependent protein serine/threonine phosphatase (AMD phosphatase) that consists of a catalytic subunit of 38 kDa and a modulator subunit of 23 kDa, which is subject to phosphorylation, thus activating the phosphatase.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: a phosphoprotein + H2O = a protein + phosphate. A protein serine/threonine phosphatase that is polycation-stimulated (PCS), being directly stimulated by protamine, polylysine, or histone H1; it constitutes a subclass of several enzymes activated by different histones and polylysine.</go:definition>
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            <go:name>alkenylglycerophosphocholine hydrolase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + 1-(1-alkenyl)-sn-glycero-3-phosphocholine = L-1-glycero-3-phosphocholine + an aldehyde.</go:definition>
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            <go:name>alkenylglycerophosphoethanolamine hydrolase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + 1-(1-alkenyl)-sn-glycero-3-phosphoethanolamine = sn-glycero-3-phosphoethanolamine + an aldehyde.</go:definition>
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            <go:name>hepoxilin-epoxide hydrolase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (5Z,9E,14Z)-(8x,11R,12S)-11,12-epoxy-8-hydroxyicosa-5,9,14-trienoate + H2O = (5Z,9E,14Z)-(8x,11x,12S)-8,11,12-trihydroxyicosa-5,9,14-trienoate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of the ether in chloro- or hydroxyepoxypropane to produce chloropropane diol or glycerol. Acts on R enantiomers.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: limonene-1,2-epoxide + H2O = limonene-1,2-diol. Other substrates include alicyclic and 1-methyl-substituted epoxides, such as 1-methylcyclohexene oxide, indene oxide and cyclohexene oxide.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the removal of damaged bases by cleaving the N-C1' glycosidic bond between the target damaged DNA base and the deoxyribose sugar. The reaction releases a free base and leaves an apurinic/apyrimidinic (AP) site.</go:definition>
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            <go:name>alkylbase DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:synonym>DNA-3-methyladenine glycosidase II activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of alkylated DNA; recognizes and removes alkylated purines and pyrimidines by cleaving the N-C1' glycosidic bond between the target damaged DNA base and the deoxyribose sugar. The reaction releases a free base and leaves an apurinic or apyrimidinic (AP) site. Enzyme has broad substrate specificity, being able to recognize alkylpurines, alkylpyrimidines or ethenopurines.</go:definition>
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            <go:name>DNA-3-methyladenine glycosylase I activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of alkylated DNA; only recognizes and removes the alkylated base 3-methyladenine by cleaving the N-C1' glycosidic bond between the target damaged DNA base and the deoxyribose sugar. The reaction releases a free base and leaves an apurinic (AP) site.</go:definition>
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            <go:name>mismatch base pair DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the removal of single bases present in mismatches by the cleavage the N-C1' glycosidic bond between the target damaged DNA base and the deoxyribose sugar. The reaction releases a free base and leaves an apurinic/apyrimidinic (AP) site.</go:definition>
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            <go:name>purine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the removal of purines present in mismatches, especially opposite oxidized purines, by cleaving the N-C1' glycosidic bond between the target damaged DNA base and the deoxyribose sugar. The reaction releases a free base and leaves an apurinic (AP) site.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:synonym>G/T-mismatch-specific thymine-DNA glycosylase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the removal of mismatched pyrimidine bases in DNA. Enzymes with this activity recognize and remove pyrimidines present in mismatches by cleaving the N-C1' glycosidic bond between the target damaged DNA base and the deoxyribose sugar. The reaction releases a free base and leaves an apyrimidinic (AP) site.</go:definition>
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            <go:name>oxidized base lesion DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the removal of oxidized bases by cleaving the N-C1' glycosidic bond between the target damaged DNA base and the deoxyribose sugar. The reaction releases a free base and leaves an apurinic/apyrimidinic (AP) site.</go:definition>
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            <go:name>uracil DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:synonym>uracil-DNA glycosylase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the cleavage of the N-C1' glycosidic bond between the damaged DNA base and the deoxyribose sugar, releasing a free base and leaving an apyrimidinic (AP) site. Enzymes with this activity recognize and remove uracil bases in DNA that result from the deamination of cytosine or the misincorporation of dUTP opposite an adenine.</go:definition>
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            <go:name>single-strand selective uracil DNA N-glycosylase activity</go:name>
            <go:synonym>single-strand selective monofunctional uracil-DNA glycosylase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the cleavage of the N-C1' glycosidic bond between the damaged DNA base and the deoxyribose sugar, releasing a free base and leaving an apyrimidinic (AP) site. Enzymes with this activity recognize and remove uracil bases present in single-stranded DNA.</go:definition>
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            <go:name>inosinate nucleosidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5'-inosinate + H2O = D-ribose 5-phosphate + hypoxanthine.</go:definition>
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            <go:name>inosine nucleosidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: inosine + H2O = D-ribose + hypoxanthine.</go:definition>
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            <go:name>methylthioadenosine nucleosidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: methylthioadenosine + H2O = adenine + 5-methylthio-D-ribose.</go:definition>
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            <go:synonym>NAD(P) nucleosidase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of terminal 1,4-linked alpha-D-glucose residues successively from non-reducing ends of the chains with release of beta-D-glucose.</go:definition>
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            <go:name>mannosyl-oligosaccharide glucosidase activity</go:name>
            <go:synonym>mannosyl-oligosaccharide glucosidase (processing A-glucosidase I) activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the exohydrolysis of the non-reducing terminal glucose residue in the mannosyl-oligosaccharide Glc(3)Man(9)GlcNAc(2).</go:definition>
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            <go:synonym>sucrase-isomaltase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of 1,6-alpha-D-glucosidic linkages in some oligosaccharides produced from starch and glycogen by alpha-amylase, and in isomaltose.</go:definition>
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            <go:synonym>sucrose alpha-D-glucohydrolase</go:synonym>
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            <go:name>glucuronosyl-disulfoglucosamine glucuronidase activity</go:name>
            <go:synonym>glucuronosyl-disulphoglucosamine glucuronidase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + 3-D-glucuronosyl-N2-,6-disulfo-beta-D-glucosamine = glucuronate + N2-,6-disulfo-D-glucosamine.</go:definition>
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            <go:synonym>glycyrrhizinate b-glucuronidase activity</go:synonym>
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            <go:name>cathepsin B activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of peptide bonds with a broad specificity. Preferentially cleaves the terminal bond of -Arg-Arg-Xaa motifs in small molecule substrates (thus differing from cathepsin L). In addition to being an endopeptidase, shows peptidyl-dipeptidase activity, liberating C-terminal dipeptides.</go:definition>
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            <go:name>cathepsin H activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of peptide bonds, acting as an aminopeptidase (notably, cleaving Arg-Xaa bonds) as well as an endopeptidase.</go:definition>
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            <go:name>cathepsin K activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of peptide bonds. Has a broad proteolytic activity. With small-molecule substrates and inhibitors, the major determinant of specificity is P2, which is preferably Leu, Met &gt; Phe, and not Arg.</go:definition>
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            <go:name>cathepsin L activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of peptide bonds. Specificity close to that of papain. As compared to cathepsin B, cathepsin L exhibits higher activity towards protein substrates, but has little activity on Z-Arg-Arg-NHMec, and no peptidyl-dipeptidase activity.</go:definition>
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            <go:name>cathepsin S activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of peptide bonds. Similar to cathepsin L, but with much less activity on the terminal bond of Z-Phe-Arg-NHMec, and more activity on the terminal bond of Z-Val-Val-Arg-Xaa compounds.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of proteins and small-molecule substrates at Asn-Xaa bonds.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the release of an N-terminal dipeptide, Xaa-Xbb from Xaa-Xbb-Xcc, except when Xaa is Arg or Lys, or Xbb or Xcc is Pro.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of the Gly76-Lys48 isopeptide bond of polyubiquitin. Member of the C19 family of cysteine peptidases.</go:definition>
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            <go:name>endopeptidase activity</go:name>
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            <go:synonym>endoprotease</go:synonym>
            <go:synonym>proteinase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of nonterminal peptide linkages in oligopeptides or polypeptides, and comprising any enzyme of sub-subclasses EC:3.4.21-99. They are classfied according to the presence of essential catalytic residues or ions at their active sites.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the cleavage of N-terminal leader sequences from membrane prolipoproteins. Hydrolyzes the terminal bond of Xaa-Xbb-Xbb-Cys, in which Xaa is hydrophobic (preferably Leu), Xbb is often Ser or Ala, Xcc is often Gly or Ala, and the Cys is alkylated on sulfur with a diacylglyceryl group.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of peptide bonds. Similar to cathepsin D, but slightly broader specificity.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the lysis of peptide bonds with broad specificity similar to that of pepsin A. Clots milk by cleavage of a single Ser-Phe-l-Met-Ala bond in kappa-casein.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of proteins with broad specificity similar to that of pepsin A, preferring hydrophobic residues at P1 and P1', but also cleaving Gly20-|-Glu in the B chain of insulin. Clots milk, and activates trypsinogen.</go:definition>
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            <go:name>pepsin A activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of peptide bonds. Preferential cleavage: hydrophobic, preferably aromatic, residues in P1 and P1' positions. Cleaves Phe1-Val2, Gln4-His5, Glu13-Ala14, Ala14-Leu15, Leu15-Tyr16, Tyr16-Leu17, Gly23-Phe24, Phe24-Phe25 and Phe25-Tyr26 bonds in the B chain of insulin.</go:definition>
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            <go:name>prepilin peptidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the cleavage of a Gly-Phe bond to release an N-terminal, basic peptide of 5-8 residues from type IV prepilin, and then N-methylates the new N-terminal amino group, the methyl donor being S-adenosyl-L-methionine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the degradation of gelatin; little activity on hemoglobin. Specificity on B chain of insulin more restricted than pepsin A; does not cleave Phe1-Val2, Gln4-His5 or Gly23-Phe24.</go:definition>
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            <go:synonym>Scytalidium aspartic proteinase B</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of proteins with broad specificity, cleaving Phe24-|-Phe, but not Leu15-Tyr and Phe25-Tyr in the B chain of insulin.</go:definition>
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            <go:synonym>MMP-12</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of nonterminal peptide linkages in oligopeptides or polypeptides. Enzymes of this class contain a chelated metal ion essential to their catalytic activity at their active sites.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the preferential cleavage of one bond in native collagen. Cleavage of the triple helix of collagen at about three-quarters of the length of the molecule from the N-terminus, at Gly775-Ile776 in the alpha-1(I) chain. Cleaves synthetic substrates and alpha-macroglobulins at bonds where P1' is a hydrophobic residue.</go:definition>
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            <go:synonym>matrix metalloproteinase 8</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the cleavage of interstitial collagens in the triple helical domain. Unlike EC:3.4.24.7, this enzyme cleaves type III collagen more slowly than type I.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the formation of endothelin 1 by cleavage of the Trp21-Val22 bond in the precursor.</go:definition>
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            <go:synonym>MIP</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the release of an N-terminal octapeptide as second stage of processing of some proteins imported in the mitochondrion.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial processing peptidase activity</go:name>
            <go:synonym>MPP</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the release of N-terminal transit peptides from precursor proteins imported into the mitochondrion, typically with Arg in position P2.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of polypeptides, preferably at the first bond of Xaa-Arg-Lys, and less commonly at the first bond of Arg-Arg-Xaa, in which Xaa is not Arg or Lys.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the preferential cleavage at the amino group of hydrophobic residues in insulin, casein, hemoglobin, and a number of other proteins and polypeptides.</go:definition>
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            <go:name>O-sialoglycoprotein endopeptidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of O-sialoglycoproteins; cleaves the -Arg31-Asp32- bond in glycophorin A. Does not cleave unglycosylated proteins, desialylated glycoproteins or glycoproteins that are only N-glycosylated.</go:definition>
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            <go:name>oligopeptidase A activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of oligopeptides, with broad specificity. Gly or Ala commonly occur as P1 or P1' residues, but more distant residues are also important, as is shown by the fact that Z-Gly-Pro-Gly-Gly-Pro-Ala is cleaved at the Gly-Gly bond, but not Z-(Gly)5.</go:definition>
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            <go:name>pitrilysin activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the preferential cleavage of Tyr16-Leu17 and Phe25-Tyr26 bonds of oxidized insulin B chain. Also acts on other substrates of Molecular weight less than 7 kDa such as insulin and glucagon.</go:definition>
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            <go:synonym>proenzyme factor B</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the cleavage of peptides after specific recognition of a C-terminal tripeptide, Xaa-Yaa-Zaa, in which Xaa is preferably Ala or Leu, Yaa is preferably Ala or Tyr, and Zaa is preferably Ala. Cleavage is at a variable distance from the C-terminus; a typical cleavage is -Ala-Ala-Arg-Ala-Ala-Lys-Glu-Asn-Tyr-Ala-Leu-Ala-Ala.</go:definition>
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            <go:name>endopeptidase Clp activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of proteins to small peptides in the presence of ATP and magnesium. Alpha-casein is the usual test substrate. In the absence of ATP, only oligopeptides shorter than five residues are cleaved, for example, succinyl-Leu-Tyr-NHMec which is cleaved at the Tyr-NHMec bond, and Leu-Tyr-Leu-Tyr-Trp which is cleaved at the second Leu-Typ bond (cleavage of the Tyr-Leu and Tyr-Trp bonds also occurs).</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of large proteins such as globin, casein and denatured serum albumin, in presence of ATP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the release of mature proteins from their proproteins by cleavage of the terminal bond of Arg-Xaa-Yaa-Arg-Z motifs where Xaa can be any amino acid and Yaa is Arg or Lys. Releases albumin, complement component C3 and von Willebrand factor from their respective precursors.</go:definition>
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            <go:name>gamma-renin activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the cleavage of the Leu-Leu bond in synthetic tetradecapeptide renin substrate, producing angiotensin I, but not active on natural angiotensinogen. Also hydrolyzes BZ-Arg-para-nitroanilide.</go:definition>
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            <go:name>granzyme A activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of proteins, including fibronectin, type IV collagen and nucleolin. Preferential cleavage: Arg-Xaa &gt; Lys-Xaa &gt; Phe-Xaa in small molecule substrates.</go:definition>
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            <go:synonym>prophenol oxidase activator</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the preferential cleavage of Arg-Xaa bonds in small molecule substrates. Highly selective action to release kallidin (lysyl-bradykinin) from kininogen involves hydrolysis of Met-Xaa or Leu-Xaa. The rat enzyme is unusual in liberating bradykinin directly from autologous kininogens by cleavage at two Arg-Xaa bonds.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the cleavage of the terminal or penultimate peptide bond of a peptide chain, releasing a single amino acid or dipeptide. Exopeptidases are classified as aminopeptidases, carboxypeptidases, dipeptidases, and omega peptidases.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the release of an N-terminal amino acid, preferentially alanine, from a wide range of peptides, amides and arylamides.</go:definition>
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            <go:name>membrane alanyl aminopeptidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the release of an N-terminal amino acid, Xaa-Xbb- from a peptide, amide or arylamide. Xaa is preferably Ala, but may be most amino acids including Pro (slow action). When a terminal hydrophobic residue is followed by a prolyl residue, the two may be released as an intact Xaa-Pro dipeptide.</go:definition>
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            <go:name>aminopeptidase B activity</go:name>
            <go:synonym>arginyl aminopeptidase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the release of N-terminal Arg and Lys from oligopeptides when P1' is not Pro. Also acts on arylamides of Arg and Lys.</go:definition>
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            <go:name>aminopeptidase I activity</go:name>
            <go:synonym>vacuolar aminopeptidase I</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the release of an N-terminal amino acid, preferably a neutral or hydrophobic one, from a polypeptide. Aminoacyl-arylamides are poor substrates.</go:definition>
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            <go:name>glutamate carboxypeptidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the release of C-terminal glutamate residues from a wide range of N-acylating moieties, including peptidyl, aminoacyl, benzoyl, benzyloxycarbonyl, folyl and pteroyl groups.</go:definition>
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            <go:name>metallocarboxypeptidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of C-terminal amino acid residues from oligopeptides or polypeptides; a bivalent cation is an essential component of the catalytic mechanism.</go:definition>
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            <go:name>alanine carboxypeptidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + peptidyl-L-alanine = L-alanine + peptide (release of a C-terminal alanine from a peptide or a variety of pteroyl or acyl groups).</go:definition>
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            <go:synonym>GO:0008731</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: peptidyl-L-amino acid + H2O = peptide + L-amino acid. Little or no action with -Asp, -Glu, -Arg, -Lys or -Pro.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + peptidyl-L-lysine (or L-arginine) = L-lysine (or L-arginine) + peptide (preferential release of a C-terminal lysine or arginine amino acid).</go:definition>
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            <go:synonym>carboxypeptidase H activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: peptidyl-L-lysine(or L-arginine) + H2O = peptide + L-lysine(or L-arginine). Function is activated by Co2+ and inhibited by 1,10-phenanthroline and other chelating agents.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: peptidyl-L-lysine(or L-arginine) + H2O = peptide + L-lysine(or L-arginine). Release of a C-terminal basic amino acid, preferentially lysine; inactivates bradykinin and anaphylatoxins in blood plasma.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: peptidyl-L-lysine(or L-arginine) + H2O = peptide + L-lysine(or L-arginine). Function is activated by Co2+; inhibited by guanidinoethylmercaptosuccinic acid.</go:definition>
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            <go:synonym>tubulinyl-tyrosine carboxypeptidase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: (Ac)2-L-Lys-D-alanyl-D-alanine + H2O = (Ac)2-L-Lys-D-alanine + D-alanine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the release of an N-terminal dipeptide from a peptide comprising four or more residues, with broad specificity; also acts on dipeptidyl 2-naphthylamides.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the release of an N-terminal dipeptide, by the hydrolysis of the Xbb-Xcc bond in Xaa-Xbb-Xcc, preferentially when Xbb is Pro, provided Xcc is neither Pro nor hydroxyproline.</go:definition>
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            <go:synonym>Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of the terminal bond of Xaa-Pro-Xaa motifs to release unblocked, N-terminal dipeptides from substrates including Ala-Pro-para-nitroanilide and (sequentially, at the the second, fourth and sixth bonds) of the motif Tyr-Pro-Phe-Pro-Gly-Pro-Ile.</go:definition>
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            <go:name>metalloexopeptidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of terminal peptide linkages in oligopeptides or polypeptides. Enzymes of this class contain a chelated metal ion essential to their catalytic activity at their active sites.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-dipeptidase Dcp activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydrolysis of unblocked, C-terminal dipeptides from oligopeptides, with broad specificity. Does not hydrolyze bonds in which P1' is Pro, or both P1 and P1' are Gly.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the removal of terminal peptide residues that are substituted, cyclized or linked by isopeptide bonds (peptide linkages other than those of a-carboxyl to a-amino groups).</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the formation of new phosphodiester bonds between a pair of short, unique DNA target sequences; occurs through a phosphotyrosyl intermediate in which the target sequence is first cleaved by the nucleophilic attack by a tyrosine in the active site.</go:definition>
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            <go:name>lycopene beta cyclase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the cyclization of beta rings at one or both ends of the lycopene molecule (psi, psi-carotene) to form gamma-carotene or the bicyclic beta-carotene (beta, beta-carotene), respectively.</go:definition>
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            <go:name>lycopene epsilon cyclase activity</go:name>
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            <go:name>prostaglandin-D synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (5Z,13E)-(15S)-9-alpha,11-alpha-epidioxy-15-hydroxyprosta-5,13-dienoate = (5Z,13E)-(15S)-9-alpha,15-dihydroxy-11-oxoprosta-5,13-dienoate.</go:definition>
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            <go:name>prostaglandin-E synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (5Z,13E)-(15S)-9-alpha,11-alpha-epidioxy-15-hydroxyprosta-5,13-dienoate = (5Z,13E)-(15S)-11-alpha,15-dihydroxy-9-oxoprosta-5,13-dienoate.</go:definition>
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            <go:synonym>cytochrome P450 CYP8A1</go:synonym>
            <go:synonym>prostacyclin synthase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (5Z,13E)-(15S)-9-alpha,11-alpha-epidioxy-15-hydroxyprosta-5,13-dienoate = (5Z,13E)-(15S)-6,9-alpha-epoxy-11-alpha,15-dihydroxyprosta-5,13-dienoate.</go:definition>
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            <go:name>cycloeucalenol cycloisomerase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,4-dichloro-2,5-dihydro-5-oxofuran-2-acetate = 2,4-dichloro-cis,cis-muconate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: D-glucose 6-phosphate = 1D-myo-inositol 3-phosphate; requires NAD, which dehydrogenates the CHOH group to CO at C-5 of the glucose 6-phosphate, making C-6 into an active methylene, able to condense with the aldehyde at C-1. Finally, the enzyme-bound NADH reconverts C-5 into the CHOH form.</go:definition>
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            <go:name>DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity</go:name>
            <go:synonym>DNA gyrase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of a DNA topological transformation by transiently cleaving a pair of complementary DNA strands to form a gate through which a second double-stranded DNA segment is passed, after which the severed strands in the first DNA segment are rejoined; product release is coupled to ATP binding and hydrolysis; changes the linking number in multiples of 2.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the phosphorylation of IkappaB, thereby targeting this for proteasomal degradation and allowing the nuclear translocation of kB. Composed of alpha, beta and gamma subunits, the latter not having kinase activity but presumed to play a regulatory role.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the phosphorylation of proteins. Mitogen-activated protein kinase; a family of protein kinases that perform a crucial step in relaying signals from the plasma membrane to the nucleus. They are activated by a wide range of proliferation- or differentiation-inducing signals; activation is strong with agonists such as polypeptide growth factors and tumor-promoting phorbol esters, but weak (in most cell backgrounds) by stress stimuli.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the phosphorylation of proteins. A family of protein kinases that perform a crucial step in relaying signals from the plasma membrane to the nucleus. Strongly activated by stress signals such as heat or osmotic shock, DNA-damaging agents, inhibitors of protein synthesis and pro-inflammatory cytokines.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the ligation of two substances with concomitant breaking of a diphosphate linkage, usually in a nucleoside triphosphate. Ligase is the systematic name for any enzyme of EC class 6.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the formation of delta-(L-alpha-aminoadipyl)-L-cysteinyl-D-valine from constituent amino acids and ATP in the presence of magnesium ions and dithioerythritol.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: ATP + 5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxylate + L-aspartate = ADP + phosphate + (S)-2-(5-amino-1-(5-phospho-D-ribosyl)imidazole-4-carboxamido)succinate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-L-lysine + ATP = phosphate + UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine + ADP.</go:definition>
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            <go:synonym>carbamoyl-phosphate synthetase (glutamine-hydrolyzing)</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of the amide nitrogen of glutamine to a variety of substrates. GATases catalyze two separate reactions at two active sites, which are located either on a single polypeptide chain or on different subunits. In the glutaminase reaction, glutamine is hydrolyzed to glutamate and ammonia, which is added to an acceptor substrate in the synthase reaction.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: (3R)-3-isopropenyl-6-oxoheptanoate + CoA-SH + ATP = H2O + ADP/AMP + mono/diphosphate + (3R)-3-isopropenyl-6-oxoheptanoyl-CoA.</go:definition>
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            <go:synonym>4-chlorobenzoate:CoA ligase</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of an aldol condensation, a base-catalyzed addition reaction of two aldehydes or an aldehyde and a ketone to form an aldol (an organic compound that is both an aldehyde and an alcohol) and its reversal.</go:definition>
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            <go:synonym>sulphinoalanine decarboxylase activity</go:synonym>
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            <go:name>UDP-glucuronate decarboxylase activity</go:name>
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            <go:synonym>deoxyribodipyrimidine photolyase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: cyclobutadipyrimidine (in DNA) = 2 pyrimidine residues (in DNA). The enzyme catalyzes the reactivation by light of irradiated DNA. A similar reactivation of irradiated RNA is probably due to a separate enzyme.</go:definition>
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            <go:synonym>SHCHC synthase</go:synonym>
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            <go:name>3-hydroxy-3-isohexenylglutaryl-CoA lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3-hydroxy-3-(4-methylpent-3-en-1-yl)glutaryl-CoA = acetate + 7-methyl-3-oxooctanoyl-CoA.</go:definition>
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            <go:synonym>aminodeoxychorismate synthase</go:synonym>
            <go:synonym>para-aminobenzoic acid synthase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: chorismate + glutamine = 4-amino-4-deoxychorismic acid + glutamate. It is composed of two enzymatic activities (which may be present on one or two polypeptides); the first is a glutaminase which yields ammonia from glutamine, releasing glutamate. The ammonia is used by the second activity which catalyzes the amination of chorismate to form 4-amino-4-deoxychorismate.</go:definition>
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            <go:synonym>DDMS dehydrochlorinase</go:synonym>
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            <go:name>5-chloro-1,2,4-trihydroxybenzene dechlorinase activity</go:name>
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            <go:synonym>DDT dehydrochlorinase activity</go:synonym>
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            <go:name>gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase activity</go:name>
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            <go:name>halohydrin hydrogen-halide-lyase B activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the elimination of HCl from a chloropropanol, yielding an epoxypropane.</go:definition>
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            <go:name>L-2-amino-4-chloropent-4-enoate dehydrochlorinase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + L-2-amino-4-chloropent-4-enoate = NH3 + HCl + 2-oxopent-4-enoate.</go:definition>
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            <go:name>S-carboxymethylcysteine synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3-chloro-L-alanine + thioglycolate = S-carboxymethyl-L-cysteine + chloride.</go:definition>
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            <go:name>carbon-nitrogen lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the release of ammonia or one of its derivatives, with the formation of a double bond or ring. Enzymes with this activity may catalyze the actual elimination of the ammonia, amine or amide, eg. CH-CH(-NH-R) = C=CH- + NH2-R. Others, however, catalyze elimination of another component, eg. water, which is followed by spontaneous reactions that lead to breakage of the C-N bond, eg. L-serine ammonia-lyase (EC:4.3.1.17), so that the overall reaction is C(-OH)-CH(-NH2) = CH2-CO- + NH3, i. e. an elimination with rearrangement. The sub-subclasses of EC:4.3 are the ammonia-lyases (EC:4.3.1), lyases acting on amides, amidines, etc. (EC:4.3.2), the amine-lyases (EC:4.3.3), and other carbon-nitrogen lyases (EC:4.3.99).</go:definition>
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            <go:name>amidine-lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the release of amides or amidines by the cleavage of a carbon-nitrogen bond or the reverse reaction with an amide or amidine as a substrate.</go:definition>
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            <go:name>adenylosuccinate lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: N6-(1,2-dicarboxyethyl)AMP = fumarate + AMP.</go:definition>
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            <go:name>argininosuccinate lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-(L-arginino)succinate = fumarate + L-arginine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the cleavage of a carbon-nitrogen bond. Enzymes with this activity are 'miscellaneous' carbon-nitrogen lyases that cannot be grouped into one of the specific subclasses of the carbon-nitrogen lyases.</go:definition>
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            <go:synonym>(-)-(4S)-limonene synthase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: geranyl diphosphate = limonene + diphosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3-deoxy-arabino-heptulosonate 7-phosphate = 3-dehydroquinate + phosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 6-[(1S,2R)-1,2-dihydroxy-3-triphosphooxypropyl]-7,8-dihydropterin = 6-pyruvoyl-5,6,7,8-tetrahydropterin + triphosphate.</go:definition>
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            <go:name>heparin lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the eliminative cleavage of polysaccharides containing 1,4-linked D-glucuronate or L-iduronate residues and 1,4-alpha-linked 2-sulfoamino-2-deoxy-6-sulfo-D-glucose residues to give oligosaccharides with terminal 4-deoxy-alpha-D-gluc-4-enuronosyl groups at their nonreducing ends.</go:definition>
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            <go:name>heparin-sulfate lyase activity</go:name>
            <go:synonym>heparin-sulphate lyase activity</go:synonym>
            <go:synonym>heparitin-sulfate lyase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the elimination of sulfate; appears to act on linkages between N-acetyl-D-glucosamine and uronate. Product is an unsaturated sugar.</go:definition>
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            <go:name>hyaluronate lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: hyaluronate = n 3-(4-deoxy-beta-D-gluc-4-enuronosyl)-N-acetyl-D-glucosamine.</go:definition>
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            <go:name>oligogalacturonide lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4-(4-deoxy-beta-D-gluc-4-enuronosyl)-D-galacturonate = 25-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate.</go:definition>
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            <go:name>pectate disaccharide-lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the eliminative cleavage of 4-(4-deoxy-a-D-galact-4-enuronosyl)-D-galacturonate from the reducing end of pectate, i. e. de-esterified pectin.</go:definition>
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            <go:name>pectate lyase activity</go:name>
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            <go:name>pectin lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the eliminative cleavage of (14)-a-D-galacturonan methyl ester to give oligosaccharides with 4-deoxy-6-O-methyl-a-D-galact-4-enuronosyl groups at their nonreducing ends.</go:definition>
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            <go:name>poly(alpha-L-guluronate) lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the eliminative cleavage of polysaccharides containing a terminal a-L-guluronate group, to give oligopolysaccharides with 4-deoxy-a-L-erythro-hex-4-enuronosyl groups at their nonreducing ends.</go:definition>
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            <go:name>poly(beta-D-mannuronate) lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the eliminative cleavage of polysaccharides containing beta-D-mannuronate residues to give oligosaccharides with 4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronosyl groups at their ends.</go:definition>
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            <go:name>rhamnogalacturonase B activity</go:name>
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            <go:name>xanthan lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the eliminative cleavage of the terminal b-D-mannosyl-b-D-1,4-glucuronosyl linkage of the side-chain of the polysaccharide xanthan, leaving a 4-deoxy-a-L-threo-hex-4-enuronosyl group at the terminus of the side-chain.</go:definition>
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            <go:name>hydro-lyase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the cleavage of a carbon-oxygen bond by elimination of water.</go:definition>
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            <go:name>(3R)-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier protein] dehydratase activity</go:name>
            <go:synonym>(3R)-hydroxymyristoyl-ACP dehydratase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (3R)-3-hydroxytetradecanoyl-[acyl-carrier protein] = tetradecenoyl-[acyl-carrier protein] + H2O.</go:definition>
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            <go:name>(R)-2-methylmalate dehydratase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (R)-2-methylmalate = 2-methylmaleate + H2O.</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxyacyl-CoA dehydratase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: alkene-CoA + H2O = alcohol-CoA. Substrates are crotonoyl-CoA (producing 3-hydroxyacyl-CoA) and 2,3-didehydro-pimeloyl-CoA (producing 3-hydroxypimeloyl-CoA).</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (3R)-3-hydroxybutanoyl-CoA = crotonoyl-CoA + H2O.</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier protein] dehydratase activity</go:name>
            <go:synonym>3-hydroxydecanoyl-ACP dehydratase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (3R)-3-hydroxydecanoyl-[acyl-carrier protein] = 2,3-decenoyl-[acyl-carrier protein] or 3,4-decenoyl-[acyl-carrier protein] + H2O.</go:definition>
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            <go:synonym>3-hydroxyoctanoyl-ACP dehydratase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (3R)-3-hydroxyoctanoyl-[acyl-carrier protein] = H2O + 2-octenoyl-[acyl-carrier protein].</go:definition>
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            <go:name>3-isopropylmalate dehydratase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3-isopropylmalate = 2-isopropylmaleate + H2O.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3-methyl-5-hydroxy-6-(3-carboxy-3-oxopropenyl)-1H-2-pyridon + H2O = CH2CHCOCOOH + 2,5,6-trihydroxy-3-methylpyridine.</go:definition>
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            <go:name>4-alpha-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity</go:name>
            <go:synonym>4a-hydroxytetrahydrobiopterin dehydratase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (6R)-6-(L-erythro-1,2-dihydroxypropyl)-5,6,7,8-tetrahydro-4-alpha-hydroxypterin = (6R)-6-(L-erythro-1,2-dihydroxypropyl)-7,8-dihydro-6H-pterin + H2O.</go:definition>
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            <go:name>4-oxalmesaconate hydratase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-hydroxy-4-oxobutane-1,2,4-tricarboxylate = (E)-4-oxobut-1-ene-1,2,4-tricarboxylate + H2O.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: trans-4-(2-(3-hydroxy)-thionaphthenyl)-2-oxo-3-butenoate + H2O = pyruvate + 3-hydroxy-2-formylbenzothiophene.</go:definition>
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            <go:name>trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate hydratase-aldolase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-oxo-3-enoate-4-benzenoid + H2O = pyruvate + benzaldehyde derivative. Substrates are (3E )-4-(5-amino-2-hydroxy-phenyl)-2-oxo-but-3-ene-1-oic-acid (forms 5-aminosalicylaldehyde) and trans-o-hydroxybenzylidenepyruvate (forms salicylaldehyde).</go:definition>
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            <go:name>tryptophan synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: L-serine + 1-(indol-3-yl)glycerol 3-phosphate = L-tryptophan + glyceraldehyde 3-phosphate + H2O.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4,5-dihydro-4-oxo-5-imidazolepropanoate = urocanate + H2O.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the cleavage of a carbon-oxygen bond. Enzymes with this activity are 'miscellaneous' carbon-oxygen lyases that cannot be grouped into one of the specific subclasses of the carbon-oxygen lyases.</go:definition>
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            <go:synonym>O-acetylserine sulfhydrylase</go:synonym>
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            <go:synonym>sulphoacetaldehyde lyase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-sulfoacetaldehyde + H2O = acetate + SO3(2-) (sulfite).</go:definition>
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            <go:synonym>carbon phosphorous lyase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: alkylphosphonic acid = R-CH3 + phosphate. Substrates include aminomethylphosphonic acid (AMPA) (forms methylamine), dimethylphosphinic acid (forms methylphosphonic acid), glyphosate (forms sarcosine) and methylphosphonic acid (forms phosphate).</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: arsenate + reduced thioredoxin = arsenite + oxidized thioredoxin. Thioredoxin functions as the electron donor for arsenate reduction. The electron flow therefore is NADPH -&gt; thioredoxin reductase -&gt; thioredoxin -&gt; arsenate reductase.</go:definition>
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            <go:name>C-14 sterol reductase activity</go:name>
            <go:synonym>sterol C-14 reductase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reduction of the C14=C15 double bond of 4,4-dimethyl-cholesta-8,14,24-trienol to produce 4,4-dimethyl-cholesta-8,24-dienol.</go:definition>
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            <go:name>C-3 sterol dehydrogenase (C-4 sterol decarboxylase) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the removal of the 3-alpha hydrogen from the 3-ketocarboxylic acid sterol intermediate, resulting in the decarboxylation of the 3-ketocarboxylic acid: acts in the removal of the two C-4 methyl groups of 4,4-dimethylzymosterol in ergosterol biosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>C-4 methyl sterol oxidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the oxidation of the 4-alpha methyl group of 4,4-dimethylzymosterol, the first step in the removal of the two C-4 methyl groups of 4,4-dimethylzymosterol in ergosterol biosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>deacetoxycephalosporin C synthetase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the formation of deacetoxycephalosporin from penicillin N.</go:definition>
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            <go:synonym>dihydroxyphenylalanine dioxygenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the 4,5-ring opening reaction: 3,4-dihydroxyphenylalanine + O2 = 4,5-seco-DOPA. 4,5-seco-DOPA spontaneously recyclizes to form betalamic acid.</go:definition>
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            <go:name>epsilon hydroxylase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the hydroxylation of zeinoxanthin to lutein. Adds hydroxy group to the epsilon ring of the alpha-carotene.</go:definition>
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            <go:name>geranylgeranyl reductase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the formation of phytyl moiety from the stepwise reduction of a geranylgeranyl moiety.</go:definition>
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            <go:name>glycine reductase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: glycine + phosphate + 2 e- = acetyl phosphate + NH4+.</go:definition>
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            <go:synonym>haem-copper terminal oxidase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the four-electron reduction of dioxygen (O2) to water, coupled to generation of a proton electrochemical gradient across a membrane.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-oxo-delta3-4,5,5-trimethylcyclopentenylacetyl-CoA + NADH + H+ + O2 = NAD+ + H2O + delta2,5-3,4,4-trimethylpimelyl-CoA.</go:definition>
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            <go:name>3,5-xylenol methylhydroxylase activity</go:name>
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            <go:synonym>alkanesulphonate monooxygenase activity</go:synonym>
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            <go:name>anthranilate 3-monooxygenase (deaminating) activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-aminobenzoyl-CoA + 2 NADPH + 2 H+ + O2 = 2-amino-5-oxocyclohex-1-enecarboxyl-CoA + H2O + 2 NADP.</go:definition>
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            <go:name>camphor 1,2-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (+)-bornane-2,5-dione + reduced rubredoxin + O2 = 5-oxo-1,2-campholide + oxidized rubredoxin + H2O.</go:definition>
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            <go:synonym>carbon disulphide oxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: carbon disulfide + NADH + H+ + O2 = [S] + H2O + NAD+ + carbonyl sulfide.</go:definition>
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            <go:name>chlorophenol 4-monooxygenase activity</go:name>
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            <go:name>CMP-N-acetylneuraminate monooxygenase activity</go:name>
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            <go:synonym>cytochrome P450 CYP98A3</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the 3-hydroxylation reaction: shikimate or quinate ester of p-coumaric acid + NADPH + H+ + O2 = caffeic acid conjugate (caffeoyl shikimic acid or chlorogenic acid) + H20 + NADP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: toluene + 1/2 O2 = benzyl alcohol or xylene + 1/2 O2 = methylbenzyl alcohol.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors</go:name>
            <go:definition>Catalysis of an oxidation-reduction (redox) reaction in which a CH-OH group act as a hydrogen or electron donor and reduces a hydrogen or electron acceptor.</go:definition>
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            <go:name>D-malate dehydrogenase (decarboxylating) activity</go:name>
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            <go:synonym>NAD-L-malate dehydrogenase</go:synonym>
            <go:synonym>malic dehydrogenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (S)-malate + NAD+ = oxaloacetate + NADH + H+. Also oxidizes some other 2-hydroxydicarboxylic acids.</go:definition>
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            <go:name>malate dehydrogenase (acceptor) activity</go:name>
            <go:synonym>FAD-dependent malate-vitamin K reductase</go:synonym>
            <go:synonym>malate-vitamin K reductase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (S)-malate + acceptor = oxaloacetate + reduced acceptor.</go:definition>
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            <go:synonym>oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, disulphide as acceptor</go:synonym>
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            <go:name>vitamin-K-epoxide reductase (warfarin-sensitive) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + oxidized-dithiothreitol + 2-methyl-3-phytyl-14-naphthoquinone = 14-dithiothreitol + 2,3-epoxy-2,3-dihydro-2-methyl-1,4-naphthoquinone.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: L-usnic acid + NADH + H+ = NAD+ + 2-acetyl-6-(3-acetyl-2,4,6-trihydroxy-5-methyl-phenyl)-3-hydroxy-6-methyl-cyclohexa-2,4-dienone.</go:definition>
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            <go:name>1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate reductoisomerase activity</go:name>
            <go:synonym>DXP-reductoisomerase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate + NADP+ = 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate + NADPH + H+; catalyzes the formation of 2-C-methyl-D-erythritol from 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate as the second step in the non-mevalonate pathway for terpenoid synthesis.</go:definition>
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            <go:name>12-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: NADP+ + 3-alpha,7-alpha,12-alpha-trihydroxy-5-beta-cholanate = NADPH + 3-alpha,7-alpha-dihydroxy-12-oxo-5-beta-cholanate.</go:definition>
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            <go:name>12-beta-hydroxysteroid dehydrogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3-alpha,7-alpha,12-beta-trihydroxy-5-beta-cholanate + NADP+ = 3-alpha,7-alpha-dihydroxy-12-oxo-5-beta-cholanate + NADPH + H+.</go:definition>
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            <go:name>15-hydroxyicosatetraenoate dehydrogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: NAD(P)+ + (15S)-15-hydroxy-5,8,11-cis-13-trans-icosatetraenoate = NAD(P)H + 15-oxo-5,8,11-cis-13-trans-icosatetraenoate.</go:definition>
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            <go:name>15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (5Z,13E)-(15S)-11-alpha,15-dihydroxy-9-oxoprost-13-enoate + NAD+ = (5Z,13E)-11-alpha-hydroxy-9,15-dioxoprost-13-enoate + NADH + H+.</go:definition>
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            <go:name>15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NADP+) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: NADP+ + (5Z,13E)-(15S)-11-alpha,15-dihydroxy-9-oxoprost-13-enoate = NADPH + (5Z,13E)-11-alpha-hydroxy-9,15-dioxoprost-13-enoate.</go:definition>
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            <go:name>15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: NADP+ + (5Z,13E)-(15S)-9-alpha,15-dihydroxy-11-oxoprosta-5,13-dienoate = NADPH + (5Z,13E)-9-alpha-hydroxy-11,15-dioxoprosta-5,13-dienoate.</go:definition>
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            <go:name>15-hydroxyprostaglandin-I dehydrogenase (NADP+) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: NADP+ + (5Z,13E)-(15S)-6,9-alpha-epoxy-11-alpha,15-dihydroxyprosta-5,13-dienoate = NADPH + (5Z,13E)-6,9-alpha-epoxy-11-alpha-hydroxy-15-oxoprosta-5,13-dienoate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-(R)-hydroxypropyl-CoM + NAD+ = 2-oxopropyl-CoM + NADH + H+.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-(S)-hydroxypropyl-CoM + NAD+ = 2-oxopropyl-CoM + NADH + H+.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4-(phosphonooxy)-threonine + NAD+ = 2-amino-3-oxo-4-phosphonooxybutyrate + NADH + H+.</go:definition>
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            <go:synonym>hydroxy-L-proline oxidase</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5-amino-6-(5-phosphoribitylamino)uracil + NADP+ = 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil + NADPH + H+.</go:definition>
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            <go:synonym>17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase</go:synonym>
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            <go:synonym>3-beta-hydroxy-4-alpha-methylcholestenecarboxylate 3-dehydrogenase (decarboxylating) activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: NAD+ + 3-beta-hydroxy-4-alpha-methyl-5-alpha-cholest-7-ene-4-beta-carboxylate = NADH + CO2 + 4-alpha-methyl-5-alpha-cholest-7-en-3-one.</go:definition>
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            <go:synonym>PQQ-dependent alcohol dehydrogenase</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: (1S,2S,4R)-Limonene-1,2-diol + DCPIP+ = DCPIPH + H+ + (1S,4R)-1-Hydroxy-2-oxolimonene.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, quinone or similar compound as acceptor</go:name>
            <go:definition>Catalysis of an oxidation-reduction (redox) reaction in which a CH-OH group acts as a hydrogen or electron donor and reduces a quinone or a similar acceptor molecule.</go:definition>
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            <go:name>pinocarveol dehydrogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: pinocarveol = pinocarvone + 2 H+ + 2 e-.</go:definition>
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            <go:synonym>4-cresol dehydrogenase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>oxidoreductase activity, acting on haem group of donors</go:synonym>
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            <go:synonym>iron-only hydrogenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 reduced ferredoxin + 2 H+ = 2 oxidized ferredoxin + H2. Iron-sulfur-containing hydrogenase ((Fe) hydrogenase) with two ferredoxin-type (4Fe-4S) clusters and an atypical iron-sulfur center believed to be involved in the activation of H2. The (Fe) hydrogenase has the highest specific activity in the evolution and consumption of hydrogen and in the proton-deuterium exchange reaction and this enzyme is the most sensitive to CO and nitrite (NO2(-)).</go:definition>
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            <go:name>nickel hydrogenase activity</go:name>
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            <go:name>nickel-iron hydrogenase activity</go:name>
            <go:synonym>Ni-Fe hydrogenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 reduced ferredoxin + 2 H+ = 2 oxidized ferredoxin + H2. Nickel-(iron-sulfur)-containing hydrogenases ((NiFe) hydrogenases) possess two (4Fe-4S) centers and one (3Fe-xS) cluster in addition to nickel. The redox active nickel is ligated by at least two cysteinyl thiolate residues and the (NiFe) hydrogenases are particularly resistant to inhibitors such as CO and nitrite (NO2(-)).</go:definition>
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            <go:name>nickel-iron-selenium hydrogenase activity</go:name>
            <go:synonym>Ni-Fe-Se hydrogenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 reduced ferredoxin + 2 H+ = 2 oxidized ferredoxin + H2. The nickel-(iron-sulfur)-selenium-containing hydrogenases ((NiFe-Se) hydrogenases) which contain nickel and selenium in equimolecular amounts plus (4Fe-4S) centers.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on hydrogen as donor, NAD or NADP as acceptor</go:name>
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            <go:name>chlorophyll a oxygenase activity</go:name>
            <go:synonym>chlorophyll b synthetase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: chlorophyll a + O2 + NADP+ + H+ = chlorophyll b + H2O + NADPH + H+.</go:definition>
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            <go:synonym>cytochrome c nitrite reductase</go:synonym>
            <go:synonym>multiheme nitrite reductase</go:synonym>
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            <go:synonym>nitrite reductase (cytochrome) activity</go:synonym>
            <go:synonym>nitrite reductase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: nitric oxide + H2O + ferricytochrome c = NO2(-) (nitrite) + ferrocytochrome c + 2 H+.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: trimethylamine + 2 (ferricytochrome c)-subunit + H2O = trimethylamine-N-oxide + 2 (ferrocytochrome c)-subunit + 2 H+ .</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, iron-sulfur protein as acceptor</go:name>
            <go:synonym>oxidoreductase activity, acting on other nitrogenous compounds as donors, iron-sulphur protein as acceptor</go:synonym>
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            <go:name>1,1,2-trichloroethylene reductive dehalogenase activity</go:name>
            <go:synonym>1,1,2-trichloroethene reductive dehalogenase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: trichloroethylene + 2 H+ + 2 e- = HCl + 1,2-dichloroethene.</go:definition>
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            <go:name>1,1-dichloro-2,2-bis(4'-chlorophenyl)ethylene dehalogenase activity</go:name>
            <go:synonym>DDE dehalogenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,1-dichloro-2,2-bis(4'-chlorophenyl)ethylene (DDE) + H+ + 2 e- = Cl- + 1-chloro-2,2-bis(4'-chlorophenyl)ethylene (DDMU).</go:definition>
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            <go:name>1,2-dichloroethene reductive dehalogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,2-dichloroethene + 2 H+ + 2 e- = HCl + vinyl chloride.</go:definition>
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            <go:name>2,4-dichlorophenoxyacetate dehalogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,4-dichlorophenoxyacetic acid + H+ + 2 e- = Cl- + 4-chlorophenoxyacetate.</go:definition>
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            <go:name>2,5-dichlorohydroquinone reductive dehalogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: organohalide + 2 H+ + 2 e- = R-H + HCl. Reactants include chlorohydroquinone (forms hydroquinone) and 2,5-dichlorohydroquinone (forms chlorohydroquinone).</go:definition>
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            <go:name>2-chloro-N-isopropylacetanilide reductive dehalogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-chloro-N-isopropylacetanilide + H+ + 2 e- = Cl- + N-isopropylacetanilide.</go:definition>
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            <go:name>5-chloro-2-hydroxymuconic semialdehyde dehalogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5-chloro-2-hydroxymuconic semialdehyde + H+ + 2 e- = Cl- + 2-hydroxymuconic semialdehyde.</go:definition>
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            <go:synonym>thyroxine deiodinase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4-chlorophenoxyacetate + 1/2 O2 = glyoxylate + 4-chlorophenol.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4-nitrocatechol + O2 + 4 e- + 3 H+ = H2O + NO2(-) (nitrite) + 1,2,4-benzenetriol.</go:definition>
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            <go:name>dimethylsilanediol hydroxylase activity</go:name>
            <go:synonym>DMSD hydroxylase</go:synonym>
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            <go:name>fluorene oxygenase activity</go:name>
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            <go:name>hydroxymethylsilanetriol oxidase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: hydroxymethylsilanetriol + O2 + 2 H+ + 2 e- = 2 H2O + formylsilanetriol.</go:definition>
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            <go:name>methyl tertiary butyl ether 3-monooxygenase activity</go:name>
            <go:synonym>MTBE 3-monooxygenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: methyl tert-butyl ether + 1/2 O2 = tert-butyl alcohol + formaldehyde.</go:definition>
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            <go:name>methylsilanetriol hydroxylase activity</go:name>
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            <go:name>mono-butyltin dioxygenase activity</go:name>
            <go:synonym>MBT dioxygenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: butyltin (MBT) + O2 + 2 H+ + 2 e- = H2O + beta-hydroxybutyltin.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom each of oxygen into both donors</go:name>
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            <go:name>2,4-dichlorophenoxyacetate alpha-ketoglutarate dioxygenase activity</go:name>
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            <go:name>deacetoxycephalosporin C hydroxylase activity</go:name>
            <go:synonym>DACS</go:synonym>
            <go:synonym>beta-lactam hydroxylase</go:synonym>
            <go:synonym>deacetylcephalosporin C synthetase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the hydroxylation of deacetoxycephalosporin C in the 3' position to form deacetylcephalosporin C.</go:definition>
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            <go:name>desacetoxyvindoline 4-hydroxylase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: desacetoxyvindoline + 2-oxoglutarate + O2 = desacetylvindoline + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:synonym>g-butyrobetaine dioxygenase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4-trimethylammoniobutanoate + 2-oxoglutarate + O2 = 3-hydroxy-4-trimethylammoniobutanoate + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:synonym>gibberellin 2-beta-hydroxylase</go:synonym>
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            <go:name>gibberellin 20-oxidase activity</go:name>
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            <go:name>gibberellin 3-beta-dioxygenase activity</go:name>
            <go:synonym>gibberellin 3 beta-hydroxylase</go:synonym>
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            <go:synonym>flavanone 3-hydroxylase</go:synonym>
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            <go:synonym>aspartate beta-hydroxylase</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: peptide L-aspartate + 2-oxoglutarate + O2 = peptide 3-hydroxy-L-aspartate + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: procollagen L-lysine + 2-oxoglutarate + O2 = procollagen 5-hydroxy-L-lysine + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: procollagen L-proline + 2-oxoglutarate + O2 = procollagen trans-3-hydroxy-L-proline + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:synonym>procollagen-proline dioxygenase activity</go:synonym>
            <go:synonym>procollagen-proline,2-oxoglutarate-4-dioxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: procollagen L-proline + 2-oxoglutarate + O2 = procollagen trans-4-hydroxy-L-proline + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine-deoxynucleoside 2'-dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + 2-oxoglutarate + deoxyuridine = CO2 + succinate + uridine.</go:definition>
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            <go:synonym>sulfonate/alpha-ketoglutarate dioxygenase</go:synonym>
            <go:synonym>sulphonate dioxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: sulfonate + 2-oxoglutarate + O2 = SO3(2-) (sulfite) + aminoacetaldehyde + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:synonym>alpha-ketoglutarate-dependent taurine dioxygenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: taurine + 2-oxoglutarate + O2 = SO3(2-) (sulfite) + aminoacetaldehyde + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:name>thymine dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: thymine + 2-oxoglutarate + O2 = 5-hydroxymethyluracil + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:name>trimethyllysine dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: N6,N6,N6-trimethyl-L-lysine + 2-oxoglutarate + O2 = 3-hydroxy-N6,N6,N6-trimethyl-L-lysine + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, another compound as one donor, and incorporation of one atom of oxygen</go:name>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, miscellaneous</go:name>
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            <go:name>3-hydroxybenzoate 2-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3-hydroxybenzoate + donor-H2 + O2 = 2,3-dihydroxybenzoate + acceptor + H2O.</go:definition>
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            <go:synonym>4-methoxybenzoate monooxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4-methoxybenzoate + donor-H2 + O2 = 4-hydroxybenzoate + formaldehyde + acceptor + H2O.</go:definition>
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            <go:synonym>stearyl acyl carrier protein desaturase</go:synonym>
            <go:synonym>stearyl-ACP desaturase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: stearoyl-[acyl-carrier protein] + donor-H2 + O2 = oleoyl-[acyl-carrier protein] + acceptor + H2O. The enzyme requires ferredoxin.</go:definition>
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            <go:synonym>4-androstene-3,17-dione monooxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + donor-H2 + androst-4-ene-3,17-dione = H2O + acceptor + 3-oxo-13,17-secoandrost-4-eno-17,13-alpha-lactone.</go:definition>
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            <go:synonym>zeta-carotene desaturase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: neurosporene + donor-H2 + O2 = lycopene + acceptor + 2 H2O.</go:definition>
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            <go:synonym>acyl-CoA D11-desaturase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: stearoyl-CoA + reduced acceptor + O2 = oleoyl-CoA + acceptor + 2 H2O.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,1,1-trichloro-2,2-bis-(4'-chlorophenyl)ethane (DDT) + O2 + 2 H+ + 2 e- = cis-2,3-dihydrodiol DDT.</go:definition>
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            <go:synonym>D12-fatty acid dehydrogenase activity</go:synonym>
            <go:synonym>linoleate delta-12-fatty acid acetylenase (desaturase) activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: linoleate + donor-H2 + O2 = crepenynate + acceptor + H2O.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: protein N6-(4-aminobutyl)-L-lysine + donor-H2 + O2 = protein N6-((R)-4-amino-2-hydroxybutyl)-L-lysine + acceptor + H2O.</go:definition>
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            <go:name>heme oxygenase (decyclizing) activity</go:name>
            <go:synonym>haem oxygenase (decyclizing) activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: heme + 3 donor-H2 + 3 O2 = biliverdin + Fe2+ + CO + 3 acceptor + 3 H2O.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5-hydroxy-1,4-naphthoquinone + donor-H2 + O2 = 3,5-dihydroxy-1,4-naphthoquinone + acceptor + H2O.</go:definition>
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            <go:name>Latia-luciferin monooxygenase (demethylating) activity</go:name>
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            <go:name>linalool 8-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3,7-dimethylocta-1,6-dien-3-ol + donor-H2 + O2 = (E)-3,7-dimethylocta-1,6-dien-3,8-diol + acceptor + H2O.</go:definition>
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            <go:name>monoprenyl isoflavone epoxidase activity</go:name>
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            <go:name>myristoyl-CoA 11-(E) desaturase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: myristoyl-CoA + NAD(P)H + H+ + O2 = (E)-11-tetradecenoyl-CoA + NAD(P)+ + 2 H2O.</go:definition>
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            <go:name>myristoyl-CoA 11-(Z) desaturase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: myristoyl-CoA + NAD(P)H + H+ + O2 = (Z)-11-tetradecenoyl-CoA + NAD(P)+ + 2 H2O.</go:definition>
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            <go:name>naphthalene disulfonate 1,2-dioxygenase activity</go:name>
            <go:synonym>naphthalene disulphonate 1,2-dioxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (1/2)-unsubstituted naphthalenoid-(2/1)-sulfonate + 2 H+ + 2 e- + O2 = 1,2-dihydroxynaphthalene derivative + HSO3(-). Substrates include naphthalene-1,6-disulfonate (forms 1,2-dihydroxynaphthalene-6-sulfonate), naphthalene-1-sulfonate (forms 1,2-dihydroxynaphthalene), naphthalene-2,6-disulfonate (forms 1,2-dihydroxynaphthalene-6-sulfonate) and naphthalene-2-sulfonate (forms 1,2-dihydroxynaphthalene).</go:definition>
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            <go:name>phylloquinone monooxygenase (2,3-epoxidizing) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + donor-H2 + vitamin K1 = H2O + acceptor + 2,3-epoxy-2,3-dihydro-2-methyl-3-phytyl-1,4-naphthoquinone.</go:definition>
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            <go:name>plasmanylethanolamine desaturase activity</go:name>
            <go:synonym>plasmenylethanolamine desaturase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O-1-alkyl-2-acyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine + donor-H2 + O2 = O-1-alk-1-enyl-2-acyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine + acceptor + 2 H2O.</go:definition>
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            <go:synonym>progesterone 11a-monooxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: progesterone + donor-H2 + O2 = 11-alpha-hydroxyprogesterone + acceptor + H2O.</go:definition>
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            <go:name>prostaglandin-endoperoxide synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: arachidonate + donor-H2 + 2 O2 = prostaglandin H2 + acceptor + H2O.</go:definition>
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            <go:name>steroid 9-alpha-monooxygenase activity</go:name>
            <go:synonym>steroid 9a-monooxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: pregna-4,9(11)-diene-3,20-dione + donor-H2 + O2 = 9,11-alpha-epoxypregn-4-ene-3,20-dione + acceptor + H2O.</go:definition>
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            <go:name>taxadiene 5-alpha-hydroxylase activity</go:name>
            <go:synonym>taxadiene 5a-hydroxylase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + donor-H2 + taxa-4,11-diene = H2O + acceptor + taxa-4(20),11-dien-5-alpha-ol.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD or NADH as one donor, and incorporation of one atom of oxygen</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + NADPH + trans-5-O-(4-coumaroyl)-D-quinate = H2O + NADP+ + trans-5-O-caffeoyl-D-quinate.</go:definition>
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            <go:name>7-deoxyloganin 7-hydroxylase activity</go:name>
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            <go:name>methyltetrahydroprotoberberine 14-monooxygenase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: (S)-N-methylcoclaurine + NADPH + H+ + O2 = (S)-3'-hydroxy-N-methylcoclaurine + NADP+ + H2O.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylcholine 12-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1-acyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine + NADH + O2 = 1-acyl-2-[(S)-12-hydroxyoleoyl]-sn-glycero-3-phosphocholine + NAD+ + H2O.</go:definition>
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            <go:name>protopine 6-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + NADPH + protopine = H2O + NADP+ + 6-hydroxyprotopine.</go:definition>
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            <go:name>quinine 3-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: quinine + NADPH + H+ + O2 = 3-hydroxyquinine + NADP+ + H2O.</go:definition>
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            <go:name>sterol 14-demethylase activity</go:name>
            <go:synonym>cytochrome P450 CYP51</go:synonym>
            <go:synonym>lanosterol 14-alpha-demethylase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: obtusifoliol + 3 O2 + 3 NADPH + 3 H+ = 4-alpha-methyl-5-alpha-ergosta-8,14,24(28)-trien-3-beta-ol + formate + 3 NADP+ + 3 H2O.</go:definition>
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            <go:name>tabersonine 16-hydroxylase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: tabersonine + NADPH + H+ + O2 = 16-hydroxytabersonine + NADP+ + H2O.</go:definition>
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            <go:name>taxane 10-beta-hydroxylase activity</go:name>
            <go:synonym>taxane 10b-hydroxylase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + NADPH + H+ + taxa-4(20),11-dien-5-alpha-yl acetate = H2O + NADP+ + 10-beta-hydroxytaxa-4(20),11-dien-5-alpha-yl acetate.</go:definition>
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            <go:synonym>taxane 13a-hydroxylase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + NADPH + H+ + taxa-4(20),11-dien-5-alpha-ol = H2O + NADP+ + taxa-4(20),11-dien-5-alpha,13-alpha-diol.</go:definition>
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            <go:name>taxifolin 8-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: taxifolin + NAD(P)H + H+ + O2 = 2,3-dihydrogossypetin + NAD(P)+ + H2O.</go:definition>
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            <go:synonym>trans-cinnamate 4-hydroxylase</go:synonym>
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            <go:name>tyrosine N-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: tyrosine + O2 + NADPH + H+ = N-hydroxytyrosine + NADP+ + H2O.</go:definition>
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            <go:name>vanillate monooxygenase activity</go:name>
            <go:synonym>vanillate demethylase (aerobic) activity</go:synonym>
            <go:synonym>vanillate demethylase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: vanillate + O2 + NADH + H+ = 3,4-dihydroxybenzoate + NAD+ + H2O + formaldehyde.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD or NADH as one donor, and incorporation of two atoms of oxygen into one donor</go:name>
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            <go:name>1-indanone monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1-indanone + NADPH + 1/2 O2 = NADP+ + 3,4-dihydrocoumarin.</go:definition>
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            <go:synonym>biphenyl dioxygenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: biphenyl + NADH + H+ + O2 = (2R,3S)-3-phenylcyclohexa-3,5-diene-1,2-diol + NAD; requires Fe2+.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced iron-sulfur protein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen</go:name>
            <go:synonym>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced iron-sulphur protein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: choline + 2 reduced ferredoxin + O2 = betaine aldehyde + 2 oxidized ferredoxin + H2O. This is the first step of glycine betaine synthesis in plants, where it is found in the chloroplast.</go:definition>
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            <go:name>corticosterone 18-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: corticosterone + reduced adrenal ferredoxin + O2 = 18-hydroxycorticosterone + oxidized adrenal ferredoxin + H2O.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced pteridine as one donor, and incorporation of one atom of oxygen</go:name>
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            <go:name>anthranilate 3-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + anthranilate + (tetrahydrobiopterin/tetrahydropteridine) = 3-hydroxanthranilate + H2O + (dihydrobiopterin/dihydropteridine).</go:definition>
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            <go:name>glyceryl-ether monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1-alkyl-sn-glycerol + O2 + (tetrahydrobiopterin/tetrahydropteridine) = 1-hydroxyalkyl-sn-glycerol + H2O + (dihydrobiopterin/dihydropteridine).</go:definition>
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            <go:name>mandelate 4-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (S)-2-hydroxy-2-phenylacetate (S-mandelate) + O2 + (tetrahydrobiopterin/tetrahydropteridine) = (S)-4-hydroxymandelate + H2O + (dihydrobiopterin/dihydropteridine).</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, with 2-oxoglutarate as one donor, and the other dehydrogenated</go:name>
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            <go:name>deacetoxycephalosporin-C synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: penicillin-N + 2-oxoglutarate + O2 = deacetoxycephalosporin C + succinate + CO2 + H2O.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, with NADH or NADPH as one donor, and the other dehydrogenated</go:name>
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            <go:name>(S)-canadine synthase activity</go:name>
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            <go:name>(S)-cheilanthifoline synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + NADPH + S-scoulerine = 2 H2O + NADP+ + S-cheilanthifoline.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + NADPH + R-N-methylcoclaurine + S-N-methylcoclaurine = 2 H2O + NADP+ + berbamunine.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water</go:name>
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            <go:name>linoleoyl-CoA desaturase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: tert-butyl alcohol + 1/2 O2 = 2-methyl-2-hydroxy-1-propanol.</go:definition>
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            <go:synonym>TBT dioxygenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: tri-n-butyltin (TBT) + O2 + 2 H+ + 2 e- = H2O + beta-hydroxybutyldibutyltin.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the conversion of zeaxanthin to antheraxanthin and violaxanthin.</go:definition>
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            <go:name>bromide peroxidase activity</go:name>
            <go:synonym>bromoperoxidase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 R-H + 2 bromide + H2O2 = 2 R-Br + 2 H2O. Enzymes with this activity often accept other halide ions as substrates, including chloride and iodide.</go:definition>
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            <go:name>3-(2,3-dihydroxyphenyl)propionate 1,2-dioxygenase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 8'-apo-beta-carotenol + O2 = 14'-apo-beta-carotenal + H2O.</go:definition>
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            <go:name>methylphenyltetrahydropyridine N-monooxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + 1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine = methanol + 1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine N-oxide.</go:definition>
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            <go:name>phenylalanine 2-monooxygenase activity</go:name>
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            <go:name>Photinus-luciferin 4-monooxygenase (ATP-hydrolyzing) activity</go:name>
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            <go:name>1,1-dichloro-2-(dihydroxy-4-chlorophenyl)-(4-chlorophenyl)ethylene 1,2-dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,1-dichloro-2-(dihydroxy-4'-chorophenyl)-2-(4'-chlorophenyl)ethylene + O2 = 6-oxo-2-hydroxy-7-(4'-chlorophenyl)-3,8,8-trichloroocta-2E,4E,7-trienoate.</go:definition>
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            <go:name>1,2-dihydroxynaphthalene-6-sulfonate 1,8a-dioxygenase activity</go:name>
            <go:synonym>1,2-dihydroxynaphthalene-6-sulphonate 1,8a-dioxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,2-dihydroxynaphthalene-6-sulfonate + O2 = H+ + (Z)-4-(2-hydroxy-5-sulfonatophenyl)-2-oxo-3-butenoate.</go:definition>
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            <go:name>1-hydroxy-2-naphthoate 1,2-dioxygenase activity</go:name>
            <go:synonym>1-hydroxy-2-naphthoate dioxygenase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1-hydroxy-2-naphthoate + O2 = (3E)-4-(2-carboxyphenyl)-2-oxobut-3-enoate.</go:definition>
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            <go:name>2'-aminobiphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2'-aminobiphenyl-2,3-diol + O2 = H+ + 2-hydroxy-6-oxo-(2'-aminophenyl)-hexa-2,4-dienoate.</go:definition>
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            <go:name>2,2',3-trihydroxybiphenyl dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,3-dihydroxybenzenoid + O2 = H+ + distal extradiol ring cleavage. Substrates are 2,2',3-trihydroxybiphenyl (forms 2-hydroxy-6-oxo-6-(2-hydroxyphenyl)-hexa-2,4-dienoate) and 2,2',3-trihydroxydiphenylether (forms 2,3-hydroxy-6-oxo-6-(2-hydroxyphenyl)-hexa-2,4-dienoate).</go:definition>
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            <go:name>2,3-dihydroxy DDT 1,2-dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,3-dihydroxy DDT + O2 = 6-oxo-2-hydroxy-7-(4'-chlorophenyl)-3,8,8,8-tetrachloroocta-2E,4E-dienoate.</go:definition>
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            <go:name>2,3-dihydroxy-ethylbenzene 1,2-dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,3-dihydroxyethylbenzene + O2 = H+ + 2-hydroxy-6-oxoocta-2,4-dienoate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,3-dihydroxy-p-cumate + O2 = 2-hydroxy-3-carboxy-6-oxo-7-methylocta-2,4-dienoate.</go:definition>
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            <go:name>2,3-dihydroxybenzoate 2,3-dioxygenase activity</go:name>
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            <go:name>2,3-dihydroxybenzoate 3,4-dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,3-dihydroxybenzoate + O2 = 3-carboxy-2-hydroxymuconate semialdehyde.</go:definition>
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            <go:name>2,3-dihydroxyindole 2,3-dioxygenase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: O2 + 2',4'-dihydroxyacetophenone = formate + p-hydroxybenzoate.</go:definition>
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            <go:name>2,5-dihydroxypyridine 5,6-dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + O2 + 2,5-dihydroxypyridine = formate + maleamate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5,6-dihydroxy-3-methyl-2-oxo-1,2-dihydroquinoline + O2 = 3-methyl-5-hydroxy-6-(3-carboxy-3-oxopropenyl)-1H-2-pyridon.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on sulfur group of donors, iron-sulfur protein as acceptor</go:name>
            <go:synonym>oxidoreductase activity, acting on sulphur group of donors, iron-sulphur protein as acceptor</go:synonym>
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            <go:name>sulfite reductase (ferredoxin) activity</go:name>
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            <go:name>tetrachloro-p-hyrodoquinone reductive dehalogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: organohalide + 2 GSH = GSSG + HCl + RH. Substrates are 2,3,5,6-tetrachlorohydroquinone (TeCH) (forms 2,3,6-trichlorohydroquinone (TrCH)) and 2,3,6-trichlorohydroquinone (TrCH) (forms 2,6-dichlorohydroquinone (DiCH)).</go:definition>
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            <go:name>2-oxoisovalerate dehydrogenase (acylating) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: NAD+ + coenzyme A + 2-keto-isovalerate = NADH + CO2 + isobutyryl-CoA.</go:definition>
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            <go:name>3-alpha,7-alpha,12-alpha-trihydroxycholestan-26-al 26-oxidoreductase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H2O + NAD+ + 3-alpha,7-alpha,12-alpha-trihydroxy-5-beta-cholestan-26-al = NADH + 3-alpha,7-alpha,12-alpha-trihydroxy-5-beta-cholestanate.</go:definition>
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            <go:name>4-carboxy-2-hydroxymuconate-6-semialdehyde dehydrogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4-carboxy-2-hydroxy-cis,cis-muconate 6-semialdehyde + NADP+ = 4-carboxy-2-hydroxy-cis,cis-muconate + NADPH + H+.</go:definition>
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            <go:synonym>toluene-sulfonate aldehyde dehydrogenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4-formylbenzenesulfonate + NAD+ + H2O = 4-sulfobenzoate + NADH + H+.</go:definition>
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            <go:name>4-hydroxybenzaldehyde dehydrogenase activity</go:name>
            <go:synonym>p-hydroxybenzaldehyde dehydrogenase</go:synonym>
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            <go:name>4-hydroxymuconic-semialdehyde dehydrogenase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate semialdehyde + H2O + NAD+ = 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate + NADH + H+.</go:definition>
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            <go:synonym>aryl-aldehyde dehydrogenase (NADP+) activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: erythrose 4-phosphate + NAD+ = erythronate-4-phosphate + NADH + H+. A step in the pathway to 4-hydroxy-L-threonine, a precursor of pyridoxine.</go:definition>
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            <go:name>pyruvate oxidase (CoA-acetylating) activity</go:name>
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            <go:name>pyruvate oxidase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: retinal + O2 + H2O = retinoate + H2O2.</go:definition>
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            <go:name>vanillate O-demethylase (anaerobic) activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: vanillate + Co(I) = Co(III)-CH3 + 3,4-dihydroxybenzoate.</go:definition>
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            <go:name>pyruvate dehydrogenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the oxidative decarboxylation of pyruvate.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors</go:name>
            <go:definition>Catalysis of an oxidation-reduction (redox) reaction in which a CH-CH group acts as a hydrogen or electron donor and reduces a hydrogen or electron acceptor.</go:definition>
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            <go:name>1-chloro-2,2-bis(4'-chlorophenyl)ethane dehydrogenase activity</go:name>
            <go:synonym>DDMS dehydrogenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1-chloro-2,2-bis(4'-chlorophenyl)ethylene (DDMU) + 2 H+ + 2 e- = 1-chloro-2,2-bis(4'-chlorophenyl)ethane (DDMS).</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,6-dihydroxycyclohexane-1-carboxyl-CoA = 2 H+ + 2 e- + 6-oxo-2-hydroxycyclohexane-1-carboxyl-CoA.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-hydroxycyclohexane-1-carboxyl-CoA = 2 H+ + 2 e- + 2-ketocyclohexane-1-carboxyl-CoA.</go:definition>
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            <go:synonym>sterol-C5-desaturase</go:synonym>
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            <go:synonym>phytochromobilin synthase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (3Z)-phytochromobilin + oxidized ferredoxin = biliverdin IXa + reduced ferredoxin.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: NAD+ + (3S,4R)-3,4-dihydroxycyclohexa-1,5-diene-1,4-dicarboxylate = NADH + CO2 + protocatechuate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 17-O-acetylnorajmaline + NADP+ = 1,2-dihydrovomilenine + NADPH + H+.</go:definition>
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            <go:synonym>1,2-dihydroxy-3-methylcyclohexa-3,5-diene-carboxylate dehydrogenase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,6-dihydroxy-5-methylcyclohexa-2,4-dienecarboxylate + NAD+ = 3-methylcatechol + CO2 + NADH + H+.</go:definition>
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            <go:name>12-oxophytodienoate reductase activity</go:name>
            <go:synonym>12-oxo-phytodienoate reductase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 8-((1R,2R)-3-oxo-2-((Z)-pent-2-enyl)cyclopentyl)octanoate + NADP+ = (15Z)-12-oxophyto-10,15-dienoate + NADPH.</go:definition>
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            <go:synonym>15-oxoprostaglandin 13-reductase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (5Z)-(15S)-11-alpha-hydroxy-9,15-dioxoprostanoate + NAD(P)+ = (5Z)-(15S)-11-alpha-hydroxy-9,15-dioxoprosta-13-enoate + NAD(P)H + H+.</go:definition>
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            <go:synonym>oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, disulphide as acceptor</go:synonym>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1-pyrroline-5-carboxylate + NAD+ + H2O = L-glutamate + NADH + H+.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: N6-(L-1,3-dicarboxypropyl)-L-lysine + NAD+ + H2O = L-lysine + 2-oxoglutarate + NADH + H+.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: N6-(L-1,3-dicarboxypropyl)-L-lysine + NADP+ + H2O = L-glutamate + 2-aminoadipate 6-semialdehyde + NADPH + H+.</go:definition>
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            <go:synonym>F433 independent methylene-H4MPT dehydrogenase</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: R-CH2-NH2 + H2O + acceptor = R-CHO + NH3 + reduced acceptor; acts on aromatic amines and, more slowly, on some long-chain aliphatic amines, but not on methylamine or ethylamine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: a D-amino acid + H2O + acceptor = a 2-oxo acid + NH3 + reduced acceptor.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors, oxygen as acceptor</go:name>
            <go:definition>Catalysis of an oxidation-reduction (redox) reaction in which a CH-NH2 group acts as a hydrogen or electron donor and reduces an oxygen molecule.</go:definition>
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            <go:synonym>cyanocobalamin reductase (NADPH, cyanide-eliminating) activity</go:synonym>
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            <go:name>[methionine synthase] reductase activity</go:name>
            <go:synonym>5-methyltetrahydrofolate-homocysteine methyltransferase reductase</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: (methionine synthase)-cob(II)alamin + NADPH + H+ + S-adenosyl methionine = (methionine synthase)-methylcob(I)alamin + S-adenosylhomocysteine + NADP+.</go:definition>
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            <go:name>ferroxidase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of electrons between pyridine nucleotides (obligatory two-electron carriers) and hemes or (2Fe-2S) centers (obligatory one-electron carriers) in respiration, photosynthesis, and many oxygenase systems.</go:definition>
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            <go:name>phytanoyl-CoA dioxygenase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: phytanoyl-CoA + 2-oxoglutarate + O2 = 2-hydroxyphytanoyl-CoA + succinate + CO2.</go:definition>
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            <go:name>spliceosomal catalysis</go:name>
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            <go:name>first spliceosomal transesterification activity</go:name>
            <go:synonym>lariat formation, 5'-splice site cleavage</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the first transesterification reaction of spliceosomal mRNA splicing. The intron branch site adenosine is the nucleophile attacking the 5' splice site, resulting in cleavage at this position. In cis splicing, this is the step that forms a lariat structure of the intron RNA, while it is still joined to the 3' exon.</go:definition>
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            <go:name>first U12-type spliceosomal transesterification activity</go:name>
            <go:synonym>lariat formation, 5'-splice site cleavage</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the first transesterification reaction of U12-type spliceosomal mRNA splicing. The intron branch site adenosine is the nucleophile attacking the 5' splice site, resulting in cleavage at this position. In cis splicing, this is the step that forms a lariat structure of the intron RNA, which is still joined to the 3' exon. The catalytic site is thought to be formed by U6atac snRNA and/or U2atac snRNA, and/or associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>first U2-type spliceosomal transesterification activity</go:name>
            <go:synonym>lariat formation, 5'-splice site cleavage</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the first transesterification reaction of U2-type spliceosomal mRNA splicing. The intron branch site adenosine is the nucleophile attacking the 5' splice site, resulting in cleavage at this position. In cis splicing, this is the step that forms a lariat structure of the intron RNA, which is still joined to the 3' exon. The catalytic site is thought to be formed by U6 and/or U2 snRNA, and/or associated proteins.</go:definition>
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            <go:synonym>3'-splice site cleavage, exon ligation</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the second transesterification reaction of spliceosomal mRNA splicing. Ligation of the two exons occurs via a transesterification reaction where the free 3'-hydroxyl group of the 5' exon is the nucleophile attacking the 3' splice site. Non-expressed sequences are now detached from the exons. In cis splicing, the intron is in a lariat structure.</go:definition>
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            <go:name>second U12-type spliceosomal transesterification activity</go:name>
            <go:synonym>3'-splice site cleavage, exon ligation</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the second transesterification reaction of U12-type spliceosomal mRNA splicing. Ligation of the two exons occurs via a transesterification reaction where the free 3'-hydroxyl group of the 5' exon is the nucleophile attacking the 3' splice site. Non-expressed sequences are now detached from the exons. In cis splicing, the intron is in a lariat structure. The catalytic site is thought to be formed by U6 and/or U2 snRNAs and/or associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>second U2-type spliceosomal transesterification activity</go:name>
            <go:synonym>3'-splice site cleavage, exon ligation</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the second transesterification reaction of U2-type spliceosomal mRNA splicing. Ligation of the two exons occurs via a transesterification reaction where the free 3'-hydroxyl group of the 5' exon is the nucleophile attacking the 3' splice site. Non-expressed sequences are now detached from the exons. In cis splicing, the intron is in a lariat structure. The catalytic site is thought to be formed by U6 and/or U2 snRNAs and/or associated proteins.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of a group, eg. a methyl group, glycosyl group, acyl group, phosphorus-containing, or other groups, from one compound (generally regarded as the donor) to another compound (generally regarded as the acceptor). Transferase is the systematic name for any enzyme of EC class 2.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of an acyl group from one compound (donor) to another (acceptor), with the acyl group being converted into alkyl on transfer.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: pentanoyl-CoA + H2O + glyoxylate = 3-propylmalate + CoA .</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: dodecanoyl-CoA + H2O + 2-oxoglutarate = (3S,4S)-3-hydroxytetradecane-1,3,4-tricarboxylate + CoA .</go:definition>
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            <go:synonym>sulphoacetaldehyde acetyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: SO3(2-) (sulfite) + acetyl phosphate = 2-sulfoacetaldehyde + phosphate.</go:definition>
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            <go:name>agaritine gamma-glutamyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>agaritine g-glutamyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: agaritine + acceptor-NH2 = 4-hydroxymethylphenylhydrazine + gamma-L-glutamyl-acceptor.</go:definition>
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            <go:name>protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the formation of the N6-(L-isoglutamyl)-L-lysine isopeptide, resulting in cross-linking polypeptide chains; the gamma-carboxamide groups of peptidyl-glutamine residues act as acyl donors, and the 6-amino-groups of peptidyl-lysine residues act as acceptors, to give intra- and intermolecular N6-(5-glutamyl)lysine cross-links.</go:definition>
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            <go:name>UDP-N-acetylmuramoylpentapeptide-lysine N6-alanyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine + L-alanyl-tRNA = UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-N6-(L-alanyl)-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine + tRNA.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 13-hydroxylupinine + (E)-2-methylcrotonoyl-CoA = 13-(2-methylcrotonoyl)oxylupinine + coenzyme A.</go:definition>
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            <go:name>2,3-diaminopropionate N-oxalyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: L-2,3-diaminopropanoate + oxalyl-CoA = N3-oxalyl-L-23-diaminopropanoate + coenzyme A.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: deacetyl-[citrate-oxaloacetate-lyase ((pro-3S)-CH(2)COO(-)-acetate)] + S-acetylphosphopantetheine = [citrate oxaloacetate-lyase ((pro-3S)-CH(2)COO(-)-acetate)] + pantetheine 4'-phosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: acetyl-CoA + n malonyl-CoA + 2n NADH + 2n NADPH + 4n H+ = a long-chain acyl-CoA + n CoA + n CO2 + 2n NAD+ + 2n NADP+.</go:definition>
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            <go:synonym>ACP S-malonyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: malonyl-CoA + [acyl-carrier protein] = CoA + malonyl-[acyl-carrier protein].</go:definition>
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            <go:name>tartronate O-hydroxycinnamoyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-hydroxymalonate + sinapoyl-CoA = sinapoyltartronate + coenzyme A.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,2,3,6-tetrakis-O-galloyl-beta-D-glucose + 1-O-galloyl-beta-D-glucose = 1,2,3,4,6-pentakis-O-galloyl-beta-D-glucose + beta-D-glucose.</go:definition>
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            <go:synonym>CDP-acylglycerol O-arachidonyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:name>glutamine N-phenylacetyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: phenylacetyl-CoA + L-glutamine = CoA + alpha-N-phenylacetyl-L-glutamine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1-alkyl-2-lyso-sn-glycero-3-phosphoethanolamine + 1-alkyl-2-arachidonyl-sn-glycero-3-phosphocholine = 1-alkyl-2-lyso-sn-glycero-3-phosphocholine + 1-alkyl-2-arachidonyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: acetyl-CoA + 8 malonyl-CoA + 11 NADPH + H+ + 10 H+ + S-adenosyl-L-methionine = dihydromonacolin L + 9 CoA + 8 CO2 + 11 NADP+ + S-adenosyl-L-homocysteine + 6 H2O.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: acyl-CoA + n methylmalonyl-CoA + 2n NADPH = multi-methyl-branched acyl-CoA + n CoA + n CO2 + 2n NADP.</go:definition>
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            <go:synonym>flavanone synthase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3 malonyl-CoA + 4-coumaroyl-CoA = 4 CoA + naringenin chalcone + 3 CO2.</go:definition>
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            <go:name>ornithine N-benzoyltransferase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: isovaleryl-CoA + 3 malonyl-CoA = 4 CoASH + 3 CO2 + 3-methyl-1-(2,4,6-trihydroxyphenyl)butan-1-one.</go:definition>
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            <go:name>pinosylvin synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3 malonyl-CoA + cinnamoyl-CoA = 4 CoA + pinosylvin + 4 CO2.</go:definition>
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            <go:name>piperidine N-piperoyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (E,E)-piperoyl-CoA + piperidine = CoA + N-[(E,E)-piperoyl]-piperidine.</go:definition>
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            <go:name>plasmalogen synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: acyl-CoA + 1-O-alk-1-enyl-glycero-3-phosphocholine = CoA + plasmenylcholine.</go:definition>
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            <go:name>propionyl-CoA C2-trimethyltridecanoyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>propionyl-CoA C(2)-trimethyltridecanoyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4,8,12-trimethyltridecanoyl-CoA + propanoyl-CoA = 3-oxopristanoyl-CoA + CoA.</go:definition>
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            <go:name>rosmarinate synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: caffeoyl-CoA + 3-(3,4-dihydroxyphenyl)lactate = CoA + rosmarinate.</go:definition>
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            <go:name>trehalose O-mycolyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 alpha,alpha'-trehalose 6-mycolate = alpha,alpha'-trehalose + alpha,alpha'-trehalose 6,6'-bismycolate.</go:definition>
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            <go:name>trihydroxystilbene synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3 malonyl-CoA + 4-coumaroyl-CoA = 4 CoA + 3,4',5-trihydroxy-stilbene + 4 CO2.</go:definition>
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            <go:name>vinorine synthase activity</go:name>
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            <go:synonym>transferase activity, transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups</go:synonym>
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            <go:synonym>2-dehydro-3-deoxyphosphoheptonate aldolase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-dehydro-3-deoxy-D-arabino-heptonate 7-phosphate + phosphate = phosphoenolpyruvate + D-erythrose 4-phosphate + H2O.</go:definition>
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            <go:name>3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity</go:name>
            <go:synonym>2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: phosphoenolpyruvate + D-arabinose 5-phosphate + H2O = 2-dehydro-3-deoxy-D-octonate 8-phosphate + phosphate.</go:definition>
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            <go:synonym>heme 0 synthase</go:synonym>
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            <go:synonym>phytoene synthase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2 geranylgeranyl diphosphate = diphosphate + prephytoene diphosphate.</go:definition>
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            <go:synonym>thiamine pyridinylase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-methyl-4-amino-5-hydroxymethylpyrimidine diphosphate + 4-4-methyl-5-(2-phosphonooxyethyl)-thiazole = diphosphate + thiamin monophosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of an N-acetylgalactosaminyl residue from UDP-N-acetyl-galactosamine to an oligosaccharide.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-galactosamine + (N-acetylneuraminyl)-D-galactosyl-D-glucosylceramide = UDP + N-acetyl-D-galactosaminyl-(N-acetylneuraminyl)-D-galactosyl-D-glucosylceramide.</go:definition>
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            <go:name>galactosylgalactosylglucosylceramide beta-D-acetylgalactosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: D-galactosyl-(1,4)-D-galactosyl-(1,4)-D-glucosylceramide + UDP-N-acetylgalactosamine = N-acetyl-D-galactosaminyl-(1,3)-D-galactosyl-(1,4)-D-galactosyl-(1,4)-D-glucosylceramide + UDP.</go:definition>
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            <go:name>globoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetyl-D-galactosaminyl-(1,3)-D-galactosyl-(1,4)-D-galactosyl-(1,4)-D-glucosylceramide + UDP-N-acetylgalactosamine = N-acetyl-D-galactosaminyl-N-acetyl-D-galactosaminyl-(1,3)-D-galactosyl-(1,4)-D-galactosyl-(1,4)-D-glucosylceramide + UDP.</go:definition>
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            <go:name>glucuronosyl-N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 4-beta-N-acetylgalactosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>N-acetylgalactosaminyltransferase II activity</go:synonym>
            <go:synonym>glucuronyl-N-acetylgalactosaminylproteoglycan 4-beta-N-acetylgalactosaminyltransferase activity</go:synonym>
            <go:synonym>glucuronyl-N-acetylgalactosaminylproteoglycan beta-1,4-N-acetylgalactosaminyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: D-glucuronyl-N-acetyl-1,3-beta-D-galactosaminylproteoglycan + UDP-N-acetylgalactosamine = N-acetyl-D-galactosaminyl-1,4-beta-D-glucuronyl-N-acetyl-1,3-beta-D-galactosaminylproteoglycan + UDP.</go:definition>
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            <go:synonym>N-acetylgalactosaminyltransferase I activity</go:synonym>
            <go:synonym>glucuronylgalactosylproteoglycan beta-1,4-N-acetylgalactosaminyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: D-glucuronyl-1,3-beta-D-galactosylproteoglycan + UDP-N-acetylgalactosamine = N-acetyl-D-galactosaminyl-1,4-beta-D-glucuronyl-1,3-beta-D-galactosylproteoglycan + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-galactosamine + glycoprotein-alpha-L-fucosyl-(1,2)-D-galactose = UDP + glycoprotein-N-acetyl-alpha-D-galactosaminyl-(1,3)-(alpha-L-fucosyl-(1,2))-D-galactose.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetylneuraminyl-2,3-alpha-D-galactosyl-1,4-beta-D-glucosylceramide + UDP-N-acetylgalactosamine = N-acetyl-beta-D-galactosaminyl-1,4-(N-acetyl-alpha-neuraminyl-2,3)-beta-D-galactosyl-1,4-beta-D-glucosylceramide + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-galactosamine + polypeptide = UDP + N-acetyl-D-galactosaminyl-polypeptide. Catalyzes of the modification of serine or threonine residues in polypeptide chains by the transfer of a N-acetylgalactose from UDP-N-acetylgalactose to the hydroxyl group of the amino acid; it is the first step in O-glycan biosynthesis.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetyl-D-galactosalaminyl-R + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,3-N-acetyl-D-galactosaminyl-R + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,3-N-acetyl-D-galactosaminyl-R + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,6-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,3)-N-acetyl-D-galactosaminyl-R + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + alpha-D-mannosyl-1,3-(R1)-beta-D-mannosyl-R2 = UDP + N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,2-alpha-D-mannosyl-1,3-(R1)-beta-D-mannosyl-R2.</go:definition>
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            <go:synonym>alpha-1,3-mannosylglycoprotein beta-1,4-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + (N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,2)-alpha-D-mannosyl-1,3-(beta-N-acetyl-D-glucosaminyl-1,2-alpha-D-mannosyl-1,6)-beta-D-mannosyl-R = UDP + N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,4-(N-acetyl-D-glucosaminyl-1,2)-alpha-D-mannosyl-1,3-(beta-N-acetyl-D-glucosaminyl-1,2-alpha-D-mannosyl-1,6)-beta-D-mannosyl-R.</go:definition>
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            <go:name>alpha-1,6-mannosyl-glycoprotein 4-beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>mannosyl-glycoprotein beta-1,4-N-acetylglucosaminyl-transferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,6-beta-D-(N-acetyl-B-glucosaminyl-1,2)-beta-D-mannosyl-R + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,6-beta-D-(N-acetyl-D-glucosaminyl-1,2-beta)-(N-acetyl-D-glucosaminyl-1,4-beta)-D-mannosyl-R + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,2-alpha-D-mannosyl-1,3(6)-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,2-alpha-D-mannosyl,1,6(3))-beta-D-mannosyl-1,4-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-R = UDP + N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,2-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,6)-1,2-alpha-D-mannosyl-1,3(6)-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,2-alpha-D-mannosyl-1,6(3))-beta-D-mannosyl-1,4-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-R. Only branched mannose glycopeptides with non-reducing N-acetylglucosamine terminal residues act as acceptors.</go:definition>
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            <go:synonym>alpha-1,6-mannosylglycoprotein beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + alpha-D-mannosyl-1,6-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,2-alpha-D-mannosyl-1,3)-beta-D-mannosyl-R = UDP + N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,2-alpha-D-mannosyl-1,6-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,2-alpha-D-mannosyl-1,3)-beta-D-mannosyl-R.</go:definition>
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            <go:name>beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + beta-D-galactosyl-1,3-N-acetyl-D-galactosaminyl-R = UDP + beta-D-galactosyl-1,3-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,6)-N-acetyl-D-galactosaminyl-R.</go:definition>
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            <go:name>beta-1,4-mannosylglycolipid beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>UDP-N-acetylglucosamine:beta-D-mannosyl-glycolipid beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + beta-D-mannosyl-R = UDP + 4-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl)-beta-D-mannosyl-R.</go:definition>
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            <go:name>beta-galactosyl-N-acetylglucosaminylgalactosylglucosyl-ceramide beta-1,3-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,3-beta-D-galactosyl-1,4-beta-D-glucosylceramide = UDP + N-acetyl-D-glucosaminyl-1,3-beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,3-beta-D-galactosyl-1,4-beta-D-glucosylceramide.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + ((1,4)-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl))(n) = UDP + ((1,4)-(N-acetyl-beta-D-glucosaminyl))(n+1).</go:definition>
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            <go:name>glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-alpha-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>glucuronosyl-N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-a-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: beta-D-glucuronosyl-(1,4)-N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl-proteoglycan + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl-(1,4)-beta-D-glucuronosyl-(1,4)-N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl-proteoglycan + UDP.</go:definition>
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            <go:name>heparan sulfate N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>heparan sulphate N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + heparan sulfate = UDP + (N-acetyl-D-glucosaminyl)-heparan sulfate.</go:definition>
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            <go:name>lactosylceramide 1,3-N-acetyl-beta-D-glucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: cytolipin-H + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = N-acetyl-D-glucosaminyl-1,3-beta-D-galactosyl-1,4-beta-D-glucosylceramide + UDP.</go:definition>
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            <go:name>lipopolysaccharide N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,3-alpha-D-mannosyl-1,2-alpha-D-mannosyl-1,2-alpha-D-mannosyl-D-mannose + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = 1,3-alpha-D-mannosyl-1,2-(N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl-alpha-D-mannosyl)-1,2-alpha-D-mannosyl-D-mannose + UDP.</go:definition>
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            <go:name>N-acetyllactosaminide beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
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            <go:name>N-acetyllactosaminide beta-1,6-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-D-glucosaminyl-R = UDP + N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,6-beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-D-glucosaminyl-R.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
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            <go:name>poly(ribitol-phosphate) N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: poly(ribitol phosphate) + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = N-acetyl-D-glucosaminyl-poly(ribitol phosphate) + UDP.</go:definition>
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            <go:name>protein N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
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            <go:name>steroid N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: estradiol-17-alpha 3-D-glucuronoside + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = 17-alpha-(N-acetyl-D-glucosaminyl)estradiol 3-D-glucuronoside + UDP.</go:definition>
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            <go:name>UDP-N-acetylglucosamine-peptide N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + peptide = UDP + N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-peptide.</go:definition>
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            <go:name>undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide beta-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>undecaprenyldiphospho-muramoylpentapeptide b-N-acetylglucosaminyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: Mur2Ac(oyl-L-Ala-gamma-D-Glu-L-Lys-D-Ala-D-Ala)-diphosphoundecaprenol + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = GlcNAc-(1,4)-Mur2Ac(oyl-L-Ala-gamma-D-Glu-L-Lys-D-Ala-D-Ala)-diphosphoundecaprenol + UDP.</go:definition>
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            <go:synonym>diglucosyl diacylglycerol (DGlcDAG) synthase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,2-diacyl-3-O-(alpha-D-glucopyranosyl)-sn-glycerol + UDP-D-glucose = UDP + 1,2-diacyl-3-O-(alpha-D-glucopyranosyl(1,2)-O-alpha-D-glucopyranosyl)sn-glycerol.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: flavonol 3-O-D-glucoside + UDP-L-rhamnose = flavonol 3-O-L-rhamnosylglucoside + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: (1,2-beta-D-fructosyl)(n) + (1,2-beta-D-fructosyl)(m) = (1,2-beta-D-fructosyl)(n+1) + (1,2-beta-D-fructosyl)(m-1).</go:definition>
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            <go:name>aldose beta-D-fructosyltransferase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: alpha-D-aldosyl1 beta-D-fructoside + D-aldose2 = D-aldose1 + alpha-D-aldosyl2 beta-D-fructoside.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of a fucosyl group to an acceptor molecule, typically another carbohydrate or a lipid.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: GDP-L-fucose + beta-D-galactosyl-(1,3)-N-acetyl-D-glucosaminyl-R = GDP + beta-D-galactosyl-(1,3)-[alpha-L-fucosyl-(1,4)]-N-acetyl-D-glucosaminyl-R.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of an L-fucosyl group from GDP-beta-L-fucose to an acceptor molecule to form an alpha(1,3)-linkage.</go:definition>
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            <go:name>4-galactosyl-N-acetylglucosaminide 3-alpha-L-fucosyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>galactoside 3-L-fucosyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: GDP-beta-L-fucose + beta-D-galactosyl-(1,4)-N-acetyl-D-glucosaminyl-R = GDP + 1,4-beta-D-galactosyl-(1,4)-[alpha-L-fucosyl-(1,4)]-N-acetyl-D-glucosaminyl-R.</go:definition>
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            <go:name>glycoprotein 3-alpha-L-fucosyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>GDP-L-fucose:asparagine-linked N-acetylglucosamine alpha(1,3)-fucosyltransferase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: GDP-L-fucose + N4-{N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,2)-alpha-D-mannosyl-(1,3)-[N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,2)-alpha-D-mannosyl-(1,6)]-beta-D-mannosyl-(1,4)-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,4)-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl}asparagine = GDP + N4-{N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,2)-alpha-D-mannosyl-(1,3)-[N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,2)-alpha-D-mannosyl-(1,6)]-beta-D-mannosyl-(1,4)-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,4)-[alpha-L-fucosyl-(1,3)]-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl}asparagine.</go:definition>
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            <go:name>alpha(1,6)-fucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the transfer of an L-fucosyl group from GDP-beta-L-fucose to an acceptor molecule to form an alpha(1,6)-linkage.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of an L-fucosyl group from GDP-beta-L-fucose to a galactoside acceptor molecule, usually an N-glycan, to form an alpha(1,6)-fucosylated galactoside.</go:definition>
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            <go:name>glycoprotein 6-alpha-L-fucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: GDP-L-fucose + N4-{N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,2)-alpha-D-mannosyl-(1,3)-[N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,2)-alpha-D-mannosyl-(1,6)]-beta-D-mannosyl-(1,4)-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,4)-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl}asparagine = GDP + N4-{N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,2)-alpha-D-mannosyl-(1,3)-[N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,2)-alpha-D-mannosyl-(1,6)]-beta-D-mannosyl-(1,4)-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-(1,4)-[alpha-L-fucosyl-(1,6)]-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl}asparagine.</go:definition>
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            <go:name>galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>alpha(1,2)-L-fucosyltransferase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: GDP-L-fucose + beta-D-galactosyl-R = GDP + alpha-L-fucosyl-(1,2)-beta-D-galactosyl-R.</go:definition>
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            <go:synonym>MGDG synthase</go:synonym>
            <go:synonym>UDP-galactose:diacylglycerol galactosyltransferase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-galactose + 1,2-diacylglycerol = UDP + 3-beta-D-galactosyl-1,2-diacylglycerol.</go:definition>
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            <go:name>2-hydroxyacylsphingosine 1-beta-galactosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-galactose + 2-(2-hydroxyacyl)sphingosine = UDP + 1-(beta-D-galactosyl)-2-(2-hydroxyacyl)sphingosine.</go:definition>
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            <go:name>beta-N-acetylglucosaminylglycopeptide beta-1,4-galactosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-galactose + N-acetyl-beta-D-glucosaminylglycopeptide = UDP + beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-beta-D-glucosaminylglycopeptide.</go:definition>
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            <go:name>fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-galactose + glycoprotein-alpha-L-fucosyl-(1,2)-D-galactose = UDP + glycoprotein-alpha-D-galactosyl-(1,3)-(alpha-L-fucosyl-(1,2))-D-galactose.</go:definition>
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            <go:name>galactinol-raffinose galactosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: raffinose + 1-alpha-D-galactosyl-myo-inositol = stachyose + myo-inositol.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: sucrose + 1-alpha-D-galactosyl-myo-inositol = raffinose + myo-inositol.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 4-beta-D-galactosyl-O-beta-D-xylosylprotein + UDP-galactose = 3-beta-D-galactosyl-4-beta-D-galactosyl-O-beta-D-xylosylprotein + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-galactose + N-acetyl-D-galactosaminyl-(N-acetylneuraminyl)-D-galactosyl-1,4-beta-D-glucosyl-N-acylsphingosine = UDP + D-galactosyl-1,3-beta-N-acetyl-D-galactosaminyl-(N-acetylneuraminyl)-D-galactosyl-D-glucosyl-N-acylsphingosine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetyl-D-glucosaminyl-(1,3)-D-galactosyl-(1,4)-D-glucosylceramide + UDP-galactose = D-galactosyl-N-acetyl-D-glucosaminyl-(1,3)-D-galactosyl-(1,4)-D-glucosylceramide + UDP.</go:definition>
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            <go:synonym>Core 1 GalT</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the addition of a galactosyl residue to a non-reducing O-serine-linked N-acetylgalactosamine residue in an O-glycan.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: indole-3-acetyl-myo-inositol + UDP-galactose = 5-O-(indol-3-ylacetyl-myo-inositol)-D-galactoside + UDP.</go:definition>
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            <go:synonym>inositol 1-alpha-galactosyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: beta-D-galactosyl-(1,4)-D-glucosylceramide + UDP-galactose = alpha-D-galactosyl-(1,4)-beta-D-galactosyl-(1,4)-D-glucosylceramide + UDP.</go:definition>
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            <go:name>lactosylceramide beta-1,3-galactosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: D-galactosyl-1,4-beta-D-glucosyl-R + UDP-galactose = D-galactosyl-1,3-beta-D-galactosyl-1,4-beta-D-glucosyl-R + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-galactose + lipopolysaccharide = UDP + 1,6 alpha-D-galactosyl-lipopolysaccharide.</go:definition>
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            <go:synonym>GO:0003946</go:synonym>
            <go:synonym>N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase activity</go:synonym>
            <go:synonym>beta-galactosyl-N-acetylglucosaminylglycopeptide alpha-1,3-galactosyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: beta-D-galactosyl-(1,4)-beta-N-acetyl-D-glucosaminyl-R + UDP-galactose = alpha-D-galactosyl-(1,3)-beta-D-galactosyl-(1,4)-beta-N-acetyl-D-glucosaminyl-R + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-galactose + procollagen 5-hydroxy-L-lysine = UDP + procollagen 5-(D-galactosyloxy)-L-lysine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: glycerol-3-phosphate + UDP-galactose = 2-(alpha-D-galactosyl)-sn-glycerol 3-phosphate + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3-beta-D-galactosyl-1,2-diacylglycerol + UDP-galactose = alpha-D-galactosyl-beta-D-galactosyldiacylglycerol + UDP.</go:definition>
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            <go:synonym>UDP-galactose:xylose galactosyltransferase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-galactose + O-beta-D-xylosylprotein = UDP + 4-beta-D-galactosyl-O-beta-D-xylosylprotein.</go:definition>
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            <go:name>1,2-diacylglycerol 3-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,2-diacylglycerol + UDP-D-glucose = 3-D-glucosyl-1,2-diacylglycerol + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,2-dihydroxyphenanthrene + UDP-glucose = 2-hydroxy-1-phenanthryl-beta-D-glucopyranoside + UDP.</go:definition>
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            <go:name>1,3-beta-glucan synthase activity</go:name>
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            <go:synonym>callose synthase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-glucose + 1,3-beta-D-glucosyl(n) = UDP + 1,3-beta-D-glucosyl(n+1).</go:definition>
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            <go:name>13-hydroxydocosanoate 13-beta-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 13-hydroxydocosanoate + UDP-D-glucose = 13-beta-D-glucosyloxydocosanoate + UDP.</go:definition>
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            <go:name>2,4-dihydroxy-7-methoxy-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one 2-D-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2,4-dihydroxy-7-methoxy-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one + UDP-D-glucose = 2,4-dihydroxy-7-methoxy-2H-1,4-benzoxazin-3(4H)-one 2-D-glucoside + UDP.</go:definition>
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            <go:name>2-coumarate O-beta-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-coumarate + UDP-D-glucose = trans-beta-D-glucosyl-2-hydroxycinnamate + UDP.</go:definition>
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            <go:name>4-hydroxybenzoate 4-O-beta-D-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: p-hydroxybenzoate + UDP-D-glucose = 4-(beta-D-glucosyloxy)benzoate + UDP.</go:definition>
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            <go:name>alizarin 2-beta-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>alizarin 2-b-glucosyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>dolichyl-P-Glc:Glc1Man9GlcNAc2-PP-dolichyl glucosyltransferase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the addition of the second glucose residue to the lipid-linked oligosaccharide precursor for N-linked glycosylation; the transfer of glucose from dolichyl phosphate glucose (Dol-P-Glc) on to the lipid-linked oligosaccharide Glc(1)Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol.</go:definition>
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            <go:synonym>dolichyl-P-Glc:Man9GlcNAc2-PP-dolichyl glucosyltransferase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the addition of the first glucose residue to the lipid-linked oligosaccharide precursor for N-linked glycosylation; the transfer of glucose from dolichyl phosphate glucose (Dol-P-Glc) on to the lipid-linked oligosaccharide Man(9)GlcNAc(2)-PP-Dol.</go:definition>
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            <go:synonym>isovitexin b-glucosyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>methyl-ONN-azoxymethanol glucosyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetyl-D-glucosaminyldiphosphoundecaprenol + UDP-D-glucose = beta-D-glucosyl-1,4-N-acetyl-D-glucosaminyldiphosphoundecaprenol + UDP.</go:definition>
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            <go:name>nuatigenin 3-beta-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (20S,22S,25S)-22,25-epoxyfurost-5-ene-3-beta,26-diol + UDP-D-glucose = (20S,22S,25S)-22,25-epoxyfurost-5-ene-3-beta,26-diol 3-O-beta-D-glucoside + UDP.</go:definition>
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            <go:name>o-dihydroxycoumarin 7-O-glucosyltransferase activity</go:name>
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            <go:synonym>phenol b-glucosyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: poly(glycerol phosphate) + UDP-D-glucose = alpha-D-glucosylpoly(glycerol phosphate) + UDP.</go:definition>
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            <go:name>poly(ribitol-phosphate) beta-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: poly(ribitol phosphate) + UDP-D-glucose = beta-D-glucosylpoly(ribitol phosphate) + UDP.</go:definition>
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            <go:name>pyridoxine 5'-O-beta-D-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: pyridoxine + UDP-D-glucose = 5'-O-beta-D-glucosylpyridoxine + UDP.</go:definition>
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            <go:name>salicyl-alcohol beta-D-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>salicyl-alcohol b-D-glucosyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:name>sarsapogenin 3-beta-glucosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: (25S)-5-beta-spirostan-3-beta-ol + UDP-D-glucose = (25S)-5-beta-spirostan-3-beta-ol 3-O-beta-D-glucoside + UDP.</go:definition>
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            <go:name>asioloorosomucoid beta-1,3-glucuronosyltransferase activity</go:name>
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            <go:name>ecdysteroid UDP-glucuronosyltransferase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer, in a beta 1,3 linkage, of D-glucuronic acid (GlcUA) from UDP-GlcUA to the disaccharide galactosyl beta-1,3 N-acetylgalactosamine, a common component of glycoproteins and glycolipids.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: luteolin 7-O-beta-D-glucuronide + UDP-D-glucuronate = luteolin 7-O-[beta-D-glucuronosyl-(1,2)-beta-D-glucuronide]-4'-O-beta-D-glucuronide + UDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: luteolin 7-O-glucuronide + UDP-D-glucuronate = luteolin 7-O-beta-D-diglucuronide + UDP.</go:definition>
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            <go:synonym>N-acetylgalactosaminyl-proteoglycan 3-b-glucuronosyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetyl-beta-D-galactosaminyl-(1,4)-beta-D-glucuronosyl-proteoglycan + UDP-alpha-D-glucuronate = beta-D-glucuronosyl-(1,3)-N-acetyl-beta-D-galactosaminyl-(1,4)-beta-D-glucuronosyl-proteoglycan + UDP.</go:definition>
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            <go:synonym>N-acetylglucosaminyl-proteoglycan 4-b-glucuronosyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl-(1,4)-beta-D-glucuronosyl-proteoglycan + UDP-alpha-D-glucuronate = beta-D-glucuronosyl-(1,4)-N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl-(1,4)-beta-D-glucuronosyl-proteoglycan + UDP.</go:definition>
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            <go:name>N-acetyllactosamine beta-1,3-glucuronosyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>galactosyl beta-1,4 N-acetylglucosamine beta-1,3 glucuronosyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the transfer, in a beta 1,3 linkage, of D-glucuronic acid (GlcUA) from UDP-GlcUA to N-acetyllactosamine (galactosyl beta-1,4-N-acetylglucosamine).</go:definition>
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            <go:name>hyaluronan synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-D-glucuronate + UDP-N-acetyl-D-glucosamine = [beta-N-acetyl-D-glucosaminyl(1,4)beta-D-glucuronosyl(1,3)](n)+ 2n UDP.</go:definition>
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            <go:name>inulosucrase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: sucrose + 2,1-beta-D-fructosyl(n) = glucose + 2,1-beta-D-fructosyl(n+1).</go:definition>
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            <go:name>levansucrase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: sucrose + 2,6-beta-D-fructosyl(n) = glucose + 2,6-beta-D-fructosyl(n+1).</go:definition>
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            <go:name>linamarin synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-glucose + 2-hydroxy-2-methylpropanenitrile = UDP + linamarin.</go:definition>
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            <go:name>lipid-A-disaccharide synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-2,3-bis(3-hydroxytetradecanoyl)glucosamine + 2,3-bis(3-hydroxytetradecanoyl)-beta-D-glucosaminyl 1-phosphate = UDP + 2,3-bis(3-hydroxytetradecanoyl)-D-glucosaminyl-1,6-beta-D-2,3-bis(3-hydroxytetradecanoyl)-beta-D-glucosaminyl 1-phosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: lipopolysaccharide + UDP-N-acetylmannosaminouronate = N-acetyl-beta-D-mannosaminouronosyl-1,4-lipopolysaccharide + UDP.</go:definition>
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            <go:name>maltose synthase activity</go:name>
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            <go:name>mannosyl-3-phosphoglycerate synthase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: GDP-mannose + 3-phospho-D-glycerate = GDP + 2-(alpha-D-mannosyl)-3-phosphoglycerate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of a mannosyl group to an acceptor molecule, typically another carbohydrate or a lipid.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: undecaprenyl phosphate + GDP-mannose = D-mannosyl-1-phosphoundecaprenol + GDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-acetyl-D-glucosaminyldiphosphoundecaprenol + UDP-N-acetyl-D-mannosamine = N-acetyl-beta-D-mannosaminyl-1,4-N-acetyl-D-glucosaminyldiphosphoundecaprenol + UDP.</go:definition>
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            <go:synonym>dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycosyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: dolichyl diphosphooligosaccharide + protein L-asparagine = dolichyl diphosphate + a glycoprotein with the oligosaccharide chain attached by glycosylamine linkage to protein L-asparagine.</go:definition>
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            <go:name>peptidoglycan glycosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: n bactoprenyldiphospho-N-acetylmuramoyl-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-alanyl-D-glutamyl-meso-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine = a polymer with n linked disaccharide subunits.</go:definition>
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            <go:name>phenanthrol glycosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: phenanthrol + glucose = phenanthryl-beta-D-glucopyranoside + H2O.</go:definition>
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            <go:name>9-phenanthrol glycosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 9-phenanthrol + glucose = 9-phenanthryl-beta-D-glucopyranoside + H2O.</go:definition>
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            <go:name>phosphorylase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,4-alpha-D-glucosyl(n) + phosphate = 1,4-alpha-D-glucosyl(n-1) + alpha-D-glucose 1-phosphate. The name should be qualified in each instance by adding the name of the natural substrate, eg. maltodextrin phosphorylase, starch phosphorylase, glycogen phosphorylase.</go:definition>
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            <go:synonym>1,3-beta-glucan phosphorylase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,3-beta-D-glucosyl(n) + phosphate = 1,3-beta-D-glucosyl(n-1) + alpha-D-glucose 1-phosphate.</go:definition>
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            <go:name>1,3-beta-galactosyl-N-acetylhexosamine phosphorylase activity</go:name>
            <go:synonym>1,3-b-galactosyl-N-acetylhexosamine phosphorylase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: phosphate + beta-D-galactopyranosyl-(1,3)-N-acetyl-D-glucosamine = N-acetyl-D-glucosamine + alpha-D-galactopyranose 1-phosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,3-b-D-glucosyl(n) + phosphate = 1,3-b-D-glucosyl(n-1) + a-D-glucose 1-phosphate.</go:definition>
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            <go:name>cellodextrin phosphorylase activity</go:name>
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            <go:name>polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-D-galacturonate + 1,4-alpha-D-galacturonosyl(n) = 1,4-alpha-D-galacturonosyl(n+1) + UDP.</go:definition>
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            <go:name>UDP-galacturonosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-galacturonate + acceptor = UDP + acceptor beta-D-galacturonide.</go:definition>
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            <go:name>UDP-sulfoquinovose:DAG sulfoquinovosyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>UDP-sulphoquinovose:DAG sulphoquinovosyltransferase activity</go:synonym>
            <go:synonym>sulfolipid synthase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-sulfoquinovose + 1,2-diacylglycerol = sulfoquinovosyldiacylglycerol + UDP.</go:definition>
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            <go:name>xyloglucan:xyloglucosyl transferase activity</go:name>
            <go:synonym>endoxyloglucan transferase</go:synonym>
            <go:synonym>xyloglucan endotransglycosylase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the cleavage of a beta-(1-&gt;4) bond in the backbone of a xyloglucan and transfers the xyloglucanyl segment on to O-4 of the non-reducing terminal glucose residue of an acceptor, which can be a xyloglucan or an oligosaccharide of xyloglucan.</go:definition>
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            <go:name>transferase activity, transferring other glycosyl groups</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the transfer of a glycosyl group, other than hexosyl or pentosyl, from one compound (donor) to another (acceptor).</go:definition>
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            <go:name>murein lytic endotransglycosylase E activity</go:name>
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            <go:name>sialyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the formation of sialylglycoconjugates via transfer of the sialic acid group from CMP to one of several glycoconjugate acceptors.</go:definition>
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            <go:name>alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: CMP-N-acetylneuraminate + glycano-1,3-(N-acetyl-alpha-D-galactosaminyl)-glycoprotein = CMP + glycano-(2,6-alpha-N-acetylneuraminyl)-(N-acetyl-D-galactosaminyl)-glycoprotein.</go:definition>
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            <go:name>alpha-N-acetylneuraminate alpha-2,8-sialyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>alpha-N-acetylneuraminide alpha-2,8-sialyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: CMP-N-acetylneuraminate + alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-beta-D-galactosyl-R = CMP + alpha-N-acetylneuraminyl-2,8-alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-beta-D-galactosyl-R.</go:definition>
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            <go:name>alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-alpha-galactosyl-1,3-N-acetyl-galactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>(alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-alpha-galactosyl-1,3)-N-acetyl-galactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-beta-D-galactosyl-1,3-N-acetyl-D-galactosaminyl-R + CMP-N-acetylneuraminate = alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-beta-D-galactosyl-1,3-(alpha-N-acetylneuraminyl-2,6)-N-acetyl-D-galactosaminyl-R + CMP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: CMP-N-acetylneuraminate + beta-D-galactosyl-1,3-N-acetyl-alpha-D-galactosaminyl-R = CMP + alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-beta-D-galactosyl-1,3-N-acetyl-alpha-D-galactosaminyl-R.</go:definition>
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            <go:name>beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>beta-galactosamide alpha-2,6-sialyltransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: CMP-N-acetylneuraminate + beta-D-galactosyl-1,4-acetyl-beta-D-glucosamine = CMP + alpha-N-acetylneuraminyl-2,6-beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-beta-D-glucosamine.</go:definition>
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            <go:name>galactosyldiacylglycerol alpha-2,3-sialyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1,2-diacyl-3-beta-D-galactosyl-sn-glycerol + CMP-N-acetylneuraminate = 1,2-diacyl-3-[3-(alpha-D-N-acetylneuraminyl)-beta-D-galactosyl]-sn-glycerol + CMP.</go:definition>
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            <go:name>lactosylceramide alpha-2,3-sialyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: cytolipin-H + CMP-N-acetylneuraminate = GM3 + CMP.</go:definition>
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            <go:name>lactosylceramide alpha-2,6-N-sialyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: cytolipin-H + CMP-N-acetylneuraminate = alpha-N-acetylneuraminyl-2,6-beta-galactosyl-1,4-beta-D-glucosylceramide + CMP.</go:definition>
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            <go:name>monosialoganglioside sialyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: D-galactosyl-N-acetyl-D-galactosaminyl-(N-acetylneuraminyl)-D-galactosyl-D-glucosylceramide + CMP-N-acetylneuraminate = N-acetylneuraminyl-D-galactosyl-N-acetyl-D-galactosaminyl-(N-acetylneuraminyl)-D-galactosyl-D-glucosylceramide + CMP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: CMP-N-acetylneuraminate + beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-D-glucosaminyl-glycoprotein = CMP + alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-D-glucosaminyl-glycoprotein.</go:definition>
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            <go:name>neolactotetraosylceramide alpha-2,3-sialyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: CMP-N-acetylneuraminate + beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,3-beta-D-galactosyl-1,4-beta-D-glucosylceramide = CMP + alpha-N-acetylneuraminyl-2,3-beta-D-galactosyl-1,4-N-acetyl-beta-D-glucosaminyl-1,3-beta-D-galactosyl-1,4-D-glucosylceramide.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-D-xylose + 1,4-b-D-xylan(n) = UDP + 1,4-b-D-xylan(n+1).</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5'-methylthioadenosine + phosphate = adenine + 5-methylthio-D-ribose 1-phosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5-phospho-beta-D-ribosylamine + diphosphate + L-glutamate = L-glutamine + 5-phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate + H2O.</go:definition>
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            <go:name>anthranilate phosphoribosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: N-(5-phospho-D-ribosyl)-anthranilate + diphosphate = anthranilate + 5-phospho-a-D-ribose 1-diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>ATP phosphoribosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 1-(5-phospho-D-ribosyl)-ATP + diphosphate = ATP + 5-phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>dioxotetrahydropyrimidine phosphoribosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: pyrophosphate + a 2,4-dioxotetrahydropyrimidine D-ribonucleotide = PRPP + a 2,4-dioxotetrahydropyrimidine.</go:definition>
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            <go:name>dTDP-dihydrostreptose-streptidine-6-phosphate dihydrostreptosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: streptidine 6-phosphate + dTDP-L-dihydrostreptose = O-1,4-alpha-L-dihydrostreptosyl-streptidine 6-phosphate + dTDP.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-apiose + 7-O-beta-D-glucosyl-5,7,4'-trihydroxyflavone = UDP + 7-O-(beta-D-apiofuranosyl-1,2-beta-D-glucosyl)-5,7,4'-trihydroxyflavone.</go:definition>
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            <go:name>guanosine phosphorylase activity</go:name>
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            <go:name>hypoxanthine phosphoribosyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: IMP + diphosphate = hypoxanthine + 5-phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-L-arabinose + indol-3-ylacetyl-myo-inositol = UDP + indol-3-ylacetyl-myo-inositol L-arabinoside.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transfer of the ADP-ribose moiety of NAD+ to the amino group at N2 of 2'-deoxyguanosine to yield N2-(alpha-ADP-ribos-1-yl)-2'-deoxyguanosine and its beta form.</go:definition>
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            <go:synonym>NAD(P)-arginine ADP-ribosyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: nicotinate D-ribonucleotide + diphosphate + CO2 = pyridine-2,3-dicarboxylate + 5-phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5-phospho-alpha-D-ribose 1-diphosphate + xanthine = (9-D-ribosylxanthine)-5'-phosphate + diphosphate; substrate specificity for xanthine.</go:definition>
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            <go:synonym>glycoprotein 2-b-D-xylosyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>ornithine-oxo-acid aminotransferase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>GO:0018709</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 5-methyl-5,6,7,8-tetrahydromethanopterin + 2-mercaptoethanesulfonate = 5,6,7,8-tetrahydromethanopterin + 2-(methylthio)ethanesulfonate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: S-adenosyl-L-methionine + 5-alpha-cholest-8,24-dien-3-beta-ol = S-adenosyl-L-homocysteine + 24-methylene-5-alpha-cholest-8-en-3-beta-ol.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: S-adenosyl-L-methionine + palmatine + 2 NADPH + H+ = S-adenosyl-L-homocysteine + corydaline + 2 NADP+.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: S-adenosyl-L-methionine + DNA cytosine = S-adenosyl-L-homocysteine + DNA 5-methylcytosine at a specific recognition sequence within the target DNA.</go:definition>
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            <go:synonym>trimethylsulphonium-tetrahydrofolate N-methyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:name>caffeoyl-CoA O-methyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>caffeoyl coenzyme A methyltransferase</go:synonym>
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            <go:synonym>trans-caffeoyl-CoA 3-O-methyltransferase</go:synonym>
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            <go:name>catechol O-methyltransferase activity</go:name>
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            <go:name>demethylsterigmatocystin 6-O-methyltransferase activity</go:name>
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            <go:name>farnesoic acid O-methyltransferase activity</go:name>
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            <go:name>magnesium protoporphyrin IX methyltransferase activity</go:name>
            <go:synonym>magnesium-protoporphyrin O-methyltransferase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: S-adenosyl-L-methionine + 10-hydroxydihydrosanguinarine = S-adenosyl-L-homocysteine + dihydrochelirubine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: S-adenosyl-L-methionine + 12-hydroxydihydrochelirubine = S-adenosyl-L-homocysteine + dihydromacarpine.</go:definition>
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            <go:name>3,7-dimethylquercitin 4'-O-methyltransferase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: S-adenosyl-L-methionine + 3',4',5-trihydroxy-3,7-dimethoxyflavone = S-adenosyl-L-homocysteine + 3',5-dihydroxy-3,4',7-trimethoxy-flavone.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: S-adenosyl-L-methionine + 3',4',5,7-tetrahydroxy-3-methoxyflavone = S-adenosyl-L-homocysteine + 3',4',5-trihydroxy-3,7-dimethoxy-flavone.</go:definition>
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            <go:name>isoflavone 4'-O-methyltransferase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: S-adenosyl-L-methionine + 3',4',5,6-tetrahydroxy-3,7-dimethoxy-flavone = S-adenosyl-L-homocysteine + 3',4',5-trihydroxy-3,6,7-trimethoxyflavone.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: DNA (containing 6-O-methylguanine) + (protein)-L-cysteine = DNA (without 6-O-methylguanine) + protein S-methyl-L-cysteine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1). Deoxycytidyl transferase that leads to the insertion of a dCMP residue opposite a template basic site in DNA; may also insert dCMP opposite template guanine, adenine or uracil. Insertion produces a terminus that can be extended by zeta DNA polymerase (GO:0003894).</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the synthesis of inositol phosphoceramide (IPC). Fungi transfer phosphoinositol to the C1 hydroxyl of ceramide to make inositol phosphoceramide.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: ATP + 2,3-dihydroxybenzoate = diphosphate + (2,3-dihydroxybenzoyl)adenylate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: CTP + 3-deoxy-D-manno-octulosonate = diphosphate + CMP-3-deoxy-D-manno-octulosonate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1). A DNA-directed DNA polymerase that may be specific to lymphoid cells and play a role in the somatic hypermutation of antibody genes.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1). The function required for sister-chromatid adhesion.</go:definition>
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            <go:name>theta DNA polymerase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1).</go:definition>
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            <go:name>zeta DNA polymerase activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1). A DNA-directed DNA polymerase that functions during replication, to promote the extension of forks whose progression is stopped for any reason; a non-processive enzyme with no 3'-5' exonuclease activity; possesses deoxycytidyl transferase activity, incorporating deoxycytidyl opposite abasic sites. Functions during DNA repair and mutagenesis. Composed of two subunits.</go:definition>
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            <go:name>DNA-directed RNA polymerase activity</go:name>
            <go:synonym>GO:0000129</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: nucleoside triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1), while utilizing a DNA template: i. e. the catalysis of DNA-template-directed extension of the 3'-end of an RNA strand by one nucleotide at a time. Can initiate a chain 'de novo'.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the template-independent extension of the 3'- end of an RNA or DNA strand by addition of one adenosine molecule at a time. Cannot initiate a chain 'de novo'. The primer, depending on the source of the enzyme, may be an RNA or DNA fragment, or oligo(A) bearing a 3'-OH terminal group.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1). Catalyzes RNA-template-directed extension of the 3'- end of a DNA strand by one deoxynucleotide at a time.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: deoxynucleoside triphosphate + DNA(n) = diphosphate + DNA(n+1). Catalyzes extension of the 3'- end of a DNA strand by one deoxynucleotide at a time using an internal RNA template that encodes the telomeric repeat sequence.</go:definition>
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            <go:synonym>telomerase, template</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: CoA + apo-[acyl-carrier protein] = adenosine 3',5'-bisphosphate + holo-[acyl-carrier protein].</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: phosphatidylglycerol + membrane-derived-oligosaccharide D-glucose = 1,2-diacyl-sn-glycerol + membrane-derived-oligosaccharide 6-(glycerophospho)-D-glucose.</go:definition>
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            <go:name>cardiolipin synthase activity</go:name>
            <go:synonym>diphosphatidylglycerol synthase</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine + undecaprenyl phosphate = UMP + N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-L-lysyl-D-alanyl-D-alanine-diphosphoundecaprenol.</go:definition>
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            <go:synonym>sphingosine choline phosphotransferase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>ATP:dephospho-CoA 5-triphosphoribosyl transferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: ATP + 3-dephospho-CoA = 2'-(5''-triphosphoribosyl)-3'-dephospho-CoA + adenine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-glucosamine + UDP-galactose = UDP-N-acetyl-6-(D-galactose-1-phospho)-D-glucosamine + UMP.</go:definition>
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            <go:synonym>UDP-N-acetylglucosamine-dolichyl-phosphate N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>guanidoacetate kinase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + cortisol = adenosine 3',5'-bisphosphate + cortisol 21-sulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>desulphoglucosinolate sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: desulfoglucotropeolin + 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) = glucotropeolin + adenosine 3',5'-bisphosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + estrone = adenosine 3',5'-bisphosphate + estrone 3-sulfate.</go:definition>
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            <go:name>galactose 3-O-sulfotransferase activity</go:name>
            <go:synonym>Gal-3-O-sulfotransferase activity</go:synonym>
            <go:synonym>galactose 3-O-sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: Gal-beta-(1,4)-GlcNAc (N-acetyllactosamine) + 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) = 3-sulfo-Gal-beta-(1,4)-GlcNAc (3-sulfo-N-acetyllactosamine) + adenosine 3',5'-bisphosphate. N-acetyllactosamine residues are found in a number of different carbohydrate types.</go:definition>
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            <go:name>galactosylceramide sulfotransferase activity</go:name>
            <go:synonym>cerebroside sulfotransferase activity</go:synonym>
            <go:synonym>galactosylceramide sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + a galactosylceramide = adenosine 3',5'-bisphosphate + a galactosylceramidesulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>heparin-glucosamine 3-O-sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + heparin-glucosamine = adenosine 3',5'-bisphosphate + heparin-glucosamine 3-O-sulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>HNK-1 sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the synthesis of the HKK-1 carbohydrate epitope; adds a sulfate group to a precursor, GlcA-beta-(1,3)-Gal-beta-(1,4)-GlcNAc-beta-(1-&gt;R), forming sulfo-3GlcA-beta-(1,3)-Gal-beta-(1,4)-GlcNAc-beta-(1-&gt;R).</go:definition>
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            <go:name>keratan sulfotransferase activity</go:name>
            <go:synonym>keratan sulfate Gal-6-sulfotransferase</go:synonym>
            <go:synonym>keratan sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + keratan = adenosine 3',5'-bisphosphate + keratan 6'-sulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>N-acetylgalactosamine 4-O-sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + N-acetyl-D-galactosamine = adenosine 3',5'-bisphosphate + N-acetyl-D-galactosamine 4-sulfate.</go:definition>
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            <go:name>N-acetylgalactosamine 4-sulfate 6-O-sulfotransferase activity</go:name>
            <go:synonym>N-acetylgalactosamine 4-sulphate 6-O-sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + N-acetyl-D-galactosamine 4-sulfate (in chondroitin sulfate) = adenosine 3',5'-bisphosphate + N-acetyl-D-galactosamine 4,6-bissulfate. Functions on nonreducing terminal and internal GalNAc(4SO(4)) residues contained in chondroitin sulfate A and dermatan sulfate (chondroitin sulfate B).</go:definition>
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            <go:synonym>N-acetylglucosamine 6-O-sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + N-acetyl-D-glucosamine = adenosine 3',5'-bisphosphate + N-acetyl-D-glucosamine 6-sulfate.</go:definition>
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            <go:name>proteoglycan sulfotransferase activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + proteoglycan = adenosine 3',5'-bisphosphate + proteoglycan sulfate. A proteoglycan is a glycoprotein whose carbohydrate units are glycosaminoglycans.</go:definition>
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            <go:synonym>psychosine sulphotransferase activity</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: quercetin 3,3'-bissulfate + 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) = quercetin 3,3',7-trissulfate + adenosine 3',5'-bisphosphate.</go:definition>
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            <go:synonym>quercetin-3-sulphate 3'-sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: quercetin 3-sulfate + 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) = quercetin 3,3'-bissulfate + adenosine 3',5'-bisphosphate.</go:definition>
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            <go:synonym>quercetin-3-sulphate 4'-sulphotransferase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>Renilla-luciferin sulphotransferase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>trans-3,4-dihydrodiolphenanthrene sulphotransferase activity</go:synonym>
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            <go:synonym>trans-9R,10R-dihydrodiolphenanthrene sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: trans-9R,10R-dihydrodiolphenanthrene + 2 X-SO3(-) = 2 HX + phenanthrene-9,10-dihydrodiolsulfate conjugate.</go:definition>
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            <go:synonym>triglucosylalkylacylglycerol sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: alpha-D-glucosyl-1,6-alpha-D-glucosyl-1,6-alpha-D-glucosyl-1,3-1-O-alkyl-2-O-acylglycerol + 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) = 6-sulfo-alpha-D-glucosyl-1,6-alpha-D-glucosyl-1,6-alpha-D-glucosyl-1,3-1-O-alkyl-2-O-acylglycerol + adenosine 3',5'-bisphosphate.</go:definition>
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            <go:synonym>tyrosine-ester sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) + L-tyrosine methyl ester = adenosine 3',5'-bisphosphate + L-tyrosine methyl ester 4-sulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>UDP-N-acetylgalactosamine-4-sulphate sulphotransferase activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: UDP-N-acetyl-D-galactosamine 4-sulfate + 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS) = UDP-N-acetyl-D-galactosamine 4,6-bissulfate + adenosine 3',5'-bisphosphate.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: 2-(methylthio)ethanesulfonate (methyl-CoM) + N-(7-mercaptoheptanoyl)threonine 3-O-phosphate (coenzyme B) = CoM-S-S-CoB + methane.</go:definition>
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            <go:name>fimbrium-specific chaperone activity</go:name>
            <go:definition>Assists in the correct assembly of fimbria, extracellular organelles that are used to attach a bacterial cell to a surface, but is not a component of the fimbrium when performing its normal biological function.</go:definition>
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            <go:name>glycoprotein-specific chaperone activity</go:name>
            <go:definition>Assists in the correct, non-covalent assembly of glycoproteins in vivo, but is not a component of the assembled structures when performing its normal biological function. Utilizes a lectin site as a means to associate with the unfolded glycoproteins.</go:definition>
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            <go:name>heat shock protein activity</go:name>
            <go:definition>Any of a group of specific proteins that are synthesized by both prokaryotic and eukaryotic cells after they have been exposed to a temperature that is higher than normal. Other stresses, eg. free radical damage, have a similar effect. Many members of the hsp family are not induced but are present in all cells. They are characterized by their role as molecular chaperones.</go:definition>
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            <go:definition>Assists in chromatin assembly by chaperoning histones on to replicating DNA, but is not a component of the assembled nucleosome when performing its normal biological function.</go:definition>
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            <go:name>superoxide dismutase copper chaperone activity</go:name>
            <go:definition>A copper chaperone specifically delivering copper to the Cu-Zn superoxide dismutase (GO:0004785).</go:definition>
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            <go:definition>Assists in the correct assembly of ribosomes or ribosomal subunits in vivo, but is not a component of the assembled ribosome when performing its normal biological function.</go:definition>
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            <go:definition>Assists in the correct, non-covalent assembly of tubulin-containing structures in vivo, but is not a component of the assembled structures when performing its normal biological function.</go:definition>
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            <go:synonym>L-ornithine carboxy-lyase activator activity</go:synonym>
            <go:definition>Upregulation of the activity of the enzyme ornithine decarboxylase.</go:definition>
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            <go:definition>Increases the activity of a phosphatase, an enzyme which catalyzes of the removal of a phosphate group from a substrate molecule.</go:definition>
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            <go:definition>Increases the activity of a phosphatase, an enzyme which catalyzes of the removal of a phosphate group from a tyrosyl phenolic group of a protein.</go:definition>
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            <go:name>ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase activase activity</go:name>
            <go:synonym>rubisco activase</go:synonym>
            <go:synonym>rubisco activator</go:synonym>
            <go:definition>Increases the activity of rubisco (GO:0016984) by the removal of otherwise inhibitory sugar phosphates: RuBP, and in some plants, 2-carboxyarabinitol 1-phosphate.</go:definition>
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            <go:name>sphingolipid activator protein activity</go:name>
            <go:synonym>saposin</go:synonym>
            <go:definition>Any of a group of peptide cofactors of enzymes for the lysosomal degradation of sphingolipids. They stimulate various enzymes, including glucosylceramidase, galactosylceramidase, cerebroside-sulfatase, alpha-galactosidase, beta-galactosidase, and sphingomyelin phosphodiesterase.</go:definition>
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            <go:name>sphingomyelin phosphodiesterase activator activity</go:name>
            <go:synonym>neutral sphingomyelinase activator</go:synonym>
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            <go:name>superoxide-generating NADPH oxidase activator activity</go:name>
            <go:synonym>neutrophil cytosol factor 2</go:synonym>
            <go:definition>Increases the activity of the enzyme superoxide-generating NADPH oxidase.</go:definition>
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            <go:name>tryptophan hydroxylase activator activity</go:name>
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            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of an enzyme.</go:definition>
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                <go:reference>3.1.3.3 inhibition / activation of enzymes &gt; GO:enzyme activator ; GO:0008047</go:reference>
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            <go:name>alpha-amylase inhibitor activity</go:name>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of alpha-amylase.</go:definition>
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            <go:name>ATPase inhibitor activity</go:name>
            <go:synonym>adenosinetriphosphatase inhibitor</go:synonym>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of any enzyme that catalyzes the hydrolysis of ATP to ADP and orthophosphate.</go:definition>
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            <go:name>DNA gyrase inhibitor activity</go:name>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of DNA gyrase.</go:definition>
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            <go:name>dUTP pyrophosphatase inhibitor activity</go:name>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of dUTP pyrophosphatase.</go:definition>
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            <go:name>GTPase inhibitor activity</go:name>
            <go:synonym>GIP</go:synonym>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of any enzyme that catalyzes the hydrolysis of GTP to GDP and orthophosphate.</go:definition>
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            <go:name>guanylate cyclase inhibitor activity</go:name>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of guanylate cyclase.</go:definition>
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            <go:name>histone deacetylase inhibitor activity</go:name>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of histone deacetylase, which catalyzes of the removal of acetyl groups from histones, proteins complexed to DNA in chromatin and chromosomes.</go:definition>
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            <go:name>kinase inhibitor activity</go:name>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of a kinase, an enzyme which catalyzes of the transfer of a phosphate group, usually from ATP, to a substrate molecule.</go:definition>
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            <go:name>protein kinase inhibitor activity</go:name>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of a protein kinase, an enzyme which phosphorylates a protein.</go:definition>
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            <go:definition>Maintains the phosphorylation state of certain molecules by associating with them and preventing them from associating with active phosphatases, and thus inhibiting the enzyme activity without interacting with the enzyme. Often pertains to proteins belonging to dual-specificity phosphatase family but lacking critical active site residues.</go:definition>
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            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of a phospholipase, an enzyme that catalyzes of the hydrolysis of a glycerophospholipid.</go:definition>
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            <go:name>protease inhibitor activity</go:name>
            <go:synonym>peptidase inhibitor</go:synonym>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of a protease, any enzyme catalyzes the hydrolysis peptide bonds.</go:definition>
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            <go:name>angiotensin-converting enzyme inhibitor activity</go:name>
            <go:synonym>ACE inhibitor</go:synonym>
            <go:synonym>peptidyl dipeptidase A inhibitor</go:synonym>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of angiotensin-converting enzyme, thereby preventing the synthesis of angiotensin II from its precursor, angiotensin I.</go:definition>
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            <go:synonym>endoproteinase inhibitor</go:synonym>
            <go:synonym>proteinase inhibitor</go:synonym>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of an endopeptidase, any enzyme that hydrolyzes nonterminal peptide linkages in polypeptides.</go:definition>
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            <go:synonym>aspartic protease inhibitor activity</go:synonym>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of aspartic-type endopeptidases, enzymes that catalyze the hydrolysis of nonterminal peptide linkages in oligopeptides or polypeptides; the optimum reaction pH is below 5 due to an aspartic residue involved in the catalytic process.</go:definition>
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            <go:name>metalloendopeptidase inhibitor activity</go:name>
            <go:synonym>metalloprotease inhibitor</go:synonym>
            <go:synonym>metalloproteinase inhibitor</go:synonym>
            <go:definition>Stops, prevents or reduces the activity of metalloendopeptidases, enzymes that catalyze the hydrolysis of nonterminal peptide linkages in oligopeptides or polypeptides and contain a chelated metal ion at their active sites which is essential to their catalytic activity.</go:definition>
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            <go:synonym>dirigent protein</go:synonym>
            <go:definition>The orientation of free radical substrates in such a way that only a particular stereoisomer is synthesized by an enzyme. Best characterized as a function during lignan biosynthesis.</go:definition>
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            <go:definition>Modulates the activity of a kinase, an enzyme which catalyzes of the transfer of a phosphate group, usually from ATP, to a substrate molecule.</go:definition>
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            <go:name>phosphoinositide 3-kinase regulator activity</go:name>
            <go:definition>Modulates the activity of any of the phosphoinositide 3-kinases (PI3Ks) (GO:0035004). Regulatory subunits can link a PI3K catalytic subunit to upstream signaling events and help position the catalytic subunits close to their lipid substrates.</go:definition>
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            <go:definition>Modulates the activity of the enzyme phosphatidylinositol 3-kinase activity (GO:0016303).</go:definition>
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            <go:definition>Modulates the activity of a protein kinase, an enzyme which phosphorylates a protein.</go:definition>
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            <go:synonym>class I PI3K</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4-phosphate = ADP + 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. A class I PI3K activated via heterotrimeric G-proteins.</go:definition>
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            <go:name>1-phosphatidylinositol-5-phosphate kinase</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: diphosphate + a purine nucleoside = phosphate + a purine mononucleotide.</go:definition>
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            <go:name>2Fe-2S electron transfer carrier</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>3Fe-4S/4Fe-4S electron transfer carrier</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>aa3-type cytochrome c oxidase</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: 4 ferrocytochrome c + O2 = 4 ferricytochrome c + 2 H2O.</go:definition>
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            <go:name>acidic epididymal glycoprotein</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>actin monomer sequestering activity</go:name>
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            <go:definition>OBSOLETE. A nonsteroidal regulator, composed of two covalently linked beta subunits, that is synthesized in the pituitary gland and gonads and stimulates the secretion of follicle-stimulating hormone.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Peptide hormones produced by the corpora allata of insects that reversibly inhibit the production of juvenile hormone.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Inhibition of proteinase by a mechanism involving a bait region which contains specific sites, cleavage of which induces a conformational change that results in trapping of the proteinase; following cleavage in the bait region a thiolester bond is hydrolyzed and mediates the covalent binding of the protein to the proteinase; subsequently epsilon-amino groups of the proteinase react with thiolester linkages in the inhibitor to form stable amide links; the entrapped proteinase can now only act on low molecular mass substrates.</go:definition>
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            <go:name>alpha-2 macroglobulin receptor-associated protein activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Interaction with the alpha-2 macroglobulin receptor and glycoprotein gp330 forming a complex with the alpha-2 macroglobulin receptor light and heavy chains.</go:definition>
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            <go:name>alpha-factor sex pheromone exporter</go:name>
            <go:synonym>alpha-factor-transporting ATPase</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + alpha-factor(in) = ADP + phosphate + alpha-factor(out). The export of the alpha-factor sex pheromone by an ABC-type (ATP-binding cassette-type) ATPase, characterized by the presence of two similar ATP-binding domains, that does not undergo phosphorylation during the transport process.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. A copper-containing protein that acts as an electron carrier between methylamine dehydrogenase and cytochrome c.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the stereospecific transfer of asparagine or glutamine across a biological membrane.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. An agent that can lyse the cell in which it is synthesized.</go:definition>
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            <go:name>axonemal motor activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>azurin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Brilliant blue copper-containing protein of low molecular weight found in some bacteria; thought to transfer electrons to cytochrome oxidase. This definition includes pseudoazurin.</go:definition>
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            <go:name>B-cell receptor activity</go:name>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: 4 ferrocytochrome c + O2 = 4 ferricytochrome c + 2 H2O.</go:definition>
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            <go:name>bacteriocin activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Polypeptide antibiotic secreted by bacteria and able to kill bacteria of susceptible strains after absorption by specific cell surface receptor.</go:definition>
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            <go:name>beta-galactosidase stabilization activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Stabilization of the structure of beta-galactosidase.</go:definition>
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            <go:name>beta-mitochondrial processing peptidase</go:name>
            <go:synonym>beta-MPP</go:synonym>
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            <go:name>betaine/GABA:sodium symporter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (betaine or gamma-aminobutyric acid)(out) + Na+(out) = (betaine or gamma-aminobutyric acid)(in) + Na+(in).</go:definition>
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            <go:name>bicyclomycin/sulfathiazole:hydrogen antiporter activity</go:name>
            <go:synonym>bicyclomycin/sulfathiazole:proton antiporter</go:synonym>
            <go:synonym>bicyclomycin/sulphathiazole:hydrogen antiporter activity</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (bicyclomycin or sulfathiazole)(in) + H+(out) = (bicyclomycin or sulfathiazole)(out) + H+(in).</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: 4 ferrocytochrome c + O2 = 4 ferricytochrome c + 2 H2O.</go:definition>
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            <go:synonym>cadherin</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A calcium-dependent cell adhesion protein (type I membrane protein) that interacts in a homophilic manner in cell-cell interactions.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: phosphatidylcholine + H2O = 1-acylglycerophosphocholine + a fatty acid anion.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: phosphatidylcholine + H2O = 1-acylglycerophosphocholine + a fatty acid anion.</go:definition>
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            <go:name>calcium-independent cell adhesion molecule activity</go:name>
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            <go:name>calcium-independent cytosolic phospholipase A2 activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: phosphatidylcholine + H2O = 1-acylglycerophosphocholine + a fatty acid anion.</go:definition>
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            <go:name>caspase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the release of interleukin 1b by specific cleavage at -Asp116Ala- and -Asp27Gly- bonds in precursor. Also hydrolyzes the small-molecule substrate, Ac-Tyr-Val-Ala-AspNHMecA. It has cytosolic endopeptidase activity with specificity for the hydrolysis of aspartyl bonds (C14 family of clan CD). The 'c-' reflects the cysteine protease mechanism and the '-asp-ase' the ability to cleave after aspartic acid.</go:definition>
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            <go:name>caspase-1 activity</go:name>
            <go:synonym>ICE</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the release of interleukin 1-beta by specific cleavage of Asp116-Ala117 and Asp27-Gly28 bonds in precursor. Enzymes with this function can also hydrolyze the terminal bond in the small-molecule substrate, Ac-Tyr-Val-Ala-Asp-NHMec.</go:definition>
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            <go:name>caspase-10 activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>caspase-2 activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>caspase-3 activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the cleavage at the terminal bond of the motif: Asp-Xaa-Xaa-Asp-Xaa. Enzymes with this function are members of the peptidase family C14 and they appear to function in the inactivation of proteins involved in cellular repair and homeostasis during the effector stage of apoptosis.</go:definition>
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            <go:name>caspase-4 activity</go:name>
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            <go:definition>OBSOLETE. A toxin that exerts its effects by forming a channel in a membrane that allows the unregulated passage of substances into and out of the cell.</go:definition>
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            <go:name>cobalt, zinc uptake permease activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (Zn2+ or Co2+)(out) = (Zn2+ or Co2+)(in). The activity is driven by proton motive force, possibly by proton symport.</go:definition>
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            <go:name>colicin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Plasmid-encoded bacteriocins which are produced by enteric bacteria. Exert a lethal effect on other bacteria including E. coli strains that lack the Col plasmid. Bind to a cell surface receptor and are transported into the periplasm via an energy-dependent process involving a TonB- or TolA-dependent hetero-oligomeric protein complex. Some colicins kill their target cell by inserting into the cytoplasmic membrane where they form voltage-sensitive (trans-negative) channels that depolarize and deenergize the cell, and thereby kill it.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Any of a set of activities involved in the complement cascade.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. A cofactor for the serine protease complement factor I.</go:definition>
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            <go:name>conotoxin activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Acts to inhibit neural function in another organism by inhibiting voltage-gated calcium ion channels and neurotransmitter release. This function is thought to be specific to the venom of two marine snail species.</go:definition>
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            <go:name>copper electron carrier</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A copper-containing entity that serves as an electron acceptor and electron donor in an electron transport system.</go:definition>
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            <go:name>copper/cadmium binding</go:name>
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            <go:name>cyclophilin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A protein to which cyclosporin A (an immunosuppressant) binds. Possesses peptidyl-prolyl isomerase activity.</go:definition>
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            <go:name>cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: peptidylproline (omega=180) = peptidylproline (omega=0).</go:definition>
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            <go:name>cystine/diaminopimelate porter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + polar amino acid(out) = ADP + phosphate + polar amino acid(in).</go:definition>
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            <go:name>cytochrome</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A hemeprotein whose characteristic mode of action involves transfer of reducing equivalents associated with a reversible change in oxidation state of the prosthetic group. This redox change involves a single electron, reversible equilibrium between the Fe(II) and Fe(III) states of the central iron atom.</go:definition>
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            <go:name>cytochrome a</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A cytochrome containing heme a.</go:definition>
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            <go:name>cytochrome b</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A cytochrome containing noncovalently bound protoheme (iron protoporphyrin IX; heme b).</go:definition>
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            <go:name>cytochrome b/b6</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Diheme cytochrome b; cytochrome b has the hemes b(562) and b(566) and is a component of the mitochondrial respiratory chain complex III. Cytochrome b6 is a component of bc complex acting between photosystems II and I of photosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>cytochrome b5</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>cytochrome b6</go:name>
            <go:synonym>cytochrome b-563</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>cytochrome c</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A cytochrome containing heme bound to the protein by one or, more (commonly two) thioether bonds involving sulfhydryl groups of cysteine residues.</go:definition>
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            <go:name>cytochrome c1</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A cytochrome c that is an integral component of the mitochondrial respiratory complex III. Functions as an electron donor to cytochrome c.</go:definition>
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            <go:name>cytochrome c3 (tetraheme)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>cytochrome c554</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>cytochrome c7 (triheme)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>cytochrome d</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A cytochrome in which the prosthetic group is a tetrapyrrolic chelate of iron in which the degree of conjugation of double bonds is less than in porphyrin. This definition would appear to include siroheme proteins (eg. nitrite and sulfite reductases); but these are not cytochromes. Kirill Degtyarenko:Sep 28 13:08:07 2000.</go:definition>
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            <go:name>cytochrome f</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A cytochrome c that is characteristic of green plants and transfers electrons to plastocyanin.</go:definition>
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            <go:name>cytochrome P450</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A cytochrome b that has a sulfur atom ligated to the iron of the prosthetic group (heme-thiolate); enzymes:typically monooxygenases acting on lipophilic substrates.</go:definition>
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            <go:name>cytochrome P450 activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A cytochrome b-like protein that has a sulfur atom ligated to the iron of the prosthetic group (heme-thiolate); enzymes: typically monooxygenases acting on, typically, lipophilic substrates. The characteristic mode of action of these enzymes is not electron transfer (some P450 enzymes probably do not even involve the reversible Fe(II)/Fe(III) equilibrium), but rather oxygen atom transfer.</go:definition>
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            <go:synonym>diazepam-binding inhibitor activity</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The diazepam binding inhibitor is a 10kDa 86-residue polypeptide that acts as an endogenous ligand for a mitochondrial receptor (formerly regarded as a peripheral benzodiazepine binding site) in steroidogenic cells and regulates stimulation of steroidogenesis by tropic hormones. It also binds to the GABA-A receptor and modulates glucose-dependent insulin secretion and synthesis of acyl-CoA esters.</go:definition>
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            <go:name>DNA topoisomerase IV activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the ATP-independent breakage of DNA, followed by passage and rejoining. It also catalyzes the relaxation of supercoiled DNA, and the decatenation and unknotting of DNA in vivo.</go:definition>
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            <go:name>dynactin motor</go:name>
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            <go:name>dynein ATPase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate. The hydrolysis of ATP by dynein that provides the energy for the movement of organelles (endosomes, lysosomes, mitochondria) along microtubules to the centrosome.</go:definition>
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            <go:name>ecdysteroid UDP-glucosyl/UDP-glucuronosyl transferase activity</go:name>
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            <go:name>effector caspase activity</go:name>
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            <go:name>elastin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A major structural protein of mammalian connective tissues; composed of one third glycine, and also rich in proline, alanine, and valine. Chains are cross-linked together via lysine residues.</go:definition>
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            <go:name>electron carrier, chlorophyll electron transport system</go:name>
            <go:synonym>chlorophyll electron carrier</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A molecular entity that serves as an electron acceptor and electron donor in a chlorophyll electron transport system.</go:definition>
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            <go:name>electron transfer carrier</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>electron transfer flavoprotein</go:name>
            <go:synonym>ETF</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Works in conjunction with acyl-CoA dehydrogenase to catalyze the oxidation of CoA and reduce ubiquinone. Part of the mitochondrial electron transport system.</go:definition>
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            <go:name>electron transfer flavoprotein, group I</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. An electron transfer flavoprotein that functions as a housekeeping protein that links acyl-CoA dehydrogenase reactions with the respiratory chain, such as in the fatty acid degradation pathway.</go:definition>
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            <go:name>electron transfer flavoprotein, group II</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. An electron transfer flavoprotein that functions as a housekeeping protein that is synthesized only under certain specific growth conditions and receives electrons from the oxidation of specific substrates, eg. trimethylamine, carnitine and in nitrogen fixation.</go:definition>
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            <go:name>endogenous peptide receptor activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Combining with an intracellular peptide to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>endonuclease G activity</go:name>
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            <go:name>endonuclease VIII activity</go:name>
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            <go:name>endoplasmic reticulum receptor activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A receptor in the endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:name>endosomal oligosaccharide transporter</go:name>
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            <go:name>endotoxin activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The function of any microbial toxin that cannot be easily separated from the structure of the cell.</go:definition>
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            <go:name>enterobactin synthetase</go:name>
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            <go:synonym>enterochelin synthetase</go:synonym>
            <go:synonym>nonribosomal peptide synthetase</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>enterotoxin activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Acts as to cause injury to the intestinal mucosa of other living organisms.</go:definition>
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            <go:name>ephrin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A class of proteins that interact with the ephrin receptors.</go:definition>
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            <go:name>exogenous peptide receptor activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Combining with an extracellular peptide to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>exotoxin activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The function of a toxin formed by a microorganism and secreted into the surrounding medium.</go:definition>
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            <go:name>expansin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A group of proteins located within the cell walls of plants, both dicots and grasses, that play an essential role in loosening cell walls during cell growth. They are hydrophobic, non glycosylated proteins of about 30kDa.</go:definition>
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            <go:name>extracellular matrix glycoprotein</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>fibrillin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Large glycoprotein that is a calcium binding component of connective tissue microfibrils containing 34 six-cysteine (EGF-like) repeats and five eight-cysteine (TGFbeta-1 binding protein-like) repeats. Defects associated with Marfan syndrome.</go:definition>
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            <go:name>fibrinogen</go:name>
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            <go:name>FK506-sensitive peptidyl-prolyl cis-trans isomerase</go:name>
            <go:synonym>FK506 binding protein</go:synonym>
            <go:synonym>FKBP</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Interacts selectively with the immunosuppressant FK506, and possesses peptidyl-prolyl isomerase activity (catalysis of the reaction: peptidoproline (omega=180) = peptidylproline (omega=0)).</go:definition>
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            <go:name>flavin-containing electron transporter</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. An oxidoreductase which contains either flavin-adenine dinucleotide or flavin mononucleotide as a prosthetic group, utilizes either NADH or NADPH and transfers electrons to other electron transfer proteins.</go:definition>
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            <go:name>flavodoxin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A group of small electron carriers, characteristic of anaerobic bacteria, photosynthetic bacteria, cyanobacteria and eukaryotic algae. Contain flavin mononucleotide.</go:definition>
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            <go:name>focal adhesion kinase activity</go:name>
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            <go:synonym>Wnt receptor activity</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Combining with a member of the Wnt-family of signaling molecules to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:synonym>Wnt receptor activity</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Combining with to a member of the Wnt-family of signaling molecules to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: galactose or glucose(out) = galactose or glucose(in).</go:definition>
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            <go:synonym>S-type lectin</go:synonym>
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            <go:name>globin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The colorless and basic protein moiety of hemoglobin and myoglobins.</go:definition>
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            <go:name>glutamate/aspartate porter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + polar amino acid(out) = ADP + phosphate + polar amino acid(in).</go:definition>
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            <go:name>glutamate/aspartate:sodium symporter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (glutamate or aspartate)(out) + Na+(out) = (glutamate or aspartate)(in) + Na+(in).</go:definition>
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            <go:name>glutaredoxin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A small disulfide-containing redox protein that serves as a glutathione-disulfide oxidoreductase.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + quaternary amine(out) = ADP + phosphate + quaternary amine(in).</go:definition>
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            <go:name>glycine cleavage system</go:name>
            <go:synonym>glycine synthase</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reactions glycine + lipoylprotein = S-aminomethyldihydrolipoylprotein + carbon dioxide (CO2), followed by S-aminomethyldihydrolipoylprotein + (6S)-tetrahydrofolate = dihydrolipoylprotein + (6R)-5,10-methylenetetrahydrofolate + ammonia. Made up of two components, aminomethyltransferase and glycine dehydrogenase (decarboxylating).</go:definition>
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            <go:name>Gram-negative antibacterial peptide activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Inhibits the growth of, or directly kills, Gram-negative bacterial cells.</go:definition>
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            <go:name>Gram-positive antibacterial peptide activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Inhibits the growth of, or directly kills, Gram-positive bacterial cells.</go:definition>
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            <go:name>green-sensitive opsin</go:name>
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            <go:name>heavy metal binding</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Interacting selectively with a heavy metal, a metal that can form a coordination bond with a protein, as opposed to an alkali or alkaline-earth metal that can only form an ionic bond; this definition includes the following biologically relevant heavy metals: Cd, Co, Cu, Fe, Hg, Mn, Mo, Ni, V, W, Zn.</go:definition>
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            <go:name>heavy metal ion porter activity</go:name>
            <go:synonym>metal ion transporter</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A transporter of heavy metal ions that utilizes a carrier-mediated process to catalyze uniport, symport or antiport between aqueous phases on either side of a lipid membrane.</go:definition>
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            <go:name>heavy metal ion transporter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Enables the directed movement of heavy metal ions into, out of, within or between cells. Heavy metals are those that can form a coordination bond with a protein, as opposed to an alkali or alkaline-earth metal that can only form an ionic bond; this definition includes the following biologically relevant heavy metals: Cd, Co, Cu, Fe, Hg, Mn, Mo, Ni, V, W, Zn.</go:definition>
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                <go:reference>67.04.01.01 heavy metal ion transporters (Cu, Fe, etc.)</go:reference>
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            <go:name>heavy metal ion:hydrogen symporter activity</go:name>
            <go:synonym>heavy metal ion:proton symporter</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: Me2+(out) + H+(out) = Me2+(in) + H+(in), where Me2+ is Fe2+, Zn2+, Mn2+, Cu2+, Cd2+, Co2+, Ni2+ or Pb2+.</go:definition>
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            <go:name>heavy metal-exporting ATPase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: heavy metal ion(in) + ATP + H2O = heavy metal ion(out) + ADP + phosphate.</go:definition>
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            <go:name>hemerythrin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. An oxygen carrier found in a few groups of invertebrates, eg. sipunculid worms, certain molluscs, and crustaceans.</go:definition>
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            <go:name>hemocyanin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A blue, copper-containing oxygen carrier present in many molluscs and arthropods.</go:definition>
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            <go:name>hemolysin activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any substance that causes the lysis of red blood cells.</go:definition>
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            <go:name>heparin sulfate proteoglycan</go:name>
            <go:synonym>heparin sulphate proteoglycan</go:synonym>
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            <go:name>heterotrimeric G-protein GTPase, alpha-subunit</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Subunit of a heterotrimeric G-protein GTPase that contains the guanine nucleotide binding site and possesses GTPase activity.</go:definition>
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            <go:name>heterotrimeric G-protein GTPase, beta-subunit</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Subunit of a heterotrimeric G-protein GTPase; associates tightly with the gamma subunit.</go:definition>
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            <go:name>heterotrimeric G-protein GTPase, gamma-subunit</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Smallest subunit of a heterotrimeric G-protein GTPase; associates tightly with the beta subunit.</go:definition>
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            <go:name>high affinity metal ion uptake transporter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: Me2+(out) + H+(out) = Me2+(in) + H+(in). Me can be Fe2+, Mn2+, Zn2+, Cu2+, Cd2+, Ni2+ or Co2+.</go:definition>
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            <go:name>high-density lipoprotein</go:name>
            <go:synonym>HDL</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>high-molecular-weight cytochrome c (hexadecaheme)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>high-potential iron-sulfur carrier</go:name>
            <go:synonym>HiPIP</go:synonym>
            <go:synonym>high-potential iron-sulphur carrier</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>histidine/arginine/lysine/ornithine porter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + polar amino acid(out) = ADP + phosphate + polar amino acid(in).</go:definition>
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                <go:reference>4.S.112 lysine/arginine/ornithine</go:reference>
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                <go:reference>4.S.89 histidine/lysine/arginine/ornithine &gt; GO:histidine transport ; GO:0015817 &gt; GO:lysine transport ; GO:0015819 &gt; GO:arginine transport ; GO:0015809 &gt; GO:ornithine transport ; GO:0015822</go:reference>
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            <go:name>histone lysine N-methyltransferase activity (H3-K24 specific)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the addition of a methyl group onto lysine at position 24 of the histone H3 protein.</go:definition>
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            <go:name>holin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Primary function of holins appears to be transport of murein hydrolases across the cytoplasmic membrane to the cell wall of bacteria, where these enzymes hydrolyze the cell wall polymer as a prelude to cell lysis. When chromosomally encoded, these enzymes are therefore autolysins. Holins may also facilitate leakage of electrolytes and nutrients from the cell cytoplasm, thereby promoting cell death. Some catalyze export of nucleases.</go:definition>
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            <go:name>hydrogen-/sodium-translocating ATPase activity</go:name>
            <go:synonym>proton-/sodium-translocating ATPase</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + (Na+ or H+)(in) = ADP + phosphate + (Na+ or H+)(out).</go:definition>
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                <go:database_symbol>GenProtEC</go:database_symbol>
                <go:reference>4.3.A.2 The H+- or Na+-translocating F-type, V-type and A-type ATPase (F-ATPase) Superfamily</go:reference>
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            <go:name>hydrogen-translocating A-type ATPase activity</go:name>
            <go:synonym>proton-translocating A-type ATPase</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + H+(in) = ADP + phosphate + H+(out). Found in archae.</go:definition>
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            <go:name>hydrogen-translocating F-type ATPase activity</go:name>
            <go:synonym>ATP synthase</go:synonym>
            <go:synonym>F1-ATPase</go:synonym>
            <go:synonym>proton-translocating F-type ATPase</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + H+(in) = ADP + phosphate + H+(out). Found in eukaryotic mitochondria and chloroplasts and in bacteria.</go:definition>
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            <go:name>hydrogen-translocating V-type ATPase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + H+(in) = ADP + phosphate + H+(out). Found in vacuoles of eukaryotes and in bacteria.</go:definition>
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            <go:name>hydrogen-transporting two-sector ATPase activity</go:name>
            <go:synonym>GO:0004006</go:synonym>
            <go:synonym>GO:0008729</go:synonym>
            <go:synonym>proton-transporting two-sector ATPase</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + H+(in) = ADP + phosphate + H+(out).</go:definition>
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            <go:name>hydrolase activity, acting on acid anhydrides, involved in cellular and subcellular movement</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>ice nucleation activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the formation of ice crystals in extracellular fluid at relatively high temperatures (up to -2 degrees C) to protect the organism from damage by intracellular ice formation. Ice nucleation proteins function by binding an ice crystal and then encouraging it to form larger crystals. Ice nucleation is a chemical process but these proteins can positively regulate it. There are two different uses of ice nucleation proteins: bacteria secrete them extracellularly to cause a host organism's cells to freeze and die, and fish use them to protect themselves from intracellular ice formation (see GO:0019833).</go:definition>
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            <go:name>ice nucleation inhibitor activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Inhibits the the formation of ice crystals.</go:definition>
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            <go:name>immunophilin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any member of a family of receptors that includes the major FK506 binding protein FKBP and cyclophilin. These two proteins are unrelated in amino-acid sequence, but both possess peptidyl-prolyl isomerase activity which is blocked by immunosuppressants that block signal-transduction pathways leading to T-cell activation such as FK506 and rapamycin, which block FKBP, or cyclosporin A, which blocks cyclophilin.</go:definition>
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            <go:name>IMP-GMP specific 5'-nucleotidase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the conversion of 5'-ribonucleotides to ribonucleosides and phosphate, with specificity for IMP or GMP 5'-ribonucleotides and H2O as a nucleophile.</go:definition>
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            <go:name>inhibin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Either of two glycoproteins (designated A and B), secreted by the gonads and present in seminal plasma and follicular fluid, that inhibit pituitary production of follicle-stimulating hormone.</go:definition>
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            <go:name>inhibitor of the establishment of competence for transformation activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Inhibits the establishment of competence for transformation.</go:definition>
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            <go:name>inhibitory SMAD protein</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>inositol-1,4,-bisphosphate 3-phosphatase</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: D-myo-inositol 1,3-bisphosphate + H2O = D-myo-inositol 1-monophosphate + phosphate.</go:definition>
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            <go:name>inositol-1,4,-bisphosphate 4-phosphatase</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: D-myo-inositol 3,4-bisphosphate + H2O = D-myo-inositol 3-monophosphate + phosphate.</go:definition>
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            <go:name>inositol-1,4,5-trisphosphate 1-phosphatase</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The removal of a phosphate group from the carbon-1 position of D-myo-inositol 1,4,5-trisphosphate.</go:definition>
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            <go:name>inositol-1,4,5-trisphosphate phosphatase</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The removal of one of the phosphate groups from an inositol triphosphate to produce an inositol bisphosphate.</go:definition>
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            <go:name>insulin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A polypeptide hormone that stimulates glucose uptake by muscle and adipose tissue, and promotes glycogenesis, lipogenesis and the synthesis of proteins and nucleic acids.</go:definition>
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            <go:name>intein</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Intervening protein sequence excised from a protein precursor in protein splicing; inteins catalyze their own excision and many also possess endonuclease activity.</go:definition>
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            <go:name>intracellular copper ion transporter</go:name>
            <go:synonym>intracellular copper transporter</go:synonym>
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            <go:name>intracellular nucleoside transporter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Enables the directed movement of a nucleoside, a nucleobase linked to either beta-D-ribofuranose (ribonucleoside) or 2-deoxy-beta-D-ribofuranose (a deoxyribonucleotide) within a cell.</go:definition>
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            <go:name>iron-iron nitrogenase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: 8 reduced ferredoxin + 8 H+ + N2 + 16 ATP = 8 oxidized ferredoxin + 2 NH3 + 16 ADP + 16 phosphate.</go:definition>
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            <go:name>iron-sulfur electron transfer carrier</go:name>
            <go:synonym>ferredoxin</go:synonym>
            <go:synonym>iron-sulphur electron transfer carrier</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. An iron-sulfur protein that serves as an electron acceptor and electron donor in an electron transport system.</go:definition>
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            <go:name>isoleucine/valine:sodium symporter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (isoleucine or valine)(out) + Na+(out) = (isoleucine or valine)(in) + Na+(in).</go:definition>
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            <go:name>kinesin motor activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The hydrolysis of ATP (and GTP) that drives the microtubular motor along microtubules.</go:definition>
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            <go:name>kinetochore motor activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>L-idonate/D-gluconate:hydrogen symporter activity</go:name>
            <go:synonym>L-idonate/D-gluconate:proton symporter</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (L-idonate or D-gluconate)(out) + H+(out) = (L-iodonate or D-gluconate)(in) + H+(in).</go:definition>
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                <go:reference>4.2.A.8 The Gluconate:H+ Symporter (GntP) Family</go:reference>
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            <go:name>lactose, galactose:hydrogen symporter activity</go:name>
            <go:synonym>lactose,galactose:proton symporter</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (lactose or galactose)(out) + H+(out) = (lactose or galactose)(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:name>lactose/glucose efflux transporter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: glucose or lactose(in) = glucose or lactose(out).</go:definition>
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                <go:reference>4.S.84 H+/lactose/glucose &gt; GO:lactose transport ; GO:0015767 &gt; GO:glucose transport ; GO:0015758</go:reference>
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            <go:name>lamin/chromatin binding</go:name>
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            <go:name>larval serum protein (sensu Insecta)</go:name>
            <go:synonym>arylphorin</go:synonym>
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            <go:name>lectin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Lectins are proteins obtained particularly from the seeds of leguminous plants, but also from many other plant and animal sources, that have binding sites for specific mono or oligosaccharides in cell walls or membranes. They thereby change the physiology of the membrane to cause agglutination, mitosis, or other biochemical changes in the cell.</go:definition>
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            <go:name>leucine/isoleucine/valine porter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + nonpolar amino acid(out) = ADP + phosphate + nonpolar amino acid(in).</go:definition>
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                <go:reference>4.S.108 L-leucine/L-valine/L-iso-leucine &gt; GO:isoleucine transport ; GO:0015818 &gt; GO:leucine transport ; GO:0015820 &gt; GO:valine transport ; GO:0015829</go:reference>
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                <go:reference>4.S.137 Na+/leucine/valine/iso-leucine &gt; GO:isoleucine transport ; GO:0015818 &gt; GO:leucine transport ; GO:0015820 &gt; GO:valine transport ; GO:0015829</go:reference>
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            <go:name>leucine/valine/isoleucine permease activity</go:name>
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            <go:name>ligand-dependent thyroid hormone receptor interactor activity</go:name>
            <go:synonym>TRIP4</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Ligand dependent interaction with the thyroid hormone receptor.</go:definition>
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            <go:name>lipopeptide hormone</go:name>
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            <go:name>lipophorin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any member of the major class of lipid-transporting proteins found in the hemolymph of insects.</go:definition>
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            <go:name>lipoprotein antitoxin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Binds to a lipoprotein toxin, which is usually derived from a microorganism, thereby neutralizing it.</go:definition>
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            <go:name>lipoprotein toxin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>long-wave-sensitive opsin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. An opsin with maximal absorption above 500 nm.</go:definition>
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            <go:name>low affinity metal ion uptake transporter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: Me2+(out) + H+(out) = Me2+(in) + H+(in). Me can be Mn2+ or Cu2+.</go:definition>
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                <go:reference>4.2.A.55 The Manganese (NRAMP) Fam. &gt; GO:high affinity metal ion uptake transporter ; GO:0015336</go:reference>
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            <go:name>low-density lipoprotein</go:name>
            <go:synonym>LDL</go:synonym>
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            <go:name>lymphocyte antigen</go:name>
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            <go:name>lysin activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. An agent that can lyse cells.</go:definition>
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            <go:name>mating pheromone exporter</go:name>
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            <go:name>molybdenum-iron nitrogenase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: 8 reduced ferredoxin + 8 H+ + N2 + 16 ATP = 8 oxidized ferredoxin + 2 NH3 + 16 ADP + 16 phosphate.</go:definition>
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            <go:name>monoheme class I cytochrome c</go:name>
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            <go:name>mononuclear iron electron carrier</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A mononuclear iron entity that serves as an electron acceptor and electron donor in an electron transport system.</go:definition>
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            <go:name>mRNA cap binding</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Interacting selectively with the 7-methylguanosine cap at the 5' end of a nascent messenger RNA transcript.</go:definition>
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            <go:name>multicopper ferroxidase iron transport mediator activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: 4 Fe2+ + 4 H+ + O2 = 4 Fe3+ + 2 H2O.</go:definition>
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            <go:name>muscle motor activity</go:name>
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            <go:name>myosin ATPase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate. The hydrolysis of ATP by myosin that provides the energy for actomyosin contraction.</go:definition>
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            <go:name>myosin phosphatase myosin binding</go:name>
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            <go:name>N-methyl-D-aspartate receptor-associated protein activity</go:name>
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            <go:name>neuroligin</go:name>
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            <go:name>neurotoxin activity</go:name>
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            <go:name>nicotinic acetylcholine receptor-associated protein activity</go:name>
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            <go:name>nitrite/nitrate porter activity</go:name>
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            <go:name>non-chaperonin molecular chaperone ATPase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate. This is a highly diverse group of enzymes that perform many functions that are similar to those of chaperonins. They comprise a number of heat-shock-cognate proteins. They are also active in clathrin uncoating and in the oligomerization of actin.</go:definition>
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            <go:name>nonaheme cytochrome c</go:name>
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            <go:name>nucleoplasmin ATPase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate. The hydrolysis of ATP required for the ATP-dependent assembly of nucleosome cores, in decondensation of sperm chromatin and in other histone-involving processes.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Hydrophobic glycoprotein to which 11-cis-retinal binds as a Schiff base (in rhodopsin) or 3,4-didehydro-11-cis-retinal binds as a Schiff base in cyanopsin and porphyropsin.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Binds to microorganisms or other particulate material (for example, foreign erythrocytes) to increase the susceptibility of the latter to phagocytosis.</go:definition>
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            <go:name>oxidoreductase activity, acting on NADH or NADPH, flavin as acceptor</go:name>
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            <go:name>parvulin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A peptidyl-prolyl isomerase isolated from Escherichia coli. It does not have any function as an immunophilin.</go:definition>
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            <go:name>peptide antigen stabilization activity</go:name>
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            <go:name>peptide stabilization activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Strengthening of a bond between peptides. Peptides are compounds of two or more amino acids where the alpha carboxyl group of one is bound to the alpha amino group of another.</go:definition>
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            <go:name>peroxisome integral membrane receptor</go:name>
            <go:synonym>Pas20p</go:synonym>
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            <go:name>peroxisome receptor</go:name>
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            <go:name>peroxisome-assembly ATPase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate. ATP hydrolysis to import and assemble peroxisome components into the organelle.</go:definition>
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            <go:name>phosphate:hydrogen symporter</go:name>
            <go:synonym>phosphate:proton symporter</go:synonym>
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            <go:name>phosphatidylinositol 3-kinase activity, class I</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A heterodimeric phosphoinositide 3-kinase which can phosphorylate phosphatidylinositol, phosphatidylinositol-4-phosphate or phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate. Also possesses intrinsic protein kinase activity.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol 3-kinase activity, class II</go:name>
            <go:synonym>PI3KC2</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A phosphoinositide 3-kinase which can phosphorylate phosphatidylinositol and phosphatidylinositol-4-phosphate; the human form can phosphorylate phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate in the presence of phosphatidylserine.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol 3-kinase activity, class III</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A phosphoinositide 3-kinase which can only phosphorylate phosphatidylinositol.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol 3-kinase, class I, catalyst activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol = ADP + 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 3-phosphate.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol 3-kinase, class I, regulator activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol = ADP + 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 3-phosphate.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate 4-phosphatase</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: phosphatidyl inositol-3,4,5-trisphosphate + H2O = phosphatidyl inositol-4,5-bisphosphate + phosphate.</go:definition>
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            <go:name>phospholipid scrambling</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The trans-bilayer migration of phospholipids accelerated by a phospholipid scramblase upon binding calcium ions.</go:definition>
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            <go:name>phosphoserine/phosphothreonine binding</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Interacting selectively with a phosphorylated serine or threonine residue within a protein.</go:definition>
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            <go:name>plasma glycoprotein</go:name>
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            <go:name>plasma membrane cation-transporting ATPase</go:name>
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            <go:name>plasma membrane copper transporter</go:name>
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            <go:name>plasma membrane long-chain fatty acid transporter</go:name>
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            <go:name>plasma protein</go:name>
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            <go:name>plasmid binding</go:name>
            <go:synonym>plasmid-associated protein</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Interacting selectively with a plasmid, an extrachromosomal genetic element usually characterized as a covalently continuous double stranded DNA molecule found in bacteria and some other microorganisms.</go:definition>
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                <go:reference>29 TRANSPOSABLE ELEMENTS, VIRAL AND PLASMID PROTEINS &gt; GO:DNA transposition ; GO:0006313 &gt; GO:viral life cycle ; GO:0016032 &gt; GO:RNA-directed DNA polymerase ; GO:0003964</go:reference>
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                <go:database_symbol>MIPS_funcat</go:database_symbol>
                <go:reference>29.99 other transposable elements, viral and plasmid proteins &gt; GO:DNA transposition ; GO:0006313 &gt; GO:viral life cycle ; GO:0016032 &gt; GO:RNA-directed DNA polymerase ; GO:0003964</go:reference>
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            <go:name>plastocyanin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A copper-containing electron carrier acting between cytochrome b(6)-f and P700 of photosystem I.</go:definition>
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            <go:name>polyferredoxin</go:name>
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            <go:name>polyubiquitin</go:name>
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            <go:name>pore-forming toxin activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the transport of electrolytes and other small molecules across a cell membrane. They are synthesized by one cell and secreted for insertion into the membrane of another cell where they form transmembrane pores. They may exert their toxic effects by allowing the free flow of electrolytes and other small molecules across the membrane, or they may allow entry into the target cell cytoplasm of a toxin protein that ultimately kills the cell.</go:definition>
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            <go:name>proliferating cell nuclear antigen</go:name>
            <go:synonym>GO:0005661</go:synonym>
            <go:synonym>PCNA</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A nuclear protein that associates as a trimer and then interacts with delta DNA polymerase and epsilon DNA polymerase, acting as an auxiliary factor for DNA replication and DNA repair.</go:definition>
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            <go:name>proline/glycine/betaine:hydrogen/sodium symporter activity</go:name>
            <go:synonym>proline/glycine/betaine:proton/sodium symporter</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (proline, glycine or betaine)(out) + (H+ or Na+)(out) = (proline, glycine or betaine)(in) + (H+ or Na+)(in).</go:definition>
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            <go:name>protease substrate recruitment factor activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A recruiting factor or adaptor molecule associated with the proteasome that activates degradation of specific proteasomal substrates and links them to the degradation machinery; it is not involved in ubiquitination; does not possess proteolytic activity.</go:definition>
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            <go:name>proteasome ATPase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate. The hydrolysis of ATP for channel gating and polypeptide unfolding before proteolysis in the proteasome. Six ATPase subunits are present in the regulatory particle (RP) of 26S proteasome.</go:definition>
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            <go:name>proteasome endopeptidase activity</go:name>
            <go:synonym>multicatalytic endopeptidase</go:synonym>
            <go:synonym>proteasome</go:synonym>
            <go:synonym>proteasome endopeptidase complex</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the cleavage at peptide bonds with very broad specificity.</go:definition>
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            <go:name>proteasome endopeptidase core</go:name>
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            <go:name>proteasome endopeptidase regulator</go:name>
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            <go:name>protein biosynthesis inhibitor activity</go:name>
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                <go:reference>PS00275 SHIGA_RICIN</go:reference>
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            <go:name>protein degradation tagging activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Covalent addition of polyubiquitin to another protein, targeting the tagged protein for destruction.</go:definition>
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            <go:name>protein stabilization activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Strengthening of a bond between proteins. Proteins are large molecules composed of one or more chains of amino acids. The amino acids are joined in a specific order by peptide bonds.</go:definition>
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                <go:reference>PD003584 PSII_PsbH</go:reference>
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                <go:reference>PF00737 PsbH</go:reference>
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            <go:name>protein tagging activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Covalent addition of a specific tagging molecule to a protein, targeting the tagged protein for some fate e. g. degradation.</go:definition>
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            <go:name>protein-synthesizing GTPase activity, elongation</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: GTP + H2O = GDP + phosphate.</go:definition>
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            <go:name>protein-synthesizing GTPase activity, initiation</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: GTP + H2O = GDP + phosphate.</go:definition>
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            <go:name>protein-synthesizing GTPase activity, termination</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: GTP + H2O = GDP + phosphate.</go:definition>
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            <go:name>proteoglycan</go:name>
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            <go:name>receptor guanylate cyclase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: GTP = 3',5'-cyclic GMP + diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>receptor-associated protein activity</go:name>
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            <go:name>red-sensitive opsin</go:name>
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            <go:name>redox-active disulfide bond electron carrier</go:name>
            <go:synonym>redox-active disulphide bond electron carrier</go:synonym>
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            <go:name>regulation of actin thin filament length activity</go:name>
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            <go:name>regulator of establishment of competence for transformation activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Functions to either promote or inhibit the establishment of competence for transformation.</go:definition>
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            <go:name>respiratory chain cytochrome b6</go:name>
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            <go:name>ribonucleoprotein</go:name>
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            <go:name>ribosomal RNA</go:name>
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            <go:name>Rieske iron-sulfur protein</go:name>
            <go:synonym>Rieske iron-sulphur protein</go:synonym>
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            <go:name>RNA-directed DNA polymerase, group II intron encoded</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of RNA-template-directed extension of the 3'- end of a DNA strand by one deoxynucleotide at a time; cannot initiate a chain de novo.</go:definition>
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            <go:name>RNA-directed DNA polymerase, transposon encoded</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of RNA-template-directed extension of the 3'- end of a DNA strand by one deoxynucleotide at a time; cannot initiate a chain de novo.</go:definition>
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            <go:name>rubredoxin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A low molecular weight mononuclear iron protein involved in electron transfer, with an iron tetrahedrally coordinated by the sulfurs of four conserved cysteine residues.</go:definition>
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            <go:name>secreted phospholipase A2 activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: phosphatidylcholine + H2O = 1-acylglycerophosphocholine + a fatty acid anion.</go:definition>
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            <go:name>secretin (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Secretins are Gram-negative bacterial outer membrane proteins that form multimeric pores through which macromolecules, usually proteins, can pass. Form homomultimeric ring structures, 10-20 subunits per complex, with large central pores (inner diameters of 5-10 nm).</go:definition>
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            <go:name>secretin (sensu Mammalia)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Secretin is a hormone that takes part in the digestion process. It also has effects on organs other than gastrointestinal tract.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. A superfamily of proteins, many of which inhibit serine proteinases and exhibit a high degree of homology with classical serine proteinase inhibitors such as alpha1-antitrypsin or antithrombin.</go:definition>
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            <go:name>snRNA cap binding</go:name>
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            <go:synonym>ATP synthase</go:synonym>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O + Na+(in) = ADP + phosphate + Na+(out). Found in vacuoles of eukaryotes and in bacteria.</go:definition>
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            <go:name>sodium-transporting two-sector ATPase activity</go:name>
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            <go:synonym>sodium:dicarboxylate/tricarboxylate cotransporter activity</go:synonym>
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            <go:definition>OBSOLETE. A family of hormones that stimulate secretion of saliva and cause smooth muscle contraction and vasodilation.</go:definition>
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            <go:name>thioredoxin</go:name>
            <go:synonym>GO:0000013</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A small disulfide-containing redox protein that serves as a general protein disulfide oxidoreductase. Interacts with a broad range of proteins by a redox mechanism, based on the reversible oxidation of 2 cysteine thiol groups to a disulfide, accompanied by the transfer of 2 electrons and 2 protons. The net result is the covalent interconversion of a disulfide and a dithiol.</go:definition>
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            <go:name>thioredoxin-like 2Fe-2S ferredoxin</go:name>
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            <go:name>threonine/serine:sodium symporter activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (threonine or serine)(out) + Na+(out) = (threonine or serine)(in) + Na+(in).</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: 8 reduced ferredoxin + 8 H+ + nitrogen + 16 ATP = 8 oxidized ferredoxin + 2 NH3 + 16 ADP + 16 phosphate.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: ATP + H2O = ADP + phosphate. The hydrolysis of ATP by an AAA-ATPase, involved in the heterotypic fusion of membrane vesicles with target membranes and the homotypic fusion of various membrane compartments.</go:definition>
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            <go:name>viral host shutoff protein</go:name>
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            <go:name>viral-cell fusion molecule activity</go:name>
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            <go:name>yolk protein</go:name>
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            <go:name>zinc, cadmium uptake permease activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (Zn2+ or Cd2+)(out) = (Zn2+ or Cd2+)(in). The activity is driven by proton motive force, possibly by proton symport.</go:definition>
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            <go:name>zinc, cadmium, cobalt, nickel, lead-efflux ATPase activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: Me2+(in) + ATP = Me2+(out) + ADP + phosphate, where Me is Zn2+, Cd2+, Co2+, Ni2+ or Pb2+.</go:definition>
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            <go:name>zinc, iron permease activity</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Catalysis of the reaction: (Zn2+ or Fe2+)(out) = (Zn2+ or Fe2+)(in), probably powered by proton motive force.</go:definition>
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            <go:definition>Mediates the transfer of a signal from the outside to the inside of a cell by means other than the introduction of the signal molecule itself into the cell.</go:definition>
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            <go:name>non-kinase phorbol ester receptor activity</go:name>
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            <go:definition>The function of absorbing and responding to incidental electromagnetic radiation, particularly visible light, to initiate a change in cell function.</go:definition>
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            <go:definition>A G-protein coupled receptor that responds to incidental electromagnetic radiation, particularly visible light.</go:definition>
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            <go:definition>The function of absorbing and responding to electromagnetic radiation between approximately 660-730 nm to initiate a change in cell function.</go:definition>
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            <go:name>receptor porin activity</go:name>
            <go:definition>A porin of the bacterial outer membrane that forms transmembrane pores and transports relatively large molecules from the external milieu to the periplasm in an energized process. Energizing of transport across the outer membrane requires a heterotrimeric complex of proteins, the TonB-ExbB-ExbD complex, or in some cases, the TolA-TolQ-TolR complex. Energizing requires proton motive force across the cytoplasmic membrane.</go:definition>
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            <go:name>asialoglycoprotein receptor activity</go:name>
            <go:definition>The mediation of the endocytosis of plasma glycoproteins from which the terminal sialic acid residue on their complex carbohydrate moieties has been removed; recognizes the terminal galactose and N-acetylgalactosamine units; the complex of receptor and ligand is internalized and transported to a sorting organelle where disassociation occurs, the receptor being recycled to the cell membrane.</go:definition>
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            <go:name>repulsive netrin receptor activity</go:name>
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            <go:name>cytokinin receptor activity</go:name>
            <go:definition>Combining with a cytokinin to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>G-protein coupled cytokinin receptor activity</go:name>
            <go:definition>Combining with a cytokinin to initiate a change in cell activity. The receptor is G-protein coupled.</go:definition>
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            <go:name>G-protein coupled receptor activity</go:name>
            <go:synonym>G-protein linked receptor</go:synonym>
            <go:synonym>GPCR</go:synonym>
            <go:definition>A receptor that binds an extracellular ligand and transmits the signal to a heterotrimeric G-protein complex. These receptors are characteristically seven-transmembrane receptors and are made up of hetero- or homodimers.</go:definition>
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            <go:definition>Combining with the biogenic amine octopamine to initiate a change in cell activity. Octopamine is found in both vertebrates and invertebrates and can have properties both of a hormone and a neurotransmitter and acts as an adrenergic agonist.</go:definition>
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            <go:definition>Combining with the biogenic amine tyramine to initiate a change in cell activity. Tyramine is a sympathomimetic amine derived from tyrosine with an action resembling that of epinephrine.</go:definition>
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            <go:name>leukotriene receptor activity</go:name>
            <go:definition>Combining with a leukotriene to initiate a change in cell activity. Leukotrienes are pharmacologically active substances with a set of three conjugated double bonds; some contain a peptide moiety based on cysteine.</go:definition>
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            <go:definition>Combining with a cysteinyl leukotriene to initiate a change in cell activity. Cysteinyl leukotrienes are leukotrienes that contain a peptide moiety based on cysteine.</go:definition>
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            <go:definition>Combining with melatonin, N-acetyl-5-methoxytryptamine, to initiate a change in cell activity. Melatonin is a neuroendocrine substance that stimulates the aggregation of melanosomes in melanophores, thus lightening the skin.</go:definition>
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            <go:name>ICAM-3 receptor activity</go:name>
            <go:definition>Combining with ICAM-3, intercellular adhesion molecule 3, to initiate a change in cell activity. ICAM-3, or CD50, are constitutively expressed on monocytes, granulocytes and lymphocytes; on physiological stimulation, they become transiently phosphorylated on serine residues.</go:definition>
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            <go:name>immunoglobulin receptor activity</go:name>
            <go:synonym>polymeric-immunoglobulin receptor</go:synonym>
            <go:definition>A transmembrane receptor that binds polymeric IgA and IgM at the basolateral surface of epithelial cells; the complex is then transported across the cell to be secreted at the apical surface; during this process the extracellular domain (secretory component) is cleaved from the transmembrane domain.</go:definition>
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            <go:name>Fc receptor activity</go:name>
            <go:definition>Combining with the Fc region of an immunoglobulin protein to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>laminin receptor activity</go:name>
            <go:definition>Combining with a laminin, a glycoprotein that constitutes the majority of proteins in the basement membrane, to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>latrotoxin receptor activity</go:name>
            <go:synonym>latrophilin</go:synonym>
            <go:definition>Combining with alpha-latrotoxin, a potent presynaptic neurotoxin, to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>lipoprotein receptor activity</go:name>
            <go:definition>Combining with a lipoprotein to initiate a change in cell activity. A lipoprotein is any conjugated, water-soluble protein in which the nonprotein moiety consists of a lipid or lipids; the lipid may be triacylglycerol, cholesterol, or phospholipid, or a combination of these.</go:definition>
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            <go:synonym>VLDL receptor</go:synonym>
            <go:definition>Combining with a very-low-density lipoprotein to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>macrophage receptor activity</go:name>
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            <go:name>MHC class I receptor activity</go:name>
            <go:synonym>major histocompatibility complex class I receptor</go:synonym>
            <go:definition>A major histocompatibility complex class I receptor. These display processed antigens from the endocytosed bacteria. MHC class I proteins can form complexes with processed antigen peptides only if the antigen is synthesized in the same cell. As a consequence, T lymphocytes can only bind to class-I-positive cells that are synthesizing the antigen (eg. virus-infected cells).</go:definition>
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            <go:name>HLA-A specific activating MHC class I receptor activity</go:name>
            <go:definition>A receptor that binds MHC class I molecules of the HLA-A subclass and mediates signaling that increases natural killer cell activity.</go:definition>
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            <go:name>HLA-A specific inhibitory MHC class I receptor activity</go:name>
            <go:definition>A receptor that binds MHC class I molecules of the HLA-A subclass and mediates signaling that inhibits natural killer cell activity.</go:definition>
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            <go:name>HLA-B specific inhibitory MHC class I receptor activity</go:name>
            <go:definition>A receptor that binds MHC class I molecules of the HLA-B subclass and mediates signaling that inhibits natural killer cell activity.</go:definition>
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            <go:name>HLA-C specific inhibitory MHC class I receptor activity</go:name>
            <go:definition>A receptor that binds MHC class I molecules of the HLA-C subclass and mediates signaling that inhibits natural killer cell activity.</go:definition>
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            <go:name>MHC class II receptor activity</go:name>
            <go:synonym>major histocompatibility complex class II receptor</go:synonym>
            <go:definition>A major histocompatibility complex class II receptor. These display processed antigens from virally-infected or transformed cells. Class-II-positive cells ('antigen-presenting cells') can take up antigens from outside by endocytosis, degrade them into small peptides, and re-export the peptides (now bound to MHC class II protein) to the cell surface. These peptide-MHC class II complexes can then be recognized by specific CD4+ lymphocytes.</go:definition>
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            <go:name>natural killer cell receptor activity</go:name>
            <go:synonym>Ly49i</go:synonym>
            <go:definition>A receptor found on the surface of natural killer cells which binds Class I MHC antigens and is required for activation of NK activity. It belongs to the Ly49i family.</go:definition>
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            <go:name>non-G-protein coupled 7TM receptor activity</go:name>
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            <go:name>hedgehog receptor activity</go:name>
            <go:synonym>patched activity</go:synonym>
            <go:definition>Combining with the hedgehog protein to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>Wnt receptor activity</go:name>
            <go:definition>Combining with a member of the Wnt-family of signaling molecules to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>non-tyrosine kinase fibroblast growth factor receptor activity</go:name>
            <go:definition>A receptor belonging to the FGFR family but lacking the tyrosine kinase domain.</go:definition>
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            <go:name>nuclear export signal receptor activity</go:name>
            <go:synonym>NES receptor</go:synonym>
            <go:definition>Combining with a nuclear export signal to initiate a change in cell activity.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide receptor activity</go:name>
            <go:definition>Combining with a nucleotide to initiate a change in cell activity. A nucleotide is a compound that consists of a nucleoside esterified with a phosphate molecule.</go:definition>
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            <go:name>purinergic nucleotide receptor activity</go:name>
            <go:synonym>P2Y receptor</go:synonym>
            <go:synonym>purinoceptor</go:synonym>
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            <go:name>osmosensor activity</go:name>
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            <go:name>pentraxin receptor activity</go:name>
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            <go:name>neuronal pentraxin receptor activity</go:name>
            <go:synonym>neuronal pentaxin receptor</go:synonym>
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            <go:name>ribosome receptor activity</go:name>
            <go:definition>Receptor that anchors ribosomes to the endoplasmic reticulum (ER) membrane during protein translocation into the ER.</go:definition>
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            <go:name>scavenger receptor activity</go:name>
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            <go:synonym>receptor signalling complex scaffold activity</go:synonym>
            <go:definition>Functions to provide a scaffold for the assembly of a multiprotein receptor signaling complex.</go:definition>
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            <go:synonym>postsynaptic density scaffold protein</go:synonym>
            <go:definition>Functions as a scaffold bridging the N-methyl-D-aspartate receptor-PSD-95-GKAP complex and the mGluR-Homer complex, which are involved in receptor signaling in synapses.</go:definition>
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            <go:synonym>MAP-kinase scaffold protein activity</go:synonym>
            <go:definition>Functions as a scaffold for the assembly of a multiprotein mitogen-activated protein kinase (MAPK) complex. MAPK scaffold proteins have binding sites for MAPK pathway kinases as well as for upstream signaling proteins.</go:definition>
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            <go:synonym>receptor signalling protein serine/threonine kinase signalling protein activity</go:synonym>
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            <go:name>transforming growth factor beta receptor anchoring activity</go:name>
            <go:synonym>TGF-beta receptor anchoring activity</go:synonym>
            <go:synonym>TGFbeta receptor anchoring activity</go:synonym>
            <go:synonym>transforming growth factor beta receptor anchor activity</go:synonym>
            <go:definition>Binds to transforming growth factor beta receptor and anchors it to a particular subcellular location.</go:definition>
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            <go:synonym>receptor signalling protein serine/threonine phosphatase signalling protein activity</go:synonym>
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            <go:definition>Any function that supports basal (unregulated) transcription of genes by core RNA polymerase II. Five general transcription factors are necessary and sufficient for such basal transcription in yeast: TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH and TATA-binding protein (TBF).</go:definition>
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            <go:definition>Functions to prevent the termination of RNA synthesis. Acts as a regulatory device, eg. in phage lambda, enabling a terminator to be masked from RNA polymerase so that distal genes can be expressed.</go:definition>
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            <go:name>sigma factor activity</go:name>
            <go:definition>A sigma factor is the promoter specificity subunit of eubacterial-type multisubunit RNA polymerases, those whose core subunit composition is often described as alpha(2)-beta-beta-prime. (This type of multisubunit RNA polymerase complex is known to be found in eubacteria and plant plastids). Although sigma does not bind DNA on its own, when combined with the core to form the holoenzyme, this binds specifically to promoter sequences, with the sigma factor making sequence specific contacts with the promoter elements. The sigma subunit is released from the elongating form of the polymerase and is thus free to act catalytically for multiple RNA polymerase core enzymes.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of acetylcholine into, out of, within or between cells. Acetylcholine is an acetic acid ester of the organic base choline and functions as a neurotransmitter, released at the synapses of parasympathetic nerves and at neuromuscular junctions.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of L-glutamine, 2-amino-4-carbamoylbutanoic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of branched-chain aliphatic amino acids, amino acids with branched carbon skeleton without rings, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>D-amino acid transporter activity</go:name>
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                <go:reference>4.S.42 D-alanine/D-serine/glycine &gt; GO:D-serine transport ; GO:0042942 &gt; GO:D-alanine transport ; GO:0042941 &gt; GO:D-alanine transporter activity ; GO:0042944</go:reference>
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            <go:name>L-amino acid transporter activity</go:name>
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            <go:name>L-alanine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of L-alanine, the levorotatory isomer of 2-aminopropanoic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>L-cystine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of L-cystine (also known as dicysteine) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>L-diaminopimelate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of L-diaminopimelate, the anion of 2,6-diaminoheptanedioic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>L-gamma-aminobutyric acid transporter activity</go:name>
            <go:synonym>GABA transporter activity</go:synonym>
            <go:synonym>L-gamma-aminobutyrate transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of L-gamma-aminobutyric acid (4-aminobutanoic acid, GABA) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>gamma-aminobutyric acid permease activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: gamma-aminobutyric acid(out) + H+(out) = gamma-aminobutyric acid(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:name>gamma-aminobutyric acid transporter activity</go:name>
            <go:synonym>GABA transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: gamma-aminobutyric acid(out) + H+(out) = gamma-aminobutyric acid(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:synonym>GABA:sodium symporter activity</go:synonym>
            <go:synonym>sodium/chloride-dependent GABA transporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: gamma-aminobutyric acid(out) + Na+(out) = gamma-aminobutyric acid(in) + Na+(in).</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of L-isoleucine, (2R*,3R*)-2-amino-3-methylpentanoic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of L-leucine, 2-amino-4-methylpentanoic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of glycine, aminoethanoic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of homoserine, alpha-amino-gamma-hydroxybutyric acid, an intermediate in the biosynthesis of cystathionine, threonine and methionine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>sulfur amino acid transporter activity</go:name>
            <go:synonym>sulphur amino acid transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of amino acids containing sulfur (cystine, methionine and their derivatives) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>S-adenosylmethionine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of S-adenosylmethionine, S-(5'-adenosyl)-L-methionine, an important intermediate in one-carbon metabolism, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>S-methylmethionine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of S-methylmethionine into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>betaine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of betaine, the N-trimethyl derivative of an amino acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>cadaverine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of cadaverine, 1,5-pentanediamine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>choline transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of choline into, out of, within or between cells. Choline (2-hydroxyethyltrimethylammonium) is an amino alcohol that occurs widely in living organisms as a constituent of certain types of phospholipids and in the neurotransmitter acetylcholine.</go:definition>
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            <go:name>choline:sodium symporter activity</go:name>
            <go:synonym>sodium/choline symporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: choline(out) + Na+(out) = choline(in) + Na+(in).</go:definition>
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            <go:name>dopamine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of dopamine into, out of, within or between cells. Dopamine is a catecholamine neurotransmitter and a metabolic precursor of noradrenaline and adrenaline.</go:definition>
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            <go:name>dopamine:sodium symporter activity</go:name>
            <go:synonym>sodium/dopamine symporter</go:synonym>
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            <go:definition>Enables the directed movement of the amino alcohol sphingosine into, out of, within, or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of norepinephrine into, out of, within or between cells. Norepinephrine (3,4-dihydroxyphenyl-2-aminoethanol) is a hormone secreted by the adrenal medulla and a neurotransmitter in the sympathetic peripheral nervous system and in some tracts of the CNS. It is also the biosynthetic precursor of epinephrine.</go:definition>
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            <go:synonym>sodium/norepinephrine symporter</go:synonym>
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            <go:definition>Enables the directed movement of polyamines, organic compounds containing two or more amino groups, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:synonym>polyamine:proton antiporter</go:synonym>
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            <go:name>putrescine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of putrescine into, out of, within or between cells. Putrescine is 1,4-diaminobutane, the polyamine formed by decarboxylation of ornithine and the metabolic precursor of spermidine and spermine.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.166 putrescine/spermidine &gt; GO:putrescine transport ; GO:0015847 &gt; GO:spermidine transport ; GO:0015848 &gt; GO:spermidine transporter activity ; GO:0015606</go:reference>
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            <go:definition>Enables the directed movement of spermidine, N-(3-aminopropyl)-1,4-diaminobutane, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>spermine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of spermine into, out of, within or between cells. Spermine is a polybasic amine found in human sperm, in ribosomes and in some viruses, which is involved in nucleic acid packaging. Synthesis is regulated by ornithine decarboxylase which plays a key role in control of DNA replication.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of quaternary ammonium groups into, out of, within or between cells. Quaternary ammonium groups are any compound that can be regarded as derived from ammonium hydroxide or an ammonium salt by replacement of all four hydrogen atoms of the NH4+ ion by organic groups.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: quaternary ammonium group(out) + H+(out) = quaternary ammonium group(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:synonym>glycine betaine:proton symporter</go:synonym>
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            <go:name>serotonin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of serotonin into, out of, within or between cells. Serotonin (5-hydroxytryptamine) is a monoamine neurotransmitter occurring in the peripheral and central nervous systems.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle amine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of amines into, out of or within synaptic vesicles.</go:definition>
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            <go:name>taurine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of taurine into, out of, within or between cells. Taurine (2-aminoethanesulfonic acid) is a sulphur-containing amino acid derivative which is important in the metabolism of fats.</go:definition>
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            <go:name>taurine:sodium symporter activity</go:name>
            <go:synonym>sodium/chloride-dependent taurine transporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: taurine(out) + Na+(out) = taurine(in) + Na+(in).</go:definition>
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            <go:name>urea transporter activity</go:name>
            <go:synonym>GO:0015287</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of urea into, out of, within or between cells. Urea is the water soluble compound H2N-CO-NH2, produced in the liver via the ornithine-urea cycle. It is the main nitrogen-containing (urinary) excretion product in ureotelic animals.</go:definition>
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            <go:name>urea active transporter activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: urea(out) + Na+(out) = urea(in) + Na+(in).</go:definition>
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            <go:name>auxiliary transport protein activity</go:name>
            <go:definition>Facilitates transport across one or more biological membranes but do not themselves participate directly in transport. These proteins always function in conjunction with one or more established transport systems. They may provide a function connected with energy coupling to transport, play a structural role in complex formation, serve a biogenic or stability function or function in regulation.</go:definition>
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                <go:reference>4.8. Accessory Factors Involved in Transport</go:reference>
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            <go:name>boron transporter activity</go:name>
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            <go:name>carbohydrate transporter activity</go:name>
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            <go:definition>Enables the directed movement of carbohydrate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>disaccharide transporter activity</go:name>
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            <go:name>arbutin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of arbutin, a glycoside found in the bearberry and related plants which has been used to treat urinary-tract diseases, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>cellobiose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of cellobiose into, out of, within or between cells. Cellobiose, or 4-O-beta-D-glucopyranosyl-D-glucose, is a disaccharide that represents the basic repeating unit of cellulose.</go:definition>
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            <go:name>lactose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of lactose into, out of, within or between cells. Lactose is a disaccharide 4-O-beta-D-galactopyranosyl-D-glucose, and constitutes roughly 5% of the milk in almost all mammals.</go:definition>
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            <go:name>lactose:hydrogen symporter activity</go:name>
            <go:synonym>lactose:proton symporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: lactose(out) + H+(out) = lactose(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:name>maltose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of maltose into, out of, within or between cells. Maltose is the disaccharide 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-glucopyranose, an intermediate in the enzymatic breakdown of glycogen and starch.</go:definition>
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            <go:name>melibiose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of melibiose into, out of, within or between cells. Melibiose is the disaccharide 6-O-alpha-D-galactopyranosyl-D-glucose and occurs as a constituent of the trisaccharide raffinose or in the exudates and nectaries of a number of plants.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: melibiose(out) + monovalent cation(out) = melibiose(in) + monovalent cation(in).</go:definition>
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            <go:name>sucrose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of sucrose into, out of, within or between cells. Sucrose is the disaccharide O-beta-D-fructofuranosyl-(2-&gt;1)-alpha-D-glucopyranoside, a sweet-tasting, non-reducing sugar isolated industrially from sugar beet or sugar cane.</go:definition>
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            <go:name>trehalose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of trehalose into, out of, within or between cells. Trehalose is the disaccharide alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside that acts of a reserve carbohydrate in certain fungi, algae and lichens.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of hexuronide into, out of, within or between cells. Hexuronides are any compound formed by combination of glycosidic linkage of a hydroxy compound (eg. an alcohol or a saccharide) with the anomeric carbon atom of a hexuronate.</go:definition>
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            <go:synonym>glucuronide transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of glucuronosides into, out of, within or between cells. Glucuronosides are any compound formed by combination of glycosidic linkage of a hydroxy compound (eg. an alcohol or a saccharide) with the anomeric carbon atom of glucuronate.</go:definition>
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            <go:synonym>glucuronoside permease activity</go:synonym>
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            <go:name>D-galactarate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of D-galactarate, the dextrorotatory isomer of the anion of galactaric acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>D-glucuronate transporter activity</go:name>
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            <go:name>allose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of allose into, out of, within or between cells. Allose is an aldohexose similar to glucose, differing only in the configuration of the hydroxyl group of C-3.</go:definition>
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            <go:name>fructose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of fructose into, out of, within or between cells. Fructose exists in a open chain form or as a ring compound. D-fructose is the sweetest of the sugars and is found free in a large number of fruits and honey.</go:definition>
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            <go:name>fructose uniporter activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: fructose(out) = fructose(in).</go:definition>
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            <go:name>fucose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of fucose into, out of, within or between cells. Fucose is 6-deoxygalactose and has two enantiomers, D-fucose and L-fucose.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.64 fucose &gt; GO:fucose transport ; GO:0015756</go:reference>
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            <go:name>fucose:hydrogen symporter activity</go:name>
            <go:synonym>fucose:proton symporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: fucose(out) + H+(out) = fucose(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of galactosamine into, out of, within or between cells. Galactosamine is an aminodeoxysugar; D-galactosamine is a constituent of some glycolipids and glycosaminoglycans, commonly as its N-acetyl derivative.</go:definition>
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            <go:name>galactose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of galactose into, out of, within or between cells. D-galactose is widely distributed in combined form in plants, animals and microorganisms as a constituent of oligo- and polysaccharides; it also occurs in galactolipids and as its glucoside in lactose and melibiose.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of glucose-6-phosphate into, out of, within or between cells. Glucose-6-phosphate is a monophosphorylated derivative of glucose with the phosphate group attached to C-6.</go:definition>
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            <go:synonym>low-affinity glucose-sodium cotransporter</go:synonym>
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            <go:name>glucoside transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of glucosides into, out of, within or between cells. Glucosides are glycosides in which the sugar moiety is a glucose residue.</go:definition>
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            <go:name>alpha-glucoside transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of alpha-glucosides into, out of, within or between cells. Alpha-glucosides are glycosides in which the sugar moiety is a glucose residue, and the anomeric carbon of the bond is in an alpha configuration.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of beta-glucosides into, out of, within or between cells. Beta-glucosides are glycosides in which the sugar moiety is a glucose residue, and the anomeric carbon of the bond is in a beta configuration.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of salicin (saligenin-beta-D-glucopyranoside), a glucoside of o-hydroxybenzylalcohol, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.29 cellobiose/arbutin/salicin &gt; GO:salicin transport ; GO:0042948 &gt; GO:salicin transporter activity ; GO:0042950 &gt; GO:cellobiose transport ; GO:0019533 &gt; GO:cellobiose transporter activity ; GO:0019191 &gt; GO:salicin transporter activity ; GO:0042950</go:reference>
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            <go:name>hexose uniporter activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: hexose(out) = hexose(in).</go:definition>
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            <go:name>mannose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of mannose into, out of, within or between cells. Mannose is the aldohexose manno-hexose, the C-2 epimer of glucose. The D-(+)-form is widely distributed in mannans and hemicelluloses and is of major importance in the core oligosaccharide of N-linked oligosaccharides of glycoproteins.</go:definition>
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            <go:name>methylgalactoside transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of methylgalactoside into, out of, within or between cells. Methylgalactoside is a compound in which the H of the OH group on carbon-1 of galactose is replaced by a methyl group.</go:definition>
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            <go:name>N-acetylgalactosamine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of N-acetylgalactosamine into, out of, within or between cells. N-acetylgalactosamine, 2-acetamido-2-deoxygalactopyranose, is the n-acetyl derivative of galactosamine.</go:definition>
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            <go:name>N-acetylglucosamine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of N-acetylglucosamine into, out of, within or between cells. The D isomer of N-acetylglucosamine is a common structural unit of glycoproteins in plants, bacteria and animals; it is often the terminal sugar of an oligosaccharide moiety of a glycoprotein.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.142 N-acetylglucosamine &gt; GO:N-acetylglucosamine transport ; GO:0015764</go:reference>
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            <go:name>rhamnose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of rhamnose into, out of, within or between cells. Rhamnose occurs commonly as a compound of plant glycosides, in polysaccharides of gums and mucilages, and in bacterial polysaccharides. It is also a component of some plant cell wall polysaccharides and frequently acts as the sugar components of flavonoids.</go:definition>
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            <go:name>sorbose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of sorbose into, out of, within or between cells. Sorbose is the ketohexose xylo-2-hexulose; L-sorbose is formed by bacterial oxidation of sorbitol. Sorbose is produced commercially by fermentation and is used as an intermediate in the manufacture of ascorbic acid.</go:definition>
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            <go:name>pentose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a pentose sugar, a monosaccharide with 5 carbon atoms, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>arabinose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of arabinose, a pentose monosaccharide that occurs in both D and L configurations, and as a polymer, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>arabinose efflux permease activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H+(out) + arabinose(in) = H+(in) + arabinose(out).</go:definition>
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            <go:name>arabinose polymer transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of an arabinose polymer, a repeating chain of arabinose monomers, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>arabinose:hydrogen symporter activity</go:name>
            <go:synonym>arabinose:proton symporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: arabinose(out) + H+(out) = arabinose(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:name>L-arabinose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of L-arabinose into, out of, within or between cells. Arabinose occurs free, for example in the heartwood of many conifers and in the combined states, in both furanose and pyranose forms, as a constituent of various plant hemicelluloses, bacterial polysaccharides, etc.</go:definition>
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            <go:name>L-arabinose/beta-D-thiogalactopyranoside:hydrogen antiporter activity</go:name>
            <go:synonym>L-arabinose/beta-D-thiogalactopyranoside:proton antiporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: H+(out) + (L-arabinose or beta-D-thiogalactopyranoside)(in) = H+(in) + (L-arabinose or beta-D-thiogalactopyranoside)(out).</go:definition>
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            <go:name>D-ribose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of D-ribose into, out of, within or between cells. As beta-D-ribofuranose, D-ribose forms the glycose moiety of all ribonucleosides, ribonucleotides and ribonucleic acids, and also of ribose phosphates, various glycosides, some coenzymes and some forms of vitamin B12.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.10 allose/ribose &gt; GO:allose transport ; GO:0015754 &gt; GO:ribose transport ; GO:0015752 &gt; GO:allose transporter activity ; GO:0015593</go:reference>
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            <go:name>D-xylose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of D-xylose into, out of, within or between cells. D-xylose (the naturally occurring enantiomer is always D-) is a constituent of plant polysaccharides.</go:definition>
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            <go:name>D-xylose:hydrogen symporter activity</go:name>
            <go:synonym>D-xylose:proton symporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: D-xylose(out) + H+(out) = D-xylose(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-sugar transporter activity</go:name>
            <go:synonym>GO:0005339</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of nucleotide-sugars into, out of, within or between cells. A nucleotide-sugars is any nucleotide in which the distal phosphoric residue of a nucleoside 5'-diphosphate is in glycosidic linkage with a monosaccharide or monosaccharide derivative.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine nucleotide sugar transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of pyrimidine nucleotide-sugars into, out of, within or between cells. Pyrimidine nucleotide-sugars are pyrimidine nucleotides in glycosidic linkage with a monosaccharide or monosaccharide derivative.</go:definition>
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            <go:name>CMP-sialic acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of CMP-sialic acid into, out of, within or between cells. CMP-sialic acid is a substance composed of sialic acid in glycosidic linkage with cytidine monophosphate.</go:definition>
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            <go:name>GDP-fucose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of GDP-fucose into, out of, within or between cells. GDP-fucose is a substance composed of fucose in glycosidic linkage with guanosine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>GDP-mannose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of GDP-mannose into, out of, within or between cells. GDP-mannose is a substance composed of mannose in glycosidic linkage with guanosine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-galactose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of UDP-galactose into, out of, within or between cells. UDP-galactose is a substance composed of galactose in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-glucose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of UDP-glucose into, out of, within or between cells. UDP-glucose is a substance composed of glucose in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-glucuronic acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of UDP-glucuronic acid into, out of, within or between cells. UDP-glucuronic acid is a substance composed of glucuronic acid in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-N-acetylgalactosamine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of N-acetylgalactosamine into, out of, within or between cells. N-acetylgalactosamine is a substance composed of N-acetylgalactosamine, a common structural unit of oligosaccharides, in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-N-acetylglucosamine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of UDP-N-acetylglucosamine into, out of, within or between cells. N-acetylglucosamine is a substance composed of N-acetylglucosamine, a common structural unit of oligosaccharides, in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-xylose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of UDP-xylose into, out of, within or between cells. UDP-xylose is a substance composed of xylose in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>oligosaccharide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of oligosaccharide into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>oligosaccharide transporting porin activity</go:name>
            <go:synonym>raffinose porin</go:synonym>
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            <go:name>raffinose transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of raffinose into, out of, within or between cells. Raffinose occurs in plants almost as commonly as sucrose and is present in cereal grains, cotton seeds, and many legumes. It is synthesized from sucrose by transfer of a galactopyranoside from myo-inositol.</go:definition>
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            <go:name>raffinose:hydrogen symporter activity</go:name>
            <go:synonym>raffinose:proton symporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: raffinose(out) + H+(out) = raffinose(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:name>polysaccharide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of polysaccharides into, out of, within or between cells. A polysaccharide is a polymer of more than about 10 monosaccharide residues joined by glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:name>beta-glucan transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of beta-glucans into, out of, within or between cells. Beta-glucans are compounds composed of glucose residues linked by beta-glucosidic bonds.</go:definition>
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            <go:name>capsular-polysaccharide transporter activity</go:name>
            <go:synonym>capsule polysaccharide transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of capsular-polysaccharides into, out of, within or between cells. Capsular polysaccharides make up the capsule, a protective structure surrounding some species of bacteria and fungi.</go:definition>
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            <go:name>dextrin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of dextrin, any one, or the mixture, of the intermediate polysaccharides formed during the hydrolysis of starch, which are dextrorotatory, soluble in water, and precipitable in alcohol, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>maltodextrin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of maltodextrin, any polysaccharide of glucose residues in beta-(1,4) linkage, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>lipopolysaccharide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of lipopolysaccharides into, out of, within or between cells. A lipopolysaccharide is any of a group of related, structurally complex components of the outer membrane of Gram-negative bacteria. Lipopolysaccharides consist three covalently linked regions, lipid A, core oligosaccharide, and an O side chain. Lipid A is responsible for the toxicity of the lipopolysaccharide.</go:definition>
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            <go:name>teichoic acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of teichoic acid into, out of, within or between cells. Teichoic acid is any polymer occurring in the cell wall, membrane or capsule of Gram-positive bacteria and containing chains of glycerol phosphate or ribitol phosphate residues.</go:definition>
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            <go:name>sialic acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of sialic acid into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>sialic acid permease activity</go:name>
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            <go:name>sugar porter activity</go:name>
            <go:synonym>sugar transporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: sugar(out) + H+(out) = sugar(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:synonym>general alpha-glucoside transporter</go:synonym>
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            <go:synonym>general alpha-glucoside:proton symporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: alpha-glucoside(out) + H+(out) = alpha-glucoside(in) + H+(in). Alpha-glucosides include trehalose, maltose, turanose, isomaltose, alpha-methylglucoside, maltotriose, palatinose, trehalose and melezitose.</go:definition>
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            <go:name>glycerol-phosphate:inorganic phosphate antiporter activity</go:name>
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            <go:name>hexose-phosphate:inorganic phosphate antiporter activity</go:name>
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            <go:synonym>hexuronate (glucuronate/galacturonate) porter activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: hexuronate(out) + cation(out) = hexuronate(in) + cation(in). The hexuronate may be glucuronate or galacturonate.</go:definition>
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            <go:synonym>lactate permease</go:synonym>
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            <go:synonym>hydrogen/myo-inositol transporter</go:synonym>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: myo-inositol(out) + H+(out) = myo-inositol(in) + H+(in).</go:definition>
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            <go:name>electrochemical potential-driven transporter activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the carrier-mediated transfer of one or more substances across a membrane. Transport occurs in three ways: uniport, a single species is transported by facilitated diffusion in a process not coupled to the utilization of a primary source of energy; antiport, two or more species are transported in opposite directions in a tightly coupled process not directly linked to a form of energy other than chemiosmotic energy; and symport, two or more species are transported together in the same direction in a tightly coupled process not directly linked to a form of energy other than chemiosmotic energy.</go:definition>
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            <go:synonym>active transporter</go:synonym>
            <go:definition>A transporter of solutes that utilizes a carrier-mediated process to catalyze uniport, symport or antiport between aqueous phases on either side of a lipid membrane.</go:definition>
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            <go:name>antimonite porter activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the movement of antimonite by uniport, symport or antiport across a membrane by a carrier-mediated mechanism.</go:definition>
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            <go:name>antiporter activity</go:name>
            <go:synonym>countertransporter</go:synonym>
            <go:synonym>exchange transporter</go:synonym>
            <go:synonym>exchanger</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the exchange of one or more molecular species for another across a membrane.</go:definition>
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            <go:name>acridine:proton antiporter activity</go:name>
            <go:synonym>acridine efflux pump activity</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the exchange of acridine for H+ across a membrane.</go:definition>
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            <go:name>glutathione-regulated potassium exporter activity</go:name>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: sulfate(out) + H+(out) = sulfate(in) + H+(in). Transporter that mediates the transport of sulfate between cellular or subcellular compartments with a low affinity for hydrogen and sulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>sodium/bile acid symporter</go:synonym>
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            <go:definition>Enables the directed movement of thyroid hormones into, out of, within or between cells. Thyroid hormone are any of the compounds secreted by the thyroid gland, largely thyroxine and triiodothyronine.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the transport of a solute, driven by the hydrolysis of the diphosphate bond of inorganic pyrophosphate, ATP, or another nucleoside triphosphate. The transport protein may or may not be transiently phosphorylated, but the substrate is not phosphorylated.</go:definition>
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            <go:synonym>depolarisation-activated voltage-gated calcium channel</go:synonym>
            <go:synonym>depolarization-activated calcium channel</go:synonym>
            <go:definition>Allows the movement of calcium across a cell membrane through a transmembrane channel whose opening and closing is responsive to changes in membrane potential. This activity is activated in response to membrane depolarization caused by H+ influx mediated by sucrose-H+ transporters.</go:definition>
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            <go:name>voltage-gated proton channel activity</go:name>
            <go:definition>A voltage-gated proton channel; unique among ion channels with respect to their extremely high selectivity, marked temperature dependence, and unitary conductance, which is three orders of magnitude lower than that of most ion channels.</go:definition>
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            <go:synonym>NADPH oxidase-associated cytochrome b558 proton channel</go:synonym>
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            <go:definition>Allows the energy independent passage of small (less than 1000 Da) solutes across a membrane. The transmembrane portions of porins consist exclusively of beta-strands which form a beta-barrel. They are found in the outer membranes of Gram-negative bacteria, mitochondria, plastids and possibly acid-fast Gram-positive bacteria.</go:definition>
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            <go:definition>Transports a protein virulence factor from the periplasm to the external milieu; the virulence factor and the porin are the N- and C-terminal regions of the same protein, respectively.</go:definition>
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            <go:definition>A porin that acts in the assembly of fimbria together with fimbrial chaperone.</go:definition>
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            <go:name>nucleoside-specific channel forming porin activity</go:name>
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            <go:name>drug transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a drug into, out of, within or between cells. A drug is any naturally occurring or synthetic substance, other than a nutrient, that, when administered or applied to an organism, affects the structure or functioning of the organism; in particular, any such substance used in the diagnosis, prevention, or treatment of disease.</go:definition>
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            <go:name>acriflavin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of acriflavin into, out of, within or between cells. Acriflavin is a fluorescent dye used as a local antiseptic and also as a biological stain. It intercalates into nucleic acids thereby inhibiting bacterial and viral replication.</go:definition>
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            <go:name>alkane transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of alkanes into, out of, within or between cells. Alkanes are saturated aliphatic hydrocarbon compounds.</go:definition>
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            <go:name>amiloride transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of amiloride of amiloride into, out of, within or between cells. Amiloride is a potent and specific inhibitor of sodium ion entry into cells. It is used as a potassium-sparing diuretic.</go:definition>
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            <go:name>antibiotic transporter activity</go:name>
            <go:definition>The directed movement of an antibiotic, a substance produced by or derived from certain fungi, bacteria, and other organisms, that can destroy or inhibit the growth of other microorganisms, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>bicyclomycin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of bicyclomycin into, out of, within or between cells. Bicyclomycin (or bicozamycin) is an antibacterial drug often used as a livestock feed additive.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.127 multidrug/bicyclomycin &gt; GO:bicyclomycin transport ; GO:0015905</go:reference>
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            <go:name>chloramphenicol transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of chloramphenicol, a broad-spectrum antibiotic that inhibits bacterial protein synthesis, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>cycloheximide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of cycloheximide into, out of, within or between cells. Cycloheximide is an antibiotic produced by Streptomyces which interferes with protein synthesis in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>fosmidomycin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of fosmidomycin, a phosphonic acid derivative with potent activity against Gram-negative organisms, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.61 fosmidomycin/H+ &gt; GO:fosmidomycin transport ; GO:0042894</go:reference>
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            <go:name>nalidixic acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of nalidixic acid into, out of, within or between cells. Nalidixic acid is a synthetic antibiotic that interferes with DNA gyrase and inhibits prokaryotic replication.</go:definition>
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            <go:name>polymyxin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of polymyxin, any of a group of related antibiotics produced by Bacillus polymyxa and active against most Gram-negative bacteria, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>tetracycline transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of tetracycline into, out of, within or between cells. Tetracycline is a broad spectrum antibiotic that blocks binding of aminoacyl tRNA to the ribosomes of both gram-positive and gram-negative organisms (and those of organelles).</go:definition>
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            <go:name>azole transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of azoles, heterocyclic compound found in many biologically important substances, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>aminotriazole transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of aminotriazole into, out of, within or between cells. Aminotriazole is an effective weed killer that also possesses some antithyroid activity.</go:definition>
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            <go:name>fluconazole transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of fluconazole into, out of, within or between cells. Fluconazole is an antifungal drug used for oral candidiasis and cryptococcal meningitis; it is still under study for treatment of vaginal candidiasis and other fungal infections.</go:definition>
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            <go:name>sulfathiazole transporter activity</go:name>
            <go:synonym>sulphathiazole transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of sulfathiazole into, out of, within or between cells. Sulfathiazole is an antibacterial agent of the sulfonamide group.</go:definition>
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            <go:name>benomyl transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of benomyl into, out of, within or between cells. Benomyl, methyl 1-(butylcarbamoyl)-2-benzimidazolecarbamate, is a systemic agricultural fungicide used for control of certain fungal diseases of stone fruit.</go:definition>
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            <go:name>carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone transporter activity</go:name>
            <go:synonym>CCCP transporter</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone into, out of, within or between cells. Carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone is a proton ionophore, commonly used as an uncoupling agent and inhibitor of photosynthesis because of its effects on mitochondrial and chloroplast membranes.</go:definition>
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            <go:name>microcin uptake permease activity</go:name>
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            <go:name>multidrug transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of drugs into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>multidrug efflux pump activity</go:name>
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                <go:reference>TIGR00711 drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily</go:reference>
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                <go:reference>TIGR00957 multi drug resistance-associated protein (MRP)</go:reference>
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            <go:name>organomercurial transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of organomercurial compounds into, out of, within or between cells. Organomercurial substances are any organic compound containing a mercury atom.</go:definition>
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            <go:name>anion transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of atoms or small molecules with a negative charge into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>inorganic anion transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of inorganic anions into, out of, within or between cells. Inorganic anions are atoms or small molecules with a negative charge which do not contain carbon in covalent linkage.</go:definition>
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            <go:name>antimonite transporter activity</go:name>
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            <go:definition>Enables the directed movement of arsenite into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of bicarbonate into, out of, within or between cells. Bicarbonate is the hydrogencarbonate ion, HCO3-.</go:definition>
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            <go:name>chlorate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of chlorate into, out of, within or between cells. Chlorates are inorganic salts of chloric acid that contain the ClO3- ion.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of chloride ions into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>chromate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of chromate into, out of, within or between cells. Chromate is the anion of chromic acid, H2CrO4 (aq) or CrO3.</go:definition>
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            <go:name>cyanate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of cyanate, NCO-, the anion of cyanic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>inorganic diphosphate transporter activity</go:name>
            <go:synonym>inorganic pyrophosphate transporter</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the transfer of inorganic diphosphate across a membrane.</go:definition>
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            <go:name>iodide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of iodide ions into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>molybdate ion transporter activity</go:name>
            <go:synonym>molybdate transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of molybdate (MoO4 2-) ions into, out of, within or between cells. Molybdate is the bivalent anion derived from molybdic acid.</go:definition>
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            <go:name>nitrate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of nitrate ions (NO3-) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>nitrite transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of nitrite (NO2(-)) ions into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>phosphate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of phosphate (PO4 3-) ions into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>high affinity phosphate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Transporter that catalyzes phosphate transport with a high affinity for phosphate.</go:definition>
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            <go:name>silicate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of silicates into, out of, within or between cells. A silicate is a salt of a silicic acid; there are many different types of silicate, including unisilicates, metasilicates and hydrous silicates, depending on the silicic acid used to form the silicate.</go:definition>
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            <go:name>sulfate transporter activity</go:name>
            <go:synonym>sulphate transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of sulfate ions (SO4 2-) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.174 sulfate &gt; GO:sulfate transport ; GO:0008272</go:reference>
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            <go:name>nucleotide-sulfate transporter activity</go:name>
            <go:synonym>GO:0005341</go:synonym>
            <go:synonym>nucleotide-sulphate transporter activity</go:synonym>
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            <go:name>sulfite transporter activity</go:name>
            <go:synonym>sulphite transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of sulfite ions into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>tellurite transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of tellurite into, out of, within or between cells. Tellurite is a salt of tellurous acid or an oxide of tellurium which occurs sparingly in tufts of white or yellowish crystals.</go:definition>
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            <go:name>thiosulfate transporter activity</go:name>
            <go:synonym>thiosulphate transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of thiosulfate ions (S2O3 2-) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.178 thiosulfate &gt; GO:thiosulfate transport ; GO:0015709 &gt; GO:sulfate transport ; GO:0008272</go:reference>
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            <go:name>organic anion transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of organic anions into, out of, within or between cells. Organic cations are atoms or small molecules with a negative charge which contain carbon in covalent linkage.</go:definition>
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            <go:name>dicarboxylic acid transporter activity</go:name>
            <go:synonym>GO:0005312</go:synonym>
            <go:synonym>dicarboxylate carrier</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of dicarboxylic acids into, out of, within or between cells. A dicarboxylic acid is an organic acid with two COOH groups.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.46 dicarboxylate &gt; GO:dicarboxylic acid transport ; GO:0006835</go:reference>
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            <go:accession>GO:0015139</go:accession>
            <go:name>alpha-ketoglutarate transporter activity</go:name>
            <go:synonym>oxoglutarate transporter</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of alpha-ketoglutarate into, out of, within or between cells. Alpha-ketoglutarate (or oxoglutarate) is a compound with important roles in carbohydrate and amino acid metabolism, especially in transamination reactions and as a component of the TCA cycle.</go:definition>
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            <go:name>C4-dicarboxylate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of C4-dicarboxylate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>fumarate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of fumarate into, out of, within or between cells. Fumarate is a key intermediate in metabolism and is formed in the TCA cycle from succinate and converted into malate.</go:definition>
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            <go:name>malate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of malate into, out of, within or between cells. Malate is a chiral hydroxydicarboxylic acid, hydroxybutanedioic acid. The (+) enantiomer is an important intermediate in metabolism as a component of both the TCA cycle and the glyoxylate cycle.</go:definition>
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            <go:synonym>oxalic acid transporter</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of oxalate into, out of, within or between cells. Oxalate, or ethanedioic acid, occurs in many plants and is highly toxic to animals.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.60 formate/oxalate &gt; GO:formate transport ; GO:0015724 &gt; GO:oxalate transport ; GO:0019532 &gt; GO:formate transporter activity ; GO:0015499</go:reference>
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            <go:name>succinate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of succinate, the dianion of ethane dicarboxylic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>tartrate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of tartrate into, out of, within or between cells. Tartrate is the anion of 2,3-dihydroxybutanedioic acid, one of the aldaric acids. The L(+) enantiomer occurs widely in plants, especially in grape juice, and in fungi and bacteria.</go:definition>
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            <go:name>hexose phosphate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of hexose phosphate into, out of, within or between cells. Hexose phosphates is any of a group of monophosphorylated aldoses with a chain of six carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:name>monocarboxylic acid transporter activity</go:name>
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            <go:synonym>monocarboxylate carrier</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of monocarboxylic acids into, out of, within or between cells. A monocarboxylic acid is an organic acid with one COOH group.</go:definition>
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            <go:name>3-phenylpropionic acid transporter activity</go:name>
            <go:synonym>3-phenylpropionate acid transporter activity</go:synonym>
            <go:synonym>HCA transporter activity</go:synonym>
            <go:synonym>hydrocinnamic acid transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of 3-phenylpropionic acid into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>acetate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of acetate into, out of, within or between cells. Acetate is the 2-carbon carboxylic acid ethanoic acid.</go:definition>
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            <go:name>allantoate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of allantoate into, out of, within or between cells. Allantoate is the end product of purine metabolism in mammals and some fish, formed form allantoin. It is widely distributed in plants as an important source of stored nitrogen.</go:definition>
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            <go:name>bile acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of bile acid into, out of, within or between cells. Bile acids are any of a group of steroid carboxylic acids occurring in bile, where they are present as the sodium salts of their amides with glycine or taurine.</go:definition>
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            <go:name>canalicular bile acid transporter activity</go:name>
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            <go:name>bilirubin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of bilirubin into, out of, within or between cells. Bilirubin is a linear tetrapyrrole produced in the reticuloendothelial system from biliverdin and transported to the liver as a complex with serum albumin. In the liver, bilirubin is converted to bilirubin bisglucuronide, which is excreted in the bile.</go:definition>
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            <go:name>formate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of formate into, out of, within or between cells. Formate is also known as methanoate, the anion HCOO- derived from methanoic (formic) acid.</go:definition>
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            <go:name>gluconate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of gluconate into, out of, within or between cells. Gluconate is the aldonic acid derived from glucose.</go:definition>
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            <go:name>L-idonate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of L-idonate into, out of, within or between cells. L-idonate is an aldonic acid derived from L-idose, an aldohexose which is epimeric with D-glucose.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.70 gluconate/L-idonate &gt; GO:gluconate transport ; GO:0015725 &gt; GO:L-idonate transport ; GO:0015726 &gt; GO:gluconate transporter activity ; GO:0015128</go:reference>
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            <go:name>lactate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of lactate into, out of, within or between cells. Lactate is 2-hydroxypropanoate, CH3-CHOH-COOH; L(+)-lactate is formed by anaerobic glycolysis in animal tissues, and DL-lactate is found in sour milk, molasses and certain fruit juices.</go:definition>
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            <go:name>mevalonate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of mevalonate into, out of, within or between cells. Mevalonate is the anion of mevalonic acid; its (R)-enantiomer is a strategic intermediate derived from hydroxymethylglutaryl-CoA in the biosynthesis of polyprenyl compounds.</go:definition>
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            <go:name>oxaloacetate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of oxaloacetate, the anion of oxobutanedioic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>propionate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of propionate into, out of, within or between cells. Propionate (or propanoate) is the organic acid CH3-CH2-COOH.</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxyphenyl propanoate transporter activity</go:name>
            <go:synonym>3-hydroxyphenyl propionate transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of 3-hydroxyphenyl propanoate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>prostaglandin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of prostaglandins into, out of, within or between cells. A prostaglandin is any of a group of biologically active metabolites which contain a cyclopentane ring due to the formation of a bond between two carbons of a fatty acid. They have a wide range of biological activities.</go:definition>
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            <go:name>pyruvate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of pyruvate, 2-oxopropanoate, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>shikimate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of shikimate into, out of, within or between cells. Shikimate is an important intermediate in the biosynthesis of aromatic amino acids.</go:definition>
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            <go:name>uronic acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of uronic acid into, out of, within or between cells. Uronic acids are any monocarboxylic acid formally derived by oxidizing to a carboxyl group the terminal hydroxymethylene group of either an aldose with four or more carbon atoms in the molecule, or of any glycoside derived from such an aldose.</go:definition>
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            <go:name>hexuronate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of hexuronates into, out of, within or between cells. A hexuronate is any monocarboxylic acid derived from a hexose by oxidation of C-6.</go:definition>
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            <go:name>galacturonate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of galacturonate into, out of, within or between cells. Galacturonate is the uronic acid formally derived from galactose by oxidation of the hydroxymethylene group at C-6 to a carboxyl group.</go:definition>
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            <go:name>glucuronate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of glucuronate into, out of, within or between cells. Glucuronate is the uronic acid formally derived from glucose by oxidation of the hydroxymethylene group at C-6 to a carboxyl group.</go:definition>
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            <go:name>phosphoenolpyruvate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of phosphoenolpyruvate into, out of, within or between cells. Phosphoenolpyruvate is the phosphate ester formed from the hydroxy group of the enol tautomer of pyruvate. It is a key intermediate in glycolysis and gluconeogenesis, and in the biosynthesis of aromatic amino acids.</go:definition>
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            <go:name>phosphoglycerate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of phosphoglycerates into, out of, within or between cells. Phosphoglycerates are important intermediates in glycolysis and 3-phosphoglycerate is a precursor in serine biosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>phosphonate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of phosphonate into, out of, within or between cells. A phosphonate is any salt, anion, or ester of phosphonic acid (HPO(OH)2).</go:definition>
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            <go:name>alkylphosphonate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of an alkylphosphonate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>tricarboxylic acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of tricarboxylic acids into, out of, within or between cells. Tricarboxylic acid are organic acids with three COOH groups.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of citrate, 2-hydroxy-1,2,3-propanetricarboyxlate, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>urate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of urate into, out of, within or between cells. Urate is the anion of uric acid, 2,6,8-trioxypurine, the end product of purine metabolism in certain mammals and the main excretory product in uricotelic animals.</go:definition>
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            <go:name>cation transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of atoms or small molecules with a positive charge into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>di-, tri-valent inorganic cation transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of inorganic cations with a valency of two or three into, out of, within or between cells. Inorganic cations are atoms or small molecules with a positive charge which do not contain carbon in covalent linkage.</go:definition>
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            <go:name>aluminum ion transporter activity</go:name>
            <go:synonym>aluminium ion transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of aluminum (Al) ions into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>aluminum resistance permease activity</go:name>
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            <go:definition>Enables the directed movement of an iron chelate into, out of, within or between cells. An iron chelate is a heterocyclic compound having a metal ion attached by coordinate bonds to at least two nonmetal ions.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the reaction: Zn2+(out) = Zn2+(in). The activity is driven by proton motive force, possibly by proton antiport.</go:definition>
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            <go:name>zinc porter activity</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: ATP + H2O + Zn2+(out) = ADP + phosphate + Zn2+(in).</go:definition>
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            <go:name>sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism</go:name>
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            <go:name>organic cation transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of organic cations into, out of, within or between cells. Organic cations are atoms or small molecules with a positive charge which contain carbon in covalent linkage.</go:definition>
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            <go:name>ammonium transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of ammonium into, out of, within or between cells. Ammonium is the cation NH4+ which is formed from N2 by root-nodule bacteria in leguminous plants and is an excretory product in ammonotelic animals.</go:definition>
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            <go:name>molybdenum ion transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of molybdenum (Mo) ions into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>transition metal ion transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of transition metal ions into, out of, within or between cells. A transition metal is an element whose atom has an incomplete d-subshell of extranuclear electrons, or which gives rise to a cation or cations with an incomplete d-subshell. Transition metals often have more than one valency state. Biologically relevant transition metals include vanadium, manganese, iron, copper, cobalt, nickel, molybdenum and silver.</go:definition>
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            <go:definition>Catalysis of the stereospecific transfer of a substrate across a biological membrane into a cell.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of lactone, any of a series of organic compounds, regarded as anhydrides of certain hydroxy acids, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.90 homoserine/lactone &gt; GO:homoserine transport ; GO:0042968 &gt; GO:homoserine transporter activity ; GO:0042970 &gt; GO:lactone transport ; GO:0042969</go:reference>
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            <go:definition>Enables the directed movement of lipids into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>fatty acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of fatty acids into, out of, within or between cells. Fatty acids are aliphatic monocarboxylic acids liberated from naturally occurring fats and oils by hydrolysis.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of long-chain fatty acids into, out of, within or between cells. Long-chain fatty acids have a chain length of greater than 12 carbons.</go:definition>
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            <go:synonym>fatty-acyl-CoA-transporting ATPase</go:synonym>
            <go:definition>Catalysis of the reaction: ATP + H2O + fatty acyl CoA(cis) = ADP + phosphate + fatty acyl CoA(trans). The transport of fatty acyl CoA into and out of peroxisomes.</go:definition>
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            <go:name>short-chain fatty acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of short-chain fatty acids into, out of, within or between cells. Short-chain fatty acids have a chain length of less than 8 carbons.</go:definition>
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            <go:name>fatty acyl transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a fatty acyl group into, out of, within or between cells. A fatty acyl group is any acyl group derived from a fatty acid.</go:definition>
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            <go:name>fatty acyl CoA transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a fatty acyl CoA group into, out of, within or between cells. A fatty acyl CoA group is any acyl group derived from a fatty acid with a coenzyme A moiety attached to it.</go:definition>
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            <go:name>glycolipid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of glycolipids, compounds containing (usually) 1-4 linked monosaccharide residues joined by a glycosyl linkage to a lipid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>phospholipid transporter activity</go:name>
            <go:synonym>GO:0008497</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of phospholipids into, out of, within or between cells. Phospholipids are a class of lipids containing phosphoric acid as a mono- or diester.</go:definition>
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            <go:name>aminophospholipid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of aminophospholipids into, out of, within or between cells. Aminophospholipids contain phosphoric acid as a mono- or diester and an amino (NH2) group.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylcholine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of phosphatidylcholine into, out of, within or between cells. Phosphatidylcholine refers to a class of glycerophospholipids in which the phosphatidyl group is esterified to the hydroxyl group of choline.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol transporter activity</go:name>
            <go:synonym>phosphatidylinositol transfer</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of phosphatidylinositol into, out of, within or between cells. Phosphatidylinositol refers to any glycophospholipids with its sn-glycerol 3-phosphate residue is esterified to the 1-hydroxyl group of 1D-myo-inositol.</go:definition>
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            <go:name>phospholipid scramblase activity</go:name>
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            <go:name>sphingolipid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of sphingolipids into, out of, within or between cells. Sphingolipids are a class of lipids containing the long-chain amine diol sphingosine or a closely related base (a sphingoid).</go:definition>
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            <go:name>sterol transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of sterols into, out of, within or between cells. Sterol are steroids with one or more hydroxyl groups and a hydrocarbon side-chain in the molecule.</go:definition>
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            <go:name>cholesterol transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of cholesterol into, out of, within or between cells. Cholesterol is the principal sterol of vertebrates and the precursor of many steroids, including bile acids and steroid hormones.</go:definition>
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            <go:name>neurotransmitter transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a neurotransmitter into, out of, within or between cells. Neurotransmitters are any chemical substance that is capable of transmitting (or inhibiting the transmission of) a nerve impulse from a neuron to another cell.</go:definition>
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            <go:name>nitric oxide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of nitric oxide, nitrogen monoxide, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>nucleobase, nucleoside, nucleotide and nucleic acid transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of nucleobases, nucleosides, nucleotides and nucleic acids, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>DNA-protein complex transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of DNA-protein complexes into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of a nucleobase, any nitrogenous base that is a constituent of a nucleoside, nucleotide, or nucleic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of allantoin, (2,5-dioxo-4-imidazolidinyl)urea, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>purine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of purines, one of the two classes of nitrogen-containing ring compounds found in DNA and RNA, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>adenine transporter activity</go:name>
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            <go:name>guanine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of guanine, 2-amino-6-hydroxypurine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>xanthine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of xanthine, into, out of, within or between cells. Xanthine (2,6-dihydroxypurine) is a purine formed in the metabolic breakdown of guanine, but is not present in nucleic acids.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of pyrimidines, one of the two classes of nitrogen-containing ring compounds found in DNA and RNA, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>18050	146	Transport and binding proteins	Nucleosides, purines and pyrimidines &gt; GO:nucleoside transporter ; GO:0005337 &gt; GO:purine transporter ; GO:0005345</go:reference>
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            <go:name>cytosine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of cytosine, 4-amino-2-hydroxypyrimidine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>uracil transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of uracil, 2,4-dioxopyrimidine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>nucleoside transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a nucleoside, a nucleobase linked to either beta-D-ribofuranose (ribonucleoside) or 2-deoxy-beta-D-ribofuranose, (a deoxyribonucleotide), into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>purine nucleoside transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a purine nucleoside, a purine base covalently bonded to a ribose or deoxyribose sugar, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate transporter activity</go:name>
            <go:synonym>3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulphate transporter activity</go:synonym>
            <go:synonym>PAPS transporter activity</go:synonym>
            <go:synonym>adenosine 3'-phosphate 5'-phosphosulfate transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate, a naturally occurring mixed anhydride synthesized from adenosine 5'-phosphosulfate, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>xanthosine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of xanthosine, xanthine riboside, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine nucleoside transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a pyrimidine nucleoside, a pyrimidine base covalently bonded to a ribose or deoxyribose sugar, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>cytidine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of cytidine, cytosine riboside, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>uridine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of uridine, uracil riboside, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:name>deoxynucleotide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Catalyzes transport of all four deoxy (d) NDPs, and, less efficiently, the corresponding dNTPs, in exchange for dNDPs, ADP, or ATP.</go:definition>
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            <go:name>purine nucleotide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a purine nucleotide, any compound consisting of a purine nucleoside esterified with (ortho)phosphate, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:name>adenine nucleotide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Transports adenine nucleotides (AMP, ADP, and ATP) across membranes.</go:definition>
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            <go:name>ADP transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of ADP, adenosine diphosphate, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>ATP transporter activity</go:name>
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            <go:definition>Enables the directed movement of a purine ribonucleotide, any compound consisting of a purine ribonucleoside (a purine organic base attached to a ribose sugar) esterified with (ortho)phosphate, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine nucleotide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a pyrimidine nucleotide, any compound consisting of a pyrimidine nucleoside esterified with (ortho)phosphate, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of carboxylic acids into, out of, within or between cells. Carboxylic acids are organic acids containing one or more carboxyl (COOH) groups or anions (COO-).</go:definition>
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            <go:name>arabitol transporter activity</go:name>
            <go:synonym>arabinitol transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of arabitol into, out of, within or between cells. Arabitol is the pentitol derived from arabinose or lyxose by reduction of the aldehyde group. The D enantiomer is present in lichens and mushrooms.</go:definition>
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            <go:name>galactitol transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of galactitol into, out of, within or between cells. Galactitol is the hexitol derived by the reduction of the aldehyde group of either D- or L-galactose.</go:definition>
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            <go:name>glucitol transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of glucitol into, out of, within or between cells. Glucitol is the hexitol derived by the reduction of the aldehyde group of glucose.</go:definition>
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            <go:name>glycerol transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of glycerol into, out of, within or between cells. Glycerol is 1,2,3-propanetriol, a sweet, hygroscopic, viscous liquid, widely distributed in nature as a constituent of many lipids.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of glycerol-3-phosphate into, out of, within or between cells. Glycerol-3-phosphate is a phosphoric monoester of glycerol.</go:definition>
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            <go:name>mannitol transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of mannitol into, out of, within or between cells. Mannitol is the alditol derived from D-mannose by reduction of the aldehyde group.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of myo-inositol into, out of, within or between cells. Myo-inositol is 1,2,3,4,5/4,6-cyclohexanehexol, a growth factor for animals and microorganisms.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of propanediol into, out of, within or between cells. Propanediol is a sweet colorless, viscous, hygroscopic liquid used as an antifreeze and in brake fluid; it is also as a humectant in cosmetics and personal care items, although it can be absorbed through the skin with harmful effects.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of oxygen into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>peptide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of peptides, compounds of two or more amino acids where the alpha carboxyl group of one is bound to the alpha amino group of another, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>dipeptide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a dipeptide, a combination of two amino acids by means of a peptide (-CO-NH-) link, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>oligopeptide transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of oligopeptides into, out of, within or between cells. Oligopeptides are molecules that contain a small number (2 to 20) of amino-acid residues connected by peptide linkages.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of peptidoglycan peptides into, out of, within or between cells. Peptidoglycan peptides are the oligopeptides found in peptidoglycan networks which cross-link the polysaccharide chains.</go:definition>
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            <go:name>colicin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a colicin into, out of, within or between cells. Colicins are a group of antibiotics produced by E. coli and related species that are encoded by a group of naturally occurring plasmids eg. Col E1.</go:definition>
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            <go:name>group A colicin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of group A colicins (colicins E1, E2, E3, A, K, and N) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.81 group A colicins &gt; GO:group A colicin transport ; GO:0042915</go:reference>
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            <go:name>delta-pH dependent transporter activity</go:name>
            <go:definition>Transports proteins across membranes and transportation is dependent on pH gradient across the membranes.</go:definition>
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            <go:name>lipoprotein transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of any conjugated, water-soluble protein in which the nonprotein moiety consists of a lipid or lipids, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>MAPK phosphatase transporter activity</go:name>
            <go:synonym>GO:0045207</go:synonym>
            <go:synonym>MKP shuttle</go:synonym>
            <go:synonym>leptomycin B-sensitive MAPK phosphatase transporter activity</go:synonym>
            <go:synonym>leptomycin B-sensitive MKP shuttle</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of MAPK phosphatase into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>MAPK transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of MAP kinase into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>siderochrome transporter activity</go:name>
            <go:synonym>siderophore transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of siderochromes, low molecular weight Fe(III)-chelating substances, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>achromobactin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of achromobactin, a citrate siderophore, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.193 achromobactin &gt; GO:achromobactin transport ; GO:0042935</go:reference>
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            <go:name>chrysobactin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of the siderophore chrysobactin (alpha-N-(2,3-dihydroxybenzoyl)-D-lysyl-L-serine) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.192 chrysobactin &gt; GO:chrysobactin transport ; GO:0042932</go:reference>
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            <go:name>enterobactin transporter activity</go:name>
            <go:synonym>enterochelin transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of the siderochrome enterochelin, a cyclic trimer of 2, 3 dihydroxybenzoylserine into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.51 enterochelin &gt; GO:enterobactin transport ; GO:0042930</go:reference>
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            <go:name>ferrichrome transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a ferrichrome into, out of, within or between cells. Ferrichromes are any of a group of growth-promoting Fe(Ili) chelates formed by various genera of microfungi. They are homodetic cyclic hexapeptides made up of a tripeptide of glycine (or other small neutral amino acids) and a tripeptide of an N'acyl-N4-hydroxy-L-ornithine.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.58 ferrichrome &gt; GO:ferrichrome transport ; GO:0042928</go:reference>
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            <go:name>toxin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a toxin into, out of, within or between cells. A toxin is a poisonous compound (typically a protein) that is produced by cells or organisms and that can cause disease when introduced into the body or tissues of an organism.</go:definition>
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            <go:name>vitamin/cofactor transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed transport of vitamins and cofactors into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>acetyl-CoA transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of acetyl-CoA into, out of, within or between cells. Acetyl-CoA is a derivative of coenzyme A in which the sulfhydryl group is acetylated; it is a metabolite derived from several pathways (eg. glycolysis, fatty acid oxidation, amino-acid catabolism) and is further metabolized by the tricarboxylic acid cycle. It is a key intermediate in lipid and terpenoid biosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>biopterin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of biopterin into, out of, within or between cells. Biopterin is a growth factor for certain protozoans and some insects; it is widely distributed in tissues and functions in a reduced form, tetrahydrobiopterin, as a hydroxylation coenzyme.</go:definition>
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            <go:name>biotin transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of biotin into, out of, within or between cells. Biotin is cis-tetrahydro-2-oxothieno(3,4-d)imidazoline-4-valeric acid; the (+) enantiomer is very widely distributed in cells and serves as a carrier in a number of enzymatic beta-carboxylation reactions.</go:definition>
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            <go:name>carnitine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of carnitine into, out of, within or between cells. Carnitine is a compound that participates in the transfer of acyl groups across the inner mitochondrial membrane.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.27 carnitine &gt; GO:carnitine transport ; GO:0015879</go:reference>
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            <go:name>acyl carnitine transporter activity</go:name>
            <go:synonym>acylcarnitine transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of acyl carnitine into, out of, within or between cells. Acyl carnitine is the condensation product of a carboxylic acid and carnitine and is the transport form for a fatty acid crossing the mitochondrial membrane.</go:definition>
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            <go:name>coenzyme A transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of coenzyme A into, out of, within or between cells. Coenzyme A, 3'-phosphoadenosine-(5')diphospho(4')pantatheine, is an acyl carrier in many acylation and acyl-transfer reactions in which the intermediate is a thiol ester.</go:definition>
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            <go:name>creatine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of creatine into, out of, within or between cells. Creatine is a compound synthesized from the amino acids arginine, glycine, and methionine that occurs in muscle.</go:definition>
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            <go:name>flavin-adenine dinucleotide transporter activity</go:name>
            <go:synonym>FAD transporter activity</go:synonym>
            <go:synonym>flavin adenine dinucleotide transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of flavin-adenine dinucleotide (FAD) into, out of, within or between cells. FAD forms the coenzyme of the prosthetic group of various flavoprotein oxidoreductase enzymes, in which it functions as an electron acceptor by being reversibly converted to its reduced form.</go:definition>
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            <go:name>folate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of folate into, out of, within or between cells. Folate is the anion of folic acid, which is widely distributed as a member of the vitamin B complex and is essential for the synthesis of purine and pyrimidines.</go:definition>
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            <go:name>5-formyltetrahydrofolate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of 5-formyltetrahydrofolate, the formylated derivative of tetrahydrofolate, into, out of, within, or between cells.</go:definition>
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            <go:synonym>haem transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of heme, any compound of iron complexed in a porphyrin (tetrapyrrole) ring, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>L-ascorbate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of L-ascorbate into, out of, within or between cells. L-ascorbate is a six-carbon carbohydrate-like compound found in fruit and vegetables. It has vitamin C activity in humans and guinea pigs.</go:definition>
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            <go:name>nicotinamide mononucleotide transporter activity</go:name>
            <go:synonym>nicotinamide ribonucleotide transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of nicotinamide mononucleotide into, out of, within or between cells. Nicotinamide mononucleotide is a ribonucleotide in which the nitrogenous base, nicotinamide, is in beta-n-glycosidic linkage with the c-1 position of d-ribose. It is a constituent of NAD+ and NADP.</go:definition>
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            <go:definition>Enables the directed movement of pantothenate into, out of, within or between cells. Pantothenate is the anion of pantothenic acid, the amide of beta-alanine and pantoic acid; it is a B complex vitamin that is a constituent of coenzyme A and is distributed ubiquitously in foods.</go:definition>
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            <go:synonym>thiamine transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of thiamin into, out of, within or between cells. Thiamin is vitamin B1, a water soluble vitamin present in fresh vegetables and meats, especially liver.</go:definition>
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            <go:name>vitamin B12 transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of vitamin B12, a water-soluble vitamin characterized by possession of a corrin nucleus containing a cobalt atom, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:name>water transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of water (H2O) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>xenobiotic transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of a xenobiotic, a compound foreign to living organisms, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxyphenylpropionic acid transporter activity</go:name>
            <go:synonym>3-(3-hydroxyphenyl)propionic acid transporter activity</go:synonym>
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            <go:definition>Enables the directed movement of 3-hydroxyphenylpropionic acid into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>acridine transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of acridine (10-azaanthracene), a heterocyclic ring compound found in crude coal-tar anthracene, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>alkanesulfonate transporter activity</go:name>
            <go:synonym>alkanesulphonate transporter activity</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of alkanesulfonate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>benzoate transporter activity</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of benzoate, the anion of benzoic acid (benzenecarboxylic acid) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>triplet codon-amino acid adaptor activity</go:name>
            <go:synonym>tRNA</go:synonym>
            <go:synonym>transfer RNA</go:synonym>
            <go:definition>Mediates the insertion of an amino acid at the correct point in the sequence of a nascent polypeptide chain during protein synthesis.</go:definition>
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            <go:name>biological_process</go:name>
            <go:definition>A phenomenon marked by changes that lead to a particular result, mediated by one or more gene products.</go:definition>
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            <go:definition>The specific actions or reactions of an organism in response to external or internal stimuli. Patterned activity of a whole organism in a manner dependent upon some combination of that organism's internal state and external conditions.</go:definition>
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            <go:name>adult walking behavior</go:name>
            <go:definition>The actions or reactions of an adult relating to the progression of that organism along the ground by the process of lifting and setting down each leg.</go:definition>
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            <go:name>jump response</go:name>
            <go:definition>The sudden, usually upward, movement off the ground or other surface through sudden muscular effort in the legs, following the sudden exposure to an external stimulus.</go:definition>
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            <go:name>chemosensory jump behavior</go:name>
            <go:definition>The sudden, usually upward, movement off the ground or other surface through sudden muscular effort in the legs, following the sudden exposure to a chemical substance.</go:definition>
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            <go:name>behavioral response to cocaine</go:name>
            <go:definition>A change in the behavior of an organism as a result of exposure to cocaine.</go:definition>
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            <go:name>behavioral response to ethanol</go:name>
            <go:definition>A change in the behavior of an organism as a result of exposure to ethanol.</go:definition>
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            <go:name>behavioral response to ether</go:name>
            <go:definition>A change in the behavior of an organism as a result of exposure to ether.</go:definition>
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            <go:name>behavioral fear response</go:name>
            <go:definition>An acute behavioral change resulting from a perceived external threat.</go:definition>
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            <go:name>behavioral response to pain</go:name>
            <go:definition>A change in the behavior of an organism as a result of nociceptor activation, or nociception. Nociceptors, which are peripheral receptors for pain, include receptors which are sensitive to painful mechanical stimuli, extreme heat or cold, and chemical stimuli. Nociception is the perception of pain.</go:definition>
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            <go:name>behavioral response to water deprivation</go:name>
            <go:synonym>behavioral response to drought</go:synonym>
            <go:synonym>behavioral response to thirst</go:synonym>
            <go:definition>A change in the behavior of an organism as a result of a prolonged deprivation of water.</go:definition>
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            <go:name>chemosensory behavior</go:name>
            <go:definition>Behavior that is dependent upon the sensation of chemicals.</go:definition>
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            <go:name>olfactory behavior</go:name>
            <go:definition>The actions or reactions of an organism in response to an odour.</go:definition>
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            <go:name>proboscis extension reflex</go:name>
            <go:definition>The extension, through direct muscle actions, of the proboscis (the trunk-like extension of the mouthparts on the adult external head) in response to a sugar stimulus.</go:definition>
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            <go:name>feeding behavior</go:name>
            <go:synonym>drinking</go:synonym>
            <go:synonym>eating</go:synonym>
            <go:definition>Behavior (GO:0007610) associated with the intake of food.</go:definition>
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            <go:name>behavioral response to starvation</go:name>
            <go:definition>A change in the behavior of an organism as a result of deprivation of nourishment.</go:definition>
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            <go:name>drinking behavior</go:name>
            <go:definition>The specific actions or reactions of an organism relating to the intake of liquids, especially water.</go:definition>
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            <go:name>eating behavior</go:name>
            <go:definition>The specific actions or reactions of an organism relating to the intake of food, any substance (usually solid) that can be metabolized by an organism to give energy and build tissue.</go:definition>
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            <go:name>pharyngeal pumping</go:name>
            <go:synonym>pumping behavior</go:synonym>
            <go:definition>The contraction and relaxation movements of the pharyngeal muscle that mediate feeding in nematodes.</go:definition>
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            <go:name>regulation of pharyngeal pumping</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the contraction and relaxation movements of the pharyngeal muscle that mediates feeding in nematodes.</go:definition>
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            <go:name>larval feeding behavior</go:name>
            <go:definition>Feeding behavior (GO:0007631) in a larval (immature) organism.</go:definition>
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            <go:name>taste aversion</go:name>
            <go:definition>A conditioned aversion to a specific chemical compound as a result of that compound being coupled with a noxious stimulus.</go:definition>
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            <go:name>grooming behavior</go:name>
            <go:definition>The specific actions or reactions of an organism relating to grooming, cleaning and brushing to remove dirt and parasites.</go:definition>
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            <go:name>larval behavior</go:name>
            <go:synonym>GO:0017037</go:synonym>
            <go:definition>Behavior (GO:0007610) in a larval form of an organism, an immature organism that must undergo metamorphosis to assume adult characteristics.</go:definition>
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            <go:name>larval locomotory behavior</go:name>
            <go:definition>Locomotory behavior (GO:0007626) in a larval (immature) organism.</go:definition>
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            <go:name>larval walking behavior</go:name>
            <go:definition>The actions or reactions of a larval organism relating to the progression of that organism along the ground by the process of lifting and setting down each leg.</go:definition>
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            <go:name>learning and/or memory</go:name>
            <go:definition>The acquisition and processing of information and/or the storage and retrieval of this information over time.</go:definition>
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            <go:name>learning</go:name>
            <go:definition>Any process in an organism in which a relatively long-lasting adaptive behavioral change occurs as the result of experience.</go:definition>
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            <go:name>associative learning</go:name>
            <go:synonym>conditional learning</go:synonym>
            <go:synonym>conditional response</go:synonym>
            <go:definition>Learning by associating a stimulus (the cause) with a particular outcome (the effect).</go:definition>
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            <go:name>nonassociative learning</go:name>
            <go:synonym>unconditional response</go:synonym>
            <go:definition>A simple form of learning whereby the repeated presence of a stimulus leads to a change in the probability or strength of the response to that stimulus. There is no association of one type of stimulus with another, rather it is a generalized response to the environment.</go:definition>
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            <go:name>habituation</go:name>
            <go:definition>A decrease in a behavioral response to a repeated stimulus. This is exemplified by the failure of a person to show a startle response to a loud noise that has been repeatedly presented.</go:definition>
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            <go:name>sensitization</go:name>
            <go:definition>An increased in a behavioral response to a repeated stimulus. For example, a shock to the tail of the marine snail Aplysia, to which the snail responds by withdrawing its gill, will result in increased gill withdrawal the next time the skin is touched.</go:definition>
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            <go:name>olfactory learning</go:name>
            <go:definition>Any process in an organism in which a relatively long-lasting adaptive behavioral change occurs in response to (repeated) exposure to an olfactory cue.</go:definition>
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            <go:name>visual learning</go:name>
            <go:synonym>spatial learning</go:synonym>
            <go:definition>Any process in an organism in which a change in behavior of an individual in response to repeated exposure to a visual cue.</go:definition>
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            <go:name>vocal learning</go:name>
            <go:definition>Any process in an organism in which a relatively long-lasting adaptive behavioral change occurs in response to (repeated) exposure to an auditory cue.</go:definition>
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            <go:name>memory</go:name>
            <go:definition>The activities involved in the mental information processing system that receives (registers), modifies, stores, and retrieves informational stimuli. The main stages involved in the formation and retrieval of memory are encoding (processing of received information by acquisition), storage (building a permanent record of received information as a result of consolidation) and retrieval (calling back the stored information and use it in a suitable way to execute a given task).</go:definition>
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            <go:name>anesthesia-resistant memory</go:name>
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            <go:name>long-term memory</go:name>
            <go:definition>The activities involved in the mental information processing system that deals with the storage, retrieval and modification of information a long time (typically weeks, months or years) after receiving that information. This type of memory is typically dependent on gene transcription regulated by second messenger activation.</go:definition>
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            <go:name>short-term memory</go:name>
            <go:definition>The activities involved in the mental information processing system that deals with the storage, retrieval and modification of information received a short time (up to about 30 minutes) ago. This type of memory is typically dependent on direct, transient effects of second messenger activation.</go:definition>
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            <go:name>locomotory behavior</go:name>
            <go:definition>The abilities associated with normal movement, including both general motion and specifically coordinated patterns of activity.</go:definition>
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            <go:synonym>geotactic behavior</go:synonym>
            <go:definition>The orientated locomotion of an organism in response to gravity.</go:definition>
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            <go:synonym>negative geotactic behavior</go:synonym>
            <go:definition>The orientated locomotion of an organism away from the source of gravity.</go:definition>
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            <go:synonym>positive geotactic behavior</go:synonym>
            <go:definition>The orientated locomotion of an organism towards the source of gravity.</go:definition>
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            <go:name>locomotion</go:name>
            <go:definition>Performing basic movements of any kind.</go:definition>
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            <go:name>backward locomotion</go:name>
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            <go:name>regulation of backward locomotion</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the speed, mechanical force, or rhythm of the posterior movement of an organism.</go:definition>
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            <go:definition>Anterior movement of an organism, following the direction of the head of the animal.</go:definition>
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            <go:name>regulation of forward locomotion</go:name>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of locomotion of an organism.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of locomotion</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of locomotion of an organism.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of locomotion of an organism.</go:definition>
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            <go:name>locomotor rhythm</go:name>
            <go:synonym>circadian locomotor activity rhythm</go:synonym>
            <go:definition>The rhythm of the locomotor activity of an organism during its 24 hour activity cycle.</go:definition>
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            <go:definition>The orientated locomotion of an organism in response to light.</go:definition>
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            <go:definition>The oriented locomotion of an organism towards a source of light.</go:definition>
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            <go:synonym>regulation of behaviour</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of behavior, the specific actions or reactions of an organism in response to external or internal stimuli.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of circadian rhythm</go:name>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of a circadian rhythm behavior.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the circadian sleep/wake cycle.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep</go:name>
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            <go:name>negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep</go:name>
            <go:synonym>negative regulation of non-REM sleep</go:synonym>
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            <go:definition>The actions of reactions of a male of the Drosophilidae family, for the purpose of attracting a sexual partner.</go:definition>
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            <go:definition>The process during courtship where the male Drosophila licks the genitalia of a stationary female fly with his proboscis.</go:definition>
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            <go:name>male courtship behavior (sensu Insecta), orientation</go:name>
            <go:definition>The process during courtship, where the male Drosophila orients towards a potential partner.</go:definition>
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            <go:definition>The process during courtship where the male Drosophila taps the female with his frontal leg.</go:definition>
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            <go:definition>The process during Insect courtship where the male extends his wings.</go:definition>
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            <go:definition>The process during courtship where the male Drosophila vibrates his wings.</go:definition>
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            <go:definition>The process during wing vibration where the Drosophila male produces a species-specific acoustic signal called a love song.</go:definition>
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            <go:definition>The hardening, enlarging and rising of the penis which often occurs in the sexually aroused male and enables sexual intercourse. Achieved by increased inflow of blood into the vessels of erectile tissue, and decreased outflow.</go:definition>
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            <go:definition>The expulsion of seminal fluid, thick white fluid containing spermatozoa, from the male genital tract.</go:definition>
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            <go:name>mating behavior, sex discrimination</go:name>
            <go:definition>The actions or reactions of individuals for the purpose of discriminating between the sexes, for the purpose of finding a suitable mating partner.</go:definition>
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            <go:name>post-mating behavior</go:name>
            <go:definition>The specific actions or reactions of an organism following mating.</go:definition>
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            <go:name>mating plug formation</go:name>
            <go:synonym>copulatory plug deposition</go:synonym>
            <go:synonym>copulatory plug formation</go:synonym>
            <go:synonym>mating plug deposition</go:synonym>
            <go:definition>The deposition of a plug of sperm or other gelatinous material into the opening of the vulva by a male at the termination of copulation. Probably acts to prevent subsequent matings by other males.</go:definition>
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            <go:synonym>egg laying</go:synonym>
            <go:definition>The deposition of eggs (either fertilized or not) upon a surface or into a medium such as water.</go:definition>
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            <go:name>paternal behavior</go:name>
            <go:definition>Male behaviors associated with the care and rearing of offspring.</go:definition>
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            <go:definition>The specific actions or reactions of an organism that recur with measured regularity.</go:definition>
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            <go:name>circadian rhythm</go:name>
            <go:definition>The specific actions or reactions of an organism that recur with a regularity of approximately 24 hours.</go:definition>
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            <go:name>circadian sleep/wake cycle</go:name>
            <go:definition>The cycle from wakefulness through an orderly succession of sleep states and stages that occurs on an approximately 24 hour rhythm.</go:definition>
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            <go:name>circadian sleep/wake cycle, sleep</go:name>
            <go:definition>The part of the circadian sleep/wake cycle where the organism is asleep.</go:definition>
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            <go:name>circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep</go:name>
            <go:definition>All sleep stages in the circadian sleep/wake cycle other than REM sleep. These stages are characterized by a slowing of brain waves and other physiological functions.</go:definition>
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            <go:name>circadian sleep/wake cycle, REM sleep</go:name>
            <go:definition>A stage in the circadian sleep cycle during which dreams occur and the body undergoes marked changes including rapid eye movement, loss of reflexes, and increased pulse rate and brain activity.</go:definition>
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            <go:name>circadian sleep/wake cycle, wakefulness</go:name>
            <go:definition>The part of the circadian sleep/wake cycle where the organism is not asleep.</go:definition>
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            <go:name>eclosion rhythm</go:name>
            <go:definition>The timing of the emergence of the adult fly from its pupal case, which usually occurs at dawn.</go:definition>
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            <go:name>entrainment of circadian clock</go:name>
            <go:definition>The synchronization of a circadian rhythm to environmental time cues such as light.</go:definition>
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            <go:name>ultradian rhythm</go:name>
            <go:definition>The specific actions or reactions of an organism that recur with a regularity more frequent than every 24 hours.</go:definition>
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            <go:name>thermosensory behavior</go:name>
            <go:definition>Behavior that is dependent upon the sensation of temperature.</go:definition>
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            <go:name>visual behavior</go:name>
            <go:definition>The actions or reactions of an organism in response to a visual stimulus.</go:definition>
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            <go:definition>The actions or reactions of an organism pertaining to movement of the eyes and of objects in the visual field, as in nystagmus.</go:definition>
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            <go:name>pattern orientation</go:name>
            <go:definition>The actions or reactions of an individual in response to the orientation of a visual pattern. This is exemplified by some classes of insects which are able to detect and learn the orientation of a set of stripes and subsequently behaviorally discriminate between horizontal, vertical or 45 degree stripes.</go:definition>
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            <go:definition>Used for the annotation of gene products whose process is not known or cannot be inferred.</go:definition>
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                <go:reference>unclassified &gt; GO:cellular_component unknown ; GO:0008372 &gt; GO:molecular_function unknown ; GO:0005554</go:reference>
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            <go:name>cellular process</go:name>
            <go:definition>Processes that are carried out at the cellular level, but are not necessarily restricted to a single cell. For example, cell communication occurs among more than one cell, but occurs at the cellular level.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that mediates interactions between a cell and its surroundings. Encompasses interactions such as signaling or attachment between one cell and another cell, between a cell and an extracellular matrix, or between a cell and any other aspect of its environment.</go:definition>
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            <go:definition>Cell recognition that involves the interaction of the cell with the extracellular matrix.</go:definition>
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            <go:name>contact guidance</go:name>
            <go:definition>Cell recognition involving the deposition of specific pathways in the extracellular matrix that guide migrating cells.</go:definition>
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            <go:name>neuronal cell recognition</go:name>
            <go:definition>The process by which a neuronal cell in a multicellular organism interprets its surroundings.</go:definition>
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            <go:definition>The recognition of molecules at a choice point by an axon growth cone; at a choice point the growth cone determines the direction of its future growth.</go:definition>
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            <go:name>calcium-dependent cell-cell adhesion</go:name>
            <go:definition>The attachment of one cell to another cell via adhesion molecules that require the presence of calcium for the interaction.</go:definition>
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            <go:name>flocculation (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>Mannose sensitive, non sexual aggregation of cells mediated by protein-carbohydrate (flocculin-mannan) interaction present in the cell wall. This process is pH and calcium dependent and reversible.</go:definition>
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            <go:name>regulation of calcium-dependent cell-cell adhesion</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the attachment of one cell to another cell via adhesion molecules that require the presence of calcium for the interaction.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of calcium-dependent cell-cell adhesion</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of calcium-dependent cell-cell adhesion.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of calcium-dependent cell-cell adhesion</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of calcium-dependent cell-cell adhesion.</go:definition>
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            <go:name>calcium-independent cell-cell adhesion</go:name>
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            <go:name>heterophilic cell adhesion</go:name>
            <go:definition>The attachment of an adhesion molecule in one cell to a nonidentical adhesion molecule in an adjacent cell.</go:definition>
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            <go:name>agglutination</go:name>
            <go:definition>The aggregation or adhesion of compatible mating-types via complementary cell-cell interactions prior to the formation of irreversible cellular contacts during conjugation.</go:definition>
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            <go:name>agglutination during conjugation with cellular fusion</go:name>
            <go:synonym>GO:0007334</go:synonym>
            <go:synonym>agglutination (sensu Saccharomyces)</go:synonym>
            <go:definition>During conjugation with cellular fusion, the aggregation or adhesion of compatible mating-types via complementary cell-cell interactions.</go:definition>
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            <go:name>agglutination during conjugation without cellular fusion</go:name>
            <go:definition>During conjugation without cellular fusion, the aggregation or adhesion of compatible mating-types via complementary cell-cell interactions.</go:definition>
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            <go:definition>Adherence of parasite-infected erythrocytes to microvascular endothelium.</go:definition>
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            <go:name>leukocyte cell adhesion</go:name>
            <go:definition>The attachment of an adhesion molecule on a leukocyte cell to a nonidentical adhesion molecule in an adjacent cell.</go:definition>
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            <go:name>neuronal cell adhesion</go:name>
            <go:definition>The attachment of an adhesion molecule on a neuronal cell to a nonidentical adhesion molecule in an adjacent cell.</go:definition>
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            <go:name>rosetting</go:name>
            <go:definition>The binding of parasite infected erythrocytes to uninfected erythrocytes.</go:definition>
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            <go:name>homophilic cell adhesion</go:name>
            <go:definition>The attachment of an adhesion molecule in one cell to an identical molecule in an adjacent cell.</go:definition>
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            <go:name>cell-matrix adhesion</go:name>
            <go:definition>The binding of a cell to the extracellular matrix via adhesion molecules.</go:definition>
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            <go:definition>Establishment and maturation of focal adhesions, complexes of intracellular signaling and structural proteins which provide a structural link between the internal actin cytoskeleton and the ECM, and also function as a locus of signal transduction activity.</go:definition>
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            <go:definition>Non-sexual aggregation of single-celled organisms in culture.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of attachment of a cell to another cell or to the extracellular matrix.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of cell adhesion.</go:definition>
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            <go:name>cell invasion</go:name>
            <go:definition>Invasion of a host cell by another cell (microorganism) or virus.</go:definition>
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            <go:synonym>cell-cell signalling</go:synonym>
            <go:definition>Any process that mediates the transfer of information from one cell to another.</go:definition>
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            <go:name>cell-cell signaling involved in cell fate commitment</go:name>
            <go:synonym>cell-cell signalling involved in cell fate commitment</go:synonym>
            <go:definition>Signaling between cells that results in the commitment of a cell to a certain fate. This is often done by secretion of proteins by one cell which affects the neighboring cells and causes them to adopt a certain fate.</go:definition>
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            <go:synonym>follicle stimulating hormone secretion</go:synonym>
            <go:definition>The regulated release of hormones, substances with a specific regulatory effect on a particular organ or group of cells.</go:definition>
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            <go:synonym>follitropin secretion</go:synonym>
            <go:definition>The regulated release of follicle-stimulating hormone, a gonadotropic glycoprotein hormone secreted by the anterior pituitary.</go:definition>
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            <go:name>regulation of follicle-stimulating hormone secretion</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the regulated release of follicle-stimulating hormone.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of follicle-stimulating hormone secretion</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the regulated release of follicle-stimulating hormone.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the regulated release of follicle-stimulating hormone.</go:definition>
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            <go:name>juvenile hormone secretion</go:name>
            <go:definition>The regulated release of juvenile hormones, the three sesquiterpenoid derivatives that function to maintain the larval state of insects at molting and that may be required for other processes, eg. oogenesis.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of juvenile hormone secretion.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of juvenile hormone secretion</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the regulated release of juvenile hormone.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of juvenile hormone secretion</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the regulated release of juvenile hormone.</go:definition>
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            <go:name>norepinephrine secretion</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving neurotransmitters, any of a group of substances that are released on excitation from the axon terminal of a presynaptic neuron of the central or peripheral nervous system and travel across the synaptic cleft to either excite or inhibit the target cell.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of norepinephrine, a hormone secreted by the adrenal medulla, and a neurotransmitter in the sympathetic peripheral nervous system and in some tracts in the central nervous system. It is also the demethylated biosynthetic precursor of epinephrine.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of serotonin (5-hydroxytryptamine), a monoamine neurotransmitter occurring in the peripheral and central nervous systems, also having hormonal properties.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of norepinephrine, a hormone secreted by the adrenal medulla, and a neurotransmitter in the sympathetic peripheral nervous system and in some tracts in the central nervous system. It is also the demethylated biosynthetic precursor of epinephrine.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of octopamine, 1-(p-hydroxyphenyl)-2-aminoethanol. The D enantiomer is about one-tenth as active as norepihephrine and is found in the salivary glands of Octopus and Eledone species.</go:definition>
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            <go:definition>The regulated release of catecholamines, a group of physiologically important biogenic amines that possess a catechol (3,4-dihydroxyphenyl) nucleus and are derivatives of 3,4-dihydroxyphenylethylamine.</go:definition>
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            <go:definition>Formation of a new synaptic vesicle from the presynaptic membrane.</go:definition>
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            <go:definition>A protein coat is added to the synaptic vesicle to form the proper shape of the vesicle and to target the vesicle for transport to its destination.</go:definition>
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            <go:definition>Separation of a synaptic vesicle from the presynaptic membrane.</go:definition>
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            <go:definition>Internalization of the contents of a synaptic vesicle into the postsynaptic membrane following endocytosis.</go:definition>
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            <go:definition>Steps required to form an initiated synaptic vesicle into a fully formed and transmissible synaptic vesicle.</go:definition>
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            <go:definition>Return of a vesicle from the postsynaptic membrane to presynaptic membrane.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle to endosome fusion</go:name>
            <go:definition>Fusion of a synaptic vesicle with the membrane of an organelle called an endosome.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle uncoating</go:name>
            <go:definition>The removal of the protein coat on a synaptic vesicle.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle exocytosis</go:name>
            <go:definition>Exocytosis of a synaptic vesicle from the presynaptic membrane.</go:definition>
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            <go:name>endosome to synaptic vesicle budding</go:name>
            <go:definition>Budding of synaptic vesicles during the formation of constitutive recycling vesicles from early endosomes.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle docking</go:name>
            <go:definition>Docking of a synaptic vesicle with the postsynaptic membrane.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle fusion</go:name>
            <go:definition>Fusion of the synaptic vesicle with the postsynaptic membrane.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle priming</go:name>
            <go:definition>Preparation of the presynaptic membrane with GTP-binding protein to allow assembly of a protein coat that will form the shape of the vesicle and target it to its destination.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle targeting</go:name>
            <go:definition>Targeting of a synaptic vesicle to a specific destination membrane.</go:definition>
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            <go:name>neurotransmitter uptake</go:name>
            <go:synonym>neurotransmitter recycling</go:synonym>
            <go:definition>The uptake of neurotransmitters by presynaptic neurons or glial cells. This process leads to inactivation and recycling of neurotransmitters. It does not occur during cholinergic synaptic transmission. Instead, acetylcholine is enzymatically degraded in the synaptic cleft.</go:definition>
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            <go:name>regulation of synapse structure and function</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the physical form or the activity of a synapse, the junction between a neuron and a target (neuron, muscle, or secretory cell).</go:definition>
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            <go:name>regulation of synapse structure</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the physical form of a synapse, the junction between a neuron and a target (neuron, muscle, or secretory cell).</go:definition>
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            <go:name>regulation of synaptic transmission</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency or rate of synaptic transmission, the process of communication from a neuron to a target (neuron, muscle, or secretory cell) across a synapse.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of synaptic transmission</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of synaptic transmission, the process of communication from a neuron to a target (neuron, muscle, or secretory cell) across a synapse.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of synaptic transmission</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of synaptic transmission, the process of communication from a neuron to a target (neuron, muscle, or secretory cell) across a synapse.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle transport</go:name>
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            <go:definition>Transport of vesicles containing neurotransmitters back and forth across the synapse.</go:definition>
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            <go:name>evasion of host defense response</go:name>
            <go:definition>Any process by which a pathogen evades or minimizes the effects of a defense response mounted against it by its host.</go:definition>
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            <go:name>evasion of host immune response</go:name>
            <go:synonym>immune evasion</go:synonym>
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            <go:name>active immune evasion</go:name>
            <go:definition>Any mechanism of immune avoidance that directly affects the host immune system, eg. blocking any stage in host MHC class I and II presentation.</go:definition>
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            <go:name>active immune evasion via modulation of antigen-processing/presentation pathway</go:name>
            <go:definition>Any mechanism of active immune avoidance which works by regulating the host's antigen-processing or presentation pathways eg. by blocking any stage in MHC class II presentation.</go:definition>
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            <go:name>active immune evasion via modulation of complement system</go:name>
            <go:definition>Any mechanism of active immune avoidance which works by regulating the host complement system e. g by possessing complement receptors which mediate attachment to, then infection of host macrophages, which are eventually destroyed.</go:definition>
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            <go:name>active immune evasion via modulation of host-cytokine network</go:name>
            <go:definition>Any mechanism of active immune avoidance which works by regulating host cytokine networks eg. by secreting proteins that mimic cytokine receptors that act to sequester host cytokines and inhibit action.</go:definition>
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            <go:name>passive immune evasion</go:name>
            <go:definition>Any mechanism of immune avoidance that does not directly interfere with the host immune system eg. some viruses enter a state of latency where their protein production is drastically downregulated, meaning that they are not detected by the host immune system.</go:definition>
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            <go:definition>Any process involved in the biological strategy of changing antigenic determinants on the surface that are exposed to another organism's immune system.</go:definition>
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            <go:name>viral evasion of host immune response</go:name>
            <go:definition>Avoidance by a virus of the host immune system.</go:definition>
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            <go:name>viral host defense evasion</go:name>
            <go:definition>The countering of host defenses by active or passive mechanisms.</go:definition>
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            <go:name>induction of apoptosis by virus</go:name>
            <go:definition>Viral processes that result in the induction of apoptosis of infected cells, facilitating release and spread of progeny virions.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of extracellular antiviral response by virus</go:name>
            <go:synonym>inhibition of extracellular antiviral response</go:synonym>
            <go:synonym>negative regulation by virus of extracellular antiviral response</go:synonym>
            <go:definition>Viral processes that result in the inhibition of extracellular (adaptive immune response) antiviral mechanisms, thereby facilitating viral replication.</go:definition>
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            <go:name>viral inhibition of host complement neutralization</go:name>
            <go:synonym>negative regulation by virus of host complement neutralization</go:synonym>
            <go:definition>Viral processes that result in the inhibition of complement neutralization of the host cell.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of intracellular antiviral response by virus</go:name>
            <go:synonym>negative regulation by virus of intracellular antiviral response</go:synonym>
            <go:synonym>viral inhibition of intracellular antiviral response</go:synonym>
            <go:definition>Viral processes that result in the inhibition of intracellular (innate immune response) antiviral mechanisms, thereby facilitating viral replication.</go:definition>
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            <go:name>viral inhibition of host cytokine production</go:name>
            <go:synonym>negative regulation by virus of host cytokine production</go:synonym>
            <go:definition>Viral processes that result in the inhibition of host cell cytokine production.</go:definition>
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            <go:name>viral inhibition of intracellular interferon activity</go:name>
            <go:synonym>negative regulation by virus of intracellular interferon activity</go:synonym>
            <go:definition>Viral processes that result in the inhibition of interferon activity within the host cell.</go:definition>
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            <go:name>viral inhibition of MHC class I cell surface presentation</go:name>
            <go:synonym>major histocompatibility complex</go:synonym>
            <go:synonym>negative regulation by virus of MHC class I cell surface presentation</go:synonym>
            <go:definition>Viral processes that result in the inhibition of presentation of MHC class I antigen-presenting proteins on the host cell surface.</go:definition>
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            <go:synonym>negative regulation of apoptosis by virus</go:synonym>
            <go:definition>Viral processes and gene products that result in the inhibition of apoptosis, facilitating prolonged cell survival during viral replication.</go:definition>
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            <go:name>viral inhibition of host cell protein biosynthesis shutoff</go:name>
            <go:synonym>negative regulation by virus of host cell protein biosynthesis shutoff</go:synonym>
            <go:definition>Viral processes that result in the inhibition of the shutoff of host cell protein biosynthesis that occurs in response to viral infection.</go:definition>
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            <go:name>virus-host interaction</go:name>
            <go:definition>Interactions, directly with the host cell macromolecular machinery, to allow virus replication.</go:definition>
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            <go:synonym>negative regulation by virus of expression of host genes with introns</go:synonym>
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            <go:definition>Viral processes that disperse host splicing factors (snRNPs) to prevent host mRNA splicing, thus reducing host protein production.</go:definition>
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            <go:synonym>negative regulation by virus of host mRNA splicing</go:synonym>
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            <go:name>compatible pollen-pistil interaction</go:name>
            <go:definition>An interaction between a pollen grain and pistil that results in unimpeded growth of the pollen tube through the stigma and style.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which pollen deposited on the stigma adheres to cells of the stigmatic papillae.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which water is taken up by pollen which may involve induction of water release from (dry) stigmas.</go:definition>
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            <go:definition>The recognition by factors in the stigma, of molecules present in or produced by pollen.</go:definition>
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            <go:definition>An interaction between a pollen grain and pistil that results in inhibition of pollen germination/growth.</go:definition>
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            <go:name>gametophytic self-incompatibility</go:name>
            <go:definition>A mechanism that functions to prevent self-fertilization in flowering plants that is determined by the diploid genotype of the parent plant. In sporophytic incompatibility the pollen does not germinate, consequently fertilization does not take place.</go:definition>
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            <go:name>sporophytic self-incompatibility</go:name>
            <go:definition>A mechanism that functions to prevent self-fertilization in flowering plants that is determined by the diploid genotype of the parent plant. In sporophytic incompatibility the pollen does not germinate, consequently fertilization does not take place.</go:definition>
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            <go:definition>A change in the state or activity of a cell (in terms of enzyme production, gene expression, etc.) as a result of deprivation of nourishment.</go:definition>
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            <go:definition>A change in the state or activity of a cell (in terms of enzyme production, gene expression, etc.) as a result of deprivation of phosphate.</go:definition>
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            <go:name>cellular response to sulfate starvation</go:name>
            <go:synonym>cellular response to sulphate starvation</go:synonym>
            <go:definition>A change in the state or activity of a cell (in terms of enzyme production, gene expression, etc.) as a result of sulfate deprivation.</go:definition>
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            <go:name>fruiting body formation (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>Formation of a fruiting body by aggregation of individual bacterial cells; a starvation response observed in myxobacteria.</go:definition>
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            <go:name>fruiting body formation (sensu Dictyosteliida)</go:name>
            <go:definition>Formation of a structure comprising a spore-containing case at the end of a stalk, as described in dictyostelid cellular slime molds such as Dictyostelium discoideum.</go:definition>
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            <go:name>stringent response</go:name>
            <go:definition>A specific global change in the metabolism of a bacterial cell (the downregulation of nucleic acid and protein synthesis, and the simultaneous upregulation of protein degradation and amino acid synthesis) as a result of starvation.</go:definition>
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            <go:synonym>cellular response to drought</go:synonym>
            <go:definition>A change in the state or activity of a cell (in terms of enzyme production, gene expression, etc.) as a result of a prolonged deprivation of water.</go:definition>
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            <go:name>DNA protection</go:name>
            <go:definition>The processes by which DNA is protected from damage by, for example, oxidative stress.</go:definition>
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            <go:name>interpretation of external signals that regulate cell growth</go:name>
            <go:definition>The process where external signals regulate whether a cell increases its mass (size).</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of a cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of nutrients.</go:definition>
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            <go:definition>The series of events required for nutrients to be detected and converted to a molecular signal.</go:definition>
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            <go:name>glutamine sensing</go:name>
            <go:definition>The mechanism by which an organism detects changes in levels of nitrogen metabolites.</go:definition>
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            <go:name>SOS response</go:name>
            <go:definition>An error-prone process for repairing damaged microbial DNA.</go:definition>
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            <go:definition>The processes by which STAT proteins (Signal Transducers and Activators of Transcription) are activated by members of the JAK (janus activated kinase) family of tyrosine kinases, following the binding of cytokines to their cognate receptor. Once activated, STATs dimerize and translocate to the nucleus and modulate the expression of target genes.</go:definition>
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            <go:definition>Cascade of at least three protein kinase activities culminating in the phosphorylation and activation of a MAP kinase. MAPKKK cascades lie downstream of numerous signaling pathways.</go:definition>
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            <go:definition>A signaling pathway that leads to the upregulation of calcium-dependent phospholipase A2 activity in response to the signal.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of light-activated channel activity.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of light-activated channel activity</go:name>
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            <go:synonym>phosphoinositide-mediated signalling</go:synonym>
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            <go:name>cell death</go:name>
            <go:definition>The specific activation or halting of processes within a cell so that its vital functions markedly cease, rather than simply deteriorating gradually over time, which culminates in cell death.</go:definition>
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            <go:name>cell aging</go:name>
            <go:definition>Progression of the cell from its inception to the end of its lifespan.</go:definition>
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            <go:name>age dependent general metabolic decline</go:name>
            <go:definition>Processes arising as the cell progresses toward the end of its lifespan that cause changes cellular metabolism, resulting in a decline in cell function; for example, a decline in the efficiency of protein synthesis.</go:definition>
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            <go:name>age dependent general metabolic decline during chronological cell aging</go:name>
            <go:definition>Processes, arising in non-dividing cells as they age, that alter cellular metabolism and thus cause a decline in cell function.</go:definition>
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            <go:name>age dependent response to oxidative stress during chronological cell aging</go:name>
            <go:definition>A change, caused by exposure to high levels of reactive oxygen species, in the state or activity of non-dividing cells as they age.</go:definition>
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            <go:name>age dependent response to reactive oxygen species during chronological cell aging</go:name>
            <go:definition>Responses arising in non-dividing cells as they age that are induced by any reactive oxygen species, including singlet oxygen, superoxide, and oxygen free radicals.</go:definition>
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            <go:name>age dependent general metabolic decline during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Processes, arising in dividing cells as they age, that alter cellular metabolism and thus cause a decline in cell function.</go:definition>
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            <go:name>age dependent response to oxidative stress during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>A change, caused by exposure to high levels of reactive oxygen species, in the state or activity of dividing cells as they age.</go:definition>
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            <go:name>age dependent response to reactive oxygen species during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Responses arising in dividing cells as they age that are induced by any reactive oxygen species, including singlet oxygen, superoxide, and oxygen free radicals.</go:definition>
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            <go:name>accumulation of oxidatively modified proteins during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Accumulation of proteins that have undergone reactions with reactive oxygen species in aging dividing cells and exhibit modifications such as increased protein carbonyl content, oxidized methionine, protein hydrophobicity, and cross-linking.</go:definition>
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            <go:name>formation of oxidatively modified proteins during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Chemical reaction, between proteins and reactive oxygen species, that occurs in dividing cells as they age and leads to a variety of changes in the affected proteins, including increases in protein carbonyl content, oxidized methionine, protein hydrophobicity, and cross-linking.</go:definition>
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            <go:name>inheritance of oxidatively modified proteins during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Process by which progeny cells acquire, or are barred from acquiring, proteins that have been altered by reaction with reactive oxygen species in dividing aging cells.</go:definition>
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            <go:name>age dependent response to oxidative stress</go:name>
            <go:definition>A change in the state or activity of a cell that occurs in conjunction with increasing age and is due to exposure to high levels of reactive oxygen species.</go:definition>
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            <go:name>chronological cell aging</go:name>
            <go:definition>The processes associated with progression of the cell from its inception to the end of its lifespan that occur when the cell is in a non-dividing, or quiescent, state.</go:definition>
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            <go:name>progressive alteration of chromatin during chronological cell aging</go:name>
            <go:definition>Processes that occur in non-dividing cells as they age that result in changes to chromatin structure.</go:definition>
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            <go:name>nucleolar fragmentation</go:name>
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            <go:name>nucleolar fragmentation during replicative aging</go:name>
            <go:definition>Process of enlargement and fragmentation of the nucleolus into multiple rounded structures that occurs in conjunction with increasing age in dividing cells.</go:definition>
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            <go:name>progressive alteration of chromatin during cell aging</go:name>
            <go:definition>Processes that occur during the lifespan of the cell that result in changes in chromatin structure. Such changes may lead to gene dysregulation and ultimately to a loss in cell homeostasis, bringing about an aging phenotype.</go:definition>
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            <go:name>extrachromosomal circular DNA accumulation during cell aging</go:name>
            <go:definition>Increase in abundance, as cells age, of circular DNA molecules that originate in the chromosome but are excised and circularized, often by intramolecular homologous recombination between direct tandem repeats, and replicated independently of chromosomal replication.</go:definition>
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            <go:name>extrachromosomal circular DNA accumulation during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Increase in abundance of circular DNA molecules in dividing cells as they age. These molecules originate in the chromosome but are excised and circularized, often by intramolecular homologous recombination between direct tandem repeats, and then replicated independently of chromosomal replication.</go:definition>
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            <go:name>extrachromosomal rDNA circle accumulation during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Increase in abundance of circular DNA molecules encoding ribosomal RNA in dividing cells as they age. These molecules originate in the chromosome but are excised and replicated independently of chromosomal replication.</go:definition>
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            <go:name>formation of extrachromosomal circular rDNA by homologous recombination during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Excision from the chromosome and circularization of DNA molecules encoding ribosomal RNA in dividing cells as they age.</go:definition>
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            <go:name>replication of extrachromosomal rDNA circles during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Replication of rDNA following its excision from the chromosome of dividing cells as they age. Extrachromosomal rDNA forms a circle that contains at least one autonomously replicating sequence (ARS), which supports replication independent of chromosomal replication.</go:definition>
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            <go:name>formation of extrachromosomal circular DNA during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Excision from the chromosome and circularization of a region of chromosomal DNA, generally, but not always, via homologous recombination between direct tandem repeats, in dividing cells as they age.</go:definition>
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            <go:name>replication of extrachromosomal circular DNA during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Replication of circular DNA following excision from the chromosome of dividing cells as they age; replication of extrachromosomal circular DNA generally occurs independently of chromosomal replication.</go:definition>
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            <go:name>progressive alteration of chromatin during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Processes that occur in dividing cells as they age that result in changes to chromatin structure.</go:definition>
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            <go:name>age dependent telomere shortening</go:name>
            <go:definition>Progressive reduction in length of the telomeres, the termini of eukaryotic chromosomes, that occurs as part of the cellular aging process.</go:definition>
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            <go:name>loss of chromatin silencing during replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>Processes, which occur as a dividing cell ages, leading to expression of genes that are typically not expressed due to silencing by regulatory proteins.</go:definition>
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            <go:name>replicative cell aging</go:name>
            <go:definition>The processes associated with progression of the cell from its inception to the end of its lifespan that occur as the cell continues cycles of growth and division.</go:definition>
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            <go:synonym>lysis</go:synonym>
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            <go:definition>The process of causing a cell to become susceptible to cytolysis by natural killer cells.</go:definition>
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            <go:name>programmed cell death</go:name>
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            <go:synonym>type I programmed cell death</go:synonym>
            <go:definition>A form of programmed cell death induced by external or internal signals that trigger the activity of proteolytic caspases, whose actions dismantle the cell and result in cell death. Apoptosis begins internally with condensation and subsequent fragmentation of the cell nucleus (blebbing) while the plasma membrane remains intact. Other characteristics of apoptosis include DNA fragmentation and the exposition of phosphatidylserine.</go:definition>
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            <go:name>DNA damage response, signal transduction resulting in induction of apoptosis</go:name>
            <go:definition>A cascade of processes initiated by the perception of DNA damage and resulting in the induction of apoptosis (programmed cell death).</go:definition>
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            <go:name>DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in induction of apoptosis</go:name>
            <go:definition>A cascade of processes induced by the cell cycle regulator phosphoprotein p53, or an equivalent protein, in response to the perception of DNA damage and resulting in the initiation of apoptosis (programmed cell death).</go:definition>
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            <go:name>induction of apoptosis by oxidative stress</go:name>
            <go:definition>The activation, by oxidative stress, of any of the steps required for cell death by apoptosis.</go:definition>
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            <go:name>autophagic cell death</go:name>
            <go:definition>Destruction of a cell by its own lysosomal contents. This type of programmed cell death is seen when entire tissues, or parts thereof, are committed to destruction, and occurs by the formation of multiple acidic autophagic vacuoles within the doomed cells.</go:definition>
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            <go:definition>The rapid death of plant cells in response to invasion by a pathogen.</go:definition>
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            <go:name>non-apoptotic programmed cell death</go:name>
            <go:synonym>type II programmed cell death</go:synonym>
            <go:definition>Cell death resulting from activation of endogenous cellular processes, by a mechanism other than apoptosis.</go:definition>
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            <go:name>regulation of non-apoptotic programmed cell death</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of non-apoptotic programmed cell death, cell death resulting from activation of endogenous cellular processes, by a mechanism other than apoptosis.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of non-apoptotic programmed cell death</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of non-apoptotic programmed cell death, cell death resulting from activation of endogenous cellular processes, by a mechanism other than apoptosis.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of non-apoptotic programmed cell death</go:name>
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            <go:name>induction of non-apoptotic programmed cell death</go:name>
            <go:definition>A process which directly activates any of the steps required for non-apoptotic programmed cell death.</go:definition>
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            <go:name>programmed cell death, neutrophils</go:name>
            <go:synonym>apoptosis of neutrophils</go:synonym>
            <go:definition>The process of apoptosis in neutrophils.</go:definition>
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            <go:name>regulation of programmed cell death</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of programmed cell death, cell death resulting from activation of endogenous cellular processes.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of programmed cell death</go:name>
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            <go:name>positive regulation of programmed cell death</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of programmed cell death, cell death resulting from activation of endogenous cellular processes.</go:definition>
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            <go:name>induction of programmed cell death</go:name>
            <go:definition>A process which directly activates any of the steps required for programmed cell death.</go:definition>
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            <go:name>induction of programmed cell death by hormones</go:name>
            <go:definition>Any process induced by hormones that directly activates any of the steps required for programmed cell death.</go:definition>
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            <go:name>induction of programmed cell death by ecdysone</go:name>
            <go:definition>Any process induced by the steroid hormone 20-hydroxyecdysone (ecdysone) that directly activates any of the steps required for programmed cell death.</go:definition>
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            <go:name>ecdysone-mediated induction of salivary gland cell death</go:name>
            <go:definition>Any process induced by ecdysone that directly activates salivary gland programmed cell death during salivary gland histolysis.</go:definition>
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            <go:name>induction of retinal programmed cell death</go:name>
            <go:definition>A process which directly activates any of the steps required for programmed cell death in the retina.</go:definition>
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            <go:name>induction of retinal programmed cell death (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>A process which directly activates any of the steps required for programmed cell death in the retina of Drosophila.</go:definition>
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            <go:name>retinal programmed cell death</go:name>
            <go:definition>Programmed cell death that occurs in the developing retina.</go:definition>
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            <go:definition>Programmed cell death that occurs in the Drosophila retina to remove excess cells between ommatidia, thus resulting in a hexagonal lattice, precise with respect to cell number and position surrounding each ommatidia.</go:definition>
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            <go:definition>The stage-specific programmed cell death of salivary gland cells during salivary gland histolysis.</go:definition>
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            <go:definition>Synergid cells undergo death in response to pollination, which involves a dramatic decrease in cell volume, collapse of the vacuoles, and complete disintegration of the plasma membrane and most organelles.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby relatively unspecialized cells, eg. embryonic or regenerative cells, acquire specialized structural and/or functional features that characterize the cells, tissues, or organs of the mature organism or some other relatively stable phase of the organism's life history.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized cell acquires specialized features of an adipocyte, an animal connective tissue cell specialized for the synthesis and storage of fat.</go:definition>
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            <go:name>cardiac cell differentiation</go:name>
            <go:definition>The processes whereby a relatively unspecialized cell acquires the specialized structural and/or functional features of a cell that will form part of the cardiac organ of an individual.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized mesodermal cell acquires the specialized structural and/or functional features of a cardioblast.</go:definition>
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            <go:name>aortic cell fate commitment (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The commitment of cardioblast cells to an aortic cell fate and their capacity to differentiate into aortic cells, as seen in Drosophila.</go:definition>
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            <go:name>cardioblast cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process by which a cell becomes committed to becoming a cardioblast.</go:definition>
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            <go:name>cardioblast cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in cardioblast cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a cardioblast.</go:definition>
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            <go:definition>The processes involved in the specification of cardioblast cell identity.</go:definition>
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            <go:name>regulation of cardioblast cell fate</go:name>
            <go:definition>Any process that mediates the specification of a cell into a cardioblast.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of cardioblast cell fate</go:name>
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            <go:synonym>suppression of cardioblast cell fate</go:synonym>
            <go:definition>Any process that restricts, stops or prevents a cell from specifying into a cardioblast.</go:definition>
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            <go:name>heart proper cell fate commitment (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The commitment of cardioblast cells to a heart proper cell fate and their capacity to differentiate into heart cells, as seen in Drosophila.</go:definition>
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            <go:name>pericardial cell differentiation</go:name>
            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized mesodermal cell acquires specialized structural and/or functional features of a pericardial cell. In insects, pericardial cells are loosely arranged non-myogenic cells that flank the cardioblasts and probably act in the filtration of hemolymph.</go:definition>
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            <go:name>cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The commitment of cells to specific cell fates and their capacity to differentiate into particular kinds of cells. Positional information is established through protein signals that emanate from a localized source within a cell (the initial one-cell zygote) or within a developmental field.</go:definition>
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            <go:name>asymmetric protein localization involved in cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The asymmetric localization of proteins within a cell that leads to the formation of daughter cells of different types.</go:definition>
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            <go:name>cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate down a particular pathway regardless of its environment.</go:definition>
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            <go:name>cone cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in cone cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a cone cell.</go:definition>
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            <go:name>cone cell fate determination (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Process involved in cone cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a cone cell, of the type found in Drosophila.</go:definition>
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            <go:name>retinal cone cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in retinal cone cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a retinal cone cell.</go:definition>
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            <go:name>ectoderm cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in ectoderm cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiating as an ectoderm cell regardless of its environment.</go:definition>
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            <go:name>endoderm cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in endoderm cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiating as an endoderm cell regardless of its environment.</go:definition>
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            <go:name>ganglion mother cell fate determination</go:name>
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            <go:name>glial cell fate determination</go:name>
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            <go:name>hair cell fate determination</go:name>
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            <go:name>leading edge cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in leading edge cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiating as a leading edge cell regardless of its environment.</go:definition>
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            <go:name>dorsal closure, leading edge cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Events that cause a specialized group of cells within the dorsal ectoderm to adopt the fate of leading edge cells. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiating as an leading edge cell regardless of its environment.</go:definition>
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            <go:name>mesoderm cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in mesoderm cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiating as a mesoderm cell regardless of its environment.</go:definition>
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            <go:name>muscle cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in muscle cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a muscle cell.</go:definition>
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            <go:name>myoblast cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in myoblast cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a myoblast.</go:definition>
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            <go:name>neuroblast cell fate determination</go:name>
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            <go:synonym>neuroblast identity determination</go:synonym>
            <go:definition>Process involved in neuroblast cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a neuroblast.</go:definition>
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            <go:name>neuroblast cell division</go:name>
            <go:definition>The asymmetrical division of a neuroblast, the neural precursor in the central nervous system, giving rise to another neuroblast and a ganglion mother cell.</go:definition>
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            <go:name>oocyte cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in oocyte cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into an oocyte.</go:definition>
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            <go:name>oocyte cell fate determination (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Process involved in cell fate commitment. One of the cells of the insect female cyst will become committed to develop into an oocyte; the remaining 15 cells become nurse cells. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into an oocyte.</go:definition>
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            <go:name>pole cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in pole cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a pole cell.</go:definition>
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            <go:name>sensory organ precursor cell fate determination</go:name>
            <go:definition>Process involved in sensory organ precursor cell fate commitment. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a sensory organ precursor cell.</go:definition>
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            <go:name>tracheal cell fate determination (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Events that cause relatively unspecialized cells to develop into tracheal cells. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a tracheal cell, regardless of its environment.</go:definition>
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            <go:name>branch cell fate determination (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Determination of tracheal cell fate within the insect tracheal placode. Tracheal placode cells are distinct from neighboring ectodermal cells, but prior to induction of specific cell fates there appears no distinction between cells within the early placode.</go:definition>
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            <go:name>tracheal placode cell fate determination (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Assignment of tracheal cell fates to ectodermal cell clusters on each side of the insect embryo. Once determination has taken place, a cell becomes committed to differentiate into a tracheal placode cell, regardless of its environment.</go:definition>
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            <go:name>cell fate specification</go:name>
            <go:definition>The processes involved in the specification of cell identity. Once specification has taken place, a cell will be committed to differentiate down a specific pathway if left in its normal environment.</go:definition>
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            <go:name>abaxial cell fate specification</go:name>
            <go:definition>The process involved in the specification of cell identity in abaxial regions.</go:definition>
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            <go:name>cone cell fate specification</go:name>
            <go:definition>The processes involved in the specification of cone cell identity.</go:definition>
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            <go:name>cone cell fate specification (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The processes involved in the specification of cone cell, of the type described in Drosophila, identity.</go:definition>
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            <go:name>regulation of cone cell fate (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Any process that mediates the specification of a cell into a cone cell, of the type found in Drosophila.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of cone cell fate (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:synonym>suppression of cone cell fate (sensu Drosophila)</go:synonym>
            <go:definition>Any process that restricts, stops or prevents a cell from specifying into a cone cell, of the type found in Drosophila.</go:definition>
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            <go:name>regulation of cone cell fate</go:name>
            <go:definition>Any process that mediates the specification of a cell into a cone cell.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of cone cell fate</go:name>
            <go:definition>Any process that restricts, stops or prevents a cell from specifying into a cone cell.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of retinal cone cell fate</go:name>
            <go:synonym>suppression of retinal cone cell fate</go:synonym>
            <go:definition>Any process that restricts, stops or prevents a cell from specifying into a retinal cone cell.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that mediates the specification of a cell into a retinal cone cell.</go:definition>
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            <go:definition>The process during which the cone cells of the Drosophila eye, the lens-secreting cells in the ommatidia, adopt pathways of differentiation that lead to the establishment of their distinct cell type.</go:definition>
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            <go:name>retinal cone cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process during which the cone cells of the eye adopt pathways of differentiation that lead to the establishment of their distinct cell type.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which a cell becomes committed to become part of the endoderm.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which the cellular identity of hair cells is acquired and determined.</go:definition>
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            <go:definition>The commitment of cells to leading edge cell fate and their capacity to differentiate into leading edge cells. Leading edge cells are found at the front of a migrating epithelial sheet.</go:definition>
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            <go:name>dorsal closure, leading edge cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The commitment of cells to leading edge cell fate during dorsal closure. Leading edge cells are the dorsal-most cells of the migrating epidermis.</go:definition>
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            <go:name>mesoderm cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process by which a cell becomes committed to become part of the mesoderm.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which the cellular identity of muscle cells is acquired and determined.</go:definition>
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            <go:definition>The process during which a photoreceptor, a cell that responds to incident electromagnetic radiation, commit to their cell fate. Different classes of photoreceptor have different spectral sensitivities and express different photosensitive pigments.</go:definition>
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            <go:name>eye photoreceptor cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process by which a cell becomes committed to become an eye photoreceptor cell.</go:definition>
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            <go:name>eye photoreceptor fate commitment (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Cell commitment of the eye photoreceptors in the fly.</go:definition>
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            <go:name>R1/R6 cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process during which the R1/R6 photoreceptors commit to their cell fate. R1 and R6 are paired photoreceptors which contribute the outer rhabdomeres.</go:definition>
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            <go:name>R2/R5 cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process during which the R2/R5 photoreceptors commit to their cell fate. R2 and R5 are paired photoreceptors which contribute the outer rhabdomeres.</go:definition>
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            <go:name>R3/R4 cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process during which the R3/R4 photoreceptors commit to their cell fate. R3 and R4 are paired photoreceptors which contribute the outer rhabdomeres.</go:definition>
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            <go:name>R7 cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process during which the R7 photoreceptor commits to its cell fate. The R7 receptor contributes the central part of the rhabdomere in the apical parts of the ommatidium.</go:definition>
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            <go:name>R8 cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process during which the R8 photoreceptor commits to its cell fate. The R8 receptor contributes the central part of the rhabdomere in the basal parts of the ommatidium.</go:definition>
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            <go:name>restriction of R8 fate</go:name>
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            <go:name>non-eye photoreceptor cell fate commitment</go:name>
            <go:definition>The process by which a cell becomes committed to become an non-eye photoreceptor cell.</go:definition>
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            <go:name>photoreceptor fate commitment (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The process during which the photoreceptors of the ommatidium commit to their cell fate. There are three classes of photoreceptor cells, R1-6, R7 and R8, which have different spectral sensitivities and express different photosensitive pigments.</go:definition>
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            <go:name>cellular morphogenesis during differentiation</go:name>
            <go:definition>The change in form (cell shape and size) that occurs when relatively unspecialized cells, eg. embryonic or regenerative cells, acquire specialized structural and/or functional features that characterize the cells, tissues, or organs of the mature organism or some other relatively stable phase of the organism's life history.</go:definition>
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            <go:name>photoreceptor cell development</go:name>
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            <go:synonym>photoreceptor morphogenesis</go:synonym>
            <go:definition>Development of a photoreceptor, a cell that responds to incident electromagnetic radiation, particularly visible light.</go:definition>
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            <go:name>eye photoreceptor cell development</go:name>
            <go:definition>Development of a photoreceptor, a sensory cell in the eye that reacts to the presence of light. They usually contain a pigment that undergoes a chemical change when light is absorbed, thus stimulating a nerve.</go:definition>
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            <go:name>eye photoreceptor development (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Development of a receptor in the Drosophila eye that responds to light.</go:definition>
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            <go:name>R1/R6 development (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Development of the R1 and R6 pair of photoreceptors in the Drosophila eye. R1 and R6 are paired photoreceptors that contribute to the outer rhabdomeres.</go:definition>
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            <go:name>R2/R5 development (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Development of the R2 and R5 pair of photoreceptors in the Drosophila eye. R2 and R5 are paired photoreceptors that contribute to the outer rhabdomeres.</go:definition>
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            <go:name>R3/R4 development (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Development of the R3 and R4 pair of photoreceptors in the Drosophila eye. R3 and R4 are paired photoreceptors that contribute to the outer rhabdomeres.</go:definition>
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            <go:name>R7 development</go:name>
            <go:definition>Development of the R7 photoreceptor, the last photoreceptor to develop in the ommatidium.</go:definition>
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            <go:name>R8 development</go:name>
            <go:definition>Development of the R8 photoreceptor, the founding receptor of each ommatidium.</go:definition>
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            <go:name>regulation of R8 spacing</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the spacing of the R8 cells, ensuring that the R8 cells are selected in a precise progressive pattern so that they are evenly spaced throughout the eye disc.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of R8 spacing</go:name>
            <go:definition>Any process that stops or prevents the correct R8 spacing pattern.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of R8 spacing</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or enforces the correct R8 spacing.</go:definition>
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            <go:name>R8-mediated photoreceptor organization</go:name>
            <go:definition>Coordination of the recruitment and organization of other non-R8 photoreceptors by the R8 photoreceptor.</go:definition>
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            <go:name>regulation of eye photoreceptor development (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of photoreceptor development, as seen in Drosophila.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of eye photoreceptor development (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of photoreceptor development.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of eye photoreceptor development (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of photoreceptor development.</go:definition>
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            <go:name>rhabdomere development</go:name>
            <go:definition>Development of the rhabdomere, the organelle on the apical surface of a photoreceptor cell that contains the visual pigments.</go:definition>
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            <go:name>rhabdomere membrane biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and maintenance of the rhabdomere membrane.</go:definition>
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            <go:name>regulation of eye photoreceptor cell development</go:name>
            <go:synonym>regulation of eye photoreceptor development</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of eye photoreceptor development.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of eye photoreceptor cell development</go:name>
            <go:synonym>negative regulation of eye photoreceptor development</go:synonym>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of eye photoreceptor development.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of eye photoreceptor cell development</go:name>
            <go:synonym>positive regulation of eye photoreceptor development</go:synonym>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of eye photoreceptor development.</go:definition>
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            <go:name>retinal cone cell development</go:name>
            <go:definition>Development of a cone cell, one of the sensory cells in the eye that reacts to the presence of light. Cone cells contain the photopigment iodopsin or cyanopsin and are responsible for photopic (daylight) vision.</go:definition>
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            <go:name>retinal rod cell development</go:name>
            <go:definition>Development of a rod cell, one of the sensory cells in the eye that reacts to the presence of light. Rod cells contain the photopigment rhodopsin or porphyropsin and are responsible for vision in dim light.</go:definition>
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            <go:name>non-eye photoreceptor cell development</go:name>
            <go:definition>Development of non-eye photoreceptors, sensory cells that react to the presence of light, found outside of the eye.</go:definition>
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            <go:definition>Development of non-eye photoreceptors in Drosophila.</go:definition>
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            <go:name>photoreceptor cell morphogenesis (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:synonym>photoreceptor development (sensu Drosophila)</go:synonym>
            <go:definition>Morphogenesis of photoreceptors, sensory cells that react to the presence of light. As in Drosophila.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of rhodopsin gene activity. This includes transcriptional, translational, or posttranslational regulation.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized cell acquires the specialized features of a cone cell, a cone-shaped cell, sensitive to light and found in the eye.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized cell acquires the specialized features of a cone cell, of the type found in Drosophila.</go:definition>
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            <go:name>retinal cone cell differentiation</go:name>
            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized cell acquires the specialized features of a retinal cone cell.</go:definition>
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            <go:name>endothelial cell differentiation</go:name>
            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized cell acquires specialized features of an endothelial cell, a thin flattened cell. A layer of such cells lines the inside surfaces of body cavities, blood vessels, and lymph vessels, making up the endothelium.</go:definition>
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            <go:name>trichome morphogenesis (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The formation and development of plant hair cells (trichomes), as in flowering plants.</go:definition>
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            <go:definition>The processes involved in the formation of branches in plant hair cells (trichomes), as in flowering plants.</go:definition>
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            <go:definition>The processes involved in the formation of branches in plant hair cells (trichomes).</go:definition>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of epidermal cell differentiation.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized cell acquires the specialized features of an atrichoblast, a root epidermal cell that will not give rise to a root hair.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which a relatively unspecialized cell acquires the specialized features of a trichoblast, a root epidermal cell that will give rise to a root hair.</go:definition>
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            <go:name>epithelial cell differentiation</go:name>
            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized cell acquires specialized features of an epithelial cell, any of the cells making up an epithelium.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized cell acquires specialized features of a leading edge cell, the dorsal-most cells of the epidermis that migrates during dorsal closure.</go:definition>
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            <go:definition>The physiological and developmental changes by a seed, pollen grain, spore or zygote that occur after release from dormancy encompassing events prior to and including the first visible indications of growth.</go:definition>
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            <go:name>mucilage metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mucilage, a gelatinous substance secreted by plants.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of mucilage, a gelatinous substance secreted by plants.</go:definition>
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            <go:definition>The physiological and developmental changes that occur in a spore following release from dormancy up to the earliest signs of growth (eg. emergence from a spore wall).</go:definition>
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            <go:name>hemocyte differentiation</go:name>
            <go:definition>The process whereby a hemopoietic stem cells acquires the characteristics of a mature hemocyte. Hemocytes are blood cells associated with a hemocoel (the cavity containing most of the major organs of the arthropod body) which are and involved in defense, and clotting of hemolymph, but not involved in transport of oxygen.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of mechanoreceptor differentiation.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which a myeloid precursor cell acquires specializes features of a granulocyte. Granulocytes are a class of leukocytes characterized by the presence of granules in their cytoplasm. These cells are active in allergic immune reactions such as arthritic inflammation and rashes. This class includes basophils, eosinophils and neutrophils.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which one immature cystocyte of the insect germ-line cyst develops into an oocyte.</go:definition>
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            <go:definition>All processes after reinitiation of meiosis commonly starting with germinal vesicle breakdown up to the second meiotic arrest prior to fertilization.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby a relatively unspecialized cell acquires specialized features of an osteoclast.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of osteoclast differentiation.</go:definition>
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            <go:definition>The specialization of organization of a photoreceptor, a cell that responds to incident electromagnetic radiation, particularly visible light.</go:definition>
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            <go:definition>The differentiation of photoreceptor cells found in the eye, the primary visual organ of most organisms.</go:definition>
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            <go:synonym>spermiogenesis</go:synonym>
            <go:definition>The process by which an immature germ cell becomes a mature male gamete.</go:definition>
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            <go:name>acrosome formation</go:name>
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            <go:name>Nebenkern formation</go:name>
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            <go:name>sperm axoneme assembly</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of the sperm flagellar axoneme, the bundle of microtubules and associated proteins that forms the core of the eukaryotic sperm flagellum, and is responsible for movement.</go:definition>
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            <go:name>sperm capacitation</go:name>
            <go:definition>A process required for sperm to reach fertilization competence. Sperm undergo an incompletely understood series of morphological and molecular maturational processes, termed capacitation, involving, among other processes, protein tyrosine phosphorylation and increased intracellular calcium.</go:definition>
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            <go:name>sperm individualization</go:name>
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            <go:name>spermatid nuclear differentiation</go:name>
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            <go:name>sperm chromatin condensation</go:name>
            <go:definition>The progressive compaction of the spermatid chromatin so that it reaches a level of condensation that is not compatible with nuclear activities such as transcription or DNA replication.</go:definition>
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            <go:name>spermatogenesis, exchange of chromosomal proteins</go:name>
            <go:synonym>somatic histone replacement</go:synonym>
            <go:definition>The replacement of somatic histones within sperm chromatin with sperm-specific histones or protamines with unique DNA-binding properties, resulting in condensation of the sperm chromatin.</go:definition>
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            <go:definition>The major inducible pathway for the general turnover of cytoplasmic constituents in eukaryotic cells, it is also responsible for the nonselective degradation of active cytoplasmic enzymes and organelles during nutrient starvation.</go:definition>
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            <go:synonym>autophagosome formation</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a double membrane-bound structure, the autophagosome, that occurs when a specialized membrane sac, called the isolation membrane, starts to enclose a portion of the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:definition>The fusion of an autophagic vacuole with a vacuole (yeast) or lysosome (eg. mammals and insects). In the case of yeast, inner membrane-bound structures (autophagic bodies) appear in the vacuole.</go:definition>
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            <go:name>regulation of autophagic vacuole size</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the size of the autophagic vacuole.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that increases autophagic vacuole size.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of macroautophagy.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of macroautophagy</go:name>
            <go:definition>Any process, such as recognition of nutrient depletion, that activates or increases the rate of macroautophagy to bring cytosolic macromolecules to the vacuole/lysosome for degradation.</go:definition>
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            <go:name>budding</go:name>
            <go:definition>A form of asexual reproduction, occurring in certain bacteria and fungi (eg. yeasts) and some primitive animals in which an individual arises from a daughter cell formed by pinching off a part of the parent cell. The budlike outgrowths so formed may sometimes remain attached to the parent cell.</go:definition>
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            <go:name>apical bud growth</go:name>
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            <go:name>isotropic bud growth</go:name>
            <go:definition>Unlocalized bud growth such that the entire surface of the bud expands evenly.</go:definition>
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            <go:name>loss of asymmetric budding</go:name>
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            <go:name>polar budding</go:name>
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            <go:name>regulation of budding</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation and growth of buds.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of budding</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of budding.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of budding</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of budding.</go:definition>
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            <go:name>cell growth</go:name>
            <go:definition>Any process by which a cell increases its mass (size) that is not due to inorganic physical constraints such as hydrostatic pressure, etc.</go:definition>
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            <go:name>antral ovarian follicle growth</go:name>
            <go:definition>Increase in size of antral follicles due to cell proliferation and/or growth of the antral cavity.</go:definition>
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            <go:name>ovarian cumulus cell differentiation</go:name>
            <go:definition>Subpopulation of granulosa cells surrounding the oocyte differentiating into cells with unique morphology and gene expression.</go:definition>
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            <go:name>regulation of ovarian cumulus cell differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of ovarian cumulus cell differentiation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of ovarian cumulus cell differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of ovarian cumulus cell differentiation.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of ovarian cumulus cell differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of ovarian cumulus cell differentiation.</go:definition>
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            <go:name>ovarian cumulus expansion</go:name>
            <go:definition>Increase in size of the cumulus surrounding the oocyte including change in morphology due to proliferation and dispersion of cumulus cells.</go:definition>
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            <go:name>ovarian follicle antrum/follicular fluid formation</go:name>
            <go:definition>Formation of one central cavity separating the oocyte/cumulus complex from mural granulosa and theca cells.</go:definition>
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            <go:name>cell expansion</go:name>
            <go:definition>The process by which cells increase in size in two or three dimensions.</go:definition>
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            <go:name>cell elongation</go:name>
            <go:definition>Cell expansion that results in an increase in size in one dimension.</go:definition>
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            <go:name>bipolar cell growth</go:name>
            <go:definition>Simultaneous polarized growth from opposite ends of a cell.</go:definition>
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            <go:name>dorsal closure, elongation of leading edge cells</go:name>
            <go:definition>The change in shape of cells at the dorsal-most (leading) edge of the epidermis from being polygonal to being elongated in the dorsal/ventral axis.</go:definition>
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            <go:name>monopolar cell growth</go:name>
            <go:definition>Polarized growth from one end of a cell.</go:definition>
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            <go:name>polar cell elongation</go:name>
            <go:synonym>polarity dependent cell elongation</go:synonym>
            <go:definition>Cell expansion that results in an increase in cell size along the axis of an organ in a polarized fashion.</go:definition>
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            <go:name>cell wall modification during cell expansion</go:name>
            <go:definition>The series of events that occur during cell expansion that result in chemical or structural changes to existing cell walls.</go:definition>
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            <go:name>cell wall modification during cell expansion (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The series of events that occur during cell expansion that result in chemical or structural changes to existing plant cell walls.</go:definition>
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            <go:name>initiation of primordial ovarian follicle growth</go:name>
            <go:definition>Increase in size of primordial follicles including proliferation and shape changes of granulosa and/or theca cells until oocyte is surrounded by one layer of cuboidal shaped granulosa cells (primary follicle).</go:definition>
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            <go:name>interpretation of nuclear/cytoplasmic ratio</go:name>
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            <go:name>metabolism resulting in cell growth</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes that occur in living organisms that result in an increase in the mass (size) of a cell.</go:definition>
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            <go:name>oocyte growth</go:name>
            <go:definition>Increase in oocyte diameter.</go:definition>
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            <go:name>oocyte growth (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The increase in volume of an insect oocyte during the growth phase of the egg chamber.</go:definition>
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            <go:name>preantral ovarian follicle growth</go:name>
            <go:definition>Increase in size of follicles surrounded by two or more layers of granulosa cells up to the onset of antrum formation.</go:definition>
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            <go:name>primary ovarian follicle growth</go:name>
            <go:definition>Increase in size of primary follicles including oocyte growth and granulosa and/or theca cell proliferation until more than one layer of granulosa cells is present (preantral follicle).</go:definition>
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            <go:name>regulation of cell growth</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of cell growth.</go:definition>
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            <go:name>interpretation of nuclear/cytoplasmic ratio to regulate cell growth</go:name>
            <go:definition>The process where the size of the nucleus with respect to its cytoplasm signals the cell to grow or stop growing.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of cell growth</go:name>
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            <go:name>positive regulation of cell growth</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of cell growth.</go:definition>
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            <go:name>cell homeostasis</go:name>
            <go:definition>Any of the processes involved in the maintenance of an internal equilibrium within a cell.</go:definition>
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            <go:name>cell acyl-CoA homeostasis</go:name>
            <go:definition>Any of the processes involved in the maintenance of an internal equilibrium of acyl-CoA within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>cell glucose homeostasis</go:name>
            <go:definition>Any of the processes involved in the maintenance of an internal equilibrium of glucose within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>cell ion homeostasis</go:name>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of ions within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of anions within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>di-, tri-valent inorganic anion homeostasis</go:name>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of divalent and trivalent inorganic anions within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>phosphate ion homeostasis</go:name>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of phosphate ions within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>sulfate ion homeostasis</go:name>
            <go:synonym>sulphate ion homeostasis</go:synonym>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of sulfate ions within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of monovalent inorganic anions within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>chloride ion homeostasis</go:name>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of chloride ions within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>cation homeostasis</go:name>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of cations within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>di-, tri-valent inorganic cation homeostasis</go:name>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of divalent and trivalent inorganic cations within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>cadmium ion homeostasis</go:name>
            <go:synonym>cadmium homeostasis</go:synonym>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of cadmium ions within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:name>calcium ion homeostasis</go:name>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of calcium ions within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of transition metal ions within a cell or between a cell and its external environment. A transition metal is an element whose atom has an incomplete d-subshell of extranuclear electrons, or which gives rise to a cation or cations with an incomplete d-subshell. Transition metals often have more than one valency state. Biologically relevant transition metals include vanadium, manganese, iron, copper, cobalt, nickel, molybdenum and silver.</go:definition>
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            <go:synonym>proton homeostasis</go:synonym>
            <go:definition>The regulation of the levels, transport, and metabolism of hydrogen ions (protons) within a cell or between a cell and its external environment.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the pH of a solution, measured by the concentration of the hydrogen ion.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that increases the pH of a solution, measured by the concentration of the hydrogen ion.</go:definition>
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            <go:synonym>negative regulation of redox homeostasis</go:synonym>
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            <go:synonym>regulation of redox homeostasis</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the redox environment of a cell or compartment within a cell.</go:definition>
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            <go:definition>The process of regulating the proliferation and elimination of cells of the immune system such that the total number of cells of a particular cell type within a whole or part of an organism are stable over time in the absence of an outside stimulus.</go:definition>
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            <go:name>B-cell homeostasis</go:name>
            <go:definition>The process of regulating the proliferation and elimination of B-cells such that the total number of B-cells within a whole or part of an organism are stable over time in the absence of an outside stimulus.</go:definition>
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            <go:name>neutrophil homeostasis</go:name>
            <go:definition>The process of regulating the proliferation and elimination of neutrophils such that the total number of neutrophils within a whole or part of an organism are stable over time in the absence of an outside stimulus.</go:definition>
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            <go:name>T-cell homeostasis</go:name>
            <go:definition>The process of regulating the proliferation and elimination of T-cells such that the total number of T-cells within a whole or part of an organism are stable over time in the absence of an outside stimulus.</go:definition>
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            <go:name>T-cell homeostatic proliferation</go:name>
            <go:synonym>resting T-cell proliferation</go:synonym>
            <go:definition>The non-specific expansion of T-cell populations within a whole or part of an organism to reach to a total number of T-cells which will then remain stable over time in the absence of an external stimulus.</go:definition>
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            <go:name>regulation of T-cell homeostatic proliferation</go:name>
            <go:synonym>regulation of resting T-cell proliferation</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of resting T-cell proliferation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of T-cell homeostatic proliferation</go:name>
            <go:synonym>negative regulation of resting T-cell proliferation</go:synonym>
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            <go:name>positive regulation of T-cell homeostatic proliferation</go:name>
            <go:synonym>positive regulation of resting T-cell proliferation</go:synonym>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate or extent of resting T-cell proliferation.</go:definition>
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            <go:name>cellular osmoregulation</go:name>
            <go:definition>The control of the osmotic activity of the fluid in a cell.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of cell volume</go:name>
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            <go:name>regulation of membrane potential</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the establishment or extent of a membrane potential, the electric potential existing across any membrane arising from charges in the membrane itself and from the charges present in the media on either side of the membrane.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of membrane potential</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of establishment or extent of a membrane potential, the electric potential existing across any membrane arising from charges in the membrane itself and from the charges present in the media on either side of the membrane.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of membrane potential</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of establishment or extent of a membrane potential, the electric potential existing across any membrane arising from charges in the membrane itself and from the charges present in the media on either side of the membrane.</go:definition>
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            <go:name>stabilization of membrane potential</go:name>
            <go:definition>The accomplishment of a non-fluctuating membrane potential, the electric potential existing across any membrane arising from charges in the membrane itself and from the charges present in the media on either side of the membrane.</go:definition>
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            <go:name>cell organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>Any cellular process involved in the formation and organization of structures within a cell.</go:definition>
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            <go:name>cellular morphogenesis</go:name>
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            <go:synonym>negative regulation of cell shape and cell size</go:synonym>
            <go:synonym>positive regulation of cell shape and cell size</go:synonym>
            <go:synonym>regulation of cell shape and cell size</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the mass, volume, or shape of a cell.</go:definition>
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            <go:name>cell projection organization and biogenesis</go:name>
            <go:synonym>cell surface structure organization and biogenesis</go:synonym>
            <go:definition>The assembly and organization of a prolongation or process extending from a cell eg. a flagellum or axon.</go:definition>
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            <go:synonym>formation of a cell surface projection</go:synonym>
            <go:definition>Formation of a prolongation or process extending from a cell eg. a flagellum or axon.</go:definition>
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            <go:name>axoneme biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of an axoneme, the bundle of microtubules and associated proteins that forms the core of cilia and flagella in eukaryotic cells and is responsible for their movements.</go:definition>
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            <go:name>cilium axoneme biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of a the bundle of microtubules and associated proteins that forms the core of cilia in eukaryotic cells and is responsible for their movements.</go:definition>
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            <go:synonym>flagella axoneme biogenesis</go:synonym>
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            <go:name>cilium biogenesis</go:name>
            <go:synonym>ciliogenesis</go:synonym>
            <go:definition>The assembly of a cilium, a specialized eukaryotic locomotor organelle that consists of a filiform extrusion of the cell surface. Each cilium is bounded by an extrusion of the cytoplasmic membrane, and contains a regular longitudinal array of microtubules, anchored basally in a centriole.</go:definition>
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            <go:name>sensory cilium biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly of a sensory cilium, a primary cilium found on sensory neurons that contains an a 9+0 axonemal arrangement of microtubules.</go:definition>
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            <go:name>fimbrial biogenesis</go:name>
            <go:synonym>pili biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The assembly of a fimbrium, a short filamentous structure on a bacterial cell, flagella-like in structure and generally present in many copies and not involved in motility. Plays a role in adherence to surfaces and in the formation of pellicles.</go:definition>
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            <go:name>flagellum biogenesis</go:name>
            <go:synonym>flagella biogenesis</go:synonym>
            <go:definition>The assembly of a flagellum. In bacteria, this is a whiplike motility appendage present on the surface of some species; in eukaryotes, flagella are threadlike protoplasmic extensions used to propel flagellates and sperm. Flagella are composed of flagellin and have the same basic structure as cilia but are longer in proportion to the cell and present in much smaller numbers.</go:definition>
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            <go:synonym>regulation of flagella biogenesis</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation of a flagellum.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of flagellum biogenesis</go:name>
            <go:synonym>negative regulation of flagella biogenesis</go:synonym>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the formation of a flagellum.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of flagellum biogenesis</go:name>
            <go:synonym>positive regulation of flagella biogenesis</go:synonym>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the formation of a flagellum.</go:definition>
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            <go:name>lamellipodium biogenesis</go:name>
            <go:synonym>lamellipodium formation</go:synonym>
            <go:definition>Formation of a lamellipodium, a thin sheetlike extension of the surface of a migrating cell.</go:definition>
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            <go:name>microspike biogenesis</go:name>
            <go:synonym>microspike formation</go:synonym>
            <go:definition>Formation of a microspike, a thin, stiff projection extended from the surface of a migrating cell.</go:definition>
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            <go:name>filopodium formation</go:name>
            <go:definition>Formation of a filopodium, a very long microspike extended by the growth cone of a developing nerve cell axon.</go:definition>
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            <go:name>microvillus biogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation of a microvillus, a thin cylindrical membrane-covered projection on the surface of a cell.</go:definition>
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            <go:name>microvillar actin bundle formation</go:name>
            <go:definition>Assembly of the parallel bundle of actin filaments at the core of a microvillus.</go:definition>
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            <go:name>flagellum organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of a flagellum, a long thin projection from a cell, used in movement.</go:definition>
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            <go:name>intraflagellar transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of substances within a flagellum.</go:definition>
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            <go:name>cellular morphogenesis during conjugation</go:name>
            <go:definition>The change in form (cell shape and size) that occurs during sexual reproduction in order to facilitate direct contact between the compatible mating-types.</go:definition>
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            <go:name>cellular morphogenesis during conjugation with cellular fusion</go:name>
            <go:synonym>GO:0007332</go:synonym>
            <go:synonym>shmooing</go:synonym>
            <go:definition>The change in form (cell shape and size) that occurs during sexual reproduction in order to facilitate direct contact between the compatible mating-types in organisms that undergo conjugation cellular fusion.</go:definition>
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            <go:name>cellular morphogenesis during conjugation without cellular fusion</go:name>
            <go:definition>The change in form (cell shape and size) that occurs during sexual reproduction in order to facilitate direct contact between the compatible mating-types in organisms that undergo conjugation without cellular fusion.</go:definition>
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            <go:name>cellular morphogenesis during pheromone-induced unidirectional conjugation</go:name>
            <go:definition>The change in form (cell shape and size) that occurs during sexual reproduction in order to facilitate direct contact between the compatible mating-types in organisms that undergo pheromone-induced unidirectional conjugation.</go:definition>
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            <go:name>cellular morphogenesis during unidirectional conjugation</go:name>
            <go:definition>The change in form (cell shape and size) that occurs during sexual reproduction in order to facilitate direct contact between the compatible mating-types in organisms that undergo unidirectional conjugation.</go:definition>
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            <go:name>cellular morphogenesis during vegetative growth</go:name>
            <go:definition>The change in form (cell shape and size) that occurs during the development of a cell as it progresses through a mitotic cell cycle when it is not undergoing terminal differentiation.</go:definition>
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            <go:name>growth pattern</go:name>
            <go:definition>A process whereby cells develop a specific morphology under a specific set of circumstances.</go:definition>
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            <go:name>filamentous growth</go:name>
            <go:definition>A pattern of growth where colonies are composed of filamentous chains of cells.</go:definition>
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            <go:name>filamentous growth in response to pheromones</go:name>
            <go:definition>The growth of colonies in filamentous chains of cells in response to the perception by the organism of pheromones.</go:definition>
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            <go:name>hyphal growth</go:name>
            <go:definition>Growth of fungi as threadlike, tubular structures that may contain multiple nuclei and may or may not be divided internally by septa, or cross-walls.</go:definition>
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            <go:name>invasive growth (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>A growth pattern exhibited by haploid budding Saccharomyces cells under certain growth conditions, in which cells retain the typical axial budding pattern of haploids, but become elongated and fail to separate after division; during growth on a solid substrate, this results in penetration of cells into the agar medium.</go:definition>
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            <go:name>pseudohyphal growth</go:name>
            <go:definition>A pattern of cell growth, that occurs in conditions of nitrogen limitation and abundant fermentable carbon source, in which the cells become elongated, switch to a unipolar budding pattern, remain physically attached to each other, and invade the growth substrate.</go:definition>
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            <go:name>signal transduction during filamentous growth</go:name>
            <go:definition>Relaying of environmental signals promoting filamentous growth.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the size of a cell.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of cell size</go:name>
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            <go:name>positive regulation of cell size</go:name>
            <go:definition>Any process that increases cell size.</go:definition>
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            <go:synonym>clathrin coat assembly</go:synonym>
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            <go:name>clathrin coating of Golgi vesicle</go:name>
            <go:definition>The coating of a Golgi transport vesicle with clathrin.</go:definition>
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            <go:definition>The assembly of abundant stress fibers, which help maintain cell shapes and adhere cells to the substratum.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a hemi-adherens junction. Within proximal sheath cells, actin/myosin bundles are anchored to the plasma membrane at plaque-like structures termed hemi-adherens junctions, which in turn are closely associated with the gonadal basal lamina. It is proposed that hemi-adherens junctions function to anchor the myofilament apparatus within the basal plasma membrane of the sheath cell and to the exterior basal lamina.</go:definition>
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            <go:definition>The assembly and maintenance of junctions between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a junction between cells.</go:definition>
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            <go:name>gap junction assembly</go:name>
            <go:definition>Assembly of gap junctions, which are found in most animal tissues, and serve as direct connections between the cytoplasms of adjacent cells. They provide open channels through the plasma membrane, allowing ions and small molecules (less than approximately a thousand daltons) to diffuse freely between neighboring cells, but preventing the passage of proteins and nucleic acids.</go:definition>
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            <go:name>septate junction assembly</go:name>
            <go:definition>The assembly of a septate junction, an intercellular junction found in invertebrate epithelia that is characterized by a ladder like appearance in electron micrographs and thought to provide structural strength and to provide a barrier to diffusion of solutes through the intercellular space.</go:definition>
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            <go:name>zonula adherens assembly</go:name>
            <go:definition>Assembly of the zonula adherens, a cell-cell adherens junction which forms a continuous belt near the apex of epithelial cells.</go:definition>
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            <go:name>intercellular junction maintenance</go:name>
            <go:definition>The maintenance of junctions between cells.</go:definition>
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            <go:name>zonula adherens maintenance</go:name>
            <go:definition>Maintaining the zonula adherens junction, the cell-cell adherens junction formed near the apex of epithelial cells.</go:definition>
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            <go:definition>Assembly and maintenance of any organelle within a cell.</go:definition>
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            <go:definition>The establishment, maintenance, and regulation of cytoskeletal structures.</go:definition>
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                <go:reference>23520	207	Cellular structure, organization and biogenesis	Cytoskeleton &gt; GO:cytoskeleton ; GO:0005856</go:reference>
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            <go:synonym>regulation of actin filament localization</go:synonym>
            <go:definition>Control of the spatial distribution of actin filaments; includes organizing filaments into meshworks, bundles, or other structures, as by cross-linking.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of the long bundles of actin filaments known as actin filaments.</go:definition>
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            <go:name>cell cycle dependent actin filament reorganization</go:name>
            <go:definition>Rearrangement of the spatial distribution of actin filaments and associated proteins that accompanies progression of the cell cycle.</go:definition>
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            <go:name>contractile actin filament bundle formation</go:name>
            <go:definition>Assembly of actin filament bundles in which the filaments are loosely packed (approximately 30-60 nm apart) and arranged with opposing polarities; the loose packing allows myosin (usually myosin-II) to enter the bundle.</go:definition>
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            <go:name>parallel actin filament bundle formation</go:name>
            <go:definition>Assembly of actin filament bundles in which the filaments are tightly packed (approximately 10-20 nm apart) and oriented with the same polarity.</go:definition>
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            <go:definition>Recruitment and organization of actin filaments in female ring canals.</go:definition>
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            <go:synonym>actin filament nucleation</go:synonym>
            <go:definition>The initial step in the formation of an actin filament, in which actin monomers combine to form a new filament. Nucleation is slow relative to the subsequent addition of more monomers to extend the filament.</go:definition>
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            <go:definition>The severing of actin filaments into numerous short fragments, usually mediated by actin severing proteins.</go:definition>
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            <go:synonym>regulation of actin depolymerization</go:synonym>
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            <go:synonym>negative regulation of actin depolymerization</go:synonym>
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            <go:synonym>positive regulation of actin depolymerization</go:synonym>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the assembly or disassembly of actin filaments by the addition or removal of actin monomers from a filament.</go:definition>
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            <go:definition>Promotion of the depolymerization or fragmentation of an actin filament.</go:definition>
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            <go:definition>Prevention of the depolymerization or fragmentation of an actin filament.</go:definition>
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            <go:name>cortical actin cytoskeleton organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance, and regulation of actin-based cytoskeletal structures in the cell cortex, i. e. just beneath the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>actin cortical patch distribution</go:name>
            <go:definition>The process by which the distribution of actin cortical patches is organized. An actin cortical patch is a discrete actin-containing structure found at the plasma membrane in fungal cells.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that controls the length of actin filaments in a cell.</go:definition>
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            <go:definition>Movement of organelles or other particles along actin filaments, or sliding of actin filaments past each other, mediated by motor proteins.</go:definition>
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                <go:reference>08.22 cytoskeleton-dependent transport &gt; GO:microtubule-based movement ; GO:0007018</go:reference>
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            <go:definition>The sliding of actin thin filaments and myosin thick filaments past each other in muscle contraction.</go:definition>
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            <go:definition>Movement of a vesicle along an actin filament, mediated by motor proteins.</go:definition>
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            <go:definition>The establishment, maintenance, and regulation of cytoskeletal structures in the cell cortex, i. e. just beneath the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:definition>Process by which cytoskeletal filaments are directly or indirectly linked to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>establishment and/or maintenance of cell polarity</go:name>
            <go:definition>The specification, formation and maintenance of anisotropic intracellular organization or cell growth patterns.</go:definition>
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                <go:reference>14.04.03.01 budding, cell polarity and filament formation &gt; GO:budding ; GO:0007114 &gt; GO:filamentous growth ; GO:0030447</go:reference>
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            <go:name>establishment and/or maintenance of apical/basal cell polarity</go:name>
            <go:definition>Polarization of a cells architecture along its apical/basal axis so that the apical and basal regions of the cell have different membrane, extracellular matrix and sub-membrane cellular components.</go:definition>
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            <go:definition>The specification and formation of the polarity of a cell along its apical/basal axis.</go:definition>
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            <go:definition>The specification of the site where a daughter cell will form, in organisms that reproduce by budding.</go:definition>
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            <go:name>establishment of lymphocyte polarity</go:name>
            <go:definition>The directed orientation of lymphocyte signaling molecules and associated lipid rafts towards a chemokine gradient or a contact point with an appropriate activating cell.</go:definition>
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            <go:name>establishment of B-cell polarity</go:name>
            <go:definition>The directed orientation of B-cell signaling molecules and associated lipid rafts towards a chemokine gradient of a contact point with an antigen displaying cell.</go:definition>
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            <go:name>establishment of natural killer cell polarity</go:name>
            <go:definition>The directed orientation of natural killer cell signaling molecules and associated lipid rafts towards a chemokine gradient or a contact point with a cell displaying natural killer cell activating ligands.</go:definition>
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            <go:name>establishment of T-cell polarity</go:name>
            <go:definition>The directed orientation of T-cell signaling molecules and associated lipid rafts towards a chemokine gradient or a contact point with antigen presenting cell.</go:definition>
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            <go:name>establishment of ommatidial polarity (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The specification of polarized ommatidia. Ommatidia occur in two chiral forms. The trapezoidal arrangement of photoreceptors in the dorsal part of the eye is the mirror image of that in the ventral part.</go:definition>
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            <go:name>equator specification</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the equator that forms the boundary between the photoreceptors in the dorsal sector of the eye and those in the ventral sector, dividing the eye into dorsal and ventral halves.</go:definition>
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            <go:name>ommatidial rotation</go:name>
            <go:definition>The process by which photoreceptors are arranged in ommatidia in the dorsal and ventral fields to be mirror images. The polarity is established in the imaginal discs concurrently with cell fate specification.</go:definition>
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            <go:name>maintenance of cell polarity</go:name>
            <go:definition>The maintenance of established anisotropic intracellular organization or cell growth patterns.</go:definition>
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            <go:name>establishment of planar polarity</go:name>
            <go:synonym>establishment of planar cell polarity</go:synonym>
            <go:definition>Coordinated organization of groups of cells in the plane of an epithelium, such that they all orient to similar coordinates.</go:definition>
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            <go:name>establishment of body hair/bristle orientation</go:name>
            <go:definition>Orientation of hairs and/or sensory bristles that cover the body surface of an adult, such that they all point in a uniform direction.</go:definition>
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            <go:name>establishment of body bristle orientation</go:name>
            <go:definition>Orientation along the body surface of bristles, sensory organs originating from a sensory organ precursor cell, such that they all point in a uniform direction.</go:definition>
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            <go:name>establishment of body hair orientation</go:name>
            <go:definition>Orientation of body hairs, actin rich projections emanating from the apical surface of each cell, such that they all point in a uniform direction.</go:definition>
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            <go:name>establishment of polarity of embryonic epithelium</go:name>
            <go:definition>The specification and formation of a polarized embryonic epithelial sheet.</go:definition>
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            <go:name>establishment of polarity of follicular epithelium</go:name>
            <go:definition>The specification and formation of a polarized follicular epithelial sheet.</go:definition>
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            <go:name>establishment of polarity of larval imaginal disc epithelium</go:name>
            <go:definition>The specification and formation of a polarized larval imaginal disc epithelium.</go:definition>
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            <go:name>establishment of wing hair orientation</go:name>
            <go:definition>Orientation of hairs in the wing along a proximal-distal axis, such that each cell of the wing produces one wing hair which points in a distal direction.</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament-based process</go:name>
            <go:definition>Any cellular process that depends upon or alters the intermediate filament cytoskeleton (that part of the cytoskeleton comprising intermediate filaments and their associated proteins).</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament cytoskeleton organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance, and regulation of cytoskeletal structures comprising intermediate filaments and their associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament organization</go:name>
            <go:definition>Control of the spatial distribution of intermediate filaments; includes organizing filaments into meshworks, bundles, or other structures, as by cross-linking.</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament bundle assembly</go:name>
            <go:synonym>tonofilament assembly</go:synonym>
            <go:definition>The formation of the bundles of intermediate filaments, known as tonofilaments. Intermediate filament-associated proteins (IFAPs) cross-link intermediate filaments with one another, forming a bundle or a network, and with other cell structures, including the plasma membrane. The organization of intermediate filaments and their supportive function in various cells types depends in large part on their linkage to other cell structures via IFAPs.</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament polymerization and/or depolymerization</go:name>
            <go:definition>Assembly or disassembly of intermediate filaments by the addition or removal of component parts from a filament.</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament depolymerization</go:name>
            <go:definition>Disassembly of intermediate filaments by the removal of component monomers from a filament.</go:definition>
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            <go:name>regulation of intermediate filament depolymerization</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the disassembly of intermediate filaments by the removal of monomers from a filament.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of intermediate filament depolymerization</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of intermediate filament depolymerization.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of intermediate filament depolymerization</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of intermediate filament depolymerization.</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament polymerization</go:name>
            <go:definition>Assembly of intermediate filaments by the addition of component monomers to a filament. Polymerization of intermediate filament proteins results from interactions among several distinct binding sites on the constituent proteins. Nuclear lamin head-to-tail polymers arise from one such interaction. Deletion analysis localized the binding sites to the ends of the rod domain that are highly conserved among all intermediate filament proteins. Data indicate that one type of interaction in intermediate filament protein polymerization is the longitudinal binding of dimers via the conserved end segments of the coiled-coil rod domain.</go:definition>
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            <go:name>regulation of intermediate filament polymerization</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the assembly of intermediate filaments by the addition of monomers to a filament.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of intermediate filament polymerization</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of intermediate filament polymerization.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of intermediate filament polymerization</go:name>
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            <go:name>regulation of intermediate filament polymerization and/or depolymerization</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the assembly or disassembly of intermediate filaments by the addition or removal of monomers from a filament; this usually occurs through the opposing action of kinases and phosphatases.</go:definition>
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            <go:name>microtubule-based process</go:name>
            <go:definition>Any cellular process that depends upon or alters the microtubule cytoskeleton (that part of the cytoskeleton comprising microtubules and their associated proteins).</go:definition>
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            <go:name>microtubule cytoskeleton organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance, and regulation of cytoskeletal structures comprising microtubules and their associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>M-phase specific microtubule process</go:name>
            <go:definition>A microtubule-based process that occurs only during M phase of the cell cycle.</go:definition>
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            <go:name>centrosome cycle</go:name>
            <go:definition>The process of centrosome duplication and separation. The centrosome cycle can operate with a considerable degree of independence from other processes of the cell cycle.</go:definition>
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                <go:reference>23525	208	Cellular structure, organization and biogenesis	Centrosome &gt; GO:centrosome ; GO:0005813</go:reference>
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            <go:name>centriole replication</go:name>
            <go:definition>Formation of a daughter centriole perpendicular to an existing centriole. An immature centriole contains a ninefold symmetric array of single microtubules; each microtubules presumably acts as a template for the assembly of the triplet microtubule of mature centrioles.</go:definition>
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            <go:name>regulation of centriole replication</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation of a daughter centriole of an existing centriole.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of centriole replication</go:name>
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            <go:name>positive regulation of centriole replication</go:name>
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            <go:name>centrosome separation</go:name>
            <go:definition>Separation of duplicated centrosome components at the beginning of mitosis. The centriole pair within each centrosome becomes part of a separate microtubule organizing center that nucleates a radial array of microtubules called an aster. The two asters move to opposite sides of the nucleus to form the two poles of the mitotic spindle.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the separation of duplicated centrosome components at the beginning of mitosis.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the centrosome cycle, the processes of centrosome duplication and separation.</go:definition>
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            <go:synonym>microtubule capture</go:synonym>
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            <go:definition>Formation and maintenance of the mitotic spindle in budding yeast; an intranuclear process involving organization of microtubules and associated molecules into a spindle structure; includes attachment of chromosomes to the mitotic apparatus.</go:definition>
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            <go:name>mitotic spindle orientation (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>Determination of the orientation of the mitotic spindle in a budding yeast cell.</go:definition>
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            <go:name>mitotic spindle positioning (sensu Saccharomyces)</go:name>
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            <go:definition>Determination of the intracellular position and orientation of the mitotic spindle in a fungal cell.</go:definition>
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            <go:name>mitotic spindle orientation (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>Determination of the orientation of the mitotic spindle in a fungal cell.</go:definition>
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            <go:definition>The intracellular positioning and orientation of the mitotic spindle.</go:definition>
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            <go:definition>The intracellular orientation of the mitotic spindle.</go:definition>
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            <go:name>mitotic spindle positioning</go:name>
            <go:definition>The intracellular positioning of the mitotic spindle.</go:definition>
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            <go:name>spindle pole body and microtubule cycle (sensu Fungi)</go:name>
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            <go:name>nuclear migration (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>A microtubule-based process in which the nucleus of a yeast cell moves within the cell; karyogamy and mitosis both require nuclear movement.</go:definition>
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            <go:name>spindle pole body and microtubule cycle (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>The dynamics of the spindle pole body and microtubule cytoskeleton during the cell cycle, as described in Saccharomyces. Includes spindle pole body duplication and separation and formation and elongation of the mitotic spindle.</go:definition>
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            <go:name>spindle pole body duplication (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>Construction of a new spindle pole body adjacent to the existing spindle pole body in the nuclear envelope; usually occurs about the time of bud emergence; as described in Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>spindle pole body separation (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>A largely uncharacterized process involving the release of duplicated spindle pole bodies (SPBs) and their migration away from each other within the nuclear membrane. Duplicated SPBs are connected by a bridge structure that may be severed in order to release the SPBs from one another. Following liberation, SPBs diffuse through the nuclear membrane until they are across from each other. SPB separation must take place in order for a bipolar mitotic spindle to assemble.</go:definition>
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            <go:name>spindle pole body duplication (sensu Fungi)</go:name>
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            <go:name>spindle pole body separation (sensu Fungi)</go:name>
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            <go:name>microtubule bundling</go:name>
            <go:definition>A process that results in a parallel arrangement of microtubules.</go:definition>
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            <go:name>microtubule nucleation</go:name>
            <go:definition>The 'de novo' formation of a microtubule, in which tubulin heterodimers form metastable oligomeric aggregates, some of which go on to support formation of a complete microtubule. Microtubule nucleation usually occurs from a specific site within a cell.</go:definition>
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            <go:name>tubulin folding</go:name>
            <go:definition>Folding of the microtubule constituent proteins alpha- and beta-tubulin into the native alpha-beta heterodimer.</go:definition>
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            <go:name>alpha-tubulin folding</go:name>
            <go:definition>Folding of the microtubule constituent protein alpha-tubulin.</go:definition>
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            <go:name>beta-tubulin folding</go:name>
            <go:definition>Folding of the microtubule constituent protein beta-tubulin.</go:definition>
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            <go:name>chaperonin-mediated tubulin folding</go:name>
            <go:definition>Partial folding of alpha- or beta-tubulin into a non-native folding intermediate, mediated by cytosolic chaperonin CCT.</go:definition>
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            <go:name>post-chaperonin tubulin folding pathway</go:name>
            <go:definition>Completion of folding of alpha- and beta-tubulin; takes place subsequent to chaperonin-mediated partial folding; mediated by a complex of folding cofactors.</go:definition>
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            <go:name>microtubule stabilization</go:name>
            <go:definition>Prevention of depolymerization of a microtubule; can result from binding by 'capping' at the plus end (eg. by interaction with another cellular protein of structure) or by exposing microtubules to a stabilizing drug such as taxol.</go:definition>
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            <go:name>axonemal microtubule stabilization</go:name>
            <go:definition>Prevention of depolymerization of the specialized microtubules of the axoneme.</go:definition>
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            <go:name>oocyte microtubule cytoskeleton organization</go:name>
            <go:definition>Formation and maintenance of a polarized microtubule array originating from a microtubule-organizing center (MTOC) in the oocyte. The MTOC nucleates a microtubule network that extends through the ring canals into the 15 nurse cells of the cyst.</go:definition>
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            <go:name>oocyte microtubule cytoskeleton organization (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Formation and maintenance of a polarized microtubule array originating from a microtubule-organizing center (MTOC) in the Insect oocyte. The MTOC nucleates a microtubule network that extends through the ring canals into the 15 nurse cells of the cyst.</go:definition>
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            <go:name>oocyte microtubule cytoskeleton polarization (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Establishment and maintenance of an axis of polarity of the Insect oocyte microtubule network such that the minus and plus ends of the microtubules of the mid stage oocyte are positioned along the anterior cortex and at the posterior pole, respectively.</go:definition>
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            <go:name>oocyte microtubule cytoskeleton polarization</go:name>
            <go:definition>Establishment and maintenance of an axis of polarity of the oocyte microtubule network such that the minus and plus ends of the microtubules of the mid stage oocyte are positioned along the anterior cortex and at the posterior pole, respectively.</go:definition>
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            <go:name>sperm aster formation</go:name>
            <go:definition>Formation and organization of an aster composed of microtubule arrays originating from the sperm basal body and extending virtually to the egg periphery. The sperm aster ensures the appropriate positioning of the male and female pronuclei.</go:definition>
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            <go:name>microtubule depolymerization</go:name>
            <go:definition>The removal of tubulin heterodimers from one or both ends of a microtubule.</go:definition>
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            <go:name>microtubule polymerization</go:name>
            <go:definition>The addition of tubulin heterodimers to one or both ends of a microtubule.</go:definition>
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            <go:name>microtubule-based movement</go:name>
            <go:definition>Movement of organelles and other particles along microtubules, mediated by motor proteins.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of substances from late endosomes to the vacuole. In yeast, after transport to the prevacuolar compartment, endocytic content is delivered to the late endosome and on to the vacuole. This pathway is analogous to endosome to lysosome transport.</go:definition>
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            <go:name>cristae formation</go:name>
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            <go:definition>The import of proteins into the mitochondria inner membrane. Inner membrane proteins are first imported into the matrix space where the matrix-targeting sequence is removed; how these proteins then are incorporated into the inner membrane is not known.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial outer membrane protein import</go:name>
            <go:definition>The import of proteins into the outer membrane of the mitochondrion. Outer membrane proteins have a short matrix-targeting sequence followed by a long stretch of hydrophobic amino acids at the N-terminus. The hydrophobic sequence functions as a stop-transfer sequence that both prevents transfer of the protein into the matrix and anchors it as an integral protein in the outer membrane.</go:definition>
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            <go:name>regulation of mitochondrial membrane permeability</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the passage or uptake of molecules by the mitochondrial membrane.</go:definition>
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            <go:name>sperm mitochondrion organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The process by which sperm mitochondria take on their characteristic morphology; they are flattened, elongated, and arranged circumferentially into a tight helical coil around the tail-dense fibers of the mature sperm.</go:definition>
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                <go:reference>23560	215	Cellular structure, organization and biogenesis	Peroxisome &gt; GO:peroxisome ; GO:0005777</go:reference>
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            <go:name>peroxisome degradation</go:name>
            <go:synonym>pexophagy</go:synonym>
            <go:definition>The process by which peroxisomes are delivered to the vacuole and degraded in response to changing nutrient conditions.</go:definition>
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            <go:definition>Degradation of the membranes of cargo-carrying vesicles formed during peroxisome degradation.</go:definition>
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            <go:name>peroxisome inheritance</go:name>
            <go:definition>The acquisition of peroxisomes by daughter cells from the mother cell after replication. In Saccharomyces cerevisiae, the number of peroxisomes cells is fairly constant; a subset of the organelles are targeted and segregated to the bud in a highly ordered, vectorial process. Efficient segregation of peroxisomes from mother to bud is dependent on the actin cytoskeleton, and active movement of peroxisomes along actin filaments is driven by the class V myosin motor protein, Myo2p.</go:definition>
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                <go:reference>23510	205	Cellular structure, organization and biogenesis	Plasma membrane &gt; GO:plasma membrane ; GO:0005886</go:reference>
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            <go:name>integrin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of integrins, a large family of transmembrane proteins that act as receptors for cell-adhesion molecules.</go:definition>
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            <go:name>beta 2 integrin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of beta 2 integrins, a subfamily of integrins which contain the beta 2 subunit.</go:definition>
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            <go:name>regulation of beta 2 integrin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation from simpler components of beta 2 integrins.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of beta 2 integrin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the formation from simpler components of beta 2 integrins.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of beta 2 integrin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the formation from simpler components of beta 2 integrins.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of integrin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the formation from simpler components of integrins.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of integrin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the formation from simpler components of integrins.</go:definition>
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            <go:name>lipid raft formation</go:name>
            <go:definition>Formation of tightly-packed gel-like membrane microdomains enriched in sphingolipids and cholesterol.</go:definition>
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            <go:name>lipid raft polarization</go:name>
            <go:definition>The clustering and aggregation of lipid rafts at a single cellular pole during activation of particular cell types, such as lymphocytes.</go:definition>
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            <go:name>phospholipid scrambling</go:name>
            <go:synonym>PL scrambling</go:synonym>
            <go:definition>The process by which all major lipid classes are redistributed within the plasma membrane following cell activation or injury, resulting in surface exposure of phosphatidylserine (PS) and phosphatidylethanolamine (PE). Cell surface-exposed PS can serve as receptor sites for coagulation enzyme complexes, and contributes to cell clearance by the reticuloendothelial system.</go:definition>
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            <go:name>phospholipid translocation</go:name>
            <go:definition>The translocation, or flipping, of phospholipid molecules from one monolayer of a plasma membrane to the opposite monolayer.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which chloroplasts in photosynthetic cells migrate toward illuminated sites to optimize photosynthesis and move away from excessively illuminated areas to protect the photosynthetic machinery.</go:definition>
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            <go:synonym>low-fluence-rate response</go:synonym>
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            <go:synonym>high-fluence-rate response</go:synonym>
            <go:definition>The relocation process by which chloroplasts in photosynthetic cells avoid strong light and move away from it in order to preserve the photosynthetic machinery.</go:definition>
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            <go:definition>Assembly and maintenance of polar granules, cytoplasmic, non-membranous RNA/protein complex aggregates in the primordial germ cells of many higher eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>polar granule organization and biogenesis (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Formation of the polar granules, organelles found in the pole plasm of insect cells that contain the necessary constituents for pole plasm assembly.</go:definition>
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            <go:definition>Assembly and maintenance of the spectrosome, a germline specific spherical organelle that is the precursor to the fusome.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of substances into, out of or within a vacuole.</go:definition>
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            <go:name>endocytosed protein transport to vacuole</go:name>
            <go:synonym>delivery of endocytosed proteins to the vacuole</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of proteins imported into a cell by endocytosis (GO:0006897) to the vacuole.</go:definition>
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            <go:name>Golgi to vacuole transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of substances from the Golgi to the vacuole.</go:definition>
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            <go:name>retrograde transport, vacuole to Golgi</go:name>
            <go:synonym>retrograde transport from the vacuole</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of substances from the vacuole to the trans-Golgi network; this occurs in yeast via the prevacuolar/endosomal compartment.</go:definition>
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            <go:name>vacuolar phosphate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of phosphates into, out of or within a vacuole.</go:definition>
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            <go:name>vacuole fusion, non-autophagic</go:name>
            <go:synonym>vacuole fusion (non-autophagic)</go:synonym>
            <go:definition>The fusion of two vacuole membranes to form a single vacuole.</go:definition>
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            <go:name>heterotypic vacuole fusion, non-autophagic</go:name>
            <go:synonym>heterotypic vacuole fusion (non-autophagic)</go:synonym>
            <go:definition>The fusion of two different type vacuole membranes to form a single vacuole.</go:definition>
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            <go:name>homotypic vacuole fusion, non-autophagic</go:name>
            <go:synonym>homotypic vacuole fusion (non-autophagic)</go:synonym>
            <go:definition>The fusion of two same type vacuole membranes to form a single vacuole.</go:definition>
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            <go:definition>Assembly and maintenance of any vesicle.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of teichoic acid, any polymer occurring in the cell wall, membrane or capsule of Gram-positive bacteria and containing chains of glycerol phosphate or ribitol phosphate residues.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of the cell wall found in fungi.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of cell wall chitin, a linear polysaccharide consisting of P-1,4-linked N-acetyl-D-glucosamine residues, found in the walls of cells.</go:definition>
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            <go:name>cell wall biosynthesis (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of the cell wall found in Magnoliophyta.</go:definition>
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            <go:name>cell plate formation (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The processes involved in the formation of the cell plate at the equator of the spindle in the dividing cells of plants during early telophase.</go:definition>
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            <go:name>primary cell wall biosynthesis (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of cell walls that form adjacent to the middle lamella following cell division and during cell expansion.</go:definition>
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            <go:name>secondary cell wall biosynthesis (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of inextensible cell walls that are formed between the plasma membrane and primary cell wall after cell expansion is complete.</go:definition>
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            <go:name>cell wall mannoprotein biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of cell wall mannoproteins, any cell wall protein that contains covalently bound mannose residues other than as a moiety of nucleic acid.</go:definition>
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            <go:name>cell wall modification</go:name>
            <go:definition>The series of events leading to chemical and structural alterations of an existing cell wall that can result in loosening, increased extensibility or disassembly.</go:definition>
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            <go:name>cell wall modification (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The series of events leading to chemical and structural alterations of an existing plant cell wall that can result in loosening, increased extensibility or disassembly.</go:definition>
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            <go:name>cell wall modification during abscission</go:name>
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            <go:name>cell wall modification during ripening</go:name>
            <go:definition>The series of events that occur during ripening that result in chemical or structural alterations of existing cell walls.</go:definition>
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            <go:definition>The controlled degradation of any cell membrane in the context of a normal process such as autophagy.</go:definition>
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            <go:definition>Synthesis and ordering of the nuclear membrane.</go:definition>
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            <go:definition>Synthesis and ordering of the envelope of pronuclei.</go:definition>
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            <go:definition>Assembly of a nuclear envelope containing nuclear pores and a lamina around the male pronucleus, the final step in sperm pronuclear formation.</go:definition>
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            <go:name>pore complex biogenesis</go:name>
            <go:synonym>pore formation</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a pore complex (GO:0046930), a small opening in a membrane that allows the passage of liquids and/or gases.</go:definition>
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            <go:synonym>chromatin modeling</go:synonym>
            <go:synonym>chromatin modelling</go:synonym>
            <go:synonym>chromatin remodelling</go:synonym>
            <go:definition>Dynamic structural changes to eukaryotic chromatin occurring throughout the cell division cycle. These changes range from the local changes necessary for transcriptional regulation to global changes necessary for chromosome segregation.</go:definition>
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            <go:synonym>ATP-dependent chromatin remodelling</go:synonym>
            <go:definition>Dynamic structural changes to eukaryotic chromatin that require energy from the hydrolysis of ATP, ranging from local changes necessary for transcriptional regulation to global changes necessary for chromosome segregation, mediated by ATP-dependent chromatin-remodelling factors.</go:definition>
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            <go:name>chromatin silencing</go:name>
            <go:synonym>chromatin-mediated maintenance of transcriptional inactivation</go:synonym>
            <go:synonym>chromatin-mediated silencing</go:synonym>
            <go:definition>Repression of transcription by conversion of large regions of DNA into an inaccessible state often called heterochromatin.</go:definition>
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            <go:name>chromatin silencing at centromere</go:name>
            <go:definition>Repression of transcription of centromeric DNA by the formation of heterochromatin.</go:definition>
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            <go:name>chromatin silencing at ribosomal DNA</go:name>
            <go:synonym>chromatin silencing at rDNA</go:synonym>
            <go:definition>Repression of transcription of ribosomal DNA by the formation of heterochromatin.</go:definition>
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            <go:name>chromatin silencing at silent mating-type cassette (sensu Fungi)</go:name>
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            <go:name>chromatin silencing at HML and HMR (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>Repression of transcription at silent mating-type loci by the formation of heterochromatin.</go:definition>
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            <go:name>establishment of chromatin silencing</go:name>
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            <go:name>maintenance of chromatin silencing</go:name>
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            <go:name>chromatin-mediated maintenance of transcription</go:name>
            <go:definition>Maintenance of transcription by remodelling of chromatin into an 'open configuration'. Once established, this regulation is mitotically stable and is maintained over many cell divisions. It is also heritable.</go:definition>
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            <go:name>loss of chromatin silencing</go:name>
            <go:definition>Processes leading to expression of genes that are typically not expressed due to silencing by regulatory proteins.</go:definition>
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            <go:name>sperm chromatin decondensation</go:name>
            <go:definition>Unwinding of the condensed nuclear chromatin of an inactive sperm nucleus.</go:definition>
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            <go:name>fertilization, exchange of chromosomal proteins</go:name>
            <go:synonym>sperm-specific histone replacement</go:synonym>
            <go:definition>Replacement of sperm-specific chromosomal proteins with somatic histones, to allow the paternal genome to acquire a nucleosomal chromatin organization compatible with nuclear activity.</go:definition>
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            <go:name>karyosome formation</go:name>
            <go:definition>Condensation of DNA in the oocyte nucleus into a compact spherical structure called the karyosome.</go:definition>
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            <go:name>polytene chromosome puffing</go:name>
            <go:definition>The decondensing (loosening) and swelling of the chromosomal sites of target genes on polytene chromosomes following response to a stimulus, to facilitate sudden bursts of transcriptional activity in response to transient environmental signals.</go:definition>
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            <go:name>ecdysone-mediated polytene chromosome puffing</go:name>
            <go:definition>The decondensing (loosening) and swelling of the chromosomal sites of hormone-responsive genes on polytene chromosomes in response to increased production of the steroid hormone 20-hydroxyecdysone (ecdysone) in Drosophila larvae approaching pupation.</go:definition>
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            <go:name>heat shock-mediated polytene chromosome puffing</go:name>
            <go:definition>The decondensing (loosening) and swelling of the chromosomal sites of heat shock genes on polytene chromosomes in response to a heat shock stimulus.</go:definition>
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            <go:name>rDNA maintenance</go:name>
            <go:definition>The maintenance of fidelity and copy number of rDNA repeats.</go:definition>
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            <go:name>telomere maintenance</go:name>
            <go:definition>The maintenance of proper telomeric length by processes that affect and monitor the activity of telomeric proteins and the length of telomeric DNA.</go:definition>
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            <go:name>telomerase-dependent telomere maintenance</go:name>
            <go:definition>Maintaining telomeric DNA is a balance between shortening, caused by the failure of normal DNA replication to complete replication of the ends, and lengthening of telomeric DNA sequences, which is dependent upon the activity of the telomerase enzyme.</go:definition>
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            <go:name>telomerase-independent telomere maintenance</go:name>
            <go:definition>The maintenance of proper telomeric length by recombinational processes that occur in the absence of an enzymatic activity that adds new telomeric repeats.</go:definition>
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            <go:name>suppression of telomeric recombination at telomere</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of genetic recombination within the telomere.</go:definition>
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            <go:name>telomere capping</go:name>
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            <go:name>female pronucleus formation</go:name>
            <go:definition>Formation of the haploid nucleus of the unfertilized egg.</go:definition>
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            <go:name>nuclear body organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of any of the extra-nucleolar nuclear domains usually visualized by confocal microscopy and fluorescent antibodies to specific proteins.</go:definition>
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            <go:name>Cajal body organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of Cajal bodies (GO:0015030), nuclear bodies that appear ultrastructurally as a tangle of coiled, electron-dense threads roughly 0.5 micrometers in diameter and are enriched in ribonucleoproteins, and certain general RNA polymerase II transcription factors.</go:definition>
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            <go:name>Lands organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of Lands (GO:0016606), a class of nuclear body that react against SP140 auto-antibodies.</go:definition>
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            <go:name>nuclear speck organization and biogenesis</go:name>
            <go:synonym>nuclear speckle assembly</go:synonym>
            <go:definition>The assembly and organization of nuclear specks (GO:0016607), a class of nuclear body in which splicing factors are localized.</go:definition>
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            <go:name>PML body organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of PML bodies (GO:0016605), a class of nuclear body; they react against SP100 auto-antibodies (PML = promyelocytic leukemia).</go:definition>
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            <go:name>nuclear pore organization and biogenesis</go:name>
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            <go:definition>The orderly synthesis, assembly, regulation, and motion of structures that place the nucleus in a specific position at a defined time within the cell at large.</go:definition>
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            <go:definition>The movement of chromosomes into daughter cells during meiotic cell division. During the first meiotic division, each replicated chromosome (actually two sister chromatids) aligns at the cell equator, paired with its homologous partner; this pairing off, referred to as synapsis, permits genetic recombination. One homolog (both sister chromatids) of each morphologic type goes into one daughter cell, and the other homolog goes into the other cell.</go:definition>
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            <go:definition>The movement of chromosomes into daughter cells during meiotic cell division. After the first meiotic division, the resulting 2n cells undergo a second division without intervening DNA replication. During this second meiotic division, the sister chromatids of each morphologic type separate and these now independent chromosomes are randomly apportioned to the daughter cells. Each diploid cell that undergoes meiosis produces four haploid cells.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby new strands of DNA are synthesized. The template for replication can either be DNA (DNA dependent DNA replication, GO:0006261) or RNA (RNA dependent DNA replication, GO:0006278).</go:definition>
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            <go:definition>A system for the correction of errors introduced during DNA replication when an incorrect base, which cannot form hydrogen bonds with the corresponding base in the parent strand, is incorporated into the daughter strand. The mismatch repair system promotes genomic fidelity by repairing base-base mismatches, insertion-deletion loops and heterologies generated during DNA replication and recombination.</go:definition>
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            <go:definition>The stage of mitosis during which the two sets of chromosomes separate and move away from each other.</go:definition>
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            <go:definition>Part of mitotic anaphase in which the kinetochore microtubules shorten as chromosomes move toward the spindle poles.</go:definition>
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            <go:definition>Part of mitotic anaphase in which the polar microtubules elongate and the two poles of the spindle move farther apart.</go:definition>
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            <go:name>mitotic metaphase</go:name>
            <go:definition>The stage of mitosis at which chromosomes are firmly attached to the mitotic spindle at its equator but have not yet segregated to opposite poles.</go:definition>
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            <go:definition>The alignment of chromosomes at the metaphase plate, a plane halfway between the poles of the mitotic spindle, during mitosis.</go:definition>
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            <go:definition>The onset of anaphase in mitosis, triggered by the destruction of mitotic cyclins.</go:definition>
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            <go:name>regulation of mitotic metaphase/anaphase transition</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the onset of anaphase (chromosome movement) in the mitotic cell cycle.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the mitotic metaphase to anaphase transition.</go:definition>
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            <go:definition>The stage in mitosis (in higher eukaryotes), following prophase, during which the nuclear envelope is disrupted and breaks into membrane vesicles, and the spindle microtubules enter the nuclear region. Kinetochores mature on each centromere and attach to some of the spindle microtubules. Kinetochore microtubules begin the process of aligning chromosomes in one plane halfway between the poles.</go:definition>
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            <go:definition>Any process involved in the progression from anaphase/telophase to G1 that is associated with a conversion from high to low mitotic CDK activity.</go:definition>
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            <go:name>meiosis</go:name>
            <go:definition>A specialized cell division in which a single diploid cell undergoes two nuclear divisions following a single round of DNA replication in order to produce four daughter cells that contain half the number of chromosomes as the diploid cell. Meiosis occurs during the formation of gametes from diploid organisms and at the beginning of haplophase in those organisms that alternate between diploid and haploid generations.</go:definition>
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            <go:name>polar body extrusion after meiotic divisions</go:name>
            <go:definition>The generation of two small cells, as byproducts destined to degenerate, as a result of the first and second meiotic divisions of a primary oocyte during its development to a mature ovum. One polar body is formed in the first division of meiosis and the other in the second division; at each division, the cytoplasm divides unequally, so that the polar body is of much smaller size than the developing oocyte. At the second division in which a polar body is formed, the polar body and the developing oocyte each contain a haploid set of chromosomes.</go:definition>
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            <go:name>meiosis I</go:name>
            <go:definition>The first division of meiosis in which homologous chromosomes are paired and segregated from each other, producing two daughter cells.</go:definition>
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            <go:name>achiasmate meiosis I</go:name>
            <go:definition>The first division of meiosis in which homologous chromosomes that do not undergo meiotic recombination or form chiasmata are paired and segregated from each other, producing two daughter cells.</go:definition>
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            <go:name>meiotic anaphase I</go:name>
            <go:definition>Anaphase of meiosis I; analogous to mitotic anaphase.</go:definition>
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            <go:name>meiotic G2/MI transition</go:name>
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            <go:name>meiotic metaphase I</go:name>
            <go:definition>Metaphase of meiosis I; analogous to mitotic metaphase.</go:definition>
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            <go:name>meiotic metaphase I plate congression</go:name>
            <go:definition>The alignment of chromosomes at the metaphase plate, a plane halfway between the poles of the meiotic spindle, during meiosis I.</go:definition>
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            <go:name>meiotic prophase I</go:name>
            <go:definition>Prophase of meiosis I; divided into several stages.</go:definition>
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            <go:name>diakinesis</go:name>
            <go:definition>The final stage of prophase I in meiosis; the transition to meiotic metaphase I.</go:definition>
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            <go:name>diplotene</go:name>
            <go:definition>The fourth stage of prophase I in meiosis, in which the homologous chromosomes begin to separate and the synaptonemal complex dissolves.</go:definition>
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            <go:name>leptotene</go:name>
            <go:definition>The first stage of prophase I in meiosis, in which chromosomes first become visible.</go:definition>
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            <go:name>telomere clustering</go:name>
            <go:synonym>bouquet formation</go:synonym>
            <go:synonym>horsetail formation</go:synonym>
            <go:definition>The dynamic reorganization of telomeres in early meiotic prophase during which meiotic chromosome ends are attached to the inner surface of the nuclear envelope.</go:definition>
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            <go:name>meiotic gene conversion</go:name>
            <go:synonym>gene conversion without reciprocal crossover</go:synonym>
            <go:definition>The transfer of genetic information from one helix to another. It often occurs in association with general genetic recombination events, and is believed to be a straightforward consequence of the mechanisms of general recombination and DNA repair. For example, meiosis might yield three copies of the maternal version of an allele and only one copy of the paternal allele, indicating that one of the two copies of the paternal allele has been changed to a copy of the maternal allele.</go:definition>
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            <go:name>meiotic DNA double-strand break formation</go:name>
            <go:definition>The process of generating double-strand breaks at defined hotspots throughout the genome during meiosis I, which results in the initiation of meiotic recombination.</go:definition>
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            <go:name>meiotic DNA double-strand break processing</go:name>
            <go:definition>During meiosis, the 5' to 3' exonucleolytic resection of the DNA at the site of the break to form a 3' single-strand DNA overhang.</go:definition>
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            <go:name>meiotic DNA recombinase assembly</go:name>
            <go:definition>During meiosis, the assembly of strand exchange proteins (recombinases) into higher order oligomers on single-stranded DNA.</go:definition>
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            <go:name>meiotic recombination nodule assembly</go:name>
            <go:definition>The assembly of small, electron dense structures in association with meiotic chromosomes.</go:definition>
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            <go:name>early meiotic recombination nodule assembly</go:name>
            <go:definition>The assembly of small, electron dense structures in association with meiotic chromosomes during leptotene and zygotene.</go:definition>
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            <go:name>late meiotic recombination nodule assembly</go:name>
            <go:definition>The assembly of small, electron dense structures in association with meiotic chromosomes during pachytene. Involved in the catalysis crossing over.</go:definition>
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            <go:name>meiotic DNA repair synthesis</go:name>
            <go:definition>During meiosis, the synthesis of DNA proceeding from the broken 3' single-strand DNA end that uses the homologous intact duplex as the template.</go:definition>
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            <go:name>meiotic heteroduplex formation</go:name>
            <go:definition>During meiosis, the formation of a stable duplex DNA that contains one strand from each of the two recombining DNA molecules.</go:definition>
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            <go:name>meiotic mismatch repair</go:name>
            <go:definition>A system for the identification and correction of base-base mismatches, small insertion-deletion loops, and regions of heterology that are present in duplex DNA formed with strands from two recombining molecules. Correction of the mismatch can result in non-Mendelian segregation of alleles following meiosis.</go:definition>
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            <go:name>meiotic strand displacement</go:name>
            <go:definition>During meiosis, the rejection of the broken 3' single-strand DNA molecule that formed heteroduplex DNA with its complement in an intact duplex DNA. The Watson-Crick base pairing in the original duplex is restored. The rejected 3' single-strand DNA molecule reanneals with its original complement to reform two intact duplex molecules.</go:definition>
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            <go:name>meiotic strand invasion</go:name>
            <go:synonym>meiotic D-loop formation</go:synonym>
            <go:definition>During meiosis, the process in which the nucleoprotein complex (composed of the broken single-strand DNA and the recombinase) searches and identifies a region of homology in intact duplex DNA. The broken single-strand DNA displaces the like strand and forms Watson-Crick base pairs with its complement, forming a duplex in which each strand is from one of the two recombining DNA molecules.</go:definition>
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            <go:name>meiotic recombination</go:name>
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            <go:synonym>female meiotic recombination</go:synonym>
            <go:synonym>gene conversion with reciprocal crossover</go:synonym>
            <go:definition>The formation and repair of double strand breaks through a double Holliday junction intermediate that results in the equal exchange of genetic material between non-sister chromatids in a pair of homologous chromosomes. These reciprocal recombinant products ensure the proper segregation of homologous chromosomes during meiosis I and create genetic diversity.</go:definition>
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            <go:name>meiotic joint molecule formation</go:name>
            <go:definition>The conversion of the paired broken DNA and homologous duplex DNA into a four-stranded branched intermediate, known as a joint molecule. These joint molecules contain Holliday junctions on either side of heteroduplex DNA.</go:definition>
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            <go:name>resolution of meiotic joint molecules as recombinants</go:name>
            <go:synonym>crossover formation</go:synonym>
            <go:synonym>formation of chiasmata</go:synonym>
            <go:definition>The cleavage and rejoining of Holliday junctions to produce two intact molecules in which genetic material has been exchanged.</go:definition>
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            <go:definition>The third stage of prophase I in meiosis, in which crossing over occurs between a chromatid in one partner and another chromatid in the homologous chromosome.</go:definition>
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            <go:definition>The second stage of prophase I in meiosis, in which each chromosome pairs with its homolog; the two become aligned and the synaptonemal complex forms between them.</go:definition>
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            <go:definition>The pairing of chromosomes during meiosis; more specifically, the coaxial connection of homologs, connected along their length by the synaptonemal complex.</go:definition>
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            <go:name>synaptonemal complex formation</go:name>
            <go:definition>Formation of the synaptonemal complex, a structure that holds paired chromosomes together during prophase I of meiosis and that promotes genetic recombination.</go:definition>
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            <go:definition>The second division of meiosis, which separates the two chromatids in each chromosome.</go:definition>
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            <go:definition>The alignment of chromosomes at the metaphase plate, a plane halfway between the poles of the meiotic spindle, during meiosis II.</go:definition>
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            <go:definition>Telophase of meiosis II; analogous to mitotic telophase.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of meiosis, the process by which the nucleus of a diploid cell divides twice forming four haploid cells, one or more of which usually function as gametes.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of meiosis</go:name>
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            <go:definition>The most common eukaryotic cell cycle, in which a cell is duplicated without changing ploidy; comprises four successive phases called G1, S, G2, and M.</go:definition>
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            <go:definition>One of two 'gap' phases in the standard eukaryotic mitotic cell cycle; the interval between the completion of mitosis and the beginning of DNA synthesis.</go:definition>
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            <go:definition>A cell cycle control point late in G1 phase of the mitotic cell cycle just before entry into S phase; in budding yeast and animal cells, passage through start normally commits the cell to progressing through the entire cell cycle.</go:definition>
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            <go:definition>One of two 'gap' phases in the standard eukaryotic mitotic cell cycle; the interval between the completion of DNA synthesis and the beginning of mitosis.</go:definition>
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            <go:synonym>cell cycle control</go:synonym>
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            <go:definition>Any process by which progression through the cell cycle is halted during one of the normal phases (G1, S, G2, M).</go:definition>
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            <go:synonym>cell cycle arrest (sensu Saccharomyces)</go:synonym>
            <go:definition>The processes that lead to a halt in cell cycle progression (cessation of cell cycle transitions) following exposure to pheromone.</go:definition>
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            <go:name>cell cycle checkpoint</go:name>
            <go:definition>A point in the eukaryotic cell cycle where progress through the cycle can be halted until conditions are suitable for the cell to proceed to the next stage.</go:definition>
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                <go:reference>03.03.01.03 cell cycle checkpoints (checkpoints of morphogenesis, DNA-damage,-replication, mitotic phase and spindle)</go:reference>
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            <go:name>cell morphogenesis checkpoint</go:name>
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            <go:name>DNA damage response, signal transduction resulting in cell cycle arrest</go:name>
            <go:synonym>DNA damage checkpoint</go:synonym>
            <go:definition>A signal transduction pathway, induced by DNA damage, that blocks cell cycle progression (in G1, G2 or metaphase) or slows the rate at which S phase proceeds.</go:definition>
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            <go:name>DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest</go:name>
            <go:definition>A cascade of processes induced by the cell cycle regulator phosphoprotein p53, or an equivalent protein, in response to the perception of DNA damage and resulting in the stopping or reduction in rate of the cell cycle.</go:definition>
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            <go:name>DNA replication checkpoint</go:name>
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            <go:name>septin checkpoint</go:name>
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            <go:name>cyclin catabolism</go:name>
            <go:synonym>degradation of cyclin</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of cyclins, proteins whose levels in a cell varies markedly during the cell cycle, rising steadily until mitosis, then falling abruptly to zero. As cyclins reach a threshold level, they are thought to drive cells into G2 phase and thus to mitosis.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of cell cycle</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of cell cycle activity.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of cell cycle</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of cell cycle activity.</go:definition>
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            <go:name>re-entry into mitotic cell cycle</go:name>
            <go:definition>The resumption of the mitotic cell division cycle by cells that were in a quiescent or other non-dividing state.</go:definition>
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            <go:name>G0 to G1 transition</go:name>
            <go:definition>The transition from the G0 quiescent state to the G1 phase. Under certain conditions, cells exit the cell cycle during G1 and remain in the G0 state as nongrowing, non-dividing (quiescent) cells. Appropriate stimulation of such cells induces them to return to G1 and resume growth and division. The G0 to G1 transition is accompanied by many changes in the program of gene expression.</go:definition>
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            <go:name>re-entry into mitotic cell cycle after pheromone arrest</go:name>
            <go:definition>The resumption of the mitotic cell division cycle by pheromone-arrested cells that have not mated.</go:definition>
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            <go:name>schizogony</go:name>
            <go:definition>Cell division by multiple fission in which nuclei and other organelles in the parent cell divide repeatedly and move to the cell periphery before internal membranes develop around them, producing a large number of daughter cells simultaneously.</go:definition>
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            <go:name>second mitotic wave (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>A discrete cell cycle that occurs during the third instar eye imaginal disc after progression of the morphogenetic furrow. It is essential for generation of a sufficient pool of uncommitted cells to develop complete ommatidia.</go:definition>
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            <go:name>cytokinesis</go:name>
            <go:synonym>cell division</go:synonym>
            <go:definition>The process of dividing a cell to compartmentalize intracellular constituents; usually after growth, replication, and segregation of cellular components.</go:definition>
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                <go:reference>TIGR00064 signal recognition particle-docking protein FtsY</go:reference>
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                <go:reference>TIGR00065 cell division protein FtsZ</go:reference>
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                <go:reference>TIGR00439 putative protein insertion permease FtsX</go:reference>
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                <go:reference>TIGR00997 intracellular septation protein A</go:reference>
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                <go:reference>TIGR01174 cell division protein FtsA</go:reference>
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                <go:reference>TIGR01215 cell division topological specificity factor MinE</go:reference>
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            <go:name>asymmetric cytokinesis</go:name>
            <go:synonym>asymmetric cell division</go:synonym>
            <go:definition>The asymmetric division of cells to produce two daughter cells with different developmental potentials. It is of fundamental significance for the generation of cell diversity.</go:definition>
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            <go:name>cystoblast cell division</go:name>
            <go:definition>The four rounds of incomplete mitosis undergone by the cystoblast to form a 16-cell cyst. Within the cyst, one cell differentiates into an oocyte while the rest become nurse cells.</go:definition>
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            <go:name>cystoblast cell division (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The four rounds of incomplete mitosis undergone by the insect cystoblast to form a 16-cell cyst. Within the cyst, one cell differentiates into an oocyte while the rest become nurse cells.</go:definition>
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            <go:name>germ-line stem cell division</go:name>
            <go:definition>Division of a germline stem cell to produce a daughter stem cell and a daughter germ cell, which will divide to form the gametes.</go:definition>
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            <go:name>female germ-line stem cell division</go:name>
            <go:definition>Division of a germline stem cell in the female gonad, to produce a daughter stem cell and a daughter germ cell, which will divide to form the female gametes.</go:definition>
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            <go:name>female germ-line stem cell division (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The asymmetric division of a germline stem cell, in the insect ovary, to produce a new stem cell and a cystoblast.</go:definition>
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            <go:name>male germ-line stem cell division</go:name>
            <go:definition>Division of a germline stem cell in the male gonad, to produce a daughter stem cell and a daughter germ cell, which will divide to form the male gametes.</go:definition>
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            <go:name>regulation of asymmetric cytokinesis</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of asymmetric cell division.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of asymmetric cytokinesis</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of asymmetric cytokinesis.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of asymmetric cytokinesis</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of asymmetric cytokinesis.</go:definition>
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            <go:name>sensory organ precursor cell division</go:name>
            <go:definition>The series of 4 asymmetric divisions undergone by the sensory organ precursor cells to generate the four external sensory organ cells (the socket, shaft, sheath cells and the external sense neuron), together with one multidendritic neuron.</go:definition>
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            <go:name>zygote asymmetric cytokinesis</go:name>
            <go:definition>The division of the zygote into two daughter cells that will adopt developmentally distinct potentials.</go:definition>
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            <go:name>zygote asymmetric cytokinesis (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The division of the plant zygote in a plane perpendicular to the long axis of the embryo sac to produce a larger basal cell near the micropyle and a small terminal cell close to what was the central cell and is now the developing endosperm.</go:definition>
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            <go:name>barrier septum formation</go:name>
            <go:synonym>septation</go:synonym>
            <go:definition>The process of making a septum that spans the plasma membrane interface between progeny cells following cytokinesis. The progeny cells that form a barrier septum are not able to exchange intracellular material.</go:definition>
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            <go:name>selection of site for barrier septum formation</go:name>
            <go:definition>The process of marking the site where a barrier septum will form.</go:definition>
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            <go:name>binary fission</go:name>
            <go:definition>A process in which two similarly sized and shaped cells are formed by the division of one cell, the process by which most bacteria reproduce.</go:definition>
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            <go:name>cell separation during cytokinesis</go:name>
            <go:definition>The process of physically separating progeny cells during cytokinesis; this may involve enzymatic digestion of septum or cell wall components.</go:definition>
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            <go:name>cytokinesis, completion of separation</go:name>
            <go:definition>The process of finishing cell separation, which results in two physically separated cells.</go:definition>
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            <go:name>cytokinesis, initiation of separation</go:name>
            <go:definition>The process involved in starting cell separation.</go:definition>
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            <go:name>cytokinesis by cell plate formation</go:name>
            <go:synonym>cytokinesis (sensu Viridiplantae)</go:synonym>
            <go:definition>The process of dividing the cytoplasm of a parent cell where a structure forms in the cytoplasm and grows until reaching the plasma membrane, thereby completely separating the cytoplasms of adjacent progeny cells.</go:definition>
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            <go:name>cell plate formation</go:name>
            <go:definition>The process of assembly, maturation, and growth of the cell plate to the cell periphery in cells that divide by cell plate formation; often involves deposition of cell wall material in and around the phragmoplast.</go:definition>
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            <go:name>phragmoplast formation</go:name>
            <go:definition>The formation of a structure composed of actin, myosin, and associated proteins that will function in cytokinesis in cells that perform cytokinesis by cell plate formation. The structure usually contains antiparallel microtubules and membrane (often visible as vesicles).</go:definition>
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            <go:name>preprophase band formation</go:name>
            <go:definition>The process of marking the position in the cell where cytokinesis will occur in cells that perform cytokinesis by cell plate formation.</go:definition>
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            <go:name>cytokinesis, actomyosin ring contraction</go:name>
            <go:definition>The process of an actomyosin ring, which functions in cytokinesis, getting smaller in diameter.</go:definition>
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            <go:name>cytokinesis, formation of actomyosin apparatus</go:name>
            <go:definition>The formation of an apparatus composed of actin, myosin, and associated proteins that will function in cytokinesis.</go:definition>
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            <go:name>cytokinesis, actomyosin ring formation</go:name>
            <go:synonym>GO:0045573</go:synonym>
            <go:synonym>constriction ring assembly</go:synonym>
            <go:synonym>cytokinesis, contractile ring assembly</go:synonym>
            <go:definition>The process of formation of a ring composed of actin, myosin, and associated proteins that will function in cytokinesis.</go:definition>
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            <go:name>cytokinesis, site selection</go:name>
            <go:definition>The process of marking the place where cytokinesis will occur.</go:definition>
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            <go:name>male meiosis cytokinesis</go:name>
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            <go:name>membrane addition at site of cytokinesis</go:name>
            <go:synonym>cytokinesis, membrane recruitment/generation</go:synonym>
            <go:definition>The processes involved in the net addition of membrane at the site of cytokinesis; includes vesicle recruitment and fusion, local lipid synthesis and insertion.</go:definition>
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            <go:name>septin ring assembly</go:name>
            <go:definition>Assembly and organization of septins and associated proteins into a structure resembling a ring at the cell cortex.</go:definition>
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            <go:name>embryonic cleavage</go:name>
            <go:definition>The first few specialized divisions of an activated animal egg.</go:definition>
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            <go:name>epithelial cell proliferation</go:name>
            <go:definition>The multiplication or reproduction of epithelial cells, resulting in the rapid expansion of a cell population. Epithelial cells make up the epithelium, the covering of internal and external surfaces of the body, including the lining of vessels and other small cavities. It consists of cells joined by small amounts of cementing substances.</go:definition>
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            <go:name>regulation of epithelial cell proliferation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of epithelial cell proliferation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of epithelial cell proliferation</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate or extent of epithelial cell proliferation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of urothelial cell proliferation</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate or extent of urothelial cell proliferation.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of epithelial cell proliferation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate or extent of epithelial cell proliferation.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of urothelial cell proliferation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate or extent of urothelial cell proliferation.</go:definition>
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            <go:name>regulation of urothelial cell proliferation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of urothelial cell proliferation.</go:definition>
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            <go:name>urothelial cell proliferation</go:name>
            <go:definition>The multiplication or reproduction of urothelial cells, resulting in the rapid expansion of a cell population. Urothelial cells make up a layer of transitional epithelium in the wall of the bladder, ureter, and renal pelvis, external to the lamina propria.</go:definition>
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            <go:name>fibroblast proliferation</go:name>
            <go:definition>The multiplication or reproduction of fibroblast cells, resulting in the rapid expansion of the fibroblast population.</go:definition>
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            <go:name>regulation of fibroblast proliferation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of multiplication or reproduction of fibroblast cells.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of fibroblast proliferation</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of multiplication or reproduction of fibroblast cells.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of fibroblast proliferation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of multiplication or reproduction of fibroblast cells.</go:definition>
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            <go:name>lymphocyte proliferation</go:name>
            <go:definition>The rapid expansion of a lymphocyte population by cell division.</go:definition>
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            <go:name>B-cell proliferation</go:name>
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            <go:name>cellularization (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The separation of a multi-nucleate cell into individual cells each surrounded by a plasma membrane and a complete or rudimentary cell wall.</go:definition>
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            <go:name>regulation of sporulation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of spore formation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of sporulation</go:name>
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            <go:name>positive regulation of sporulation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of sporulation.</go:definition>
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            <go:name>spore development (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>Development of the flowering plant spore; the spore in heterosporous plants that give rise to gametophytes.</go:definition>
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            <go:name>megasporogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of haploid megaspores from the megaspore mother cell. Megaspores are any of the spores in heterosporous plants that give rise to female gametophytes and are generally larger than the microspore.</go:definition>
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            <go:name>microsporogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of haploid microspores from diploid sporogenous cells. Microspores are any of the spores in heterosporous plants that give rise to male gametophytes and are generally smaller than the megaspore.</go:definition>
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            <go:name>spore wall assembly (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>Process by which the haploid spore nucleus becomes surrounded by a cell wall. This process includes encapsulation by a prospore membrane (originating from the spindle pole body) followed by transformation of the prospore membrane into a thick multilayer spore wall consisting of dityrosine, chitosan and an inner layer.</go:definition>
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            <go:name>sporulation (sensu Bacteria)</go:name>
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            <go:name>germination (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>Process of enzymatic breakdown of the ascus and remodeling of the thick spore wall that surrounds the haploid spore. Entry into the cell cycle and mitotic propagation follows germination.</go:definition>
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            <go:name>sporulation (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>A process where one diploid parent cell undergoes meiosis to form four haploid nuclei, each of which then becomes encased in a thick cell wall. These four spores are further enclosed in an ascus.</go:definition>
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            <go:name>syncytium formation</go:name>
            <go:definition>The formation of a syncytium, a mass of cytoplasm containing several nuclei enclosed within a single plasma membrane. Syncytia are normally derived from single cells that fuse or fail to complete cell division.</go:definition>
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            <go:name>syncytium formation by mitosis without cell division</go:name>
            <go:definition>The formation of a syncytium, a mass of cytoplasm containing several nuclei enclosed within a single plasma membrane, by one or more rounds of nuclear division without cell division.</go:definition>
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            <go:name>syncytium formation by plasma membrane fusion</go:name>
            <go:definition>The formation of a syncytium, a mass of cytoplasm containing several nuclei enclosed within a single plasma membrane, by the fusion of the plasma membranes of two or more individual cells.</go:definition>
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            <go:name>viral-induced cell-cell fusion</go:name>
            <go:synonym>viral-induced membrane fusion</go:synonym>
            <go:definition>The process of syncytia-forming cell-cell fusion, caused by a virus.</go:definition>
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            <go:name>transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of substances (such as macromolecules, small molecules, ions) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>L-ornithine transport</go:name>
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            <go:name>mitochondrial ornithine transport</go:name>
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            <go:name>L-proline transport</go:name>
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            <go:name>L-serine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of L-serine, the levorotatory isomer of 2-amino-3-hydroxypropanoic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>L-threonine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of L-threonine, the levorotatory isomer of (2R*,3S*)-2-amino-3-hydroxybutanoic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>homoserine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of homoserine, alpha-amino-gamma-hydroxybutyric acid, an intermediate in the biosynthesis of cystathionine, threonine and methionine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>sulfur amino acid transport</go:name>
            <go:synonym>sulphur amino acid transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of amino acids containing sulfur (cystine, methionine and their derivatives) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>S-adenosylmethionine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of S-adenosylmethionine, S-(5'-adenosyl)-L-methionine, an important intermediate in one-carbon metabolism, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>S-methylmethionine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of S-methylmethionine into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>cadaverine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of cadaverine, 1,5-pentanediamine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>methylammonium transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of methylammonium into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of monoamines, organic compounds containing one amino group, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of polyamines, organic compounds containing two or more amino groups, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>putrescine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of putrescine into, out of, within or between cells. Putrescine is 1,4-diaminobutane, the polyamine formed by decarboxylation of ornithine and the metabolic precursor of spermidine and spermine.</go:definition>
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            <go:name>spermidine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of spermidine, N-(3-aminopropyl)-1,4-diaminobutane, a polyamine formed by the transfer of a propylamine group from decarboxylated S-adenosylmethionine to putrescine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>spermine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of spermine, N,N-bis(3-aminopropyl)-1,4-diaminobutane, a polyamine formed by the transfer of a propylamine group from decarboxylated S-adenosylmethionine to spermidine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:synonym>quaternary amine transport</go:synonym>
            <go:synonym>quaternary ammonium compound transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement into, out of, within or between cells of quaternary ammonium compounds, any compound that can be regarded as derived from ammonium hydroxide or an ammonium salt by replacement of all four hydrogen atoms of the NH4+ ion by organic groups.</go:definition>
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            <go:name>synaptic vesicle amine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of amines into, out of or within synaptic vesicles.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement into, out of or within the cell of urea, the water-soluble compound H2N-CO-NH2, produced in the liver via the ornithine-urea cycle.</go:definition>
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            <go:name>boron transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of boron into, out of, within or between cells. Boron is a group 13 element, with properties which are borderline between metals and non-metals.</go:definition>
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            <go:synonym>sugar transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of carbohydrate into, out of, within or between cells. Carbohydrates are any of a group of organic compounds based of the general formula Cx(H2O)y.</go:definition>
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            <go:name>disaccharide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of disaccharides into, out of, within or between cells. Disaccharides are sugars composed of two monosaccharide units.</go:definition>
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            <go:name>arbutin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of arbutin, a glycoside found in the bearberry and related plants which has been used to treat urinary-tract diseases, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>cellobiose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of cellobiose into, out of, within or between cells. Cellobiose, or 4-O-beta-D-glucopyranosyl-D-glucose, is a disaccharide that represents the basic repeating unit of cellulose.</go:definition>
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            <go:name>lactose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of lactose into, out of, within or between cells. Lactose is a disaccharide 4-O-beta-D-galactopyranosyl-D-glucose, and constitutes roughly 5% of the milk in almost all mammals.</go:definition>
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            <go:name>maltose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of maltose into, out of, within or between cells. Maltose is the disaccharide 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-glucopyranose, an intermediate in the catabolism of glycogen and starch.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.114 maltose/maltodextrin &gt; maltodextrin transport ; GO:0042956 &gt; GO:maltodextrin transporter activity ; GO:0042958 &gt; GO:maltose transporter activity ; GO:0005363</go:reference>
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            <go:name>melibiose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of melibiose into, out of, within or between cells. Melibiose is the disaccharide 6-O-alpha-D-galactopyranosyl-D-glucose.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of sucrose into, out of, within or between cells. Sucrose is the disaccharide fructofuranosyl-glucopyranoside.</go:definition>
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            <go:name>trehalose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of trehalose into, out of, within or between cells. Trehalose is a disaccharide isomeric with sucrose and obtained from certain lichens and fungi.</go:definition>
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            <go:name>hexuronide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of hexuronide into, out of, within or between cells. Hexuronides are any compound formed by combination of glycosidic linkage of a hydroxy compound (eg. an alcohol or a saccharide) with the anomeric carbon atom of a hexuronate.</go:definition>
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            <go:name>glucuronoside transport</go:name>
            <go:synonym>glucuronide transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of glucuronosides into, out of, within or between cells. Glucuronosides are any compound formed by combination of glycosidic linkage of a hydroxy compound (eg. an alcohol or a saccharide) with the anomeric carbon atom of glucuronate.</go:definition>
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            <go:name>monosaccharide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of monosaccharides into, out of, within or between cells. Monosaccharides are the simplest carbohydrates; they are polyhydric alcohols containing either an aldehyde or a keto group and between three to ten or more carbon atoms. They form the constitutional repeating units of oligo- and polysaccharides.</go:definition>
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            <go:name>hexose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of hexose into, out of, within or between cells. Hexoses are any aldoses with a chain of six carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:name>aldarate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of aldarate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>D-galactarate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of D-galactarate into, out of, within or between cells. D-galactarate is the dextrorotatory isomer of galactarate, the anion of galactaric acid.</go:definition>
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            <go:name>D-glucarate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of D-glucarate, the dextrorotatory isomer of glucarate, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>aldonate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of aldonate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>D-galactonate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of D-galactonate, the dextrorotatory isomer of galactonate, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>D-glucuronate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of D-glucuronate, the dextrorotatory isomer of glucuronate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>allose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of allose into, out of, within or between cells. Allose is an aldohexose similar to glucose, differing only in the configuration of the hydroxyl group of C-3.</go:definition>
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            <go:name>fructose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of fructose into, out of, within or between cells. Fructose exists in a open chain form or as a ring compound. D-fructose is the sweetest of the sugars and is found free in a large number of fruits and honey.</go:definition>
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            <go:name>fucose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of fucose into, out of, within or between cells. Fucose is 6-deoxygalactose and has two enantiomers, D-fucose and L-fucose.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of galactose into, out of, within or between cells. D-galactose is widely distributed in combined form in plants, animals and microorganisms as a constituent of oligo- and polysaccharides; it also occurs in galactolipids and as its glucoside in lactose and melibiose.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the import of the hexose monosaccharide glucose into a cell or organelle.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of glucose-6-phosphate into, out of, within or between cells. Glucose-6-phosphate is a monophosphorylated derivative of glucose with the phosphate group attached to C-6.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of glucosides into, out of, within or between cells. Glucosides are glycosides in which the sugar moiety is a glucose residue.</go:definition>
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            <go:name>alpha-glucoside transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of alpha-glucosides into, out of, within or between cells. Alpha-glucosides are glycosides in which the sugar moiety is a glucose residue, and the anomeric carbon of the bond is in an alpha configuration.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of beta-glucosides into, out of, within or between cells. Beta-glucosides are glycosides in which the sugar moiety is a glucose residue, and the anomeric carbon of the bond is in a beta configuration.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of salicin (saligenin-beta-D-glucopyranoside), a glucoside of o-hydroxybenzylalcohol, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of mannose into, out of, within or between cells. Mannose is the aldohexose manno-hexose, the C-2 epimer of glucose. The D-(+)-form is widely distributed in mannans and hemicelluloses and is of major importance in the core oligosaccharide of N-linked oligosaccharides of glycoproteins.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of methylgalactoside into, out of, within or between cells. Methylgalactoside is a compound in which the H of the OH group on carbon-1 of galactose is replaced by a methyl group.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.119 methylgalactoside/galactose &gt; GO:galactose transporter activity ; GO:0005354 &gt; GO:galactose transporter activity ; GO:0005354 &gt; GO:methylgalactoside transporter activity ; GO:0015592</go:reference>
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            <go:definition>The directed movement of N-acetylgalactosamine into, out of, within or between cells. N-acetylgalactosamine, 2-acetamido-2-deoxygalactopyranose, is the n-acetyl derivative of galactosamine.</go:definition>
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            <go:name>N-acetylglucosamine transport</go:name>
            <go:definition>Enables the directed movement of N-acetylglucosamine into, out of, within or between cells. The D isomer of N-acetylglucosamine is a common structural unit of glycoproteins in plants, bacteria and animals; it is often the terminal sugar of an oligosaccharide moiety of a glycoprotein.</go:definition>
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            <go:name>rhamnose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of rhamnose into, out of, within or between cells. Rhamnose occurs commonly as a compound of plant glycosides, in polysaccharides of gums and mucilages, and in bacterial polysaccharides. It is also a component of some plant cell wall polysaccharides and frequently acts as the sugar components of flavonoids.</go:definition>
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            <go:name>pentose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of pentoses into, out of, within or between cells. A pentose is any aldose with a chain of five carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:name>arabinose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of arabinose, a pentose monosaccharide that occurs in both D and L configurations, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of an arabinose polymer, a repeating chain of arabinose monomers, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of L-arabinose, the levorotatory isomer of arabinose, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>D-ribose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of D-ribose into, out of, within or between cells. As beta-D-ribofuranose, D-ribose forms the glycose moiety of all ribonucleosides, ribonucleotides and ribonucleic acids, and also of ribose phosphates, various glycosides, some coenzymes and some forms of vitamin B12.</go:definition>
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            <go:name>D-xylose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of D-xylose into, out of, within or between cells. D-xylose (the naturally occurring enantiomer is always D-) is a constituent of plant polysaccharides.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of nucleotide-sugars into, out of, within or between cells. Nucleotide-sugars are any nucleotide in which the distal phosphoric residue of a nucleoside 5'-diphosphate is in glycosidic linkage with a monosaccharide or monosaccharide derivative.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine nucleotide-sugar transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of pyrimidine nucleotide-sugars into, out of, within or between cells. Pyrimidine nucleotide-sugars are pyrimidine nucleotides in glycosidic linkage with a monosaccharide or monosaccharide derivative.</go:definition>
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            <go:name>CMP-sialic acid transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of CMP-sialic acid into, out of, within or between cells. CMP-sialic acid is a substance composed of sialic acid in glycosidic linkage with cytidine monophosphate.</go:definition>
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            <go:name>GDP-fucose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of GDP-fucose into, out of, within or between cells. GDP-fucose is a substance composed of fucose in glycosidic linkage with guanosine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>GDP-mannose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of GDP-mannose into, out of, within or between cells. GDP-mannose is a substance composed of mannose in glycosidic linkage with guanosine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-galactose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of UDP-galactose into, out of, within or between cells. UDP-galactose is a substance composed of galactose in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of UDP-glucose into, out of, within or between cells. UDP-glucose is a substance composed of glucose in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-glucuronic acid transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of UDP-glucuronic acid into, out of, within or between cells. UDP-glucuronic acid is a substance composed of glucuronic acid in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-N-acetylgalactosamine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of UDP-N-acetylgalactosamine into, out of, within or between cells. UDP-N-acetylgalactosamine is a substance composed of N-acetylgalactosamine, a common structural unit of oligosaccharides, in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-N-acetylglucosamine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of UDP-N-acetylglucosamine into, out of, within or between cells. N-acetylglucosamine is a substance composed of N-acetylglucosamine, a common structural unit of oligosaccharides, in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-xylose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of UDP-xylose into, out of, within or between cells. UDP-xylose is a substance composed of xylose in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>oligosaccharide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of oligosaccharides into, out of, within or between cells. Oligosaccharides are molecules with between two and (about) 20 monosaccharide residues connected by glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:name>raffinose transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of raffinose into, out of, within or between cells. Raffinose occurs in plants almost as commonly as sucrose and is present in cereal grains, cotton seeds, and many legumes. It is synthesized from sucrose by transfer of a galactopyranoside from myo-inositol.</go:definition>
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            <go:name>phloem loading</go:name>
            <go:definition>The process of loading sucrose into the sieve tube or companion cell of the phloem for long distance transport from source to sink.</go:definition>
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            <go:name>phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system</go:name>
            <go:synonym>PTS system</go:synonym>
            <go:definition>The uptake and phosphorylation of specific carbohydrates from the extracellular environment; uptake and phosphorylation are coupled, making the PTS a link between the uptake and metabolism of sugars; phosphoenolpyruvate is the original phosphate donor; phosphoenolpyruvate passes the phosphate via a signal transduction pathway, to enzyme 1 (E1), which in turn passes it on to the histidine protein, HPr; the next step in the system involves sugar-specific membrane-bound complex, enzyme 2 (EII), which transports the sugar into the cell; it includes the sugar permease, which catalyzes the transport reactions; EII is usually divided into three different domains, EIIA, EIIB, and EIIC.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of polysaccharides into, out of, within or between cells. A polysaccharide is a polymer of more than about 10 monosaccharide residues joined by glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:name>beta-glucan transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of beta-glucans into, out of, within or between cells. Beta-glucans are compounds composed of glucose residues linked by beta-glucosidic bonds.</go:definition>
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            <go:name>capsular-polysaccharide transport</go:name>
            <go:synonym>capsule polysaccharide transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of capsular-polysaccharides into, out of, within or between cells. Capsular polysaccharides make up the capsule, a protective structure surrounding some species of bacteria and fungi.</go:definition>
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            <go:name>dextrin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of dextrin, any one, or the mixture, of the intermediate polysaccharides formed during the hydrolysis of starch, which are dextrorotatory, soluble in water, and precipitable in alcohol, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>maltodextrin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of maltodextrin, any polysaccharide of glucose residues in beta-(1,4) linkage, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of teichoic acid into, out of, within or between cells. Teichoic acid is any polymer occurring in the cell wall, membrane or capsule of Gram-positive bacteria and containing chains of glycerol phosphate or ribitol phosphate residues.</go:definition>
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            <go:name>chloroplast transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a chloroplast, a chlorophyll containing plastid found in cells of algae and higher plants, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>drug transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a drug, a substance used in the diagnosis, treatment or prevention of a disease, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>acriflavine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of acriflavine into, out of, within or between cells. Acriflavine is a fluorescent dye used as a local antiseptic and also as a biological stain. It intercalates into nucleic acids thereby inhibiting bacterial and viral replication.</go:definition>
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            <go:name>alkane transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of alkanes into, out of, within or between cells. Alkanes are saturated aliphatic hydrocarbon compounds.</go:definition>
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            <go:name>amiloride transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement amiloride into, out of, within or between cells. Amiloride is a potent and specific inhibitor of sodium ion entry into cells. It is used as a potassium-sparing diuretic.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of an antibiotic, a substance produced by or derived from certain fungi, bacteria, and other organisms, that can destroy or inhibit the growth of other microorganisms, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>chloramphenicol transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of chloramphenicol, a broad-spectrum antibiotic that inhibits bacterial protein synthesis, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>fosmidomycin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of fosmidomycin, a phosphonic acid derivative with potent activity against Gram-negative organisms, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of microcin, a class of glycine-rich, bactericidal peptides (antibiotics) produced by some enteric bacteria, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>microcin B17 transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of microcin B17, a bactericidal peptide (antibiotic) produced by some enteric bacteria, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.122 microcin B17 &gt; GO:microcin uptake permease activity ; GO:0015638</go:reference>
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            <go:name>polymyxin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of polymyxin, any of a group of related antibiotics produced by Bacillus polymyxa and active against most Gram-negative bacteria, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>azole transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of azoles, heterocyclic compounds found in many biologically important substances, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>aminotriazole transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of aminotriazole into, out of, within or between cells. Aminotriazole is an effective weed killer that also possesses some antithyroid activity.</go:definition>
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            <go:name>fluconazole transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of fluconazole into, out of, within or between cells. Fluconazole is an antifungal drug used for oral candidiasis and cryptococcal meningitis; it is still under study for treatment of vaginal candidiasis and other fungal infections.</go:definition>
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            <go:name>sulfathiazole transport</go:name>
            <go:synonym>sulphathiazole transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of sulfathiazole into, out of, within or between cells. Sulfathiazole is an antibacterial agent of the sulfonamide group.</go:definition>
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            <go:name>benomyl transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of benomyl into, out of, within or between cells. Benomyl, methyl 1-(butylcarbamoyl)-2-benzimidazolecarbamate, is a systemic agricultural fungicide used for control of certain fungal diseases of stone fruit.</go:definition>
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            <go:name>bicyclomycin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of bicyclomycin into, out of, within or between cells. Bicyclomycin (or bicozamycin) is an antibacterial drug often used as a livestock feed additive.</go:definition>
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            <go:name>carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone transport</go:name>
            <go:synonym>CCCP transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone into, out of, within or between cells. Carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone is a proton ionophore, commonly used as an uncoupling agent and inhibitor of photosynthesis because of its effects on mitochondrial and chloroplast membranes.</go:definition>
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            <go:name>cycloheximide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of cycloheximide into, out of, within or between cells. Cycloheximide is an antibiotic produced by Streptomyces which interferes with protein synthesis in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a drug, a substance used in the diagnosis, treatment or prevention of a disease, out of a cell.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of tetracycline into, out of, within or between cells. Tetracycline is a broad spectrum antibiotic that blocks binding of aminoacyl tRNA to the ribosomes of both Gram-positive and Gram-negative organisms (and those of organelles).</go:definition>
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            <go:synonym>levarterenol transport</go:synonym>
            <go:synonym>noradrenaline transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of norepinephrine into, out of, within or between cells. Norepinephrine (3,4-dihydroxyphenyl-2-aminoethanol) is a hormone secreted by the adrenal medulla and a neurotransmitter in the sympathetic peripheral nervous system and in some tracts of the CNS. It is also the biosynthetic precursor of epinephrine.</go:definition>
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            <go:name>Golgi vesicle transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of substances to or from the Golgi apparatus, mediated by vesicles.</go:definition>
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            <go:name>cis-Golgi to rough ER transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of substances from the Golgi apparatus to the rough ER, mediated by vesicles.</go:definition>
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            <go:name>COPI coating of Golgi vesicle</go:name>
            <go:definition>The coating of a Golgi transport vesicle with COPI protein complexes. The coat also contains adaptor proteins.</go:definition>
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            <go:name>ER to Golgi transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of substances from the ER to the Golgi, mediated by COP II vesicles. Small COP II coated vesicles form from the ER and then fuse directly with the cis-Golgi. Larger structures are transported along microtubules to the cis-Golgi.</go:definition>
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            <go:name>Golgi vesicle budding</go:name>
            <go:synonym>dictyosome vesicle budding</go:synonym>
            <go:definition>The evagination of the Golgi membrane, resulting in formation of a vesicle.</go:definition>
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            <go:name>formation of Golgi membrane priming complex</go:name>
            <go:synonym>formation of dictyosome membrane priming complex</go:synonym>
            <go:definition>A process by which an incoming coat component recognizes both GTPase and a membrane protein to form the membrane priming complex.</go:definition>
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            <go:name>Golgi membrane coating with cytosolic coat proteins</go:name>
            <go:synonym>Golgi membrane bud coat oligomerisation</go:synonym>
            <go:synonym>dictyosome membrane binding by cytosolic coat proteins</go:synonym>
            <go:synonym>dictyosome membrane bud coat oligomerisation</go:synonym>
            <go:definition>The process by which the priming complexes associate laterally and further coat proteins are bound. Cargo proteins diffuse into the budding site and become trapped by their interactions with the coat.</go:definition>
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            <go:name>Golgi vesicle bud deformation and release</go:name>
            <go:synonym>dictyosome vesicle bud deformation</go:synonym>
            <go:definition>The process by which cytosolic coat proteins fit together in a basketlike convex framework to form a coated deformed region on the cytoplasmic surface of the membrane. The deformed region forms into a complete vesicle and is released.</go:definition>
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            <go:name>Golgi vesicle targeting</go:name>
            <go:synonym>dictyosome vesicle targeting</go:synonym>
            <go:definition>The process by which the addition of specific coat proteins to vesicles causes the vesicles to be targeted to or from the Golgi. Types of coat proteins include COPI and COPII protein and clathrin.</go:definition>
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            <go:name>cis-Golgi to rough ER targeting</go:name>
            <go:definition>Targeting of a transport vesicle from the cis-Golgi to the rough ER.</go:definition>
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            <go:name>Golgi transport vesicle coating</go:name>
            <go:synonym>dictyosome transport vesicle coating</go:synonym>
            <go:definition>The addition of specific coat proteins to Golgi transport vesicles.</go:definition>
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            <go:name>COPII coating of Golgi vesicle</go:name>
            <go:definition>The coating of a Golgi transport vesicle with COPII protein complexes. The coat also contains adaptor proteins.</go:definition>
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            <go:name>inter-Golgi cisterna targeting</go:name>
            <go:definition>Targeting of a transport vesicle from one Golgi cisterna to another.</go:definition>
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            <go:name>plasma membrane to endosome targeting</go:name>
            <go:definition>The targeting of vesicles from the plasma membrane to the endosome.</go:definition>
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            <go:name>regulation of Golgi vesicle targeting</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the timing and destination of Golgi transport vesicles.</go:definition>
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            <go:name>rough ER to cis-Golgi targeting</go:name>
            <go:definition>Targeting of a transport vesicle from the rough ER to the cis-Golgi.</go:definition>
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            <go:name>trans-Golgi to endosome targeting</go:name>
            <go:definition>Targeting of a transport vesicle from the trans-Golgi to the endosome.</go:definition>
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            <go:name>Golgi vesicle fusion to target membrane</go:name>
            <go:synonym>dictyosome vesicle fusion to target membrane</go:synonym>
            <go:definition>Fusion of the membrane of a Golgi transport vesicle with its target membrane.</go:definition>
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            <go:name>Golgi vesicle coat depolymerization</go:name>
            <go:synonym>dictyosome vesicle coat depolymerization</go:synonym>
            <go:definition>The process by which Golgi vesicle coat proteins are depolymerized, and released for reuse.</go:definition>
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            <go:name>Golgi vesicle docking with target membrane</go:name>
            <go:synonym>dictyosome vesicle docking and fusion to target membrane</go:synonym>
            <go:definition>Linking of a Golgi transport vesicle membrane with its target membrane.</go:definition>
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            <go:name>Golgi vesicle prefusion complex stabilization</go:name>
            <go:synonym>dictyosome vesicle prefusion complex stabilisation</go:synonym>
            <go:definition>The binding of specific proteins to the t-SNARE/v-SNARE/SNAP25 complex, by which the Golgi vesicle prefusion complex is stabilized.</go:definition>
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            <go:name>regulation of Golgi vesicle fusion to target membrane</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of Golgi vesicle fusion to target membrane.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of Golgi vesicle fusion to target membrane</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of Golgi vesicle fusion to target membrane.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of Golgi vesicle fusion to target membrane</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of Golgi vesicle fusion to target membrane.</go:definition>
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            <go:name>inter-Golgi cisterna transport</go:name>
            <go:definition>Transport of a vesicle from one Golgi cisterna to another.</go:definition>
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            <go:name>intra-Golgi transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of substances within the Golgi, mediated by small transport vesicles. These either fuse with the cis-Golgi or with each other to form the membrane stacks known as the cis-Golgi reticulum (network).</go:definition>
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            <go:name>cisternal progression</go:name>
            <go:synonym>cisternal maturation</go:synonym>
            <go:definition>The process by which a new cis-Golgi stack physically moves from the cis-position, nearest the ER, to the trans position, farthest from the ER, successively becoming first a medial-Golgi cisterna and then a trans-Golgi cisterna.</go:definition>
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            <go:name>retrograde transport, vesicle recycling within Golgi</go:name>
            <go:synonym>retrograde (vesicle recycling within Golgi) transport</go:synonym>
            <go:definition>The retrograde movement of substances within the Golgi, mediated by COP I vesicles. Cis-Golgi vesicles are constantly moving forward through the Golgi stack by cisternal progression, eventually becoming trans-Golgi vesicles. They then selectively transport membrane and luminal proteins from the trans- to the medial-Golgi while leaving others behind in the trans-Golgi cisternae; similarly, they selectively move proteins from the medial- to the cis-Golgi.</go:definition>
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            <go:name>protein-Golgi targeting</go:name>
            <go:definition>The process of directing proteins towards the Golgi using signals contained within the protein.</go:definition>
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            <go:name>protein-Golgi retention</go:name>
            <go:definition>The retention of proteins within the Golgi apparatus. Golgi-localized carbohydrate-modifying enzymes have a short N-terminal domain that faces the cytosol, a single transmembrane alpha helix, and a large C-terminal domain that faces the Golgi lumen and that contains the catalytic site. How the membrane-spanning alpha helix in a Golgi enzyme causes its localization and prevents its movement to the plasma membrane is not known.</go:definition>
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            <go:name>post-Golgi transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of substances from the Golgi to other parts of the cell, including organelles and the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>Golgi to plasma membrane transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of substances from the Golgi to the plasma membrane in transport vesicles that move from the trans-Golgi network to the plasma membrane, where they fuse and release their contents by exocytosis.</go:definition>
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            <go:name>Golgi to plasma membrane protein transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of proteins from the Golgi to the plasma membrane in transport vesicles that move from the trans-Golgi network to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>Golgi to plasma membrane CFTR protein transport</go:name>
            <go:synonym>Golgi to plasma membrane cystic fibrosis transmembrane conductance regulator protein transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator (CFTR) protein from the Golgi to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>regulation of Golgi to plasma membrane CFTR protein transport</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of transport of Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator (CFTR) protein from the Golgi to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of Golgi to plasma membrane CFTR protein transport</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of transport of Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator (CFTR) protein from the Golgi to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>cytoplasmic sequestering of CFTR protein</go:name>
            <go:definition>The selective interaction of Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator (CFTR) protein with specific molecules in the cytoplasm, thereby inhibiting its transport to the cell membrane.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of Golgi to plasma membrane CFTR protein transport</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of transport of Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator (CFTR) protein from the Golgi to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>regulation of Golgi to plasma membrane protein transport</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the transport of proteins from the Golgi to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of Golgi to plasma membrane protein transport</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the transport of proteins from the Golgi to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the transport of proteins from the Golgi to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>Golgi to secretory vesicle transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of proteins from the Golgi to one of two types of secretory vesicle. Continuously secreted proteins are sorted into transport vesicles that fuse with the plasma membrane, releasing their contents by exocytosis. Specialized secretory cells have a second secretory pathway in which soluble proteins and other substances are initially stored in secretory vesicles for later release.</go:definition>
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            <go:name>retrograde transport, Golgi to ER</go:name>
            <go:synonym>retrograde (Golgi to ER) transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of substances from the Golgi back to the ER, mediated by COP I vesicles.</go:definition>
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            <go:name>rough ER to cis-Golgi transport</go:name>
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            <go:name>trans-Golgi to endosome transport</go:name>
            <go:definition>Transport of a vesicle from the trans-Golgi to the endosome.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of substances between the intracellular membranes of a cell, for example, the transfer of glycolipids from the ER to other cellular membrane structures in which they reside.</go:definition>
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            <go:name>intracellular copper ion transport</go:name>
            <go:synonym>intracellular copper delivery</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of copper (Cu) ions within a cell.</go:definition>
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            <go:name>intracellular nucleoside transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a nucleoside, a nucleobase linked to either beta-D-ribofuranose (ribonucleoside) or 2-deoxy-beta-D-ribofuranose, (a deoxyribonucleotide), within a cell.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of proteins in a cell, including the movement of proteins between specific compartments or structures within a cell, such as organelles of a eukaryotic cell.</go:definition>
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            <go:name>protein-chloroplast targeting</go:name>
            <go:definition>The process of directing proteins towards the chloroplast using signals contained within the protein. Imported proteins are synthesized as cytosolic precursors containing N-terminal uptake-targeting sequences that direct each protein to its correct subcompartment and are subsequently cleaved.</go:definition>
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            <go:name>chloroplast stroma protein import</go:name>
            <go:definition>The import of proteins into the chloroplast stroma. Import depends on ATP hydrolysis catalyzed by stromal chaperones. Chloroplast stromal proteins, such as the S subunit of rubisco, have a N-terminal stromal-import sequence of about 44 amino acids which is cleaved from the protein precursor after import.</go:definition>
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            <go:name>chloroplast thylakoid protein import</go:name>
            <go:definition>The import of proteins into the chloroplast thylakoid membranes. Proteins that are destined for the thylakoid lumen require two uptake-targeting sequences: the first targets the protein to the stroma, and the second targets the protein from the stroma to the thylakoid lumen. Four separate thylakoid-import systems deal with the proteins once they are in the stroma.</go:definition>
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            <go:name>protein-ER targeting</go:name>
            <go:definition>The process of directing proteins towards the ER using signals contained within the protein. One common mechanism uses a 16- to 30-residue signal sequence, typically located at the N-terminus of the protein and containing positively charged amino acids followed by a continuous stretch of hydrophobic residues, which directs the ribosome to the ER membrane and initiates transport of the growing polypeptide across the ER membrane.</go:definition>
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            <go:name>cotranslational membrane targeting</go:name>
            <go:definition>The targeting of proteins to a membrane that occurs during translation. The transport of most secretory proteins, particularly those with more than 100 amino acids, into the ER lumen occurs in this manner.</go:definition>
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            <go:name>SRP-dependent cotranslational membrane targeting</go:name>
            <go:synonym>ER translocation</go:synonym>
            <go:definition>The targeting of proteins to a membrane that occurs during translation and is dependent upon two key components, the signal-recognition particle (SRP) and the SRP receptor. SRP is a cytosolic particle that transiently binds to the ER signal sequence in a nascent protein, to the large ribosomal unit, and to the SRP receptor in the ER membrane.</go:definition>
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            <go:name>SRP-dependent cotranslational membrane targeting, translocation</go:name>
            <go:synonym>ER translocation</go:synonym>
            <go:definition>The process during cotranslational membrane targeting wherein proteins move across a membrane. SRP and its receptor initiate the transfer of the nascent chain across the ER membrane; they then dissociate from the chain, which is transferred to a set of transmembrane proteins, collectively called the translocon. Once the nascent chain translocon complex is assembled, the elongating chain passes directly from the large ribosomal subunit into the centers of the translocon, a protein-lined channel within the membrane. The growing chain is never exposed to the cytosol and does not fold until it reaches the ER lumen.</go:definition>
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            <go:name>SRP-independent cotranslational membrane targeting</go:name>
            <go:synonym>ER translocation</go:synonym>
            <go:definition>The targeting of proteins to a membrane that occurs during translation and is independent of SRP and signal recognition.</go:definition>
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            <go:name>SRP-independent cotranslational membrane targeting, translocation</go:name>
            <go:definition>The process during cotranslational membrane targeting wherein proteins move across a membrane. This process is independent of SRP and signal recognition.</go:definition>
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            <go:name>posttranslational membrane targeting</go:name>
            <go:definition>The targeting of proteins to a membrane that occurs after their translation. Some secretory proteins exhibit posttranslational transport into the ER lumen: they are synthesized in their entirety on free cytosolic ribosomes and then released into the cytosol, where they are bound by chaperones which keep them in an unfolded state, and subsequently are translocated across the ER membrane.</go:definition>
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            <go:name>protein-ER insertion</go:name>
            <go:definition>The insertion of integral proteins into the ER membrane. It depends on specific topogenic sequences of amino acids that ensure that a protein acquires the proper orientation during its insertion into the ER membrane.</go:definition>
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            <go:name>ER insertion by GPI attachment sequence</go:name>
            <go:definition>The insertion of integral proteins into the ER membrane. Proteins become anchored to the phospholipid bilayer by a covalently attached glycosylphosphatidylinositol (GPI) molecule.</go:definition>
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            <go:name>ER insertion by internal uncleaved signal-anchor sequence</go:name>
            <go:definition>The insertion of integral proteins into the ER membrane. Signal anchor sequences function as both ER signal sequences and membrane anchor sequences.</go:definition>
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            <go:name>ER insertion by N-terminal cleaved signal sequence</go:name>
            <go:definition>The insertion of integral proteins into the ER membrane. N-terminal cleaved signal sequences direct polypeptides to the ER.</go:definition>
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            <go:name>ER insertion by stop-transfer membrane-anchor sequence</go:name>
            <go:definition>The insertion of integral proteins into the ER membrane. Stop-transfer membrane-anchor sequences become an ER membrane spanning helix.</go:definition>
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            <go:name>protein-ER retention</go:name>
            <go:definition>The retention in the ER lumen of soluble resident proteins. KDEL receptors retrieve proteins with the KDEL recognition sequence that have escaped to the cis-Golgi network and return them to the ER. Abnormally folded proteins and unassembled subunits are also selectively retained in the ER.</go:definition>
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            <go:name>protein-lysosome targeting</go:name>
            <go:definition>The process of directing proteins towards the lysosome using signals contained within the protein.</go:definition>
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            <go:name>N-glycan processing to lysosome</go:name>
            <go:definition>The modification of high-mannose N-glycans by UDP-N-acetylglucosamine-lysosomal-enzyme N-acetylglucosaminephosphotransferase and the subsequent removal of of the N-acetylglucosamine residues yielding mannose-6-P that occurs in the ER-Golgi apparatus to N-glycans destined for the lysosome.</go:definition>
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            <go:name>protein-membrane targeting</go:name>
            <go:definition>The process of directing proteins towards a membrane using signals contained within the protein.</go:definition>
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                <go:reference>21510	97	Protein fate	Protein and peptide secretion and trafficking &gt; GO:protein secretion ; GO:0009306</go:reference>
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            <go:synonym>mitochondrial protein import</go:synonym>
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            <go:name>mitochondrial intermembrane space protein import</go:name>
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            <go:definition>The conservative import of proteins into the mitochondrial intermembrane space. The entire protein enters the matrix, and then the second targeting sequence directs the protein, presumably bound to a matrix protein, across the inner membrane to the intermembrane space.</go:definition>
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            <go:definition>Import of proteins directly into the mitochondrial intermembrane space without the assistance of any targeting signals. A conformational change ensures that the protein cannot diffuse back through the outer-membrane channels.</go:definition>
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            <go:name>non-conservative mitochondrial IMS protein import</go:name>
            <go:definition>The non-conservative import of proteins into the mitochondrial intermembrane space. The protein enters the intermembrane space and an uptake-targeting sequence functions as a stop-transfer sequence, blocking translocation of the C-terminus of the protein through the inner membrane. Cleavage of the uptake-targeting sequence by a protease in the intermembrane space releases the protein into the IMS.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial matrix protein import</go:name>
            <go:definition>The import of proteins across the outer and inner mitochondrial membranes into the matrix. Unfolded proteins enter the mitochondrial matrix with a chaperone protein; the information required to target the precursor protein from the cytosol to the mitochondrial matrix is contained within its N-terminal matrix-targeting sequence. Translocation of precursors to the matrix occurs at the rare sites where the outer and inner membranes are close together.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial processing</go:name>
            <go:definition>The cleavage of proteins, usually near the N terminus, during the process of import into the mitochondrion; several different peptidases mediate cleavage of proteins destined for different mitochondrial compartments.</go:definition>
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            <go:name>MAPK nucleus export</go:name>
            <go:synonym>cytoplasmic translocation of MAP kinase</go:synonym>
            <go:synonym>cytoplasmic translocation of mitogen-activated protein kinase</go:synonym>
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            <go:definition>Leptomycin B-sensitive movement of a MAPK phosphatase from the nucleus to the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a small nuclear ribonucleoprotein from the cytoplasm into the nucleus, across the nuclear membrane.</go:definition>
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            <go:name>NF-kappaB-nucleus import</go:name>
            <go:synonym>NF-kappaB protein-nucleus import</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of NF-kappaB, a transcription factor for eukaryotic RNA polymerase II promoters, from the cytoplasm into the nucleus, across the nuclear membrane.</go:definition>
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            <go:definition>The process of directing proteins towards the peroxisome using signals contained within the protein.</go:definition>
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            <go:name>peroxisome matrix protein import</go:name>
            <go:definition>The import of proteins into the peroxisomal matrix. The C-terminus SKL uptake-targeting signal binds to a soluble receptor protein in the cytosol and the resulting complex then binds to a receptor protein in the peroxisome membrane and is imported. Other matrix proteins are synthesized as precursors with an N-terminal uptake-targeting sequence which binds to a different cytosolic receptor protein that escorts the precursor protein to a receptor on the peroxisomal membrane.</go:definition>
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            <go:name>peroxisome membrane protein import</go:name>
            <go:definition>The import of proteins into the peroxisomal membrane. The signals that target proteins to the peroxisomal membrane do not contain an SKL sequence, but little else is known about this uptake process.</go:definition>
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            <go:definition>The process of directing proteins towards the vacuole using signals contained within the protein.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a virion within a host cell from one location to another.</go:definition>
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            <go:name>carnitine shuttle</go:name>
            <go:definition>The transfer of acyl groups to and from acyl-CoA molecules to form O-acylcarnitine, which can exchange across the mitochondrial inner membrane (GO:0005743) with unacylated carnitine.</go:definition>
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            <go:synonym>mitochondrial oxoglutarate/malate transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of alpha-ketoglutarate and malate into, out of or within a mitochondrion.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of calcium ions (Ca2+) into, out of or within a mitochondrion.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial sodium/calcium ion exchange</go:name>
            <go:synonym>mitochondrial sodium/calcium exchange</go:synonym>
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            <go:definition>The directed movement of citrate, 2-hydroxy-1,2,3-propanetricarboyxlate, into, out of or within a mitochondrion.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial magnesium ion transport</go:name>
            <go:definition>The transport of magnesium ions (Mg2+) into, out of or within a mitochondrion. Transport across the mitochondrial membranes is mediated by a mitochondrial inner membrane protein.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial pyruvate transport</go:name>
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            <go:name>regulation of nucleocytoplasmic transport</go:name>
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            <go:name>negative regulation of nucleocytoplasmic transport</go:name>
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            <go:name>negative regulation of RNA-nucleus export</go:name>
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            <go:name>negative regulation of RNA-nucleus import</go:name>
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            <go:name>positive regulation of nucleocytoplasmic transport</go:name>
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            <go:name>positive regulation of RNA-nucleus export</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of movement of RNA from the nucleus into the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of RNA-nucleus import</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of movement of RNA from the cytoplasm into the nucleus.</go:definition>
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            <go:name>regulation of RNA-nucleus export</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of movement of RNA from the nucleus to the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>regulation of RNA-nucleus import</go:name>
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            <go:definition>The directed movement of L-idonate into, out of, within or between cells. L-idonate is an aldonic acid derived from L-idose, an aldohexose which is epimeric with D-glucose.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of lactate into, out of, within or between cells. Lactate is 2-hydroxypropanoate, CH3-CHOH-COOH; L(+)-lactate is formed by anaerobic glycolysis in animal tissues, and DL-lactate is found in sour milk, molasses and certain fruit juices.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of oxaloacetate, the anion of oxobutanedioic acid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:synonym>propanoate transport</go:synonym>
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            <go:synonym>3-hydroxyphenyl propionate transport</go:synonym>
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            <go:definition>The directed movement of pyruvate, 2-oxopropanoate, across a plasma membrane.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of shikimate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of hexuronate into, out of, within or between cells. A hexuronate is any monocarboxylic acid derived from a hexose by oxidation of C-6.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of galacturonate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of glucuronate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of phosphoenolpyruvate into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>monovalent inorganic cation transport</go:name>
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            <go:definition>The directed movement of inorganic cations with a valency of one into, out of, within or between cells. Inorganic cations are atoms or small molecules with a positive charge which do not contain carbon in covalent linkage.</go:definition>
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            <go:name>organic cation transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of organic cations into, out of, within or between cells. Organic cations are atoms or small molecules with a positive charge which contain carbon in covalent linkage.</go:definition>
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            <go:name>ammonium transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of ammonium into, out of, within or between cells. Ammonium is the cation NH4+ which is formed from N2 by root-nodule bacteria in leguminous plants and is an excretory product in ammonotelic animals.</go:definition>
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            <go:name>isoprenoid transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of isoprenoids into, out of, within or between cells. Isoprenoids comprise a group of compounds containing or derived from linked isoprene (3-methyl-2-butenylene) residues.</go:definition>
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            <go:name>terpenoid transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of terpenoids into, out of, within or between cells. Terpenoids are a class of compounds characterized by an isoprenoid chemical structure and include derivatives with various functional groups.</go:definition>
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            <go:name>tetraterpenoid transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of tetraterpenoids into, out of, within or between cells. Tetraterpenoids are terpenoids with 40 isoprenoid units.</go:definition>
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            <go:name>carotenoid transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of carotenoids into, out of, within or between cells. Carotenoids are tetraterpenoid compounds in which two units of 4 isoprenoid residues joined head-to-tail are themselves joined tail-to-tail.</go:definition>
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            <go:name>lactone transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of lactone, any of a series of organic compounds, regarded as anhydrides of certain hydroxy acids, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>lipid transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of lipids into, out of, within or between cells. Lipids are compounds soluble in an organic solvent but not, or sparingly, in an aqueous solvent.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of long-chain fatty acids into, out of, within or between cells. A long-chain fatty acid is an aliphatic compound with a terminal carboxyl group and with a chain length greater than C12.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of short-chain fatty acids into, out of, within or between cells. Short-chain fatty acids are fatty acids with a chain length of less than 8 carbons.</go:definition>
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            <go:name>short-chain fatty acid import</go:name>
            <go:synonym>short-chain fatty acid uptake</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of short-chain fatty acids into a cell or organelle. Short-chain fatty acids are fatty acids with a chain length of less than 8 carbons.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of fatty acyl groups into, out of, within or between cells. A fatty acyl group is any acyl group derived from a fatty acid.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of fatty acyl coenzyme A into, out of, within or between cells. Fatty acyl coenzyme A is an acyl group linked to 3'-phosphoadenosine-(5')diphospho(4')pantatheine (coenzyme A).</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of glycolipids, compounds containing (usually) 1-4 linked monosaccharide residues joined by a glycosyl linkage to a lipid, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>phospholipid transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of phospholipids into, out of, within or between cells. Phospholipids are any lipids containing phosphoric acid as a mono- or diester.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of sterols into, out of, within or between cells. Sterols are steroids with one or more hydroxyl groups and a hydrocarbon side-chain in the molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of cholesterol, cholest-5-en-3-beta-ol, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>lipopolysaccharide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of lipopolysaccharides into, out of, within or between cells. A lipopolysaccharide is any of a group of related, structurally complex components of the outer membrane of Gram-negative bacteria. Lipopolysaccharides consist three covalently linked regions, lipid A, core oligosaccharide, and an O side chain. Lipid A is responsible for the toxicity of the lipopolysaccharide.</go:definition>
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            <go:name>lipopolysaccharide export</go:name>
            <go:definition>The directed movement of lipopolysaccharides out of a cell or organelle.</go:definition>
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            <go:name>neurotransmitter transport</go:name>
            <go:synonym>sodium:neurotransmitter transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of a neurotransmitter into, out of, within or between cells. Neurotransmitters are any chemical substance that is capable of transmitting (or inhibiting the transmission of) a nerve impulse from a neuron to another cell.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of acetylcholine into, out of, within or between cells. Acetylcholine is an acetic acid ester of the organic base choline and functions as a neurotransmitter, released at the synapses of parasympathetic nerves and at neuromuscular junctions.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of choline into, out of, within or between cells. Choline (2-hydroxyethyltrimethylammonium) is an amino alcohol that occurs widely in living organisms as a constituent of certain types of phospholipids and in the neurotransmitter acetylcholine.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of dopamine into, out of, within or between cells. Dopamine is a catecholamine neurotransmitter and a metabolic precursor of noradrenaline and adrenaline.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of serotonin into, out of, within or between cells. Serotonin (5-hydroxytryptamine) is a monoamine neurotransmitter occurring in the peripheral and central nervous systems.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of DNA-protein complexes into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of nucleic acids, single or double-stranded polynucleotides involved in the storage, transmission and transfer of genetic information, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of allantoin, (2,5-dioxo-4-imidazolidinyl)urea, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>adenine transport</go:name>
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            <go:definition>The directed movement of cytokinins, a class of adenine-derived compounds that can function in plants as growth regulators, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>xanthine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of xanthine into, out of, within or between cells. Xanthine (2,6-dihydroxypurine) is a purine formed in the metabolic breakdown of guanine, but is not present in nucleic acids.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of pyrimidines, one of the two classes of nitrogen-containing ring compounds found in DNA and RNA, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of cytosine, 4-amino-2-hydroxypyrimidine, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a nucleoside, a nucleobase linked to either beta-D-ribofuranose (ribonucleoside) or 2-deoxy-beta-D-ribofuranose, (a deoxyribonucleotide), into, out of, within or between cells.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.147 nucleoside/H+ &gt; GO:nucleoside transport ; GO:0015858 &gt; GO:nucleoside transporter activity ; GO:0005337</go:reference>
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            <go:definition>The directed movement of a purine nucleoside, a purine base covalently bonded to a ribose or deoxyribose sugar, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate transport</go:name>
            <go:synonym>3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulphate transport</go:synonym>
            <go:synonym>PAPS transport</go:synonym>
            <go:synonym>adenosine 3'-phosphate 5'-phosphosulfate transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate, a naturally occurring mixed anhydride synthesized from adenosine 5'-phosphosulfate, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of xanthosine, xanthine riboside, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a pyrimidine nucleoside, a pyrimidine base covalently bonded to a ribose or deoxyribose sugar, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>cytidine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of cytidine, cytosine riboside, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>uridine transport</go:name>
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            <go:definition>The directed movement of a nucleotide, any compound consisting of a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a purine nucleotide, any compound consisting of a purine nucleoside esterified with (ortho)phosphate, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a purine ribonucleotide, any compound consisting of a purine ribonucleoside (a purine organic base attached to a ribose sugar) esterified with (ortho)phosphate, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a pyrimidine nucleotide, any compound consisting of a pyrimidine nucleoside esterified with (ortho)phosphate, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:name>one-carbon compound transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of one-carbon compounds into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>carboxylic acid transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of carboxylic acids into, out of, within or between cells. Carboxylic acids are organic acids containing one or more carboxyl (COOH) groups or anions (COO-).</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of organic alcohols into, out of, within or between cells. An organic alcohol is any carbon-containing compound containing a hydroxyl group.</go:definition>
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            <go:name>peptide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of peptides, compounds of two or more amino acids where the alpha carboxyl group of one is bound to the alpha amino group of another, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>dipeptide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a dipeptide, a combination of two amino acids by means of a peptide (-CO-NH-) link, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>oligopeptide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of oligopeptides into, out of, within or between cells. Oligopeptides are molecules that contain a small number (2 to 20) of amino-acid residues connected by peptide linkages.</go:definition>
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                <go:reference>TIGR01727 oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATP-binding protein, C-terminal domain</go:reference>
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            <go:name>peptide antigen transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a peptide antigen into, out of, within or between cells. A peptide antigen is a fragment of a foreign protein derived by proteolysis within the cell.</go:definition>
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            <go:name>peptide pheromone export</go:name>
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            <go:synonym>a-factor export</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of a peptide pheromone out of a cell by a secretion or export pathway used solely for the export of peptide pheromones.</go:definition>
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            <go:name>peptidoglycan peptide transport</go:name>
            <go:synonym>murein peptide transport</go:synonym>
            <go:synonym>muropeptide transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of peptidoglycan peptides into, out of, within or between cells. Peptidoglycan peptides are the oligopeptides found in peptidoglycan networks which cross-link the polysaccharide chains.</go:definition>
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                <go:reference>4.S.128 muropeptide &gt; GO:peptidoglycan peptide transporter activity ; GO:0015640</go:reference>
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            <go:name>tripeptide transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a tripeptide, a compound containing three amino acids linked together by peptide bonds, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>peptidoglycan transport</go:name>
            <go:synonym>murein transport</go:synonym>
            <go:definition>Enables the directed movement of peptidoglycans, a class of glycoconjugates found in bacterial cell walls, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>lipid-linked peptidoglycan transport</go:name>
            <go:synonym>lipid-linked murein transport</go:synonym>
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            <go:name>polyol transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of polyols, any polyhydric alcohol, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>arabinitol transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of arabitol into, out of, within or between cells. Arabitol is the pentitol derived from arabinose or lyxose by reduction of the aldehyde group. The D enantiomer is present in lichens and mushrooms.</go:definition>
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            <go:name>galactitol transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of galactitol into, out of, within or between cells. Galactitol is the hexitol derived by the reduction of the aldehyde group of either D- or L-galactose.</go:definition>
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            <go:name>glucitol transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of glucitol into, out of, within or between cells. Glucitol is the hexitol derived by the reduction of the aldehyde group of glucose.</go:definition>
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            <go:name>glycerol transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of glycerol into, out of, within or between cells. Glycerol is 1,2,3-propanetriol, a sweet, hygroscopic, viscous liquid, widely distributed in nature as a constituent of many lipids.</go:definition>
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            <go:name>glycerol-3-phosphate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of glycerol-3-phosphate into, out of, within or between cells. Glycerol-3-phosphate is a phosphoric monoester of glycerol.</go:definition>
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            <go:name>mannitol transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of mannitol into, out of, within or between cells. Mannitol is the alditol derived from D-mannose by reduction of the aldehyde group.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of myo-inositol into, out of, within or between cells. Myo-inositol is 1,2,3,4,5/4,6-cyclohexanehexol, a growth factor for animals and microorganisms.</go:definition>
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            <go:name>propanediol transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of propanediol into, out of, within or between cells. Propanediol is a sweet colorless, viscous, hygroscopic liquid used as an antifreeze and in brake fluid; it is also as a humectant in cosmetics and personal care items, although it can be absorbed through the skin with harmful effects.</go:definition>
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            <go:name>colicin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a colicin into, out of, within or between cells. Colicins are a group of antibiotics produced by E. coli and related species that are encoded by a group of naturally occurring plasmids eg. Col E1.</go:definition>
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            <go:name>group A colicin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of group A colicins (colicins E1, E2, E3, A, K, and N) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>lipoprotein transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of any conjugated, water-soluble protein in which the nonprotein moiety consists of a lipid or lipids, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>protein import</go:name>
            <go:synonym>protein uptake</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of proteins into a cell or organelle.</go:definition>
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            <go:name>hemoglobin import</go:name>
            <go:synonym>haemoglobin uptake</go:synonym>
            <go:synonym>hemoglobin uptake</go:synonym>
            <go:definition>The acquisition of externally available hemoglobin.</go:definition>
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            <go:name>secretory pathway</go:name>
            <go:definition>The pathway along which proteins and other substances are moved around and out of the cell. After synthesis on the ribosomes of the ER, completed polypeptide chains are moved to the Golgi complex and subsequently sorted to various destinations. Proteins synthesized and sorted in the secretory pathway include not only those that are secreted from the cell but also enzymes and other resident proteins in the lumen of the ER, Golgi, and lysosomes as well as integral proteins in the membranes of these organelles and the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>constitutive secretory pathway</go:name>
            <go:definition>The constitutive pathway required by all cells, along which substances are moved around and out of the cell. Transport vesicles destined for the plasma membrane leave the trans-Golgi network in a steady stream. The membrane proteins and the lipids in these vesicles provide new components for the plasma membrane, while the soluble proteins inside the vesicles are secreted to the extracellular space by exocytosis.</go:definition>
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            <go:name>exocytosis</go:name>
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            <go:synonym>GO:0016195</go:synonym>
            <go:synonym>nonselective vesicle exocytosis</go:synonym>
            <go:synonym>secretion</go:synonym>
            <go:synonym>vesicle exocytosis</go:synonym>
            <go:definition>The release of intracellular molecules (eg. hormones, matrix proteins) contained within a membrane-bounded vesicle by fusion of the vesicle with the plasma membrane of a cell. This is the process whereby most molecules are secreted from eukaryotic cells.</go:definition>
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            <go:definition>The regulated secretory pathway is a second secretory pathway in which soluble proteins and other substances are initially stored in secretory vesicles for later release. It is found mainly in cells that are specialized for secreting products such as hormones, neurotransmitters, or digestive enzymes rapidly on demand.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of achromobactin, a citrate siderophore, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>chrysobactin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of the siderophore chrysobactin (alpha-N-(2,3-dihydroxybenzoyl)-D-lysyl-L-serine) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:definition>The uptake of external materials by cells by the invagination of small region of the plasma membrane to form a new intracellular membrane-limited vesicle.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby phagocytes engulf external particulate material by extension and fusion of pseudopods around each particle. The particles are initially contained within phagocytic vacuoles (phagosomes), which then fuse with primary lysosomes to effect digestion of the the particles.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which a microorganism (or other particulate material) is rendered more susceptible to phagocytosis by coating with opsonin.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of phagocytosis, the process whereby phagocytes engulf external particulate material by extension and fusion of pseudopods around each particle.</go:definition>
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            <go:definition>The process whereby cells take in liquid material from their external environment; literally 'cell drinking'. Liquid is enclosed in vesicles, formed by invagination of the plasma membrane. These vesicles then move into the cell and pass their contents to endosomes.</go:definition>
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            <go:name>receptor mediated endocytosis</go:name>
            <go:definition>The uptake of external materials by cells, utilizing receptors to ensure specificity of transport. A specific receptor on the cell surface binds tightly to the extracellular macromolecule (the ligand) that it recognizes; the plasma-membrane region containing the receptor-ligand complex then undergoes endocytosis, forming a transport vesicle containing the receptor-ligand complex and excluding most other plasma-membrane proteins. Receptor-mediated endocytosis generally occurs via clathrin-coated pits and vesicles.</go:definition>
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            <go:name>vesicle budding</go:name>
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            <go:synonym>nonselective vesicle assembly</go:synonym>
            <go:definition>The evagination of a membrane, resulting in formation of a vesicle.</go:definition>
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            <go:name>vesicle coating</go:name>
            <go:synonym>vesicle coat assembly</go:synonym>
            <go:definition>A protein coat is added to the vesicle to form the proper shape of the vesicle and to target the vesicle for transport to its destination.</go:definition>
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            <go:name>viral receptor mediated endocytosis</go:name>
            <go:definition>Endocytosis of the virus particle resulting in the accumulation of virus particles within the cell via cytoplasmic vesicles.</go:definition>
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            <go:name>enterobactin transport</go:name>
            <go:synonym>enterochelin transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of the siderochrome enterochelin, a cyclic trimer of 2, 3 dihydroxybenzoylserine into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>ferrichrome transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a ferrichrome into, out of, within or between cells. Ferrichromes are any of a group of growth-promoting Fe(Ili) chelates formed by various genera of microfungi. They are homodetic cyclic hexapeptides made up of a tripeptide of glycine (or other small neutral amino acids) and a tripeptide of an N'acyl-N4-hydroxy-L-ornithine.</go:definition>
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            <go:name>iron-siderochrome transport</go:name>
            <go:synonym>iron-siderophore transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of iron-siderochromes into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>solute:solute exchange</go:name>
            <go:definition>Exchange diffusion of two solutes between the inside and outside of a cell or subcellular compartment, in which movement of one solute down a concentration gradient drives movement of the other solute in the opposite direction.</go:definition>
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            <go:name>sodium:calcium exchange</go:name>
            <go:definition>Exchange diffusion sodium and calcium ions in which influx of sodium ions to the cytosol drives the efflux of calcium ions from the cell.</go:definition>
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            <go:name>vesicle-mediated transport</go:name>
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            <go:synonym>nonselective vesicle transport</go:synonym>
            <go:definition>The transport of substances, either within a vesicle or in the vesicle membrane, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:name>transcytosis</go:name>
            <go:definition>The directed movement of endocytosed material through the cell and its exocytosis from the plasma membrane at the opposite side.</go:definition>
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            <go:name>vesicle docking</go:name>
            <go:definition>Initial attachment of a transport vesicle membrane with the target membrane.</go:definition>
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            <go:name>non-exocytotic vesicle docking</go:name>
            <go:definition>Initial attachment of a transport vesicle membrane with the target membrane during a process that is not exocytotic.</go:definition>
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            <go:name>viral genome transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of the viral genome(s) within a host cell.</go:definition>
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            <go:name>virion transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a virion into, out of, or within a host cell.</go:definition>
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            <go:name>vitamin/cofactor transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of vitamins and cofactors into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>acetyl-CoA transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of acetyl-CoA into, out of, within or between cells. Acetyl-CoA is a derivative of coenzyme A in which the sulfhydryl group is acetylated; it is a metabolite derived from several pathways (eg. glycolysis, fatty acid oxidation, amino-acid catabolism) and is further metabolized by the tricarboxylic acid cycle. It is a key intermediate in lipid and terpenoid biosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>biopterin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of biopterin into, out of, within or between cells. Biopterin is a growth factor for certain protozoans and some insects; it is widely distributed in tissues and functions in a reduced form, tetrahydrobiopterin, as a hydroxylation coenzyme.</go:definition>
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            <go:name>biotin transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of biotin into, out of, within or between cells. Biotin is cis-tetrahydro-2-oxothieno(3,4-d)imidazoline-4-valeric acid; the (+) enantiomer is very widely distributed in cells and serves as a carrier in a number of enzymatic beta-carboxylation reactions.</go:definition>
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            <go:name>carnitine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of carnitine into, out of, within or between cells. Carnitine is a compound that participates in the transfer of acyl groups across the inner mitochondrial membrane.</go:definition>
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            <go:name>acyl carnitine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of acyl carnitine into, out of, within or between cells. Acyl carnitine is the condensation product of a carboxylic acid and carnitine and is the transport form for a fatty acid crossing the mitochondrial membrane.</go:definition>
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            <go:name>coenzyme A transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of coenzyme A into, out of, within or between cells. Coenzyme A, 3'-phosphoadenosine-(5')diphospho(4')pantatheine, is an acyl carrier in many acylation and acyl-transfer reactions in which the intermediate is a thiol ester.</go:definition>
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            <go:name>creatine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of creatine into, out of, within or between cells. Creatine is a compound synthesized from the amino acids arginine, glycine, and methionine that occurs in muscle.</go:definition>
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            <go:name>flavin-adenine dinucleotide transport</go:name>
            <go:synonym>FAD transport</go:synonym>
            <go:synonym>flavin adenine dinucleotide transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of flavin-adenine dinucleotide (FAD) into, out of, within or between cells. FAD forms the coenzyme of the prosthetic group of various flavoprotein oxidoreductase enzymes, in which it functions as an electron acceptor by being reversibly converted to its reduced form.</go:definition>
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            <go:name>folate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of folate into, out of, within or between cells. Folate is the anion of folic acid, which is widely distributed as a member of the vitamin B complex and is essential for the synthesis of purine and pyrimidines.</go:definition>
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            <go:name>5-formyltetrahydrofolate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of 5-formyltetrahydrofolate, the formylated derivative of tetrahydrofolate, into, out of, within, or between cells.</go:definition>
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            <go:name>heme transport</go:name>
            <go:synonym>haem transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of heme, any compound of iron complexed in a porphyrin (tetrapyrrole) ring, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>L-ascorbate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of L-ascorbate into, out of, within or between cells. L-ascorbate is a six-carbon carbohydrate-like compound found in fruit and vegetables. It has vitamin C activity in humans and guinea pigs.</go:definition>
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            <go:name>nicotinamide mononucleotide transport</go:name>
            <go:synonym>nicotinamide ribonucleotide transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of nicotinamide mononucleotide into, out of, within or between cells. Nicotinamide mononucleotide is a ribonucleotide in which the nitrogenous base, nicotinamide, is in beta-n-glycosidic linkage with the c-1 position of d-ribose. It is a constituent of NAD+ and NADP.</go:definition>
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                <go:reference>4.9.A.4 The Nicotinamide Mononucleotide (NMN) Uptake Permease (PnuC) Family &gt; GO:nicotinamide mononucleotide transporter activity ; GO:0015663</go:reference>
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            <go:name>pantothenate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of pantothenate into, out of, within or between cells. Pantothenate is the anion of pantothenic acid, the amide of beta-alanine and pantoic acid; it is a B complex vitamin that is a constituent of coenzyme A and is distributed ubiquitously in foods.</go:definition>
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            <go:synonym>thiamine transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of thiamin into, out of, within or between cells. Thiamin is vitamin B1, a water soluble vitamin present in fresh vegetables and meats, especially liver.</go:definition>
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                <go:reference>TIGR01276 thiamine ABC transporter, periplasmic binding protein</go:reference>
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            <go:name>vitamin B12 transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of vitamin B12, a water-soluble vitamin characterized by possession of a corrin nucleus containing a cobalt atom, into, out of or within a cell.</go:definition>
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            <go:name>xenobiotic transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a xenobiotic, a compound foreign to living organisms, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxyphenylpropionic acid transport</go:name>
            <go:synonym>3-(3-hydroxyphenyl)propionic acid transport</go:synonym>
            <go:synonym>m-hydroxyphenylpropionic acid transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of 3-hydroxyphenylpropionic acid into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>acridine transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of acridine (10-azaanthracene), a heterocyclic ring compound found in crude coal-tar anthracene, into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>alkanesulfonate transport</go:name>
            <go:synonym>alkanesulphonate transport</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of an alkanesulfonate into, out of, within or between cells. Alkanesulfonates are organic esters or salts of sulfonic acid containing an aliphatic hydrocarbon radical.</go:definition>
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            <go:name>benzoate transport</go:name>
            <go:definition>The directed movement of benzoate, the anion of benzoic acid (benzenecarboxylic acid) into, out of, within or between cells.</go:definition>
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            <go:name>cell motility</go:name>
            <go:definition>Any process involved in the controlled movement of a cell.</go:definition>
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                <go:reference>TIGR01420 twitching motility protein</go:reference>
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            <go:name>cell migration</go:name>
            <go:definition>The orderly movement of cells from one site to another during the development of a multicellular organism.</go:definition>
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            <go:name>ameboid cell migration</go:name>
            <go:synonym>amoeboid cell migration</go:synonym>
            <go:definition>Cell migration that is accomplished by extension and retraction of a pseudopodium.</go:definition>
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            <go:name>axon guidance</go:name>
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            <go:synonym>axon growth cone guidance</go:synonym>
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            <go:name>motor axon guidance</go:name>
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            <go:name>regulation of axon extension</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the rate, direction or extent of axon extension.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of axon extension</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of axon outgrowth.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of axon extension</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of axon extension.</go:definition>
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            <go:name>cell migration during gastrulation</go:name>
            <go:definition>The migration of individual cells within the blastocyst to help establish the multi-layered body plan of the organism (gastrulation). For example, the migration of cells from the surface to the interior of the embryo (ingression).</go:definition>
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            <go:name>cellular extravasation</go:name>
            <go:definition>The migration of immune cells, for example leukocytes, from the blood vessels into the surrounding tissue as a response to injury or disease.</go:definition>
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            <go:name>dorsal closure, spreading of leading edge cells</go:name>
            <go:definition>Dorsally-directed movement of the cells at the leading edge of the epithelium over the amnioserosa.</go:definition>
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            <go:name>follicle cell migration (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The directed movement of follicle cells that takes place during oogenesis. During egg chamber formation, follicle cells migrate to envelop the germ-line cysts and move in between cysts. At stage 10B, follicle cells migrate centripetally between the nurse cells and the oocyte, enclosing the anterior of the egg.</go:definition>
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            <go:name>border cell migration (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The directed movement of the border cells through the nurse cells to reach the oocyte.</go:definition>
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            <go:name>germ-cell migration</go:name>
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            <go:name>glia cell migration</go:name>
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            <go:name>inductive cell migration</go:name>
            <go:definition>Migration of a cell in a multicellular organism that, having changed its location, is required to induce normal properties in one or more cells at its new location. An example of this would be the distal tip cells of Caenorhabditis elegans.</go:definition>
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            <go:name>mesoderm cell migration</go:name>
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            <go:name>neural crest cell migration</go:name>
            <go:definition>The characteristic movement of cells from the dorsal ridge of the neural tube to a variety of locations in a vertebrate embryo.</go:definition>
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            <go:name>neuronal migration</go:name>
            <go:definition>The characteristic movement of immature neurons from germinal zones to specific positions where they will reside as they mature.</go:definition>
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            <go:name>pole cell migration</go:name>
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            <go:definition>The joining of 2 or more lipid bilayer membranes that surround the endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:definition>The joining of 2 or more lipid bilayer membranes that surround the nucleus.</go:definition>
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            <go:definition>The creation of a single nucleus from multiple nuclei as a result of fusing the lipid bilayers that surround each nuclei.</go:definition>
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            <go:name>karyogamy during conjugation with cellular fusion</go:name>
            <go:definition>During sexual reproduction, the creation of a single nucleus from multiple nuclei as a result of fusing the lipid bilayers that surround each nuclei. This occurs after cytogamy.</go:definition>
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            <go:synonym>nuclear congression</go:synonym>
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            <go:name>karyogamy during conjugation without cellular fusion</go:name>
            <go:definition>During sexual reproduction, the creation of a single nucleus from multiple nuclei as a result of fusing the lipid bilayers that surround each nuclei. This occurs after the mutual exchange of nuclei.</go:definition>
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            <go:name>nuclear exchange during conjugation without cellular fusion</go:name>
            <go:definition>The processes involved in bilateral transfer of genetic material in organisms undergoing conjugation without cellular fusion. Nuclear migration is included.</go:definition>
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            <go:name>pronuclear fusion</go:name>
            <go:definition>The merging of two pronuclei in a fertilized egg to fuse and produce a single zygotic genome.</go:definition>
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            <go:name>plasma membrane fusion</go:name>
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            <go:synonym>cell-cell fusion</go:synonym>
            <go:definition>The joining of 2 or more lipid bilayer membranes that surround a cell.</go:definition>
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            <go:synonym>zygote formation (sensu Fungi)</go:synonym>
            <go:synonym>zygote formation (sensu Saccharomyces)</go:synonym>
            <go:definition>During conjugation with cellular fusion, the processes involved in creating a single cell from complementary mating-types. The localized remodeling and dissolution of external protective structures allow the fusion of the plasma membranes and cytoplasmic mixing.</go:definition>
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            <go:name>fusion of sperm to egg plasma membrane</go:name>
            <go:synonym>sperm-oocyte fusion</go:synonym>
            <go:definition>The binding and fusion of a sperm, having penetrated the zona pellucida, with the plasma membrane of the oocyte. Binding occurs at the posterior (post-acrosomal) region of the sperm head.</go:definition>
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            <go:name>regulation of fusion of sperm to egg plasma membrane</go:name>
            <go:synonym>regulation of sperm-oocyte fusion</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the binding and fusion of a sperm to the oocyte plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of fusion of sperm to egg plasma membrane</go:name>
            <go:synonym>inhibition of sperm-oocyte fusion</go:synonym>
            <go:synonym>negative regulation of sperm-oocyte fusion</go:synonym>
            <go:definition>Any process that stops or prevents the binding and fusion of a sperm to the oocyte plasma membrane.</go:definition>
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            <go:definition>A form of viral penetration which involves the fusion of the virion envelope with the cellular membrane.</go:definition>
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            <go:name>regulation of cellular process</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of cellular processes, those that are carried out at the cellular level, but are not necessarily restricted to a single cell. For example, cell communication occurs among more than one cell, but occurs at the cellular level.</go:definition>
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            <go:definition>Biological processes specifically aimed at the progression of an organism over time from an initial condition (eg. a zygote, or a young adult) to a later condition (eg. a multicellular animal or an aged adult).</go:definition>
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            <go:definition>The inherent decline over time, from the optimal fertility and viability of early maturity, that culminates in death and may be preceded by other indications, such as sterility.</go:definition>
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            <go:name>determination of adult life span</go:name>
            <go:definition>The control of viability and duration in the adult phase of the life-cycle.</go:definition>
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            <go:name>menopause</go:name>
            <go:definition>Cessation of menstruation, occurring in eg. the human female usually around the age of 50.</go:definition>
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            <go:name>senescence (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The processes that occur in a plant near the end of its active life that is associated with the dismantling of cell components and membranes, loss of functional chloroplasts, and an overall decline in metabolism.</go:definition>
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            <go:name>leaf senescence</go:name>
            <go:definition>The processes that occur in a leaf near the end of its active life that is associated with the dismantling of cell components and membranes, loss of functional chloroplasts, and an overall decline in metabolism.</go:definition>
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            <go:name>embryonic development</go:name>
            <go:synonym>embryogenesis</go:synonym>
            <go:definition>The development of an organism from zygote formation until the end of its embryonic life stage. The end of the embryonic stage is organism-specific and may be somewhat arbitrary. For example, it would be at birth for mammals, larval hatching for insects and seed dormancy in plants.</go:definition>
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            <go:name>DNA methylation during embryonic development</go:name>
            <go:synonym>de novo DNA methylation</go:synonym>
            <go:definition>The covalent transfer of a methyl group to C-5 of cytosine during embryogenesis, when DNA methylation patterns are established.</go:definition>
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            <go:name>embryonic development (sensu Animalia)</go:name>
            <go:synonym>embryogenesis (sensu Animalia)</go:synonym>
            <go:definition>The embryonic development of an animal from zygote formation until the end of its embryonic life stage. The end of the embryonic life stage is organism specific and may be somewhat arbitrary; for mammals it is usually considered to be birth; for insects the hatching of the first instar larva from the eggshell.</go:definition>
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            <go:name>embryonic development (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The embryonic development of insects which ends with the hatching of the first instar larva from the eggshell.</go:definition>
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            <go:name>amnioserosa maintenance</go:name>
            <go:definition>Maintenance of the amnioserosa, an epithelium that occupies a hole in the embryonic dorsal epidermis.</go:definition>
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            <go:name>dorsal closure</go:name>
            <go:definition>The process during Drosophila embryogenesis whereby the ectodermal cells of the lateral epithelium stretch in a coordinated fashion to internalize the amnioserosa cells and close the embryo dorsally.</go:definition>
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            <go:name>dorsal closure, amnioserosa morphology change</go:name>
            <go:definition>The changes that occur during dorsal closure of the shape and structure of the amnioserosa, an epithelium that occupies the dorsal side of the embryo.</go:definition>
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            <go:name>initiation of dorsal closure</go:name>
            <go:definition>Events that occur at the start of dorsal closure.</go:definition>
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            <go:name>suture of dorsal opening</go:name>
            <go:definition>Closure of the dorsal hole. Filipodia extending from each leading edge interdigitate at the dorsal midline and appear to prime the formation of adherens junctions between the two rows of leading edge cells. Newly formed septate junctions are also used to seal the dorsal hole.</go:definition>
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            <go:name>germ-band shortening</go:name>
            <go:synonym>germ-band retraction</go:synonym>
            <go:definition>The spreading of the amnioserosa from its compressed state to cover the whole of the dorsal surface. Initiating in the thorax and spreading posteriorly, it is accompanied by the transition from a parasegmental to segmental division of the embryo.</go:definition>
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            <go:name>head involution</go:name>
            <go:definition>Movement of the anterior ectoderm to the interior of the embryo.</go:definition>
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            <go:name>pseudocleavage (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Formation of furrows in the cytoplasm between nuclei during cell cycles in insect embryos in the syncytial blastoderm stage.</go:definition>
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            <go:name>embryonic development (sensu Vertebrata)</go:name>
            <go:definition>The embryonic development of a vertebrate from zygote formation until birth.</go:definition>
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            <go:name>embryonic development (sensu Mammalia)</go:name>
            <go:definition>The embryonic development of mammals which ends at birth.</go:definition>
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            <go:name>eye morphogenesis (sensu Mammalia)</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the mammalian eye.</go:definition>
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            <go:name>optic placode formation (sensu Mammalia)</go:name>
            <go:definition>Establishment and formation of the optic placode, paired ectodermal placodes that become invaginated to form the embryonic lens vesicles.</go:definition>
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            <go:name>somitogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation of mesodermal clusters that are arranged segmentally along the anterior posterior axis of an embryo.</go:definition>
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            <go:name>somite specification</go:name>
            <go:definition>The process by which individual somites establish identity during embryogenesis.</go:definition>
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            <go:name>gastrulation</go:name>
            <go:definition>A complex and coordinated series of cellular movements that occurs at the end of cleavage during embryonic development of most animals. The details of gastrulation vary from species to species, but usually result in the formation of the three primary germ layers, ectoderm, mesoderm and endoderm.</go:definition>
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            <go:name>formation of primary germ layer</go:name>
            <go:definition>The formation of the ectoderm, mesoderm and endoderm during gastrulation.</go:definition>
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            <go:name>ectoderm formation</go:name>
            <go:definition>The formation of ectoderm during gastrulation.</go:definition>
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            <go:name>endoderm formation</go:name>
            <go:definition>The formation of the endoderm during gastrulation.</go:definition>
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            <go:name>mesoderm formation</go:name>
            <go:definition>The formation of mesoderm during gastrulation.</go:definition>
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            <go:name>mesoderm migration</go:name>
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            <go:name>gastrulation (sensu Deuterostoma)</go:name>
            <go:definition>Gastrulation in organisms that form the mouth portion last.</go:definition>
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            <go:name>gastrulation (sensu Vertebrata)</go:name>
            <go:definition>The process of gastrulation as is characteristic in vertebrates.</go:definition>
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            <go:name>gastrulation (sensu Mammalia)</go:name>
            <go:definition>The process of gastrulation as is characteristic in mammals.</go:definition>
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            <go:name>gastrulation (sensu Protostomia)</go:name>
            <go:definition>Gastrulation in organisms that form the mouth first. The mouth arises from the blastopore.</go:definition>
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            <go:definition>The process of gastrulation as is characteristic in insects.</go:definition>
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            <go:name>amnioserosa formation</go:name>
            <go:definition>Formation of the amnioserosa, an epithelium that occupies a hole in the embryonic dorsal epidermis. This occurs by the transformation of a narrow strip of cells at the dorsal midline of the blastoderm from columnar to squamous cells, accompanied by a lateral shift.</go:definition>
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            <go:name>anterior midgut invagination</go:name>
            <go:definition>Internalization of the anterior midgut into the interior of the embryo.</go:definition>
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            <go:name>cephalic furrow formation</go:name>
            <go:definition>Formation of a partial necklace of inturning tissue on the lateral sides of the embryo, along the dorsal-ventral axis. This furrow demarcates head from thorax in the developing protostome.</go:definition>
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            <go:name>germ-band extension</go:name>
            <go:definition>Elongation of the germ band on the ventral side of the embryo, accompanied by a halving in width. The elongation process pushes the posterior midgut invagination closed and compresses the amnioserosa further.</go:definition>
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            <go:name>posterior midgut invagination</go:name>
            <go:definition>Formation of a cup-shaped invagination at the posterior end of the embryo, bringing the posterior midgut and hindgut primordia into the interior.</go:definition>
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            <go:name>ventral furrow formation</go:name>
            <go:definition>Formation of a ventral indentation (furrow) from the blastoderm epithelium, which is internalized to form a tube in the interior of the embryo, marking the start of gastrulation.</go:definition>
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            <go:name>ventral midline determination</go:name>
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            <go:name>determination of anterior border of ventral midline</go:name>
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            <go:name>determination of posterior border of ventral midline</go:name>
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            <go:name>neurulation</go:name>
            <go:definition>The process by which the flat layer of ectodermal cells is transformed into a hollow tube called the neural tube, a precursor of the brain and spinal cord.</go:definition>
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            <go:name>pseudocleavage</go:name>
            <go:definition>Partial constriction of the cytoplasm of an embryo to form a furrow that resembles a cleavage furrow but does not complete cytokinesis.</go:definition>
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            <go:name>pseudocleavage (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>A process that occurs during the first cell cycle in a nematode embryo, in which anterior cortical contractions culminate in a single partial constriction of the embryo called the pseudocleavage furrow.</go:definition>
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            <go:name>embryonic development (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:synonym>embryogenesis (sensu Magnoliophyta)</go:synonym>
            <go:definition>The embryonic development of flowering plants that ends with seed dormancy.</go:definition>
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            <go:synonym>apical-basal pattern specification</go:synonym>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the longitudinal axis. In plants, this is the axis that runs from the shoot to the root.</go:definition>
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            <go:definition>The specification of the meristem which will give rise to all post-embryonic above-ground structures of the plant as well as the non-root below-ground structures, such as rhizomes and tubers.</go:definition>
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            <go:definition>The specification of a meristem which will give rise to a primary or lateral root.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of the protoderm, ground meristem and procambium during plant embryogenesis.</go:definition>
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            <go:name>protoderm histogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation of the primary meristem or meristematic tissue that gives rise to the epidermis.</go:definition>
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            <go:name>radial axis specification</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the radial axis.</go:definition>
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            <go:name>seed dormancy</go:name>
            <go:definition>The processes by which a dormant state is induced and maintained in a seed. Dormancy is characterized by a suspension of physiological activity that can be reactivated once dormancy is broken.</go:definition>
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            <go:name>embryonic morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The developmental processes by which defined structures within an embryo are generated.</go:definition>
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            <go:name>analia morphogenesis (sensu Holometabola)</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the analia from the genital disc in holometabolous insects.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of the analia from the genital disc in female holometabolous insects.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of the analia from the genital disc in male holometabolous insects.</go:definition>
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            <go:name>antennal morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the sensory structures on the head that are capable of detecting various environmental stimuli.</go:definition>
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            <go:name>antennal joint morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the joints between antennal segments.</go:definition>
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            <go:name>elongation of arista core</go:name>
            <go:definition>The increase in length of the aristal core. The arista is the terminal segment of the antenna and consists of a central core and a series of lateral extensions.</go:definition>
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            <go:name>elongation of arista lateral</go:name>
            <go:definition>The increase in length of the aristal laterals. The arista is the terminal segment of the antenna and consists of a central core and a series of lateral extensions.</go:definition>
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            <go:name>bristle morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of organized structures of the bristle.</go:definition>
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            <go:name>ear morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the ear, the sense organ in vertebrates that is specialized for the detection of sound and the maintenance of balance. Includes the outer ear and middle ear, which collect and transmit sound waves, and the inner ear, which contains the organs of balance and (except in fish) hearing. Also includes the pinna, the visible part of the outer ear, present in some mammals.</go:definition>
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            <go:name>inner ear morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the inner ear, the structure in vertebrates that contains the organs of balance and hearing. It consists of soft hollow sensory structures (the membranous labyrinth) containing fluid (endolymph) surrounded by fluid (perilymph) and encased in a bony cavity (the bony labyrinth). It consists of two chambers, the sacculus and utriculus, from which arise the cochlea and semicircular canals respectively.</go:definition>
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            <go:name>otic placode formation</go:name>
            <go:definition>The initial developmental processes that will lead to the formation of the vertebrate inner ear. The otic placode forms as a thickening of the head ectoderm adjacent to the developing hindbrain.</go:definition>
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            <go:name>middle ear morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the middle ear, the air-filled cavity within the skull of vertebrates that lies between the outer ear and the inner ear. It is linked to the pharynx (and therefore to outside air) via the Eustachian tube and in mammals contains the three ear ossicles, which transmit auditory vibrations from the outer ear (via the tympanum) to the inner ear (via the oval window).</go:definition>
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            <go:name>outer ear morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the outer ear, the part of the ear external to the tympanum (eardrum). It consists of a tube (the external auditory meatus) that directs sound waves on to the tympanum, and may also include the external pinna, which extends beyond the skull.</go:definition>
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            <go:name>ectodermal gut morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of those portions of the gut that are derived from ectoderm.</go:definition>
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            <go:name>anterior midgut (ectodermal) morphogenesis</go:name>
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            <go:name>foregut morphogenesis</go:name>
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            <go:name>hindgut morphogenesis</go:name>
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            <go:name>Malpighian tubule morphogenesis</go:name>
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            <go:name>embryonic body morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of organized structures of the embryonic soma.</go:definition>
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            <go:name>embryonic eye morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The stages of eye morphogenesis that take place in the embryo phase, and that are involved in forming the post-embryonic eye.</go:definition>
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            <go:name>embryonic eye morphogenesis (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The stages of eye morphogenesis in Drosophila that take place in the embryo phase and that are involved in forming the larval eye.</go:definition>
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            <go:name>optic placode formation (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:synonym>GO:0007457</go:synonym>
            <go:synonym>optic lobe placode development (sensu Drosophila)</go:synonym>
            <go:definition>Establishment of the Drosophila optic placode, a thickened area of densely packed ectoderm cells directly overlying the optic vesicle in the early embryo. The placode appears in the dorsolateral region of the head in late stage 11 Drosophila embryos and is the precursor to the larval visual system.</go:definition>
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            <go:definition>The formation and development of the organs of reproduction or generation, external and internal.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of the genitals from the genital disc in female holometabolous insects.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of the genitals from the genital disc in male holometabolous insects.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of organized structures in male genitals.</go:definition>
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            <go:name>haltere morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the club-shaped 'balancers' found on each side of the metathorax among the true flies (Diptera). They are the much-modified hind wings.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of a limb, one of the jointed appendages of an animal used for locomotion or grasping eg. arm, leg, wing, or flipper.</go:definition>
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            <go:name>digit morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of one of the terminal divisions of a limb appendage eg. finger or toe.</go:definition>
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            <go:definition>The formation and development of the leg.</go:definition>
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            <go:definition>The formation and development of the leg joint.</go:definition>
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            <go:name>leg joint morphogenesis (sensu Holometabola)</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the leg joint as seen in insects of the Holometabola (Endopterygota) infraclass, a series of insect orders in which complex or complete metamorphosis is found.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of the leg as seen in insects of the Holometabola (Endopterygota) infraclass, a series of insect orders in which complex or complete metamorphosis is found.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of an embryonic epithelium.</go:definition>
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            <go:name>establishment and/or maintenance of polarity of embryonic epithelium</go:name>
            <go:definition>The specification, formation and maintenance of a polarized embryonic epithelial sheet.</go:definition>
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            <go:name>maintenance of polarity of embryonic epithelium</go:name>
            <go:definition>The maintenance of an established polarized embryonic epithelial sheet.</go:definition>
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            <go:name>notochord development</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the notochord, a mesoderm-derived structure located ventral of the developing nerve cord. In vertebrates, the notochord serves as a core around which other mesodermal cells form the vertebrae. In the most primitive chordates, which lack vertebrae, the notochord persists as a substitute for a vertebral column.</go:definition>
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            <go:name>notum morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the dorsal part of the body.</go:definition>
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            <go:name>ocellus morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the ocellus, a simple visual organ of insects.</go:definition>
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            <go:name>ocellus pigment granule morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the intracellular pigment storage granules in the Drosophila ocellus.</go:definition>
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            <go:name>optic placode formation</go:name>
            <go:definition>The initial developmental processes that will lead to the formation of an eye.</go:definition>
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            <go:name>prothoracic morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the first or anterior segment of the thorax in insects.</go:definition>
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            <go:name>sternite morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the sternite; the plate or sclerite on the underside of a body segment.</go:definition>
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            <go:name>tail tip morphogenesis (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>The morphogenesis of the tail tip in nematode worms to form a copulatory structure. The most posterior hypodermal cells in the tail define a specialized, sexually dimorphic compartment in which cells fuse and retract in the male, changing their shape from a tapered cone to a blunt dome.</go:definition>
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            <go:name>tergite morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the tergite; the primary plate or sclerite forming the dorsal surface of any insect body segment.</go:definition>
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            <go:name>wing morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of a wing, a moveable organ for flying.</go:definition>
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            <go:name>embryonic pattern specification</go:name>
            <go:synonym>embryonic pattern formation</go:synonym>
            <go:definition>The processes that result in the patterns of cell differentiation that will arise in an embryo.</go:definition>
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            <go:name>embryonic axis specification</go:name>
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            <go:definition>Axis specification in the embryo.</go:definition>
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            <go:name>determination of anterior/posterior axis, embryo</go:name>
            <go:definition>The specification of the anterior/posterior axis of the embryo by the products of genes expressed maternally and genes expressed in the zygote.</go:definition>
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            <go:name>maternal determination of anterior/posterior axis, embryo</go:name>
            <go:definition>The specification of the anterior/posterior axis of the embryo by gradients of maternally-transcribed gene products; exemplified in insects by the morphogens, bicoid and nanos.</go:definition>
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            <go:name>zygotic determination of anterior/posterior axis, embryo</go:name>
            <go:definition>The specification of the anterior/posterior axis of the embryo by products of genes expressed in the zygote; exemplified in insects by the gap genes, pair rule genes and segment polarity gene cascade.</go:definition>
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            <go:definition>Specification of the anterior (head and thoracic segments) of the embryo by the gap genes; exemplified in insects by the actions of hunchback gene product.</go:definition>
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            <go:definition>Specification of the posterior (abdominal) regions of the embryo by the gap genes; exemplified in insects by the actions of the knirps gene product.</go:definition>
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            <go:name>activation of posterior gap gene</go:name>
            <go:synonym>knirps activation</go:synonym>
            <go:definition>The activation of genes encoding transcription factors in the posterior region of an insect embryo by a combination of maternal regulatory signals and interactions among themselves; exemplified by the activation of expression of the Drosophila knirps gene.</go:definition>
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            <go:definition>Specification of the borders of posterior gap gene expression mediated largely by the effects of other gap genes; in insects this is exemplified by hunchback and tailless repression of knirps.</go:definition>
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            <go:name>activation of terminal gap gene</go:name>
            <go:definition>The activation of genes encoding transcription factors at the anterior and posterior ends of an insect embryo by a combination of maternal regulatory signals and interactions among themselves; exemplified by the activation of expression of the Drosophila tailless and huckebein genes.</go:definition>
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            <go:name>activation of central gap gene</go:name>
            <go:definition>The activation of genes encoding transcription factors in the central region of an insect embryo by a combination of maternal regulatory signals and interactions among themselves; exemplified by the activation of expression of the Drosophila Kruppel gene by the hunchback and bicoid gene products.</go:definition>
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            <go:name>establishment of central gap gene boundaries</go:name>
            <go:definition>Specification of the borders of central gap gene expression mediated largely by the effects of other gap genes; in insects this is exemplified by knirps repression of Kruppel.</go:definition>
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            <go:name>patterning of blood vessels</go:name>
            <go:definition>Processes that regulate the coordinated growth and sprouting of blood vessels giving rise to the organized vascular system.</go:definition>
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            <go:name>segment specification</go:name>
            <go:definition>The process during which segments assume individual identities; exemplified in insects by the actions of the products of the homeotic genes.</go:definition>
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            <go:name>blastoderm segmentation</go:name>
            <go:definition>The hierarchical steps resulting in the progressive subdivision of the anterior/posterior axis of the embryo.</go:definition>
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            <go:name>periodic partitioning by pair rule gene</go:name>
            <go:definition>The contribution of the transcription factors encoded by the pair rule genes in establishing the anterior and posterior compartments of segments.</go:definition>
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            <go:name>segment polarity determination</go:name>
            <go:definition>The contribution of the products of the segment polarity genes in determining the polarity pattern of segments.</go:definition>
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            <go:name>regulation of embryonic development</go:name>
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            <go:name>negative regulation of embryonic development</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of embryonic development.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of embryonic development</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of embryonic development.</go:definition>
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            <go:name>genetic transfer</go:name>
            <go:synonym>genetic exchange</go:synonym>
            <go:definition>In the absence of a sexual life cycle, the processes involved in the introduction of genetic information to create a genetically different individual.</go:definition>
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            <go:name>DNA mediated transformation</go:name>
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            <go:name>cellular DNA uptake</go:name>
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            <go:name>establishment of competence for transformation</go:name>
            <go:definition>The process by which a naturally transformable bacterium acquires the ability to take up exogenous DNA. This term should be applied only to naturally transformable bacteria, and should not be used in the context of artificially induced bacterial transformation.</go:definition>
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            <go:name>regulation of establishment of competence for transformation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the process by which a cell becomes able to take up and incorporate extracellular DNA into its genome.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of establishment of competence for transformation</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of establishment of competence for transformation.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of establishment of competence for transformation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of establishment of competence for transformation.</go:definition>
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            <go:definition>The transfer of genetic information to a bacterium from a bacteriophage or between bacterial or yeast cells mediated by a phage vector.</go:definition>
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            <go:name>unidirectional conjugation</go:name>
            <go:synonym>conjugation (sensu Bacteria)</go:synonym>
            <go:synonym>mating (sensu Bacteria)</go:synonym>
            <go:definition>The process of unidirectional (polarized) transfer of genetic information involving direct cellular contact contact between a donor and recipient cell; the contact is followed by the formation of a cellular bridge that physically connects the cells; some or all of the chromosome(s) of one cell ('male') is then transferred into the other cell ('female'); unidirectional conjugation occurs between cells of different mating-types.</go:definition>
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            <go:name>pheromone-induced unidirectional conjugation</go:name>
            <go:definition>The process of unidirectional (polarized) transfer of genetic information in response to a pheromone. It involves direct cellular contact contact between a donor and recipient cell; the contact is followed by the formation of a cellular bridge that physically connects the cells; some or all of the chromosome(s) of one cell ('male') is then transferred into the other cell ('female'); unidirectional conjugation occurs between cells of different mating-types.</go:definition>
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            <go:name>adaptation to pheromone during pheromone-induced unidirectional conjugation</go:name>
            <go:definition>In organisms that undergo pheromone-induced unidirectional conjugation, the processes involved in desensitization following exposure to pheromone stimulus that act to down-regulate further stimulation or block initial conjugation responses.</go:definition>
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            <go:name>response to pheromone during pheromone-induced unidirectional conjugation</go:name>
            <go:definition>The processes involved in sensing and reacting to pheromone in organisms that undergo pheromone-induced unidirectional conjugation.</go:definition>
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            <go:definition>The increase in size or mass of an entire organism (as used in GO), as opposed to cell growth (GO:0016049).</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the growth of all or part of an organism so that it occurs at its proper speed, either globally or in a specific part of the organism's development.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of growth</go:name>
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            <go:name>positive regulation of organ size</go:name>
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            <go:name>regulation of body size</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of growth of the body of an organism so that it reaches its usual body size.</go:definition>
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            <go:name>regulation of development, heterochronic</go:name>
            <go:synonym>heterochronic regulation of development</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the timing of events in development with respect to one another.</go:definition>
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            <go:name>regulation of growth rate</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the rate of growth of all or part of an organism.</go:definition>
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            <go:name>regulation of organ size</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of growth of an organ of an organism.</go:definition>
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            <go:name>tip growth</go:name>
            <go:definition>Growth that occurs specifically at the tip of a cell.</go:definition>
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            <go:name>tissue regeneration</go:name>
            <go:synonym>regeneration</go:synonym>
            <go:definition>The regrowth of lost or destroyed tissues.</go:definition>
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            <go:name>insemination</go:name>
            <go:definition>The introduction of semen or sperm into the genital tract of a female.</go:definition>
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            <go:name>sperm competition</go:name>
            <go:definition>Any process that contributes to the success of sperm fertilization in multiply-mated females.</go:definition>
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            <go:name>sperm displacement</go:name>
            <go:definition>The physical displacement of sperm stored from previous mating encounters.</go:definition>
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            <go:name>sperm incapacitation</go:name>
            <go:definition>The process by which the use of stored sperm from the first-mating male is inhibited by the seminal fluid of subsequently mating males.</go:definition>
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            <go:name>sperm storage</go:name>
            <go:definition>The retention of sperm by a female following mating.</go:definition>
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            <go:name>larval development</go:name>
            <go:definition>Development of the larva. The larva is the early, immature form of any animal when more or less of a metamorphosis takes place, before the assumption of the mature shape.</go:definition>
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            <go:name>larval development (sensu Amphibia)</go:name>
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            <go:name>metamorphosis (sensu Amphibia)</go:name>
            <go:definition>A change of shape or structure from one developmental stage of amphibians to another, particularly the rapid post embryonic structural transformation from juvenile to adult form, eg. the transformation from tadpole to frog.</go:definition>
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            <go:name>larval development (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>Development from the newly hatched first-stage larva to the end of the last larval stage (eg. fourth-stage in C. elegans) before molting to adulthood.</go:definition>
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            <go:name>dauer larval development (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>Development of a nematode through the facultative diapause of the dauer (enduring) larval stage, with specialized traits adapted for dispersal and long-term survival, with elevated stress resistance and without feeding.</go:definition>
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            <go:name>dauer entry (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>Entry of a nematode into the facultative diapause of the dauer (enduring) larval stage.</go:definition>
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            <go:name>dauer exit (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>Exit of a nematode from the facultative diapause of the dauer (enduring) larval stage.</go:definition>
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            <go:name>maintenance of dauer (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>Maintenance of a nematode during the facultative diapause of the dauer (enduring) larval stage.</go:definition>
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            <go:definition>Development of the vulva in the nematode larva.</go:definition>
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            <go:name>regulation of vulval development (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of development of the vulva in nematodes.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of vulval development (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of development of the vulva in nematodes.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of vulval development (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of development of the vulva in nematodes.</go:definition>
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            <go:name>larval heart development</go:name>
            <go:definition>Generation and development of the larval heart. In Drosophila the larval heart (dorsal vessel) is a continuous tube of mesodormal cells that runs beneath the dorsal midline of the epidermis, divided into an anterior aorta and a posterior heart proper.</go:definition>
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            <go:name>larval somatic muscle development</go:name>
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            <go:name>larval visceral muscle development</go:name>
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            <go:name>larval/pupal development (sensu Insecta)</go:name>
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            <go:name>larval cuticle biosynthesis (sensu Insecta)</go:name>
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            <go:name>larval fat body development</go:name>
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            <go:name>larval salivary gland determination</go:name>
            <go:definition>Determination in a larval organism of where the salivary gland forms, the total number of salivary gland cells and how many cells are allocated to each of the specialised cell types within the salivary gland.</go:definition>
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            <go:name>regulation of larval salivary gland determination</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of salivary gland determination in a larval organism.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of larval salivary gland determination</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of salivary gland determination in a larval organism.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of larval salivary gland determination</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of salivary gland determination in a larval organism.</go:definition>
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            <go:name>larval salivary gland morphogenesis</go:name>
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            <go:name>morphogenesis of larval imaginal disc epithelium</go:name>
            <go:definition>Formation and development of a larval imaginal disc epithelium.</go:definition>
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            <go:name>establishment and/or maintenance of polarity of larval imaginal disc epithelium</go:name>
            <go:definition>The specification, formation and maintenance of a polarized larval imaginal disc epithelium.</go:definition>
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            <go:name>maintenance of polarity of larval imaginal disc epithelium</go:name>
            <go:definition>The maintenance of an established polarized larval imaginal disc epithelium.</go:definition>
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            <go:name>metamorphosis (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>A change of shape or structure from one developmental stage to another, particularly the rapid post embryonic structural transformation from larva to adult form, as seen in insects.</go:definition>
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            <go:name>ecdysteroid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ecdysteroids, a group of polyhydroxylated ketosteroids ubiquitous in insects and other arthropods, in which they initiate post-embryonic development, including the metamorphosis of immature forms and the development of the reproductive system and the maturation of oocytes in adult females.</go:definition>
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            <go:name>ecdysone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ecdysone, (22R)-2-beta,3-beta,14,22,25-pentahydroxycholest-7-en-6-one, an ecdysteroid found in insects. It is the inactive prohormone of the moulting hormone ecdysterone and may have intrinsic hormonal activity at other stages of insect development.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the metabolism of ecdysteroids, a group of polyhydroxylated ketosteroids which initiate post-embryonic development, including the metamorphosis of immature forms and the development of the reproductive system and the maturation of oocytes in adult females.</go:definition>
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            <go:synonym>cuticle hardening</go:synonym>
            <go:definition>The cross-linking of chitin and other cuticle proteins, rendering them insoluble and hardening the cuticle. This process generally darkens the color of the cuticle.</go:definition>
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            <go:name>adult cuticle pigmentation (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Establishment of the adult pattern of pigmentation in the cuticle of an organism, as in Insecta.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the emergence of an insect from a pupa-case or of a larva from an egg.</go:definition>
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            <go:name>histolysis</go:name>
            <go:definition>The breakdown of tissues; usually, if not always, accompanied by cell death.</go:definition>
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            <go:name>larval midgut histolysis</go:name>
            <go:definition>The stage-specific break down of the larval midgut during Drosophila metamorphosis, to allow replacement of larval structures by tissues and structures that form the adult fly.</go:definition>
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            <go:name>salivary gland histolysis</go:name>
            <go:definition>The stage-specific break down of the larval salivary glands during Drosophila metamorphosis, to allow replacement of larval structures by tissues and structures that form the adult fly.</go:definition>
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            <go:name>imaginal disc morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Morphogenesis of the imaginal discs, epithelial infoldings in the larvae of holometabolous insects that develop into adult appendages (legs, antennae, wings, etc.) during metamorphosis from larval to adult form.</go:definition>
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            <go:name>imaginal disc eversion</go:name>
            <go:definition>The eversion (turning inside out) of imaginal discs from their peripodial sacs, resulting in movement of the epithelium to the outside of the larval epidermis.</go:definition>
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            <go:name>imaginal disc fusion</go:name>
            <go:definition>The process following disc eversion whereby imaginal discs fuse with adjacent disc derivatives to form a continuous adult epidermis.</go:definition>
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            <go:name>imaginal disc fusion, thorax closure</go:name>
            <go:definition>The joining of the parts of the wing imaginal discs, giving rise to the adult thorax.</go:definition>
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            <go:name>pupariation</go:name>
            <go:synonym>puparium formation</go:synonym>
            <go:definition>The onset of prepupal development when the larval stops crawling, everts its spiracles and the larval cuticle becomes the puparium or pupal case that surrounds the organism for the duration of metamorphosis.</go:definition>
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            <go:name>pupation</go:name>
            <go:synonym>head eversion</go:synonym>
            <go:synonym>prepupal-pupal transition</go:synonym>
            <go:definition>The act of becoming a pupa, a resting stage in the life cycle of organisms with complete metamorphosis. This event marks the end of the prepupal period and the beginning of the pupal period.</go:definition>
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            <go:name>regulation of juvenile hormone metabolism</go:name>
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            <go:name>meristem organization</go:name>
            <go:definition>Organization of a region of tissue in a plant that is composed of one or more undifferentiated cells capable of undergoing mitosis and differentiation, thereby effecting growth and development of a plant by giving rise to more meristem or specialized tissue.</go:definition>
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            <go:name>meristem initiation</go:name>
            <go:definition>Initiation of a region of tissue in a plant that is composed of one or more undifferentiated cells capable of undergoing mitosis and differentiation, thereby effecting growth and development of a plant by giving rise to more meristem or specialized tissue.</go:definition>
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            <go:name>morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Developmental processes by which anatomical structures are generated and organized. Morphogenesis pertains to the creation of form.</go:definition>
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            <go:name>body morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of organized structures of the soma.</go:definition>
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            <go:name>post-embryonic body morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of organized structures of the post-embryonic soma.</go:definition>
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            <go:name>branching morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The creation of a division or offshoot from a main stem. Examples in animals would include blood vessels, nerves, lymphatics and other endothelial tubes.</go:definition>
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            <go:name>primary tracheal branching (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Formation of primary branches in the insect tracheal system. These form from small groups of cells that migrate out at specific positions, organizing into tubes as they migrate.</go:definition>
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            <go:name>secondary tracheal branching (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Sprouting of secondary branches in the insect tracheal system. These form from the tips of primary branches and are formed by individual cells that roll up into unicellular tubes.</go:definition>
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            <go:name>terminal branching of trachea, cytoplasmic projection extension (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Formation of terminal branches in the insect tracheal system. These are long cytoplasmic extensions that form fine tubules that transport oxygen directly to the tissues.</go:definition>
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            <go:name>ureteric bud branching</go:name>
            <go:definition>Branching of the ureteric bud.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of an epithelium, a sheet of closely packed cells arranged in one or more layers, that covers the outer surfaces of the body or lines any internal cavity or tube.</go:definition>
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            <go:name>morphogenesis of a polarized epithelium</go:name>
            <go:definition>The morphogenesis of an epithelium where the epithelial sheet is oriented with respect to the planar axis.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of an epithelial sheet.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of an follicular epithelium.</go:definition>
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            <go:name>establishment and/or maintenance of polarity of follicular epithelium</go:name>
            <go:definition>The specification, formation and maintenance of a polarized follicular epithelial sheet.</go:definition>
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            <go:name>anterior/posterior axis determination, follicular epithelium</go:name>
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            <go:name>dorsal/ventral axis determination, follicular epithelium (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Polarization of the follicle cells along the dorsal/ventral axis.</go:definition>
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            <go:name>maternal determination of dorsal/ventral axis, follicular epithelium, germ-line encoded</go:name>
            <go:definition>Polarization of the follicle cells along the dorsal-ventral axis by a gene product encoded by cells of the germ line.</go:definition>
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            <go:name>maternal determination of dorsal/ventral axis, follicular epithelium, soma encoded (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Polarization of the follicle cells along the dorsal-ventral axis by a gene product encoded by somatic cells.</go:definition>
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            <go:definition>The maintenance of an established polarized follicular epithelial sheet.</go:definition>
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            <go:name>female germ-line cyst encapsulation</go:name>
            <go:definition>Formation of a single follicular epithelium around the germ-line derived cells of a cyst formed in the female gonad.</go:definition>
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            <go:name>female germ-line cyst encapsulation (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Formation of a single follicular epithelium around the germ-line derived cells of a cyst formed in the female gonad of an insect.</go:definition>
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            <go:definition>Formation of a single follicular epithelium around the germ-line derived cells of a cyst.</go:definition>
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            <go:name>male germ-line cyst encapsulation</go:name>
            <go:definition>Formation of a single follicular epithelium around the germ-line derived cells of a cyst formed in the male gonad.</go:definition>
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            <go:name>organogenesis</go:name>
            <go:definition>Morphogenesis of a distinct and visibly differentiated part of an organism. Generally, organs perform a special function or functions.</go:definition>
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            <go:name>adrenal gland development</go:name>
            <go:definition>Development of the adrenal gland. This gland is found above each kidney and it made up of an outer wall (cortex) that secretes important steroid hormones and an inner portion (medulla) that produces adrenaline (epinephrine) and noradrenaline (norepinephrine).</go:definition>
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            <go:name>blood vessel development</go:name>
            <go:definition>Development of vasculature carrying blood.</go:definition>
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            <go:name>angiogenesis</go:name>
            <go:definition>Blood vessel formation when new vessels emerge from the proliferation of pre-existing blood vessels.</go:definition>
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            <go:name>regulation of angiogenesis</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of angiogenesis.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of angiogenesis</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of angiogenesis.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of angiogenesis</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases angiogenesis.</go:definition>
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            <go:name>determination of organ boundary</go:name>
            <go:definition>The process of specification of organ primordium boundaries that results in a restriction of organogenesis to a limited domain.</go:definition>
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            <go:name>endosperm development</go:name>
            <go:definition>The formation and development during fertilization of the endosperm, which provides nutrients to the developing embryo.</go:definition>
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            <go:name>eye morphogenesis</go:name>
            <go:synonym>GO:0042460</go:synonym>
            <go:definition>Formation and development of the eye, the organ of sight.</go:definition>
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            <go:name>eye morphogenesis (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the eye of Drosophila, the organ of sight in the fly.</go:definition>
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            <go:name>compound eye morphogenesis (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The stages of eye morphogenesis that are involved in forming the adult eye, a precise assembly of 700-800 ommatidia. Each ommatidia is composed of 20 cells, identified by cell type and position.</go:definition>
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            <go:name>corneal lens formation (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Establishment and development of the Drosophila corneal lens, a chitinous extracellular secretion of the four underlying cone cells and the pigment cells.</go:definition>
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            <go:name>eye pigment granule morphogenesis (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the intracellular pigment storage granules in the Drosophila eye. In the Drosophila eye, the majority of pigment granules are found in the pigment cells. Smaller numbers are found in other cell types including the photoreceptor cells.</go:definition>
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            <go:name>eye photoreceptor pigment granule morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the intracellular pigment storage granules found in the photoreceptor cells of the Drosophila eye.</go:definition>
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            <go:name>mystery cell fate differentiation (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The process by which an undifferentiated cell acquires the features of a mystery cell. The mystery cells are a precluster of cells that emerge from the morphogenetic furrow, normally positioned between R3 and R4. They then disappear into the surrounding pool of undifferentiated cells and have no known fate in the mature ommatidium.</go:definition>
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            <go:name>progression of morphogenetic furrow (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The morphogenetic furrow is a dorsoventral indentation which sweeps anteriorly across the eye disc. Ommatidia begin to form along the furrow, resulting in a graded series of ommatidial development across the anterior/posterior axis of the disc.</go:definition>
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            <go:name>post-embryonic eye morphogenesis (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Post-embryonic morphogenesis of the eye of Drosophila, the organ of sight in the fly.</go:definition>
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            <go:name>Bolwig's organ morphogenesis</go:name>
            <go:synonym>Bolwig's organ development</go:synonym>
            <go:definition>Formation and development of the larval eye in Drosophila, a relatively simple sensory system composed of Bolwig's organs: two clusters, each composed of 12 photoreceptor cells from which axons extend in a single fascicle to the brain.</go:definition>
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            <go:name>optic placode development (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Development of the Drosophila optic placode, following its formation. During embryonic stage 12 the placode starts to invaginate, forming a pouch. Cells that will form Bolwig's organ segregate from the ventral lip of this pouch, remaining in the head epidermis. The remainder of the invagination loses contact with the outer surface and becomes the optic lobe.</go:definition>
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            <go:name>eye morphogenesis (sensu Vertebrata)</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the vertebrate eye.</go:definition>
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            <go:name>post-embryonic eye morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Post-embryonic morphogenesis of the eye, which is the organ of sight.</go:definition>
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            <go:name>gonad development</go:name>
            <go:definition>The development of an animal organ that produces gametes; in some species it also produces hormones.</go:definition>
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            <go:name>luteinization</go:name>
            <go:synonym>luteal phase</go:synonym>
            <go:definition>Differentiation of theca and granulosa cells into luteal cells. Also other processes involved in the formation of a corpus luteum after ovulation.</go:definition>
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            <go:name>uterine wall growth</go:name>
            <go:definition>The regrowth of the endometrium and blood vessels in the uterus following menstruation, resulting from a rise in progesterone levels.</go:definition>
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            <go:name>luteolysis</go:name>
            <go:definition>Regression of ovarian corpora lutea.</go:definition>
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            <go:name>ovarian follicle atresia</go:name>
            <go:definition>Ovarian follicle demise mediated by apoptosis.</go:definition>
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            <go:name>ovarian follicle development</go:name>
            <go:synonym>follicular phase</go:synonym>
            <go:definition>All developmental aspects of all ovarian follicle stages.</go:definition>
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            <go:name>luteinizing hormone signaling pathway</go:name>
            <go:synonym>luteinizing hormone signalling pathway</go:synonym>
            <go:definition>The hormone signaling pathway that is mediated by luteinizing hormone.</go:definition>
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            <go:name>ovarian follicle endowment</go:name>
            <go:definition>Association of oocytes with supporting epithelial granulosa cells to form primordial follicles.</go:definition>
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            <go:name>ovulation (sensu Mammalia)</go:name>
            <go:definition>Processes leading to rupture the of the follicle releasing the central located oocyte.</go:definition>
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            <go:name>ovarian follicle rupture</go:name>
            <go:definition>Disruption of the theca cell layer releasing follicular fluid and/or the oocyte.</go:definition>
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            <go:synonym>dorsal vessel development</go:synonym>
            <go:definition>Development of the heart; a hollow, muscular organ, which, by contracting rhythmically, keeps up the circulation of the blood.</go:definition>
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            <go:name>adult heart development</go:name>
            <go:definition>Generation and development of the heart of a fully developed and mature organism.</go:definition>
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            <go:name>embryonic heart tube development</go:name>
            <go:definition>Generation and development of the embryonic heart tube.</go:definition>
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            <go:name>embryonic heart tube anterior/posterior pattern formation</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of cell differentiation that results in the anterior/posterior subdivision of the embryonic heart tube. In Drosophila this results in subdivision of the dorsal vessel into to the posterior heart proper and the anterior aorta.</go:definition>
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            <go:name>hemopoiesis</go:name>
            <go:synonym>hematopoiesis</go:synonym>
            <go:definition>The process of blood formation, especially the formation of blood cells, occurring mainly in bone marrow.</go:definition>
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            <go:name>histogenesis</go:name>
            <go:definition>The origin and formation of tissues.</go:definition>
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            <go:name>regulation of epidermal differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of epidermal differentiation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of epidermal differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of epidermal differentiation.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of epidermal differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of epidermal differentiation.</go:definition>
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            <go:name>ectoderm/mesoderm interaction</go:name>
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            <go:name>otolith mineralization</go:name>
            <go:definition>Precipitation of calcium carbonate crystals on organic matrices within the otolith primordia and mature otolith.</go:definition>
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            <go:name>vascular tissue histogenesis (sensu Tracheophyta)</go:name>
            <go:definition>The formation of the conducting tissues of a vascular plant.</go:definition>
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            <go:name>phloem histogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation of the principal food-conducting tissue of a vascular plant.</go:definition>
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            <go:name>xylem histogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation of the principal water-conducting tissue of a vascular plant.</go:definition>
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            <go:name>imaginal disc development</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the imaginal discs, epithelial infoldings in the larvae of holometabolous insects that develop into adult appendages (legs, antennae, wings, etc.) during metamorphosis from larval to adult form.</go:definition>
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            <go:definition>Growth of the imaginal discs, epithelial infoldings in the larvae of holometabolous insects that develop into adult appendages (legs, antennae, wings, etc.) during metamorphosis from larval to adult form.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the growth of the imaginal disc.</go:definition>
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            <go:definition>Metamorphosis of the imaginal discs, epithelial infoldings in the larvae of holometabolous insects that develop into adult appendages (legs, antennae, wings, etc.) during metamorphosis from larval to adult form.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and development of the intracellular pigment storage granules found in the photoreceptors of visual organs.</go:definition>
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            <go:definition>Formation of the developmental patterning of the imaginal discs, epithelial infoldings in the larvae of holometabolous insects that develop into adult appendages (legs, antennae, wings, etc.) during metamorphosis from larval to adult form.</go:definition>
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            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the anterior/posterior axis of the imaginal disc. Imaginal discs are epithelial infoldings in the larvae of holometabolous insects that rapidly develop into adult appendages during metamorphosis from larval to adult form.</go:definition>
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            <go:name>anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc</go:name>
            <go:definition>Formation and/or maintenance of a lineage boundary between anterior and posterior compartments that cells cannot cross, thus separating the populations of cells in each compartment.</go:definition>
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            <go:name>dorsal/ventral pattern formation, imaginal disc</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the dorsal/ventral axis of the imaginal disc. Imaginal disks are masses of hypodermic cells, carried by the larvae of some insects after leaving the egg, from which masses the wings and legs of the adult are subsequently formed.</go:definition>
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            <go:definition>Formation and/or maintenance of a lineage boundary between dorsal and ventral compartments that cells cannot cross, thus separating the populations of cells in each compartment.</go:definition>
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            <go:name>wing disc dorsal/ventral pattern formation</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the dorsal/ventral axis of the wing disc, a precursor to the adult wing.</go:definition>
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            <go:name>proximal/distal pattern formation, imaginal disc</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the proximal/distal axis of the imaginal disc. Imaginal disks are masses of hypodermic cells, carried by the larvae of some insects after leaving the egg, from which masses the wings and legs of the adult are subsequently formed.</go:definition>
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            <go:name>leaf morphogenesis</go:name>
            <go:synonym>leaf development</go:synonym>
            <go:definition>Developmental processes by which a leaf is generated and organized.</go:definition>
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            <go:name>lymph gland development</go:name>
            <go:definition>Development of the lymph gland; a small bean-shaped organ made up of a loose meshwork of reticular tissue in which are enmeshed large numbers of lymphocytes, macrophages and accessory cells. Lymph glands are located along the lymphatic system.</go:definition>
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            <go:name>mammary gland development</go:name>
            <go:definition>Development of the mammary gland; a large compound sebaceous gland that in female mammals is modified to secrete milk.</go:definition>
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            <go:name>midgut development</go:name>
            <go:definition>Development of the middle part of the alimentary canal from the stomach, or entrance of the bile duct, to, or including, the large intestine.</go:definition>
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            <go:name>muscle development</go:name>
            <go:definition>Development of an organ consisting of a tissue made up of various elongated cells that are specialized to contract and thus to produce movement and mechanical work.</go:definition>
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            <go:definition>The developmental sequence of events leading to the formation of adult muscle that occurs in the animal and in cultured cells. In vertebrate skeletal muscle the main events are: the fusion of myoblasts to form myotubes that increase in size by further fusion to them of myoblasts, the formation of myofibrils within their cytoplasm and the establishment of functional neuromuscular junctions with motor neurons. At this stage they can be regarded as mature muscle fibers.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of axonogenesis, the generation of an axon, the long process of a neuron.</go:definition>
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            <go:name>central nervous system development</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the central nervous system; the core nervous system, which consists of the brain, spinal cord, and spinal nerves.</go:definition>
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            <go:name>brain development</go:name>
            <go:definition>Formation and development of the brain; one of the two components of the central nervous system, the brain is the center of thought and emotion. It is responsible for the coordination and control of bodily activities and the interpretation of information from the senses (sight, hearing, smell, etc.).</go:definition>
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            <go:name>central complex development</go:name>
            <go:synonym>central body development</go:synonym>
            <go:definition>Development of the central complex region of the insect brain, thought to be crucial for control of locomotive behavior. Located in the middle of the two protocerebral hemispheres, it comprises four neuropilar regions, the fan-shaped body, the ellipsoid body, the protocerebral bridge and the paired noduli. synonym: central body development.</go:definition>
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            <go:name>forebrain development</go:name>
            <go:synonym>prosencephalon development</go:synonym>
            <go:definition>Development of the forebrain, the anterior of the three primary divisions of the developing chordate brain or the corresponding part of the adult brain (in vertebrates, includes especially the cerebral hemispheres, the thalamus, and the hypothalamus and especially in higher vertebrates is the main control center for sensory and associative information processing, visceral functions, and voluntary motor functions).</go:definition>
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            <go:name>hindbrain development</go:name>
            <go:synonym>rhombencephalon development</go:synonym>
            <go:definition>Development of the hindbrain, the posterior division of the three primary divisions of the developing chordate brain or the corresponding part of the adult brain (in vertebrates, includes the cerebellum, pons, and medulla oblongata and controls the autonomic functions and equilibrium).</go:definition>
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            <go:name>midbrain development</go:name>
            <go:synonym>mesencephalon development</go:synonym>
            <go:definition>Development of the midbrain, the middle division of the three primary divisions of the developing chordate brain or the corresponding part of the adult brain (in vertebrates, includes a ventral part containing the cerebral peduncles and a dorsal tectum containing the corpora quadrigemina and that surrounds the aqueduct of Sylvius connecting the third and fourth ventricles).</go:definition>
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            <go:name>mushroom body development</go:name>
            <go:definition>Development of the prominent neuropil structures of the insect central brain, thought to be crucial for olfactory associated learning. They consist mainly of a bulbous calyx and tightly packaged arrays of thin parallel fibers of the Kenyon cells.</go:definition>
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            <go:definition>A process that modulates long-term neuronal synaptic plasticity, the ability of neuronal synapses to change long-term as circumstances require. Long-term neuronal synaptic plasticity generally involves increase or decrease in actual synapse numbers.</go:definition>
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            <go:definition>A process that decreases long-term neuronal synaptic plasticity, the ability of neuronal synapses to change long-term as circumstances require. Long-term neuronal synaptic plasticity generally involves increase or decrease in actual synapse numbers.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity</go:name>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of dendrite morphogenesis, the formation and development of a dendrite, a freely branching protoplasmic process of a nerve cell.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of dendrite morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of dendrite morphogenesis.</go:definition>
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            <go:definition>The growth of neurons to form a bundle or collection of rods, known as a fascicle.</go:definition>
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            <go:name>ion channel clustering</go:name>
            <go:definition>The process by which voltage-gated sodium and potassium become localized to distinct subcellular domains. Specific targeting, clustering, and maintenance of these channels in their respective domains are essential to achieve high conduction velocities of action potential propagation.</go:definition>
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            <go:name>clustering of voltage gated potassium channels</go:name>
            <go:synonym>Kv channel clustering</go:synonym>
            <go:definition>The process by which voltage gated potassium channels become localized together in high densities. In animals, voltage-gated potassium (Kv) channels are clustered beneath the myelin sheath in regions immediately adjacent to paranodes, called juxtaparanodes, and along the inner mesaxon within the internode.</go:definition>
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            <go:name>clustering of voltage gated sodium channels</go:name>
            <go:synonym>Nav channel clustering</go:synonym>
            <go:definition>The process by which voltage gated sodium channels become localized together in high densities. In animals, nodes of Ranvier differ dramatically from internodal axonal regions in very high densities of voltage-dependent sodium (Nav) channels responsible for the rapid, inward ionic currents that produce membrane depolarization.</go:definition>
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            <go:name>nerve maturation</go:name>
            <go:definition>The processes leading to the attainment of full functional capacity of a nascent neuron.</go:definition>
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            <go:name>nerve ensheathment</go:name>
            <go:definition>The processes by which the axon of a neuron is insulated, thereby preventing dispersion of the electrical signal.</go:definition>
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            <go:name>cellular nerve ensheathment</go:name>
            <go:definition>The process by which the axon of a neuron is insulated by nerve ensheathment cells.</go:definition>
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            <go:name>myelination</go:name>
            <go:definition>The process by which myelin is laid down as an insulating layer around the axons of certain nerve cells.</go:definition>
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            <go:name>neuroblast proliferation</go:name>
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            <go:name>neuronal remodeling</go:name>
            <go:definition>The developmentally regulated remodeling of neuronal projections such as pruning to eliminate the extra dendrites and axons projections set up in early stages of nervous system development.</go:definition>
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            <go:name>peripheral nervous system development</go:name>
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            <go:name>sensory organ determination</go:name>
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            <go:name>sex comb development</go:name>
            <go:definition>Establishment, formation and organization of the male specific chaetae located on the prothoracic tarsal segment of the prothoracic leg.</go:definition>
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            <go:name>stomatogastric nervous system development</go:name>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the formation and development of a tooth, any hard calcareous or chitinous organ found in the mouth of various invertebrates and used in feeding or procuring food eg. a mollusk or starfish tooth.</go:definition>
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            <go:synonym>tooth development (sensu Vertebrata)</go:synonym>
            <go:definition>Formation and development of teeth, the hard, bony appendages which are borne on the jaws, or on other bones in the walls of the mouth or pharynx of most vertebrates, and which usually aid in the prehension and mastication of food.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation and development of teeth, the hard, bony appendages which are borne on the jaws, or on other bones in the walls of the mouth or pharynx of most vertebrates.</go:definition>
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            <go:name>lung development</go:name>
            <go:definition>Development of the lungs. In all air-breathing vertebrates the lungs are developed from the ventral wall of the oesophagus as a pouch which divides into two sacs. In amphibians and many reptiles the lungs retain very nearly this primitive sac-like character, but in the higher forms the connection with the oesophagus becomes elongated into the windpipe and the inner walls of the sacs become more and more divided, until, in the mammals, the air spaces become minutely divided into tubes ending in small air cells, in the walls of which the blood circulates in a fine network of capillaries. In mammals the lungs are more or less divided into lobes, and each lung occupies a separate cavity in the thorax.</go:definition>
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            <go:definition>Determination of where the salivary gland forms, the total number of salivary gland cells and how many cells are allocated to each of the specialised cell types within the salivary gland.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of bone or of a bony substance, or the conversion of fibrous tissue or of cartilage into bone or a bony substance.</go:definition>
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            <go:name>specification of organ position</go:name>
            <go:definition>The process by which information that determines the correct position at which organ primordia are formed is generated and perceived resulting in correct positioning of the new organ.</go:definition>
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            <go:name>suspensor development</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the suspensor, the extension at the base of the embryo that anchors the embryo in the embryo sac and pushes it into the endosperm.</go:definition>
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            <go:name>thyroid gland development</go:name>
            <go:definition>Development of the thyroid gland; an endoderm-derived gland that produces thyroid hormone.</go:definition>
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            <go:name>tracheal system development (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Formation and organization of the insect respiratory system, a branched network of epithelial tubes that supplies oxygen to target tissues.</go:definition>
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            <go:name>dorsal trunk growth</go:name>
            <go:definition>Growth of epithelial tubes that originate from tracheal pits and grow towards each other to meet and form a continuous open tube called the dorsal trunk. The dorsal trunk extends from the anterior spiracle to the posterior spiracle of the larva and forms the main airway of the insect tracheal system.</go:definition>
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            <go:name>tracheal liquid clearance</go:name>
            <go:definition>The clearance of liquid from the epithelial tubes of the insect tracheal system, shortly before the emergence of the larva, to generate an air-filled tubule system.</go:definition>
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            <go:name>tracheal outgrowth (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The projection of tracheal branches of the insect respiratory system towards their target tissues.</go:definition>
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            <go:name>urogenital system development</go:name>
            <go:definition>Development of the urogenital system.</go:definition>
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            <go:name>metanephros development</go:name>
            <go:definition>Development of the metanephros, the excretory organ of the fetus which develops into the kidney and is formed from the rear portion of the nephrogenic cord.</go:definition>
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            <go:name>ureteric bud development</go:name>
            <go:definition>Development of the ureteric bud.</go:definition>
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            <go:name>prostate gland development</go:name>
            <go:definition>Development of the prostate gland; a partly muscular, partly glandular body that is situated near the base of the mammalian male urethra and secretes an alkaline viscid fluid which is a major constituent of the ejaculatory fluid.</go:definition>
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            <go:name>post-embryonic morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Morphogenesis of structures after the completion of embryonic development.</go:definition>
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            <go:name>fruit morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of a fruit, a reproductive body of seed plant.</go:definition>
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            <go:name>nodule morphogenesis</go:name>
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            <go:name>photomorphogenesis</go:name>
            <go:definition>The control of plant growth, development, and differentiation by the duration and nature of light, independent of photosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>de-etiolation</go:name>
            <go:definition>The greening response of plants grown in the dark (etiolated) as a result of chloroplast biogenesis and the accumulation of chlorophyll.</go:definition>
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            <go:name>regulation of photomorphogenesis</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the rate or extent of photomorphogenesis.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of photomorphogenesis</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, reduces or prevents photomorphogenesis.</go:definition>
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            <go:name>post-embryonic root morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the root after the embryonic phase has been completed.</go:definition>
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            <go:name>lateral root morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of a root from pericycle cells located on the xylem radius of the root, as opposed to the initiation of the main root from the embryo proper.</go:definition>
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            <go:name>sporocyte morphogenesis</go:name>
            <go:definition>Formation and development of sporocyte, the haploid spores of angiosperms which are initiated by the differentiation of a subset of floral cells into sporocytes, which then undergo meiotic divisions to form microspores and megaspores.</go:definition>
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            <go:name>root morphogenesis</go:name>
            <go:synonym>root development</go:synonym>
            <go:definition>The formation and development of the root, the usually underground part of a seed plant body that originates from the hypocotyl, functions as an organ of absorption, aeration, and food storage or as a means of anchorage and support.</go:definition>
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            <go:name>shoot morphogenesis</go:name>
            <go:synonym>shoot development</go:synonym>
            <go:definition>The formation and development of the shoot, the part of a seed plant body that is usually above ground.</go:definition>
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            <go:name>stomatal complex morphogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and development of the stomatal guard cells and their associated epidermal cells.</go:definition>
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            <go:synonym>pattern formation</go:synonym>
            <go:definition>The processes that result in the patterns of cell differentiation that will arise in an organism.</go:definition>
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            <go:synonym>adaxial/abaxial pattern specification</go:synonym>
            <go:definition>The processes that result in adaxial (adjacent to the stem) / abaxial (away from the stem) pattern formation.</go:definition>
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            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the adaxial (adjacent to the stem) / abaxial (away from the stem) axis in plants.</go:definition>
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            <go:name>anterior/posterior pattern formation</go:name>
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            <go:definition>The processes that result in anterior/posterior pattern formation.</go:definition>
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            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the anterior/posterior axis.</go:definition>
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            <go:definition>The transport to, and maintenance of, bicoid mRNA in its correct position in the oocyte.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent to which bicoid mRNA is established and/or maintained in its correct position in the oocyte.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate at which bicoid mRNA is established and/or maintained in its correct position in the oocyte.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate at which bicoid mRNA is established and/or maintained in its correct position in the oocyte.</go:definition>
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            <go:name>pole plasm assembly</go:name>
            <go:definition>Establishment of the specialized cytoplasm found at the poles of the insect egg. The posterior pole plasm is both necessary and sufficient for the formation of germ cells.</go:definition>
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            <go:definition>The process that leads to the specific localization of proteins to the oocyte pole plasm.</go:definition>
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            <go:name>regulation of oskar mRNA translation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of oskar mRNA translation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of oskar mRNA translation</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate that oskar mRNAs are effectively translated into protein.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of oskar mRNA translation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of oskar mRNA translation.</go:definition>
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            <go:definition>The process that leads to the specific localization of RNA to the oocyte pole plasm.</go:definition>
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            <go:definition>The transport to, and maintenance of, ribosomal RNA in the oocyte pole plasm.</go:definition>
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            <go:definition>The transport to, and maintenance of, small ribosomal RNA in the oocyte pole plasm.</go:definition>
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            <go:name>pole plasm mRNA localization</go:name>
            <go:synonym>pole granule RNA localization</go:synonym>
            <go:definition>The process that leads to the specific localization of mRNA to the oocyte pole plasm.</go:definition>
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            <go:name>establishment of pole plasm mRNA localization</go:name>
            <go:definition>The transport of mRNA to its correct location in the oocyte pole plasm.</go:definition>
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            <go:name>maintenance of pole plasm mRNA localization</go:name>
            <go:definition>Maintenance of mRNA at its correct location in the oocyte pole plasm.</go:definition>
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            <go:name>pole plasm oskar mRNA localization</go:name>
            <go:definition>The transport to, and maintenance of, oskar mRNA in its correct position in the oocyte.</go:definition>
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            <go:name>regulation of pole plasm oskar mRNA localization</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of processes by which oskar mRNA is transported to, and maintained in, its correct position in the oocyte.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of pole plasm oskar mRNA localization</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of pole plasm oskar mRNA localization.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of pole plasm oskar mRNA localization</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of pole plasm oskar mRNA localization.</go:definition>
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            <go:name>polarity specification of anterior/posterior axis</go:name>
            <go:definition>The processes resulting in the establishment of polarity along the anterior/posterior axis.</go:definition>
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            <go:synonym>axis determination</go:synonym>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of a pattern around a line or a set of lines.</go:definition>
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            <go:name>centrolateral axis specification</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the centrolateral axis. In plants, this axis is duplicated and runs from the midrib to the margin of the leaf.</go:definition>
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            <go:name>dorsal/ventral axis specification</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the dorsal/ventral axis.</go:definition>
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            <go:name>oocyte dorsal/ventral axis determination</go:name>
            <go:synonym>GO:0008072</go:synonym>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of the dorsal/ventral axis of the oocyte.</go:definition>
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            <go:name>maternal determination of dorsal/ventral axis, oocyte, germ-line encoded</go:name>
            <go:definition>Polarization of the oocyte along the dorsal-ventral axis, by a gene product encoded by cells of the germ line.</go:definition>
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            <go:name>maternal determination of dorsal/ventral axis, oocyte, germ-line encoded (sensu Insecta)</go:name>
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            <go:name>maternal determination of dorsal/ventral axis, oocyte, soma encoded</go:name>
            <go:definition>Polarization of the oocyte along the dorsal-ventral axis, by a gene product encoded by somatic cells.</go:definition>
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            <go:name>polarity specification of dorsal/ventral axis</go:name>
            <go:definition>The processes resulting in the establishment of polarity along the dorsal/ventral axis.</go:definition>
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            <go:name>oocyte axis determination</go:name>
            <go:definition>The establishment, maintenance and elaboration of an axis in the oocyte.</go:definition>
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            <go:synonym>proximodistal axis specification</go:synonym>
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            <go:definition>The division of embryonic segments into compartments.</go:definition>
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            <go:name>anterior compartment specification</go:name>
            <go:definition>The processes involved in the specification of cell identity in the anterior compartments of the segmented embryo.</go:definition>
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            <go:name>posterior compartment specification</go:name>
            <go:definition>The processes involved in the specification of cell identity in the posterior compartments of the segmented embryo.</go:definition>
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            <go:name>cuticle pattern formation</go:name>
            <go:definition>The processes that give rise to the patterns of cell differentiation that will arise in the cuticle.</go:definition>
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            <go:name>adult cuticle pattern formation (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The processes that give rise to the patterns of cell differentiation that will arise in the adult cuticle, as seen in insects.</go:definition>
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            <go:name>determination of symmetry</go:name>
            <go:definition>The establishment of an organism's body plan or part of an organism such that a similar arrangement in form and relationship of parts around a common axis, or around each side of a plane is created.</go:definition>
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            <go:name>determination of bilateral symmetry</go:name>
            <go:definition>The establishment of an organism's body plan or part of an organism such that a single longitudinal plane can divide it into two mirror images.</go:definition>
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            <go:name>determination of dorsoventral asymmetry</go:name>
            <go:synonym>determination of adaxial/abaxial asymmetry</go:synonym>
            <go:definition>Determination of asymmetry from the dorsal to the ventral side; as, the dorsoventral axis.</go:definition>
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            <go:name>determination of dorsal identity</go:name>
            <go:synonym>determination of adaxial identity</go:synonym>
            <go:definition>Determination of the identity of part of an organism or organ where those parts are of the type that occur in the dorsal region.</go:definition>
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            <go:name>determination of ventral identity</go:name>
            <go:synonym>determination of abaxial identity</go:synonym>
            <go:definition>Determination of the identity of part of an organism or organ where those parts are of the type that occur in the ventral region.</go:definition>
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            <go:name>determination of left/right symmetry</go:name>
            <go:definition>The establishment of an organism's body plan or part of an organism such that the left and right halves are mirror images.</go:definition>
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            <go:name>determination of radial symmetry</go:name>
            <go:definition>The establishment of an organism's body plan or a part of an organism such that it is symmetric around a central axis.</go:definition>
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            <go:name>dorsal/ventral pattern formation</go:name>
            <go:synonym>dorsal/ventral pattern specification</go:synonym>
            <go:definition>The processes that result in dorsal/ventral pattern formation.</go:definition>
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            <go:name>eggshell pattern formation (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The processes that result in the patterns of cell differentiation that will arise in the insect eggshell.</go:definition>
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            <go:name>organ boundary specification</go:name>
            <go:definition>The process by which boundaries between lateral organs and the meristem is established and maintained.</go:definition>
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            <go:name>proximal/distal pattern formation</go:name>
            <go:synonym>proximal/distal pattern specification</go:synonym>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pigment, any general or particular coloring matter in living organisms eg. melanin.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving chlorophyll, any compound of magnesium complexed in a porphyrin (tetrapyrrole) ring and which functions as a photosynthetic pigment.</go:definition>
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            <go:name>melanotic encapsulation of foreign target</go:name>
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            <go:name>regulation of melanization defense response</go:name>
            <go:definition>Any process that affects the rate, extent or location of the melanization defense response during injury or invasion.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of melanization defense response</go:name>
            <go:definition>Any process that reduces the rate or extent of the melanization defense response. This regulation is critical to limit melanization to the site of injury or infection.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of melanization defense response</go:name>
            <go:definition>Any process that increases the rate or extent of the melanization defense response during injury or invasion.</go:definition>
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            <go:name>menstrual cycle</go:name>
            <go:synonym>estrous cycle</go:synonym>
            <go:definition>The type of sexual cycle seen in female mammals, with physiologic changes in the endometrium that recur at regular intervals during the reproductive years.</go:definition>
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            <go:name>menarche</go:name>
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            <go:name>menstruation</go:name>
            <go:definition>The cyclic, physiologic discharge through the vagina of blood and endometrial tissues from the nonpregnant uterus.</go:definition>
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            <go:name>uterine wall breakdown</go:name>
            <go:definition>The sloughing of the endometrium and blood vessels during menstruation that results from a drop in progesterone levels.</go:definition>
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            <go:name>vegetative phase change</go:name>
            <go:definition>The processes involved in the transition of a plant from a juvenile phase of vegetative development to an adult phase of vegetative development.</go:definition>
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            <go:name>regulation of development</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of development, the biological processes specifically aimed at the progression of an organism over time from an initial condition (eg. a zygote, or a young adult) to a later condition (eg. a multicellular animal or an aged adult).</go:definition>
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            <go:name>regulation of gene expression, epigenetic</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of gene expression; the process is mitotically or meiotically heritable, or is stably self-propagated in the cytoplasm of a resting cell, and does not entail a change in DNA sequence.</go:definition>
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            <go:name>DNA methylation</go:name>
            <go:definition>The covalent transfer of a methyl group to either N-6 of adenine or C-5 or N-4 of cytosine.</go:definition>
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            <go:name>DNA methylation during gametogenesis</go:name>
            <go:synonym>de novo DNA methylation</go:synonym>
            <go:definition>The covalent transfer of a methyl group to C-5 of cytosine during gamete generation, when DNA methylation patterns are established.</go:definition>
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            <go:name>dosage compensation</go:name>
            <go:definition>Compensating for the two-fold variation in X:autosome chromosome ratios between sexes by a global activation or inactivation of all, or most of, genes on one or both of the X chromosomes.</go:definition>
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            <go:name>dosage compensation complex assembly</go:name>
            <go:definition>The processes by which the complex that mediates dosage compensation is assembled on one or more X chromosomes.</go:definition>
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            <go:name>dosage compensation complex assembly (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>The process by means of which the dosage compensation complex is assembled on the male X chromosome in Drosophila; the complex of MSL1 and MSL2 proteins forms a pre-complex, the addition of MLE proteins and roX2 RNA forms a primary complex and the addition of the MOF and MSL3 proteins and the roX1 RNA forms the mature complex.</go:definition>
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            <go:name>dosage compensation complex assembly (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>The processes by which the complex that mediates dosage compensation is assembled on both X chromosomes in the monogametic sex, ultimately resulting in a two-fold reduction in transcription from these chromosomes, as described in C. elegans.</go:definition>
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            <go:name>dosage compensation, by hyperactivation of X chromosome</go:name>
            <go:definition>Compensating for the two-fold variation in X-chromosome:autosome ratios between sexes by a global hyperactivation of all, or most of, the genes on the X-chromosome in the heterogametic sex, leading to a two-fold increase in gene expression from this chromosome.</go:definition>
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            <go:name>dosage compensation, by hypoactivation of X chromosome</go:name>
            <go:definition>Compensating for the two-fold variation in X:autosome chromosome ratios between sexes by an inactivation of a proportion of genes on both of the X chromosomes of the XX sex, leading to a decrease, of half, of the levels of gene expression from these chromosomes.</go:definition>
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            <go:name>dosage compensation, by inactivation of X chromosome</go:name>
            <go:definition>Compensating for the two-fold variation in X-chromosome:autosome ratios between sexes by a global inactivation of all, or most of, the genes on one of the X-chromosomes in the XX sex.</go:definition>
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            <go:name>establishment of dosage compensation</go:name>
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            <go:name>maintenance of dosage compensation</go:name>
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            <go:name>imprinting</go:name>
            <go:definition>Heritable alterations in the activity of a gene that depend on whether it passed through the paternal or the maternal germline, but that are not encoded by DNA itself.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of gene expression, epigenetic</go:name>
            <go:definition>Any epigenetic process that stops, prevents or reduces the rate of gene expression.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of protein activity, epigenetic</go:name>
            <go:definition>Any epigenetic process that stops, prevents or reduces the rate of protein activity.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of gene expression, epigenetic</go:name>
            <go:definition>Any epigenetic process that activates or increases the rate of gene expression.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of protein activity, epigenetic</go:name>
            <go:definition>Any epigenetic process that activates or increases the rate of protein activity.</go:definition>
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            <go:name>posttranscriptional gene silencing</go:name>
            <go:synonym>PTGS</go:synonym>
            <go:synonym>cosuppression</go:synonym>
            <go:synonym>quelling</go:synonym>
            <go:definition>Posttranscriptional gene inactivation ('silencing') both of transgenes or dsRNA introduced into a germline, and of the host gene(s) homologous to the transgenes or dsRNA. This silencing is triggered by the introduction of transgenes or double-stranded RNA (dsRNA), and occurs through a specific decrease in the level of mRNA of both host genes and transgenes.</go:definition>
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            <go:name>RNA interference</go:name>
            <go:synonym>RNAi</go:synonym>
            <go:definition>The process by which double-stranded RNAs silence cognate genes.</go:definition>
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            <go:name>RNA interference, production of guide RNAs</go:name>
            <go:definition>Cleavage of double-stranded RNA to form small interfering RNA molecules (siRNAs) of 21-23 nucleotides.</go:definition>
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            <go:name>RNA interference, siRNA loading onto RISC</go:name>
            <go:definition>The transfer of small interfering RNA molecules (siRNAs) from the Dicer family of enzymes that cleave the double-stranded RNA, onto the nuclease-containing RNA-initiated silencing complex (RISC).</go:definition>
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            <go:name>RNA interference, targeting of mRNA for destruction</go:name>
            <go:definition>The process by which small interfering RNAs target cognate mRNA molecules for degradation.</go:definition>
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            <go:name>virus induced gene silencing</go:name>
            <go:synonym>VIGS</go:synonym>
            <go:definition>Specific posttranscriptional gene inactivation ('silencing') both of viral gene(s), and host gene(s) homologous to the viral genes. This silencing is triggered by viral infection, and occurs through a specific decrease in the level of mRNA of both host and viral genes.</go:definition>
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            <go:name>regulation of protein activity, epigenetic</go:name>
            <go:definition>Any heritable epigenetic process that modulates the frequency, rate or extent of protein function by self-perpetuating conformational conversions of normal proteins in healthy cells. This is distinct from, though mechanistically analogous to, disease states associated with prion propagation and amyloidogenesis. A single protein, if it carries a glutamine/asparagine-rich ('prion') domain, can sometimes stably exist in at least two distinct physical states, each associated with a different phenotype; propagation of one of these traits is achieved by a self-perpetuating change in the protein from one form to the other, mediated by conformational changes in the glutamine/asparagine-rich domain. Prion domains are both modular and transferable to other proteins, on which they can confer a heritable epigenetic alteration of function; existing bioinformatics data indicate that they are rare in non-eukarya, but common in eukarya.</go:definition>
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            <go:name>reproduction</go:name>
            <go:synonym>GO:0019952</go:synonym>
            <go:definition>The production by an organism of new individuals that contain some portion of their genetic material inherited from that organism.</go:definition>
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            <go:name>asexual reproduction</go:name>
            <go:definition>The development of a new individual or individuals from either a single cell or from a group of cells in the absence of any sexual process.</go:definition>
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            <go:name>fruiting body formation during asexual reproduction (sensu Fungi)</go:name>
            <go:synonym>haploid fruiting</go:synonym>
            <go:synonym>homokaryotic fruiting</go:synonym>
            <go:synonym>monokaryotic fruiting</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a spore-bearing structure by fungus where spores will arise from asexual reproduction.</go:definition>
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            <go:definition>The union or introduction of genetic information from compatible mating-types that results in a genetically different individual. Conjugation requires direct cellular contact between the organisms.</go:definition>
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            <go:definition>The processes that result in the union of cellular and genetic information from compatible mating-types.</go:definition>
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            <go:synonym>adaptation to mating signal (sensu Fungi)</go:synonym>
            <go:synonym>adaptation to mating signal (sensu Saccharomyces)</go:synonym>
            <go:definition>In organisms that undergo conjugation with cellular fusion, the processes involved in desensitization following exposure to pheromone stimulus that act to down-regulate further stimulation or block initial conjugation responses.</go:definition>
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            <go:synonym>pheromone response (sensu Fungi)</go:synonym>
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            <go:definition>The processes involved in sensing and reacting to pheromone in organisms that undergo conjugation with cellular fusion.</go:definition>
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            <go:name>conjugation without cellular fusion</go:name>
            <go:definition>The processes that result in the mutual exchange and union of only genetic information between compatible mating-types. Conjugation without cellular fusion requires direct cellular contact between the organism without plasma membrane fusion. The organisms involved in conjugation without cellular fusion separate after nuclear exchange.</go:definition>
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            <go:name>adaptation to pheromone during conjugation without cellular fusion</go:name>
            <go:definition>In organisms that undergo conjugation without cellular fusion, the processes involved in desensitization following exposure to pheromone stimulus that act to down-regulate further stimulation or block initial conjugation responses.</go:definition>
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            <go:name>conjugant formation</go:name>
            <go:definition>During conjugation without cellular fusion, the processes involved in pairing complementary mating-types. Localized morphological, cytological, and cytoskeletal changes connect the mating-types without cytoplasmic mixing.</go:definition>
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            <go:name>response to pheromone during conjugation without cellular fusion</go:name>
            <go:definition>The processes involved in sensing and reacting to pheromone in organisms that undergo conjugation without cellular fusion.</go:definition>
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            <go:name>regulation of conjugation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the rate of conjugation, the union or introduction of genetic information from compatible mating-types that results in a genetically different individual.</go:definition>
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            <go:name>fruiting body formation</go:name>
            <go:definition>Formation of a multicellular structure that contains spores.</go:definition>
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            <go:name>fruiting body formation (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>Formation of a spore-bearing structure in a fungus.</go:definition>
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            <go:name>fruiting body formation during sexual reproduction (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>The formation of a spore-bearing structure by fungus where spores will arise from sexual reproduction.</go:definition>
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            <go:name>sexual reproduction</go:name>
            <go:definition>The regular alternation, in the life cycle of haplontic, diplontic and diplohaplontic organisms, of meiosis and fertilization which provides for the production of offspring. In diplontic organisms there is a life cycle in which the products of meiosis behave directly as gametes, fusing to form a zygote from which the diploid, or sexually reproductive polyploid, adult organism will develop. In diplohaplontic organisms a haploid phase (gametophyte) exists in the life cycle between meiosis and fertilization (eg. higher plants, many algae and fungi); the products of meiosis are spores that develop as haploid individuals from which haploid gametes develop to form a diploid zygote; diplohaplontic organisms show an alternation of haploid and diploid generations. In haplontic organisms meiosis occurs in the zygote, giving rise to four haploid cells (eg. many algae and protozoa), only the zygote is diploid and this may form a resistant spore, tiding organisms over hard times.</go:definition>
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            <go:name>fertilization</go:name>
            <go:definition>The union of gametes of opposite sexes during the process of sexual reproduction to form a zygote. It involves the fusion of the gametic nuclei (karyogamy) and cytoplasm (plasmogamy).</go:definition>
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            <go:name>double fertilization (sensu Gnetophyta)</go:name>
            <go:definition>Rudimentary double fertilization where one of the two sperm nuclei from the pollen tube fuses with the egg nucleus to form a 2n zygote, and the other fuses with the ventral canal cell nucleus to form a second zygote, which soon degenerates.</go:definition>
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            <go:name>double fertilization (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>Fertilization where one of the two sperm nuclei from the pollen tube fuses with the egg nucleus to form a 2n zygote, and the other fuses with the two polar nuclei to form the 3n primary endosperm nucleus and then develops into the endosperm. The ploidy level of the 2n zygote and 3n primary endosperm nucleus is determined by the ploidy level of the parents involved.</go:definition>
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            <go:name>fertilization (sensu Animalia)</go:name>
            <go:synonym>zygote formation</go:synonym>
            <go:definition>The union of male and female gametes to form a zygote.</go:definition>
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            <go:name>acrosome reaction</go:name>
            <go:definition>The discharge, by sperm, of a single, anterior secretory granule following their attachment to the zona pellucida surrounding the oocyte.</go:definition>
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            <go:name>centrosomal and pronuclear rotation</go:name>
            <go:definition>The rotation of centrosomes and associated pronuclei in one-cell embryos such as those of Caenorhabditis elegans, occurring as a transition between pronuclear migration and pronuclear fusion.</go:definition>
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            <go:name>egg activation</go:name>
            <go:definition>The process whereby the egg becomes metabolically active, initiates protein and DNA synthesis and undergoes structural changes to its cortex and/or cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>male pronucleus formation</go:name>
            <go:definition>The conversion at fertilization of the inactive sperm nucleus into a male pronucleus with its chromosomes processed for the first zygotic division.</go:definition>
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            <go:name>sperm nuclear envelope removal</go:name>
            <go:definition>Removal of the sperm nuclear envelope, allowing entry of maternal factors into the sperm nucleus.</go:definition>
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            <go:name>penetration of zona pellucida</go:name>
            <go:definition>The infiltration by sperm of the zona pellucida to reach the oocyte. The process involves digestive enzymes from a modified lysosome called the acrosome, situated at the head of the sperm.</go:definition>
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            <go:name>pronuclear migration</go:name>
            <go:definition>The directed movement of the male and female pronuclei towards each other prior to their fusion.</go:definition>
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            <go:name>respiratory burst at fertilization</go:name>
            <go:synonym>metabolic burst at fertilization</go:synonym>
            <go:definition>The phase of elevated metabolic activity, during which oxygen consumption increases, that occurs at fertilization. An enhanced uptake of oxygen leads to the production of hydrogen peroxide (H2O2), superoxide anions and hydroxyl radicals. Capacitation, a necessary prerequisite event to successful fertilization, can be induced by reactive oxygen species in vitro; hydrogen peroxide is used as an extracellular oxidant to cross-link the protective surface envelopes.</go:definition>
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            <go:name>sperm entry</go:name>
            <go:definition>Penetration of the egg shell through the micropyle (a specialized anterior opening in the vitelline envelope) and entry of the entire sperm, including the surrounding plasma membrane and the sperm tail, into the egg cytoplasm. This step in fertilization is seen in Drosophila, where a plasma membrane fusion event between the sperm and the egg does not occur.</go:definition>
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            <go:name>sperm plasma membrane breakdown</go:name>
            <go:definition>The gradual disintegration of the sperm plasma membrane following insemination. This process is seen in Drosophila after entry of the entire sperm, surrounded by its plasma membrane, into the egg.</go:definition>
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            <go:name>sperm-egg recognition</go:name>
            <go:definition>The initial contact step made between the sperm plasma membrane and outer layer of the egg during fertilization.</go:definition>
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            <go:name>binding of sperm to zona pellucida</go:name>
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            <go:name>gametogenesis</go:name>
            <go:definition>The generation, maintenance, and proliferation of gametes.</go:definition>
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            <go:name>female gamete generation</go:name>
            <go:definition>The complete process of formation and maturation of an ovum or female gamete from a primordial female germ cell.</go:definition>
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            <go:name>eggshell formation</go:name>
            <go:definition>Construction of the eggshell, a product of the somatic follicle cell epithelium and a structure that supports the egg in a hostile environment, minimizing water loss whilst allowing gas exchanges essential for embryonic respiration.</go:definition>
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            <go:name>eggshell formation (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The construction of an insect eggshell.</go:definition>
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            <go:name>insect chorion formation</go:name>
            <go:definition>Construction of the chorion portion of the insect egg shell, which comprises the channels for gas exchange.</go:definition>
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            <go:name>chorion gene amplification</go:name>
            <go:definition>Amplification by up to 60-fold of the loci containing the chorion gene clusters. Amplification is necessary for the rapid synthesis of chorion proteins by the follicle cells, and occurs by repeated firing of one or more origins located within each gene cluster.</go:definition>
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            <go:name>dorsal appendage formation</go:name>
            <go:definition>Establishment of the dorsal filaments, elaborate specializations of the chorion that protrude from the anterior end of the egg and facilitate embryonic respiration.</go:definition>
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            <go:name>micropyle formation</go:name>
            <go:definition>Establishment of the micropyle, a single cone-shaped specialization of the chorion that allows sperm entry into the egg prior to fertilization.</go:definition>
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            <go:name>vitelline membrane formation (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Construction of the vitelline membrane portion of an insect egg shell.</go:definition>
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            <go:name>vitelline membrane formation</go:name>
            <go:definition>Construction of the vitelline membrane portion of the egg shell, a rigid structure required to maintain the shape of the egg.</go:definition>
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            <go:name>female gamete generation (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The generation, maintenance, and proliferation of female gametes in flowering plants.</go:definition>
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            <go:name>female gametophyte egg cell differentiation</go:name>
            <go:definition>Differentiation of the haploid egg cell within the plant gametophyte.</go:definition>
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            <go:name>regulation of female gametophyte egg cell differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of female gametophyte egg cell differentiation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of female gametophyte egg cell differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of female gametophyte egg cell differentiation.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of female gametophyte egg cell differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of female gametophyte egg cell differentiation.</go:definition>
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            <go:name>female germ-line cyst formation</go:name>
            <go:definition>Formation of a cluster of germ-line cells, in the female gonad, derived from a single founder cell.</go:definition>
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            <go:name>female germ-line cyst formation (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Formation of a cluster of germ-line cells, in the female gonad of an insect, derived from a single founder cell (cystoblast).</go:definition>
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            <go:name>oocyte construction</go:name>
            <go:definition>The synthesis, deposition, and organization of a cell of an animal ovary that can then undergo meiosis and form an ovum.</go:definition>
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            <go:name>oocyte construction (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The synthesis, deposition, and organization of a cell of an Insect ovary that can then undergo meiosis and form an ovum.</go:definition>
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            <go:name>oogenesis (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The complete process of formation and maturation of an ovum or female gamete from a primordial female germ cell, as seen in insects.</go:definition>
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            <go:name>egg chamber formation (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Construction of a stage-1 egg chamber in the anterior part of the germarium, from the progeny of germ-line and somatic stem cells.</go:definition>
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            <go:name>maintenance of oocyte identity (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The process required to ensure that development of the insect oocyte continues after oocyte specification.</go:definition>
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            <go:name>oocyte positioning</go:name>
            <go:definition>Directed movement of the oocyte, following its specification, from its original central position in the cyst to a posterior position relative to the nurse cells of the egg chamber, and its maintenance in this posterior location. This is the first sign of anterior-posterior asymmetry in the developing egg chamber.</go:definition>
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            <go:name>ovarian ring canal formation</go:name>
            <go:definition>Assembly of the intercellular bridges that connect the germ-line cells of a female cyst.</go:definition>
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            <go:name>egg chamber growth (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Growth of the egg chamber between the time it leaves the germarium and the onset of vitellogenesis. During this time both nurse cells and the oocyte undergo developmental changes including nuclear organization and cytoplasmic growth.</go:definition>
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            <go:name>nurse cell/oocyte transport (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>Transfer of constituents synthesized in the nurse cells to the oocyte, through the ring canals, as the egg chamber is growing.</go:definition>
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            <go:name>nurse cell nucleus anchoring</go:name>
            <go:definition>Attachment of the nurse cell nucleus to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>ovarian ring canal stabilization</go:name>
            <go:definition>Maintenance of the structural integrity of the ring canals connecting the female germ-line cyst.</go:definition>
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            <go:name>ovarian follicle cell development (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The collection of processes that occur during oogenesis involving the ovarian follicle cells, somatic cells which surround the germ cells of an insect ovary.</go:definition>
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            <go:name>border cell delamination</go:name>
            <go:definition>The splitting off of border cells from the anterior epithelium, prior to border cell migration.</go:definition>
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            <go:name>regulation of border cell delamination</go:name>
            <go:definition>Any process that regulates the frequency, rate or extent of border cell delamination.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of border cell delamination</go:name>
            <go:definition>Any process that decreases the frequency, rate or extent of border cell delamination.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of border cell delamination</go:name>
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            <go:name>stalk formation</go:name>
            <go:definition>Differentiation of follicle cells to create the interfollicular stalks that connect the egg chambers of progressive developmental stages.</go:definition>
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            <go:name>oogenesis (sensu Mammalia)</go:name>
            <go:definition>The complete process of formation and maturation of an ovum or female gamete from a primordial female germ cell, as seen in mammals.</go:definition>
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            <go:name>distinct antral spaces stage oogenesis</go:name>
            <go:synonym>mammalian oogenesis stage 7</go:synonym>
            <go:definition>The stage in mammalian oogenesis when the antral spaces become distinct and the first polar body forms.</go:definition>
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            <go:name>double layer follicle stage oogenesis</go:name>
            <go:synonym>mammalian oogenesis stage 4</go:synonym>
            <go:definition>The stage in mammalian oogenesis when a double layer of distinct follicle cells surrounds the oocyte.</go:definition>
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            <go:name>fused antrum stage oogenesis</go:name>
            <go:synonym>mammalian oogenesis stage 8</go:synonym>
            <go:definition>The stage in mammalian oogenesis when the antral spaces fuse to form a single antral space. The oocyte is suspended in the cumulus oophorous and the first polar body in the perivitelline space.</go:definition>
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            <go:name>mature follicle stage oogenesis</go:name>
            <go:synonym>mammalian oogenesis stage 9</go:synonym>
            <go:definition>The stage in mammalian oogenesis when the antrum is swollen with follicular fluid. The ovum is ready to erupt from the ovary and is arrested at metaphase of the second meiotic division.</go:definition>
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            <go:name>multi-layer follicle stage oogenesis</go:name>
            <go:synonym>mammalian oogenesis stage 5</go:synonym>
            <go:definition>The stage in mammalian oogenesis when many layers of follicle cells surround the oocyte. There is a yolk nucleus (Balbiani's Body) near the germinal vesicle.</go:definition>
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            <go:name>oogonium stage oogenesis</go:name>
            <go:synonym>mammalian oogenesis stage 1</go:synonym>
            <go:definition>The stage in mammalian oogenesis when the primordial germ cell is hardly distinguishable from other cortical cells of the ovary.</go:definition>
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            <go:name>primary follicle stage oogenesis</go:name>
            <go:synonym>mammalian oogenesis stage 3</go:synonym>
            <go:definition>The stage in mammalian oogenesis when a single layer of cuboidal follicle cells surrounds the oocyte. The oocyte nucleus is large.</go:definition>
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            <go:name>primary oocyte stage oogenesis</go:name>
            <go:synonym>mammalian oogenesis stage 2</go:synonym>
            <go:definition>The stage in mammalian oogenesis when the oocyte has a nucleus slightly larger than those of the adjacent cells and is surrounded by a layer of loose squamous epithelial cells.</go:definition>
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            <go:name>scattered antral spaces stage oogenesis</go:name>
            <go:synonym>mammalian oogenesis stage 6</go:synonym>
            <go:definition>The stage in mammalian oogenesis when antral spaces begin to form in the follicle cells. Mitochondria form centers for yolk concentration.</go:definition>
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            <go:name>ovulation</go:name>
            <go:definition>The release of a mature ovum from an ovary.</go:definition>
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            <go:name>vitellogenesis</go:name>
            <go:definition>The production of yolk.</go:definition>
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            <go:name>gamete generation (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The generation, maintenance, and proliferation of gametes in flowering plants.</go:definition>
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            <go:name>female gametophyte development</go:name>
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            <go:synonym>megagametogenesis</go:synonym>
            <go:definition>The development of the haploid megaspores into the female gametophyte (embryo sac).</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of antipodal cell differentiation.</go:definition>
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            <go:name>megagametophyte nuclear division</go:name>
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            <go:name>polar nuclei fusion</go:name>
            <go:definition>The merging of the polar nuclei, the two nuclei contained within the same cell that are created from the mitotic division of the megaspore during angiosperm reproduction. Polar nuclear fusion takes place in the ovule, forming in the fusion nucleus and giving rise to the endosperm when fertilized.</go:definition>
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            <go:name>regulation of synergid cell differentiation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of synergid cell differentiation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of synergid cell differentiation</go:name>
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            <go:synonym>pollen development</go:synonym>
            <go:definition>The generation, maintenance, and proliferation of female gametes in flowering plants.</go:definition>
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            <go:definition>Differentiation of the haploid sperm cell within the plant gametophyte.</go:definition>
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            <go:name>pollen maturation</go:name>
            <go:definition>The final stages of microgametogenesis after the trinucleate stage has been reached resulting in viable pollen grains.</go:definition>
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            <go:name>germ-cell development</go:name>
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            <go:name>germ-line cyst formation</go:name>
            <go:definition>Formation of a cluster of germ-line cells derived from a single founder cell.</go:definition>
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            <go:name>male germ-line cyst formation</go:name>
            <go:definition>Formation of a cluster of germ-line cells, in the male gonad of an insect, derived from a single founder cell (cystoblast).</go:definition>
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            <go:name>spermatocyte cell division</go:name>
            <go:definition>The meiotic divisions undergone by the primary and secondary spermatocytes to produce a cyst of haploid spermatids.</go:definition>
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            <go:name>male gamete generation</go:name>
            <go:definition>Generation of the male gamete; specialised haploid cells produced by meiosis and involved in sexual reproduction.</go:definition>
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            <go:name>spermatogenesis</go:name>
            <go:definition>The process of formation of spermatozoa, including spermatocytogenesis and spermiogenesis.</go:definition>
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            <go:name>primary spermatocyte growth</go:name>
            <go:definition>The phase of growth and gene expression that male germ cells undergo as they enter the spermatocyte stage. The cells grow in volume and transcribe most of the gene products needed for the morphological events that follow meiosis.</go:definition>
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            <go:name>testicular ring canal formation</go:name>
            <go:definition>Formation of the intercellular bridges that connect the germ-line cells of a male cyst.</go:definition>
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            <go:name>pole cell formation</go:name>
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            <go:name>gametophyte development</go:name>
            <go:synonym>gametogenesis (sensu Magnoliophyta)</go:synonym>
            <go:definition>Development of the gamete-producing individual or phase in the life cycle of a plant having alternation of generations.</go:definition>
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            <go:name>ripening</go:name>
            <go:definition>The series of events causing changes in one or more characteristics of a fruit (color, aroma, flavor, texture, hardness, cell wall structure) to make it more attractive to animals and/or aid in seed dispersal.</go:definition>
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            <go:name>ripening, climacteric</go:name>
            <go:definition>A ripening process that involves a burst of respiration and ethylene evolution at the onset.</go:definition>
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            <go:name>ripening, non-climacteric</go:name>
            <go:definition>A ripening process that does not involve a respiratory burst.</go:definition>
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            <go:name>sex determination</go:name>
            <go:definition>Any process that establishes and transmits the specification of sexual status of an individual organism.</go:definition>
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                <go:reference>14.04.03.03 pheromone response, mating-type determination, sex-specific proteins &gt; GO:pheromone response ; GO:0019236</go:reference>
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            <go:definition>The specification of female sex of an individual organism.</go:definition>
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            <go:name>germ-line sex determination</go:name>
            <go:definition>The determination of sex and sexual phenotype in an organism's germ-line.</go:definition>
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            <go:name>germ-line processes downstream of sex determination signal</go:name>
            <go:definition>The events determining the germ-line sexual phenotype after the initial transmission of that phenotype to germ-line-specific information pathways.</go:definition>
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            <go:name>feminization of hermaphroditic germ-line (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>The determination of female sex and sexual phenotype in the germ-line of hermaphroditic nematodes such as Caenorhabditis elegans, Caenorhabditis briggsae, and Oscheius tipulae.</go:definition>
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            <go:name>masculinization of hermaphroditic germ-line (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>The determination of male sex and sexual phenotype in the germ-line of hermaphroditic nematodes such as Caenorhabditis elegans, Caenorhabditis briggsae, and Oscheius tipulae.</go:definition>
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            <go:name>primary sex determination, germ-line</go:name>
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            <go:name>gene conversion at MAT locus</go:name>
            <go:definition>The conversion of the mating-type locus from one allele to another resulting from the recombinational repair of a site-specific double-strand break at the mating-type locus with information from a silent donor sequence. There is no reciprocal exchange of information because the mating-type locus copies information from the donor sequence and the donor sequence remains unchanged.</go:definition>
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            <go:name>DNA double-strand break processing</go:name>
            <go:definition>The 5' to 3' exonucleolytic resection of the DNA at the site of the break to form a 3' single-strand DNA overhang.</go:definition>
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            <go:name>DNA recombinase assembly</go:name>
            <go:definition>The assembly of strand exchange proteins (recombinases) into higher order oligomers on single-stranded DNA.</go:definition>
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            <go:name>gene conversion at MAT locus, DNA double-strand break formation</go:name>
            <go:definition>The site-specific endonucleolytic cleavage of DNA at the mating-type locus which initiates the conversion of one mating-type allele to another.</go:definition>
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            <go:name>gene conversion at MAT locus, DNA repair synthesis</go:name>
            <go:definition>Synthesis of DNA that proceeds from the broken 3' single-strand DNA end uses the homologous intact duplex as the template during gene conversion at the MAT locus.</go:definition>
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            <go:name>heteroduplex formation</go:name>
            <go:definition>The formation of a stable duplex DNA that contains one strand from each of the two recombining DNA molecules.</go:definition>
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            <go:name>removal of nonhomologous ends</go:name>
            <go:definition>The removal of nonhomologous sequences at the broken 3' single-strand DNA end before DNA repair synthesis can occur.</go:definition>
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            <go:name>strand invasion</go:name>
            <go:synonym>D-loop formation</go:synonym>
            <go:definition>The process in which the nucleoprotein complex (composed of the broken single-strand DNA and the recombinase) searches and identifies a region of homology in intact duplex DNA. The broken single-strand DNA displaces the like strand and forms Watson-Crick base pairs with its complement, forming a duplex in which each strand is from one of the two recombining DNA molecules.</go:definition>
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            <go:name>regulation of transcription, mating-type specific</go:name>
            <go:synonym>mating-type specific transcriptional control</go:synonym>
            <go:definition>Any mating-type specific process that modulates the frequency, rate or extent of transcription.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of transcription, mating-type specific</go:name>
            <go:definition>Any mating-type specific process that stops, prevents or reduces the rate of transcription.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of transcription, mating-type specific</go:name>
            <go:definition>Any mating-type specific process that activates or increases the rate of transcription.</go:definition>
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            <go:name>primary sex determination</go:name>
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            <go:name>primary sex determination, soma</go:name>
            <go:definition>The transmission of information about sexual status from the initial, general, determination to signals specific to the soma.</go:definition>
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            <go:name>sex determination, establishment of X:A ratio</go:name>
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            <go:name>sex determination, primary response to X:A ratio</go:name>
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            <go:name>processes downstream of sex determination signal</go:name>
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            <go:name>somatic processes downstream of sex determination signal</go:name>
            <go:definition>The events determining the somatic sexual phenotype after the initial transmission of that phenotype to soma-specific information pathways.</go:definition>
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            <go:name>somatic sex determination</go:name>
            <go:definition>The determination of sex and sexual phenotypes in an organism's soma.</go:definition>
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            <go:name>hermaphrodite somatic sex determination</go:name>
            <go:definition>The determination of sex and sexual phenotypes in a hermaphroditic organism's soma.</go:definition>
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            <go:name>hermaphrodite somatic sex determination (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>The determination of sex and sexual phenotypes in a hermaphroditic nematode's soma.</go:definition>
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            <go:name>feminization of hermaphrodite soma (sensu Nematoda)</go:name>
            <go:definition>Promotion of female sex and sexual phenotypes in the hermaphroditic nematode soma.</go:definition>
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            <go:definition>Promotion of male sex and sexual phenotypes in the hermaphroditic nematode soma.</go:definition>
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            <go:definition>The establishment of the primary sexual characteristics, the testes in males and the ovaries in females, in response to sex hormone secretion.</go:definition>
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            <go:definition>The establishment of the primary male sexual characteristics, the testes, in response to sex hormone secretion.</go:definition>
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            <go:name>development of secondary sexual characteristics</go:name>
            <go:definition>The differentiation of secondary sexual features in response to sex hormone secretion. In humans, this includes growth of axillary, chest, and pubic hair, voice changes, testicular/penile enlargement, breast development and menstrual periods.</go:definition>
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            <go:definition>The differentiation of secondary sexual features in response to sex hormone secretion. In female humans, this includes growth of axillary and pubic hair, breast development and menstrual periods.</go:definition>
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            <go:name>thelarche</go:name>
            <go:definition>The beginning of development of the breasts in the female.</go:definition>
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            <go:definition>The differentiation of secondary sexual features in response to sex hormone secretion. In male humans, this includes growth of axillary, chest, and pubic hair, voice changes, and testicular/penile enlargement.</go:definition>
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            <go:name>female sex differentiation</go:name>
            <go:definition>The establishment of the sex of a female organism by physical differentiation.</go:definition>
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            <go:definition>The establishment of the sex of a male organism by physical differentiation.</go:definition>
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            <go:name>stem cell maintenance</go:name>
            <go:definition>The process by which an organism retains a population of stem cells, preventing the commitment of all stem cell progeny to a differentiated cell fate.</go:definition>
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            <go:name>germ-line stem cell maintenance</go:name>
            <go:definition>The processes involved in preventing uncommitted germ-line stem cells from differentiating as another cell type.</go:definition>
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            <go:name>somatic stem cell maintenance</go:name>
            <go:definition>The process by which an organism retains a population of somatic stem cells, undifferentiated cells in the embryo or adult which can undergo unlimited division and give rise to cell types of the body other than those of the germ-line.</go:definition>
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            <go:name>obsolete biological process</go:name>
            <go:definition>These are terms that have been removed from the active process ontology.</go:definition>
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            <go:name>2,4,5-trichlorophenoxyacetic acid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 2,4,5-trichlorophenoxyacetic acid, a chlorinated aromatic compound widely used as a herbicide.</go:definition>
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            <go:name>2,4,6-trinitrotoluene biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 2,4,6-trinitrotoluene, 1-methyl-2,4,6-trinitrobenzene.</go:definition>
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            <go:name>2,4-dichlorobenzoate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 2,4-dichlorobenzoate, a chlorinated aromatic compound which is a key intermediate in the aerobic degradation of polychlorinated biphenyls (PCBs).</go:definition>
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            <go:name>2,4-dichlorophenoxyacetic acid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid, a chlorinated phenoxy compound which functions as a systemic herbicide and is used to control many types of broadleaf weeds.</go:definition>
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            <go:name>2-aminobenzenesulfonate biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>2-aminobenzenesulphonate biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 2-aminobenzenesulfonate, an aromatic sulfonate used in organic synthesis and in the manufacture of various dyes and medicines.</go:definition>
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            <go:name>2-chloro-N-isopropylacetanilide biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 2-chloro-N-isopropylacetanilide, an acylanide herbicide widely used to protect corn, onion, cabbage, rose bushes, and ornamental plants.</go:definition>
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            <go:name>2-nitropropane biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 2-nitropropane, a clear, colorless liquid with a mild, fruity odor.</go:definition>
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            <go:name>3'-splice site cleavage, exon ligation</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxyphenylacetate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 3-hydroxyphenylacetate, 1,3-benzenediol monoacetate, also known as resorcinol monoacetate.</go:definition>
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            <go:name>4-nitrophenol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 4-nitrophenol, a nitroaromatic compound which is used in the production of dyes, leather treatment agents, fungicides and as an intermediate in the production of the insecticide parathion.</go:definition>
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            <go:name>4-nitrotoluene biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>4NT biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 4-nitrotoluene, 1-methyl-4-nitrobenzene.</go:definition>
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            <go:name>4-toluenecarboxylate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 4-toluenecarboxylate, 4-methylbenzenecarboxylate, the anion of carboxylic acid attached to a methylbenzene molecule.</go:definition>
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            <go:name>6-hydroxycineole biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>6-endo-hydroxycineole biosynthesis</go:synonym>
            <go:synonym>hydroxycineol biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 6-hydroxycineole (6-hydroxy-1,8-epoxy-p-menthane), a hydrocarbon with the formula C10H18O2.</go:definition>
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            <go:name>acetate to acetyl-CoA</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>adult behavior (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Behavior (GO:0007610) in a fully developed and mature organism, as seen in insects.</go:definition>
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            <go:name>adult eye photoreceptor development (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Development of a photoreceptor, a receptor that responds to light, in the adult Drosophila eye.</go:definition>
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            <go:name>adult feeding behavior (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Feeding behavior in a fully developed and mature organism, as described in insects.</go:definition>
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            <go:name>age dependent accumulation of genetic damage</go:name>
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            <go:name>age dependent decreased translational activity</go:name>
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            <go:name>age dependent increased protein content</go:name>
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            <go:name>age-dependent yeast cell size increase</go:name>
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            <go:name>aging dependent sterility (sensu Fungi)</go:name>
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            <go:name>aging dependent sterility (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A haploid's inability to mate due to the loss of silencing at the mating-type loci, resulting in expression of both of the normally silent mating-type cassettes.</go:definition>
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            <go:name>alanine racemization</go:name>
            <go:synonym>GO:0018368</go:synonym>
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            <go:name>allantoin/allantoate transport</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>alpha-factor export</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The directed movement of alpha-factor, one of the two yeast mating factors, out of a cell.</go:definition>
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            <go:name>aminoacyl-tRNA hydrolase reaction</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Hydrolysis of the peptidyl-tRNA by aminoacyl-tRNA hydrolase upon termination of translation. Analogous to usual peptidyl transfer during elongation, except that the acceptor is H2O instead of an aminoacyl-tRNA.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic 2,4,6-trinitrotoluene biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of 2,4,6-trinitrotoluene, 1-methyl-2,4,6-trinitrobenzene, a highly explosive pale yellow crystalline solid, in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic toluene biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of toluene, a volatile monoaromatic hydrocarbon found in crude petroleum and petroleum products, in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>anaphylaxis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Extreme immunological sensitivity of the body or tissues to the reintroduction of an antigen. It is a form of anamnestic reaction and is accompanied by pathological changes in tissues or organs due to the release of pharmacologically active substances.</go:definition>
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            <go:name>antibiotic susceptibility/resistance</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>antiport</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The process of coupled solute translocation in which two solutes equilibrate across an osmotic barrier, the translocation of solute being coupled to the translocation of the other in the opposite direction.</go:definition>
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            <go:name>arsenate sensitivity/resistance</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>AT binding</go:name>
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            <go:name>autophagic death (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>autophagic death (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. This process is a type of programmed cell death pathway similar to apoptosis and necrosis observed in multicellular organisms. It is characterized by cellular enlargement (necrosis) and presence of many autophagic bodies along with degradation of cellular components (nucleus, Golgi, ER), protein, DNA and RNA.</go:definition>
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            <go:name>carbazole biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of carbazole, a heterocyclic aromatic compound containing a dibenzopyrrole system that is produced during coal gasification and is present in cigarette smoke. Coal tar produced at high temperature contains an average of 1.5% carbazole. It is used widely in synthesis of dyes, pharmaceuticals, and plastics and is a suspected carcinogen.</go:definition>
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            <go:synonym>hydroperoxidase reaction</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The processes involved in the induction or activation of catalase, an enzyme that catalyzes the conversion of H2O2 into H2O.</go:definition>
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            <go:name>cell aging (sensu Fungi)</go:name>
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            <go:definition>OBSOLETE. Process associated with continued cell division (budding) by the mother cell. Age is often measured by counting the number of bud scars on the cell.</go:definition>
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            <go:synonym>mechanochemical coupling</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The conversion of chemical energy into mechanical work (as in the contraction of a muscle).</go:definition>
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            <go:name>cresol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of cresol, a mixture of the aromatic alcohol isoforms o-, p-, and m-cresol, which is obtained from coal tar or petroleum. The isomers are used as disinfectants, textile scouring agents, surfactants and as intermediates in the manufacture of salicylaldehyde, coumarin, and herbicides as well as being a major component of creosote.</go:definition>
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            <go:synonym>cell division</go:synonym>
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            <go:name>double-strand break repair via homologous recombination</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The repair of a double strand break by breakage of two homologous duplex DNA molecules and strand exchange. Joining of the free ends is mediated by a DNA-protein kinase in a process that also protects the ends from nucleolytic attack. The free ends of the DNA then undergo ligation.</go:definition>
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            <go:name>embryogenesis and morphogenesis</go:name>
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            <go:name>fluorene biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The synthesis from simpler components of fluorene, a tricyclic polycyclic aromatic hydrocarbon containing a five-membered ring. It is a major component of fossil fuels and their derivatives and is also a by-product of coal-conversion and energy-related industries. It is commonly found in vehicle exhaust emissions, crude oils, motor oils, coal and oil combustion products, waste incineration, and industrial effluents.</go:definition>
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            <go:name>freezing tolerance</go:name>
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            <go:name>gallstone formation</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation of gallstones, hard, crystal-like accretions of cholesterol and bile pigments which develop when bile contains too much cholesterol and not enough bile.</go:definition>
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            <go:name>glutamate biosynthesis, using glutamate dehydrogenase (NAD(P)+)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of glutamate, catalyzed by the enzyme glutamate dehydrogenase (NADP+).</go:definition>
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            <go:name>glutamate biosynthesis, using glutamate synthase (NADPH)</go:name>
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            <go:name>glutathione conjugation reaction</go:name>
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            <go:name>GPI/GSI anchor biosynthesis</go:name>
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            <go:name>GPI/GSI anchor metabolism</go:name>
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            <go:name>heavy metal chelation</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The strong but reversible binding of a heavy metal ion by a larger molecule such as protein.</go:definition>
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            <go:name>heavy metal ion homeostasis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Regulation of the levels, transport, and metabolism of ions of a heavy metal, a metal that can form a coordination bond with a protein, as opposed to an alkali or alkaline-earth metal that can only form an ionic bond; this definition includes the following biologically relevant heavy metals: Cd, Co, Cu, Fe, Hg, Mn, Mo, Ni, V, W, Zn.</go:definition>
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            <go:name>heavy metal ion transport</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The directed movement of heavy metal ions into, out of, within or between cells. Heavy metals are those that can form a coordination bond with a protein, as opposed to an alkali or alkaline-earth metal that can only form an ionic bond; this definition includes the following biologically relevant heavy metals: Cd, Co, Cu, Fe, Hg, Mn, Mo, Ni, V, W, Zn.</go:definition>
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            <go:name>herbicide susceptibility/resistance</go:name>
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            <go:name>histogenesis and organogenesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The generation of organized tissues or of whole organs.</go:definition>
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            <go:name>holin</go:name>
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            <go:definition>OBSOLETE. Downregulation of MAP kinase activity in the context of transduction of mating pheromone signal, as described for Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Downregulation of MAP kinase activity in the context of regulating pseudohyphal or invasive growth.</go:definition>
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            <go:name>induction of apoptosis by p53</go:name>
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            <go:name>inositol phospholipid-mediated signaling</go:name>
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            <go:name>invasive growth</go:name>
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            <go:name>iron incorporation into iron-sulfur cluster via hexakis-L-cysteinyl hexairon hexasulfide</go:name>
            <go:synonym>iron incorporation into iron-sulphur cluster via hexakis-L-cysteinyl hexairon hexasulphide</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The incorporation of iron into a 6Fe-6S cluster by hexakis-L-cysteinyl hexairon hexasulfide.</go:definition>
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            <go:name>iron incorporation into iron-sulfur cluster via tris-L-cysteinyl triiron trisulfide</go:name>
            <go:synonym>iron incorporation into iron-sulphur cluster via tris-L-cysteinyl triiron trisulphide</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The incorporation of iron into a 3Fe-3S iron-sulfur cluster via tris-L-cysteinyl triiron trisulfide. The three-iron three-sulfur cluster probably does not exist except as an intermediate form.</go:definition>
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            <go:name>juvenile hormone binding</go:name>
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            <go:name>karyogamy</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The fusion of nuclei or nuclear material that occurs during sexual reproduction. In S. cerevisiae, karyogamy consists of at least two distinct processes: one is the congression of two nuclei and the other is the fusion of nuclear envelopes of juxtaposed nuclei.</go:definition>
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            <go:name>killer activity</go:name>
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            <go:name>lactose hydrolysis</go:name>
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            <go:name>lariat formation, 5'-splice site cleavage</go:name>
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            <go:name>larval behavior (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>larval behavior (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Behavior (GO:0007610) in a larval form of an organism, an immature organism that must undergo metamorphosis to assume adult characteristics, as seen in insects.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. Feeding behavior (GO:0007631) in an insect larva.</go:definition>
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            <go:name>lytic viral life cycle</go:name>
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            <go:name>m-cresol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of m-cresol (3-hydroxytoluene), the meta-isoform of cresol.</go:definition>
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            <go:synonym>meta-xylene biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of m-xylene, 1,3-dimethylbenzene, a colorless, liquid aromatic hydrocarbon.</go:definition>
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            <go:name>MAPKKK cascade (mating sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. MAPKKK cascade involved in transducing mating pheromone signal in a fungus.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. MAPKKK cascade involved in transduction of signal promoting pseudohyphal or invasive growth.</go:definition>
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            <go:name>MATa1 (A1) pre-mRNA splicing</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>methionine and threonine metabolism</go:name>
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            <go:name>methyl ethyl ketone biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of methyl ethyl ketone, a clear, colorless liquid with a fragrant, mint-like odor. It is used as a solvent and in making plastics, textiles and paints.</go:definition>
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            <go:name>microtubule depolymerization during nuclear congression</go:name>
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            <go:name>mitochondrial translocation</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The translocation of proteins across the mitochondrial membrane. In the presence of a translocating chain, the outer membrane import machinery (MOM complex) and the inner membrane import machinery (MIM complex) form translocation contact sites as a part of the membrane preprotein import machinery.</go:definition>
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            <go:name>mitotic sister-chromatid adhesion release</go:name>
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            <go:name>mRNA splicing</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The process in which excision of introns from the primary transcript of messenger RNA (mRNA) is followed by ligation of the two exon termini exposed by removal of each intron, so that mRNA consisting only of the joined exons is produced.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of actin polymerization and/or depolymerization</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that stops, prevents or reduces the rate of actin polymerization and/or depolymerization.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of calcium in ER</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that reduces the concentration of calcium in the ER.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of crystal formation</go:name>
            <go:synonym>negative regulation of mineralization</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that stops, prevents or reduces the rate of the spontaneous (nonenzymatic) formation of crystals in a solution, for example, calcium oxalate crystals in urine.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of cytoskeleton</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that stops, prevents or reduces the rate of the organization, biogenesis or maintenance of the cytoskeleton.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of intermediate filament polymerization and/or depolymerization</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that stops, prevents or reduces the rate of intermediate filament polymerization and/or depolymerization.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of recombination within rDNA repeats</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that stops, prevents or reduces the rate of genetic recombination within the DNA of the genes coding for ribosomal RNA.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of transcription of homeotic gene (Polycomb group)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that stops, prevents or reduces the rate of transcription of homeotic genes of the Polycomb group.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of transcription of homeotic gene (trithorax group)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that stops, prevents or reduces the rate of transcription of homeotic genes of the trithorax group.</go:definition>
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            <go:name>neurotransmitter biosynthesis and storage</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of neurotransmitters and the storage of the synthesized molecules.</go:definition>
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            <go:name>nitrotoluene biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of nitrotoluene, any methylbenzene molecule with NO2 group(s) attached.</go:definition>
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            <go:name>nuclear fusion during karyogamy</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The fusion of two haploid nuclei to form a single diploid nucleus, as seen in the yeast mating process.</go:definition>
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            <go:name>nuclear translocation of Hog1</go:name>
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            <go:name>nuclear translocation of MAPK (mating sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>nuclear translocation of MAPK (mating sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Movement of a MAP kinase to the nucleus in the context of transduction of mating pheromone signal, as described for Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>nuclear translocation of MAPK (pseudohyphal growth)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Movement of a MAP kinase to the nucleus in the context of regulating pseudohyphal or invasive growth.</go:definition>
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            <go:name>nucleolar fragmentation (sensu Saccharomyces)</go:name>
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            <go:name>nucleolar size increase</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The process of nucleolar expansion.</go:definition>
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            <go:name>nucleolar size increase (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The process of nucleolar expansion, as seen in Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>o-xylene biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>ortho-xylene biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of o-xylene, (1,2-dimethylbenzene) a colorless, liquid aromatic hydrocarbon.</go:definition>
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            <go:name>oncogenesis</go:name>
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            <go:name>organophosphorous resistance</go:name>
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            <go:name>organophosphorous susceptibility/resistance</go:name>
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            <go:name>other pathways of electron transport</go:name>
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            <go:name>p-xylene biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>para-xylene biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of p-xylene (1,4-dimethylbenzene), a colorless, liquid aromatic hydrocarbon.</go:definition>
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            <go:name>passive proton transport, down the electrochemical gradient</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The passive movement of protons from areas of high proton concentration and electrical potential to areas where concentration and electrical potential are low.</go:definition>
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            <go:name>pentachlorophenol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of pentachlorophenol, a chlorinated insecticide and fungicide used primarily to protect timber from fungal rot and wood boring insects. Pentachlorophenol is significantly toxic to mammals, plants, and many microorganisms.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-aspartic acid/asparagine hydroxylation</go:name>
            <go:synonym>aspartic acid/asparagine hydroxylation</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The hydroxylation of peptidyl-aspartic acid or asparagine.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-prolyl isomerase B reaction</go:name>
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            <go:name>peroxidase reaction</go:name>
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            <go:name>phenanthrene biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of phenanthrene, a tricyclic aromatic hydrocarbon.</go:definition>
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            <go:name>pheromone catabolism</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The breakdown into simpler components of a pheromone, a substance, or characteristic mixture of substances, that is secreted and released by an organism and detected by a second organism of the same or a closely related species, in which it causes a specific reaction, such as a definite behavioral reaction or a developmental process.</go:definition>
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            <go:name>pheromone catabolism (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The breakdown, by Saccharomyces, into simpler components of a pheromone, a substance, or characteristic mixture of substances, that is secreted and released by an organism and detected by a second organism of the same or a closely related species, in which it causes a specific reaction, such as a definite behavioral reaction or a developmental process.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate hydrolysis</go:name>
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            <go:name>phototransduction, visible light, light adaptation</go:name>
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            <go:name>phototrophin mediated phototransduction</go:name>
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            <go:name>phthalate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of phthalate, any ester or salt of phthalic acid.</go:definition>
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            <go:name>poly-A binding</go:name>
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            <go:name>positive regulation of actin polymerization and/or depolymerization</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that activates or increases the rate of actin polymerization and/or depolymerization.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of calcium in ER</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that increases the concentration of calcium in the ER.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of cytoskeleton</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that activates or increases the rate of the organization, biogenesis or maintenance of the cytoskeleton.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of intermediate filament polymerization and/or depolymerization</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that activates or increases the rate of intermediate filament polymerization and/or depolymerization.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of recombination within rDNA repeats</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that activates or increases the rate of genetic recombination within the DNA of the genes coding for ribosomal RNA.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of transcription of homeotic gene (Polycomb group)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that activates or increases the rate of transcription of homeotic genes of the Polycomb group.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of transcription of homeotic gene (trithorax group)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that activates or increases the rate of transcription of homeotic genes of the trithorax group.</go:definition>
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            <go:name>protein amino acid cinnamylation</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The modification of a protein amino acid by cinnamylation.</go:definition>
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            <go:name>protein disulfide-isomerase reaction</go:name>
            <go:synonym>protein disulphide-isomerase reaction</go:synonym>
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            <go:name>protein-pyrroloquinoline-quinone linkage</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The covalent cross-linking of pyrroloquinoline-quinone to peptidyl-glutamic acid and peptidyl-tyrosine.</go:definition>
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            <go:name>proteoglycan sulfate transfer</go:name>
            <go:synonym>proteoglycan sulphate transfer</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Transfer of sulfate to a proteoglycan (a glycoprotein whose carbohydrate units are glycosaminoglycans) using 3'-phosphoadenyl sulfate.</go:definition>
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            <go:name>purine metabolism</go:name>
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            <go:name>purine nucleosidase reaction</go:name>
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            <go:name>pyrethroid resistance</go:name>
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            <go:name>pyrethroid susceptibility/resistance</go:name>
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            <go:name>pyrimidine metabolism</go:name>
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            <go:name>pyrimidine-dimer repair, DNA damage excision</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The excision of damaged DNA during pyrimidine-dimer repair. A large multienzyme complex scans the DNA for a distortion in the double helix rather than for a specific base change. Once a bulky lesion is found, the phosphodiester backbone of the abnormal strand is cleaved on both sides of the distortion, and the portion of the strand containing the lesion (an oligonucleotide) is peeled away from the DNA double helix by a DNA helicase enzyme.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine-dimer repair, DNA damage recognition</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The location of pyrimidine dimers by a large multienzyme complex that scans the DNA for distortions in the double helix caused by pyrimidine dimers.</go:definition>
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            <go:name>random coil binding</go:name>
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            <go:name>re-entry into mitotic cell cycle after pheromone arrest (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The resumption of the Saccharomyces mitotic cell division cycle by pheromone-arrested cells that have not mated.</go:definition>
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            <go:name>regulation of calcium in ER</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that modulates the concentration of calcium in the endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:name>regulation of cytoskeleton</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that modulates the frequency, rate or extent of the organization, biogenesis or maintenance of the cytoskeleton.</go:definition>
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            <go:name>regulation of recombination within rDNA repeats</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that modulates the frequency, rate or extent of genetic recombination within the DNA of the genes coding for ribosomal RNA.</go:definition>
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            <go:name>regulation of synapse</go:name>
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            <go:name>regulation of transcription of homeotic gene (Polycomb group)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that modulates the frequency, rate or extent of transcription of homeotic genes of the Polycomb group.</go:definition>
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            <go:name>regulation of transcription of homeotic gene (trithorax group)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Any process that modulates the frequency, rate or extent of transcription of homeotic genes of the trithorax group.</go:definition>
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            <go:name>resistance to pathogenic bacteria</go:name>
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            <go:name>response to cocaine (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A change in state or activity of a mature insect as the result of exposure to cocaine.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. A change in state or activity of an insect as the result of exposure to ethanol.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. A change in state or activity of an insect as the result of exposure to ether.</go:definition>
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            <go:name>response to heavy metal</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to a heavy metal, a metal that can form a coordination bond with a protein; this definition includes the following biologically relevant heavy metals: Cd, Co, Cu, Fe, Hg, Mn, Mo, Ni, V, W, Zn.</go:definition>
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            <go:name>styrene biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of styrene, an aromatic hydrocarbon liquid used in the manufacture of polystyrene.</go:definition>
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            <go:name>SUMO-dependent protein catabolism</go:name>
            <go:synonym>SUMO-dependent protein degradation</go:synonym>
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            <go:name>symport</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The process of solute translocation in which two solutes equilibrate across an osmotic barrier, and the translocation of one solute is coupled to the translocation of the other in the same direction.</go:definition>
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            <go:name>thiocyanate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of thiocyanate, any anion or salt of thiocyanic acid.</go:definition>
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            <go:synonym>4-toluenesulfonate biosynthesis</go:synonym>
            <go:synonym>toluene-4-sulphonate biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of toluene-4-sulfonate, 4-methylbenzenesulfonate, the anion of sulfonic acid attached to a methylbenzene molecule.</go:definition>
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                <go:reference>24060	94	Cellular processes	Toxin production and resistance &gt; GO:toxin biosynthesis ; GO:0009403</go:reference>
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            <go:name>triethanolamine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of triethanolamine, a combustible, hygroscopic, colorless liquid commonly used in dry-cleaning solutions, cosmetics, detergents, textile processing, wool scouring, and as a corrosion inhibitor and pharmaceutical alkalizing agent.</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. The breakdown of tryptophan into simpler components, catalyzed by the enzyme tryptophanase (EC:4.1.99.1).</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE. The formation from simpler components of xylene, a mixture of three colorless, aromatic hydrocarbon liquids, ortho-, meta- and para-xylene.</go:definition>
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            <go:name>bone remodeling</go:name>
            <go:synonym>bone remodelling</go:synonym>
            <go:definition>The continuous turnover of bone matrix and mineral that involves first, an increase in resorption (osteoclastic activity) and later, reactive bone formation (osteoblastic activity). The process of bone remodeling takes place in the adult skeleton at discrete foci. The process ensures the mechanical integrity of the skeleton throughout life and plays an important role in calcium homeostasis. An imbalance in the regulation of bone resorption and bone formation results in many of the metabolic bone diseases, such as osteoporosis.</go:definition>
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            <go:name>bone resorption</go:name>
            <go:definition>The physiologic processes by which bone tissue is lost.</go:definition>
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            <go:name>regulation of bone resorption</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of bone tissue loss (resorption).</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of bone resorption</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of bone resorption.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of bone resorption</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of bone resorption.</go:definition>
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            <go:name>regulation of bone remodeling</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of bone remodeling, the processes of bone formation and resorption that combine to maintain skeletal integrity.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of bone remodeling</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of bone remodeling.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of bone remodeling</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of bone remodeling.</go:definition>
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            <go:name>carbohydrate utilization</go:name>
            <go:definition>Series of processes that involve carbohydrate sensing, carbohydrate transportation and carbohydrate metabolism which lead to the utilization of carbohydrates.</go:definition>
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            <go:name>cell activation</go:name>
            <go:definition>A change in the morphology or behavior of a cell resulting from exposure to an activating factor such as a cellular or soluble ligand.</go:definition>
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            <go:name>immune cell activation</go:name>
            <go:definition>A change in morphology and behavior of an immune cell resulting from exposure to a specific antigen, mitogen, cytokine, cellular ligand, pathogen, or soluble factor.</go:definition>
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            <go:name>astrocyte activation</go:name>
            <go:definition>A change in morphology and behavior of an astrocyte resulting from exposure to a cytokine, chemokine, cellular ligand, or soluble factor.</go:definition>
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            <go:name>basophil activation</go:name>
            <go:definition>The change in morphology and behavior of a basophil resulting from exposure to a cytokine, chemokine, soluble factor, or to (at least in mammals) an antigen which the basophil has specifically bound via IgE bound to Fc-epsilonRI receptors.</go:definition>
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            <go:name>dendritic cell activation</go:name>
            <go:definition>The change in morphology and behavior of a dendritic cell resulting from exposure to a cytokine, chemokine, cellular ligand, pathogens, or soluble factor.</go:definition>
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            <go:name>regulation of dendritic cell activation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency or rate of dendritic cell activation.</go:definition>
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            <go:definition>The switching between different isotypes of a molecule. For example, the switch of immunoglobulin isotype that occurs as the immune response progresses is IgM to IgG. This involves only the constant region of the heavy chains, the light chain and variable regions of the heavy chain remaining the same and involves the switch regions, upstream (on the 5' side) of the constant region genes, at which recombination occurs. Similarly, IgM and IgD with the same variable region of the heavy chain, but with different heavy chain constant regions, seem to coexist on the surface of some lymphocytes.</go:definition>
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            <go:name>formation of immunological synapse</go:name>
            <go:definition>The formation of an area of close contact between a lymphocyte (T-, B-, or natural killer cell) and a target cell through the clustering of particular signaling and adhesion molecules and their associated lipid rafts on both the lymphocyte and target cell, which facilitates activation of the lymphocyte, transfer of membrane from the target cell to the lymphocyte, and in some situations killing of the target cell through release of secretory granules and/or death-pathway ligand-recpetor interaction.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of heart contraction.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which a fluid solution, or part of it, changes into a solid or semisolid mass.</go:definition>
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            <go:synonym>blood clotting</go:synonym>
            <go:definition>The sequential process by which the multiple coagulation factors of the blood interact, ultimately resulting in the formation of an insoluble fibrin clot; it may be divided into three stages: stage 1, the formation of intrinsic and extrinsic prothrombin converting principle; stage 2, the formation of thrombin; stage 3, the formation of stable fibrin polymers.</go:definition>
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            <go:definition>A pathway of blood coagulation that occurs during the clotting of platelet-poor plasma, in which activation of factor X to factor Xa is effected by the combination of factor IXa + factor VIIIa + calcium ion + phospholipid.</go:definition>
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            <go:name>platelet activation</go:name>
            <go:definition>A series of progressive, overlapping events triggered by exposure of the platelets to subendothelial tissue. These events include shape change, adhesiveness, aggregation, and release reactions. When carried through to completion, these events lead to the formation of a stable hemostatic plug.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of blood coagulation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of blood coagulation</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of blood coagulation.</go:definition>
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            <go:name>fibrinolysis</go:name>
            <go:definition>An ongoing process that solubilizes fibrin, chiefly by the proteolytic action of plasmin, resulting in the removal of small blood clots.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of blood coagulation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of blood coagulation.</go:definition>
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            <go:name>hemolymph coagulation</go:name>
            <go:synonym>hemolymph clotting</go:synonym>
            <go:definition>The processes by which factors in the hemolymph (the invertebrate equivalent of vertebrate blood and lymph) precipitate into insoluble clots in order to prevent loss of body fluid, and at the same time prevent the movement of microbes. Hemolymph coagulation is also part of the invertebrate humoral immune response.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of coagulation, the process by which a fluid solution, or part of it, changes into a solid or semisolid mass.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of coagulation</go:name>
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            <go:name>positive regulation of coagulation</go:name>
            <go:synonym>positive regulation of clotting</go:synonym>
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            <go:name>death</go:name>
            <go:definition>A permanent cessation of all vital functions: the end of life; can be applied to a whole organism or to a part of an organism (see 'apoptosis ; GO:0006915').</go:definition>
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            <go:name>dehiscence</go:name>
            <go:definition>The opening of an anther, fruit or other structure, which permits the escape of reproductive bodies contained within it.</go:definition>
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            <go:name>digestion</go:name>
            <go:definition>The whole of the physical, chemical, and biochemical processes carried out by living organisms to break down ingested nutrients into components that may be easily absorbed and directed into metabolism.</go:definition>
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            <go:definition>Uptake of cholesterol into the blood by absorption from the intestine.</go:definition>
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            <go:name>regulation of cholesterol absorption</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of absorption of cholesterol into the blood, and the exclusion of other sterols from absorption.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of cholesterol absorption</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of uptake of cholesterol into the blood by absorption from the intestine.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of cholesterol absorption</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of uptake of cholesterol into the blood by absorption from the intestine.</go:definition>
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            <go:name>gastric acid secretion</go:name>
            <go:synonym>hydrochloric acid secretion</go:synonym>
            <go:definition>The regulated release of gastric acid (hydrochloric acid) by parietal or oxyntic cells during digestion.</go:definition>
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            <go:name>acetylcholine-induced gastric acid secretion</go:name>
            <go:definition>The regulated release of gastric acid by parietal cells in response to acetylcholine.</go:definition>
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            <go:name>gastrin-induced gastric acid secretion</go:name>
            <go:definition>The regulated release of gastric acid induced by the interaction of gastrin with its receptor.</go:definition>
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            <go:name>histamine-induced gastric acid secretion</go:name>
            <go:definition>The regulated release of gastric acid induced by the interaction of histamine with H2 type receptor receptors with subsequent activation of adenylate cyclase and elevation of intracellular cyclic AMP.</go:definition>
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            <go:name>maintenance of gastrointestinal epithelium</go:name>
            <go:definition>Protection of epithelial surfaces of the gastrointestinal tract from proteolytic and caustic digestive agents.</go:definition>
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            <go:name>pancreatic juice secretion</go:name>
            <go:definition>The regulated release of pancreatic juice by the exocrine pancreas into the upper part of the intestine. Pancreatic juice is slightly alkaline and contains numerous enzymes and inactive enzyme precursors including alpha-amylase, chymotrypsinogen, lipase, procarboxypeptidase, proelastase, prophospholipase A2, ribonuclease, and trypsinogen. Its high concentration of bicarbonate ions helps to neutralize the acid from the stomach.</go:definition>
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            <go:name>saliva secretion</go:name>
            <go:synonym>salivation</go:synonym>
            <go:definition>The regulated release of saliva from the salivary glands. In man, the saliva is a turbid and slightly viscous fluid, generally of an alkaline reaction, and is secreted by the parotid, submaxillary, and sublingual glands. In the mouth the saliva is mixed with the secretion from the buccal glands. In man and many animals, saliva is an important digestive fluid on account of the presence of the peculiar enzyme, ptyalin.</go:definition>
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            <go:name>regulation of saliva secretion</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the regulated release of saliva.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of saliva secretion</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the regulated release of saliva.</go:definition>
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            <go:name>diuresis</go:name>
            <go:definition>A process that increases urine production; from the definition 'increased or excessive flow of urine'.</go:definition>
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            <go:definition>The elimination by an organism of the waste products that arise as a result of metabolic activity. These products include water, carbon dioxide (CO2), and nitrogenous compounds.</go:definition>
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            <go:definition>The expulsion of feces from the rectum.</go:definition>
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            <go:name>natriuresis</go:name>
            <go:definition>The excretion of sodium ions in the urine.</go:definition>
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            <go:name>extracellular structure organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of structures in the space external to the outermost structure of a cell. For cells without external protective or external encapsulating structures this refers to space outside of the plasma membrane, and also covers the host cell environment outside an intracellular parasite.</go:definition>
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            <go:name>extracellular matrix organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>Any process involved in the formation and organization of an extracellular matrix.</go:definition>
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            <go:name>collagen fibril organization</go:name>
            <go:definition>Any process that determines the size and arrangement of collagen fibrils within an extracellular matrix.</go:definition>
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            <go:name>elastic fiber assembly</go:name>
            <go:definition>Assembly of the extracellular matrix fibers that enables the matrix to recoil after transient stretching.</go:definition>
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            <go:name>synapse organization and biogenesis</go:name>
            <go:definition>The assembly and organization of a synapse, the junction between a neuron and a target (neuron, muscle, or secretory cell).</go:definition>
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            <go:name>intercellular bridge organization and biogenesis</go:name>
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            <go:name>ring canal formation</go:name>
            <go:definition>Assembly of the cytoplasmic bridges between developing spermatogonial or oogonial cysts.</go:definition>
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            <go:name>hemostasis</go:name>
            <go:definition>The stopping of bleeding (loss of body fluid) or the arrest of the circulation to an organ or part.</go:definition>
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            <go:name>homeostasis</go:name>
            <go:definition>Any of the processes involved in the maintenance of an internal equilibrium within an organism or cell.</go:definition>
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            <go:name>cholesterol homeostasis</go:name>
            <go:definition>Any of the processes involved in the maintenance of an internal equilibrium of cholesterol within an organism or cell.</go:definition>
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            <go:name>glucose homeostasis</go:name>
            <go:definition>Any of the processes involved in the maintenance of an internal equilibrium of glucose within an organism or cell.</go:definition>
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            <go:name>homoiothermy</go:name>
            <go:definition>The processes by which an organism maintains its internal body temperature at a relatively constant value. This is achieved by using metabolic processes to counteract fluctuations in the temperature of the environment.</go:definition>
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            <go:name>ion homeostasis</go:name>
            <go:definition>Any of the processes involved in the maintenance of an internal equilibrium of ions within an organism or cell.</go:definition>
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            <go:name>osmoregulation</go:name>
            <go:synonym>regulation of osmotic pressure</go:synonym>
            <go:definition>The control of the osmotic activity of the fluid in a cell, tissue, organ, or organism.</go:definition>
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            <go:name>regulation of liquid surface tension</go:name>
            <go:synonym>regulation of surface tension of a liquid</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the surface tension of a liquid. Surface tension is the property that makes a liquid behave as if it had an elastic skin on its surface at the interface with a gas or an immiscible liquid.</go:definition>
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            <go:name>water homeostasis</go:name>
            <go:definition>Any of the processes involved in the maintenance of an internal equilibrium of water within an organism or cell.</go:definition>
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            <go:name>host cell immortalization</go:name>
            <go:synonym>host cell transformation</go:synonym>
            <go:definition>The modification of a host cell into an immortal cell line as a consequence of infection.</go:definition>
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            <go:name>lactation</go:name>
            <go:definition>The secretion of milk by the mammary gland.</go:definition>
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            <go:name>metabolism</go:name>
            <go:definition>The totality of the chemical reactions and physical changes that occur in living organisms, comprising anabolism and catabolism; may be qualified to mean the chemical reactions and physical processes undergone by a particular substance, or class of substances, in a living organism.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of D-allose, the dextrorotatory isomer of D-allo-hexose, an aldohexose similar to glucose.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of pentose, any aldose with a chain of five carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of 2-deoxyribose 1-phosphate, the phosphorylated sugar 1-phospho-2-deoxyribose.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of deoxyribose 1,5-bisphosphate, the diphosphorylated sugar 1,5-diphospho-2-deoxyribose.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of ribose phosphate, any phosphorylated ribose sugar.</go:definition>
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            <go:synonym>5-phosphoribosyl-1-pyrophosphate biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of 5-phosphoribose 1-diphosphate, also known as 5-phosphoribosyl-1-pyrophosphate.</go:definition>
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            <go:name>ribitol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of ribitol, a pentitol derived formally by reduction of the -CHO group of either D- or L-ribose.</go:definition>
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            <go:name>octanol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of octanol, the 8-carbon alcohol with the formula C8H17OH.</go:definition>
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            <go:name>orcinol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of orcinol (5-methyl-1,3-benzenediol), an aromatic compound derived from the fermentation of lichen and synthesized by some higher plants.</go:definition>
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            <go:name>phenol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of phenol, any compound containing one or more hydroxyl groups directly attached to an aromatic carbon ring. The largest single use of phenol is in the production of plastics, but it is also used in the synthesis of caprolactam, a precursor for nylon 6 and other man-made fibers.</go:definition>
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            <go:name>aerobic phenol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of phenol, any compound containing one or more hydroxyl groups directly attached to an aromatic carbon ring, in the presence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic phenol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of phenol, any compound containing one or more hydroxyl groups directly attached to an aromatic carbon ring, in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>eugenol biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>4-allyl-2-methoxyphenol biosynthesis</go:synonym>
            <go:synonym>eugenic acid biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of eugenol, a colorless, aromatic, liquid hydrocarbon (C10H12O2) found in clove oil.</go:definition>
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            <go:name>polyol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of a polyol, any polyhydric alcohol.</go:definition>
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            <go:name>alditol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of alditols, any polyhydric alcohol derived from the acyclic form of a monosaccharide by reduction of its aldehyde or keto group to an alcoholic group.</go:definition>
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            <go:name>hexitol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of hexitols, any alditol with a chain of six carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:name>galactitol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of galactitol, the hexitol derived by the reduction of the aldehyde group of either D- or L-galactose.</go:definition>
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            <go:name>sorbitol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of sorbitol (D-glucitol), one of the ten stereoisomeric hexitols. It can be derived from glucose by reduction of the aldehyde group.</go:definition>
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            <go:name>pentitol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of pentitols, any alditol with a chain of five carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:name>glycerol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of glycerol, 1,2,3-propanetriol, a sweet, hygroscopic, viscous liquid, widely distributed in nature as a constituent of many lipids.</go:definition>
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            <go:name>glycerol biosynthesis from pyruvate</go:name>
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            <go:name>gallate catabolism via 2-pyrone-4,6-dicarboxylate</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of gallate, the anion of gallic acid, via the intermediate 2-pyrone-4,6-dicarboxylate.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of gallate, the anion of gallic acid, via the intermediate 4-carboxy-2-hydroxhexa-2,3-dienedioate.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of methylgallate, trihydroxymethylbenzoate, the anion of methylgallic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of protocatechuate, the anion of 3,4-dihydroxybenzoic acid.</go:definition>
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            <go:name>cresol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of cresol, a mixture of the aromatic alcohol isoforms o-, p-, and m-cresol, which is obtained from coal tar or petroleum. The isomers are used as disinfectants, textile scouring agents, surfactants and as intermediates in the manufacture of salicylaldehyde, coumarin, and herbicides as well as being a major component of creosote.</go:definition>
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            <go:name>m-cresol catabolism</go:name>
            <go:synonym>3-hydroxytoluene catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>m-cresol degradation</go:synonym>
            <go:synonym>meta-cresol catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of m-cresol (3-hydroxytoluene), the meta-isoform of cresol.</go:definition>
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            <go:name>ethanol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of ethanol, CH3-CH2-OH, a colorless, water-miscible, flammable liquid produced by alcoholic fermentation.</go:definition>
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            <go:name>farnesol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of the sesquiterpenoid alcohol farnesol, 3,7,11-trimethyl-2,6,10,dodecatrien-1-ol.</go:definition>
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            <go:name>glycol catabolism</go:name>
            <go:synonym>dihydric alcohol catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycol, any of a class of alcohols having 2 hydroxyl groups in each molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of allose, allo-hexose, an aldohexose similar to glucose, differing only in the configuration of the hydroxyl group of C-3.</go:definition>
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            <go:synonym>Embden-Meyerhof-Parnas pathway</go:synonym>
            <go:definition>The main pathway for anaerobic degradation of carbohydrates. Starch or glycogen is hydrolyzed to glucose 1-phosphate and then through a series of intermediates, yielding two ATP molecules per glucose and producing either pyruvate (which feeds into the tricarboxylic acid cycle) or lactate.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of non-phosphorylated forms of glucose.</go:definition>
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            <go:name>pentose-phosphate shunt</go:name>
            <go:synonym>hexose monophosphate pathway</go:synonym>
            <go:definition>The process by which glucose is oxidized, coupled to NADPH synthesis. Glucose 6-P is oxidized with the formation of carbon dioxide (CO2), ribulose 5-phosphate and reduced NADP; ribulose 5-P then enters a series of reactions interconverting sugar phosphates. The pentose phosphate pathway is a major source of reducing equivalents for biosynthesis reactions and is also important for the conversion of hexoses to pentoses.</go:definition>
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            <go:name>pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch</go:name>
            <go:definition>The branch of the pentose-phosphate shunt which does not involve oxidation reactions. It comprises a series of sugar phosphate interconversions, starting with ribulose 5-P and producing fructose 6-P and glyceraldehyde 3-P.</go:definition>
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            <go:definition>The branch of the pentose-phosphate shunt which involves the oxidation of glucose 6-P and produces ribulose 5-P, reduced NADP+ and carbon dioxide (CO2).</go:definition>
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            <go:name>myo-inositol catabolism</go:name>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of rhamnose, the hexose 6-deoxy-L-mannose, that occurs in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of pentose, any aldose with a chain of five carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:name>octanol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of octanol, the 8-carbon alcohol with the formula C8H17OH.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of orcinol (5-methyl-1,3-benzenediol), an aromatic compound derived from the fermentation of lichen and synthesized by some higher plants.</go:definition>
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            <go:name>phenol catabolism</go:name>
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            <go:name>4-nitrophenol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 4-nitrophenol, a nitroaromatic compound which is used in the production of dyes, leather treatment agents, fungicides and as an intermediate in the production of the insecticide parathion.</go:definition>
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            <go:name>aerobic phenol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of phenol, any compound containing one or more hydroxyl groups directly attached to an aromatic carbon ring, in the presence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic phenol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of phenol, any compound containing one or more hydroxyl groups directly attached to an aromatic carbon ring, in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>pentachlorophenol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of pentachlorophenol, a chlorinated insecticide and fungicide used primarily to protect timber from fungal rot and wood boring insects. Pentachlorophenol is significantly toxic to mammals, plants, and many microorganisms.</go:definition>
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            <go:name>polyol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of a polyol, any polyhydric alcohol.</go:definition>
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            <go:name>alditol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of alditols, any polyhydric alcohol derived from the acyclic form of a monosaccharide by reduction of its aldehyde or keto group to an alcoholic group.</go:definition>
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            <go:name>hexitol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of hexitols, any alditol with a chain of six carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:name>galactitol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of galactitol, the hexitol derived by the reduction of the aldehyde group of either D- or L-galactose.</go:definition>
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            <go:name>mannitol catabolism</go:name>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of sorbitol (D-glucitol), one of the ten stereoisomeric hexitols. It can be derived from glucose by reduction of the aldehyde group.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycerol, 1,2,3-propanetriol, in the presence of oxygen.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycerol-3-phosphate, a phosphoric monoester of glycerol.</go:definition>
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            <go:name>dimethylsilanediol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dimethylsilanediol, the smallest member of the dialkylsilanediols. Dimethylsilanediol is the monomer of polydimethylsiloxane, a compound which can be found in a wide range of industrial and consumer products.</go:definition>
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            <go:name>dimethylsilanediol catabolism</go:name>
            <go:synonym>catabolism of DMSD</go:synonym>
            <go:synonym>degradation of dimethylsilanediol</go:synonym>
            <go:definition>The aerobic breakdown into simpler components of dimethylsilanediol; the smallest member of the dialkylsilanediols. Dimethylsilanediol is the monomer of polydimethylsiloxane, a compound which can be found in a wide range of industrial and consumer products.</go:definition>
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            <go:name>octamethylcyclotetrasiloxane catabolism to dimethylsilanediol</go:name>
            <go:synonym>catabolism of octamethylcyclotetrasiloxane to DMSD</go:synonym>
            <go:definition>The anaerobic breakdown of octamethylcyclotetrasiloxane into dimethylsilanediol. The former is a tetramer of the latter.</go:definition>
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            <go:name>ethanol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ethanol, CH3-CH2-OH, a colorless, water-miscible, flammable liquid produced by alcoholic fermentation.</go:definition>
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            <go:name>acetyl-CoA biosynthesis from ethanol</go:name>
            <go:definition>The formation of acetyl-CoA from simpler components, including ethanol.</go:definition>
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            <go:definition>An anaerobic process in which glucose is converted into ethanol and carbon dioxide (CO2), producing two molecules of ATP for each molecule of glucose.</go:definition>
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            <go:name>ethanolamine metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ethanolamine (2-aminoethanol), an important water-soluble base of phospholipid (phosphatidylethanolamine).</go:definition>
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            <go:name>ethanolamine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of ethanolamine (2-aminoethanol), an important water-soluble base of phospholipid (phosphatidylethanolamine).</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylethanolamine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of phosphatidylethanolamine, any of a class of glycerophospholipids in which a phosphatidyl group is esterified to the hydroxyl group of ethanolamine.</go:definition>
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            <go:name>dihydrosphingosine-1-P pathway</go:name>
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            <go:name>phosphatidyl-N-monomethylethanolamine biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>PMME biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphatidyl-N-monomethylethanolamine (PMME), a derivative of phosphatidylethanolamine with a methylated amine group.</go:definition>
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            <go:name>ethanolamine catabolism</go:name>
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            <go:name>phosphatidylethanolamine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of phosphatidylethanolamine, any of a class of glycerophospholipids in which a phosphatidyl group is esterified to the hydroxyl group of ethanolamine.</go:definition>
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            <go:name>farnesol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving the sesquiterpenoid alcohol farnesol, 3,7,11-trimethyl-2,6,10,dodecatrien-1-ol.</go:definition>
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            <go:name>glycol metabolism</go:name>
            <go:synonym>dihydric alcohol metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycol, any of a class of alcohols having 2 hydroxyl groups in each molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a hexose, any aldose with a chain of six carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving fructose, the ketohexose arabino-2-hexulose. Fructose exists in a open chain form or as a ring compound. D-fructose is the sweetest of the sugars and is found free in a large number of fruits and honey.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving fructose 1,6-bisphosphate, also known as FBP. The D enantiomer is a metabolic intermediate in glycolysis and gluconeogenesis.</go:definition>
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            <go:name>fructose 2,6-bisphosphate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving fructose 2,6-bisphosphate. The D enantiomer is an important regulator of the glycolytic and gluconeogenic pathways. It inhibits fructose 1,6-bisphosphatase and activates phosphofructokinase.</go:definition>
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            <go:name>fructose 6-phosphate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving fructose 6-phosphate, also known as F6P. The D-enantiomer is an important intermediate in glycolysis, gluconeogenesis, and fructose metabolism.</go:definition>
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            <go:name>L-fucose metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving L-fucose, 6-deoxy-L-galactose, a sugar that occurs in fucans, a class of polysaccharides in seaweeds, especially Fucus species, and in the cell wall matrix of higher plants.</go:definition>
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            <go:name>GDP-L-fucose metabolism</go:name>
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            <go:name>galactose metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving galactose, the aldohexose galacto-hexose. D-galactose is widely distributed in combined form in plants, animals and microorganisms as a constituent of oligo- and polysaccharides; it also occurs in galactolipids and as its glucoside in lactose and melibiose.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glucose, the aldohexose gluco-hexose. D-glucose is dextrorotatory and is sometimes known as dextrose; it is an important source of energy for living organisms and is found free as well as combined in homo- and hetero-oligosaccharides and polysaccharides.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glucose 1-phosphate, a monophosphorylated derivative of glucose with the phosphate group attached to C-1.</go:definition>
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            <go:name>mannose metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mannose, the aldohexose manno-hexose, the C-2 epimer of glucose. The D-(+)-form is widely distributed in mannans and hemicelluloses and is of major importance in the core oligosaccharide of N-linked oligosaccharides of glycoproteins.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving GDP-mannose, a substance composed of mannose in glycosidic linkage with guanosine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>myo-inositol metabolism</go:name>
            <go:synonym>inositol metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving myo-inositol, 1,2,3,4,5/4,6-cyclohexanehexol, a growth factor for animals and microorganisms.</go:definition>
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            <go:name>rhamnose metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving rhamnose, the hexose 6-deoxy-L-mannose. Rhamnose occurs commonly as a compound of plant glycosides, in polysaccharides of gums and mucilages, and in bacterial polysaccharides. It is also a component of some plant cell wall polysaccharides and frequently acts as the sugar components of flavonoids.</go:definition>
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            <go:name>dTDP-rhamnose metabolism</go:name>
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            <go:name>GDP-D-rhamnose metabolism</go:name>
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            <go:name>sorbose metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sorbose, the ketohexose xylo-2-hexulose. Sorbose is produced commercially by fermentation and is used as an intermediate in the manufacture of ascorbic acid.</go:definition>
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            <go:name>L-sorbose metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sorbose, the levorotatory isomer of the ketohexose xylo-2-hexulose. L-sorbose is formed by bacterial oxidation of sorbitol.</go:definition>
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            <go:name>L-sorbose biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of L-sorbose, the levorotatory isomer of the ketohexose xylo-2-hexulose. L-sorbose is formed by bacterial oxidation of sorbitol.</go:definition>
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            <go:name>L-sorbose catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of L-sorbose, the levorotatory isomer of the ketohexose xylo-2-hexulose.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a pentose, any aldose with a chain of five carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving arabinose, arabino-pentose. L-Arabinose occurs both free, for example in the heartwood of many conifers, and in the combined state, as a constituent of plant hemicelluloses, bacterial polysaccharides etc. D-arabinose is a constituent of arabinonucleosides.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving D-arabinose, the dextrorotatory isomer of arabino-pentose. D-arabinose occurs in plant glycosides and is a constituent of arabinonucleosides.</go:definition>
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            <go:name>L-arabinose metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving L-arabinose, the levorotatory isomer of arabino-pentose. L-arabinose occurs free, eg. in the heartwood of many conifers, and in the combined state, in both furanose and pyranose forms, as a constituent of various plant hemicelluloses, bacterial polysaccharides etc.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving D-ribose (ribo-pentose). As beta-D-ribofuranose, D-ribose forms the glycose moiety of all ribonucleosides, ribonucleotides and ribonucleic acids, and also of ribose phosphates, various glycosides, some coenzymes and some forms of vitamin B12.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving deoxyribose phosphate, the phosphorylated sugar 2-deoxy-erythro-pentose.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ribose phosphate, any phosphorylated ribose sugar.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 5-phosphoribose 1-diphosphate, also known as 5-phosphoribosyl-1-pyrophosphate.</go:definition>
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            <go:name>D-xylose biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of D-xylose, a naturally occurring plant polysaccharide.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of D-xylose, a naturally occurring plant polysaccharide.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving L-lyxose, the levorotatory isomer of aldopentose lyxo-pentose, the C-2 epimer of xylose.</go:definition>
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            <go:name>ribitol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ribitol, a pentitol derived formally by reduction of the -CHO group of either D- or L-ribose. It occurs free in some plants and is a component of riboflavin.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving xylulose, the ketopentose threo-2-pentulose.</go:definition>
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            <go:name>octanol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving octanol, the 8-carbon alcohol with the formula C8H17OH.</go:definition>
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            <go:name>phenol metabolism</go:name>
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            <go:synonym>hydroxybenzene metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phenol, any compound containing one or more hydroxyl groups directly attached to an aromatic carbon ring. The largest single use of phenol is in the production of plastics, but it is also used in the synthesis of caprolactam, a precursor for nylon 6 and other man-made fibers.</go:definition>
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            <go:name>(R)-4-hydroxymandelate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving (R)-4-hydroxymandelate, the anion of a hydroxylated derivative of mandelate (alpha-hydroxybenzeneacetate).</go:definition>
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            <go:name>(R)-4-hydroxymandelate catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of (R)-4-hydroxymandelate, the anion of (R)-4-hydroxymandelic acid.</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxybenzyl alcohol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 3-hydroxybenzyl alcohol, an aromatic compound which is an intermediate in several metabolic pathways, including the biosynthesis of patulin, a toxin and antiviral agent produced by some moulds such as Penicillium patulinum.</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxyphenylacetate metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 3-hydroxyphenylacetate, 1,3-benzenediol monoacetate, also known as resorcinol monoacetate.</go:definition>
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            <go:name>3-hydroxyphenylacetate catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 3-hydroxyphenylacetate, 1,3-benzenediol monoacetate, also known as resorcinol monoacetate.</go:definition>
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            <go:name>4-nitrophenol metabolism</go:name>
            <go:synonym>p-nitrophenol metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 4-nitrophenol, a nitroaromatic compound which is used in the production of dyes, leather treatment agents, fungicides and as an intermediate in the production of the insecticide parathion.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phenol, any compound containing one or more hydroxyl groups directly attached to an aromatic carbon ring, in the presence of oxygen.</go:definition>
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            <go:synonym>anaerobic carbolic acid metabolism</go:synonym>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phenol, any compound containing one or more hydroxyl groups directly attached to an aromatic carbon ring, in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>catechol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a compound containing a pyrocatechol (1,2-benzenediol) nucleus or substituent.</go:definition>
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            <go:name>(R)-mandelate catabolism to catechol</go:name>
            <go:definition>The breakdown of (R)-mandelate into simpler components, including catechol.</go:definition>
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            <go:name>gallate metabolism</go:name>
            <go:synonym>gallic acid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving gallate, the anion of gallic acid (3,4,5-trihydroxybenzoic acid). The esters and polyesters are widely distributed in angiosperms.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving methylgallate, trihydroxymethylbenzoate, the anion of methylgallic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving protocatechuate, the anion of protocatechuic acid (3,4-dihydroxybenzoic acid).</go:definition>
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            <go:name>siderochrome biosynthesis from catechol</go:name>
            <go:definition>The formation of siderochrome from simpler components, including catechol.</go:definition>
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            <go:name>enterobactin biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>enterochelin biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of enterobactin, a catechol-derived siderochrome of Enterobacteria; enterobactin (N',N',N''-(2,6,10-trioxo-1,5,9-triacyclodecane-3,7,11-triyl)tris(2,3-dihydroxy)benzamide) is a self-triester of 2,3-dihydroxy-N-benzoyl-L-serine and a product of the shikimate pathway.</go:definition>
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            <go:name>rhizobactin 1021 biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of rhizobactin 1021, (E)-4-((3-(acetylhydroxyamino)propyl)-amino)-2-hydroxy-(2-(2-(3-(hydroxy(1-oxo-2-decenyl)amino)propyl)amino)-2-oxoethyl)-4-oxobutanoic acid, a siderophore produced by Sinorhizobium meliloti.</go:definition>
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            <go:name>vibriobactin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of vibriobactin, the major siderophore produced by Vibrio cholerae.</go:definition>
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            <go:name>toluene oxidation to catechol</go:name>
            <go:definition>The formation from toluene of catechol, dihydroxybenzene, by successive oxidations followed by loss of carbon dioxide (CO2).</go:definition>
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            <go:name>tryptophan catabolism to catechol</go:name>
            <go:definition>The breakdown of tryptophan into simpler components, including catechol.</go:definition>
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            <go:name>catecholamine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any of a group of physiologically important biogenic amines that possess a catechol (3,4-dihydroxyphenyl) nucleus and are derivatives of 3,4-dihydroxyphenylethylamine.</go:definition>
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            <go:name>catecholamine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of any of a group of physiologically important biogenic amines that possess a catechol (3,4-dihydroxyphenyl) nucleus and are derivatives of 3,4-dihydroxyphenylethylamine.</go:definition>
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            <go:name>catecholamine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any of a group of physiologically important biogenic amines that possess a catechol (3,4-dihydroxyphenyl) nucleus and are derivatives of 3,4-dihydroxyphenylethylamine.</go:definition>
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            <go:name>regulation of catecholamine metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving catecholamines.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of catecholamine metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the chemical reactions and physical changes involving catecholamine.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of catecholamine metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the chemical reactions and physical changes involving catecholamine.</go:definition>
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            <go:name>cresol metabolism</go:name>
            <go:synonym>hydroxytoluene metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cresol, a mixture of the aromatic alcohol isoforms o-, p-, and m-cresol, which is obtained from coal tar or petroleum. The isomers are used as disinfectants, textile scouring agents, surfactants and as intermediates in the manufacture of salicylaldehyde, coumarin, and herbicides as well as being a major component of creosote.</go:definition>
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            <go:synonym>3-hydroxytoluene metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>meta-cresol metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving m-cresol (3-hydroxytoluene), the meta-isoform of cresol. Used to produce agricultural chemicals, and in specialty resins, pharmaceuticals and pressure-sensitive dyes.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving eugenol, a colorless, aromatic, liquid hydrocarbon (C10H12O2) found in clove oil.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of eugenol, a colorless, aromatic, liquid hydrocarbon (C10H12O2) found in clove oil.</go:definition>
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            <go:synonym>orcin metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving orcinol (5-methyl-1,3-benzenediol), an aromatic compound derived from the fermentation of lichen, and synthesized, probably as a fungicide, by some higher plants.</go:definition>
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            <go:synonym>PCP metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pentachlorophenol, a chlorinated insecticide and fungicide used primarily to protect timber from fungal rot and wood boring insects. Pentachlorophenol is significantly toxic to mammals, plants, and many microorganisms.</go:definition>
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            <go:synonym>1,3-dihydroxybenzene metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving resorcinol (C6H4(OH)2), a benzene derivative with many applications, including dyes, explosives, resins and as an antiseptic.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving alditols, any polyhydric alcohol derived from the acyclic form of a monosaccharide by reduction of its aldehyde or keto group to an alcoholic group.</go:definition>
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            <go:synonym>sugar alcohol (hexitol) metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving hexitols, any alditol with a chain of six carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving galactitol, the hexitol derived by the reduction of the aldehyde group of either D- or L-galactose.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical changes and physical reactions involving mannitol, the alditol derived from D-mannose by reduction of the aldehyde group.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sorbitol (D-glucitol), one of the ten stereoisomeric hexitols. It can be derived from glucose by reduction of the aldehyde group.</go:definition>
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            <go:name>pentitol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pentitols, any alditol with a chain of five carbon atoms in the molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycerol, 1,2,3-propanetriol, a sweet, hygroscopic, viscous liquid, widely distributed in nature as a constituent of many lipids.</go:definition>
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            <go:synonym>sphing-4-enine metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sphingosine (sphing-4-enine), trans-D-erytho-2-amino-octadec-4-ene-1,3-diol, a long chain amino diol sphingoid base that occurs in most sphingolipids in animal tissues.</go:definition>
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            <go:name>cholesterol metabolism</go:name>
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            <go:name>peptidyl-glycine cholesteryl ester biosynthesis from peptidyl-glycine</go:name>
            <go:definition>The synthesis of peptidyl-glycine cholest-5-en-3-beta-ol ester at the carboxy-terminus of autolytically cleaved proteins.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ergosterol, (22E)-ergosta-5,7,22-trien-3-beta-ol, a sterol found in ergot, yeast and moulds. It is the most important of the D provitamins and is converted to vitamin D2 on irradiation with UV light.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any organic compound that is weakly basic in character and contains an amino or a substituted amino group. Amines are called primary, secondary, or tertiary according to whether one, two, or three carbon atoms are attached to the nitrogen atom.</go:definition>
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            <go:synonym>ACP metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 1-aminocyclopropane-1-carboxylate, the anion of 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid, a natural product found in plant tissues. It is a key intermediate in the biosynthesis of ethylene, a fruit-ripening hormone in plants.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of 1-aminocyclopropane-1-carboxylate, a natural product found in plant tissues. It is a key intermediate in the biosynthesis of ethylene, a fruit-ripening hormone in plants.</go:definition>
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            <go:synonym>2-aminobenzenesulphonate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2-aminobenzenesulfonate, aniline-o-sulfonic acid, an aromatic sulfonate used in organic synthesis and in the manufacture of various dyes and medicines.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic 2-aminobenzoate metabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 2-aminobenzoate, a derivative of benzoic acid with an NH2 group attached to C2, that occurs in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>2-aminoethylphosphonate metabolism</go:name>
            <go:synonym>2-phosphonoethylamine metabolism</go:synonym>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2-aminoethylphosphonate, most abundant and ubiquitous of naturally occurring phosphonates. It is typically found as a conjugate of glycans, lipids, and proteins, which in turn perform essential biochemical functions in specialized lower organisms.</go:definition>
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            <go:synonym>2-phosphonoethylamine catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>ciliatine catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 2-aminoethylphosphonate, also known as ciliatine.</go:definition>
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            <go:name>3-keto-sphinganine metabolism</go:name>
            <go:synonym>3-keto-dihydrosphingosine metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 3-keto-sphinganine, a derivative of sphinganine with a ketone group at C3. It is an intermediate in the synthesis of sphingosine.</go:definition>
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            <go:name>4-hydroxyproline metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 4-hydroxyproline, C5H9NO3, a derivative of the amino acid proline. The presence of hydroxyproline is essential to produce stable triple helical tropocollagen, hence the problems caused by ascorbate deficiency in scurvy. This unusual amino acid is also present in considerable amounts in the major glycoprotein of primary plant cell walls.</go:definition>
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            <go:name>4-hydroxyproline biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of 4-hydroxyproline, C5H9NO3, a derivative of the amino acid proline.</go:definition>
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            <go:name>4-hydroxyproline catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 4-hydroxyproline, C5H9NO3, a derivative of the amino acid proline.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of trypanothione (N1,N6,-bis(glutathionyl)spermidine) in two steps from glutathione and spermidine via an N1- or N8-glutathionylspermidine intermediate. Trypanothione appears to be an essential redox intermediate in intracellular thiol redox regulation. It also plays a role in protecting against oxidative stress.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of spermine, a polybasic amine found in human sperm, in ribosomes and in some viruses and involved in nucleic acid packaging.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of any organic compound that is weakly basic in character and contains an amino or a substituted amino group. Amines are called primary, secondary, or tertiary according to whether one, two, or three carbon atoms are attached to the nitrogen atom.</go:definition>
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            <go:synonym>sulphur amino acid catabolism</go:synonym>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of biogenic amines, any of a group of naturally occurring, biologically active amines, such as norepinephrine, histamine, and serotonin, many of which act as neurotransmitters.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of any betaine, derivatives of glycine characterized by high water solubility occurring in sugar beet and other plants.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of carnitine (hydroxy-trimethyl aminobutyric acid), a compound that participates in the transfer of acyl groups across the inner mitochondrial membrane.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of choline (2-hydroxyethyltrimethylammonium), an amino alcohol that occurs widely in living organisms as a constituent of certain types of phospholipids and in the neurotransmitter acetylcholine.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of indolalkylamines, indole or indole derivatives containing a primary, secondary, or tertiary amine group.</go:definition>
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            <go:name>nicotianamine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of nicotianamine, 2(S),3'2(S),3''(S)-N-(N-(3-amino-3-carboxypropyl)-3-amino-3-carboxypropyl)-azetidine-2-carboxylic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of polyamines, any organic compound containing two or more amino groups.</go:definition>
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            <go:name>putrescine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of putrescine, 1,4-diaminobutane; putrescine is the metabolic precursor of spermidine and spermine.</go:definition>
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            <go:name>spermidine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of spermidine, N-(3-aminopropyl)-1,4-diaminobutane.</go:definition>
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            <go:name>trypanothione catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of trypanothione (N1,N6,-bis(glutathionyl)spermidine), an essential redox intermediate in intracellular thiol redox regulation which also plays a role in protecting against oxidative stress.</go:definition>
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            <go:name>spermine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of spermine, a polybasic amine found in human sperm, in ribosomes and in some viruses and involved in nucleic acid packaging.</go:definition>
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            <go:name>thyroid hormone catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any of the compounds secreted by the thyroid gland, largely thyroxine and triiodothyronine.</go:definition>
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            <go:name>amino acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving amino acids, organic acids containing one or more amino substituents.</go:definition>
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            <go:definition>Activation of an amino acid for incorporation into a peptide by a nonribosomal process, catalyzed by subunits of nonribosomal peptide synthase. The amino acid is adenylated at its carboxylate group (ATP-dependent) then transferred to the thiol group of an enzyme-bound phosphopantetheine cofactor.</go:definition>
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            <go:definition>The synthesis of aminoacyl tRNA by the formation of an ester bond between the 3'-hydroxyl group of the most 3' adenosine of the tRNA, to be used in nonribosomal peptide synthesis.</go:definition>
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            <go:definition>The synthesis of aminoacyl tRNA by the formation of an ester bond between the 3'-hydroxyl group of the most 3' adenosine of the tRNA, usually catalyzed by the cognate aminoacyl-tRNA ligase. A given aminoacyl-tRNA ligase aminoacylates all species of an isoaccepting group of tRNA molecules.</go:definition>
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            <go:definition>The synthesis of aminoacyl tRNA by the formation of an ester bond between the 3'-hydroxyl group of the most 3' adenosine of the tRNA, to be used in ribosome-mediated polypeptide synthesis.</go:definition>
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            <go:definition>The modification of asparagine to (3-aminopropyl)(L-aspartyl-1-amino)phosphoryl-5'-adenosine as found in microcin C7 produced from the mccA gene in E. coli plasmid pMccC7.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving hydroxylysine (5-hydroxy-2,6-diaminohexanoic acid), a chiral alpha-amino acid. Hydroxylysine is found in collagen and commonly has galactose and then glucose added sequentially by glycosyltransferases.</go:definition>
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            <go:definition>The racemization of peptidyl-L-threo-threonine at the alpha-carbon to form D-allo-threonine. This is coupled with the formation of the cross-link 2-(S-L-cysteinyl)-D-allo-threonine.</go:definition>
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            <go:name>nonprotein amino acid metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving beta-alanine (3-aminopropanoic acid), an achiral amino acid and an isomer of alanine. It occurs free (eg. in brain) and in combination (eg. in pantothenate) but it is not a constituent of proteins.</go:definition>
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            <go:name>citrulline metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving citrulline, N5-carbamoyl-L-ornithine, an alpha amino acid not found in proteins.</go:definition>
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            <go:name>citrulline biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of citrulline, N5-carbamoyl-L-ornithine, an alpha amino acid not found in proteins.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-citrulline biosynthesis from peptidyl-arginine</go:name>
            <go:definition>The hydrolysis of peptidyl-arginine to form peptidyl-citrulline.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of citrulline, N5-carbamoyl-L-ornithine, an alpha amino acid not found in proteins.</go:definition>
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            <go:definition>The interconversion of homocysteine and cysteine via cystathionine. In contrast with enteric bacteria and mammals, Saccharomyces cerevisiae has two transsulfuration pathways employing two separate sets of enzymes.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes of homocysteine, the amino acid alpha-amino-gamma-mercaptobutanoic acid. Homocysteine is an important intermediate in the metabolic reactions of its S-methyl derivative, methionine.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving homocysteine, the amino acid alpha-amino-gamma-mercaptobutanoic acid.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of homocysteine metabolism</go:name>
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            <go:definition>The posttranslational sulfation of peptidyl-tyrosine residues to form peptidyl-O4'-sulfo-L-tyrosine.</go:definition>
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            <go:name>amino sugar metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mannosomine, 2-amino-2-deoxymannose; the D-isomer is a constituent of neuraminic acids as well as mucolipids and mucoproteins.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving N-acetylneuraminate, the anion of 5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-3-ulosonic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving CMP-N-acetylneuraminate, a substance composed of 5-(acetylamino)-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-3-ulosonic acid in glycosidic linkage with cytidine monophosphate.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving aminoglycans, any polymer containing amino groups that consists of more than about 10 monosaccharide residues joined to each other by glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of glycosaminoglycans, any of a group of polysaccharides that contain amino sugars.</go:definition>
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            <go:name>chondroitin sulfate biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>chondroitin sulphate biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of chondroitin sulfate, any member of a group of 10-60 kDa glycosaminoglycans, widely distributed in cartilage and other mammalian connective tissues, the repeat units of which consist of beta-(1,4)-linked D-glucuronyl beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine sulfate.</go:definition>
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            <go:name>dermatan sulfate biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>chondroitin sulfate B biosynthesis</go:synonym>
            <go:synonym>dermatan sulphate biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of dermatan sulfate, any glycosaminoglycan with repeats consisting of beta-(1,4)-linked L-iduronyl-beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine 4-sulfate units.</go:definition>
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            <go:name>heparin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of heparin, any member of a group of glycosaminoglycans of average Mr (6000-20000), consisting predominantly of alternating alpha1-&gt;4-linked D-galactose and N-acetyl-D-glucosamine-6-sulfate residues.</go:definition>
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            <go:name>hyaluronan biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of hyaluronan, the naturally occurring anionic form of hyaluronic acid, any member of a group of glycosaminoglycans, the repeat units of which consist of beta-1,4 linked D-glucuronyl-beta-(1,3)-N-acetyl-D-glucosamine.</go:definition>
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            <go:name>keratan sulfate biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>keratan sulphate biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of keratan sulfate, a glycosaminoglycan with repeat units consisting of beta-1,4-linked D-galactopyranosyl-beta-(1,4)-N-acetyl-D-glucosamine 6-sulfate and with variable amounts of fucose, sialic acid and mannose units; keratan sulfate chains are covalently linked by a glycosidic attachment through the trisaccharide galactosyl-galactosyl-xylose to peptidyl-threonine or serine residues.</go:definition>
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            <go:name>aminoglycan catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of aminoglycans, any polymer containing amino groups that consists of more than about 10 monosaccharide residues joined to each other by glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:name>galactosaminoglycan catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of galactosaminoglycans, any of a group of polysaccharides that contain amino sugars derived from the galactose.</go:definition>
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            <go:name>glycosaminoglycan catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycosaminoglycans, any one of a group of polysaccharides that contain amino sugars.</go:definition>
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            <go:name>chondroitin sulfate catabolism</go:name>
            <go:synonym>chondroitin sulphate catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of chondroitin sulfate, any member of a group of 10-60 kDa glycosaminoglycans, widely distributed in cartilage and other mammalian connective tissues, the repeat units of which consist of beta-(1,4)-linked D-glucuronyl beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine sulfate.</go:definition>
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            <go:name>dermatan sulfate catabolism</go:name>
            <go:synonym>chondroitin sulfate B catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>dermatan sulphate catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of dermatan sulfate, any of a group of glycosaminoglycans with repeats consisting of beta-(1,4)-linked L-iduronyl-beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine 4-sulfate units.</go:definition>
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            <go:name>heparin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of heparin, any member of a group of glycosaminoglycans of average Mr (6000-20000), consisting predominantly of alternating alpha1-&gt;4-linked D-galactose and N-acetyl-D-glucosamine-6-sulfate residues.</go:definition>
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            <go:name>hyaluronan catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of hyaluronan, the naturally occurring anionic form of hyaluronic acid, any member of a group of glycosaminoglycans, the repeat units of which consist of beta-1,4 linked D-glucuronyl-beta-(1,3)-N-acetyl-D-glucosamine.</go:definition>
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            <go:name>keratan sulfate catabolism</go:name>
            <go:synonym>keratan sulphate catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of keratan sulfate, a glycosaminoglycan with repeat units consisting of beta-1,4-linked D-galactopyranosyl-beta-(1,4)-N-acetyl-D-glucosamine 6-sulfate and with variable amounts of fucose, sialic acid and mannose units; keratan sulfate chains are covalently linked by a glycosidic attachment through the trisaccharide galactosyl-galactosyl-xylose to peptidyl-threonine or serine residues.</go:definition>
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            <go:name>galactosaminoglycan metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving galactosaminoglycans, any one of a group of polysaccharides that contain amino sugars derived from the galactose.</go:definition>
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            <go:name>glycosaminoglycan metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycosaminoglycans, any one of a group of polysaccharides that contain amino sugars. Formerly known as mucopolysaccharides, they include hyaluronic acid and chondroitin, which provide lubrication in joints and form part of the matrix of cartilage. The three-dimensional structure of these molecules enables them to trap water, which forms a gel and gives glycosaminoglycans their elastic properties.</go:definition>
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            <go:name>chondroitin sulfate metabolism</go:name>
            <go:synonym>chondroitin sulphate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving chondroitin sulfate, any member of a group of 10-60 kDa glycosaminoglycans, widely distributed in cartilage and other mammalian connective tissues, the repeat units of which consist of beta-(1,4)-linked D-glucuronyl beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine sulfate. They usually occur linked to a protein to form proteoglycans. Two subgroups exist, one in which the sulfate is on the 4-position (chondroitin sulfate A) and the second in which it is in the 6-position (chondroitin sulfate C). They often are polydisperse and often differ in the degree of sulfation from tissue to tissue. The chains of repeating disaccharide are covalently linked to the side chains of serine residues in the polypeptide backbone of a protein by a glycosidic attachment through the trisaccharide unit galactosyl-galactosyl-xylosyl. Chondroitin sulfate B is more usually known as dermatan sulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>chondroitin sulfate B metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>dermatan sulphate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dermatan sulfate, any of a group of glycosaminoglycans with repeats consisting of beta-(1,4)-linked L-iduronyl-beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine 4-sulfate units. They are important components of ground substance or intercellular cement of skin and some connective tissues.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via chondroitin 4-sulfate glycosaminoglycan</go:name>
            <go:synonym>peptide cross-linking via chondroitin 4-sulphate glycosaminoglycan</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a cross-link between peptide chains mediated by a chondroitin 4-sulfate glycosaminoglycan that originates from a typical O-glycosidic link to serine of one chain; the other chain is esterified, via the alpha-carbon of its C-terminal Asp, to C-6 of an internal N-acetylgalactosamine of the glycosaminoglycan chain.</go:definition>
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            <go:name>protein-chondroitin sulfate linkage via chondroitin sulfate D-glucuronyl-D-galactosyl-D-galactosyl-D-xylosyl-L-serine</go:name>
            <go:synonym>protein-chondroitin sulphate linkage via chondroitin sulphate D-glucuronyl-D-galactosyl-D-galactosyl-D-xylosyl-L-serine</go:synonym>
            <go:definition>Chondroitin sulfate components are covalently linked to a core glycoprotein via O-glycosidic linkages between xylose and serine residues.</go:definition>
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            <go:name>heparin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving heparin, any member of a group of glycosaminoglycans found mainly as an intracellular component of mast cells. They are similar to heparan sulfates but are of somewhat higher average Mr (6000-20000) and contain fewer N-acetyl groups and more N-sulfate and O-sulfate groups; they may be attached in the same manner to protein, forming proteoglycans. They consist predominantly of alternating alpha1-&gt;4-linked D-galactose and N-acetyl-D-glucosamine-6-sulfate residues.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving hyaluronan, the naturally occurring anionic form of hyaluronic acid, any member of a group of glycosaminoglycans, the repeat units of which consist of beta-1,4 linked D-glucuronyl-beta-(1,3)-N-acetyl-D-glucosamine.</go:definition>
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            <go:synonym>keratan sulphate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving keratan sulfate, a glycosaminoglycan with repeat units consisting of beta-1,4-linked D-galactopyranosyl-beta-(1,4)-N-acetyl-D-glucosamine 6-sulfate and with variable amounts of fucose, sialic acid and mannose units; keratan sulfate chains are covalently linked by a glycosidic attachment through the trisaccharide galactosyl-galactosyl-xylose to peptidyl-threonine or serine residues.</go:definition>
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            <go:name>aminoglycoside antibiotic metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving an aminoglycoside antibiotic, any member of a group of broad spectrum antibiotics, of similar toxicity and pharmacology, that contain an aminodeoxysugar, an amino- or guanidino-substituted inositol ring, and one or more residues of other sugars. The group includes streptomycin, neomycin, framycetin, kanamycin, paromomycin, and gentamicin.</go:definition>
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            <go:name>aminoglycoside antibiotic biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of an aminoglycoside antibiotic, any member of a group of broad spectrum antibiotics, of similar toxicity and pharmacology, that contain an aminodeoxysugar, an amino- or guanidino-substituted inositol ring, and one or more residues of other sugars. The group includes streptomycin, neomycin, framycetin, kanamycin, paromomycin, and gentamicin.</go:definition>
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            <go:name>aminoglycoside antibiotic catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of an aminoglycoside antibiotic, any member of a group of broad spectrum antibiotics, of similar toxicity and pharmacology, that contain an aminodeoxysugar, an amino- or guanidino-substituted inositol ring, and one or more residues of other sugars. The group includes streptomycin, neomycin, framycetin, kanamycin, paromomycin, and gentamicin.</go:definition>
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            <go:name>streptomycin metabolism</go:name>
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            <go:name>beta-lactam antibiotic metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a beta-lactam antibiotic, any member of a class of natural or semisynthetic antibiotics whose characteristic feature is a strained, four-membered beta-lactam ring. They include the penicillins and many of the cephalosporins.</go:definition>
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            <go:name>beta-lactam antibiotic biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of a beta-lactam antibiotic, any member of a class of natural or semisynthetic antibiotics whose characteristic feature is a strained, four-membered beta-lactam ring. They include the penicillins and many of the cephalosporins.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of any antibiotic that contains the condensed beta-lactamthiazolidine ring system.</go:definition>
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            <go:name>beta-lactam antibiotic catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of a beta-lactam antibiotic, any member of a class of natural or semisynthetic antibiotics whose characteristic feature is a strained, four-membered beta-lactam ring. They include the penicillins and many of the cephalosporins.</go:definition>
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            <go:name>penicillin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any antibiotic that contains the condensed beta-lactamthiazolidine ring system.</go:definition>
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            <go:name>penicillin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any antibiotic that contains the condensed beta-lactamthiazolidine ring system. Penicillins are produced naturally during the growth of various microfungi of the genera Penicillium and Aspergillus.</go:definition>
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            <go:name>biogenic amine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any of a group of naturally occurring, biologically active amines, such as norepinephrine, histamine, and serotonin, many of which act as neurotransmitters.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any betaine, derivatives of glycine characterized by high water solubility occurring in sugar beet and other plants.</go:definition>
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            <go:synonym>vitamin Bt metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving carnitine (hydroxy-trimethyl aminobutyric acid), a compound that participates in the transfer of acyl groups across the inner mitochondrial membrane.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving carnitine, where metabolism is linked to CoA.</go:definition>
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            <go:name>choline metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving choline (2-hydroxyethyltrimethylammonium), an amino alcohol that occurs widely in living organisms as a constituent of certain types of phospholipids and in the neurotransmitter acetylcholine.</go:definition>
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            <go:synonym>indolamine metabolism</go:synonym>
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            <go:name>melatonin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving melatonin (N-acetyl-5-methoxytryptamine).</go:definition>
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            <go:name>nicotianamine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nicotianamine, 2(S),3'2(S),3''(S)-N-(N-(3-amino-3-carboxypropyl)-3-amino-3-carboxypropyl)-azetidine-2-carboxylic acid.</go:definition>
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            <go:name>polyamine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving polyamines, any organic compound containing two or more amino groups.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving putrescine, 1,4-diaminobutane; putrescine can be formed by decarboxylation of ornithine and is the metabolic precursor of spermidine and spermine.</go:definition>
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            <go:name>nor-spermidine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nor-spermidine, a compound related to spermidine, N-(3-aminopropyl)-1,4-diaminobutane.</go:definition>
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            <go:name>trypanothione metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving trypanothione (N1,N6,-bis(glutathionyl)spermidine), an essential redox intermediate in intracellular thiol redox regulation which also plays a role in protecting against oxidative stress.</go:definition>
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            <go:name>spermine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving spermine, a polybasic amine found in human sperm, in ribosomes and in some viruses, which is involved in nucleic acid packaging. Synthesis is regulated by ornithine decarboxylase which plays a key role in control of DNA replication.</go:definition>
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            <go:name>thyroid hormone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any of the compounds secreted by the thyroid gland, largely thyroxine and triiodothyronine.</go:definition>
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            <go:name>thyroid hormone generation</go:name>
            <go:definition>The formation of either of the compounds secreted by the thyroid gland, mainly thyroxine and triiodothyronine. This is achieved by the iodination and joining of tyrosine molecules to form the precursor thyroglobin, proteolysis of this precursor gives rise to the thyroid hormones.</go:definition>
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            <go:name>creatine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving creatine (N-(aminoiminomethyl)-N-methylglycine), a compound synthesized from the amino acids arginine, glycine, and methionine that occurs in muscle.</go:definition>
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            <go:name>creatine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of creatine (N-(aminoiminomethyl)-N-methylglycine), a compound synthesized from the amino acids arginine, glycine, and methionine that occurs in muscle.</go:definition>
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            <go:name>creatinine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving creatinine, 2-amino-1,5-dihydro-1-methyl-4H-imidazol-4-one, an end product of creatine metabolism and a normal constituent of urine.</go:definition>
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            <go:name>creatinine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of creatinine, 2-amino-1,5-dihydro-1-methyl-4H-imidazol-4-one, an end product of creatine metabolism and a normal constituent of urine.</go:definition>
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            <go:name>creatinine catabolism to formate</go:name>
            <go:definition>The breakdown of creatinine into simpler components, including formate.</go:definition>
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            <go:name>cytokinin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cytokinins, a class of adenine-derived compounds that can function in plants as growth regulators.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving diaminopimelate, the anion of the dicarboxylic acid 2,6-diaminoheptanedioic acid. It is an intermediate in lysine biosynthesis and as a component (as meso-diaminopimelate) of the peptidoglycan of Gram-negative bacterial cell walls.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving para-aminobenzoic acid, an intermediate in the synthesis of folic acid, a compound which some organisms, eg. prokaryotes, eukaryotic microbes, and plants, can synthesize de novo. Others, notably mammals, cannot. In yeast, it is present as a factor in the B complex of vitamins.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphatidylethanolamine, any of a class of glycerophospholipids in which a phosphatidyl group is esterified to the hydroxyl group of ethanolamine. It is a major structural phospholipid in mammalian systems. It tends to be more abundant than phosphatidylcholine in the internal membranes of the cell and is an abundant component of prokaryotic membranes.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphatidyl-N-monomethylethanolamine (PMME), a derivative of phosphatidylethanolamine with a methylated amine group. Present in trace levels in plants and slightly higher in bacteria.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving poly-N-acetyllactosamine, a carbohydrate composed of N-acetyllactosamine repeats (Gal-beta-1,4-GlcNAc-beta-1,3)n.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of poly-N-acetyllactosamine, a carbohydrate composed of N-acetyllactosamine repeats (Gal-beta-1,4-GlcNAc-beta-1,3)n.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving aerobactin (C22H36N4O13), a hydroxamate iron transport compound. It is a conjugate of 6-(N-acetyl-N-hydroxylamine)-2-aminohexanoic acid and citric acid.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of ethylene (C2-H4), a simple hydrocarbon gas that can function in plants as a growth regulator.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-lysine to form hypusine, N6-(4-amino-2-hydroxybutyl)-L-lysine.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of isoflavonoid phytoalexins, a group of water-soluble phenolic derivatives isomeric with flavonoids, which possess antibiotic activity and are produced by plant tissues in response to infection.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation of flavonoids from simpler components.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of lignans, a class of phenylpropanoid dimers in which the phenylpropane units are linked tail to tail and thus having a 2,3, dibenzylbutane skeleton.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of lignins, a class of polymers formed by the dehydrogenetive radical polymerization of various phenylpropanoid monomers.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of stilbenes, a class of polyketide compounds formed from cinnamic acid and three molecules of malonyl CoA.</go:definition>
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            <go:name>phosphagen biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of phosphagen, any of a group of guanidine phosphates that occur in muscle and can be used to regenerate ATP from ADP during muscular contraction.</go:definition>
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            <go:name>phosphoarginine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of phosphoarginine, a phosphorylated derivative of the amino acid arginine.</go:definition>
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            <go:name>phosphocreatine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of phosphocreatine, a phosphagen of creatine which is synthesized and broken down by creatine phosphokinase.</go:definition>
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            <go:name>prenylcysteine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of prenylcysteine, 3-methyl-2-buten-1-yl-cysteine, a derivative of the amino acid cysteine formed by the covalent addition of a prenyl residue.</go:definition>
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            <go:name>stachydrine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of stachydrine, N-methylproline methylbetaine, the betaine derivative of L-proline.</go:definition>
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            <go:name>taurine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of taurine (2-aminoethanesulfonic acid), a sulphur-containing amino acid derivative important in the metabolism of fats.</go:definition>
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            <go:name>Z-phenylacetaldoxime biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of Z-phenylacetaldoxime, a member of the glucosinolate group of compounds.</go:definition>
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            <go:name>amino acid derivative catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of compounds derived from amino acids, organic acids containing one or more amino substituents.</go:definition>
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            <go:name>ethylene catabolism</go:name>
            <go:synonym>ethene catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of ethylene (C2-H4), a simple hydrocarbon gas that can function in plants as a growth regulator.</go:definition>
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            <go:name>nopaline catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of nopaline (N-(I-carboxy-4-guanidinobutyl)glutamic acid), a rare amino-acid derivative.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of isoflavonoid phytoalexins, a group of water-soluble phenolic derivatives isomeric with flavonoids, which possess antibiotic activity and are produced by plant tissues in response to infection.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of lignans, a class of phenylpropanoid dimers in which the phenylpropane units are linked tail to tail and thus having a 2,3, dibenzylbutane skeleton.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of stilbenes, a class of polyketide compounds formed from cinnamic acid and three molecules of malonyl CoA.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of phosphagen, any of a group of guanidine phosphates that occur in muscle and can be used to regenerate ATP from ADP during muscular contraction.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of phosphocreatine, a phosphagen of creatine which is synthesized and broken down by creatine phosphokinase.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of prenylcysteine, 3-methyl-2-buten-1-yl-cysteine, a derivative of the amino acid cysteine formed by the covalent addition of a prenyl residue.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of stachydrine, N-methylproline methylbetaine, the betaine derivative of L-proline.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of taurine (2-aminoethanesulfonic acid), a sulphur-containing amino acid derivative important in the metabolism of fats.</go:definition>
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            <go:name>Z-phenylacetaldoxime catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of Z-phenylacetaldoxime, a member of the glucosinolate group of compounds.</go:definition>
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            <go:name>ethylene metabolism</go:name>
            <go:synonym>ethene metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ethylene (C2-H4), a simple hydrocarbon gas that can function in plants as a growth regulator.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving hypusine, N6-(4-amino-2-hydroxybutyl)-L-lysine.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nopaline, (N-(I-carboxy-4-guanidinobutyl)glutamic acid), a rare amino-acid derivative.</go:definition>
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            <go:name>octopine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving octopine, (N-(1-carboxy-4-guanidinobutyl)-L-alanine), an amino acid derived opine.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving aromatic derivatives of trans-cinnamic acid, formed from the deamination of L-phenylalanine by phenylalanine ammonia lyase or hydroxycinnamic acid formed by deamination of L-tyrosine by tyrosine ammonia lyase.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving chalcones, phenyl steryl ketone or its hydroxylated derivatives.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cinnamic acids, phenylpropenoic acids, a class of compounds derived from deamination, hydroxylation and methylation of L-tyrosine or L-phenylalanine. Cinnamic acids are used mainly in the manufacture of their methyl, ethyl, and benzyl esters for the perfume industry.</go:definition>
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            <go:name>flavonoid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving flavonoids, a group of water-soluble phenolic derivatives containing a flavan skeleton including flavones, flavonols and flavanoids, and anthocyanins.</go:definition>
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            <go:name>anthocyanin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving anthocyanins, any member of a group of intensely colored soluble glycosides of anthocyanidins that occur in plants. They are responsible from most of the scarlet, purple, mauve and blue coloring in higher plants, especially of flowers.</go:definition>
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            <go:name>flavonoid phytoalexin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving flavonoid phytoalexins, a group of water-soluble phenolic derivatives containing a flavan skeleton, which possess antibiotic activity and are produced by plant tissues in response to infection.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving isoflavonoid phytoalexins, a group of water-soluble phenolic derivatives isomeric with flavonoids, which possess antibiotic activity and are produced by plant tissues in response to infection.</go:definition>
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            <go:name>isoflavonoid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving isoflavonoids, a group of water-soluble phenolic derivatives, isomeric with flavonoids, containing a flavan skeleton. They are differentiated from flavonoids by the point of attachment of the aromatic ring moiety.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lignans, any member of a class of phenylpropanoid dimers in which the phenylpropanoid units are linked tail to tail and thus having a 2,3 dibenzylbutane skeleton.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lignins, a class of polymers of phenylpropanoid units.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving stilbenes, a class of polyketides formed from a molecule of cinnamic acid and three molecules of malonyl-CoA.</go:definition>
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            <go:name>phosphagen metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphagen, any of a group of guanidine phosphates that occur in muscle and can be used to regenerate ATP from ADP during muscular contraction.</go:definition>
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            <go:name>phosphoarginine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphoarginine, a phosphagen of L-arginine with phosphoric acid containing the phosphoamide bond. It is a source of energy in the contraction of muscle in invertebrates, corresponding to phosphocreatine in the muscles of vertebrates.</go:definition>
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            <go:name>phosphocreatine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphocreatine, a phosphagen of creatine present in high concentration in striated muscle which is synthesized and broken down by creatine phosphokinase to buffer ATP concentration. It acts as an immediate energy reserve for muscle.</go:definition>
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            <go:name>prenylcysteine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving prenylcysteine, 3-methyl-2-buten-1-yl-cysteine, a derivative of the amino acid cysteine formed by the covalent addition of a prenyl residue.</go:definition>
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            <go:name>S-adenosylhomocysteine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving S-adenosylhomocysteine; the L-enantiomer is formed from S-adenosylmethionine and is a strong inhibitor of S-adenosylmethionine-mediated methylation reactions. It can be cleaved to form adenosine and homocysteine.</go:definition>
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            <go:name>S-adenosylmethionine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving S-adenosylmethionine, S-(5'-adenosyl)-L-methionine, an important intermediate in one-carbon metabolism.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving taurine (2-aminoethanesulfonic acid), a sulphur-containing amino acid derivative important in the metabolism of fats.</go:definition>
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            <go:name>Z-phenylacetaldoxime metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving Z-phenylacetaldoxime, a member of the glucosinolate group of compounds, a class of natural products that are gaining increasing interest as cancer-preventing agents and crop protectants.</go:definition>
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            <go:name>aromatic compound metabolism</go:name>
            <go:synonym>aromatic hydrocarbon metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving aromatic compounds, any organic compound characterized by one or more planar rings, each of which contains conjugated double bonds and delocalized pi electrons.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of aflatoxin, a fungal metabolite found as a contaminant in moldy grains that induces liver cancer. Aflatoxin induces a G to T transversion at codon 249 of p53, leading to its inactivation. Aflatoxin is converted to a chemical carcinogen by P450.</go:definition>
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            <go:name>mandelate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of mandelate, the anion of mandelic acid. Mandelic acid (alpha-hydroxybenzeneacetic acid) is an 8-carbon alpha-hydroxy acid (AHA) that is used in organic chemistry and as a urinary antiseptic.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of any compound containing pteridine (pyrazino(2,3-dipyrimidine)), eg. pteroic acid, xanthopterin and folic acid.</go:definition>
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            <go:name>Mo-molybdopterin cofactor biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>molybdopterin cofactor biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of molybdopterin cofactor (Moco), essential for the catalytic activity of some enzymes, eg. sulfite oxidase, xanthine dehydrogenase, and aldehyde oxidase. The cofactor consists of a mononuclear molybdenum coordinated by the dithiolene moiety of a family of tricyclic pyranopterins containing a cis-dithiolene group in their pyran ring. Enzymes containing a pyranopterin cofactor and either Mo or W are found in all phyla and some of these catalyze important transformations in the global carbon, nitrogen and sulfur cycle. These reactions generally involve redox chemistry at the active site with the metal cycling between the +4 and +6 oxidation states. The formation from simpler components of the Mo/W-cofactor is an evolutionarily conserved pathway and genes involved in Moco biosynthesis have been identified in eubacteria, Archaea and eukaryotes.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of tetrahydrobiopterin, the reduced form of biopterin (2-amino-4-hydroxy-6-(1,2-dihydroxypropyl)-pteridine). It functions as a hydroxylation coenzyme, eg. in the conversion of phenylalanine to tyrosine.</go:definition>
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            <go:name>pyridine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of pyridine, a nitrogenous base (C5H5N) obtained from the distillation of bone oil or coal tar, and by the decomposition of certain alkaloids, as a colorless liquid with a peculiar pungent odor.</go:definition>
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            <go:synonym>quinic acid biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of quinate, the anion of quinic acid.</go:definition>
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            <go:name>salicylic acid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of salicylic acid (2-hydroxybenzoic acid), a derivative of benzoic acid.</go:definition>
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            <go:name>sophorosyloxydocosanoate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of sophorosyloxydocosanoate, 13-sophorosyloxydocosanoate 6',6''-diacetate.</go:definition>
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            <go:synonym>aromatic hydrocarbon catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of aromatic compounds, any substance containing an aromatic carbon ring.</go:definition>
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            <go:name>2,4,5-trichlorophenoxyacetic acid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 2,4,5-trichlorophenoxyacetic acid, a chlorinated aromatic compound widely used as a herbicide.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic cyclohexane-1-carboxylate catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of cyclohexane-1-carboxylate, a alicyclic acid, in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>beta-ketoadipate pathway</go:name>
            <go:synonym>ortho-cleavage pathway</go:synonym>
            <go:definition>A pathway of aromatic compound degradation by ortho-cleavage; one branch converts protocatechuate, derived from phenolic compounds, to beta-ketoadipate, and the other branch converts catechol, generated from various aromatic hydrocarbons, amino aromatics, and lignin monomers, also to beta-ketoadipate. Two additional steps accomplish the conversion of beta-ketoadipate to tricarboxylic acid cycle intermediates.</go:definition>
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            <go:name>carbazole catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of carbazole, a heterocyclic aromatic compound containing a dibenzopyrrole system that is produced during coal gasification and is present in cigarette smoke. Coal tar produced at high temperature contains an average of 1.5% carbazole. It is used widely in synthesis of dyes, pharmaceuticals, and plastics and is a suspected carcinogen.</go:definition>
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            <go:name>coumarin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of coumarins, compounds derived from the phenylacrylic skeleton of cinnamic acids.</go:definition>
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            <go:name>aflatoxin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of aflatoxin, a fungal metabolite found as a contaminant in moldy grains that induces liver cancer. Aflatoxin induces a G to T transversion at codon 249 of p53, leading to its inactivation. Aflatoxin is converted to a chemical carcinogen by P450.</go:definition>
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            <go:name>ectoine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of ectoine (1,4,5,6-tetrahydro-2-methyl-4-pyrimidinecarboxylic acid), a tetrahydropyrimidine commonly synthesized by halophilic bacteria.</go:definition>
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            <go:name>fluorene catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of fluorene, a tricyclic polycyclic aromatic hydrocarbon containing a five-membered ring. It is a major component of fossil fuels and their derivatives and is also a by-product of coal-conversion and energy-related industries. It is commonly found in vehicle exhaust emissions, crude oils, motor oils, coal and oil combustion products, waste incineration, and industrial effluents.</go:definition>
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            <go:name>indole phytoalexin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of indole phytoalexin, a antimicrobial compound formed by the degradation of tryptophan.</go:definition>
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            <go:synonym>indole acetic acid catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of indole-3-acetic acid, a compound which functions as a growth regulator in plants.</go:definition>
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            <go:name>mandelate catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of mandelate, the anion of mandelic acid. Mandelic acid (alpha-hydroxybenzeneacetic acid) is an 8-carbon alpha-hydroxy acid (AHA) that is used in organic chemistry and as a urinary antiseptic.</go:definition>
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            <go:name>(R)-mandelate catabolism to benzoate</go:name>
            <go:definition>The breakdown of (R)-mandelate into simpler components, including benzoate.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of phenanthrene, a tricyclic aromatic hydrocarbon.</go:definition>
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            <go:name>phenanthrene catabolism via trans-9(R),10(R)-dihydrodiolphenanthrene</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of phenanthrene, a tricyclic aromatic hydrocarbon, where trans-9(R),10(R)-dihydrodiolphenanthrene is the principal intermediate metabolite.</go:definition>
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            <go:name>phenanthrene catabolism via trans-9(S),10(S)-dihydrodiolphenanthrene</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of phenanthrene, a tricyclic aromatic hydrocarbon, where trans-9(S),10(S)-dihydrodiolphenanthrene is the principal intermediate metabolite.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of phenylacetate.</go:definition>
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            <go:synonym>pterin catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any compound containing pteridine (pyrazino(2,3-dipyrimidine)), eg. pteroic acid, xanthopterin and folic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of pteridine, pyrazino(2,3-dipyrimidine), the parent structure of pterins and the pteroyl group.</go:definition>
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            <go:name>tetrahydrobiopterin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of tetrahydrobiopterin, the reduced form of biopterin (2-amino-4-hydroxy-6-(1,2-dihydroxypropyl)-pteridine). It functions as a hydroxylation coenzyme, eg. in the conversion of phenylalanine to tyrosine.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of pyridine, a nitrogenous base (C5H5N) obtained from the distillation of bone oil or coal tar, and by the decomposition of certain alkaloids, as a colorless liquid with a peculiar pungent odor.</go:definition>
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            <go:synonym>quinate degradation</go:synonym>
            <go:synonym>quinic acid catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of quinate, the anion of quinic acid.</go:definition>
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            <go:name>salicylic acid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of salicylic acid (2-hydroxybenzoic acid), a derivative of benzoic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of sophorosyloxydocosanoate, 13-sophorosyloxydocosanoate 6',6''-diacetate.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of styrene, an aromatic hydrocarbon liquid used in the manufacture of polystyrene.</go:definition>
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            <go:synonym>toluene degradation</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of toluene, a volatile monoaromatic hydrocarbon found in crude petroleum and petroleum products.</go:definition>
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            <go:name>4-toluenecarboxylate catabolism</go:name>
            <go:synonym>p-toluate catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 4-toluenecarboxylate, 4-methylbenzenecarboxylate, the anion of carboxylic acid attached to a methylbenzene molecule.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic 2,4,6-trinitrotoluene catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 2,4,6-trinitrotoluene, 1-methyl-2,4,6-trinitrobenzene, a highly explosive pale yellow crystalline solid, in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>4-nitrotoluene catabolism</go:name>
            <go:synonym>4NT catabolism</go:synonym>
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            <go:name>trinitrotoluene catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of trinitrotoluene, a methylated benzene entity with three NO2 groups attached to it. This includes the explosive TNT, 1-methyl-2,4,6-trinitrobenzene.</go:definition>
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            <go:name>2,4,6-trinitrotoluene catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 2,4,6-trinitrotoluene, 1-methyl-2,4,6-trinitrobenzene, a highly explosive pale yellow crystalline solid.</go:definition>
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            <go:name>toluene-4-sulfonate catabolism</go:name>
            <go:synonym>4-toluenesulfonate catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>toluene-4-sulphonate catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of toluene-4-sulfonate, 4-methylbenzenesulfonate, the anion of sulfonic acid attached to a methylbenzene molecule.</go:definition>
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            <go:synonym>xylene degradation</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of xylene, a mixture of three colorless, aromatic hydrocarbon liquids, ortho-, meta- and para-xylene.</go:definition>
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            <go:name>m-xylene catabolism</go:name>
            <go:synonym>m-xylene degradation</go:synonym>
            <go:synonym>meta-xylene catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of m-xylene, 1,3-dimethylbenzene, a colorless, liquid aromatic hydrocarbon.</go:definition>
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            <go:synonym>ortho-xylene catabolism</go:synonym>
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            <go:name>p-xylene catabolism</go:name>
            <go:synonym>p-xylene degradation</go:synonym>
            <go:synonym>para-xylene catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of p-xylene (1,4-dimethylbenzene), a colorless, liquid aromatic hydrocarbon.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving benzene, C6H6, a volatile, very inflammable liquid, contained in the naphtha produced by the destructive distillation of coal, from which it is separated by fractional distillation, or any of its derivatives.</go:definition>
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            <go:synonym>anaerobic DDT metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 1,1,1-trichloro-2,2-bis-(4'-chlorophenyl)ethane (DDT), a chlorinated, broad spectrum, contact insecticide, in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 1,2,4-trichlorobenzene, a derivative of benzene with chlorine atoms attached to positions 1, 2 and 4 of the ring. It is a colorless liquid used as a solvent in chemical manufacturing, in dyes and intermediates, dielectric fluid, synthetic transformer oils, lubricants, heat-transfer medium and insecticides.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 1,4-dichlorobenzene (p-dichlorobenzene or paramoth), a derivative of benzene with two chlorine atoms attached at opposite positions on the ring. It forms white crystals at room temperature and is used as an insecticidal fumigant, particularly in mothballs.</go:definition>
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            <go:synonym>2,4,5-T metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2,4,5-trichlorophenoxyacetic acid, a chlorinated aromatic compound which is widely used as a herbicide, often as a weed killer for home lawns.</go:definition>
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            <go:name>2,4-dichlorophenoxyacetic acid metabolism</go:name>
            <go:synonym>2,4-D metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2,4-dichlorophenoxyacetic acid, a chlorinated phenoxy compound which functions as a systemic herbicide and is used to control many types of broadleaf weeds.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid, a chlorinated phenoxy compound which functions as a systemic herbicide and is used to control many types of broadleaf weeds.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2-chloro-N-isopropylacetanilide, an acylanide herbicide widely used to protect corn, onion, cabbage, rose bushes, and ornamental plants.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 3-phenylpropionate, the anion of phenylpropanoic acid. It is produced from putrefaction of proteins in soil or breakdown of several constituents of plants, such as lignin, various oils and resins.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 4-carboxy-4'-sulfoazobenzene, a sulfonated azo compound synthesized by nitro-amine condensation from sulfanilic acid and 4-nitrobenzoic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving benzene, C6H6, a volatile, very inflammable liquid, contained in the naphtha produced by the destructive distillation of coal, from which it is separated by fractional distillation.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving benzoate, the anion of benzoic acid (benzenecarboxylic acid), a fungistatic compound widely used as a food preservative; it is conjugated to glycine in the liver and excreted as hippuric acid.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2,4-dichlorobenzoate, a chlorinated aromatic compound which is a key intermediate in the aerobic degradation of polychlorinated biphenyls (PCBs).</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving benzoate, the anion of benzoic acid (benzenecarboxylic acid) that occur in the presence of oxygen.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving benzonitrile. Benzonitrile is used as a solvent and chemical intermediate in the pharmaceutical, dyestuffs and rubber industries. It is highly toxic and harmful in contact with skin.</go:definition>
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            <go:name>biphenyl metabolism</go:name>
            <go:synonym>xenene metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving biphenyl, a toxic aromatic hydrocarbon used as a heat transfer agent, as a fungistat in packaging citrus fruits and in plant disease control. Biphenyl can be chlorinated with 1-10 chlorine molecules to form polychlorinated biphenyls (PCBs).</go:definition>
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            <go:name>4-chlorobiphenyl metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 4-chlorobiphenyl, a member of the polychlorinated biphenyl (PCB) group of compounds, a very stable group of synthetic organic compounds composed of a biphenyl nucleus with 1-10 chlorine substituents. 4-chlorobiphenyl has been used as a model substrate to investigate PCB degradation.</go:definition>
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            <go:name>bromoxynil metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving bromoxynil, C7H3Br2NO, a dibrominated phenol derivative with a cyano (-CN) group attached. Bromoxynil is used as a herbicide for post-emergent control of annual broadleaf weeds and works by inhibiting photosynthesis in the target plants.</go:definition>
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            <go:synonym>CAR metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving carbazole, a heterocyclic aromatic compound containing a dibenzopyrrole system that is produced during coal gasification and is present in cigarette smoke. Coal tar produced at high temperature contains an average of 1.5% carbazole. It is used widely in synthesis of dyes, pharmaceuticals, and plastics and is a suspected carcinogen.</go:definition>
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            <go:name>chlorobenzene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving chlorobenzene, a derivative of benzene with a chlorine atoms attached to the ring. It is a colorless liquid that is manufactured for use as a solvent. It quickly evaporates in the air and is degraded by hydroxyl radicals that are produced photochemically. The gas acts as a source of ClOx, which helps in the breakdown of stratospheric ozone.</go:definition>
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            <go:name>dibenzo-p-dioxin metabolism</go:name>
            <go:synonym>oxanthrene metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>phenodioxin metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dibenzo-p-dioxin, a substance composed of two benzene rings linked by two ether bonds. Dibenzo-p-dioxins are generated as by-products in the manufacturing of herbicides, insecticides, fungicides, paper pulp bleaching, and in incineration, and can accumulate in milk and throughout the food chain, creating significant health concern.</go:definition>
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            <go:name>dibenzo-p-dioxin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of dibenzo-p-dioxin, a substance composed of two benzene rings linked by two ether bonds.</go:definition>
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            <go:name>dibenzofuran metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dibenzofuran, a substance composed of two benzene rings linked by one ether bond and one carbon-carbon bond. Dibenzofuran is a white crystalline solid created from the production of coal tar and used as an insecticide and an intermediate in the production of other chemicals.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of dibenzofuran, a substance composed of two benzene rings linked by one ether bond and one carbon-carbon bond.</go:definition>
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            <go:synonym>diphenylene sulfide metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dibenzothiophene, a substance composed of two benzene rings linked by one sulfide bond and one carbon-carbon bond. Dibenzothiophene derivatives can be detected in diesel oil following hydrodesulfurization treatment to remove sulfur compounds that would otherwise generate sulfur oxides during combustion.</go:definition>
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            <go:name>dibenzothiophene desulfurization</go:name>
            <go:synonym>dibenzothiophene desulphurization</go:synonym>
            <go:definition>The removal of the sulfur atom from dibenzothiophene, a substance composed of two benzene rings linked by one sulfide bond and one carbon-carbon bond.</go:definition>
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            <go:name>ethylbenzene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ethylbenzene (phenylethane), a benzene derivative with an ethyl group attached to the ring. It is a colorless liquid with a pungent odor used as a solvent and as a component of automotive and aviation fuels.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ethylbenzene (phenylethane), a benzene derivative with an ethyl group attached to the ring, that occur in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic ethylbenzene catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of ethylbenzene, a benzene derivative with an ethyl group attached to the ring, which occurs in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>fluorene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving fluorene, a tricyclic polycyclic aromatic hydrocarbon containing a five-membered ring. It is a major component of fossil fuels and their derivatives and is also a by-product of coal-conversion and energy-related industries. It is commonly found in vehicle exhaust emissions, crude oils, motor oils, coal and oil combustion products, waste incineration, and industrial effluents.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving prodione, a colorless, odorless crystal. It is used as a dicarboximide contact fungicide to control a wide variety of crop diseases by inhibiting the germination of spores and the growth of the fungal mat (mycelium).</go:definition>
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            <go:name>naphthalene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving naphthalene, a fused ring bicyclic aromatic hydrocarbon commonly found in crude oil and oil products. Naphthalene is familiar as the compound that gives mothballs their odor; it is used in the manufacture of plastics, dyes, solvents, and other chemicals, as well as being used as an antiseptic and insecticide.</go:definition>
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            <go:name>naphthalenesulfonate metabolism</go:name>
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            <go:synonym>naphthalenesulphonate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving naphthalenesulfonate, sulfonated derivatives of naphthalene.</go:definition>
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            <go:name>nitrobenzene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nitrobenzene (nitrobenzol), a derivative of benzene with an NO2 group attached to the ring. It is a yellow aromatic liquid used in perfumery and manufactured in large quantities in the preparation of aniline.</go:definition>
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            <go:name>parathion metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving parathion, a highly toxic organophosphate compound formerly used as a broad spectrum insecticide, a caricide, fumigant and nematocide. Degradation of parathion by sunlight or liver enzymes can result in the formation of the active compound paraoxon which interferes with the nervous system through cholinesterase inhibition.</go:definition>
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            <go:name>parathion catabolism</go:name>
            <go:synonym>parathion degradation</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of parathion, a highly toxic organophosphate compound. Degradation of parathion by sunlight or liver enzymes can result in the formation of the active compound paraoxon which interferes with the nervous system through cholinesterase inhibition.</go:definition>
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            <go:name>phenanthrene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phenanthrene, a tricyclic aromatic hydrocarbon used in explosives and in the synthesis of dyes and drugs. Although phenanthrene is not mutagenic or carcinogenic, it has been shown to be toxic to marine diatoms, gastropods, mussels, crustaceans, and fish.</go:definition>
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            <go:name>phenylmercury acetate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phenylmercury acetate, an organomercurial compound composed of a mercury atom attached to a benzene ring and an acetate group.</go:definition>
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            <go:name>phenylmercury acetate catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of phenylmercury acetate, an organomercurial compound composed of a mercury atom attached to a benzene ring and an acetate group.</go:definition>
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            <go:name>phthalate metabolism</go:name>
            <go:synonym>phthalic acid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phthalate, the anion of phthalic acid. Phthalic acid diesters are used industrially in the production of a variety of household and consumer goods including plastic polymers, lubricating oils, and carriers for perfumes in cosmetics, while phthalic acid itself is used industrially as a plasticizer. Terephthalate is used in the synthesis of polyethylene terephthalate (abbreviated PET or PETE), a plastic polymer with many commercial uses.</go:definition>
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            <go:name>styrene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving styrene, an aromatic hydrocarbon liquid soluble in ether and alcohol. When heated, exposed to light or added to a peroxide catalyst, it undergoes polymerization to form polystyrene, a versatile material used in the manufacture of plastics, synthetic rubber, thermal insulation, and packaging. Styrene is a classified mutagen and a suspected carcinogen.</go:definition>
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            <go:name>toluene metabolism</go:name>
            <go:synonym>methylbenzene metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving toluene, a volatile monoaromatic hydrocarbon found in crude petroleum and petroleum products such as gasoline and commonly used as a paint thinning agent and in other solvent applications.</go:definition>
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            <go:name>4-toluenecarboxylate metabolism</go:name>
            <go:synonym>p-toluate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 4-toluenecarboxylate, 4-methylbenzenecarboxylate, the anion of carboxylic acid attached to a methylbenzene molecule.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic toluene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving toluene, a volatile monoaromatic hydrocarbon found in crude petroleum and petroleum products, that occur in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic 2,4,6-trinitrotoluene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2,4,6-trinitrotoluene, 1-methyl-2,4,6-trinitrobenzene, a highly explosive pale yellow crystalline solid, that occur in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>nitrotoluene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nitrotoluene, any methylbenzene molecule with NO2 group(s) attached.</go:definition>
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            <go:name>4-nitrotoluene metabolism</go:name>
            <go:synonym>4NT metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 4-nitrotoluene, 1-methyl-4-nitrobenzene. It is a light yellow liquid with a weak aromatic odor.</go:definition>
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            <go:name>trinitrotoluene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving trinitrotoluene, a methylated benzene molecule with three NO2 groups attached to it. This includes the explosive TNT, 1-methyl-2,4,6-trinitrobenzene.</go:definition>
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            <go:name>2,4,6-trinitrotoluene metabolism</go:name>
            <go:synonym>TNT metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2,4,6-trinitrotoluene, 1-methyl-2,4,6-trinitrobenzene, a highly explosive pale yellow crystalline solid. It is prepared from toluene treated with concentrated sulfuric and nitric acids and is used in shells, bombs, and blasting explosives.</go:definition>
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            <go:name>p-cymene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving p-cymene, 1-methyl-4-isopropylbenzene, one of the alkyl-substituted aromatic hydrocarbons found in volatile oils from over 100 plants.</go:definition>
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            <go:name>p-cymene catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of p-cymene, 1-methyl-4-isopropylbenzene, one of the alkyl-substituted aromatic hydrocarbons found in volatile oils from over 100 plants.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of benzyl isoquinoline alkaloids, compounds with bicyclic N-containing aromatic rings.</go:definition>
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            <go:name>aflatoxin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving aflatoxin, a fungal metabolite found as a contaminant in moldy grains that induces liver cancer. Aflatoxin induces a G to T transversion at codon 249 of p53, leading to its inactivation. Aflatoxin is converted to a chemical carcinogen by P450.</go:definition>
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            <go:name>ectoine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ectoine (1,4,5,6-tetrahydro-2-methyl-4-pyrimidinecarboxylic acid), a tetrahydropyrimidine commonly synthesized by halophilic bacteria.</go:definition>
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            <go:name>enterobactin metabolism</go:name>
            <go:synonym>enterochelin metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving enterobactin, a catechol-derived siderochrome of Enterobacteria; enterobactin (N',N',N''-(2,6,10-trioxo-1,5,9-triacyclodecane-3,7,11-triyl)tris(2,3-dihydroxy)benzamide) is a self-triester of 2,3-dihydroxy-N-benzoyl-L-serine and a product of the shikimate pathway.</go:definition>
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            <go:name>enterobactin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of enterobactin, a catechol-derived siderochrome of Enterobacteria; enterobactin (N',N',N''-(2,6,10-trioxo-1,5,9-triacyclodecane-3,7,11-triyl)tris(2,3-dihydroxy)benzamide) is a self-triester of 2,3-dihydroxy-N-benzoyl-L-serine and a product of the shikimate pathway.</go:definition>
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            <go:name>folic acid and derivative metabolism</go:name>
            <go:synonym>folate and derivative metabolism</go:synonym>
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            <go:name>10-formyltetrahydrofolate metabolism</go:name>
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            <go:synonym>indole acetic acid metabolism</go:synonym>
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            <go:definition>The formation from simpler components of terpenoid indole alkaloids, compounds formed from the condensation of tryptamine (derived from tryptophan) and secologanin (derived from geranyl pyrophosphate).</go:definition>
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            <go:name>mandelate metabolism</go:name>
            <go:synonym>mandelic acid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mandelate, the anion of mandelic acid. Mandelic acid (alpha-hydroxybenzeneacetic acid) is an 8-carbon alpha-hydroxy acid (AHA) that is used in organic chemistry and as a urinary antiseptic.</go:definition>
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            <go:name>nucleobase metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a nucleobase, a nitrogenous base that is a constituent of a nucleic acid, eg. the purines: adenine, guanine, hypoxanthine, xanthine and the pyrimidines: cytosine, uracil, thymine.</go:definition>
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            <go:name>nucleobase biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of a nucleobase, a nitrogenous base that is a constituent of a nucleic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of purine bases, one of the two classes of nitrogen-containing ring compounds found in DNA and RNA, which include adenine and guanine.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of adenine, 6-aminopurine, one of the five main bases found in nucleic acids and a component of numerous important derivatives of its corresponding ribonucleoside, adenosine.</go:definition>
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            <go:name>guanine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of guanine, 2-amino-6-hydroxypurine, a purine that is one of the five main bases found in nucleic acids and a component of a number of phosphorylated guanosine derivatives whose metabolic or regulatory functions are important.</go:definition>
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            <go:name>hypoxanthine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of hypoxanthine, 6-hydroxy purine, an intermediate in the degradation of adenylate. Its ribonucleoside is known as inosine and its ribonucleotide as inosinate.</go:definition>
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            <go:name>xanthine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of xanthine, 2,6-dihydroxypurine, a purine formed in the metabolic breakdown of guanine but not present in nucleic acids.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of pyrimidine bases, 1,3-diazine, organic nitrogenous bases.</go:definition>
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            <go:name>thymine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving thymine, 5-methyluracil, one of the two major pyrimidine bases present (as thymidine) in DNA but not found in RNA other than (as ribothymidine) in transfer RNA, where it is a minor base.</go:definition>
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            <go:name>uracil metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving uracil, 2,4-dioxopyrimidine, one of the pyrimidine bases occurring in RNA, but not in DNA.</go:definition>
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            <go:synonym>pterin metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any compound containing pteridine (pyrazino(2,3-dipyrimidine)), eg. pteroic acid, xanthopterin and folic acid.</go:definition>
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            <go:name>Mo-molybdopterin cofactor metabolism</go:name>
            <go:synonym>molybdopterin cofactor metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving Mo-molybdopterin cofactor (Moco), essential for the catalytic activity of some enzymes, eg. sulfite oxidase, xanthine dehydrogenase, and aldehyde oxidase.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pteridine, pyrazino(2,3-dipyrimidine), the parent structure of pterins and the pteroyl group.</go:definition>
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            <go:name>tetrahydrobiopterin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving tetrahydrobiopterin, the reduced form of biopterin (2-amino-4-hydroxy-6-(1,2-dihydroxypropyl)-pteridine). It functions as a hydroxylation coenzyme, eg. in the conversion of phenylalanine to tyrosine.</go:definition>
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            <go:name>W-molybdopterin cofactor metabolism</go:name>
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            <go:name>pyridine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pyridine, a nitrogenous base (C5H5N) obtained from the distillation of bone oil or coal tar, and by the decomposition of certain alkaloids, as a colorless liquid with a peculiar pungent odor.</go:definition>
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            <go:name>2,5-dihydroxypyridine utilization</go:name>
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            <go:name>s-triazine compound metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any s-triazine compound. These compounds include many pesticides of widespread use in agriculture, and are characterized by a symmetrical hexameric ring consisting of alternating carbon and nitrogen atoms.</go:definition>
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            <go:name>atrazine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving atrazine, a triazine ring-containing compound, widely used as a herbicide.</go:definition>
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            <go:name>atrazine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of atrazine, a triazine ring-containing herbicide.</go:definition>
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            <go:name>atrazine catabolism to cyanuric acid</go:name>
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            <go:name>cyanuric acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cyanuric acid, a suspected gastrointestinal or liver toxicant, and a potential degradation product of triazine herbicides, such as atrazine and simazine. It is widely used for the stabilization of available chlorine in swimming pool water and is also the starting compound for the synthesis of many organic derivatives.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving N-cyclopropylmelamine, a triazine compound commonly used as an insect growth regulator insecticide.</go:definition>
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            <go:synonym>s-triazine compound degradation</go:synonym>
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            <go:name>sophorosyloxydocosanoate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sophorosyloxydocosanoate, 13-sophorosyloxydocosanoate 6',6''-diacetate, an aromatic hydrocarbon.</go:definition>
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            <go:name>sterigmatocystin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sterigmatocystin, a carcinogenic mycotoxin produced in high yields by strains of the common molds.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of alkaloids, nitrogen-containing natural products which are not otherwise classified as nonprotein amino acids, amines, peptides, amines, cyanogenic glycosides, glucosinolates, cofactors, phytohormones, or primary metabolite (such as purine or pyrimidine bases).</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of dipyrrins (pyrromethanes), compounds containing two pyrrole rings linked through a methine, -CH=, group.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of epothilone, a drug obtained from the myxobacteria Sporangium cellulosum that interferes with cell division. Some epothilones are being studied as treatments for cancer.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of tropane alkaloids, compounds containing the 8-methyl-8-azabicyclo(3.2.1)octane ring system.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of alkanesulfonates, the anion of alkanesulfonic acids, sulfonic acid derivatives containing an aliphatic hydrocarbon moiety.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of a bacteriocin, any of a heterogeneous group of polypeptide antibiotics that are secreted by certain bacterial strains and are able to kill cells of other susceptible (frequently related) strains after adsorption at specific receptors on the cell surface. They include the colicins, and their mechanisms of action vary.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of enniatins, any of various cyclodepsipeptide antibiotics from Fusarium species that function as ionophores.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of cocaine, an alkaloid obtained from the dried leaves of the shrub Erythroxylon coca. It is a cerebral stimulant and narcotic.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of coenzymes, any of various nonprotein organic cofactors that are required, in addition to an enzyme and a substrate, for an enzymatic reaction to proceed.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of 2'-(5''-triphosphoribosyl)-3'-dephospho-CoA, a derivative of coenzyme A.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of acyl-CoA, any derivative of coenzyme A in which the sulfhydryl group is in thioester linkage with a fatty-acyl group.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of ATP, adenosine 5'-triphosphate, a universally important coenzyme and enzyme regulator.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of thiamin diphosphate, a derivative of thiamin (vitamin B1) which acts as a coenzyme in a range of processes including the Krebs cycle.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of corrin, C19H22N4, the fundamental heterocyclic skeleton of the corrinoids. It consists of four reduced pyrrole rings joined into a macrocyclic ring. Corrin is the core of the vitamin B12 molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of mycothiol, which consists of N-acetyl-L-cysteine linked to a pseudodisaccharide, D-glucosamine and myo-inositol. Mycothiol is produced in actinomycetes like mycobacteria and serves similar functions to glutathione.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of phytochromobilin, which involves the oxidative cleavage of heme by a heme oxygenase(HO) to form biliverdin IX alpha.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of any member of a large group of derivatives or analogs of porphyrin. Porphyrin consists of a ring of four pyrrole nuclei linked each to the next at their alpha positions through a methine group.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of siderochromes, low molecular weight Fe(III)-chelating substances made by aerobic or facultatively anaerobic bacteria, especially when growing under iron deficient conditions. The complexes of Fe(3+)-siderochromes have very high stability constants and are taken up by specific transport systems by microorganisms; the subsequent release of iron requires enzymatic action.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of the siderophore chrysobactin (alpha-N-(2,3-dihydroxybenzoyl)-D-lysyl-L-serine).</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of the siderochrome pyochelin (2-(2-o-hydroxyphenyl-2-thiazolin-4-yl)-3-methylthiazolidine-4-carboxylic acid).</go:definition>
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            <go:definition>The synthesis from simpler components of hydrocarbons that make up the cuticle, the outer layer of some animals and plants, which acts to prevent water loss.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of depsipeptides, a linear or cyclic compound composed of both amino acids and hydroxy acids in peptide and ester bonds respectively.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of ether lipids, lipids that contain (normally) one fatty alcohol in ether linkage to one of the carbon atoms (normally C-1) of glycerol.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of heterocyclic compounds, those with a cyclic molecular structure and at least two different atoms in the ring (or rings).</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of 4-amino-3-isothiazolinone, five-membered saturated heterocyclic ring structures containing a sulfur and a nitrogen in the 1-position and 2-positions respectively.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of oxazole and thiazole, five-membered heterocyclic ring structures containing an oxygen and a sulfur, respectively, in the 1-position and a nitrogen in the 3-position.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of a peptidyl cysteine-peptidyl phenylalanine cross-link by the condensation of a cysteine thiol with the carbonyl of the preceding residue and alpha-beta dehydrogenation.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of a peptidyl cysteine-peptidyl serine cross-link by the condensation of a cysteine thiol with the carbonyl of the preceding residue and alpha-beta dehydrogenation.</go:definition>
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            <go:synonym>PHA biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of poly(3-hydroxyalkanoates), polyesters of 3-hydroxyacids produced as intracellular granules by a large variety of bacteria.</go:definition>
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            <go:name>hormone biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of any hormone, naturally occurring substances secreted by specialized cells that affects the metabolism or behavior of other cells possessing functional receptors for the hormone.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of androgens, C19 steroid hormones that can stimulate the development of male sexual characteristics.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of progesterone, a steroid hormone produced in the ovary which prepares and maintains the uterus for pregnancy. Also found in plants.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of glucocorticoids, hormonal C21 corticosteroids synthesized from cholesterol.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of juvenile hormones, the three sesquiterpenoid derivatives that function to maintain the larval state of insects at molting and that may be required for other processes, eg. oogenesis.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of mineralocorticoids, hormonal C21 corticosteroids synthesized from cholesterol.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation of hormones from simpler components.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of ketones, a class of organic compounds that contain the carbonyl group, CO, and in which the carbonyl group is bonded only to carbon atoms. The general formula for a ketone is RCOR, where R and R are alkyl or aryl groups.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of (+)-camphor, a bicyclic monoterpene ketone.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of acetoin, 3-hydroxy-2-butanone.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of ketone bodies, any one of the three substances: acetoacetate, D-3-hydroxybutyrate (beta-hydroxybutyrate) or acetone. Biosynthesis involves the formation of hydroxymethylglutaryl-CoA, which is cleaved to acetate and acetyl-CoA.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of macromolecules, large molecules including proteins, nucleic acids and carbohydrates.</go:definition>
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            <go:synonym>mykose biosynthesis</go:synonym>
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            <go:definition>The formation from simpler components of cyanogenic glycosides, any glycoside containing a cyano group that is released as hydrocyanic acid on acid hydrolysis; such compounds occur in the kernels of various fruits.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of dhurrin, a cyanogenic glucoside which functions as a plant defense compound.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of saponins, glycosides of plants in which the aglycan (sapogenin) moiety is a terpene or steroid and the sugar moiety is a glucose, a galactose, a pentose, a methylpentose or an oligosaccharide. Saponins are powerful surfactant agents and membrane active; they are, hence, toxic to animals on injection.</go:definition>
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            <go:name>oligosaccharide biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of oligosaccharides, molecules with between two and (about) 20 monosaccharide residues connected by glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of the core region of bacterial lipopolysaccharides, which contains ten saccharide residues.</go:definition>
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            <go:name>reductive pentose-phosphate cycle</go:name>
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            <go:definition>The fixation of carbon dioxide (CO2) as glucose in the chloroplasts of C3 plants; uses ATP and NADPH formed in the light reactions of photosynthesis; carbon dioxide reacts with ribulose 1,5-bisphosphate (catalyzed by the function of ribulose-bisphosphate carboxylase (GO:0016984)) to yield two molecules of 3-phosphoglycerate; these are then phosphorylated by ATP to 1,3-bisphosphateglyceraldehyde which, in turn, is then reduced by NADPH to glyceraldehyde 3-phosphate. The glyceraldehyde 3-phosphate is converted to fructose 5-phosphate and ribulose 5-phosphate by aldolase and other enzymes; the ribulose 5-phosphate is phosphorylated by ATP to ribulose 1,5-bisphosphate.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of xyloglucan, the cross-linking glycan composed of 1-&gt;4-beta-D glucan backbone substituted at regular intervals with beta-D-xylosyl-1-&gt;6 residues, which is present in the primary cell wall of most higher plants.</go:definition>
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            <go:synonym>heparan sulfate proteoglycan chain elongation</go:synonym>
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            <go:definition>The formation from simpler components of polysaccharide chain component of heparan sulfate proteoglycan.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of a K antigen, a capsular polysaccharide antigen carried on the surface of bacterial capsules that masks somatic (O) antigens.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of the O side chain of a lipopolysaccharide, which determines the antigenic specificity of the organism. It is made up of about 50 repeating units of a branched tetrasaccharide.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of proteoglycans, any glycoprotein in which the carbohydrate units are glycosaminoglycans.</go:definition>
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            <go:name>chondroitin sulfate proteoglycan biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>chondroitin sulphate proteoglycan biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of chondroitin sulfate proteoglycan, any glycoprotein whose glycosaminoglycan units are chondroitin sulfate. Chondroitin sulfates are a group of 10-60 kDa glycosaminoglycans, widely distributed in cartilage and other mammalian connective tissues; the repeat units consist of beta-(1,4)-linked D-glucuronyl beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine sulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>chondroitin sulfate proteoglycan chain elongation</go:synonym>
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            <go:definition>The elongation of chondroitin sulfate proteoglycan chains by alternate addition of N-acetylhexosamine and GlcUA residues to the GAG-protein linkage region tetrasaccharide of chondroitin sulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>chondroitin sulfate B proteoglycan biosynthesis</go:synonym>
            <go:synonym>dermatan sulphate proteoglycan biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of dermatan sulfate proteoglycan, any glycoprotein whose glycosaminoglycan units are dermatan sulfate (chondroitin sulfate B). Dermatan sulfate is a glycosaminoglycan with repeats consisting of beta-(1,4)-linked L-iduronyl-beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine 4-sulfate units.</go:definition>
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            <go:synonym>chondroitin sulfate B proteoglycan biosynthesis, polysaccharide chain biosynthesis</go:synonym>
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            <go:synonym>dermatan sulfate proteoglycan chain elongation</go:synonym>
            <go:synonym>dermatan sulphate proteoglycan biosynthesis, polysaccharide chain biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The elongation of dermatan sulfate proteoglycan chains by alternate addition of N-acetylhexosamine and GlcUA residues to the GAG-protein linkage region tetrasaccharide of dermatan sulfate.</go:definition>
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            <go:synonym>heparan sulphate proteoglycan biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of the heparan sulfate proteoglycan, a glycosaminoglycan with repeat unit consisting of alternating (alpha1-&gt;4)-linked hexuronic acid and glucosamine residues; the former are a mixture of sulfated and nonsulfated D-glucuronic acid and L-iduronic acid; the L-iduronic acid is either sulfated or acetylated on its amino group as well as being sulfated on one of its hydroxyl groups; heparan sulfate chains are covalently linked to peptidyl-serine by a glycosidic attachment through the trisaccharide galactosyl-galactosyl-xylosyl to serine residues.</go:definition>
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            <go:synonym>GO:0000037</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of a fatty acid, any of the aliphatic monocarboxylic acids that can be liberated by hydrolysis from naturally occurring fats and oils. Fatty acids are predominantly straight-chain acids of 4 to 24 carbon atoms, which may be saturated or unsaturated; branched fatty acids and hydroxy fatty acids also occur, and very long chain acids of over 30 carbons are found in waxes.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of gibberellic acid. Gibberellins are a class of highly modified terpenes that function as plant growth regulators.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of abscisic acid, 5-(1-hydroxy-2,6,6,trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-y1)-3-methylpenta-2,4-dienoic acid.</go:definition>
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            <go:name>regulation of abscisic acid biosynthesis</go:name>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of abscisic acid biosynthesis.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of tetraterpenoid compounds, terpenoids with 40 isoprenoid units.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of carotenoids, tetraterpenoid compounds in which two units of 4 isoprenoid residues joined head-to-tail are themselves joined tail-to-tail.</go:definition>
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                <go:reference>01.06.01.07.11 tetracyclic and pentacyclic triterpenes (cholesterin, steroids and hopanoids) biosynthesis &gt; GO:triterpenoid biosynthesis ; GO:0016104 &gt; GO:steroid biosynthesis ; GO:0006694</go:reference>
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            <go:definition>The formation from simpler components of prenols, isoprenoids of general formula (H-CH2-C(CH3)=CH-CH2-)n-OH, any primary monohydroxy alcohol whose carbon skeleton consists of two or more isoprenoid residues linked head to tail.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of polyprenols, prenols with more than 4 isoprenoid residues, which may be all-trans, or a mixture of cis and trans.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of dolichols, any 2,3-dihydropolyprenol derived from four or more linked isoprene units.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of dolichyl diphosphate, a phosphorylated dolichol derivative.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of membrane lipids, any lipid found in or associated with a biological membrane.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of glycolipid, a compound containing (usually) 1-4 linked monosaccharide residues joined by a glycosyl linkage to a lipid.</go:definition>
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            <go:name>galactolipid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of galactolipids, any glycolipid containing one of more residues of galactose and/or N-acetylgalactosamine.</go:definition>
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            <go:name>galactosylceramide biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of galactosylceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic hydroxyl group of a cyclic form of galactose by a ceramide group.</go:definition>
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            <go:name>glycosphingolipid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of glycosphingolipid, a compound with residues of sphingoid and at least one monosaccharide.</go:definition>
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            <go:name>ganglioside biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of ceramide oligosaccharides carrying in addition to other sugar residues, one or more sialic acid residues.</go:definition>
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            <go:name>lactosylceramide biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of lactosylceramides, Gal beta(1,4)Glc beta(1,1') ceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic C1 hydroxyl group of lactose by a ceramide group. They are the precursors of both gangliosides and globosides.</go:definition>
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            <go:name>globoside biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of a ceramide with a core structure of GalNAc-beta-(1,3)-Gal-alpha(1,4)Glc(I).</go:definition>
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            <go:name>GSI anchor biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of a glycosylsphingolipidinositol (GSI) anchor that attaches some membrane proteins to the lipid bilayer of the cell membrane. The sphingolipid moiety is linked, via the C-6 hydroxyl residue of inositol to a carbohydrate chain which is itself linked to the protein via a ethanolamine phosphate moiety, its amino group forming an amide linkage with the C-terminal carboxyl of the protein. Some GSI anchors have variants on this canonical linkage.</go:definition>
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            <go:name>GSI anchor biosynthesis via N-glycyl-glycosylsphingolipidinositolethanolamine</go:name>
            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-glycine ethanolamide-linked glycosylsphingolipidinositol (GSI) anchor following hydrolysis of a glycyl-peptide bond in the carboxy-terminal region of a membrane-associated protein.</go:definition>
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            <go:name>GSI anchor biosynthesis via N-seryl-glycosylsphingolipidinositolethanolamine</go:name>
            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-serine ethanolamide-linked glycosylsphingolipidinositol (GSI) anchor following hydrolysis of a seryl-peptide bond in the carboxy-terminal region of a membrane-associated protein.</go:definition>
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            <go:name>glycosylceramide biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of glycosylceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic hydroxyl group of a cyclic form of a monosaccharide (or derivative) by a ceramide group.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of glucosylceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic hydroxyl group of a cyclic form of glucose by a ceramide group.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of glucosylceramide biosynthesis</go:name>
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            <go:synonym>glycosylphosphatidylinositol biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of a glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchor that attaches some membrane proteins to the lipid bilayer of the cell membrane. The phosphatidylinositol moiety is linked via the C-6 hydroxyl residue of inositol to a carbohydrate chain which is itself linked to the protein via an ethanolamine phosphate moiety, its amino group forming an amide linkage with the C-terminal carboxyl of the protein. Some GPI anchors have variants on this canonical linkage.</go:definition>
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            <go:name>attachment of GPI anchor to protein</go:name>
            <go:definition>A transamidation reaction that results in the cleavage of the polypeptide chain and the concomitant transfer of the GPI anchor to the newly formed carboxy-terminal amino acid of the anchored protein. The cleaved C-terminal contains the C-terminal GPI signal sequence of the newly synthesized polypeptide chain.</go:definition>
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            <go:name>GPI anchor biosynthesis via N-alanyl-glycosylphosphatidylinositolethanolamine</go:name>
            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-alanine ethanolamide-linked glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchor following hydrolysis of an alanyl-peptide bond in the carboxy-terminal region of a membrane-associated protein.</go:definition>
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            <go:name>GPI anchor biosynthesis via N-asparaginyl-glycosylphosphatidylinositolethanolamine</go:name>
            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-asparagine ethanolamide-linked glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchor following hydrolysis of a asparaginyl-peptide bond in the carboxy-terminal region of a membrane-associated protein.</go:definition>
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            <go:name>GPI anchor biosynthesis via N-aspartyl-glycosylphosphatidylinositolethanolamine</go:name>
            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-aspartic acid ethanolamide-linked glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchor following hydrolysis of a aspartyl-peptide bond in the carboxy-terminal region of a membrane-associated protein.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-cysteine ethanolamide-linked glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchor following hydrolysis of a cysteinyl-peptide bond in the carboxy-terminal region of a membrane-associated protein.</go:definition>
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            <go:name>GPI anchor biosynthesis via N-glycyl-glycosylphosphatidylinositolethanolamine</go:name>
            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-glycine ethanolamide-linked glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchor following hydrolysis of a glycyl-peptide bond in the carboxy-terminal region of a membrane-associated protein.</go:definition>
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            <go:name>GPI anchor biosynthesis via N-seryl-glycosylphosphatidylinositolethanolamine</go:name>
            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-serine ethanolamide-linked glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchor following hydrolysis of a seryl-peptide bond in the carboxy-terminal region of a membrane-associated protein.</go:definition>
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            <go:name>GPI anchor biosynthesis via N-threonyl-glycosylphosphatidylinositolethanolamine</go:name>
            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-threonyl ethanolamide-linked glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchor following hydrolysis of a threonyl-peptide bond in the carboxy-terminal region of a membrane-associated protein.</go:definition>
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            <go:name>preassembly of GPI anchor in ER membrane</go:name>
            <go:definition>The stepwise addition of the components of the GPI anchor on to phosphatidylinositol lipids in the ER membrane.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of phosphatidylinositol, any glycophospholipid with its sn-glycerol 3-phosphate residue is esterified to the 1-hydroxyl group of 1D-myo-inositol.</go:definition>
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            <go:name>platelet activating factor biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of platelet activating factor, 1-O-alkyl-2-acetyl-sn-glycerol 3-phosphocholine, where alkyl = hexadecyl or octadecyl. Platelet activating factor is an inflammatory mediator released from a variety of cells in response to various stimuli.</go:definition>
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            <go:name>sphingomyelin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of sphingomyelin, N-acyl-4-sphingenyl-1-O-phosphorylcholine.</go:definition>
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            <go:name>sphingolipid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of sphingolipids, any of a class of lipids containing the long-chain amine diol sphingosine or a closely related base (a sphingoid).</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of sphingoids, any of a class of compounds comprising sphinganine and its homologues and stereoisomers, and derivatives of these compounds.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of ceramides, any N-acylated sphingoid.</go:definition>
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            <go:name>sphinganine biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>dihydrosphingosine biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of sphinganine, D-erythro-2-amino-1,3-octadecanediol.</go:definition>
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            <go:synonym>dihydrosphingosine-1-phosphate biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of sphinganine-1-phosphate, the phosphorylated derivative of D-erythro-2-amino-1,3-octadecanediol.</go:definition>
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            <go:name>neutral lipid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of neutral lipids, lipids only soluble in solvents of very low polarity.</go:definition>
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            <go:name>regulation of lipid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation of lipids from simpler components.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of lipid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the formation of lipids from simpler components.</go:definition>
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            <go:synonym>steroidogenesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of steroids, compounds with a 1,2,cyclopentanoperhydrophenanthrene nucleus.</go:definition>
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            <go:name>bile acid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of bile acids, any of a group of steroid carboxylic acids occurring in bile.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of phytosteroids, steroids of higher plants differing from animal steroids C1 or C2 residues at C24 and/or a double bond at C22.</go:definition>
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            <go:name>brassinosteroid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of brassinosteroids, any of a group of steroid derivatives that occur at very low concentrations in plant tissues and may have hormone-like effects.</go:definition>
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            <go:name>regulation of steroid biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>regulation of steroidogenesis</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation from simpler components of steroids, compounds with a 1,2,cyclopentanoperhydrophenanthrene nucleus.</go:definition>
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            <go:synonym>sulpholipid biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of sulfolipid, a compound containing a sulfonic acid residue joined by a carbon-sulfur bond to a lipid.</go:definition>
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            <go:name>nucleoside biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of any one of a family of organic molecules consisting of a purine or pyrimidine base covalently bonded to a sugar ribose (a ribonucleoside) or deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:name>deoxyribonucleoside biosynthesis</go:name>
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            <go:name>purine deoxyribonucleoside biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of any purine deoxyribonucleoside, one of a family of organic molecules consisting of a purine base covalently bonded to a sugar deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of deoxyadenosine, 2-deoxyribosyladenine, one of the four major nucleosides of DNA.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of deoxyinosine, hypoxanthine deoxyriboside.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of any one of a family of organic molecules consisting of a pyrimidine base covalently bonded to a sugar deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of deoxycytidine, 2-deoxyribosylcytosine, one of the four major nucleosides of DNA.</go:definition>
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            <go:name>deoxyuridine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of deoxyuridine, 2-deoxyribosyluracil, one of the four major nucleosides of DNA.</go:definition>
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            <go:synonym>deoxyribosylthymine biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of thymidine, deoxyribosylthymine thymine 2-deoxyriboside, a deoxynucleoside very widely distributed but occurring almost entirely as phosphoric esters in deoxynucleotides and deoxyribonucleic acid, DNA.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of any purine nucleoside, one of a family of organic molecules consisting of a purine base covalently bonded to a sugar ribose (a ribonucleoside) or deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:name>purine ribonucleoside biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of any purine ribonucleoside, a nucleoside in which purine base is linked to a ribose (beta-D-ribofuranose) molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of adenosine, adenine riboside, a ribonucleoside found widely distributed in cells of every type as the free nucleoside and in combination in nucleic acids and various nucleoside coenzymes.</go:definition>
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            <go:name>diadenosine polyphosphate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of diadenosine polyphosphate, a derivative of the nucleoside adenosine with phosphate groups attached.</go:definition>
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            <go:name>diadenosine triphosphate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of diadenosine triphosphate, a derivative of the nucleoside adenosine with three phosphate groups attached.</go:definition>
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            <go:name>guanosine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of guanine, guanine riboside, a nucleoside with a wide species distribution.</go:definition>
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            <go:name>7-methylguanosine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of 7-methylguanosine, a modified nucleoside that forms a cap at the 5'-terminus of eukaryotic mRNA.</go:definition>
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            <go:name>queuosine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of queuosines, any of a series of nucleosides found in tRNA and having an additional pentenyl ring added via an NH group to the methyl group of 7-methylguanosine. The pentenyl ring may carry other substituents.</go:definition>
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            <go:name>guanosine pentaphosphate biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>guanosine pentaphosphate (5'-pppGpp-3') biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of guanine pentaphosphate (5'-pppGpp-3'), a derivative of guanine riboside with five phosphates.</go:definition>
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            <go:synonym>guanosine tetraphosphate (5'-ppGpp-3') biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of guanine tetraphosphate (5'-ppGpp-3'), a derivative of guanine riboside with four phosphates.</go:definition>
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            <go:name>inosine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of inosine, hypoxanthine riboside, a nucleoside found free but not in combination in nucleic acids except in the anticodons of some tRNAs.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine nucleoside biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of one of a family of organic molecules consisting of a pyrimidine base covalently bonded to a sugar ribose (a ribonucleoside) or deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of any ribonucleoside, a nucleoside in which purine or pyrimidine base is linked to a ribose (beta-D-ribofuranose) molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of nucleotides, any nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the glycose moiety; may be mono-, di- or triphosphate; this definition includes cyclic-nucleotides (nucleoside cyclic phosphates).</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of a deoxyribonucleotide, a compound consisting of deoxyribonucleoside (a base linked to a deoxyribose sugar) esterified with a phosphate moiety at either the 3' or 5'-hydroxyl group of its glycose moiety.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of purine deoxyribonucleoside diphosphate, a glycosamine consisting of a purine base linked to a deoxyribose sugar esterified with diphosphate on its glycose moiety.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine deoxyribonucleotide salvage</go:name>
            <go:definition>The pathway by which pyrimidine bases or pyrimidine deoxyribonucleotides from pyrimidine nucleotide breakdown are converted back to pyrimidine deoxyribonucleotides. The salvage pathway is important where there is no de-novo pyrimidine deoxyribonucleotide biosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine ribonucleotide salvage</go:name>
            <go:definition>The pathway by which pyrimidine bases or pyrimidine ribonucleosides from pyrimidine nucleotide breakdown are converted back to pyrimidine ribonucleotides. The salvage pathway is important where there is no de-novo pyrimidine nucleotide biosynthesis.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of a ribonucleotide, a compound consisting of ribonucleoside (a base linked to a ribose sugar) esterified with a phosphate moiety at either the 3' or 5'-hydroxyl group of its glycose moiety.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of nucleotide-sugars, any nucleotide in which the distal phosphoric residue of a nucleoside 5'-diphosphate is in glycosidic linkage with a monosaccharide or monosaccharide derivative.</go:definition>
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            <go:definition>The modification of the aminoacyl group of a charged tRNA.</go:definition>
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            <go:name>conversion of lysyl-tRNA to pyrrolysyl-tRNA</go:name>
            <go:definition>Process whereby lysine carried by a specialized lysine-accepting tRNA (possessing a CUA anticodon) is converted to pyrrolysine (a lysine with an amide linkage to a (4R,5R)-4-substituted pyrroline-5-carboxylate).</go:definition>
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            <go:name>conversion of met-tRNAf to fmet-tRNA</go:name>
            <go:definition>The process whereby methionine carried by an initiator methionine tRNA is N-formylated.</go:definition>
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            <go:name>conversion of seryl-tRNAsec to selenocys-tRNAsec</go:name>
            <go:definition>Process whereby serine carried by a specialized tRNA(ser) (which can read a UGA anticodon) is converted to selenocysteine.</go:definition>
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            <go:synonym>induction of cytokines</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of cytokines, any of a group of proteins that are released by mammalian cells and which have autocrine and paracrine activity.</go:definition>
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            <go:name>chemokine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of chemokines, any of a subgroup of cytokines which act primarily on hemopoietic cells in acute and inflammatory processes and other immunoregulatory functions.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of fractalkine, a chemokine involved in the control of the key regulatory mechanisms of cell trafficking at sites of inflammation. It exists as a secreted protein and in a membrane-bound form, and exhibits a novel C-X-X-X-C cysteine signature motif. The counterpart of human fractalkine is murine neurotactin; fractalkine is also referred to as CX3C membrane-anchored chemokine or ABCD-3 and has been renamed CX3CL1.</go:definition>
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            <go:synonym>CD95 biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of FasL (CD95), an antigen originally found to be expressed on the cell surface of activated human T-lymphocytes and B-lymphocytes and a variety of malignant human lymphoid cell lines.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational glycosylation of protein via the N4 atom of peptidyl-asparagine or the N1' atom peptidyl-tryptophan.</go:definition>
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            <go:synonym>oligosaccharide-PP-dolichol assembly</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of dolichol-linked oligosaccharide, usually by a stepwise addition of glycosyl chains to ER membrane-bound dolichol-P.</go:definition>
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            <go:name>N-glycan processing</go:name>
            <go:definition>The removal of three glucose residues from a protein-linked oligosaccharide precursor by glucosidases; calnexin acts as the chaperone to ensure the proper folding of the N-glycan in the ER.</go:definition>
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            <go:name>N-glycan diversification</go:name>
            <go:definition>The generation, in the Golgi apparatus, of side chain diversity from high mannose Man5GlcNAc2-Asn N-glycans by specific glycosyltransferases and glycosidases.</go:definition>
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            <go:name>N-glycan processing to secreted and cell-surface N-glycans</go:name>
            <go:definition>The modification of high-mannose (Man9-Asn) N-glycans by mannosyl-oligosaccharide 1,2-alpha-mannosidase. This may result in Man8GlcNAc2-Asn N-glycans (which in yeast may be subsequently modified by the addition of further mannose residues) or Man5GlcNAc2-Asn N-glycans that are substrates for further diversification in the Golgi apparatus.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational glycosylation of protein via peptidyl-arginine, omega-N-glycosyl-L-arginine.</go:definition>
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            <go:name>N-linked glycosylation via asparagine</go:name>
            <go:definition>The posttranslational glycosylation of protein via the N4 atom of peptidyl-asparagine forming N4-glycosyl-L-asparagine; the most common form is N-acetylglucosaminyl asparagine; N-acetylgalactosaminyl asparagine also occurs; this modification typically occurs in extracellular peptides with an N-X-(ST) motif. Partial modification has been observed to occur with cysteine, rather than serine or threonine, in the third position; secondary structure features are important, and proline in the second or fourth positions inhibits modification.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational glycosylation of protein via peptidyl-tryptophan, 1'-glycosyl-L-tryptophan; it is uncertain whether this is an N-glycoside linkage (as indicated), and which particular hexose is involved.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of O-glycans by addition of glycosyl groups either to the hydroxyl group of peptidyl-serine, peptidyl-threonine, peptidyl-hydroxylysine, or peptidyl-hydroxyproline, or to the phenol group of peptidyl-tyrosine.</go:definition>
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            <go:name>O-linked glycosylation via hydroxylysine</go:name>
            <go:definition>The posttranslational glycosylation of protein via the O5 atom of peptidyl-hydroxylysine, forming O5-glycosyl-L-hydroxylysine; the most common form is galactosyl hydroxylysine.</go:definition>
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            <go:name>O-linked glycosylation via hydroxyproline</go:name>
            <go:definition>The posttranslational glycosylation of proteins via 04 atom of hydroxyproline to form O4-glycosyl-L-hydroxyproline; the most common form is arabinofuranosyl-4-proline.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational glycosylation of protein via the O3 atom of peptidyl-serine, forming O3-glycosyl-L-serine; the most common forms are N-acetylgalactosaminyl, mannosyl, galactosyl, and xylosyl serine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational glycosylation of protein via the O3 atom of peptidyl-threonine, forming O3-glycosyl-L-threonine; the most common forms are N-acetylgalactosaminyl, mannosyl, and galactosyl threonine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational glycosylation of protein via the O4' atom of peptidyl-tyrosine, O4'-glycosyl-L-tyrosine; the carbohydrate is glucose, the origin for glycogen.</go:definition>
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            <go:name>O3-(N-acetylglucosamine-1-phosphoryl)-L-serine biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of O3-(N-acetylglucosamine-1-phosphoryl)-L-serine. The recovery of O-phosphorylserine from acid hydrolysates suggests N-acetylglucosamine-1-phosphate residues are esterified to peptidyl serines through phosphoester bonds.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of O3-(phosphoglycosyl-D-mannose-1-phosphoryl)-L-serine. The polypeptide backbones of glycoproteins and mucin-like proteoglycans are extensively modified with a complex array of phosphoglycan chains that are linked to Ser/Thr-rich domains via a common Man-alpha1-PO4-Ser linkage.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational glycosylation of protein via the sulfur atom of peptidyl-cysteine, forming S-glycosyl-L-cysteine.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation from simpler components of hemoglobin, an oxygen carrying, conjugated protein containing four heme groups and globin.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the formation from simpler components of hemoglobin, an oxygen carrying, conjugated protein containing four heme groups and globin.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-cysteine to form S-12-hydroxyfarnesyl-L-cysteine; formation of S-farnesycysteine may be coupled with subsequent cleavage of a carboxy-terminal tripeptide for the CXXX motif and methyl esterification of the farnesylated cysteine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-cysteine to form peptidyl-S-farnesyl-L-cysteine; formation of S-farnesycysteine may be coupled with subsequent cleavage of a carboxy-terminal tripeptide for the CXXX motif and methyl esterification of the farnesylated cysteine; the residue may be found at the first position in the sequence motif C-X-X-(SAQCMT)* where the second and third positions are usually aliphatic.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-cysteine to form peptidyl-S-geranylgeranylcysteine; formation of S-geranylgeranyl-L-cysteine may be coupled with subsequent cleavage of a carboxy-terminal tripeptide for the CAAX motif and methyl esterification of the geranylgeranylated cysteine; methyl esterification but not cleavage occurs for the CXC motif. for the type II geranylgeranyltransferase the residue may be found at the first and final positions in the sequence motif C-X-C* or at the final position in the sequence motif C-C*. These motifs are necessary but not sufficient for modification.</go:definition>
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                <go:reference>06.07.01 modification with fatty acids (e.g. myristylation, palmitylation, farnesylation) &gt; GO:protein lipidation ; GO:0006497 &gt; GO:protein myristoylation ; GO:0018377 &gt; GO:protein palmitoylation ; GO:0018345</go:reference>
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            <go:definition>The incorporation of a lysine methylamine methyltransferase cofactor adduct into a peptide; uses a special tRNA that recognizes the UGA codon as a modified lysine, rather than as a termination codon. The lysine methylamine methyltransferase cofactor adduct is synthesized from a lysine charged tRNA before its incorporation; it is not a posttranslational modification of peptidyl-lysine; this modification is found in several Methanosarcina methylamine methyltransferases.</go:definition>
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            <go:definition>The incorporation of selenocysteine into a peptide; uses a special tRNA that recognizes the UGA codon as selenocysteine, rather than as a termination codon. Selenocysteine is synthesized from serine before its incorporation, it is not a posttranslational modification of peptidyl-cysteine.</go:definition>
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            <go:definition>The process preceding formation of the peptide bond between the first two amino acids of a protein. This includes the formation of a complex of the ribosome, mRNA, and an initiation complex that contains the first aminoacyl-tRNA.</go:definition>
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            <go:name>formation of translation initiation complex</go:name>
            <go:definition>Joining of the large subunit, with release of IF2/eIF2 and IF3/eIF3. This leaves the functional ribosome at the AUG, with the methionyl/formyl-methionyl-tRNA positioned at the P site.</go:definition>
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            <go:name>formation of translation initiation ternary complex</go:name>
            <go:definition>Formation of a complex between aminoacylated initiator methionine tRNA, GTP, and initiation factor 2 (either eIF2 in eukaryotes, or IF2 in prokaryotes). In prokaryotes, fMet-tRNA (initiator) is used rather than Met-tRNA (initiator).</go:definition>
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            <go:name>formation of translation preinitiation complex</go:name>
            <go:synonym>formation of translation pre-initiation complex</go:synonym>
            <go:definition>The joining of the small ribosomal subunit, ternary complex, and mRNA.</go:definition>
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            <go:name>translational termination</go:name>
            <go:synonym>GO:0006443</go:synonym>
            <go:synonym>GO:0006456</go:synonym>
            <go:synonym>protein synthesis termination</go:synonym>
            <go:definition>The process resulting in the release of a polypeptide chain from the ribosome, usually in response to a termination codon (UAA, UAG, or UGA).</go:definition>
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            <go:synonym>Ljungdahl-Wood pathway</go:synonym>
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            <go:definition>The formation from simpler components of aldaric acid, any dicarboxylic acid formed by oxidation of by the terminal groups of an aldose to carboxyl group.</go:definition>
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            <go:name>D-galactarate biosynthesis</go:name>
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            <go:synonym>saccharate biosynthesis</go:synonym>
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            <go:definition>The formation from simpler components of butyrate, the anion of butyric acid.</go:definition>
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            <go:name>2-oxobutyrate biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>alpha-ketobutyrate biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of 2-oxobutyrate, the anion of the organic acid 2-oxobutyric acid, which contains a ketone group on carbon 2.</go:definition>
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            <go:name>poly-hydroxybutyrate biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>PHB biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of poly-hydroxybutyrate (PHB), a polymer of beta-hydroxybutyrate and a common storage material of prokaryotic cells.</go:definition>
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            <go:name>glucuronate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of glucuronate, the anion of glucuronic acid.</go:definition>
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            <go:name>D-glucuronate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of D-glucuronate, the dextrorotatory isomer of glucuronate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-glucuronate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of UDP-glucuronate, a substance composed of glucuronic acid in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>lactate biosynthesis from pyruvate</go:name>
            <go:definition>The formation of lactate from simpler components, including pyruvate.</go:definition>
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            <go:name>D(-)-lactate biosynthesis from pyruvate</go:name>
            <go:definition>The formation of D(-)-lactate from simpler components, including pyruvate.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of L(+)lactate from simpler components, including pyruvate.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of propionate, the anion derived from propionic acid.</go:definition>
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            <go:name>quinolinate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of quinolinate, the anion of quinolinic acid, also known as 2,3-pyridinedicarboxylic acid.</go:definition>
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            <go:name>organomercury biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of organomercury compounds, any organic compound containing a mercury atom.</go:definition>
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            <go:name>methylmercury biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of methylmercury (MeHg+), a highly toxic organometal.</go:definition>
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            <go:name>peptide biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of peptides, compounds of 2 or more (but usually less than 100) amino acids where the alpha carboxyl group of one is bound to the alpha amino group of another.</go:definition>
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            <go:name>nonribosomal peptide biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>nonribosomal peptide synthesis</go:synonym>
            <go:definition>The process whereby peptide bond formation occurs in the absence of the translational machinery. Examples include the synthesis of antibiotic peptides, and glutathione.</go:definition>
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            <go:name>pheromone biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of pheromones, a substance that is secreted and released by an organism and detected by a second organism of the same or a closely related species, in which it causes a specific reaction, such as a definite behavioral reaction or a developmental process.</go:definition>
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            <go:name>polyphosphate biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of a polyphosphate, the anion or salt of polyphosphoric acid.</go:definition>
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            <go:name>regulation of biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the formation of substances from simpler components.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents, or reduces the rate of the formation of substances from simpler components.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the formation of substances from simpler components.</go:definition>
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            <go:name>induction of phytoalexin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>Induction of the synthesis of low-molecular mass, lipophilic antimicrobial compounds that accumulate rapidly at sites of incompatible pathogen infection.</go:definition>
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            <go:name>terpene biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of terpenes, any of a large group of hydrocarbons made up of isoprene units.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of limonene (4-isopropenyl-1-methyl-cyclohexene), a monocyclic monoterpene.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of any of a diverse group of vitamins that are soluble in organic solvents and relatively insoluble in water.</go:definition>
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            <go:synonym>alpha-tocopherol biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of any of the forms of vitamin E(alpha-tocopherol), a fet-soluble vitamin considered to act primarily as an antioxidant.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of any of a diverse group of vitamins that are soluble in water.</go:definition>
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            <go:name>biotin biosynthesis</go:name>
            <go:synonym>vitamin H biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of biotin, cis-tetrahydro-2-oxothieno(3,4-d)imidazoline-4-valeric acid.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of L-ascorbic acid; L-ascorbic acid ionizes to give L-ascorbate, which is required as a cofactor in the oxidation of prolyl residues to hydroxyprolyl, and other reactions.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of thiamin (vitamin B1), a water soluble vitamin present in fresh vegetables and meats, especially liver.</go:definition>
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            <go:synonym>mykose catabolism</go:synonym>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycosides, compounds in which a glycosyl group is substituted into a hydroxyl, thiol or selenol group in another compound.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of saponins, glycosides of plants in which the aglycan (sapogenin) moiety is a terpene or steroid and the sugar moiety is a glucose, a galactose, a pentose, a methylpentose or an oligosaccharide. Saponins are powerful surfactant agents and membrane active; they are, hence, toxic to animals on injection.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of oligosaccharides, molecules with between two and (about) 20 monosaccharide residues connected by glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the breakdown into simpler components of glycogen.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the breakdown into simpler components of glycogen.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of starch, the most important reserve polysaccharide in plants.</go:definition>
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            <go:name>lipopolysaccharide catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of lipopolysaccharides, any of a group of related, structurally complex components of the outer membrane of Gram-negative bacteria.</go:definition>
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            <go:name>mannan catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of mannan, the main hemicellulose of soft (coniferous) wood, made up of D-mannose, D-glucose and D-galactose.</go:definition>
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            <go:name>pectin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of pectin, a polymer containing a backbone of alpha-1,4-linked D-galacturonic acid residues.</go:definition>
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            <go:name>xylan catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of xylan, a polymer containing a beta-1,4-linked D-xylose backbone.</go:definition>
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            <go:name>proteoglycan catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of proteoglycans, any glycoprotein in which the carbohydrate units are glycosaminoglycans.</go:definition>
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            <go:name>heparan sulfate proteoglycan catabolism</go:name>
            <go:synonym>heparan sulphate proteoglycan catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of proteoglycan containing heparan sulfate, any member of a group of glycosaminoglycans that have repeat units consisting of alternating alpha1-&gt;4 linked hexuronic acid and glucosamine residues, the former being a mixture of sulfated and nonsulfated D-glucuronic and L-iduronic acids, and the latter being either sulfated or acetylated on its amino group as well as sulfated on one of its hydroxyl groups.</go:definition>
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            <go:name>carbohydrate phosphorylation</go:name>
            <go:definition>The process of introducing a phosphoric group into a carbohydrate, any organic compound based on the general formula Cx(H2O)y.</go:definition>
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            <go:name>inositol and derivative phosphorylation</go:name>
            <go:definition>The process of introducing a phosphoric group into inositol or an inositol derivative. Inositol is the cyclic alcohol 1,2,3,5/4,6-cyclohexanehexol which is widely distributed in nature and acts as a growth factor in animals and microorganisms.</go:definition>
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            <go:name>disaccharide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any disaccharide, sugars composed of two monosaccharide units.</go:definition>
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            <go:name>lactose metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lactose, the disaccharide galactopyranosyl-glucose.</go:definition>
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            <go:name>maltose metabolism</go:name>
            <go:synonym>malt sugar metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving the disaccharide maltose (4-O-alpha-D-glucopyranosyl-D-glucopyranose), an intermediate in the catabolism of glycogen and starch.</go:definition>
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            <go:name>melibiose metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving melibiose, the disaccharide 6-O-alpha-D-galactopyranosyl-D-glucose.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sucrose, the disaccharide fructofuranosyl-glucopyranoside.</go:definition>
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            <go:name>trehalose metabolism</go:name>
            <go:synonym>mycose metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>mykose metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving trehalose, a disaccharide isomeric with sucrose and obtained from certain lichens and fungi.</go:definition>
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                <go:reference>02.19 metabolism of energy reserves (glycogen, trehalose) &gt; GO:metabolism of energy reserves ; GO:0006112 &gt; GO:glycogen metabolism ; GO:0005977</go:reference>
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            <go:name>glucuronoside metabolism</go:name>
            <go:synonym>glucuronide metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glucuronosides, any compound formed by combination in glycosidic linkage of a hydroxy compound with the anomeric carbon atom of a glucuronate.</go:definition>
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            <go:name>glycoside metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycosides, compounds in which a glycosyl group is substituted into a hydroxyl, thiol or selenol group in another compound.</go:definition>
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            <go:name>cyanogenic glycoside metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cyanogenic glycosides, any glycoside containing a cyano group that is released as hydrocyanic acid on acid hydrolysis; such compounds occur in the kernels of various fruits.</go:definition>
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            <go:name>glucosinolate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glucosinolates, substituted thioglucosides found in rapeseed products and related cruciferae. They are metabolized to a variety of toxic products which are most likely the cause of hepatocytic necrosis in animals and humans.</go:definition>
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            <go:name>O-glycoside metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving O-glycosides, any compound in which a glycosyl group has been substituted into a hydroxyl group.</go:definition>
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            <go:name>S-glycoside metabolism</go:name>
            <go:synonym>thioglycoside metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving S-glycosides, any compound in which a glycosyl group has been substituted into a thiol group.</go:definition>
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            <go:name>saponin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving saponins, glycosides of plants in which the aglycan (sapogenin) moiety is a terpene or steroid and the sugar moiety is a glucose, a galactose, a pentose, a methylpentose or an oligosaccharide. Saponins are powerful surfactant agents and membrane active; they are, hence, toxic to animals on injection.</go:definition>
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            <go:name>main pathways of carbohydrate metabolism</go:name>
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            <go:name>TCA intermediate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving intermediates of the tricarboxylic acid cycle.</go:definition>
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            <go:name>2-oxoglutarate metabolism</go:name>
            <go:synonym>ketoglutarate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving oxoglutarate, the dianion of 2-oxoglutaric acid. It is a key constituent of the TCA cycle and a key intermediate in amino-acid metabolism.</go:definition>
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            <go:name>citrate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving citrate, 2-hydroxy-1,2,3-propanetricarboyxlate. Citrate is widely distributed in nature and is an important intermediate in the TCA cycle and the glyoxylate cycle.</go:definition>
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            <go:name>fumarate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving fumarate, the anion of trans-1,2-ethylenedicarboxylic acid, the diastereoisomer of maleate. It is a key intermediate in metabolism and is formed in the TCA cycle from succinate and converted into malate.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving isocitrate, the anion of isocitric acid, 1-hydroxy-1,2,3-propanetricarboxylic acid. Isocitrate is an important intermediate in the TCA cycle and the glycoxylate cycle.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving malate, the anion of hydroxybutanedioic acid, a chiral hydroxydicarboxylic acid. The (+) enantiomer is an important intermediate in metabolism as a component of both the TCA cycle and the glyoxylate cycle.</go:definition>
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            <go:name>oxaloacetate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving oxaloacetate, the anion of oxobutanedioic acid, an important intermediate in metabolism, especially as a component of the TCA cycle.</go:definition>
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            <go:name>succinate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving succinate, also known as butanedioate or ethane dicarboxylate, the dianion of succinic acid. Succinate is an important intermediate in metabolism and a component of the TCA cycle.</go:definition>
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            <go:name>succinyl-CoA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving succinyl-CoA, a compound composed of the univalent acyl group 3-carboxypropanoyl, derived from succinic acid by loss of one OH group, linked to coenzyme A.</go:definition>
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            <go:name>L-methylmalonyl-CoA biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of L-methylmalonyl-CoA, the levorotatory isomer of 2-carboxypropanoyl-CoA.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving oligosaccharides, molecules with between two and (about) 20 monosaccharide residues connected by glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:name>lipopolysaccharide core region metabolism</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of the core region of bacterial lipopolysaccharides, which contains ten saccharide residues. The structure of this core oligosaccharide appears to be similar in closely related bacterial strains.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving peptidoglycans, any of a class of glycoconjugates found only in bacterial cell walls and consisting of strands of glycosaminoglycan cross-linked by oligopeptides to form a huge and rigid network.</go:definition>
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            <go:synonym>murein turnover</go:synonym>
            <go:definition>The continual breakdown and regeneration of peptidoglycan required to maintain the cell wall.</go:definition>
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            <go:definition>The process of removing a phosphoric group from a phosphorylated carbohydrate, any organic compound based on the general formula Cx(H2O)y with a phosphate moiety attached to it.</go:definition>
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            <go:name>inositol phosphate dephosphorylation</go:name>
            <go:definition>The process of removing a phosphoric group from any mono- or polyphosphorylated inositol.</go:definition>
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            <go:name>polysaccharide metabolism</go:name>
            <go:synonym>glycan metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving polysaccharides (synonym:glycans), a polymer of more than about 10 monosaccharide residues joined by glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:name>alginic acid metabolism</go:name>
            <go:synonym>alginate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving alginic acid, a hydrophilic polysaccharide occurring in, for example, the cell walls of brown algae (brown seaweeds).</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving chitin, a linear polysaccharide consisting of P-1,4-linked N-acetyl-D-glucosamine residues.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cuticle chitin, a linear polysaccharide consisting of P-1,4-linked N-acetyl-D-glucosamine residues, found in cuticles.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving colanic acid, a capsular bacterial polysaccharide composed of glucose, galactose, fucose and glucuronic acid residues.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving enterobacterial common antigen, an acidic polysaccharide containing N-acetyl-D-glucosamine, N-acetyl-D-mannosaminouronic acid, and 4-acetamido-4,6-dideoxy-D-galactose. A major component of the cell wall outer membrane of Gram-negative bacteria.</go:definition>
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            <go:name>fructan metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving fructan, a polysaccharide consisting of fructose residues.</go:definition>
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            <go:name>GDP-alpha-D-mannosylchitobiosyldiphosphodolichol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving GDP-alpha-D-mannosylchitobiosyldiphosphodolichol, a substance composed of mannosylchitobiosyldiphosphodolichol in glycosidic linkage with guanosine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>glucan metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glucans, polysaccharides consisting only of glucose residues.</go:definition>
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            <go:name>beta-1,3 glucan metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving beta-1,3 glucans, compounds composed of glucose residues linked by 1,3-beta-D-glucosidic bonds.</go:definition>
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            <go:name>beta-1,6 glucan metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving beta-1,6 glucans, compounds composed of glucose residues linked by 1,6-beta-D-glucosidic bonds.</go:definition>
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            <go:name>cellulose metabolism</go:name>
            <go:synonym>GO:0016177</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cellulose, a linear beta1-4 glucan of molecular mass 50-400 kDa with the pyranose units in the -4C1 conformation.</go:definition>
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            <go:name>glycogen metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycogen, a polydisperse, highly branched glucan composed of chains of D-glucose residues in alpha(1-&gt;4) glycosidic linkage, joined together by alpha(1-&gt;6) glycosidic linkages.</go:definition>
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            <go:name>starch metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving starch, the most important reserve polysaccharide in plants. It is a glucan consisting of two components, amylose and amylopectin, which are both glucose homopolymers. Starch is synthesized as a temporary storage form of carbon and can be catabolized to produce sucrose.</go:definition>
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            <go:name>K antigen metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving K antigen, a capsular polysaccharide antigen carried on the surface of bacterial capsules that masks somatic (O) antigens.</go:definition>
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            <go:name>lipopolysaccharide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lipopolysaccharides, any of a group of related, structurally complex components of the outer membrane of Gram-negative bacteria. Lipopolysaccharides consist three covalently linked regions, lipid A, core oligosaccharide, and an O side chain. Lipid A is responsible for the toxicity of the lipopolysaccharide.</go:definition>
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            <go:name>mannan metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mannan, the main hemicellulose of soft (coniferous) wood, made up of D-mannose, D-glucose and D-galactose. Mannans also occur in ferns, high plants, algae and some yeasts where they may function as the main structural component of the cell wall.</go:definition>
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            <go:name>O antigen metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving the O side chain of a lipopolysaccharide, which determines the antigenic specificity of the organism. It is made up of about 50 repeating units of a branched tetrasaccharide.</go:definition>
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            <go:name>pectin metabolism</go:name>
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            <go:name>xylan metabolism</go:name>
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            <go:name>proteoglycan metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving proteoglycans, any glycoprotein in which the carbohydrate units are glycosaminoglycans.</go:definition>
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            <go:name>chondroitin sulfate proteoglycan metabolism</go:name>
            <go:synonym>chondroitin sulphate proteoglycan metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving chondroitin sulfate proteoglycan, any glycoprotein whose glycosaminoglycan units are chondroitin sulfate. Chondroitin sulfates are a group of 10-60 kDa glycosaminoglycans, widely distributed in cartilage and other mammalian connective tissues; the repeat units consist of beta-(1,4)-linked D-glucuronyl beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine sulfate.</go:definition>
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            <go:name>dermatan sulfate proteoglycan metabolism</go:name>
            <go:synonym>chondroitin sulfate B proteoglycan metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>dermatan sulphate proteoglycan metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dermatan sulfate proteoglycan, any glycoprotein whose glycosaminoglycan units are dermatan sulfate (chondroitin sulfate B). Dermatan sulfate is a glycosaminoglycan with repeats consisting of beta-(1,4)-linked L-iduronyl-beta-(1,3)-N-acetyl-D-galactosamine 4-sulfate units.</go:definition>
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            <go:name>heparan sulfate proteoglycan metabolism</go:name>
            <go:synonym>heparan sulphate proteoglycan metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any proteoglycan containing heparan sulfate, any member of a group of glycosaminoglycans that have repeat units consisting of alternating alpha1-&gt;4 linked hexuronic acid and glucosamine residues, the former being a mixture of sulfated and nonsulfated D-glucuronic and L-iduronic acids, and the latter being either sulfated or acetylated on its amino group as well as sulfated on one of its hydroxyl groups.</go:definition>
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            <go:name>regulation of carbohydrate metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving carbohydrates.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of carbohydrate metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the chemical reactions and physical changes involving carbohydrate.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of alkaloids, nitrogen containing natural products not otherwise classified as peptides, nonprotein amino acids, amines, cyanogenic glycosides, glucosinolates, cofactors, phytohormones or primary metabolites (such as purine or pyrimidine bases).</go:definition>
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            <go:synonym>alkanesulphonate catabolism</go:synonym>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of antibiotic, a substance produced by or derived from certain fungi, bacteria, and other organisms, that can destroy or inhibit the growth of other microorganisms.</go:definition>
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            <go:name>bacteriocin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of a bacteriocin, any of a heterogeneous group of polypeptide antibiotics that are secreted by certain bacterial strains and are able to kill cells of other susceptible (frequently related) strains after adsorption at specific receptors on the cell surface. They include the colicins, and their mechanisms of action vary.</go:definition>
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            <go:name>endogenous antibiotic catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of an antibiotic that has originated internally within the cell or organism.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of an antibiotic that has originated externally to the cell or organism.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of peptides with antibiotic activity.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of coenzymes, any of various nonprotein organic cofactors that are required, in addition to an enzyme and a substrate, for an enzymatic reaction to proceed.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of coenzyme A, 3'-phosphoadenosine-(5')diphospho(4')pantatheine, an acyl carrier in many acylation and acyl-transfer reactions in which the intermediate is a thiol ester.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of glutathione, the tripeptide glutamylcysteinylglycine, which acts as a coenzyme for some enzymes and as an antioxidant in the protection of sulfhydryl groups in enzymes and other proteins.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of pantothenate, the anion of pantothenic acid. It is a B complex vitamin that is a constituent of coenzyme A and is distributed ubiquitously in foods.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of nicotinamide riboside, the product of the formation of a glycosidic bond between ribose and nicotinamide.</go:definition>
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            <go:name>vitamin K catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any of the forms of vitamin K, quinone-derived vitamins which are involved in the synthesis of blood-clotting factors in mammals.</go:definition>
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            <go:synonym>phytylmenaquinone catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of vitamin K1 (phytylmenaquinone), a quinone-derived compound synthesized by green plants.</go:definition>
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            <go:name>vitamin K2 catabolism</go:name>
            <go:synonym>menaquinone catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>multiprenylmenaquinone catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any of the vitamin K2 compounds (menaquinones), quinone-derived compounds synthesized by intestinal bacteria.</go:definition>
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            <go:name>thiamin diphosphate catabolism</go:name>
            <go:synonym>TPP catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>thiamin pyrophosphate catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>thiamine diphosphate catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>thiamine pyrophosphate catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of thiamin diphosphate, a derivative of thiamin (vitamin B1) which acts as a coenzyme in a range of processes including the Krebs cycle.</go:definition>
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            <go:name>corrin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of corrin, C19H22N4, the fundamental heterocyclic skeleton of the corrinoids. It consists of four reduced pyrrole rings joined into a macrocyclic ring. Corrin is the core of the vitamin B12 molecule.</go:definition>
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            <go:name>porphyrin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any member of a large group of derivatives or analogs of porphyrin. Porphyrin consists of a ring of four pyrrole nuclei linked each to the next at their alpha positions through a methine group.</go:definition>
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            <go:name>vitamin B12 catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of vitamin B12, a water-soluble vitamin characterized by possession of a corrin nucleus containing a cobalt atom.</go:definition>
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            <go:name>siderochrome catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of siderochromes, low molecular weight Fe(III)-chelating substances made by aerobic or facultatively anaerobic bacteria, especially when growing under iron deficient conditions. The complexes of Fe(3+)-siderochromes have very high stability constants and are taken up by specific transport systems by microorganisms; the subsequent release of iron requires enzymatic action.</go:definition>
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            <go:name>achromobactin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of achromobactin, a citrate siderophore.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of the siderophore chrysobactin (alpha-N-(2,3-dihydroxybenzoyl)-D-lysyl-L-serine).</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of the siderochrome pyochelin (2-(2-o-hydroxyphenyl-2-thiazolin-4-yl)-3-methylthiazolidine-4-carboxylic acid).</go:definition>
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            <go:name>depsipeptide catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of depsipeptides, a linear or cyclic compound composed of both amino acids and hydroxy acids in peptide and ester bonds respectively.</go:definition>
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            <go:name>DNA catabolism</go:name>
            <go:synonym>DNA degradation</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of DNA, deoxyribonucleic acid, one of the two main types of nucleic acid, consisting of a long unbranched macromolecule formed from one or two strands of linked deoxyribonucleotides, the 3'-phosphate group of each constituent deoxyribonucleotide being joined in 3',5'-phosphodiester linkage to the 5'-hydroxyl group of the deoxyribose moiety of the next one.</go:definition>
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            <go:name>DNA catabolism, endonucleolytic</go:name>
            <go:synonym>endonucleolytic degradation of DNA</go:synonym>
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            <go:name>formation of extrachromosomal circular DNA</go:name>
            <go:definition>Excision from the chromosome and circularization of a region of chromosomal DNA, generally, but not always, via homologous recombination between direct tandem repeats.</go:definition>
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            <go:name>DNA catabolism, exonucleolytic</go:name>
            <go:synonym>exonucleolytic degradation of DNA</go:synonym>
            <go:definition>The hydrolysis of terminal 3',5'-phosphodiester bonds in one or two strands of deoxyribonucleotides.</go:definition>
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            <go:name>drug catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of a drug, a substance used in the diagnosis, treatment or prevention of a disease.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of cocaine, an alkaloid obtained from the dried leaves of the shrub Erythroxylon coca. It is a cerebral stimulant and narcotic.</go:definition>
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            <go:name>endogenous drug catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of a drug that has originated internally within the cell or organism.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of a drug that has originated externally to the cell or organism.</go:definition>
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            <go:name>heterocycle catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of heterocyclic compounds, those with a cyclic molecular structure and at least two different atoms in the ring (or rings).</go:definition>
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            <go:name>hormone catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any hormone, naturally occurring substances secreted by specialized cells that affects the metabolism or behavior of other cells possessing functional receptors for the hormone.</go:definition>
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            <go:name>androgen catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of androgens, C19 steroid hormones that can stimulate the development of male sexual characteristics.</go:definition>
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            <go:name>auxin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of auxins, a group of plant hormones that regulate aspects of plant growth.</go:definition>
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            <go:name>C21-steroid hormone catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of C21-steroid hormones, steroid compounds containing 21 carbons which function as hormones.</go:definition>
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            <go:name>progesterone catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of progesterone, a steroid hormone produced in the ovary which prepares and maintains the uterus for pregnancy. Also found in plants.</go:definition>
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            <go:name>estrogen catabolism</go:name>
            <go:synonym>oestrogen catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of estrogens, C18 steroid hormones that can stimulate the development of female sexual characteristics. Also found in plants.</go:definition>
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            <go:name>glucocorticoid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of glucocorticoids, hormonal C21 corticosteroids synthesized from cholesterol.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of juvenile hormones, the three sesquiterpenoid derivatives that function to maintain the larval state of insects at molting and that may be required for other processes, eg. oogenesis.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of mineralocorticoids, hormonal C21 corticosteroids synthesized from cholesterol.</go:definition>
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            <go:name>ketone body catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of ketone bodies, any one of the three substances: acetoacetate, D-3-hydroxybutyrate (beta-hydroxybutyrate) or acetone. Ketone bodies can be used as an energy source as an alternative to glucose. Utilization of ketone bodies in peripheral tissues involves conversion of acetoacetate to acetoacetyl-CoA, which is then converted to two molecules of acetyl-CoA.</go:definition>
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            <go:name>ketone catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of ketones, a class of organic compounds that contain the carbonyl group, CO, and in which the carbonyl group is bonded only to carbon atoms. The general formula for a ketone is RCOR, where R and R are alkyl or aryl groups.</go:definition>
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            <go:name>(+)-camphor catabolism</go:name>
            <go:synonym>(+)-camphor degradation</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of (+)-camphor, a bicyclic monoterpene ketone.</go:definition>
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            <go:name>acetoin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of acetoin, 3-hydroxy-2-butanone.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of methyl ethyl ketone, a clear, colorless liquid with a fragrant, mint-like odor.</go:definition>
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            <go:name>fatty acid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of a fatty acid, any of the aliphatic monocarboxylic acids that can be liberated by hydrolysis from naturally occurring fats and oils. Fatty acids are predominantly straight-chain acids of 4 to 24 carbon atoms, which may be saturated or unsaturated; branched fatty acids and hydroxy fatty acids also occur, and very long chain acids of over 30 carbons are found in waxes.</go:definition>
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            <go:name>long-chain fatty acid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of long-chain fatty acids, aliphatic compounds having a terminal carboxyl group and with a chain length of C12-18.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of fatty acids with a chain length of less than 8 carbons.</go:definition>
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            <go:name>very-long-chain fatty acid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of fatty acids with a chain length of C20 or greater.</go:definition>
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            <go:name>glycerolipid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycerolipids, any lipid with a glycerol backbone.</go:definition>
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            <go:name>acylglycerol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of acylglycerol, any mono-, di- or triester of glycerol with (one or more) fatty acids.</go:definition>
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            <go:name>diacylglycerol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of diacylglycerol, a glycerol molecule substituted on the 1 and 2 hydroxyl groups with long chain fatty acyl residues.</go:definition>
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            <go:name>CDP-diacylglycerol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of CDP-diacylglycerol, CDP-1,2-diacylglycerol, a substance composed of diacylglycerol in glycosidic linkage with cytidine diphosphate.</go:definition>
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            <go:synonym>triglyceride catabolism</go:synonym>
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            <go:name>isoprenoid catabolism</go:name>
            <go:synonym>isoprene catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any isoprenoid compound, isoprene (2-methylbuta-1,3-diene) or compounds containing or derived from linked isoprene (3-methyl-2-butenylene) residues.</go:definition>
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            <go:synonym>polyterpene catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of polyisoprenoids, acyclic polymers containing a large number of isoprene subunits, usually unsaturated.</go:definition>
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            <go:synonym>gibberellin catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of gibberellic acid. Gibberellins are a class of highly modified terpenes that function as plant growth regulators.</go:definition>
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            <go:name>abscisic acid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of abscisic acid, 5-(1-hydroxy-2,6,6,trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-y1)-3-methylpenta-2,4-dienoic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of tetraterpenoid compounds, terpenoids with 40 isoprenoid units.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of carotenoids, tetraterpenoid compounds in which two units of 4 isoprenoid residues joined head-to-tail are themselves joined tail-to-tail.</go:definition>
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            <go:name>pentacyclic triterpenoid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of pentacyclic triterpenoid compounds, terpenoids with 30 isoprenoid units and 5 carbon rings.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of hopanoids, pentacyclic sterol-like compounds based on the hopane nucleus.</go:definition>
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            <go:name>prenol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of prenols, isoprenoids of general formula (H-CH2-C(CH3)=CH-CH2-)n-OH, any primary monohydroxy alcohol whose carbon skeleton consists of two or more isoprenoid residues linked head to tail.</go:definition>
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            <go:name>polyprenol catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of polyprenols, prenols with more than 4 isoprenoid residues, which may be all-trans, or a mixture of cis and trans.</go:definition>
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            <go:name>membrane lipid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of membrane lipids, any lipid found in or associated with a biological membrane.</go:definition>
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            <go:name>glycolipid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycolipid, a compound containing (usually) 1-4 linked monosaccharide residues joined by a glycosyl linkage to a lipid.</go:definition>
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            <go:name>galactolipid catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of galactolipids, any glycolipid containing one of more residues of galactose and/or N-acetylgalactosamine.</go:definition>
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            <go:name>galactosylceramide catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of galactosylceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic hydroxyl group of a cyclic form of galactose by a ceramide group.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of ganglioside, a ceramide oligosaccharide carrying, in addition to other sugar residues, one or more sialic residues.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycosylceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic hydroxyl group of a cyclic form of a monosaccharide (or derivative) by a ceramide group.</go:definition>
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            <go:name>glucosylceramide catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of glucosylceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic hydroxyl group of a cyclic form of glucose by a ceramide group.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of phospholipids, any lipid containing phosphoric acid as a mono- or diester.</go:definition>
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            <go:name>glycerophospholipid catabolism</go:name>
            <go:synonym>phosphoglyceride catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycerophospholipids, any derivative of glycerophosphate that contains at least one O-acyl, O-alkyl, or O-alkenyl group attached to the glycerol residue.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylserine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of phosphatidylserines, any of a class of glycerophospholipids in which the phosphatidyl group is esterified to the hydroxyl group of L-serine.</go:definition>
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            <go:name>sphingomyelin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of sphingomyelin, N-acyl-4-sphingenyl-1-O-phosphorylcholine.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of sphingolipids, any of a class of lipids containing the long-chain amine diol sphingosine or a closely related base (a sphingoid).</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of sphingoids, any of a class of compounds comprising sphinganine and its homologues and stereoisomers, and derivatives of these compounds.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of neutral lipids, lipids only soluble in solvents of very low polarity.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of steroids, compounds with a 1,2,cyclopentanoperhydrophenanthrene nucleus.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of phytosteroids, steroids of higher plants differing from animal steroids C1 or C2 residues at C24 and/or a double bond at C22.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of brassinosteroids, any of a group of steroid derivatives that occur at very low concentrations in plant tissues and may have hormone-like effects.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycoproteins, any protein that contains covalently bound glycose (i. e. monosaccharide) residues other than as a moiety of nucleic acid; the glycose occurs most commonly as oligosaccharide or fairly small polysaccharide but occasionally as monosaccharide.</go:definition>
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            <go:name>amyloid precursor protein catabolism</go:name>
            <go:synonym>APP catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of amyloid precursor protein (APP), the precursor of beta-amyloid, a glycoprotein associated with Alzheimer's disease.</go:definition>
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            <go:synonym>glycopeptide degradation</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of glycopeptides, any compound in which carbohydrate is covalently attached to an oligopeptide composed of residues of L and/or D-amino acids. The term usually denotes a product of proteolytic degradation of a glycoprotein but includes glycated peptide.</go:definition>
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            <go:name>O-sialoglycoprotein catabolism</go:name>
            <go:synonym>O-sialoglycoprotein degradation</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of O-sialoglycoproteins, glycoproteins which contain sialic acid as one of their carbohydrates. They are often found on or in the cell or tissue membranes and participate in a variety of biological activities.</go:definition>
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            <go:synonym>hemoglobin hydrolysis</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of hemoglobin, an oxygen carrying, conjugated protein containing four heme groups and globin; especially, the proteolytic cleavage of hemoglobin to yield free heme, peptides, and amino acids.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of any conjugated, water-soluble protein in which the nonprotein moiety consists of a lipid or lipids.</go:definition>
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            <go:synonym>LDL catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of low-density lipoproteins, also known as beta lipoproteins, one of the classes of lipoproteins found in the bloodstream of animals, acting as a carrier for cholesterol and fats.</go:definition>
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            <go:synonym>Ox-LDL catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of oxidized low-density lipoproteins.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of mannoproteins, any protein that contains covalently bound mannose residues other than as a moiety of nucleic acid.</go:definition>
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            <go:definition>Covalent attachment of the ubiqitin-like protein NEDD8 (or equivalent protein) to another protein, as a part of NEDD8-dependant protein catabolism.</go:definition>
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            <go:name>protein arginylation</go:name>
            <go:definition>The posttranslational conjugation of arginine to the N-terminal aspartate or glutamate of a protein; required for the degradation of the protein via the ubiquitin pathway.</go:definition>
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            <go:name>protein ubiquitination during ubiquitin-dependent protein catabolism</go:name>
            <go:synonym>protein ubiquitinylation during ubiquitin-dependent protein catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>protein ubiquitylation during ubiquitin-dependent protein catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The process by which a ubiquitin moiety, or multiple moieties, are covalently attached to the target protein, thereby initiating the degradation of that protein.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of protein degradation by peptide bond hydrolysis.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of proteolysis and peptidolysis.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of proteolysis and peptidolysis</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of proteolysis and peptidolysis.</go:definition>
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            <go:synonym>regulation of protein degradation</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the breakdown into simpler components of a protein by the destruction of the native, active configuration, with or without the hydrolysis of peptide bonds.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of protein catabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the breakdown into simpler components of a protein by the destruction of the native, active configuration, with or without the hydrolysis of peptide bonds.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of protein catabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the breakdown into simpler components of a protein by the destruction of the native, active configuration, with or without the hydrolysis of peptide bonds.</go:definition>
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            <go:name>vacuolar protein catabolism</go:name>
            <go:synonym>vacuolar protein degradation</go:synonym>
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            <go:name>RNA catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of RNA, ribonucleic acid, one of the two main type of nucleic acid, consisting of a long, unbranched macromolecule formed from ribonucleotides joined in 3',5'-phosphodiester linkage.</go:definition>
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            <go:name>mRNA catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of mRNA, messenger RNA, which is responsible for carrying the coded genetic 'message', transcribed from DNA, to sites of protein assembly at the ribosomes.</go:definition>
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            <go:name>mRNA catabolism, deadenylation-dependent</go:name>
            <go:synonym>deadenylation-dependent mRNA decay</go:synonym>
            <go:definition>A major pathway of mRNA degradation, that proceeds through a series of ordered steps: poly(A) tail shortening, deadenylation-dependent decapping, and decay of the transcript body, and that can regulate mRNA stability.</go:definition>
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            <go:name>deadenylation-dependent decapping</go:name>
            <go:definition>Cleavage of the 5'-cap of an mRNA triggered by shortening of the poly(A) tail to below a minimum functional length.</go:definition>
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            <go:name>mRNA catabolism, exonucleolytic</go:name>
            <go:synonym>exonucleolytic degradation of mRNA</go:synonym>
            <go:definition>Degradation of the mRNA transcript body that occurs when the ends are not protected by the 5'-cap or the 3'-poly(A) tail.</go:definition>
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            <go:name>poly(A) tail shortening</go:name>
            <go:definition>Shortening of the poly(A) tail of an mRNA from full length to an oligo(A) length.</go:definition>
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            <go:name>mRNA catabolism, endonucleolytic</go:name>
            <go:synonym>endonucleolytic mRNA decay</go:synonym>
            <go:definition>A minor mRNA degradation pathway that begins with an endonucleolytic cleavage to generate unprotected ends.</go:definition>
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            <go:name>mRNA catabolism, nonsense-mediated</go:name>
            <go:synonym>nonsense-mediated mRNA decay</go:synonym>
            <go:definition>The nonsense-mediated mRNA decay pathway degrades mRNAs transcribed from genes in which an amino-acid codon has changed to a nonsense codon; this prevents the translation of such mRNAs into truncated, and potentially harmful, proteins.</go:definition>
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            <go:name>RNA fragment catabolism</go:name>
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            <go:name>rRNA catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of rRNA, ribosomal RNA, a structural constituent of ribosomes.</go:definition>
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            <go:name>snoRNA catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of snoRNA, small nucleolar RNA, any of a class of small RNAs that are associated with the eukaryotic nucleus as components of small nucleolar ribonucleoproteins.</go:definition>
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            <go:name>snRNA catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of snRNA, small nuclear RNA, low-molecular-mass RNA molecules found in the eukaryotic nucleus as components of the small nuclear ribonucleoprotein.</go:definition>
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            <go:name>tRNA catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of tRNA, transfer RNA, a class of relatively small RNA molecules responsible for mediating the insertion of amino acids into the sequence of nascent polypeptide chains during protein synthesis.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of nitric oxide, nitrogen monoxide (NO), a colorless gas only slightly soluble in water.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of any one of a family of organic molecules consisting of a purine or pyrimidine base covalently bonded to a sugar ribose (a ribonucleoside) or deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of any one of a family of organic molecules consisting of a purine base covalently bonded to a sugar deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of deoxyinosine, hypoxanthine deoxyriboside.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine deoxyribonucleoside catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any one of a family of organic molecules consisting of a pyrimidine base covalently bonded to a sugar deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of deoxyuridine, 2-deoxyribosyluracil, one of the four major nucleosides of DNA.</go:definition>
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            <go:synonym>deoxyribosylthymine catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of thymidine, deoxyribosylthymine thymine 2-deoxyriboside, a deoxynucleoside very widely distributed but occurring almost entirely as phosphoric esters in deoxynucleotides and deoxyribonucleic acid, DNA.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of purine nucleoside, one of a family of organic molecules consisting of a purine base covalently bonded to a sugar ribose (a ribonucleoside) or deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:name>purine ribonucleoside catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any purine ribonucleoside, a nucleoside in which purine base is linked to a ribose (beta-D-ribofuranose) molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of adenosine, adenine riboside, a ribonucleoside found widely distributed in cells of every type as the free nucleoside and in combination in nucleic acids and various nucleoside coenzymes.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of diadenosine polyphosphate, a derivative of the nucleoside adenosine with phosphate groups attached.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of diadenosine tetraphosphate, a derivative of the nucleoside adenosine with four phosphate groups attached.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of diadenosine triphosphate, a derivative of the nucleoside adenosine with three phosphate groups attached.</go:definition>
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            <go:name>guanosine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of guanine, guanine riboside, a nucleoside with a wide species distribution.</go:definition>
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            <go:name>7-methylguanosine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of 7-methylguanosine, a modified nucleoside that forms a cap at the 5'-terminus of eukaryotic mRNA.</go:definition>
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            <go:name>queuosine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of queuosines, any of a series of nucleosides found in tRNA and having an additional pentenyl ring added via an NH group to the methyl group of 7-methylguanosine. The pentenyl ring may carry other substituents.</go:definition>
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            <go:name>guanosine pentaphosphate catabolism</go:name>
            <go:synonym>guanosine pentaphosphate (5'-pppGpp-3') catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of guanine pentaphosphate (5'-pppGpp-3'), a derivative of guanine riboside with five phosphates.</go:definition>
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            <go:name>guanosine tetraphosphate catabolism</go:name>
            <go:synonym>guanosine tetraphosphate (5'-ppGpp-3') catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of guanine tetraphosphate (5'-ppGpp-3'), a derivative of guanine riboside with four phosphates.</go:definition>
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            <go:name>inosine catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of inosine, hypoxanthine riboside, a nucleoside found free but not in combination in nucleic acids except in the anticodons of some tRNAs.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine nucleoside catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of one of a family of organic molecules consisting of a pyrimidine base covalently bonded to a sugar ribose (a ribonucleoside) or deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine ribonucleoside catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any ribonucleoside, a nucleoside in which a pyrimidine base is linked to a ribose (beta-D-ribofuranose) molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of cytidine, cytosine riboside, a widely distributed nucleoside.</go:definition>
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            <go:definition>The removal of amino group in the presence of water.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of uridine, uracil riboside, a ribonucleoside very widely distributed but occurring almost entirely as phosphoric esters in ribonucleotides and ribonucleic acids.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of any ribonucleoside, a nucleoside in which purine or pyrimidine base is linked to a ribose (beta-D-ribofuranose) molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of nucleotides, any nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the glycose moiety; may be mono-, di- or triphosphate; this definition includes cyclic-nucleotides (nucleoside cyclic phosphates).</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of a pyrimidine deoxyribonucleotide, a compound consisting of nucleoside (a pyrimidine base linked to a deoxyribose sugar) esterified with a phosphate moiety at either the 3' or 5'-hydroxyl group of its glycose moiety.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of cyanide, NC-, the anion of hydrocyanic acid. Cyanide is a potent inhibitor of respiration.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of formate, also known as methanoate, the anion HCOO- derived from methanoic (formic) acid.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of carboxylic acids, any organic acid containing one or more carboxyl (-COOH) groups.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of polyketides, any of a diverse group of natural products synthesized via linear poly-beta-ketones, which are themselves formed by repetitive head-to-tail addition of acetyl (or substituted acetyl) units indirectly derived from acetate (or a substituted acetate) by a mechanism similar to that for fatty-acid biosynthesis but without the intermediate reductive steps.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of acetyl-CoA, a derivative of coenzyme A in which the sulfhydryl group is acetylated.</go:definition>
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            <go:name>regulation of acetate catabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the breakdown into simpler components of acetate, the anion of acetic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of terpenes, any of a large group of hydrocarbons made up of isoprene units.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of limonene (4-isopropenyl-1-methyl-cyclohexene), a monocyclic monoterpene.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of toxin, a poisonous compound (typically a protein) that is produced by cells or organisms and that can cause disease when introduced into the body or tissues of an organism.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of insecticides, chemicals used to kill insects.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of a vitamin, an organic substance needed for the normal nutrition of an organism.</go:definition>
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            <go:name>fat-soluble vitamin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any of a diverse group of vitamins that are soluble in organic solvents and relatively insoluble in water.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of vitamin D, any fat-soluble steroid that exhibits qualitatively the biological activity of cholecalciferol, or calciol.</go:definition>
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            <go:name>water-soluble vitamin catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any of a diverse group of vitamins that are soluble in water.</go:definition>
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            <go:name>biotin catabolism</go:name>
            <go:synonym>vitamin H catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of biotin, cis-tetrahydro-2-oxothieno(3,4-d)imidazoline-4-valeric acid.</go:definition>
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            <go:name>L-ascorbic acid catabolism</go:name>
            <go:synonym>vitamin C catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of L-ascorbic acid; L-ascorbic acid ionizes to give L-ascorbate, which is required as a cofactor in the oxidation of prolyl residues to hydroxyprolyl, and other reactions.</go:definition>
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            <go:synonym>thiamine catabolism</go:synonym>
            <go:synonym>vitamin B1 catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of thiamin (vitamin B1), a water soluble vitamin present in fresh vegetables and meats, especially liver.</go:definition>
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            <go:name>vitamin B2 catabolism</go:name>
            <go:synonym>riboflavin catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of vitamin B2, the precursor for the coenzymes flavin mononucleotide (FMN) and flavin adenine dinucleotide (FAD).</go:definition>
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            <go:name>vitamin B6 catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of any of the vitamin B6 compounds; pyridoxal, pyridoxamine and pyridoxine and the active form, pyridoxal phosphate.</go:definition>
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            <go:name>xenobiotic catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of a xenobiotic compound, a compound foreign to living organisms. Used of chemical compounds, eg. a xenobiotic chemical, such as a pesticide.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of 2-nitropropane, a clear, colorless liquid with a mild, fruity odor.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of acrylonitrile, a colorless, volatile liquid with a pungent odor. Acrylonitrile is used in the production of acrylic fibers, plastics, and synthetic rubbers.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of adamantanone, tricyclo(3.3.1.13,7)decanone, a white crystalline solid used as an intermediate for microelectronics in the production of photoresists.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of chlorinated hydrocarbons, any hydrocarbon with one or more chlorine atoms attached to it.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of 1,2-dichloroethane, a major commodity chemical used, for example, in the manufacture of vinyl chloride.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of carbon tetrachloride, a toxic, carcinogenic compound which is used as a general solvent in industrial degreasing operations. It is also used as grain fumigant and a chemical intermediate in the production of refrigerants.</go:definition>
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            <go:synonym>tetrachloroethene catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of tetrachloroethylene, a derivative of ethene with the hydrogen atoms replaced by chlorines.</go:definition>
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            <go:synonym>trichloroethene catabolism</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of trichloroethylene, a toxic, colorless, photoreactive, chlorinated hydrocarbon liquid, commonly used as a metal degreaser and solvent.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown in simpler components of nylon, a polymer where the main polymer chain comprises recurring amide groups; these compounds are generally formed from combinations of diamines, diacids and amino acids.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of phosphonates, any salt, anion, or ester of phosphonic acid (HPO(OH)2).</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of organosilicones, any organic compound that contains silicone.</go:definition>
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            <go:name>octamethylcyclotetrasiloxane catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of octamethylcyclotetrasiloxane, a cyclic silicone-oxygen ring compound with two methyl groups attached to each silicone atom.</go:definition>
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            <go:synonym>propylene degradation</go:synonym>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of propylene, an alkene produced by catalytic or thermal cracking of hydrocarbons or as a by-product of petroleum refining.</go:definition>
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            <go:name>thiocyanate catabolism</go:name>
            <go:definition>The breakdown into simpler components of thiocyanate, any anion of thiocyanic acid.</go:definition>
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            <go:name>coenzyme and prosthetic group metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving coenzymes and prosthetic groups.</go:definition>
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            <go:name>coenzyme metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving coenzymes, any of various nonprotein organic cofactors that are required, in addition to an enzyme and a substrate, for an enzymatic reaction to proceed.</go:definition>
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            <go:name>2'-(5''-triphosphoribosyl)-3'-dephospho-CoA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2'-(5''-triphosphoribosyl)-3'-dephospho-CoA, a derivative of coenzyme A.</go:definition>
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            <go:name>acetyl-CoA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving acetyl-CoA, a derivative of coenzyme A in which the sulfhydryl group is acetylated; it is a metabolite derived from several pathways (eg. glycolysis, fatty acid oxidation, amino-acid catabolism) and is further metabolized by the tricarboxylic acid cycle. It is a key intermediate in lipid and terpenoid biosynthesis.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving biotin, cis-tetrahydro-2-oxothieno(3,4-d)imidazoline-4-valeric acid; the (+) enantiomer is very widely distributed in cells and serves as a carrier in a number of enzymatic beta-carboxylation reactions.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving FAD, flavin-adenine dinucleotide, the coenzyme or the prosthetic group of various flavoprotein oxidoreductase enzymes.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glutathione, the tripeptide glutamylcysteinylglycine, which acts as a coenzyme for some enzymes and as an antioxidant in the protection of sulfhydryl groups in enzymes and other proteins; it has a specific role in the reduction of hydrogen peroxide (H2O2) and oxidized ascorbate, and it participates in the gamma-glutamyl cycle.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving coenzyme A, 3'-phosphoadenosine-(5')diphospho(4')pantatheine, an acyl carrier in many acylation and acyl-transfer reactions in which the intermediate is a thiol ester.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pantothenate, the anion of pantothenic acid, the amide of beta-alanine and pantoic acid. It is a B complex vitamin that is a constituent of coenzyme A and is distributed ubiquitously in foods.</go:definition>
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            <go:synonym>iron-sulphur cluster assembly</go:synonym>
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            <go:name>L-methylmalonyl-CoA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving L-methylmalonyl-CoA, the levorotatory isomer of 2-carboxypropanoyl-CoA. S-methylmalonyl-CoA is an intermediate in the beta oxidation of odd-numbered fatty acids in animals.</go:definition>
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            <go:name>lipoamide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lipoamide, the functional form of lipoic acid in which the carboxyl group is attached to protein by an amide linkage to a lysine amino group.</go:definition>
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            <go:name>lipoic acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lipoic acid, 1,2-dithiolane-3-pentanoic acid, a coenzyme involved in oxidative decarboxylation of keto acids.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lipoate, 1,2-dithiolane-3-pentanoate, the anion derived from lipoic acid.</go:definition>
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            <go:name>vitamin K metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any of the forms of vitamin K, quinone-derived vitamins which are involved in the synthesis of blood-clotting factors in mammals.</go:definition>
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            <go:synonym>phytylmenaquinone metabolism</go:synonym>
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            <go:synonym>menaquinone metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>multiprenylmenaquinone metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any of the vitamin K2 compounds (menaquinones), quinone-derived compounds synthesized by intestinal bacteria.</go:definition>
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            <go:name>thiamin diphosphate metabolism</go:name>
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            <go:synonym>thiamine pyrophosphate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving thiamin diphosphate, a derivative of thiamin (vitamin B1) which acts as a coenzyme in a range of processes including the Krebs cycle.</go:definition>
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            <go:synonym>thiamine diphosphate dephosphorylation</go:synonym>
            <go:definition>The removal of one or more phosphoric groups from thiamin diphosphate, a derivative of thiamin (vitamin B1) which acts as a coenzyme in a range of processes including the Krebs cycle.</go:definition>
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            <go:name>corrin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving corrin, C19H22N4, the fundamental heterocyclic skeleton of the corrinoids. It consists of four reduced pyrrole rings joined into a macrocyclic ring. Corrin is the core of the vitamin B12 molecule.</go:definition>
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            <go:name>mycothiol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mycothiol, which consists of N-acetyl-L-cysteine linked to a pseudodisaccharide, D-glucosamine and myo-inositol. Mycothiol is produced in actinomycetes like mycobacteria and serves similar functions to glutathione.</go:definition>
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            <go:name>porphyrin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any member of a large group of derivatives or analogs of porphyrin. Porphyrins consists of a ring of four pyrrole nuclei linked each to the next at their alpha positions through a methine group.</go:definition>
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            <go:name>protoporphyrinogen IX metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving protoporphyrinogen IX, the specific substrate for the enzyme ferrochelatase (GO:0004325), which catalyzes the insertion of iron to form protoheme. It is probably also the substrate for chlorophyll formation.</go:definition>
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            <go:name>uroporphyrinogen III metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving uroporphyrinogen III, a precursor for synthesis of vitamin B12, chlorophyll, and heme in organisms that produce these compounds.</go:definition>
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            <go:name>vitamin B12 metabolism</go:name>
            <go:synonym>cobalamin metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving vitamin B12, a water-soluble vitamin characterized by possession of a corrin nucleus containing a cobalt atom.</go:definition>
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            <go:name>vitamin B12 reduction</go:name>
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            <go:name>regulation of coenzyme and prosthetic group metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving coenzymes and prosthetic groups.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of coenzyme and prosthetic group metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the chemical reactions and physical changes involving coenzymes and prosthetic groups.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of coenzyme and prosthetic group metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the chemical reactions and physical changes involving coenzymes and prosthetic groups.</go:definition>
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            <go:name>siderochrome metabolism</go:name>
            <go:synonym>siderophore metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving siderochromes, low molecular weight Fe(III)-chelating substances made by aerobic or facultatively anaerobic bacteria, especially when growing under iron deficient conditions. The complexes of Fe(3+)-siderochromes have very high stability constants and are taken up by specific transport systems by microorganisms; the subsequent release of iron requires enzymatic action.</go:definition>
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            <go:name>achromobactin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving achromobactin, a citrate siderophore.</go:definition>
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            <go:name>chrysobactin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving the siderophore chrysobactin (alpha-N-(2,3-dihydroxybenzoyl)-D-lysyl-L-serine).</go:definition>
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            <go:name>pyochelin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving the siderochrome pyochelin (2-(2-o-hydroxyphenyl-2-thiazolin-4-yl)-3-methylthiazolidine-4-carboxylic acid).</go:definition>
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            <go:name>rhizobactin 1021 metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving rhizobactin 1021, (E)-4-((3-(acetylhydroxyamino)propyl)-amino)-2-hydroxy-(2-(2-(3-(hydroxy(1-oxo-2-decenyl)amino)propyl)amino)-2-oxoethyl)-4-oxobutanoic acid, a siderophore produced by Sinorhizobium meliloti.</go:definition>
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            <go:name>vibriobactin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving vibriobactin, the major siderophore produced by Vibrio cholerae.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-1-thioglycine biosynthesis from peptidyl-glycine</go:name>
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            <go:name>peptidyl-1-thioglycine biosynthesis, carboxy-terminal</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of carboxy-terminal peptidyl-1-thioglycine, which has a carboxy-terminal thiocarboxy-C(=O)-SH bond.</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of internal peptidyl-1-thioglycine, which has an internal C=S bond, instead of an internal C=O bond, in the peptide.</go:definition>
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            <go:name>depsipeptide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving depsipeptides, a linear or cyclic compound composed of both amino acids and hydroxy acids in peptide and ester bonds respectively.</go:definition>
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            <go:name>enniatin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving enniatins, any of various cyclodepsipeptide antibiotics from Fusarium species that function as ionophores.</go:definition>
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            <go:name>drug metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a drug, a substance used in the diagnosis, treatment or prevention of a disease; as used here antibiotic substances (see antibiotic metabolism) are considered to be drugs, even if not used in medical or veterinary practice.</go:definition>
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            <go:name>antibiotic metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving an antibiotic, a substance produced by or derived from certain fungi, bacteria, and other organisms, that can destroy or inhibit the growth of other microorganisms.</go:definition>
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            <go:name>bacteriocin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving bacteriocins, any of a heterogeneous group of polypeptide antibiotics that are secreted by certain bacterial strains and are able to kill cells of other susceptible (frequently related) strains after adsorption at specific receptors on the cell surface. They include the colicins, and their mechanisms of action vary.</go:definition>
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            <go:name>peptide antibiotic metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving peptides with antibiotic activity.</go:definition>
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            <go:name>cocaine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cocaine, an alkaloid obtained from the dried leaves of the shrub Erythroxylon coca. It is a cerebral stimulant and narcotic.</go:definition>
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            <go:name>electron transport</go:name>
            <go:synonym>electron transfer</go:synonym>
            <go:definition>The transport of electrons from an electron donor to an electron acceptor.</go:definition>
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            <go:name>butyrate fermentation</go:name>
            <go:definition>An anaerobic process in which glucose is fermented, with the production of acetic acid, butyric acid, carbon dioxide (CO2), and dihydrogen; effected by some saccharolytic species of Clostridium, eg. C. butyricum.</go:definition>
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            <go:definition>An anaerobic process in which glucose is fermented, with the production of 2,3-butanediol and other substances; effected by some members of the Enterobacteriaceae, eg. Enterobacter, Erwinia, Klebsiella, and Serratia.</go:definition>
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            <go:name>photosynthesis light harvesting in photosystem I</go:name>
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            <go:synonym>photosynthetic ATP synthesis</go:synonym>
            <go:definition>The metabolic processes by which photosynthetic organisms use light energy to convert ADP to ATP without the concomitant reduction of dioxygen (O2) to water that occurs in phosphorylation.</go:definition>
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            <go:definition>ATP synthesis is driven by a proton gradient generated across the thylakoid membrane. Involves only photosystem I.</go:definition>
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            <go:name>noncyclic photosynthetic phosphorylation</go:name>
            <go:definition>ATP synthesis is linked to the transport of electrons from water to NADP+ with the production of NADPH and dioxygen (O2). Involves photosystem I and photosystem II.</go:definition>
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            <go:definition>In the photosynthetic reaction centers, primary charge separation is initiated by the excitation of a molecule followed by the transfer of an electron to an electron acceptor molecule following energy transfer from light harvesting complexes.</go:definition>
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            <go:name>regulation of photosynthesis, light reaction</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the light-dependent reaction of photosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>photosystem I stabilization</go:name>
            <go:definition>The stabilization of the photosystem I protein complex, resulting from the phosphorylation of its structural protein subunits, in a cell actively involved in photosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>fat body metabolism (sensu Insecta)</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving the fat body found in organisms of the class Insecta. A fat body is a fat-containing cellular structure which serves as an energy reserve.</go:definition>
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            <go:name>glycerol ether metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycerol ethers, any anhydride formed between two organic hydroxy compounds, one of which is glycerol.</go:definition>
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            <go:name>acylglycerol metabolism</go:name>
            <go:synonym>glyceride metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving acylglycerol, any mono-, di- or triester of glycerol with (one or more) fatty acids.</go:definition>
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            <go:name>diacylglycerol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving diacylglycerol, a glycerol molecule substituted on the 1 and 2 hydroxyl groups with long chain fatty acyl residues. DAG is a normal intermediate in the biosynthesis of phosphatidyl phospholipids and is released from them by phospholipase C activity. DAG from phosphatidyl inositol polyphosphates is important in signal transduction.</go:definition>
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            <go:name>CDP-diacylglycerol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving CDP-diacylglycerol, CDP-1,2-diacylglycerol, a substance composed of diacylglycerol in glycosidic linkage with cytidine diphosphate. It is a common intermediate in phospholipid biosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>monoacylglycerol metabolism</go:name>
            <go:synonym>monoglyceride metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving monoacylglycerol, any ester of glycerol in which any one of its hydroxyl groups has been acylated with a fatty acid, the other being non-esterified.</go:definition>
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            <go:name>triacylglycerol metabolism</go:name>
            <go:synonym>triglyceride metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving triacylglycerol, any triester of glycerol. The three fatty acid residues may all be the same or differ in any permutation. Triacylglycerols are important components of plant oils, animal fats and animal plasma lipoproteins.</go:definition>
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            <go:name>triacylglycerol mobilization</go:name>
            <go:synonym>triglyceride mobilization</go:synonym>
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            <go:name>ether lipid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ether lipids, lipids that contain (normally) one fatty alcohol in ether linkage to one of the carbon atoms (normally C-1) of glycerol.</go:definition>
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            <go:name>heterocycle metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving heterocyclic compounds, those with a cyclic molecular structure and at least two different atoms in the ring (or rings).</go:definition>
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            <go:name>caprolactam metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving caprolactam, hexahydro-2h-azepin-2-one, a cyclic amide of caproic acid used in manufacture of synthetic fibers of the polyamide type. It can cause local irritation.</go:definition>
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            <go:name>octamethylcyclotetrasiloxane metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving octamethylcyclotetrasiloxane, a cyclic silicone-oxygen ring compound with two methyl groups attached to each silicone atom.</go:definition>
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            <go:name>oxazole/thiazole metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving oxazole and thiazole, five-membered heterocyclic ring structures containing an oxygen and a sulfur, respectively, in the 1-position and a nitrogen in the 3-position.</go:definition>
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            <go:name>paclitaxel metabolism</go:name>
            <go:synonym>taxol metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving paclitaxel, an alkaloid compound used as an anticancer treatment.</go:definition>
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            <go:name>poly(3-hydroxyalkanoate) metabolism</go:name>
            <go:synonym>PHA metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving poly(3-hydroxyalkanoates), polyesters of 3-hydroxyacids produced as intracellular granules by a large variety of bacteria.</go:definition>
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            <go:name>tetrahydrofuran metabolism</go:name>
            <go:synonym>THF metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving tetrahydrofuran, a cyclic 4 carbon ether. It is one of the most polar ethers and is a widely used solvent for polar reagents. Since THF is very soluble in water and has a relatively low boiling point, significant amounts are often released into the environment, causing contamination problems.</go:definition>
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            <go:name>urate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving urate, the anion of uric acid, 2,6,8-trioxypurine, the end product of purine metabolism in certain mammals and the main excretory product in uricotelic animals.</go:definition>
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            <go:name>hormone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any hormone, naturally occurring substances secreted by specialized cells that affects the metabolism or behavior of other cells possessing functional receptors for the hormone.</go:definition>
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            <go:name>androgen metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving androgens, C19 steroid hormones that can stimulate the development of male sexual characteristics.</go:definition>
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            <go:name>auxin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving auxins, a group of plant hormones that regulate aspects of plant growth.</go:definition>
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            <go:name>C21-steroid hormone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving C21-steroid hormones, steroid compounds containing 21 carbons which function as hormones.</go:definition>
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            <go:name>progesterone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving progesterone, a steroid hormone produced in the ovary which prepares and maintains the uterus for pregnancy. Also found in plants.</go:definition>
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            <go:name>estrogen metabolism</go:name>
            <go:synonym>oestrogen metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving estrogens, C18 steroid hormones that can stimulate the development of female sexual characteristics. Also found in plants.</go:definition>
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            <go:name>glucocorticoid metabolism</go:name>
            <go:synonym>glucocorticosteroid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glucocorticoids, hormonal C21 corticosteroids synthesized from cholesterol. Glucocorticoids act primarily on carbohydrate and protein metabolism, and have anti-inflammatory effects.</go:definition>
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            <go:name>juvenile hormone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving juvenile hormones, the three sesquiterpenoid derivatives that function to maintain the larval state of insects at molting and that may be required for other processes, eg. oogenesis.</go:definition>
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            <go:name>mineralocorticoid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mineralocorticoids, hormonal C21 corticosteroids synthesized from cholesterol. Mineralocorticoids act primarily on water and electrolyte balance.</go:definition>
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            <go:name>peptide hormone processing</go:name>
            <go:definition>The generation of a mature peptide hormone by posttranslational processing of a prohormone.</go:definition>
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            <go:name>insulin processing</go:name>
            <go:definition>The formation of mature insulin by proteolysis of the precursor preproinsulin. The signal sequence is first cleaved from preproinsulin to form proinsulin; proinsulin is then cleaved to release the C peptide, leaving the A and B chains of mature insulin linked by disulfide bridges.</go:definition>
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            <go:name>retinoic acid metabolism</go:name>
            <go:synonym>vitamin A1 acid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving retinoic acid, one of the three components that makes up vitamin A.</go:definition>
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            <go:name>9-cis-retinoic acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 9-cis-retinoic acid, a metabolically active vitamin A derivative.</go:definition>
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            <go:name>9-cis-retinoic acid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of 9-cis-retinoic acid, a metabolically active vitamin A derivative.</go:definition>
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            <go:name>retinol metabolism</go:name>
            <go:synonym>vitamin A1 alcohol metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>vitamin A1 metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving retinol, one of the three compounds that makes up vitamin A.</go:definition>
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            <go:name>isopentenyl diphosphate metabolism</go:name>
            <go:synonym>IDP metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving isopentenyl diphosphate, an isomer of dimethylallyl diphosphate and the key precursor of all isoprenoids.</go:definition>
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            <go:name>ketone body metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ketone bodies, any one of the three substances: acetoacetate, D-3-hydroxybutyrate (beta-hydroxybutyrate) or acetone. Although 3-hydroxybutyrate is not a ketone, it is classed as a ketone body because it exists in an equilibrium with acetoacetate. Ketone bodies may accumulate in excessive amounts in the body in starvation, diabetes mellitus or in other defects of carbohydrate metabolism.</go:definition>
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            <go:name>ketone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any of a class of organic compounds that contain the carbonyl group, CO, and in which the carbonyl group is bonded only to carbon atoms. The general formula for a ketone is RCOR, where R and R are alkyl or aryl groups.</go:definition>
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            <go:name>(+)-camphor metabolism</go:name>
            <go:synonym>camphor metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving (+)-camphor, a bicyclic monoterpene ketone which is one of the major components in the leaves of common sage. Camphor exists in two enantiomers, but the (+)-isomer is more widely distributed.</go:definition>
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            <go:name>2-oxobutyrate metabolism</go:name>
            <go:synonym>alpha-ketobutyrate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2-oxobutyrate, the anion of the organic acid 2-oxobutyric acid, which contains a ketone group on carbon 2.</go:definition>
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            <go:name>acetoin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving acetoin, 3-hydroxy-2-butanone, often as part of a fermentation pathway or for use as a carbon source.</go:definition>
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            <go:name>adamantanone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving adamantanone, tricyclo(3.3.1.13,7)decanone, a white crystalline solid used as an intermediate for microelectronics in the production of photoresists.</go:definition>
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            <go:name>methyl ethyl ketone metabolism</go:name>
            <go:synonym>2-butanone metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>MEK metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving methyl ethyl ketone, a clear, colorless liquid with a fragrant, mint-like odor. It is used as a solvent and in making plastics, textiles and paints.</go:definition>
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            <go:name>lipid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lipids, compounds soluble in an organic solvent but not, or sparingly, in an aqueous solvent. Includes fatty acids; neutral fats, other fatty-acid esters, and soaps; long-chain (fatty) alcohols and waxes; sphingoids and other long-chain bases; glycolipids, phospholipids and sphingolipids; and carotenes, polyprenols, sterols, terpenes and other isoprenoids.</go:definition>
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            <go:name>arachidonic acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving arachidonic acid, a straight chain fatty acid with 20 carbon atoms and four double bonds per molecule. Arachidonic acid is the all-Z-(5,8,11,14)-isomer.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which a fatty acid becomes unsaturated (containing double bonds), for example by removal of two hydrogen atoms, or a hydrogen atom and a hydroxyl group, from adjacent carbon atoms.</go:definition>
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            <go:name>fatty acid oxidation</go:name>
            <go:definition>The removal of one or more electrons from a fatty acid, with or without the concomitant removal of a proton or protons, by reaction with an electron-accepting substance, by addition of oxygen or by removal of hydrogen.</go:definition>
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            <go:name>fatty acid alpha-oxidation</go:name>
            <go:definition>Pathway by which 3-methyl branched fatty acids are degraded. These compounds are not degraded by the normal peroxisomal beta-oxidation pathway, because the 3-methyl blocks the dehydrogenation of the hydroxyl group by hydroxyacyl-CoA dehydrogenase. The 3-methyl branched fatty acid is converted in several steps to pristenic acid, which can then feed into the beta-oxidative pathway.</go:definition>
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            <go:definition>The metabolic oxidation of a long-chain fatty acid by successive cycles of reactions during each of which the fatty acid is shortened by a two-carbon fragment removed as acetyl coenzyme A.</go:definition>
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            <go:name>regulation of fatty acid oxidation</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of fatty acid oxidation.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of fatty acid oxidation</go:name>
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            <go:name>positive regulation of fatty acid oxidation</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of fatty acid oxidation.</go:definition>
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            <go:name>icosanoid metabolism</go:name>
            <go:synonym>eicosanoid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving icosanoids, any of a group of C20 polyunsaturated fatty acids.</go:definition>
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            <go:name>leukotriene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving leukotriene, a pharmacologically active substance derived from a polyunsaturated fatty acid, such as arachidonic acid.</go:definition>
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            <go:name>prostanoid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving prostanoids, any compound based on or derived from the prostanoate structure.</go:definition>
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            <go:name>prostaglandin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving prostaglandins, any of a group of biologically active metabolites which contain a cyclopentane ring due to the formation of a bond between two carbons of a fatty acid. They have a wide range of biological activities.</go:definition>
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            <go:name>jasmonic acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving jasmonic acid, a fatty acid derivative with the formula (1R-(1 alpha, 2 beta(Z)))-3-oxo-2-(2-pentenyl)cyclopentaneacetic acid.</go:definition>
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            <go:name>lauric acid metabolism</go:name>
            <go:synonym>n-dodecanoic acid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lauric acid, a fatty acid with the formula CH3(CH2)10COOH. Derived from vegetable sources.</go:definition>
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            <go:name>long-chain fatty acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving long-chain fatty acids, aliphatic compounds having a terminal carboxyl group and with a chain length of C12-18.</go:definition>
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            <go:name>regulation of fatty acid metabolism</go:name>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving fatty acids.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of fatty acid metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the chemical reactions and physical changes involving fatty acids.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the chemical reactions and physical changes involving fatty acids.</go:definition>
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                <go:reference>01.06.07 lipid, fatty-acid and isoprenoid utilization &gt; GO:lipid metabolism ; GO:0006629 &gt; GO:fatty acid metabolism ; GO:0006631</go:reference>
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            <go:name>farnesyl diphosphate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving farnesyl diphosphate, an intermediate in carotenoid, sesquiterpene, squalene and sterol biosynthesis, as well as a substrate in protein farnesylation.</go:definition>
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            <go:synonym>polyterpene metabolism</go:synonym>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving terpenoids, any member of a class of compounds characterized by an isoprenoid chemical structure and including derivatives with various functional groups.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving diterpenoid compounds, terpenoids with 20 isoprenoid units.</go:definition>
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            <go:synonym>gibberellin metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving gibberellic acid. Gibberellins are a class of highly modified terpenes that function as plant growth regulators.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving polyterpenoid compounds, terpenoids with more than 40 isoprenoid units.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sesquiterpenoid compounds, terpenoids with 15 isoprenoid units.</go:definition>
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            <go:name>abscisic acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving abscisic acid, 5-(1-hydroxy-2,6,6,trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-y1)-3-methylpenta-2,4-dienoic acid.</go:definition>
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            <go:name>carotenoid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving carotenoids, tetraterpenoid compounds in which two units of 4 isoprenoid residues joined head-to-tail are themselves joined tail-to-tail.</go:definition>
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            <go:name>carotene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving carotenes, hydrocarbon carotenoids.</go:definition>
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            <go:name>xanthophyll metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving xanthophylls, oxygen-containing carotenoids.</go:definition>
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            <go:name>xanthophyll cycle</go:name>
            <go:definition>A cyclic series of interconversions involving three xanthophylls-violoxanthin, antheraxanthin, and zeaxanthin. The xanthophyll cycle is involved in regulating energy dissipation in light harvesting complex II.</go:definition>
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            <go:name>triterpenoid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving triterpenoid compounds, terpenoids with 30 isoprenoid units.</go:definition>
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            <go:name>pentacyclic triterpenoid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pentacyclic triterpenoid compounds, terpenoids with 30 isoprenoid units and 5 carbon rings.</go:definition>
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            <go:name>hopanoid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving hopanoids, pentacyclic sterol-like compounds based on the hopane nucleus.</go:definition>
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            <go:name>prenol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving prenols, isoprenoids of general formula (H-CH2-C(CH3)=CH-CH2-)n-OH, any primary monohydroxy alcohol whose carbon skeleton consists of two or more isoprenoid residues linked head to tail.</go:definition>
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            <go:name>polyprenol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving polyprenols, prenols with more than 4 isoprenoid residues, which may be all-trans, or a mixture of cis and trans.</go:definition>
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            <go:name>dolichol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dolichols, any 2,3-dihydropolyprenol derived from four or more linked isoprene units.</go:definition>
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            <go:name>dolichyl diphosphate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dolichyl diphosphate, a diphosphorylated dolichol derivative. In eukaryotes, these function as carriers of mono- and oligosaccharide residues in the glycosylation of lipids and proteins within intracellular membranes.</go:definition>
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            <go:name>regulation of isoprenoid metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving isoprenoids.</go:definition>
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                <go:reference>01.06.04 breakdown of lipids, fatty acids and isoprenoids &gt; GO:lipid catabolism ; GO:0016042 &gt; GO:fatty acid catabolism ; GO:0009062 &gt; GO:isoprenoid catabolism ; GO:0008300</go:reference>
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            <go:name>negative regulation of isoprenoid metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the chemical reactions and physical changes involving isoprenoid.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of isoprenoid metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the chemical reactions and physical changes involving isoprenoid.</go:definition>
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            <go:name>retinoid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving retinoids, any member of a class of isoprenoids that contain or are derived from four prenyl groups linked head-to-tail.</go:definition>
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            <go:name>lipid A metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lipid A, the glycolipid moiety of bacterial lipopolysaccharides, consisting of six fatty acyl chains linked to two glucosamine residues.</go:definition>
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            <go:definition>Covalent attachment of a glycosyl residue to a lipid molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The process of introducing one or more phosphoric groups into a lipid, any member of a group of substances soluble in lipid solvents but only sparingly soluble in aqueous solvents.</go:definition>
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            <go:definition>The process of introducing one or more phosphoric groups into a phosphoinositide, a class of substances comprising phosphatidylinositol and its derivatives.</go:definition>
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            <go:definition>The process of removing one or more phosphoric groups from a phosphoinositide, a class of substances comprising phosphatidylinositol and its derivatives.</go:definition>
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            <go:name>lipid storage</go:name>
            <go:definition>The accumulation and maintenance in cells or tissues of lipids, compounds soluble in organic solvents but insoluble or sparingly soluble in aqueous solvents. Lipid reserves can be accumulated during early developmental stages for mobilization and utilization at later stages of development.</go:definition>
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            <go:name>triacylglycerol storage</go:name>
            <go:synonym>triglyceride storage</go:synonym>
            <go:definition>The accumulation and maintenance of any triester of glycerol in cells or tissues.</go:definition>
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            <go:name>membrane lipid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving membrane lipids, any lipid found in or associated with a biological membrane.</go:definition>
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            <go:name>glycolipid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycolipids, compounds containing (usually) 1-4 linked monosaccharide residues joined by a glycosyl linkage to a lipid.</go:definition>
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            <go:name>galactolipid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving galactolipids, any glycolipid containing one of more residues of galactose and/or N-acetylgalactosamine.</go:definition>
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            <go:name>galactosylceramide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving galactosylceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic hydroxyl group of a cyclic form of galactose by a ceramide group.</go:definition>
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            <go:name>glycosphingolipid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycosphingolipids, any compound with residues of sphingoid and at least one monosaccharide.</go:definition>
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            <go:name>ganglioside metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ceramide oligosaccharides carrying in addition to other sugar residues, one or more sialic acid residues.</go:definition>
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            <go:name>globoside metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving globosides, globotetraosylceramides, ceramides containing a core structure of GalNAc-beta-(1,3)-Gal-alpha(1,4)Glc(I). Globosides are the major neutral glycosphingolipid in normal kidneys and erythrocytes.</go:definition>
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            <go:name>GSI anchor metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycosylsphingolipidinositol (GSI) anchors, which attach membrane proteins to the lipid bilayer of the cell membrane.</go:definition>
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            <go:name>glycosylceramide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycosylceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic hydroxyl group of a cyclic form of a monosaccharide (or derivative) by a ceramide group.</go:definition>
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            <go:name>glucosylceramide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glucosylceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic hydroxyl group of a cyclic form of glucose by a ceramide group. They are neutral glycolipids containing equimolar amounts of fatty acid, glucose, and sphingosine or a sphingosine derivative.</go:definition>
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            <go:name>lactosylceramide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lactosylceramides, Gal beta(1,4)Glc beta(1,1') ceramides, any compound formed by the replacement of the glycosidic C1 hydroxyl group of lactose by a ceramide group. They are the precursors of both gangliosides and globosides.</go:definition>
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            <go:name>phospholipid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phospholipids, any lipid containing phosphoric acid as a mono- or diester.</go:definition>
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                <go:reference>13010	176	Fatty acid and phospholipid metabolism	Biosynthesis &gt; GO:fatty acid biosynthesis ; GO:0006633</go:reference>
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            <go:name>glycerophospholipid metabolism</go:name>
            <go:synonym>phosphoglyceride metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycerophospholipids, any derivative of glycerophosphate that contains at least one O-acyl, O-alkyl, or O-alkenyl group attached to the glycerol residue.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidic acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphatidic acid, any derivative of glycerol phosphate in which both the remaining hydroxyl groups of the glycerol moiety are esterified with fatty acids.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylcholine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphatidylcholines, any of a class of glycerophospholipids in which the phosphatidyl group is esterified to the hydroxyl group of choline. They are important constituents of cell membranes.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lecithin, any 3-sn-phosphatidylcholine.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylglycerol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphatidylglycerols, any of a class of phospholipids in which the phosphatidyl group is esterified to the hydroxyl group of glycerol. They are important constituents of cell membranes.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylserine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphatidylserines, any of a class of glycerophospholipids in which the phosphatidyl group is esterified to the hydroxyl group of L-serine. They are important constituents of cell membranes.</go:definition>
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            <go:name>phosphoinositide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphoinositides, any of a class of glycerophospholipids in which the phosphatidyl group is esterified to the hydroxyl group of inositol. They are important constituents of cell membranes.</go:definition>
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            <go:name>GPI anchor metabolism</go:name>
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            <go:synonym>glycosylphosphatidylinositol metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycosylphosphatidylinositol anchors, molecular mechanisms for attaching membrane proteins to the lipid bilayer of cell membranes. Structurally they consist of a molecule of phosphatidylinositol to which is linked, via the C-6 hydroxyl of the inositol, a carbohydrate chain. This chain is in turn linked to the protein through an ethanolamine phosphate moiety, the amino group of which is in amide linkage with the C-terminal carboxyl of the protein chain, the phosphate group being esterified to the C-6 hydroxyl of the terminal mannose of the core carbohydrate chain.</go:definition>
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            <go:name>phosphatidylinositol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphatidylinositol, any glycophospholipid with its sn-glycerol 3-phosphate residue is esterified to the 1-hydroxyl group of 1D-myo-inositol.</go:definition>
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            <go:name>inositolphosphoceramide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving inositolphosphoceramides, any lipid with a phosphodiester bridge between an inositol residue and the ceramide moiety.</go:definition>
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            <go:name>inositol phosphorylceramide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving inositol phosphorylceramides, any lipid with a phosphodiester bridge between an inositol residue and the ceramide moiety. The phosphate-containing moiety is the trivalent -P(O)= and the ceramide moiety of this lipid consists of phytosphingosine and a hydroxy C26 fatty acid.</go:definition>
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            <go:name>mannose inositol phosphoceramide metabolism</go:name>
            <go:synonym>MIPC metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>mannose-inositol-P-ceramide (MIPC) metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mannose inositol phosphoceramide, any lipid with a phosphodiester bridge between an inositol residue and the ceramide moiety which contains a phosphoryl (-P(O)=) groups and a mannose derivative.</go:definition>
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            <go:name>mannosyl diphosphorylinositol ceramide metabolism</go:name>
            <go:synonym>M(IP)2C metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mannosyl diphosphorylinositol ceramide, any lipid with a phosphodiester bridge between an inositol residue and the ceramide moiety which contains two phosphoryl (-P(O)=) groups and a mannose derivative.</go:definition>
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            <go:name>phospholipid transfer to membrane</go:name>
            <go:definition>The transfer of a phospholipid from its site of synthesis to the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>platelet activating factor metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving platelet activating factor, 1-O-alkyl-2-acetyl-sn-glycerol 3-phosphocholine, where alkyl = hexadecyl or octadecyl. Platelet activating factor is an inflammatory mediator released from a variety of cells in response to various stimuli.</go:definition>
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            <go:name>sphingomyelin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sphingomyelin, N-acyl-4-sphingenyl-1-O-phosphorylcholine, any of a class of phospholipids in which the amino group of sphingosine is in amide linkage with one of several fatty acids, while the terminal hydroxyl group of sphingosine is esterified to phosphorylcholine.</go:definition>
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            <go:name>sphingolipid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sphingolipids, any of a class of lipids containing the long-chain amine diol sphingosine or a closely related base (a sphingoid).</go:definition>
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            <go:name>sphingoid metabolism</go:name>
            <go:synonym>sphingoid base metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sphingoids, any of a class of compounds comprising sphinganine and its homologues and stereoisomers, and derivatives of these compounds.</go:definition>
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            <go:name>phytosphingosine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phytosphingosine, (2S,3S,4R)-2-amino-1,3,4-octadecanetriol, a constituent of many plant sphingolipids.</go:definition>
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            <go:name>sphinganine metabolism</go:name>
            <go:synonym>dihydrosphingosine metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sphinganine, D-erythro-2-amino-1,3-octadecanediol.</go:definition>
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            <go:name>sphinganine-1-phosphate metabolism</go:name>
            <go:synonym>dihydrosphingosine-1-phosphate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sphinganine-1-phosphate, the phosphorylated derivative of D-erythro-2-amino-1,3-octadecanediol.</go:definition>
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            <go:name>neutral lipid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving neutral lipids, lipids only soluble in solvents of very low polarity.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving lipids.</go:definition>
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                <go:reference>01.06.10 regulation of lipid, fatty-acid and isoprenoid metabolism &gt; GO:regulation of fatty acid metabolism ; GO:0019217</go:reference>
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            <go:name>negative regulation of lipid metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the chemical reactions and physical changes involving lipids.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of lipid metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the chemical reactions and physical changes involving lipids.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving steroids, compounds with a 1,2,cyclopentanoperhydrophenanthrene nucleus.</go:definition>
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            <go:name>bile acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving bile acids, any of a group of steroid carboxylic acids occurring in bile, where they are present as the sodium salts of their amides with glycine or taurine.</go:definition>
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            <go:name>phytosteroid metabolism</go:name>
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            <go:name>brassinosteroid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving brassinosteroids, any of a group of steroid derivatives that occur at very low concentrations in plant tissues and may have hormone-like effects.</go:definition>
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            <go:name>regulation of steroid metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving steroids.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of steroid metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the chemical reactions and physical changes involving steroids.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of steroid metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the chemical reactions and physical changes involving steroids.</go:definition>
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            <go:synonym>sulpholipid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving sulfolipids, any compound containing a sulfonic acid residue joined by a carbon-sulfur bond to a lipid.</go:definition>
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            <go:name>nitrogen metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving various organic and inorganic nitrogenous compounds; includes nitrogen fixation, nitrification, denitrification, assimilatory/dissimilatory nitrate reduction and the interconversion of nitrogenous organic matter and ammonium.</go:definition>
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            <go:name>2-nitropropane metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 2-nitropropane, a clear, colorless liquid with a mild, fruity odor. 2-nitropropane is used principally as a solvent and chemical intermediate. As a solvent, it is used in inks, paints, adhesives, varnishes, polymers, and synthetic materials. It is a feedstock for the manufacture of 2-nitro-2-methyl-1-propanol and 2-amino-2-methyl-1-propanol.</go:definition>
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            <go:name>aldoxime metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving aldoximes, compounds derived by the reaction of an aldose with hydroxylamine, thus containing the aldoxime group -HC=NOH.</go:definition>
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            <go:name>alkaloid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving alkaloids, nitrogen containing natural products which are not otherwise classified as peptides, nonprotein amino acids, amines, cyanogenic glycosides, glucosinolates, cofactors, phytohormones or primary metabolites (such as purine or pyrimidine bases).</go:definition>
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            <go:name>dipyrrin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dipyrrins (pyrromethanes), compounds containing two pyrrole rings linked through a methine, -CH=, group.</go:definition>
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            <go:name>epothilone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving epothilone, a drug obtained from the myxobacteria Sporangium cellulosum that interferes with cell division. Some epothilones are being studied as treatments for cancer.</go:definition>
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            <go:name>nicotine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving (S)(-)-3-(1-methyl-2-pyrrolidinyl)pyridine, the principal example of a number of related very poisonous and addictive alkaloids extractable from the dried leaves of various species of tobacco, especially Nicotiana tabaccum. It is an agonist of the nicotinic class of cholinoceptors.</go:definition>
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            <go:name>purine alkaloid metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving argininosuccinate, 2-(Nw-arginino)succinate, an intermediate in the ornithine-urea cycle, where it is synthesized from citrulline and aspartate.</go:definition>
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            <go:name>urea metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving urea, the water soluble compound O=C-(NH2)2, produced in the liver by the ornithine cycle. It is the main nitrogen-containing excretion product in ureotelic animals.</go:definition>
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            <go:name>ureide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reaction and physical changes involving ureide, allantoin and allantoate, which are the organic forms of nitrogen in nitrogen fixing and transporting plants.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of ureide which is the organic form of nitrogen in nitrogen fixing and transporting plants, from IMP which is synthesized de-novo during nitrogen fixation by roots.</go:definition>
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            <go:definition>The covalent attachment of an ADP-ribosyl moiety to the amino group at N2 of a 2'-deoxyguanosine residue in double-stranded DNA.</go:definition>
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            <go:definition>The addition of alkyl groups to many positions on all four bases of DNA. Alkylating agents can also modify the bases of incoming nucleotides in the course of DNA synthesis.</go:definition>
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            <go:definition>The cleavage of DNA by restriction nucleases, which cut the DNA double helix at specific sites defined by the local nucleotide sequence.</go:definition>
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            <go:definition>The processes by which a new genotype is formed by reassortment of genes resulting in gene combinations different from those that were present in the parents. In eukaryotes genetic recombination can occur by chromosome assortment, intrachromosomal recombination, or nonreciprocal interchromosomal recombination. Intrachromosomal recombination occurs by crossing over. In bacteria it may occur by genetic transformation, conjugation, transduction, or F-duction.</go:definition>
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            <go:definition>The exchange, reciprocal or nonreciprocal, of genetic material between one DNA molecule and a homologous region of DNA that occurs during mitotic cell cycles.</go:definition>
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            <go:name>recombinational repair</go:name>
            <go:definition>The repair of damaged DNA that involves the exchange, reciprocal or nonreciprocal, of genetic material between the broken DNA molecule and a homologous region of DNA.</go:definition>
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            <go:name>double-strand break repair via homologous recombination</go:name>
            <go:definition>The error-free repair of a double-strand break in DNA in which the broken DNA molecule is repaired using homologous sequences. A strand in the broken DNA searches for a homologous region in an intact chromosome to serve as the template for DNA synthesis. The restoration of two intact DNA molecules results in the exchange, reciprocal or nonreciprocal, of genetic material between the intact DNA molecule and the broken DNA molecule.</go:definition>
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            <go:name>double-strand break repair via break-induced replication</go:name>
            <go:definition>The error-free repair of a double-strand break in DNA in which the centromere-proximal end of a broken chromosome searches for a homologous region in an intact chromosome. DNA synthesis initiates from the 3' end of the invading DNA strand, using the intact chromosome as the template, and progresses to the end of the chromosome.</go:definition>
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            <go:name>double-strand break repair via synthesis-dependent strand annealing</go:name>
            <go:synonym>SDSA</go:synonym>
            <go:synonym>mitotic gene conversion</go:synonym>
            <go:definition>SDSA is a major mechanism of double-strand break repair in mitosis which allows for the error-free repair of a double-strand break without the exchange of adjacent sequences. The broken DNA searches for and base pairs with a homologous region in an intact chromosome. DNA synthesis initiates from the 3' end of the invading DNA strand, using the intact chromosome as the template. Newly synthesized DNA is then displaced from the template and anneal with its complement on the other side of the double-strand break.</go:definition>
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            <go:name>DNA repair synthesis</go:name>
            <go:definition>Synthesis of DNA that proceeds from the broken 3' single-strand DNA end uses the homologous intact duplex as the template.</go:definition>
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            <go:name>strand displacement</go:name>
            <go:definition>The rejection of the broken 3' single-strand DNA molecule that formed heteroduplex DNA with its complement in an intact duplex DNA. The Watson-Crick base pairing in the original duplex is restored. The rejected 3' single-strand DNA molecule reanneals with its original complement to reform two intact duplex molecules.</go:definition>
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            <go:name>regulation of mitotic recombination</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of DNA recombination during mitosis.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of mitotic recombination</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of DNA recombination during mitosis.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of mitotic recombination</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of DNA recombination during mitosis.</go:definition>
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            <go:name>provirus integration</go:name>
            <go:definition>The molecular events that lead to the integration of a viral genome into the host genome.</go:definition>
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                <go:reference>8.1.4 Integration, recombination &gt; GO:DNA integration ; GO:0015074</go:reference>
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            <go:name>regulation of DNA recombination</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of DNA recombination, the processes by which a new genotype is formed by reassortment of genes resulting in gene combinations different from those that were present in the parents.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of DNA recombination</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of DNA recombination.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of DNA recombination</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of DNA recombination.</go:definition>
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            <go:name>RNA-mediated DNA recombination</go:name>
            <go:definition>The reverse transcription of an RNA molecule followed by recombination between the resultant cDNA and its homologous chromosomal allele.</go:definition>
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            <go:name>somatic cell DNA recombination</go:name>
            <go:definition>Recombination occurring within or between DNA molecules in somatic cells.</go:definition>
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            <go:name>generation of antibody gene diversity</go:name>
            <go:definition>The mechanisms by means of which sequence diversity of antibodies is generated.</go:definition>
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            <go:name>somatic hypermutation of antibody genes</go:name>
            <go:definition>Mutations that result in amino acid changes in the rearranged V regions of antibodies occurring somatically, during the affinity maturation of B-cells as they migrate into the germinal centers.</go:definition>
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            <go:name>somatic recombination of antibody genes</go:name>
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            <go:name>DNA repair</go:name>
            <go:definition>The process of restoring DNA after damage. Genomes are subject to damage by chemical and physical agents in the environment (eg. UV and ionizing radiations, chemical mutagens, fungal and bacterial toxins, etc.) and by free radicals or alkylating agents endogenously generated in metabolism. DNA is also damaged because of errors during its replication. A variety of different DNA repair pathways have been reported that include direct reversal, base excision repair, nucleotide excision repair, photoreactivation, bypass, double-strand break repair pathway, and mismatch repair pathway.</go:definition>
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            <go:definition>In base excision repair, an altered base is removed by a DNA glycosylase enzyme, followed by excision of the resulting sugar phosphate. The small gap left in the DNA helix is filled in by the sequential action of DNA polymerase and DNA ligase.</go:definition>
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            <go:name>base-excision repair, AP site formation</go:name>
            <go:definition>The formation of an AP site, a deoxyribose sugar with a missing base, by DNA glycosylase which recognizes an altered base in DNA and catalyzes its hydrolytic removal. This sugar phosphate is the substrate recognized by the AP endonuclease, which cuts the DNA phosphodiester backbone at the 5' side of the altered site.</go:definition>
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            <go:name>base-excision repair, base-free sugar-phosphate removal</go:name>
            <go:definition>Excision of the sugar phosphate residue at an AP site by a phosphodiesterase enzyme.</go:definition>
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            <go:name>base-excision repair, DNA ligation</go:name>
            <go:definition>The ligation by DNA ligase of DNA strands. Ligation occurs after polymerase action to fill the gap left by the action of endonucleases during base-excision repair.</go:definition>
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            <go:name>base-excision repair, gap-filling</go:name>
            <go:definition>Repair of the damaged strand by the combined action of an apurinic endouclease that degrades a few bases on the damaged strand and a polymerase that synthesizes a 'patch' in the 5' to 3' direction, using the undamaged strand as a template.</go:definition>
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            <go:name>bypass DNA synthesis</go:name>
            <go:definition>The replication of damaged DNA by synthesis across a lesion in the template strand; a specialized replication complex inserts a random nucleotide across from the lesion and then continues DNA synthesis beyond the lesion. This process is mutagenic.</go:definition>
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            <go:name>DNA dealkylation</go:name>
            <go:definition>The repair of alkylation damage, eg. the removal of the alkyl group at the O6-position of guanine by O6-alkylguanine-DNA alkyltransferase (AGT).</go:definition>
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            <go:name>double-strand break repair</go:name>
            <go:definition>The repair of double-strand breaks in DNA via homologous and nonhomologous mechanisms to reform a continuous DNA helix.</go:definition>
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            <go:name>double-strand break repair via nonhomologous end-joining</go:name>
            <go:definition>The repair of a double-strand break in DNA in which the two broken ends are rejoined with little or no sequence complementarity. Information at the DNA ends may be lost due to the modification of broken DNA ends.</go:definition>
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            <go:name>double-strand break repair via single-strand annealing</go:name>
            <go:definition>Repair of a DSB made between two repeated sequences oriented in the same direction occurs primarily by the single strand annealing pathway. The ends of the break are processed by a 5' to 3' exonuclease, exposing complementary single-strand regions of the direct repeats that can anneal, resulting in a deletion of the unique DNA between the direct repeats.</go:definition>
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            <go:definition>The identification and annealing of complementary base pairs in single-strand DNA.</go:definition>
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            <go:name>double-strand break repair via single-strand annealing, removal of nonhomologous ends</go:name>
            <go:definition>During DSBR via single-strand annealing, the removal of nonhomologous sequences at the broken 3' single-strand DNA end before DNA repair synthesis can occur.</go:definition>
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            <go:name>error-free DNA repair</go:name>
            <go:definition>DNA repair pathways that do not increase the mutation rate above spontaneous background levels, eg. excision and recombination pathways.</go:definition>
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            <go:name>error-free postreplication DNA repair</go:name>
            <go:synonym>error-free PRR</go:synonym>
            <go:synonym>error-free replication restart</go:synonym>
            <go:synonym>error-free translesion synthesis</go:synonym>
            <go:definition>The conversion of DNA-damage induced single-stranded gaps into large molecular weight DNA without removing the replication-blocking lesions and without increasing the endogenous mutation rate.</go:definition>
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            <go:name>error-prone DNA repair</go:name>
            <go:synonym>mutagenic DNA repair</go:synonym>
            <go:definition>DNA repair pathways that tend to increase the endogenous mutation rate.</go:definition>
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            <go:name>error-prone postreplication DNA repair</go:name>
            <go:synonym>error-prone translesion synthesis</go:synonym>
            <go:synonym>mutagenic PRR</go:synonym>
            <go:synonym>mutagenic postreplication DNA repair</go:synonym>
            <go:definition>The conversion of DNA-damage induced single-stranded gaps into large molecular weight DNA after replication, without removing the replication-blocking lesions, and with an increase in the endogenous mutation level. For example, in E. coli, a low fidelity DNA polymerase, pol V, copies lesions that block replication fork progress. This produces mutations specifically targeted to DNA template damage sites, but it can also produce mutations at undamaged sites.</go:definition>
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            <go:name>non-recombinational repair</go:name>
            <go:definition>The repair of damaged DNA that does not require the exchange of genetic material between the broken DNA molecule and a homologous region of DNA.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-excision repair</go:name>
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            <go:synonym>intrastrand cross-link repair</go:synonym>
            <go:definition>In nucleotide excision repair a small region of the strand surrounding the damage is removed from the DNA helix as an oligonucleotide. The small gap left in the DNA helix is filled in by the sequential action of DNA polymerase and DNA ligase. Nucleotide excision repair recognizes a wide range of substrates, including damage caused by UV irradiation (pyrimidine dimers and 6-4 photoproducts) and chemicals (intrastrand cross-links and bulky adducts).</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-excision repair, DNA damage recognition</go:name>
            <go:definition>The identification of lesions in DNA, such as pyrimidine-dimers, intrastrand cross-links, and bulky adducts. The wide range of substrate specificity suggests the repair complex recognizes distortions in the DNA helix.</go:definition>
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            <go:name>transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition</go:name>
            <go:definition>The identification of lesions on the actively transcribed strand of the DNA duplex as well as a small subset of lesions not recognized by the general nucleotide-excision repair pathway.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-excision repair, DNA damage removal</go:name>
            <go:definition>The removal of the oligonucleotide that contains the DNA damage. The oligonucleotide is formed by dual incisions that flank the site of DNA damage.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-excision repair, DNA duplex unwinding</go:name>
            <go:definition>The unwinding, or local denaturation, of the DNA duplex to create a bubble around the site of the DNA damage.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-excision repair, DNA gap filling</go:name>
            <go:definition>Repair of the gap in the DNA helix by DNA polymerase and DNA ligase after the portion of the strand containing the lesion has been removed by pyrimidine-dimer repair enzymes.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-excision repair, DNA incision, 3' to lesion</go:name>
            <go:definition>The endonucleolytic cleavage of the damaged strand of DNA 3' to the site of damage. The incision occurs at the junction of single-stranded DNA and double-stranded DNA that is formed when the DNA duplex is unwound. The incision precedes the incision formed 5' to the site of damage.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-excision repair, DNA incision, 5' to lesion</go:name>
            <go:definition>The endonucleolytic cleavage of the damaged strand of DNA 5' to the site of damage. The incision occurs at the junction of single-stranded DNA and double-stranded DNA that is formed when the DNA duplex is unwound. The incision follows the incision formed 3' to the site of damage.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-excision repair, preincision complex formation</go:name>
            <go:definition>The assembly of the multiprotein complex involved in damage recognition, DNA helix unwinding, and endonucleolytic cleavage at the site of DNA damage. This assembly occurs before the the phosphodiester backbone of the damaged strand is cleaved 3' and 5' of the site of DNA damage.</go:definition>
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            <go:name>nucleotide-excision repair, preincision complex stabilization</go:name>
            <go:definition>The stabilization of the multiprotein complex involved in damage recognition, DNA helix unwinding, and endonucleolytic cleavage at the site of DNA damage as well as the unwound DNA. The stabilization of the protein-DNA complex ensures proper positioning of the preincision complex before the the phosphodiester backbone of the damaged strand is cleaved 3' and 5' of the site of DNA damage.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine dimer repair via nucleotide excision repair</go:name>
            <go:definition>The repair of UV-induced T-T, C-T, and C-C dimers by the recognition and removal of the damaged DNA strand from the DNA helix as an oligonucleotide. The small gap left in the DNA helix is filled in by the sequential action of DNA polymerase and DNA ligase.</go:definition>
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            <go:name>transcription-coupled nucleotide-excision repair</go:name>
            <go:definition>The preferential repair of DNA lesions on the actively transcribed strand of the DNA duplex. In addition, the transcription-coupled nucleotide-excision repair pathway is required for the recognition and repair of a small subset of lesions that are not recognized by the general nucleotide excision repair pathway.</go:definition>
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            <go:name>postreplication repair</go:name>
            <go:definition>Pathways for DNA repair which occur after DNA has replicated, eg. mismatch repair.</go:definition>
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            <go:name>pyrimidine dimer repair</go:name>
            <go:definition>The repair of UV-induced T-T, C-T and C-C dimers.</go:definition>
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            <go:name>photoreactive repair</go:name>
            <go:synonym>pyrimidine-dimer repair by photolyase</go:synonym>
            <go:definition>The repair of UV-induced T-T, C-T and C-C dimers by directly reversing the damage to restore the original pyrimidines.</go:definition>
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            <go:name>regulation of DNA repair</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of DNA repair.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of DNA repair</go:name>
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            <go:name>positive regulation of DNA repair</go:name>
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            <go:name>single strand break repair</go:name>
            <go:definition>The repair of single strand breaks in DNA. Repair of such breaks is mediated by the same enzyme systems as are used in base excision repair.</go:definition>
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            <go:name>viral DNA repair</go:name>
            <go:definition>The process of restoring viral DNA after damage or errors in replication.</go:definition>
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            <go:name>recruitment of helicase-primase complex to DNA lesions</go:name>
            <go:definition>The recruitment of the helicase-primase complex to viral DNA lesions during viral DNA repair.</go:definition>
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            <go:name>mutagenesis</go:name>
            <go:definition>The process by which genetic material undergoes a detectable and heritable structural change. There are three categories of mutation: genome mutations, involving addition or subtraction of one or more whole chromosomes; chromosome mutations, which alter the structure of chromosomes; and gene mutations, where the structure of a gene is altered at the molecular level.</go:definition>
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            <go:name>gene silencing</go:name>
            <go:synonym>long-term maintenance of gene inactivation</go:synonym>
            <go:definition>Any mechanism, at the level of transcription or post-transcription, causing long-term gene inactivation.</go:definition>
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            <go:name>transcriptional gene silencing</go:name>
            <go:synonym>TGS</go:synonym>
            <go:definition>Gene inactivation (silencing) at the level of transcription, usually associated with methylation of gene promoter region and DnaseI insensitivity.</go:definition>
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            <go:name>nucleoside metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a nucleoside, a nucleobase linked to either beta-D-ribofuranose (ribonucleoside) or 2-deoxy-beta-D-ribofuranose, (a deoxyribonucleotide). eg. adenosine, guanosine, inosine, cytidine, uridine and deoxyadenosine, deoxyguanosine, deoxycytidine and thymidine (= deoxythymidine).</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving deoxyadenosine, 2-deoxyribosyladenine, one of the four major nucleosides of DNA.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving thymidine, deoxyribosylthymine thymine 2-deoxyriboside, a deoxynucleoside very widely distributed but occurring almost entirely as phosphoric esters in deoxynucleotides and deoxyribonucleic acid, DNA.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving one of a family of organic molecules consisting of a purine base covalently bonded to a sugar ribose (a ribonucleoside) or deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving adenosine, adenine riboside, a ribonucleoside found widely distributed in cells of every type as the free nucleoside and in combination in nucleic acids and various nucleoside coenzymes.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving diadenosine polyphosphate, a derivative of the nucleoside adenosine with phosphate groups attached.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving diadenosine triphosphate, a derivative of the nucleoside adenosine with three phosphate groups attached.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving guanine, guanine riboside, a nucleoside with a wide species distribution.</go:definition>
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            <go:name>7-methylguanosine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 7-methylguanosine, a modified nucleoside that forms a cap at the 5'-terminus of eukaryotic mRNA.</go:definition>
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            <go:name>queuosine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving queuosines, any of a series of nucleosides found in tRNA and having an additional pentenyl ring added via an NH group to the methyl group of 7-methylguanosine. The pentenyl ring may carry other substituents.</go:definition>
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            <go:name>guanosine pentaphosphate metabolism</go:name>
            <go:synonym>guanosine pentaphosphate (5'-pppGpp-3') metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving guanine pentaphosphate (5'-pppGpp-3'), a derivative of guanine riboside with five phosphates.</go:definition>
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            <go:synonym>guanosine tetraphosphate (5'-ppGpp-3') metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving guanine tetraphosphate (5'-ppGpp-3'), a derivative of guanine riboside with four phosphates.</go:definition>
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            <go:name>inosine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving inosine, hypoxanthine riboside, a nucleoside found free but not in combination in nucleic acids except in the anticodons of some tRNAs.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any pyrimidine nucleoside, one of a family of organic molecules consisting of a pyrimidine base covalently bonded to a sugar ribose (a ribonucleoside) or deoxyribose (a deoxyribonucleoside).</go:definition>
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            <go:name>cytidine metabolism</go:name>
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            <go:name>uridine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving uridine, uracil riboside, a ribonucleoside very widely distributed but occurring almost entirely as phosphoric esters in ribonucleotides and ribonucleic acids.</go:definition>
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            <go:name>regulation of nucleoside metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving nucleosides.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of nucleoside metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the chemical reactions and physical changes involving nucleosides.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of nucleoside metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the chemical reactions and physical changes involving nucleosides.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any ribonucleoside, a nucleoside in which purine or pyrimidine base is linked to a ribose (beta-D-ribofuranose) molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a nucleotide, a nucleoside that is esterified with (ortho)phosphate or an oligophosphate at any hydroxyl group on the glycose moiety; may be mono-, di- or triphosphate; this definition includes cyclic-nucleotides (nucleoside cyclic phosphates).</go:definition>
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            <go:name>purine deoxyribonucleoside diphosphate metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pyrimidine deoxynucleoside diphosphate, a glycosamine consisting of a pyrimidine base linked to a deoxyribose sugar esterified with diphosphate on its glycose moiety.</go:definition>
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            <go:name>purine deoxyribonucleoside monophosphate metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving purine deoxyribonucleotide, a compound consisting of deoxyribonucleoside (a purine base linked to a deoxyribose sugar) esterified with a phosphate moiety at either the 3' or 5'-hydroxyl group of its glycose moiety.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving purine ribonucleoside diphosphate, a glycosamine consisting of a purine base linked to a ribose sugar esterified with diphosphate on its glycose moiety.</go:definition>
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            <go:synonym>3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulphate metabolism</go:synonym>
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            <go:synonym>phosphoadenosine phosphosulfate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate (PAPS), a naturally occurring mixed anhydride. It is an intermediate in the formation of a variety of sulfo compounds in biological systems.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pyrimidine nucleoside diphosphate, a glycosamine consisting of a pyrimidine base linked to a ribose or deoxyribose sugar esterified with diphosphate on its glycose moiety.</go:definition>
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            <go:definition>The pathway by which adenine, hypoxanthine and their nucleosides from purine nucleotides breakdown are converted back to purine nucleotides. The salvage pathway is important where there is no de-novo purine nucleotide biosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>guanine, xanthine and their nucleoside salvage</go:name>
            <go:definition>The pathway by which guanine, xanthine and their nucleoside from purine nucleotides breakdown are converted back to purine nucleotides. The pathway is important in cells where there is no de-novo purine nucleotides biosynthesis.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a pyrimidine nucleotide, a compound consisting of nucleoside (a pyrimidine base linked to a deoxyribose or ribose sugar) esterified with a phosphate moiety at either the 3' or 5'-hydroxyl group of its glycose moiety.</go:definition>
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            <go:definition>The processes that lead to the specific localization of small nucleolus-restricted RNA species.</go:definition>
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            <go:name>RNA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving RNA, ribonucleic acid, one of the two main type of nucleic acid, consisting of a long, unbranched macromolecule formed from ribonucleotides joined in 3',5'-phosphodiester linkage.</go:definition>
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            <go:name>antisense RNA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving antisense RNA, an RNA molecule complementary in sequence to another RNA or DNA molecule, which, by binding the latter, acts to inhibit its function and/or completion of synthesis.</go:definition>
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            <go:name>antisense RNA transcription</go:name>
            <go:definition>The synthesis of antisense RNA, an RNA molecule complementary in sequence to another RNA or DNA molecule, which, by binding the latter, acts to inhibit its function and/or completion of synthesis, on a template of DNA.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving microRNA, a large family of 21-22 nucleotide non-coding RNAs with presumed post-transcriptional regulatory activity.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving mRNA, messenger RNA, which is responsible for carrying the coded genetic 'message', transcribed from DNA, to sites of protein assembly at the ribosomes.</go:definition>
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            <go:name>mRNA capping</go:name>
            <go:definition>Addition of the 7-methylguanosine cap to the 5' end of a nascent messenger RNA transcript.</go:definition>
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            <go:name>mRNA editing</go:name>
            <go:definition>The insertion, deletion or substitution of nucleotides within nascent RNA transcripts to produce RNA molecules with sequences that differ from those coded genetically.</go:definition>
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            <go:name>mRNA polyadenylation</go:name>
            <go:definition>The enzymatic addition of a sequence of 40-200 adenylyl residues at the 3' end of a eukaryotic mRNA primary transcript.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mRNA splicing, via spliceosome</go:name>
            <go:synonym>mRNA splicing</go:synonym>
            <go:synonym>pre-mRNA splicing</go:synonym>
            <go:definition>The joining together of exons from one or more primary transcripts of nuclear messenger RNA (mRNA) and the excision of intron sequences, via a spliceosomal mechanism, so that mRNA consisting only of the joined exons is produced.</go:definition>
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            <go:name>alternative nuclear mRNA splicing, via spliceosome</go:name>
            <go:synonym>splice site selection</go:synonym>
            <go:definition>The process of generating multiple mRNA molecules from a given set of exons by differential use of exons from the primary transcript(s) to form multiple mature mRNAs that vary in their exon composition.</go:definition>
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            <go:name>intergenic nuclear mRNA trans splicing</go:name>
            <go:definition>The joining together of two independently transcribed RNAs from two different genes, each of which also produces mRNA(s) via cis-splicing.</go:definition>
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            <go:name>regulation of alternative nuclear mRNA splicing, via spliceosome</go:name>
            <go:synonym>splice site selection</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of alternative splicing of nuclear mRNAs.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mRNA splicing via U12-type spliceosome</go:name>
            <go:synonym>splicing AT-AC intron</go:synonym>
            <go:definition>The cleavage and rejoining of a primary nuclear mRNA transcript to remove sequences not present in the mature form of the RNA via a U12-type spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>assembly of spliceosomal tri-snRNP U4atac/U6atac.U5</go:name>
            <go:synonym>snRNP recycling</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a tri-snRNP complex containing the U4atac, U6atac, and U5 snRNAs and associated proteins. This includes reannealing of U4atac and U6atac snRNAs released from previous rounds of splicing to reform the U4/U6 snRNP as well as the subsequent association of the U5 snRNP with the U4atac/U6atac snRNP to form a tri-snRNP that is ready to reassemble into another U12-type spliceosome complex.</go:definition>
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            <go:name>cis assembly of U12-type pre-catalytic spliceosome</go:name>
            <go:definition>Assembly of a U12-type spliceosomal complex containing the intact pre-mRNA and all of the spliceosomal snRNPs. This occurs when the U4atac-Uatac6/U5 tri-snRNP associates with the pre-mRNA and associated snRNPs in an ATP-dependent manner.</go:definition>
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            <go:name>formation of catalytic U12-type spliceosome for second transesterification step</go:name>
            <go:definition>Conformational rearrangement of the U12-type spliceosomal complex containing the RNA products of the 1st step of splicing to form the catalytic site for the second step of splicing.</go:definition>
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            <go:name>U12-type catalytic spliceosome formation for first transesterification step</go:name>
            <go:definition>Formation of a catalytic U12-type spliceosome complex containing the pre-mRNA ready to perform the first splicing reaction.</go:definition>
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            <go:name>U12-type nuclear mRNA 3'-splice site recognition</go:name>
            <go:definition>Recognition of the intron 3'-splice site by components of the assembling U12-type spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>U12-type nuclear mRNA 5'-splice site recognition</go:name>
            <go:definition>Recognition of the intron 5'-splice site by components of the assembling U12-type spliceosome. The U11 snRNP is thought to play a role in recognition of the U12-type 5'-splice site.</go:definition>
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            <go:name>U12-type nuclear mRNA branch site recognition</go:name>
            <go:definition>Recognition of the intron branch site sequence of a U12-type intron. The U12 snRNP is thought to play a role in this via an interaction between the U12 snRNA and the branch site sequence of the pre-mRNA.</go:definition>
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            <go:name>U12-type spliceosome conformational change to release U4atac and U11</go:name>
            <go:definition>Rearrangement of the pre-catalytic spliceosome containing U4atac and U11 snRNPs to unpair U4atac from U6atac and release it from the spliceosomal complex along with U11.</go:definition>
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            <go:name>U12-type spliceosome dissembly</go:name>
            <go:definition>Dissembly of the U12-type spliceosome with the ATP-dependent release of the RNA composed of the joined exons and the lariat intron RNA.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mRNA splicing via U2-type spliceosome</go:name>
            <go:synonym>splicing GT-AG intron</go:synonym>
            <go:definition>The cleavage and rejoining of a primary nuclear mRNA transcript to remove sequences not present in the mature form of the RNA via a U2-type spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>assembly of spliceosomal tri-snRNP U4/U6.U5</go:name>
            <go:synonym>snRNP recycling</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a tri-snRNP complex containing the U4, U6, and U5 snRNAs and associated proteins. This includes reannealing of U4 and U6 snRNAs released from previous rounds of splicing to reform the U4/U6 snRNP as well as the subsequent association of the U5 snRNP with the U4/U6 snRNP to form the tri-snRNP that is ready to reassemble into another U2-type spliceosome complex.</go:definition>
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            <go:name>formation of catalytic U2-type spliceosome for second transesterification step</go:name>
            <go:synonym>spliceosomal A2-3 complex formation</go:synonym>
            <go:synonym>spliceosomal C2 complex formation</go:synonym>
            <go:definition>Conformational rearrangement of the U2-type spliceosomal complex containing the RNA products of the first step of splicing to form the catalytic site for the second step of splicing.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mRNA cis splicing, via U2-type spliceosome</go:name>
            <go:definition>The joining together, after removal of an intervening sequence composed of one or more introns, of two segments of the same RNA molecule via U2-type spliceosomal catalysis to produce an mRNA composed only of exon sequences that all came from the same primary transcript.</go:definition>
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            <go:name>cis assembly of U2-type pre-catalytic spliceosome</go:name>
            <go:synonym>spliceosomal A2-1 complex formation</go:synonym>
            <go:synonym>spliceosomal B1 complex formation</go:synonym>
            <go:definition>Assembly of a U2-type spliceosomal complex containing the intact pre-mRNA and all of the spliceosomal snRNPs. This occurs when the U4-U6/U5 tri-snRNP associates with the pre-mRNA and associated snRNPs in an ATP-dependent manner.</go:definition>
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            <go:name>U2-type nuclear mRNA 5'-splice site recognition</go:name>
            <go:synonym>spliceosomal CC complex formation</go:synonym>
            <go:synonym>spliceosomal E complex formation</go:synonym>
            <go:synonym>spliceosomal commitment complex formation</go:synonym>
            <go:definition>Recognition of the intron 5'-splice site by components of the assembling U2-type spliceosome. This may involve binding of U1 snRNA and/or U6 snRNA to intron sequences.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mRNA trans splicing, via U2-type spliceosome</go:name>
            <go:definition>The joining together of exons from two different primary transcripts of messenger RNA (mRNA) via a spliceosomal mechanism, so that mRNA consisting only of the joined exons is produced.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mRNA trans splicing, splice leader addition</go:name>
            <go:definition>The joining together of two independently transcribed RNAs, where the one that provides the 5' portion of the final mRNA is from a splice leader RNA (SL-RNA). The SL-RNA, or mini-exon donor sequence, is added to the 5'-end of the acceptor RNA molecule which provides the mRNA body.</go:definition>
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            <go:name>formation of quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP</go:name>
            <go:definition>Formation of a quadruple snRNP complex composed of the spliced leader (SL) RNA along with the U4/U6-U5 tri-snRNP complex. Interactions that may facilitate this include a duplex between the SL and U6 RNAs and interactions between the U5 RNA and the exon sequence at the 5' splice site within the SL RNA.</go:definition>
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            <go:name>trans assembly of SL containing precatalytic spliceosome</go:name>
            <go:definition>Assembly of a spliceosomal complex containing the SL RNA and the pre-mRNA to be joined, as well as all the spliceosomal snRNPs involved in trans leader splicing. Formation of the trans leader spliceosome brings together the quadruple SL/U4/U5/U6 snRNP and the complex of the U2 snRNP with the splice site of the pre-mRNA.</go:definition>
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            <go:name>regulation of nuclear mRNA splicing via U2-type spliceosome</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of mRNA splicing via a U2-type spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of nuclear mRNA splicing via U2-type spliceosome</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate or extent of mRNA splicing via a U2-type spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of nuclear mRNA splicing via U2-type spliceosome</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate or extent of mRNA splicing via a U2-type spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>U2-type catalytic spliceosome formation for first transesterification step</go:name>
            <go:synonym>spliceosomal A2-2 complex formation</go:synonym>
            <go:synonym>spliceosomal C1 complex formation</go:synonym>
            <go:definition>Formation of a catalytic U2-type spliceosome complex containing the pre-mRNA ready to perform the first splicing reaction.</go:definition>
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            <go:name>U2-type nuclear mRNA 3'-splice site recognition</go:name>
            <go:definition>Recognition of the intron 3'-splice site by components of the assembling U2-type spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>U2-type nuclear mRNA branch site recognition</go:name>
            <go:synonym>spliceosomal A complex formation</go:synonym>
            <go:synonym>spliceosomal B complex formation</go:synonym>
            <go:definition>Recognition of the intron branch site sequence of a U2-type intron. This recognition may include an interaction between the U2 snRNA (as part of the U2 snRNP) and the branch site sequence of the pre-mRNA. In cis-splicing, the U1 snRNP, already associated with the 5'-splice site may also be involved in recruiting the U2 snRNP to the branch site.</go:definition>
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            <go:name>U2-type spliceosome conformational change to release U4 and U1</go:name>
            <go:synonym>spliceosomal A1 complex formation</go:synonym>
            <go:synonym>spliceosomal B2 complex formation</go:synonym>
            <go:definition>Rearrangement of the pre-catalytic spliceosome containing U4 and U1 snRNPs to unpair U4 from U6 and release it from the spliceosomal complex along with U1.</go:definition>
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            <go:name>U2-type spliceosome dissembly</go:name>
            <go:definition>Dissembly of the U2-type spliceosome with the ATP-dependent release of the product RNAs, one of which is composed of the joined exons. The other product is the excised sequence. In cis splicing, this forms a lariat structure.</go:definition>
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            <go:name>regulation of nuclear mRNA splicing, via spliceosome</go:name>
            <go:synonym>regulation of pre-mRNA splicing</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of mRNA splicing.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of nuclear mRNA splicing, via spliceosome</go:name>
            <go:synonym>negative regulation of pre-mRNA splicing</go:synonym>
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            <go:name>positive regulation of nuclear mRNA splicing, via spliceosome</go:name>
            <go:synonym>positive regulation of pre-mRNA splicing</go:synonym>
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            <go:name>spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation</go:name>
            <go:definition>Structural rearrangements of the spliceosome complex, containing RNA to be spliced, to generate a catalytic conformation.</go:definition>
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            <go:name>formation of catalytic spliceosome for first transesterification step</go:name>
            <go:definition>Formation of a catalytic spliceosome complex ready to perform the first splicing reaction. This occurs by an ATP-dependent conformational change of the pre-catalytic spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>formation of catalytic spliceosome for second transesterification step</go:name>
            <go:synonym>formation of spliceosomal A2-2 complex</go:synonym>
            <go:synonym>formation of spliceosomal C1 complex</go:synonym>
            <go:definition>Conformational rearrangement of the spliceosomal complex containing the RNA products from the 1st step of splicing to form the catalytic site for the second step of splicing.</go:definition>
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            <go:name>spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11)</go:name>
            <go:definition>Rearrangement of the pre-catalytic spliceosome containing U4 (or U4atac) and U1 (or U11) snRNPs to unpair U4 (or U4atac) from U6 (or U6atac) and release it from the spliceosomal complex along with U1 (or U11).</go:definition>
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            <go:name>spliceosomal snRNP biogenesis</go:name>
            <go:definition>The formation and assembly from one or more snRNA and multiple protein components of a ribonucleoprotein complex that in involved in formation of the spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>assembly of spliceosomal tri-snRNP</go:name>
            <go:synonym>snRNP recycling</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a tri-snRNP complex containing U4 and U6 (or U4atac and U6atac) snRNAs and U5 snRNAs and associated proteins. This includes reannealing of U4 and U6 (or U4atac and U6atac) snRNAs released from previous rounds of splicing to reform the U4/U6 snRNP (or U4atac/U6atac snRNP) as well as the subsequent association of the U5 snRNP with the U4/U6 snRNP (or U4atac/U6atac snRNP) to form a tri-snRNP that is ready to reassemble into another spliceosome complex.</go:definition>
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            <go:name>spliceosome assembly</go:name>
            <go:definition>Formation of the spliceosome, a ribonucleoprotein apparatus that catalyzes nuclear mRNA splicing via transesterification reactions.</go:definition>
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            <go:name>cis assembly of pre-catalytic spliceosome(3)</go:name>
            <go:synonym>formation of spliceosomal A2-1 complex</go:synonym>
            <go:synonym>formation of spliceosomal B1 complex</go:synonym>
            <go:definition>Assembly of a spliceosomal complex containing the intact pre-mRNA and all of the spliceosomal snRNPs. This occurs when the tri-snRNP associates with the pre-mRNA and associated snRNPs in an ATP-dependent manner.</go:definition>
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            <go:name>mRNA splice site selection</go:name>
            <go:synonym>spliceosomal E complex formation</go:synonym>
            <go:synonym>spliceosomal commitment complex formation</go:synonym>
            <go:definition>Selection of a splice site by components of the assembling spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mRNA 3'-splice site recognition</go:name>
            <go:definition>Recognition of the intron 3'-splice site by components of the assembling U12-type spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mRNA 5'-splice site recognition</go:name>
            <go:definition>Recognition of the intron 5'-splice site by components of the assembling spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mRNA branch site recognition</go:name>
            <go:definition>Recognition of the pre-mRNA branch site sequence by components of the assembling spliceosome.</go:definition>
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            <go:name>spliceosome dissembly</go:name>
            <go:definition>Dissembly of the spliceosome with the ATP-dependent release of the product RNAs, one of which is composed of the joined exons. In cis splicing, the other product is the excised sequence, often a single intron, in a lariat structure.</go:definition>
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            <go:name>regulation of mRNA processing</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of mRNA processing, those processes involved in the conversion of a primary mRNA transcript into a mature mRNA prior to its translation into polypeptide.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of mRNA processing</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of mRNA processing.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of mRNA processing</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of mRNA processing.</go:definition>
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            <go:name>mRNA stabilization</go:name>
            <go:definition>Prevention of degradation of mRNA molecules. In the absence of compensating changes in other processes, the slowing of mRNA degradation can result in an overall increase in the population of active mRNA molecules.</go:definition>
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            <go:name>RNA destabilization</go:name>
            <go:definition>Any process that decreases the stability of an RNA molecule, making it more vulnerable to degradative processes.</go:definition>
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            <go:name>RNA processing</go:name>
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            <go:definition>Any process involved in the conversion of a primary RNA transcript into a mature RNA molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The sequence of enzymatic reactions by which the 5' cap structure, an inverted 7-methylguanosine linked via a 5'-5' triphosphate bridge (m7G(5')ppp(5')X) to the first transcribed residue, is added to a nascent RNA polymerase II transcript.</go:definition>
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            <go:definition>The process of removing sections of the primary RNA transcript to remove sequences not present in the mature form of the RNA and joining the remaining sections to form the mature form of the RNA.</go:definition>
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            <go:name>RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation</go:name>
            <go:definition>Splicing of RNA via recognition of the folded RNA structure that brings the 5' and 3' splice sites into proximity and cleavage of the RNA at both the 3' and 5' splice sites by an endonucleolytic mechanism, followed by ligation of the exons.</go:definition>
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            <go:definition>The process of joining two exons, each of which has free ends that were generated by endonucleolytic cleavages, by a ligation reaction.</go:definition>
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            <go:name>tRNA splicing</go:name>
            <go:definition>Splicing of tRNA substrates via recognition of the folded RNA structure that brings the 5' and 3' splice sites into proximity and cleavage of the RNA at both the 3' and 5' splice sites by an endonucleolytic mechanism, followed by ligation of the exons.</go:definition>
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            <go:name>tRNA-type intron splice site recognition and cleavage</go:name>
            <go:definition>The process of recognition of the tertiary structure of a tRNA type intron and the endonucleolytic cleavage of the RNA at both the 5' and 3' splice sites.</go:definition>
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            <go:name>RNA splicing, via transesterification reactions</go:name>
            <go:definition>Splicing of RNA via a series of two transesterification reactions.</go:definition>
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            <go:name>RNA splicing, via transesterification reactions with bulged adenosine as nucleophile</go:name>
            <go:synonym>lariat RNA formation</go:synonym>
            <go:definition>Splicing of RNA via a series of two transesterification reactions with a bulged adenosine residue from the intron branch point as the initiating nucleophile. When the initial RNA for the splicing reaction is a single molecule (cis splicing), the excised intron is released in a lariat structure.</go:definition>
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            <go:name>Group II intron splicing</go:name>
            <go:definition>The splicing of Group II introns. This occurs by a ribozymic mechanism where the intron sequence forms a distinct 3D structure, characteristic of Group II introns and containing splice site consensus sequences, that is involved in catalyzing the splicing reactions, though protein factors are also required in vivo. Splicing occurs by a series of two transesterification reactions (mechanistically similar to those for splicing of nuclear mRNAs) initiated by a bulged adenosine residue within the intron sequence as the initiating nucleophile. The intron is excised as a lariat.</go:definition>
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            <go:name>Group III intron splicing</go:name>
            <go:definition>The splicing of Group III introns. This occurs by a ribozymic mechanism where the intron sequence forms a distinct 3D structure, characteristic of Group III introns, that is involved in catalyzing the splicing reactions, though protein factors are also required in vivo. Splicing occurs by a series of two transesterification reactions begun by a bulged adenosine residue within the intron sequence as the initiating nucleophile. The intron is excised as a lariat. Though very similar in structure and mechanism to Group II introns, Group III introns are smaller and more streamlined and the splice site consensus sequences are not as well conserved.</go:definition>
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            <go:name>RNA splicing, via transesterification reactions with guanosine as nucleophile</go:name>
            <go:definition>Splicing of RNA via a series of two transesterification reactions with exogenous guanosine as the initiating nucleophile.</go:definition>
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            <go:name>Group I intron splicing</go:name>
            <go:definition>The splicing of Group I introns. This occurs by a ribozymic mechanism where the intron sequence forms a distinct 3D structure, characteristic of Group I introns and involved in determining the locations of the splice sites (there do not appear to be consensus splice site sequences) as well as having a role in catalyzing the splicing reactions, though protein factors are also required in vivo. Splicing occurs by a series of two transesterification reactions, generally with exogenous guanosine as the initiating nucleophile. The intron is excised as a linear piece (though it may subsequently circularize).</go:definition>
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            <go:definition>The process by which a pre-tRNA molecule is converted to a mature tRNA, ready for addition of an aminoacyl group.</go:definition>
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            <go:name>tRNA 3' processing</go:name>
            <go:definition>The process by which the 3' end of a pre-tRNA molecule is converted to that of a mature tRNA.</go:definition>
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            <go:name>removal of tRNA 3'-trailer sequence</go:name>
            <go:definition>Endonucleolytic or exonucleolytic cleavage of the 3'-end of the pre-tRNA as part of the process of generating the mature 3'-end of the tRNA.</go:definition>
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            <go:name>tRNA 3'-terminal CCA addition</go:name>
            <go:definition>Post-transcriptional addition of the terminal 3' CCA sequence to a tRNA which does not encode this sequence within the primary transcript.</go:definition>
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            <go:name>tRNA 5'-leader removal</go:name>
            <go:definition>Generation of the mature 5'-end of the tRNA, usually via an endonucleolytic cleavage by RNase P.</go:definition>
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            <go:name>RNA repair</go:name>
            <go:definition>The various processes by which damaged RNA can be repaired.</go:definition>
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            <go:name>rRNA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving rRNA, ribosomal RNA, a structural constituent of ribosomes.</go:definition>
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            <go:name>snoRNA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving snoRNA, small nucleolar RNA, any of a class of small RNAs that are associated with the eukaryotic nucleus as components of small nucleolar ribonucleoproteins. They participate in the processing of ribosomal RNA, and they contain a long stretch of sequence complementarity to conserved sequences in mature mRNA.</go:definition>
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            <go:name>snRNA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving snRNA, small nuclear RNA, any of various low-molecular-mass RNA molecules found in the eukaryotic nucleus as components of the small nuclear ribonucleoprotein.</go:definition>
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            <go:name>tRNA metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving tRNA, transfer RNA, a class of relatively small RNA molecules responsible for mediating the insertion of amino acids into the sequence of nascent polypeptide chains during protein synthesis. Transfer RNA is characterized by the presence of many unusual minor bases, the function of which has not been completely established.</go:definition>
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                <go:reference>tRNA synthesis/metabolism &gt; GO:tRNA metabolism ; GO:0006399 &gt; GO:transcription from Pol III promoter ; GO:0006383</go:reference>
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            <go:name>tRNA end turnover</go:name>
            <go:definition>Process by which the 3'-terminal CCA of a tRNA is removed and restored. This often happens to uncharged tRNA.</go:definition>
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            <go:name>transcription</go:name>
            <go:definition>The synthesis of either RNA on a template of DNA or DNA on a template of RNA.</go:definition>
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            <go:synonym>carbon catabolite repression</go:synonym>
            <go:definition>Any process involving carbon catabolites that stops, prevents or reduces the rate of transcription. Carbon catabolite repression is a mechanism of genetic regulation in bacteria in which the accumulation of catabolites of one substance in the cell represses the formation of enzymes that contribute to the catabolism of other substances.</go:definition>
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            <go:synonym>glucose effect</go:synonym>
            <go:synonym>glucose repression</go:synonym>
            <go:definition>Any process involving glucose that stops, prevents or reduces the rate of transcription. The presence of glucose in the growth medium inhibits the synthesis of certain enzymes in bacteria growing on the medium. For example, transcription of some catabolic operons is under negative control by specific repressors and glucose is an anti-inducer of xylose utilization and glycerol kinase.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of transcription from Pol II promoter by pheromones</go:name>
            <go:definition>Any process involving pheromones that stops, prevents or reduces the rate of transcription from Pol II promoter.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of transcription from Pol I promoter</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of transcription from Pol I promoter.</go:definition>
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            <go:definition>The transcriptional period of the earliest expressed viral genes, mainly encoding transcriptional regulators.</go:definition>
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            <go:definition>The last group of viral genes to be transcribed during the viral life cycle; genes consist mainly of those encoding structural proteins.</go:definition>
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            <go:name>transcription termination from Pol II promoter, poly(A) independent</go:name>
            <go:definition>The process by which transcription of nonpolyadenylated RNA polymerase II transcripts is terminated; coupled to the maturation of the RNA 3'-end.</go:definition>
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            <go:definition>The synthesis of RNA from a DNA template by RNA Polymerase III (Pol III), originating at a Pol III-specific promoter.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which transcription by RNA polymerase III is terminated;; Pol III has an intrinsic ability to terminate transcription upon incorporation of 4 to 6 contiguous U residues.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which transcription is completed; the formation of phosphodiester bonds ceases, the RNA-DNA hybrid dissociates, and RNA polymerase releases the DNA.</go:definition>
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            <go:definition>A light-dependent catabolic process occurring concomitantly with photosynthesis in plants (especially C3 plants) whereby dioxygen (O2) is consumed and carbon dioxide (CO2) is evolved. The substrate is glycolate formed in large quantities in chloroplasts from 2-phosphoglycolate generated from ribulose 1,5-bisphosphate by the action of ribulose-bisphosphate carboxylase; the glycolate enters the peroxisomes where it is converted by glycolate oxidase to glyoxylate which undergoes transamination to glycine. This then passes into the mitochondria where it is decarboxylated.</go:definition>
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            <go:definition>The reactions of the C2 pathway bring about the metabolic conversion of two molecules of 2-phosphoglycolate to one molecule of 3-phosphoglycerate, which can be used by the C3 cycle, and one molecule of carbon dioxide (CO2).</go:definition>
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                <go:reference>01.05.01.01.01 sugar, glucoside, polyol and carboxylate catabolism &gt; GO:oligosaccharide catabolism ; GO:0009313 &gt; GO:glycoside catabolism ; GO:0016139 &gt; GO:polyol metabolism ; GO:0019751</go:reference>
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            <go:name>polyketide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving polyketides, any of a diverse group of natural products synthesized via linear poly-beta-ketones, which are themselves formed by repetitive head-to-tail addition of acetyl (or substituted acetyl) units indirectly derived from acetate (or a substituted acetate) by a mechanism similar to that for fatty-acid biosynthesis but without the intermediate reductive steps.</go:definition>
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            <go:name>pyruvate biosynthesis from acetate</go:name>
            <go:definition>The formation of pyruvate from simpler components, including acetate.</go:definition>
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            <go:name>aldaric acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving aldaric acid, any dicarboxylic acid formed by oxidation of by the terminal groups of an aldose to carboxyl group.</go:definition>
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            <go:name>galactarate metabolism</go:name>
            <go:synonym>mucic acid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving galactarate, the anion of galactaric acid, the meso-aldaric acid derived from both D- and L-galactose.</go:definition>
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            <go:name>D-galactarate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving D-galactarate, the dextrorotatory isomer of galactarate, the anion of galactaric acid.</go:definition>
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            <go:name>glucarate metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glucarate, the dianion of glucaric acid, an aldaric acid derived from either glucose or gulose. There are two enantiomers L- and D-glucarate.</go:definition>
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            <go:name>D-glucarate metabolism</go:name>
            <go:synonym>saccharate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving D-glucarate, the dextrorotatory isomer of glucarate. D-glucarate is derived from either D-glucose or L-gulose.</go:definition>
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            <go:name>arsonoacetate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving arsonoacetate, a synthetic, organic compound containing a single arsenic atom. Arsonoacetate and other arsenic containing compounds are used in agricultural applications as animal feed additives, cotton defoliants and post-emergence grass herbicides.</go:definition>
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            <go:name>butyrate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any butyrate, the anions of butyric acid (butanoic acid), a saturated, unbranched aliphatic acid.</go:definition>
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            <go:name>poly-hydroxybutyrate metabolism</go:name>
            <go:synonym>PHB metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving poly-hydroxybutyrate (PHB), a polymer of beta-hydroxybutyrate and a common storage material of prokaryotic cells.</go:definition>
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            <go:name>chorismate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving chorismate, the anion of (3R-trans)-3-((1-carboxyethenyl)oxy)-4-hydroxy-1,5-cyclohexadiene-1-carboxylic acid.</go:definition>
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            <go:name>galactonate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving galactonate, the anion of galactonic acid, an organic acid derived from the sugar galactose.</go:definition>
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            <go:name>glycolate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycolate, the anion of hydroxyethanoic acid (glycolic acid).</go:definition>
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            <go:name>glyphosate metabolism</go:name>
            <go:synonym>Roundup metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glyphosate, a broad-spectrum herbicide also known by the trade name Roundup. It is a member of a broad class of compounds known as phosphonic acids, which contain a direct carbon-to-phosphorus (C-P) bond.</go:definition>
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            <go:name>ketodeoxyoctanoate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving ketodeoxyoctanoate, 2-keto-3-deoxy-D-octaonate, an acid present in lipopolysaccharides of the outer membranes of some Gram-negative bacteria.</go:definition>
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            <go:name>L-ascorbic acid metabolism</go:name>
            <go:synonym>ascorbate metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>vitamin C metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving L-ascorbic acid, a carbohydrate-like vitamin containing six carbon atoms per molecule. Widely distributed in fruit and vegetables.</go:definition>
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            <go:name>lactate metabolism</go:name>
            <go:synonym>2-hydroxypropanoate metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>alpha-hydroxypropionate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving lactate, the anion of lactic acid.</go:definition>
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            <go:name>lactate oxidation</go:name>
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            <go:name>lactate racemization</go:name>
            <go:definition>Partial conversion of one lactate enantiomorph into another so that the specific optical rotation is decreased, or even reduced to zero, in the resulting mixture.</go:definition>
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            <go:name>nitrilotriacetate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nitrilotriacetate, an aminotricarboxylic acid that binds bivalent metal ions in a ratio of 1:1. As an important industrial chelating agent, NTA has been widely used for various radionuclide processing and decontamination procedures, such as textile, paper and pulp processing and water treatment.</go:definition>
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            <go:name>aerobic nitrilotriacetate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nitrilotriacetate, the aminotricarboxylic acid N(CH2COO-)3, that occur in the presence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>anaerobic nitrilotriacetate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nitrilotriacetate, the aminotricarboxylic acid N(CH2COO-)3, that occur in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>propionate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving propionate, the anion derived from propionic (propanoic) acid, a carboxylic acid important in the energy metabolism of ruminants.</go:definition>
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            <go:name>propionate metabolism, methylcitrate cycle</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving propionate that occur in the methylcitrate cycle.</go:definition>
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            <go:name>propionate metabolism, methylmalonyl pathway</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving propionate that occur in the methylmalonyl pathway.</go:definition>
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            <go:name>pyruvate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pyruvate, 2-oxopropanoate.</go:definition>
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            <go:synonym>quinic acid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving quinate, the anion of quinic acid. The acid occurs commonly in plants, either free or as esters, and is used as a medicine.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving quinolinate, the anion of quinolinic acid, also known as 2,3-pyridinedicarboxylic acid.</go:definition>
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            <go:name>shikimate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving shikimate, the anion of shikimic acid. It is an important intermediate in the biosynthesis of aromatic amino acids.</go:definition>
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            <go:name>teichoic acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving teichoic acid, any polymer occurring in the cell wall, membrane or capsule of Gram-positive bacteria and containing chains of glycerol phosphate or ribitol phosphate residues.</go:definition>
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            <go:name>trisporic acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving trisporic acid, a carotenoic acid derivative used as a pheromone in some species of Zygomycota.</go:definition>
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            <go:name>trisporic acid biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of trisporic acid.</go:definition>
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            <go:name>uronic acid metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving uronic acid, any monocarboxylic acid formally derived by oxidizing to a carboxyl group the terminal hydroxymethylene group of either an aldose with four or more carbon atoms in the molecule, or of any glycoside derived from such an aldose.</go:definition>
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                <go:reference>01.20.01.99 other biosynthesis of primary metabolic sugars derivatives &gt; GO:polysaccharide metabolism ; GO:0005976 &gt; GO:aminosugar metabolism ; GO:0006040 &gt; GO:monosaccharide metabolism ; GO:0005996 &gt; GO:hexitol metabolism ; GO:0006059 &gt; GO:nucleotide-sug</go:reference>
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            <go:name>galacturonate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving galacturonate, the anion of galacturonic acid, the uronic acid formally derived from galactose by oxidation of the hydroxymethylene group at C-6 to a carboxyl group.</go:definition>
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            <go:name>D-galacturonate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving D-galacturonate, the dextrorotatory isomer of galacturonate, the anion of galacturonic acid. D-galacturonic acid is a component of plant gums and bacterial cell walls.</go:definition>
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            <go:synonym>GO:0019699</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glucuronate, any salt or ester of glucuronic acid, the uronic acid formally derived from glucose by oxidation of the hydroxymethylene group at C-6 to a carboxyl group.</go:definition>
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            <go:name>D-glucuronate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving D-glucuronate, the dextrorotatory isomer of glucuronate.</go:definition>
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            <go:name>UDP-glucuronate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving UDP-glucuronate, a substance composed of glucuronic acid in glycosidic linkage with uridine diphosphate.</go:definition>
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            <go:name>cyclohexylsulfamate metabolism</go:name>
            <go:synonym>cyclohexylsulphamate metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cyclohexylsulfamate, also known as cyclamic acid. Sodium cyclohexylsulfamate (CHS-Na) was a widely used sweetening agent but was banned because of the suspicion of carcinogenicity and metabolic conversion to cyclohexylamine (CHA), a toxic substance. It is now used as a fungicide.</go:definition>
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            <go:name>methanesulfonic acid metabolism</go:name>
            <go:synonym>methanesulphonic acid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving methanesulfonic acid, a strong acid produced by the oxidation of dimethyl sulfide.</go:definition>
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            <go:name>thiocyanate metabolism</go:name>
            <go:synonym>thiocyanic acid metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving thiocyanate, the anion of thiocyanic acid, a toxic cyanide derivative commonly formed as a by-product in the production of gas for fuel, coke, and substances for chemical industries.</go:definition>
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            <go:name>organometal metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving organometals, any metal-containing organic compound, especially one in which the metal atom is linked directly to one of more carbon atoms.</go:definition>
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            <go:name>organomercury metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving organomercury compound, any organic compound containing a mercury atom.</go:definition>
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            <go:name>methylmercury metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving methylmercury (MeHg+), a highly toxic organometal which can accumulate in tissues, particularly in fish species.</go:definition>
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            <go:name>organotin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving organotin, an organic compound containing a tin atom.</go:definition>
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            <go:name>tri-n-butyltin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving tri-n-butyltin, an organometallic compound composed of three butyl chains attached to a tin atom. Tri-n-butyltin is used as an antifouling agent in ship bottom paints and can be toxic to many marine organisms.</go:definition>
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            <go:name>oxidative phosphorylation</go:name>
            <go:synonym>respiratory-chain phosphorylation</go:synonym>
            <go:definition>The phosphorylation of ADP to ATP that accompanies the oxidation of a metabolite through the operation of the respiratory chain. Oxidation of compounds establishes a proton gradient across the the membrane, providing the energy for ATP synthesis.</go:definition>
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            <go:name>oxygen and reactive oxygen species metabolism</go:name>
            <go:synonym>oxygen and ROS metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dioxygen (O2), or any of the reactive oxygen species eg. superoxide anions (O2-), hydrogen peroxide (H2O2), and hydroxyl radicals (-OH).</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of oxidative stress, a state often resulting from exposure to high levels of reactive oxygen species eg. superoxide anions, hydrogen peroxide (H2O2), and hydroxyl radicals.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to lipid hydroperoxides, the highly reactive primary oxygenated products of polyunsaturated fatty acids.</go:definition>
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            <go:definition>Responses that arise in conjunction with increasing age and are induced by any reactive oxygen species, including singlet oxygen, superoxide, and oxygen free radicals.</go:definition>
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            <go:name>response to hydrogen peroxide</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to hydrogen peroxide (H2O2).</go:definition>
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            <go:definition>Responses induced by superoxide (the anion, oxygen-, formed by addition of one electron to dioxygen (O2) or any compound containing the superoxide anion).</go:definition>
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            <go:name>response to singlet oxygen</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to singlet oxygen, a dioxygen (O2) molecule in which two 2p electrons have similar spin. Singlet oxygen is more highly reactive than the form in which these electrons are of opposite spin, and it is produced in mutant chloroplasts lacking carotenoids and by leukocytes during metabolic burst.</go:definition>
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            <go:name>superoxide metabolism</go:name>
            <go:synonym>oxygen free radical metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>superoxide free radical metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving superoxide, the superoxide anion O2- (superoxide free radical), or any compound containing this species.</go:definition>
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            <go:name>removal of superoxide radicals</go:name>
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            <go:definition>The processes involved in removing superoxide radicals (O2-) from a cell or organism, eg. by conversion to dioxygen (O2) and hydrogen peroxide (H2O2).</go:definition>
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            <go:name>superoxide release</go:name>
            <go:definition>The enzymatic generation of superoxide, the superoxide anion O2- (superoxide free radical), or any compound containing this species, by a cell in response to environmental stress, thereby mediating the activation of various stress-inducible signaling pathways.</go:definition>
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            <go:name>peptide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving peptides, compounds of two or more amino acids where the alpha carboxyl group of one is bound to the alpha amino group of another.</go:definition>
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            <go:name>peptide amidation</go:name>
            <go:definition>The posttranslational conversion of C-terminal glycine-extended peptides to C-terminal alpha-amidated peptides. Occurs to over half of all peptide hormones to give bioactive peptides. This is a two step process catalyzed by a peptidyl-glycine alpha-hydroxylating monooxygenase and a peptidyl-alpha-hydroxyglycine alpha-amidating lyase. In some organisms, this process is catalyzed by two separate enzymes, whereas in higher organisms, one polypeptide catalyzes both reactions.</go:definition>
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            <go:name>peptide stabilization</go:name>
            <go:definition>The processes involved in maintaining the structure and integrity of a peptide and preventing it from being degraded.</go:definition>
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            <go:name>peptide antigen stabilization</go:name>
            <go:definition>The processes involved in maintaining the structure and integrity of a peptide antigen and preventing it from being degraded.</go:definition>
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            <go:name>phytochelatin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phytochelatins, any of a group of plant peptides that bind metals (Cd, Zn, Cu, Pb, Hg) in thiolate coordination complexes. The structure is of the type (gamma-glutamyl-cysteinyl)n-glycine, where n is 2 to 11.</go:definition>
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            <go:name>phytochelatin biosynthesis</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of phytochelatins, any of a group of plant peptides that bind metals (Cd, Zn, Cu, Pb, Hg) in thiolate coordination complexes. The structure is of the type (gamma-glutamyl-cysteinyl)n-glycine, where n is 2 to 11.</go:definition>
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            <go:name>pheromone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pheromones, a substance that is secreted and released by an organism and detected by a second organism of the same or a closely related species, in which it causes a specific reaction, such as a definite behavioral reaction or a developmental process.</go:definition>
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            <go:name>phosphorus metabolism</go:name>
            <go:synonym>phosphorous metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving the nonmetallic element phosphorus or compounds that contain phosphorus, usually in the form of a phosphate group (PO4).</go:definition>
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            <go:name>phosphate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving the phosphate group, the anion or salt of any phosphoric acid.</go:definition>
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            <go:name>dephosphorylation</go:name>
            <go:definition>The process of removing one or more phosphoric (ester or anhydride) residues from a molecule.</go:definition>
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            <go:definition>The process of removing one or more phosphoric residues from a protein.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving fractalkine, a chemokine involved in the control of the key regulatory mechanisms of cell trafficking at sites of inflammation. It exists as a secreted protein and in a membrane-bound form, and exhibits a novel C-X-X-X-C cysteine signature motif. The counterpart of human fractalkine is murine neurotactin; fractalkine is also referred to as CX3C membrane-anchored chemokine or ABCD-3 and has been renamed CX3CL1.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving glycoproteins, any protein that contains covalently bound glycose (i. e. monosaccharide) residues other than as a moiety of nucleic acid; the glycose occurs most commonly as oligosaccharide or fairly small polysaccharide but occasionally as monosaccharide.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving beta-amyloid, a glycoprotein associated with Alzheimer's disease, and its precursor, amyloid precursor protein (APP).</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any conjugated, water-soluble protein in which the nonprotein moiety consists of a lipid or lipids.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a protein structure comprising two or more rings that are interlocked but not covalently joined; resembling the links of a chain.</go:definition>
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            <go:name>protein catenane formation via N6-(L-isoaspartyl)-L-lysine, autocatalytic</go:name>
            <go:definition>The autocatalytic formation of isopeptide bonds by ligation of peptidyl-lysine and peptidyl-asparagine residues; known to occur in the capsid of some bacteriophage, such as HK97, where it is thought to provide a mechanism for stabilizing the capsid.</go:definition>
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            <go:name>apical protein localization</go:name>
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            <go:name>basal protein localization</go:name>
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            <go:definition>The modification of peptidyl-cysteine to form peptidyl-L-cysteine persulfide. A persulfurated cysteine promotes active site reactivity in Azotobacter vinelandii Rhodanese.</go:definition>
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            <go:definition>The transient adenylation of threonine to form N6-(phospho-5'-adenosine)-L-threonine, found in the active site of bovine phosphodiesterase I.</go:definition>
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            <go:synonym>enzyme active site formation via S-sulpho-L-cysteine</go:synonym>
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            <go:definition>The incorporation of a metal into a metallo-pterin cluster.</go:definition>
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            <go:definition>The incorporation of tungsten into a metallo-pterin cluster.</go:definition>
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            <go:synonym>metal incorporation into metallo-sulphur cluster</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a cluster of several metals atoms, including iron, nickel, molybdenum, vanadium, or copper, with one or more bridging (mu-bond) sulfur atoms; amino acids residues in proteins that may ligate the metal sulfur cluster are cysteine, histidine, aspartate, glutamate, serine and cysteine persulfide.</go:definition>
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            <go:synonym>copper incorporation into metallo-sulphur cluster</go:synonym>
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            <go:name>copper incorporation into copper-sulfur cluster</go:name>
            <go:synonym>copper incorporation into copper-sulphur cluster</go:synonym>
            <go:definition>The incorporation of copper into a copper-sulfur cluster.</go:definition>
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            <go:name>copper incorporation into copper-sulfur cluster via heptakis-L-histidino tetracopper mu4-sulfide hydroxide</go:name>
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            <go:definition>The incorporation of copper into a 4Cu-S copper-sulfur cluster via heptakis-L-histidino tetracopper mu4-sulfide hydroxide.</go:definition>
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            <go:definition>The incorporation of iron into a protein via tetrakis-L-cysteinyl iron (there is no exogenous sulfur, so this modification by itself does not produce an iron-sulfur protein).</go:definition>
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            <go:name>iron incorporation into the Rieske iron-sulfur cluster via bis-L-cysteinyl bis-L-histidino diiron disulfide</go:name>
            <go:synonym>iron incorporation into the Rieske iron-sulphur cluster via bis-L-cysteinyl bis-L-histidino diiron disulphide</go:synonym>
            <go:definition>The incorporation of iron into a Rieske 4Fe-4S iron-sulfur cluster via bis-L-cysteinyl bis-L-histidino diiron disulfide.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via (2S,3S,4Xi,6R)-3-methyl-lanthionine sulfoxide</go:name>
            <go:synonym>peptide cross-linking via (2S,3S,4Xi,6R)-3-methyl-lanthionine sulphoxide</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a protein-protein cross-link between peptidyl-threonine and peptidyl-cysteine by the synthesis of (2S,3S,4Xi,6R)-3-methyl-lanthionine sulfoxide (3-methyl-L-lanthionine sulfoxide), as found in the antibiotic actagardine.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a protein-protein cross-link between peptidyl-threonine and peptidyl-cysteine by the synthesis of (2S,3S,6R)-3-methyl-lanthionine (3-methyl-L-lanthionine).</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslation modification of peptidyl-histidine and peptidyl-cysteine to form a 2'-(S-L-cysteinyl)-L-histidine protein cross-link.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via 2-(S-L-cysteinyl)-D-allo-threonine</go:name>
            <go:definition>The post-translational cross-linking of a cysteine residue to an L-threonine residue to form 2-(S-L-cysteinyl)-D-allo-threonine.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via 2-(S-L-cysteinyl)-D-phenylalanine</go:name>
            <go:definition>The posttranslational cross-linking of a cysteine residue to an L-phenylalanine residue to form 2-(S-L-cysteinyl)-D-phenylalanine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational cross-linking of a cysteine residue to an L-phenylalanine residue to form 2-(S-L-cysteinyl)-L-phenylalanine.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via 2-imino-glutaminyl-5-imidazolinone glycine</go:name>
            <go:synonym>biosynthesis of protein-protein cross-link via 2-imino-glutaminyl-5-imidazolinone glycine</go:synonym>
            <go:definition>The formation of the fluorescent protein FP583 chromophore cross-link from the alpha-carboxyl carbon of residue n, a glutamine, to the alpha-amino nitrogen of residue n+2, a glycine, and a dehydration to form a double bond to the alpha-amino nitrogen of residue n+1. This cross-linking is coupled with a dehydrogenation of residue n+1 to form a double bond between the alpha and beta carbons. See GO:0018251.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational thioether cross-linking of a cysteine residue to a tyrosine residue to form 3'-(S-L-cysteinyl)-L-tyrosine, found in galactose oxidase.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via 3-(S-L-cysteinyl)-L-aspartic acid</go:name>
            <go:definition>The posttranslational cross-linking of a cysteine residue to an aspartic acid residue to form 3-(S-L-cysteinyl)-L-aspartic acid.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via 4'-(L-tryptophan)-L-tryptophyl quinone</go:name>
            <go:definition>The posttranslational cross-linking of a tryptophan residue to tryptophyl quinone to form 4'-(L-tryptophan)-L-tryptophyl quinone, a cofactor found at the active site of methylamine dehydrogenase.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-tryptophan oxidation to tryptophyl quinone</go:name>
            <go:definition>The posttranslational oxidation of peptidyl-tryptophan to form tryptophan-6,7-dione, otherwise known as tryptophyl quinone, which is further modified by cross-linking to either tryptophan or cysteine (GO:0018069).</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational cross-linking of a cysteine residue to tryptophyl quinone to form 4'-(S-L-cysteinyl)-L-tryptophyl quinone, a cofactor found at the active site of amine dehydrogenase.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational cross-linking of a cysteine residue to a glutamic acid residue to form 4-(S-L-cysteinyl)-L-glutamic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of 4-amino-3-isothiazolinone cross-links by the formation of a sulfenylamide bond between cysteine or cysteine sulfenic acid, and the alpha-amido of the following residue.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via 2-amino-3-isothiazolidinone-L-serine</go:name>
            <go:definition>The formation from simpler components of a peptidyl cysteine-peptidyl serine cross-link through a process of forming first an intermediate cysteine sulfenic acid by peroxide oxidation, followed by condensation with the alpha-amido of the following serine residue and the release of water.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via 5'-(N6-L-lysine)-L-topaquinone</go:name>
            <go:definition>The cross-linking of the epsilon-amino group of a peptidyl-lysine with peptidyl-topaquinone, a modified tyrosine residue.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via 5-imidazolinone glycine</go:name>
            <go:synonym>biosynthesis of protein-protein cross-link via 5-imidazolinone glycine</go:synonym>
            <go:definition>The formation of a protein active site cross-link from the alpha-carboxyl carbon of residue n, an alanine, serine or cysteine, to the alpha-amino nitrogen of residue n+2, a glycine, and a dehydration to form a double bond to the alpha-amino nitrogen of residue n+1. This cross-linking is coupled with an oxidation of residue n+1 to form an active aldehyde.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via L-alanyl-5-imidazolinone glycine</go:name>
            <go:definition>The formation of a protein active site cross-link from the alpha-carboxyl carbon of residue N, an alanine, to the alpha-amino nitrogen of residue N+2, a glycine, coupled with the formation of a double bond to the alpha-amino nitrogen of residue N+1 which loses one hydrogen, and the loss of a molecule of water.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via L-cysteinyl-5-imidazolinone glycine</go:name>
            <go:definition>The formation of a protein active site cross-link from the alpha-carboxyl carbon of residue N, a cysteine, to the alpha-amino nitrogen of residue N+2, a glycine, coupled with the formation of a double bond to the alpha-amino nitrogen of residue N+1 which loses one hydrogen, and the loss of a molecule of water.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via L-seryl-5-imidazolinone glycine</go:name>
            <go:synonym>biosynthesis of protein-protein cross-link via L-seryl-5-imidazolinone glycine</go:synonym>
            <go:definition>The formation of the green fluorescent protein chromophore cross-link from the alpha-carboxyl carbon of residue n, a serine, to the alpha-amino nitrogen of residue n+2, a glycine, and a dehydration to form a double bond to the alpha-amino nitrogen of residue n+1. This cross-linking is coupled with a dehydrogenation of residue n+1 to form a double bond between the alpha and beta carbons. See GO:0018251.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via L-cysteinyl-L-selenocysteine</go:name>
            <go:definition>The formation of a selenide-sulfide bond to form the cystine-like L-cysteinyl-L-selenocysteine.</go:definition>
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            <go:definition>The oxidation of two peptidyl-cysteine residues to form a peptidyl-L-cystine (dicysteine) in which segments of peptide chain are linked by a disulfide bond; the cross-link may be between different or the same peptide chain.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslation modification of peptidyl-histidine and peptidyl-tyrosine to form a protein cross-link.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslation modification of peptidyl-histidine and peptidyl-tyrosine to form a 3'-(1'-L-histidyl)-L-tyrosine protein cross-link.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslation modification of peptidyl-histidine and peptidyl-tyrosine to form a 3-(3'-L-histidyl)-L-tyrosine protein cross-link.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-lysine and peptidyl-serine to form a (2Xi,9S)-L-lysinoalanine cross-link.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of isopeptide bonds by ligation of peptidyl-lysine and peptidyl-asparagine residues.</go:definition>
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            <go:synonym>peptide cross-linking via N6-(L-isoaspartyl)-L-lysine, catalytic</go:synonym>
            <go:definition>The formation of isopeptide bonds by ligation of peptidyl-lysine and peptidyl-asparagine residues; occurs in mammals in proteins as yet unidentified by a mechanism probably analogous to that of transglutaminase reactions.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a cross-link between peptidyl-cysteine and peptidyl-threonine via the formation of S-(2-aminovinyl)-3-methyl-D-cysteine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational synthesis of (S,Z)-S-(2-aminovinyl)cysteine forming an intra-polypeptide cross-link between serine and cysteine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslation modification of peptidyl-glutamine and peptidyl-cysteine to form a S-(L-isoglutamyl)-L-cysteine protein cross-link.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of S-(peptidyl-glycyl)-peptidyl-cysteine cross-links by the formation of a thiolester between cysteine and the carboxy-terminal glycine of ubiquitin and other proteins.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via S-[5'-(L-tryptoph-6'-yl)-L-tyrosin-3'-yl]-L-methionin-S-ium</go:name>
            <go:definition>The posttranslational cross-linking of a tyrosine residue to a tryptophan residue and a methionine residue to form S-[5'-(L-tryptoph-6'-yl)-L-tyrosin-3'-yl]-L-methionin-S-ium.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via the thioethers lanthionine or 3-methyl-lanthionine</go:name>
            <go:definition>The posttranslational synthesis of (2R,6R)-lanthionine, sn-(2S,6R)-lanthionine or (2S,3S,6R)-3-methyl-lanthionine, forming an intra-polypeptide cross-link between peptidyl-cysteine, and peptidyl-serine or peptidyl-threonine; dehydration of the serine or threonine residue to the alpha,beta-unsaturated amino acid is the first step; a bond then forms between the ethylene group thus formed and the sulfur atom of a cysteine, with the inversion of the configuration of the alpha carbon of the serine or threonine occurring during the process.</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via (2R,6R)-lanthionine</go:name>
            <go:definition>The formation of a protein-protein cross-link between peptidyl-serine and peptidyl-cysteine by the synthesis of (2R,6R)-lanthionine (L-lanthionine).</go:definition>
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            <go:name>peptide cross-linking via sn-(2S,6R)-lanthionine</go:name>
            <go:definition>The formation of a protein-protein cross-link between peptidyl-serine and peptidyl-cysteine by the synthesis of sn-(2S,6R)-lanthionine (meso-lanthione).</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-valine condensation with pyruvate to form N-pyruvic acid 2-iminyl-L-valine</go:name>
            <go:definition>The condensation of pyruvate through the 2-oxo group with the N-terminal valine of proteins to form the derivative N-pyruvic acid 2-iminyl-L-valine.</go:definition>
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            <go:definition>The acetylation of the N-terminal amino acid of proteins.</go:definition>
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            <go:definition>The acetylation of the N-terminal alanine of proteins; catalyzed by peptide alpha-N-acetyltransferase (GO:0004596) or other enzymes of this class, such as ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase (GO:0008999).</go:definition>
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            <go:definition>The acetylation of the N-terminal arginine of proteins; catalyzed by an uncharacterized arginyl-peptide alpha-N-acetyltransferase.</go:definition>
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            <go:definition>The acetylation of the N-terminal aspartic acid of proteins; catalyzed by aspartate N-acetyltransferase (GO:0017188).</go:definition>
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            <go:synonym>peptidyl-cysteine N-acetylation</go:synonym>
            <go:definition>The acetylation of the N-terminal cysteine of proteins to form the derivative N-acetyl-L-cysteine.</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-glutamic acid acetylation</go:name>
            <go:definition>The acetylation of the N-terminal glutamic acid of proteins; catalyzed by peptide alpha-N-acetyltransferase (GO:0017188).</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-glutamine acetylation</go:name>
            <go:definition>The acetylation of a glutamine residue in protein to form the N5-methyl-L-glutamine derivative. The occurrence of this modification has not been confirmed. Its annotation in sequence databases is either due to the misidentification of 2-pyrrolidone-5-carboxylic acid, or to inappropriate homolog comparisons when proteolytic modification is more probable.</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-glycine acetylation</go:name>
            <go:definition>The acetylation of the N-terminal glycine of proteins to form the derivative N-acetylglycine.</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-isoleucine acetylation</go:name>
            <go:definition>The acetylation of the N-terminal isoleucine of proteins to form the derivative N-acetyl-L-isoleucine. The occurrence of this modification has not been confirmed.</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-lysine acetylation</go:name>
            <go:definition>The acetylation of the N-terminal lysine of proteins.</go:definition>
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            <go:definition>The acetylation of the N-terminal lysine of proteins to form the derivative N2-acetyl-L-lysine.</go:definition>
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            <go:definition>The acetylation of the N-terminal methionine of proteins to form the derivative N-acetyl-L-methionine.</go:definition>
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            <go:definition>The acetylation of the N-terminal proline of proteins to form the derivative N-acetyl-L-proline.</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-serine acetylation</go:name>
            <go:definition>The acetylation of the N-terminal serine of proteins to form the derivative N-acetyl-L-serine.</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-threonine acetylation</go:name>
            <go:definition>The acetylation of the N-terminal threonine of proteins to form the derivative N-acetyl-L-threonine; catalyzed by peptide alpha-N-acetyltransferase (GO:0004596).</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-valine acetylation</go:name>
            <go:definition>The acetylation of the N-terminal tyrosine of proteins to form the derivative N-acetyl-L-valine.</go:definition>
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            <go:name>N-terminal protein amino acid deamination</go:name>
            <go:definition>The oxidative deamination of an encoded N-terminal amino acid, cysteine, serine, threonine or phenylalanine, to form pyruvic acid retaining an amide bond between its 1-carboxyl group and the adjacent residue. The pyruvate 2-oxo group may become an enzyme active site, or it may be reduced to an alcohol.</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-amino acid deamination to pyruvic acid</go:name>
            <go:definition>The oxidative deamination of N-terminal peptidyl-cysteine, or peptidyl-serine, to form pyruvic acid with an amide bond between its 1-carboxyl group and the N-terminal residue.</go:definition>
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            <go:name>N-terminal peptidyl-cysteine condensation with pyruvate to form N-pyruvic acid 2-iminyl-L-cysteine</go:name>
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            <go:definition>The deamination of N-terminal peptidyl-threonine to form peptidyl-2-oxobutanoic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The tri-methylation of the N-terminal alanine of proteins to form the derivative peptidyl-N,N,N-trimethyl-L-alanine.</go:definition>
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            <go:definition>The methylation of a glutamine residue in proteins to form the peptidyl-N5-methyl-L-glutamine derivative.</go:definition>
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            <go:name>C-terminal protein amino acid methylation</go:name>
            <go:definition>The methylation of the C-terminal amino acid of a protein.</go:definition>
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            <go:name>C-terminal protein-tyrosinylation</go:name>
            <go:definition>The ATP-dependent posttranslational addition of a tyrosine residue to the C-terminus of a protein; typically the addition of tyrosine to the C-terminus of detyrosinated alpha-tubulin by the enzyme tubulin-tyrosine ligase (GO:0004835).</go:definition>
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            <go:name>protein C-terminal amidation</go:name>
            <go:definition>The formation of a C-terminal amide by hydrolysis and oxidation of an interior peptide in a secreted protein.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-alanine amide by hydrolysis and oxidation of an interior Ala-Gly peptide in a secreted protein.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-arginine amide by hydrolysis and oxidation of an interior Arg-Gly peptide in a secreted protein.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-asparagine amide by hydrolysis and oxidation of an interior Asn-Gly peptide in a secreted protein.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-dehydroalanine biosynthesis from peptidyl-tyrosine or peptidyl-serine</go:name>
            <go:definition>The formation of peptidyl-dehydroalanine from either peptidyl-tyrosine by phenyl transfer, or from peptidyl-serine, which is coupled with the formation of 5-imidazolinone by the two neighboring residues, produces an 4-methylidene-imidazole-5-one active site of some amino acid ammonia-lyases; the 4-methylidene-imidazole-5-one, is formed autocatalytically by cyclization and dehydration of the sequence ASG.</go:definition>
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            <go:definition>The process of methylation of peptidyl-arginine to form the following derivatives: N(omega)-monomethyl-L-arginine, N(omega),N'(omega)-dimethyl-L-arginine, N(omega),N(omega)-dimethyl-L-arginine.</go:definition>
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            <go:definition>The methylation of peptidyl-arginine to form peptidyl-N5-methyl-L-arginine.</go:definition>
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            <go:definition>The process of methylation of peptidyl-arginine to form peptidyl-N(omega),N'(omega)-dimethyl-L-arginine.</go:definition>
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            <go:definition>The process of methylation of peptidyl-arginine to form peptidyl-N(omega),N(omega)-dimethyl-L-arginine.</go:definition>
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            <go:definition>The modification of peptidyl-asparagine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-aspartic acid to form peptidyl-cis-14-hydroxy-10,13-dioxo-7-heptadecenoic acid aspartate ester, typical of the barley lipid transfer protein 1.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-cysteine to form peptidyl-L-cysteine methyl ester.</go:definition>
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            <go:definition>The oxidation of peptidyl-cysteine to peptidyl-L-cysteine sulfinic acid or peptidyl-L-cysteine sulfenic acid.</go:definition>
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            <go:name>protein cysteine-thiol oxidation</go:name>
            <go:definition>Oxidation of two cysteine thiols forms a disulfide bond. The product of this oxidation is known as cystine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational S-nitrosylation of peptidyl-cysteine to form peptidyl-S-nitrosyl-L-cysteine.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-L-3-oxoalanine biosynthesis from peptidyl-cysteine or peptidyl-serine</go:name>
            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-cysteine or peptidyl-serine to peptidyl-L-3-oxoalanine; characteristic of the active sites of arylsulfatases.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-L-cysteine glutathione disulfide biosynthesis from peptidyl-cysteine</go:name>
            <go:synonym>peptidyl-L-cysteine glutathione disulphide biosynthesis from peptidyl-cysteine</go:synonym>
            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-cysteine by covalent addition of glutathione to form peptidyl-L-cysteine glutathione disulfide.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-L-cysteine methyl disulfide biosynthesis from peptidyl-cysteine</go:name>
            <go:synonym>peptidyl-L-cysteine methyl disulphide biosynthesis from peptidyl-cysteine</go:synonym>
            <go:definition>The, presumably, posttranslational modification of peptidyl-cysteine to form peptidyl-L-cysteine methyl disulfide.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-pyrromethane cofactor linkage via dipyrrolylmethanemethyl-L-cysteine</go:name>
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            <go:name>peptidyl-S-carbamoyl-L-cysteine dehydration</go:name>
            <go:synonym>formation of peptidyl-S-cyanocysteine</go:synonym>
            <go:synonym>formation of peptidyl-serine thiocyanate ester</go:synonym>
            <go:definition>The dehydration of peptidyl-S-carbamoyl-L-cysteine to form peptidyl-S-cyano-L-cysteine.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-S-diacylglycerol-L-cysteine biosynthesis from peptidyl-cysteine</go:name>
            <go:definition>The co- or posttranslational modification of peptidyl-cysteine to form peptidyl-S-diacylglycerol-L-cysteine; the oleate and palmitate actually represent mixtures of saturated (generally at 3') and unsaturated (generally at 2') fatty acids.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-S-diphytanylglycerol diether-L-cysteine biosynthesis from peptidyl-cysteine</go:name>
            <go:definition>The co- or posttranslational modification of cysteine to form peptidyl-S-diphytanylglycerol diether-L-cysteine.</go:definition>
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            <go:definition>The covalent linking of the alpha-1-microglobulin chromophore to the protein; the structure of the chromophore is not known. It is probably heterogeneous and involving two cysteines in thioether bonds.</go:definition>
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            <go:definition>This modification produces peptidyl-glutamic acid poly-ADP-ribose found in a number of nuclear proteins under certain conditions including the repair of single strand DNA breaks. The activated form of the generating enzyme poly(ADP-ribose) polymerase is itself modified in this way.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-glutamic acid residues by the covalent attachment of ethanolamine, itself further modified by the addition of a phosphoglycerol unit.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational addition of one or more alpha-linked glutamyl units to the gamma carboxyl group of peptidyl-glutamic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-glutamine residues by deamidation and esterification with omega-hydroxyceramide.</go:definition>
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            <go:synonym>2-pyrrolidone-5-carboxylic acid biosynthesis</go:synonym>
            <go:definition>The formation from simpler components of peptidyl-pyroglutamic acid, catalyzed by glutaminyl-peptide cyclotransferase (GO:0016603).</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a C-terminal peptidyl-glycine ethanolamide-linked phosphatide following hydrolysis of a glycyl-peptide bond, as in the cleavage of arginine from the carboxy-terminal of Apg8 followed by its amidation with phosphatidylethanolamine.</go:definition>
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            <go:definition>The incorporation of sarcosine (N-methylglycine) into non-coded peptides.</go:definition>
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            <go:definition>The modification of peptidyl-histidine.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving peptidyl-diphthamide, a modified histidine residue.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-diphthamide biosynthesis from peptidyl-histidine</go:name>
            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-histidine to 2'-(3-carboxamido-3-(trimethylammonio)propyl)-L-histidine, known as diphthamide, found in translation elongation factor eEF-2.</go:definition>
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            <go:definition>The breakdown into simpler components of peptidyl-diphthamide, a modified histidine residue.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-diphthine metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving peptidyl-diphthine, a modified histidine residue.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-histidine bromination</go:name>
            <go:definition>The posttranslational bromination of peptidyl-histidine to form peptidyl-L-bromohistidine; the position of the bromine substitution is unknown.</go:definition>
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            <go:definition>The methylation of peptidyl-L-histidine to form peptidyl-L-1'-methyl-L-histidine (otherwise known as tau-methylhistidine, tele-methylhistidine) or peptidyl-L-3'-methyl-L-histidine (otherwise known as pi-methylhistidine, pros-methylhistidine).</go:definition>
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            <go:synonym>protein-haem linkage via 3'-L-histidine</go:synonym>
            <go:definition>The covalent linkage of heme and a protein via 3'-L-histidine (otherwise known as pi-heme-histidine, pros-heme-histidine).</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-allysine oxidation to 2-aminoadipic acid</go:name>
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            <go:definition>The acetylation of the peptidyl-lysine of proteins to form the derivative peptidyl-N6-acetyl-L-lysine; catalyzed by tubulin N-acetyltransferase (GO:0019799).</go:definition>
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            <go:definition>The formation from simpler components of peptidyl-L-lysine methyl ester.</go:definition>
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            <go:definition>The oxidation of the terminal amino-methylene groups of peptidyl-L-lysine or peptidyl-5-hydroxy-L-lysine to aldehyde groups to form allysine or hydroxyallysine residues, respectively; these are intermediates in the formation of covalent cross-links between adjacent polypeptide chains in proteins such as collagens.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-lysine palmitoylation</go:name>
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            <go:definition>The modification of peptidyl-lysine by the addition of an N6-methyl and of N-methyl-propylamine units, forming N6-(dimethylaminoprop-3-yl-poly[N-(methyl)aminoprop-3-yl]aminoprop-3-yl)-L-lysine, typical of the silicate binding protein silaffin.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslation modification of peptidyl-lysine to form N6-3,4-didehydroretinylidene-L-lysine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslation modification of peptidyl-lysine to form N6-retinal-L-lysine.</go:definition>
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            <go:definition>The oxidation of peptidyl-L-methionine to peptidyl-L-methionine sulfone.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of a N-terminal peptidyl-phenylalanine residue by either oxidative deamination or by transamination and subsequent reduction to form peptidyl-L-3-phenyllactic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-proline to form trans-2,3-cis-3,4-dihydroxy-L-proline.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-proline to form 3-hydroxy-L-proline; catalyzed by procollagen-proline 3-dioxygenase (GO:0019797).</go:definition>
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            <go:definition>The modification of N-terminal peptidyl-serine to lactic acid.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of peptidyl-serine to peptidyl-O-(sn-1-glycerophosphoryl)-L-serine.</go:definition>
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            <go:definition>The transfer, from NAD, of ADP-ribose to peptidyl-serine to form peptidyl-O-(ADP-ribosyl)-L-serine.</go:definition>
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            <go:definition>The O-glucuronidation of peptidyl-serine to form peptidyl-O3-D-glucuronyl-L-serine.</go:definition>
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            <go:name>peptidyl-serine octanoylation</go:name>
            <go:definition>The posttranslational octanoylation of peptidyl-serine to form peptidyl-O3-octanoyl-L-serine, typical of the protein ghrelin.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational phosphopantetheinylation of peptidyl-serine to form peptidyl-O-phosphopantetheine-L-serine.</go:definition>
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            <go:name>protein-dermatan sulfate linkage via dermatan 4-sulfate D-glucuronyl-D-galactosyl-D-galactosyl-D-xylosyl-L-serine</go:name>
            <go:synonym>protein-dermatan sulphate linkage via dermatan 4-sulphate D-glucuronyl-D-galactosyl-D-galactosyl-D-xylosyl-L-serine</go:synonym>
            <go:definition>Dermatan sulfate components are covalently linked to a core glycoprotein via O-glycosidic linkages between xylose and serine residues.</go:definition>
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            <go:synonym>protein-heparan sulphate linkage via heparan sulphate D-glucuronyl-D-galactosyl-D-galactosyl-D-xylosyl-L-serine</go:synonym>
            <go:definition>Heparan sulfate components are covalently linked to a core glycoprotein via O-glycosidic linkages between xylose and serine residues.</go:definition>
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            <go:name>protein-phosphoribosyl dephospho-coenzyme A linkage</go:name>
            <go:definition>The linkage of phosphoribosyl dephospho-coenzyme A to protein via peptidyl-serine, to form O-(phosphoribosyl dephospho-coenzyme A)-L-serine; it is uncertain whether the phosphoribosyl glycosidic attachment to the dephospho-coenzyme A is alpha or beta, and through the 2' or the 3' position.</go:definition>
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            <go:name>protein-keratan sulfate linkage via keratan sulfate D-glucuronyl-D-galactosyl-D-galactosyl-D-xylosyl-L-threonine</go:name>
            <go:synonym>protein-keratan sulphate linkage via keratan sulphate D-glucuronyl-D-galactosyl-D-galactosyl-D-xylosyl-L-threonine</go:synonym>
            <go:definition>Keratan sulfate components are covalently linked to a core glycoprotein via O-glycosidic linkages between xylose and threonine residues.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a covalent cross-link between DNA and a peptidyl-tyrosine residue by the formation of O4'-(phospho-3'-DNA)-L-tyrosine.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational modification of protein tyrosine to L-2',4',5'-topaquinone, characteristic of the active site of copper amine oxidases.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational iodination of peptidyl-thyronine to form peptidyl-3',3'',5',5''-tetraiodo-L-thyronine (L-thyroxine).</go:definition>
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            <go:synonym>peptidyl-thyronine iodination to form triiodothyronine</go:synonym>
            <go:definition>The posttranslational iodination of peptidyl-thyronine to form peptidyl-3',3'',5'-triiodo-L-thyronine (triiodothyronine).</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational adenylation of peptidyl-tyrosine to form peptidyl-O4'-(phospho-5'-adenosine)-L-tyrosine.</go:definition>
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            <go:definition>The oxidation of the C alpha-C beta bond of peptidyl-tyrosine to form peptidyl-dehydrotyrosine coupled with cyclization of a neighboring peptidyl-glycine and peptidyl-serine residues. See GO:0018252 and GO:0019729.</go:definition>
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            <go:definition>The uridylylation of peptidyl-tyrosine to form peptidyl-O4'-(phospho-5'-uridine)-L-tyrosine, found in glutamine synthetase.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of a protein-FAD linkage via O4'-(8-alpha-FAD)-L-tyrosine.</go:definition>
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            <go:definition>The modification of peptidyl-valine.</go:definition>
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            <go:definition>The addition of an acetyl group to a protein amino acid. An acetyl group is CH3CO-, derived from acetic [ethanoic] acid.</go:definition>
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            <go:definition>The addition of an alkyl group to a protein amino acid. An alkyl group is any group derived from an alkane by removal of one hydrogen atom.</go:definition>
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            <go:synonym>peptidyl-cysteine desulphurization</go:synonym>
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            <go:name>protein deneddylation</go:name>
            <go:definition>The removal of a ubiquitin-like protein of the NEDD8 type from a protein.</go:definition>
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            <go:synonym>desumoylation</go:synonym>
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            <go:definition>The process by which a SUMO protein (small ubiquitin-related modifier) is cleaved from its target protein.</go:definition>
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            <go:definition>Covalent attachment of the ubiqitin-like protein NEDD8 (RUB1) to another protein.</go:definition>
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            <go:definition>The posttranslational addition of glycyl units covalently bound to the gamma carboxyl group peptidyl-glutamic acid.</go:definition>
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            <go:synonym>pheromone processing (sensu Saccharomyces)</go:synonym>
            <go:definition>The generation of a mature, active peptide pheromone via processes unique to its processing and modification.</go:definition>
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            <go:name>protein autoprocessing</go:name>
            <go:definition>Processing which a protein carries out itself. This involves actions such as the autolytic removal of residues to generate the mature form of the protein.</go:definition>
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            <go:name>protein splicing</go:name>
            <go:definition>The removal of an internal amino acid sequence (an intein) from a protein during protein maturation; the excision of inteins is precise and the N- and C-terminal exteins are joined by a normal peptide bond. Protein splicing involves 4 nucleophilic displacements by the 3 conserved splice junction residues.</go:definition>
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            <go:definition>The process by which a SUMO protein (small ubiquitin-related modifier) is conjugated to a target protein via an isopeptide bond between the carboxyl terminus of SUMO with an epsilon-amino group of a lysine residue of the target protein.</go:definition>
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            <go:definition>Addition of a single ubiquitin moiety to a protein.</go:definition>
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            <go:name>protein repair</go:name>
            <go:definition>The process of restoring a protein to its original state after damage by such things as oxidation or spontaneous decomposition of residues.</go:definition>
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            <go:name>protein stabilization</go:name>
            <go:definition>The processes involved in maintaining the structure and integrity of a protein and preventing it from being degraded.</go:definition>
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            <go:name>regulation of metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of chemical reactions and physical changes involving a substance.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of chemical reactions and physical changes involving a substance.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of chemical reactions and physical changes involving a substance.</go:definition>
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            <go:name>respiratory burst</go:name>
            <go:synonym>metabolic burst</go:synonym>
            <go:definition>A phase of elevated metabolic activity, during which oxygen consumption increases; this leads to the production, by an NADH dependent system, of hydrogen peroxide (H2O2), superoxide anions and hydroxyl radicals.</go:definition>
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            <go:name>respiratory burst after phagocytosis</go:name>
            <go:synonym>metabolic burst</go:synonym>
            <go:definition>A phase of elevated metabolic activity, during which oxygen consumption increases, that occurs in neutrophils, monocytes, and macrophages shortly after phagocytosing material. An enhanced uptake of oxygen leads to the production, by an NADH dependent system, of hydrogen peroxide (H2O2), superoxide anions and hydroxyl radicals, which play a part in bactericidal activity.</go:definition>
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            <go:name>regulation of sulfur metabolism</go:name>
            <go:synonym>regulation of sulphur metabolism</go:synonym>
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            <go:name>sulfate assimilation via adenylyl sulfate reduction</go:name>
            <go:synonym>sulphate assimilation via adenylyl sulphate reduction</go:synonym>
            <go:definition>The pathway by which inorganic sulfate is activated, reduced and incorporated into sulfated compounds, where the activated sulfate, adenylyl-sulfate, is reduced to sulfite by the activity of adenylyl-sulfate reductase.</go:definition>
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            <go:name>sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by an oxidoreductase, acting on sulfur group of donors, NAD or NADP as acceptor</go:name>
            <go:synonym>sulphate assimilation, phosphoadenylyl sulphate reduction by an oxidoreductase, acting on sulphur group of donors, NAD or NADP as acceptor</go:synonym>
            <go:definition>The pathway by which inorganic sulfate is processed and incorporated into sulfated compounds, where the phosphoadenylyl sulfate reduction step is catalyzed by enzymes of the class EC:1.8.1.-.</go:definition>
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            <go:name>sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin)</go:name>
            <go:synonym>sulphate assimilation, phosphoadenylyl sulphate reduction by a phosphoadenylyl-sulphate reductase (thioredoxin)</go:synonym>
            <go:definition>The pathway by which inorganic sulfate is processed and incorporated into sulfated compounds, where the phosphoadenylyl sulfate reduction step is catalyzed by the enzyme phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) (EC:1.8.4.8).</go:definition>
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            <go:synonym>sulfide oxidation, using sirohaem sulfite reductase</go:synonym>
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            <go:name>terpene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving terpenes, any of a large group of hydrocarbons that are made up of isoprene (C5H8) units which may be cyclic, acyclic or multicyclic, saturated or unsaturated, and may contain various functional groups. A monoterpene is made up of two units, a sesquiterpene three units, and a diterpene is made up of four units. Terpenes are widely used as flavorings, deodorants, and medicines (as in the treatment of acne).</go:definition>
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            <go:name>alpha-pinene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving alpha-pinene, a monoterpene that may be a significant factor affecting bacterial activities in nature. It is a major component in tea-tree oils, and gives off a piney smelling odor.</go:definition>
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            <go:name>limonene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving limonene (4-isopropenyl-1-methyl-cyclohexene), a monocyclic monoterpene. It is the most widespread terpene in the world and is synthesized by more than 300 plants. (+)-(4R)-limonene is its most widespread form.</go:definition>
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            <go:name>toxin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a toxin, a poisonous compound (typically a protein) that is produced by cells or organisms and that can cause disease when introduced into the body or tissues of an organism.</go:definition>
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            <go:name>bacteriocin immunity</go:name>
            <go:definition>A process that mediates resistance to a bacteriocin: any of a heterogeneous group of polypeptide antibiotics that are secreted by certain bacterial strains and are able to kill cells of other susceptible (frequently related) strains after adsorption at specific receptors on the cell surface. They include the colicins, and their mechanisms of action vary.</go:definition>
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            <go:name>insecticide metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving insecticides, chemicals used to kill insects.</go:definition>
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            <go:name>vitamin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving vitamins, organic substances needed for the normal nutrition of an organism.</go:definition>
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            <go:name>fat-soluble vitamin metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving of any of a diverse group of vitamins that are soluble in organic solvents and relatively insoluble in water.</go:definition>
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            <go:name>vitamin A metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any of the vitamin A compounds, retinol, retinal (retinaldehyde) and retinoic acid, all of which are derivatives of beta-carotene.</go:definition>
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            <go:name>retinal metabolism</go:name>
            <go:synonym>retinaldehyde metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving retinal, a compound that plays an important role in the visual process in most vertebrates. In the retina, retinal combines with opsins to form visual pigments.</go:definition>
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            <go:name>vitamin D metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving vitamin D, any fat-soluble steroid that exhibits qualitatively the biological activity of cholecalciferol, or calciol.</go:definition>
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            <go:name>vitamin E metabolism</go:name>
            <go:synonym>alpha-tocopherol metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving vitamin E (alpha-tocopherol), a fat-soluble vitamin considered to act primarily as an antioxidant.</go:definition>
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            <go:name>regulation of vitamin metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the chemical reactions and physical changes involving vitamins, cofactors, or prosthetic groups.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of vitamin metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the chemical reactions and physical changes involving vitamins, cofactors, or prosthetic groups.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of vitamin metabolism</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the chemical reactions and physical changes involving vitamins, cofactors, or prosthetic groups.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any of a diverse group of vitamins that are soluble in water.</go:definition>
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            <go:synonym>thiamine and derivative catabolism</go:synonym>
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            <go:synonym>riboflavin and derivative catabolism</go:synonym>
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            <go:synonym>riboflavin metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving vitamin B2, the precursor for the coenzymes flavin mononucleotide (FMN) and flavin adenine dinucleotide (FAD).</go:definition>
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            <go:name>vitamin B6 metabolism</go:name>
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            <go:name>pyridoxal metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving a xenobiotic compound, a compound foreign to living organisms. Used of chemical compounds, eg. a xenobiotic chemical, such as a pesticide.</go:definition>
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            <go:name>acetylene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving acetylene, a colorless, volatile, explosive gas; it is the simplest of a class of unsaturated (triple-bonded) hydrocarbons, the alkynes.</go:definition>
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            <go:name>acrylonitrile metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving acrylonitrile, a colorless, volatile liquid with a pungent odor. Acrylonitrile is used in the production of acrylic fibers, plastics, and synthetic rubbers.</go:definition>
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            <go:name>cyanamide metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cyanamide, NCNH2, a cyanide compound which has been used as a fertilizer, defoliant and in many manufacturing processes. It often occurs as the calcium salt, sometimes also referred to as cyanamide. The citrated calcium salt is used in the treatment of alcoholism.</go:definition>
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            <go:name>cyclohexanol metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving cyclohexanol, the monohydroxy derivative of cyclohexane. It is used as a solvent and blending agent.</go:definition>
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            <go:name>halogenated hydrocarbon metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving halogenated hydrocarbons, any hydrocarbon with one or more halogen atoms attached to it. Halogens include fluorine, chlorine, bromine and iodine.</go:definition>
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            <go:name>1,2,3-tribromopropane metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 1,2,3-tribromopropane, a toxic and volatile organic compound commonly used as a nematocide in agriculture.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving chlorinated hydrocarbons, any hydrocarbon with one or more chlorine atoms attached to it.</go:definition>
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            <go:name>1,2-dichloroethane metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving 1,2-dichloroethane, a major commodity chemical used, for example, in the manufacture of vinyl chloride.</go:definition>
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            <go:name>1,3-dichloropropene metabolism</go:name>
            <go:synonym>1,3-dichloropropylene metabolism</go:synonym>
            <go:synonym>gamma-chloroallylchloride metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving members of the 1,3-dichloropropene family, which includes cis- and trans-1,3-dichloropropene. The 1,3-dichloropropenes are chlorinated hydrocarbons and the major active ingredients of commercial products for control of plant-parasitic nematodes.</go:definition>
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            <go:name>carbon tetrachloride metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving carbon tetrachloride, a toxic, carcinogenic compound which is used as a general solvent in industrial degreasing operations. It is also used as grain fumigant and a chemical intermediate in the production of refrigerants.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving carbon tetrachloride, a toxic, carcinogenic compound which is used as a general solvent in industrial degreasing operations, that occur in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dichloromethane, a dichlorinated derivative of methane. It is a colorless organic liquid with a sweet, chloroform-like odor, often used as a paint remover.</go:definition>
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            <go:name>hexachlorocyclohexane metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving hexachlorocyclohexane, a cyclohexane derivative with 6 chlorine atoms attached to the hexane ring. Hexachlorocyclohexane consists of a mixture of 8 different isomers and was used a commercial insecticide. It is persistent in the environment, causing serious soil pollution.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving beta-1,2,3,4,5,6-hexachlorocyclohexane, a halogenated organic insecticide that has been used worldwide for agriculture and public health.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving beta-1,2,3,4,5,6-hexachlorocyclohexane that occur in presence of oxygen.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving gamma-1,2,3,4,5,6-hexachlorocyclohexane (also known as Lindane), the most common form of hexachlorohexane, a halogenated organic insecticide that has been used worldwide for agriculture and public health.</go:definition>
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            <go:name>tetrachloroethylene metabolism</go:name>
            <go:synonym>tetrachloroethene metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical reactions involving tetrachloroethylene, a derivative of ethene with the hydrogen atoms replaced by chlorines. Tetrachloroethene has been used primarily as a solvent in dry-cleaning industries and to a lesser extent as a degreasing solvent.</go:definition>
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            <go:synonym>trichloroethene metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving trichloroethylene, a toxic, colorless, photoreactive, chlorinated hydrocarbon liquid, commonly used as a metal degreaser and solvent.</go:definition>
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            <go:name>methyl fluoride metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving methyl fluoride, fluorine-substituted methane, a gaseous halogenated hydrocarbon that has been investigated as an inhibitor of methanotrophy and nitrification in soils.</go:definition>
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            <go:name>n-octane metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving n-octane, the 8 carbon straight chain alkane used in organic syntheses, calibrations, and azeotropic distillations. It is a common component of gasoline and other petroleum products and the engine fuel antiknocking properties of an isomer of n-octane are used as a comparative standard in the Octane Rating System.</go:definition>
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            <go:name>nitroglycerin metabolism</go:name>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nitroglycerin, a well-known nitrate ester and an important component of dynamite and other propellants. Toxic to algae, invertebrate, and vertebrates.</go:definition>
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            <go:name>nylon metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving nylon, a polymer where the main polymer chain comprises recurring amide groups; these compounds are generally formed from combinations of diamines, diacids and amino acids.</go:definition>
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            <go:name>organic ether metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving organic ethers, any anhydride of the general formula R1-O-R2, formed between two identical or nonidentical organic hydroxy compounds.</go:definition>
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            <go:name>dimethyl ether metabolism</go:name>
            <go:synonym>methyl ether metabolism</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving dimethyl ether, CH3-O-CH3, the simplest ether. Dimethyl ether, also known wood ether and methyl ether, is a colorless gas that has been used in refrigeration applications.</go:definition>
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            <go:name>methyl tert-butyl ether metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving methyl tert-butyl ether, 2-methoxy-2-methylpropane. Methyl tert-butyl ether is a synthetic chemical which is mixed with gasoline for use in reformulated gasoline. It was first introduced as an additive for unleaded gasoline in the 1980s. It is also used as a laboratory reagent and a pharmaceutical agent.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving organophosphates, any phosphate-containing organic compound. They include a number of organophosphorous compounds that were originally developed as nerve gases, but were formerly used as as insecticides and anthelmintics, which worked by inhibiting serine proteases.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphonates, any salt, anion, or ester of phosphonic acid (HPO(OH)2).</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving phosphonoacetate, C2H4PO5, a substance composed of an acetate and a phosphonic acid residue.</go:definition>
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            <go:name>organosilicone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving any organosilicone, organic compounds that contain silicone.</go:definition>
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            <go:name>aerobic organosilicone metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving organosilicones, organic compounds that contain silicone, in the presence of oxygen.</go:definition>
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            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving organosilicones, organic compounds that contain silicone, in the absence of oxygen.</go:definition>
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            <go:name>pentaerythritol tetranitrate metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving pentaerythritol tetranitrate, C(CH2-O-NO2)4, a substance produced for use as an explosive and a vasodilator.</go:definition>
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            <go:name>propylene metabolism</go:name>
            <go:definition>The chemical reactions and physical changes involving propylene, an alkene produced by catalytic or thermal cracking of hydrocarbons or as a by-product of petroleum refining. It is used mainly in the preparation of alkylates for gasoline and in the production of polypropylene, acrylonitrile, propylene oxide and a number of other industrial chemicals.</go:definition>
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            <go:name>molting cycle</go:name>
            <go:definition>The periodic casting off and regeneration of an outer covering of cuticle, feathers, hair, horns, skin, etc.</go:definition>
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            <go:name>hair cycle</go:name>
            <go:definition>The cyclical phases of growth (anagen), regression (catagen), quiescence (telogen), and shedding (exogen) in the life of a hair; one of the collection or mass of filaments growing from the skin of an animal, and forming a covering for a part of the head or for any part or the whole of the body.</go:definition>
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            <go:synonym>hair growth</go:synonym>
            <go:definition>The growth phase of the hair cycle. Lasts, for example, about 3 to 6 years for human scalp hair.</go:definition>
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            <go:synonym>hair regression</go:synonym>
            <go:definition>The regression phase of the hair cycle during which cell proliferation ceases, the hair follicle shortens, and an anchored club hair is produced.</go:definition>
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            <go:synonym>hair shedding</go:synonym>
            <go:definition>The shedding phase of the hair cycle.</go:definition>
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            <go:name>regulation of hair cycle</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the cyclical phases of growth (anagen), regression (catagen), quiescence (telogen), and shedding (exogen) in the life of a hair.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of hair cycle</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the cyclical phases of growth (anagen), regression (catagen), quiescence (telogen), and shedding (exogen) in the life of a hair.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of hair cycle</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the cyclical phases of growth (anagen), regression (catagen), quiescence (telogen), and shedding (exogen) in the life of a hair.</go:definition>
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            <go:definition>The resting phase of hair cycle.</go:definition>
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            <go:name>molting cycle (sensu Invertebrata)</go:name>
            <go:definition>The periodic shedding of part or all of a cuticle, which is then replaced by a new cuticle.</go:definition>
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            <go:definition>Attaching of a cuticle to the epithelium underlying it, as done in Nematoda.</go:definition>
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            <go:definition>The shedding of the old cuticular fragments during the molting cycle, as described in invertebrates.</go:definition>
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            <go:definition>The shedding of the old cuticular fragments during the molting cycle, as described in insects.</go:definition>
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            <go:definition>The shedding of the old cuticular fragments during the molting cycle, as described in nematodes.</go:definition>
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            <go:definition>The periodic shedding of part or all of a cuticle, which is then replaced by a new cuticle, as described in insects.</go:definition>
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            <go:definition>The adhesion of the puparia of Diptera to their substrate; normally effected by a 'glue' secreted by the larval salivary gland and expectorated at the time of pupariation.</go:definition>
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            <go:definition>The periodic shedding of part or all of a cuticle, which is then replaced by a new cuticle, as described in nematodes.</go:definition>
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            <go:definition>The formation of nitrogen-fixing root nodules on plant roots.</go:definition>
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            <go:name>response to symbiotic bacteria</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of symbiotic bacteria (a bacteria which lives in close physical association with another organism).</go:definition>
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            <go:name>perception of symbiotic bacteria</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a symbiotic bacteria (a bacteria which lives in close physical association with another organism) to be detected and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>nutrient uptake</go:name>
            <go:definition>The internalization of nutrients from the environment of a cell.</go:definition>
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            <go:name>parturition</go:name>
            <go:definition>The process of giving birth to offspring.</go:definition>
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            <go:synonym>virulence</go:synonym>
            <go:definition>The specific processes that generate the ability of an organism to cause disease in another.</go:definition>
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            <go:definition>Growth of a pathogenic organism that results in penetration into cells or tissues of the host organism. This often (but not necessarily) includes a filamentous growth form, and also can include secretion of proteases and lipases to break down host tissue.</go:definition>
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            <go:definition>A wavelike sequence of involuntary muscular contraction and relaxation that passes along a tubelike structure, such as the intestine, impelling the contents onwards.</go:definition>
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            <go:name>photosynthesis</go:name>
            <go:definition>The synthesis by organisms of organic chemical compounds, especially carbohydrates, from carbon dioxide (CO2) using energy obtained from light rather than from the oxidation of chemical compounds.</go:definition>
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            <go:name>post-pollination</go:name>
            <go:definition>Post-pollination involves interactions between the female tissues (stigma, style and ovary) and the male gametophyte or the pollen tube cell, which contains the sperm cells.</go:definition>
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            <go:name>pollen tube growth</go:name>
            <go:definition>Growth of pollen via tip extension of the intine wall.</go:definition>
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            <go:name>pollen tube guidance</go:name>
            <go:definition>The process by which the growth of pollen tube is directed towards the female gametophyte.</go:definition>
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            <go:name>pregnancy</go:name>
            <go:synonym>gestation</go:synonym>
            <go:definition>The process by which an embryo or foetus develops within the body of a female animal. It covers the time from fertilization of a female ovum by a male spermatozoon until birth.</go:definition>
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            <go:name>decidualization</go:name>
            <go:synonym>decidual cell reaction</go:synonym>
            <go:definition>The cellular and vascular changes occurring in the endometrium of the pregnant uterus just after the onset of blastocyst implantation. This process involves the proliferation and differentiation of the fibroblast-like endometrial stromal cells into large, polyploid decidual cells that eventually form the maternal component of the placenta.</go:definition>
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            <go:name>regulation of physiological process</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of physiological processes, those processes specifically pertinent to the functioning of integrated living units: cells, tissues, organs, and organisms.</go:definition>
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            <go:name>respiratory gaseous exchange</go:name>
            <go:synonym>breathing</go:synonym>
            <go:synonym>respiration</go:synonym>
            <go:definition>The process of gaseous exchange between an organism and its environment. In plants, microorganisms, and many small animals, air or water makes direct contact with the organism's cells or tissue fluids, and the processes of diffusion supply the organism with dioxygen (O2) and remove carbon dioxide (CO2). In larger animals the efficiency of gaseous exchange is improved by specialized respiratory organs, such as lungs and gills, which are ventilated by breathing mechanisms.</go:definition>
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            <go:definition>A series of events that occurs from the time the cytokinin stimulus is detected and until it is converted to a molecular signal.</go:definition>
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            <go:definition>A series of events required for an ethylene stimulus to be detected and converted to a molecular signal.</go:definition>
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            <go:name>perception of gibberellic acid stimulus</go:name>
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            <go:synonym>p53-mediated DNA damage response</go:synonym>
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            <go:name>DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator</go:name>
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            <go:name>DNA damage response, signal transduction resulting in transcription</go:name>
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            <go:name>response to 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of a cell or an organism as a result of the perception of 1-aminocyclopropane-1-carboxylic acid.</go:definition>
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            <go:definition>Series of events required for a salicylic acid stimulus to be detected and converted to a signal molecule.</go:definition>
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            <go:name>response to external stimulus</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of a cell or organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of an external stimulus.</go:definition>
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            <go:name>kinesis</go:name>
            <go:definition>The movement of a cell or organism in response to a stimulus in which the rate of movement depends on the intensity (rather than the direction) of the stimulus.</go:definition>
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            <go:name>chemokinesis</go:name>
            <go:definition>A response by a motile cell to a soluble chemical that involves an increase or decrease in speed (positive or negative orthokinesis) or of frequency of movement or a change in the frequency or magnitude of turning behavior (klinokinesis).</go:definition>
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            <go:name>klinokinesis</go:name>
            <go:definition>The movement of a cell or organism in response to a stimulus in which the frequency or magnitude of turning behavior is altered.</go:definition>
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            <go:name>orthokinesis</go:name>
            <go:definition>The movement of a cell or organism in response to a stimulus in which the speed or frequency of movement is increased or decreased.</go:definition>
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            <go:name>perception of external stimulus</go:name>
            <go:definition>The series of events required for an external stimulus to be received and converted to a molecular signal.</go:definition>
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            <go:name>perception of abiotic stimulus</go:name>
            <go:definition>The series of events required for an abiotic (non-living) stimulus to be received and converted to a molecular signal.</go:definition>
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            <go:definition>The series of events required for umami taste to be received and converted to a molecular signal. Umami taste is the savory taste of meats and other foods that are rich in amino acids called glutamates.</go:definition>
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            <go:name>perception of light</go:name>
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            <go:name>perception of visible light</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a (visible light) photon to be received and converted to a molecular signal by a photoreceptor; visible light being defined as having a wavelength within the range 380-780 nm.</go:definition>
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            <go:definition>The series of molecular signals generated as a consequence of excitation of rhodopsin by a photon and the events then required to return the rhodopsin containing cell to the unexcited state.</go:definition>
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            <go:name>adaptation of rhodopsin mediated signaling</go:name>
            <go:synonym>adaptation of rhodopsin mediated signalling</go:synonym>
            <go:definition>Process by which the visual system can modulate its sensitivity and response to light stimuli (that might vary over more than 6 magnitudes in intensity) without response saturation.</go:definition>
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            <go:synonym>deactivation of rhodopsin mediated signalling</go:synonym>
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            <go:synonym>rhodopsin mediated signalling</go:synonym>
            <go:definition>The series of molecular signals generated as a consequence of excitation of rhodopsin by a photon.</go:definition>
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            <go:name>changes in polarization state of photoreceptor cell membrane</go:name>
            <go:definition>Hyperpolarization (vertebrates) or depolarization (invertebrates) of the photoreceptor cell membrane via closing/opening of cation specific channels as a result of signals generated by rhodopsin activation by a photon.</go:definition>
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            <go:synonym>maintenance of rhodopsin mediated signalling</go:synonym>
            <go:definition>Maintenance of the excited state of a photoreceptor cell to produce a steady state current.</go:definition>
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            <go:definition>The processing of signals, which result from perception of light, into the form of an image.</go:definition>
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            <go:name>photoreceptor maintenance</go:name>
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            <go:definition>The series of events required for sound to be detected and converted to a molecular signal.</go:definition>
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            <go:name>perception of temperature</go:name>
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            <go:name>perception of biotic stimulus</go:name>
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            <go:name>perception of pest/pathogen/parasite</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a pest, pathogen or parasite to be detected by an organism and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of bacteria</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a bacterium to be detected by an organism and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of non-pathogenic bacteria</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a non-pathogenic bacterium be detected by an organism and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of pathogenic bacteria</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a pathogenic (disease-causing) bacteria to be detected by an organism and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of bacterial lipoprotein</go:name>
            <go:synonym>perception of BLP</go:synonym>
            <go:synonym>perception of Lpp</go:synonym>
            <go:definition>The series of events required for a bacterial lipoprotein to be detected by an organism, and a consequential molecular signal generated. Bacterial lipoproteins are lipoproteins characterized by the presence of conserved sequence motifs called pathogen-associated molecular patterns (PAMPs).</go:definition>
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            <go:name>perception of diacylated bacterial lipoprotein</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a diacylated bacterial lipoprotein to be detected by an organism, and a consequential molecular signal generated. Diacylated bacterial lipoproteins are diacylated lipoproteins characterized by the presence of conserved sequence motifs called pathogen-associated molecular patterns (PAMPs).</go:definition>
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            <go:name>perception of triacylated bacterial lipoprotein</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a triacylated bacterial lipoprotein to be detected by an organism, and a consequential molecular signal generated. Triacylated bacterial lipoproteins are triacylated lipoproteins characterized by the presence of conserved sequence motifs called pathogen-associated molecular patterns (PAMPs).</go:definition>
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            <go:name>perception of fungi</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a fungi to be detected by an organism and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of parasitic fungi</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a parasitic fungi (a fungi which spends all or part of its life in or on another organism from which it obtains nourishment and/or protection) to be detected and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of pathogenic fungi</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a pathogenic (disease-causing) fungi to be detected by an organism and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of symbiotic fungi</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a symbiotic fungi (a fungi which lives in close physical association with another organism) to be detected and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of insects</go:name>
            <go:definition>The series of events required for an insect to be detected by an organism and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of nematodes</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a nematode to be detected by an organism and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of symbiont</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a symbiont (a symbiont being an organism living with an organism of a different species in close physical association) to be detected by and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:name>perception of viruses</go:name>
            <go:definition>The series of events required for a virus to be detected by an organism and a consequential molecular signal generated.</go:definition>
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            <go:definition>The series of events required for a mechanical stimulus to be received and converted to a molecular signal.</go:definition>
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            <go:definition>The perception of of the orientation of different parts of the body with respect to one another.</go:definition>
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            <go:name>response to abiotic stimulus</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of an abiotic (non-living) stimulus.</go:definition>
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            <go:name>response to chemical substance</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to a chemical substance.</go:definition>
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            <go:name>chemotaxis</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a motile cell or organism in response to a specific chemical concentration gradient. Movement may be towards a higher concentration (positive chemotaxis) or towards a lower concentration (negative chemotaxis).</go:definition>
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                <go:reference>5.3 motility, chemotaxis, energytaxis (aerotaxis, redoxtaxis etc) &gt; GO:cell motility ; GO:0006928 &gt; GO:chemotaxis ; GO:0006935 &gt; GO:energytaxis ; GO:0009453</go:reference>
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            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to any drug, a substance used in the diagnosis, treatment or prevention of a disease.</go:definition>
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            <go:name>response to antibiotic</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to any antibiotic, a chemical substance produced by a microorganism which has the capacity to inhibit the growth of or to kill other microorganisms.</go:definition>
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            <go:name>response to bacteriocin</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to any bacteriocin, a protein substance released by certain bacteria that kills but does not lyse closely related strains of bacteria. Specific bacteriocins attach to specific receptors on cell walls and induce specific metabolic block, eg. cessation of nucleic acid or protein synthesis of oxidative phosphorylation.</go:definition>
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            <go:synonym>response to actidione</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to cycloheximide (actidione), an antibiotic produced by some Streptomyces species which interferes with protein synthesis in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>response to streptomycin</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to streptomycin, a commonly used antibiotic in cell culture media which acts only on prokaryotes and blocks transition from initiation complex to chain elongating ribosome.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to cocaine.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to an inorganic substance.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to arsenate, a salt or ester of arsenic acid (H3AsO4).</go:definition>
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                <go:reference>TIGR00935 arsenical pump membrane protein</go:reference>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to boron.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to carbon dioxide (CO2).</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to a chlorate.</go:definition>
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            <go:name>response to chromate</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to chromate, the anion of chromic acid, H2CrO4 (aq) or CrO3.</go:definition>
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            <go:name>response to aluminum ion</go:name>
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            <go:synonym>response to aluminum</go:synonym>
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            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of cesium.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to copper (Cu) ions.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to iron(II) ions.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to iron(III) ions.</go:definition>
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            <go:name>response to manganese ion</go:name>
            <go:synonym>response to manganese</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to manganese ions.</go:definition>
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            <go:name>response to mercury ion</go:name>
            <go:synonym>response to mercuric</go:synonym>
            <go:synonym>response to mercury</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to mercuric ions (Hg2+).</go:definition>
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            <go:name>detoxification of mercury ion</go:name>
            <go:definition>The processes that reduce or remove the toxicity of mercuric ion. These include transport of mercury away from sensitive areas and to compartments or complexes whose purpose is sequestration of mercury ion and/or reduction of mercury ion (Hg[II]) to metallic mercury (Hg[0]).</go:definition>
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            <go:name>sequestration of mercury ion</go:name>
            <go:synonym>sequestering of mercury ion</go:synonym>
            <go:synonym>sequestration of mercuric ion</go:synonym>
            <go:definition>The process of binding or confining toxic mercury ions or atoms such that they are separated from sensitive components of a biological system.</go:definition>
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            <go:name>response to nickel ion</go:name>
            <go:synonym>response to nickel</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to nickel ions.</go:definition>
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            <go:name>response to tellurium ion</go:name>
            <go:synonym>response to tellurium</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to tellurium (Te) ion.</go:definition>
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                <go:reference>TIGR00477 tellurite resistance protein TehB</go:reference>
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            <go:name>response to zinc ion</go:name>
            <go:synonym>response to zinc</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to zinc ions.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to a nitrate.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism(in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to an organic substance.</go:definition>
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            <go:name>response to acetate</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to acetate.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to acid.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to ethanol.</go:definition>
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            <go:name>response to ether</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to ether.</go:definition>
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            <go:name>response to toxin</go:name>
            <go:synonym>detoxification response</go:synonym>
            <go:definition>The process by which a toxin or poisonous compound or other is rendered harmless.</go:definition>
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                <go:reference>TIGR00673 cyanate lyase</go:reference>
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                <go:reference>TIGR01422 phosphonoacetaldehyde hydrolase</go:reference>
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            <go:name>mycothiol dependent detoxification</go:name>
            <go:synonym>mycothiol-dependent detoxification of alkylating agent</go:synonym>
            <go:definition>The chemical reactions using mycothiol to convert an alkylating agent to an S-conjugate of mycothiol. The latter is cleaved to release mercapturic acid which is excreted from the cell.</go:definition>
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            <go:name>response to herbicide</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to a herbicide, a chemical used to kill or control the growth of plants.</go:definition>
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            <go:name>response to insecticide</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to an insecticide, a chemical used to kill insects.</go:definition>
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            <go:name>response to carbamate</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to carbamates, any of a group of insecticides and parasiticides that act by inhibiting cholinesterase.</go:definition>
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            <go:name>response to cyclodiene</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to cyclodienes, any organic insecticide (as dieldrin or chlordane) with a chlorinated methylene group forming a bridge across a 6-membered carbon ring.</go:definition>
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            <go:name>response to DDT</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to DDT, dichlorodiphenyltrichloroethane, a chlorinated hydrocarbon pesticide moderately toxic to humans and other animals.</go:definition>
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            <go:name>response to organophosphorus</go:name>
            <go:synonym>response to organophosphorous</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to organophosphorous, a compound containing phosphorus bound to an organic molecule; several organophosphorous compounds are used as insecticides, and they are highly toxic cholinesterase inhibitors.</go:definition>
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            <go:name>response to pyrethroid</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to pyrethroids, any of a group of growth regulators, analogous to insect juvenile hormones, that interfere with the development of insect larvae; used in the control of insects that are harmful in the adult stage.</go:definition>
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            <go:name>response to microbial phytotoxin</go:name>
            <go:definition>A change on state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to a phytotoxin, a toxic chemical substance produced by microbes and is toxic to plants.</go:definition>
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            <go:name>response to mycotoxin</go:name>
            <go:definition>A change on state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to a mycotoxin, a toxic chemical substance produced by fungi.</go:definition>
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            <go:name>response to xenobiotic stimulus</go:name>
            <go:synonym>GO:0017104</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism as the result of exposure to a xenobiotic compound, a compound foreign to living organisms.</go:definition>
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                <go:reference>24630	254	Environmental Response	Xenobiotics</go:reference>
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            <go:name>response to gravity</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of gravity.</go:definition>
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            <go:name>gravitaxis</go:name>
            <go:synonym>geotaxis</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of a motile cell or organism in response to gravity.</go:definition>
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            <go:name>negative gravitaxis</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a cell or organism away from the source of gravity.</go:definition>
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            <go:name>positive gravitaxis</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a cell or organism towards the source of gravity.</go:definition>
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            <go:name>gravitropism</go:name>
            <go:synonym>geotropism</go:synonym>
            <go:definition>The orientation of plant parts under the stimulation of gravity.</go:definition>
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            <go:name>negative gravitropism</go:name>
            <go:synonym>shoot gravitropism</go:synonym>
            <go:definition>The orientation of plant parts away from gravity.</go:definition>
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            <go:name>positive gravitropism</go:name>
            <go:synonym>root gravitropism</go:synonym>
            <go:definition>The orientation of plant parts towards gravity.</go:definition>
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            <go:name>response to osmotic stress</go:name>
            <go:synonym>osmotic response</go:synonym>
            <go:synonym>osmotic stress response</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of an increase or decrease in the concentration of solutes outside the organism or cell.</go:definition>
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                <go:reference>13.11.03.13 osmosensing &gt; GO:osmosensory signaling pathway ; GO:0007231</go:reference>
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                <go:reference>24650	258	Environmental Response	Osmotic</go:reference>
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            <go:name>hyperosmotic response</go:name>
            <go:synonym>HOG response</go:synonym>
            <go:synonym>hypertonic response</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of a hyperosmotic environment, i. e. an environment with a higher concentration of solutes than the organism or cell.</go:definition>
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            <go:synonym>response to salt stress</go:synonym>
            <go:synonym>salt tolerance</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of an increase in the concentration of salt (particularly but not exclusively sodium and chloride ions) in the environment.</go:definition>
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            <go:name>intracellular accumulation of glycerol</go:name>
            <go:definition>The accumulation of glycerol within a cell, for example by increased glycerol biosynthesis combined with decreased permeability of the cell membrane to glycerol, in response to the perception of a hyperosmotic environment.</go:definition>
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            <go:name>hypotonic response</go:name>
            <go:synonym>hypo-osmotic response</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of a hypotonic environment, i. e. an environment with a lower concentration of solutes than the organism or cell.</go:definition>
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            <go:name>hypotonic salinity response</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of an decrease in the concentration of salt (particularly but not exclusively sodium and chloride ions) in the environment.</go:definition>
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            <go:name>regulation of response to osmotic stress</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the rate or extent of the response to osmotic stress.</go:definition>
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            <go:name>salinity response</go:name>
            <go:synonym>response to salt stress</go:synonym>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of an increase or decrease in the concentration of salt (particularly but not exclusively sodium and chloride ions) in the environment.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of exposure to ozone.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of radiation.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of a light stimulus.</go:definition>
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            <go:name>nonphotochemical quenching</go:name>
            <go:definition>The process to maintain the balance between dissipation and utilization of light energy to minimize generation of oxidizing molecules, thereby protecting the plant against photo-oxidative damage.</go:definition>
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            <go:name>photoprotection</go:name>
            <go:definition>Protection mechanism used by plants under conditions of excess energy absorption as a consequence of the light reactions of photosynthesis.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a cell or organism away from a source of light.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a cell or organism towards a source of light.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression etc.) as a result of the perception of blue light, light with a wavelength of between 440 and 500nm.</go:definition>
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            <go:definition>The movement of an organism, or part of an organism, in response to a light stimulus, usually toward or away from it.</go:definition>
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            <go:name>response to red light</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression etc.) as a result of the perception of red light, light with a wavelength of between 620 and 700nm.</go:definition>
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            <go:name>response to red/far-red light</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression etc.) as a result of the perception of red light or far red light, light with a wavelength of above 620nm.</go:definition>
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            <go:name>response to high irradiance</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression etc.) as a result of continuous exposure to low levels of far-red light for a prolonged period of time and is not far-red reversible.</go:definition>
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            <go:name>response to low fluence</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression etc.) as a result of exposure to red light pulses followed by darkness, which occurs at red light levels of 0.001 - 0.1 mmol/m2/sec and is red/far-red reversible.</go:definition>
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            <go:name>response to very low fluence</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression etc.) as a result of exposure to short pulses of very low fluence light followed by darkness, which occurs at light levels of &lt;0.001 mmol/m2/sec red light and is not far-red reversible.</go:definition>
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            <go:name>defense response</go:name>
            <go:definition>Reactions, triggered in response to the presence of a foreign body or the occurrence of an injury, which result in restriction of damage to the organism attacked or prevention/recovery from the infection caused by the attack.</go:definition>
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            <go:definition>A cell-mediated response that occurs in immune individuals peaking at 24-48 hours after challenging with the same antigen used in an initial challenge.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of cellular defense response.</go:definition>
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            <go:definition>Events resulting in the formation of a multilayered cellular sheath surrounding an invader and thus preventing its development. This defense mechanism is often seen in insects in response to nematodes or parasitoids, which are too large to be phagocytosed by individual hemocytes. In some organisms the capsule is blackened due to melanization.</go:definition>
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            <go:synonym>negative regulation of antimicrobial humoral response</go:synonym>
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            <go:synonym>acquired immune response</go:synonym>
            <go:synonym>adaptive immune response</go:synonym>
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            <go:name>negative regulation of complement activation, alternative pathway</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of complement activation by the alternative pathway.</go:definition>
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            <go:synonym>nonspecific immune response</go:synonym>
            <go:definition>The innate immune response is the first first line of defense against infection. It can also activate the adaptive immune response via inflammation as a danger signal that something has damaged the host tissue.</go:definition>
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            <go:name>regulation of antiviral response</go:name>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of the antiviral response of a cell or organism.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of antiviral response</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate or extent of antiviral mechanisms, thereby facilitating viral replication.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of antiviral response by host</go:name>
            <go:synonym>negative regulation by host of antiviral response</go:synonym>
            <go:definition>Host processes that result in the inhibition of antiviral immune response mechanisms, thereby facilitating viral replication.</go:definition>
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            <go:name>regulation of antiviral response by host</go:name>
            <go:synonym>host regulation of antiviral response</go:synonym>
            <go:synonym>regulation by host of antiviral response</go:synonym>
            <go:definition>Any host process that modulates the frequency, rate or extent of the antiviral response of a host cell or organism.</go:definition>
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            <go:synonym>viral regulation of antiviral response</go:synonym>
            <go:definition>Any viral process that modulates the frequency, rate or extent of the antiviral response of the host cell or organism.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of deprivation of nourishment.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of symbiont (a symbiont being an organism living with an organism of a different species in close physical association).</go:definition>
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            <go:definition>A change in the state or activity of a cell (in terms of enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the presence of unfolded proteins.</go:definition>
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            <go:synonym>unfolded protein response, activation of signalling protein kinase/endonuclease</go:synonym>
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            <go:name>response to mechanical stimulus</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of the organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of the perception of a mechanical stimulus.</go:definition>
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            <go:definition>The movement of an organism, or part of an organism, such as leaves or tendrils, in response to a touch stimulus, usually toward or away from it.</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) as a result of damage to the organism.</go:definition>
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            <go:definition>The directed movement of a cell or organism in response to an external stimulus.</go:definition>
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            <go:name>energy taxis</go:name>
            <go:synonym>energytaxis</go:synonym>
            <go:definition>The directed movement of a motile cell or organism in response to physical parameters involved in energy generation, such as light, oxygen, and oxidizable substrates.</go:definition>
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            <go:name>taxis to electron acceptor</go:name>
            <go:definition>The movement of a motile cell or organism in response to the presence of an alternative electron acceptor, for example, nitrate.</go:definition>
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            <go:name>thermotaxis</go:name>
            <go:definition>The directed movement of a motile cell or organism in response to a temperature gradient. Movement may be towards either a higher or lower temperature.</go:definition>
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            <go:name>tropism</go:name>
            <go:definition>The movement of an organism, or part of an organism, in response to an external source of stimulus, usually toward or away from it.</go:definition>
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            <go:name>response to stress</go:name>
            <go:definition>A change in state or activity of an organism or cell (in terms of movement, secretion, enzyme production, gene expression, etc.) that occurs in response to stress, usually, but not necessarily exogenous (eg. temperature, humidity, ionizing radiation).</go:definition>
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            <go:definition>A change in state or activity of an organism (in terms of movement, secretion, gene expression, enzyme production, etc.) in response to activation of nociceptors, or nociception. Nociceptors, which are peripheral receptors for pain, include receptors which are sensitive to painful mechanical stimuli, extreme heat or cold, and chemical stimuli. Nociception is the perception of pain.</go:definition>
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            <go:definition>An acute physiological change resulting from activation of nociceptors, or nociception. Nociceptors, which are peripheral receptors for pain, include receptors which are sensitive to painful mechanical stimuli, extreme heat or cold, and chemical stimuli. Nociception is the perception of pain.</go:definition>
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            <go:synonym>citrate secretion</go:synonym>
            <go:definition>The regulated release of citric acid, 2-hydroxy-1,2,3-propanetricarboxylic acid, by a cell or group of cells.</go:definition>
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            <go:synonym>lactate secretion</go:synonym>
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            <go:definition>The regulated release of ecdysteroids, a group of polyhydroxylated ketosteroids which initiate post-embryonic development.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of ecdysteroid secretion.</go:definition>
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            <go:name>negative regulation of ecdysteroid secretion</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the rate of the regulated release of ecdysteroid.</go:definition>
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            <go:name>positive regulation of ecdysteroid secretion</go:name>
            <go:definition>Any process that activates or increases the rate of the regulated release of ecdysteroid.</go:definition>
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            <go:synonym>glycoprotein secretion</go:synonym>
            <go:synonym>protein secretion involved in cell fate commitment</go:synonym>
            <go:definition>The regulated release of proteins from a cell or group of cells.</go:definition>
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            <go:definition>The type II secretion system is a two-step process; type II-secreted proteins first pass across the inner membrane via the sec system of the general secretory pathway; transport across the outer membrane is subsequently mediated by a dedicated secretion apparatus.</go:definition>
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            <go:definition>A bacterial secretion system in which secretion occurs in a continuous process without the distinct presence of periplasmic intermediates; does not involve proteolytic processing of secreted proteins.</go:definition>
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            <go:name>type IV protein secretion system</go:name>
            <go:definition>A bacterial secretion system in which proteins are exported from the cytoplasm via the sec pathway, involving the cleavage of an amino-terminal signal peptide. The information required for transport across the outer membrane resides entirely within the secreted protein.</go:definition>
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            <go:name>type V protein secretion system</go:name>
            <go:synonym>autotransporter system</go:synonym>
            <go:definition>A bacterial secretion system found in Gram-negative bacteria (also known as the autotransporter system) in which the protein moiety mediating export through the outer membrane is contained within the precursor of the secreted protein itself. Such proteins have a tripartite unifying structure: the amino-terminal leader sequence, the secreted mature protein (passenger domain) and a carboxy-terminal (beta-) domain that forms a beta-barrel pore to allow secretion of the passenger protein. Proteins secreted in this way have been implicated as important or putative virulence factors in many Gram-negative pathogens.</go:definition>
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            <go:name>sleep</go:name>
            <go:synonym>diapause</go:synonym>
            <go:synonym>dormancy</go:synonym>
            <go:definition>The processes by which an organism enters and maintains a periodic, readily reversible state of reduced awareness and metabolic activity. Usually accompanied by physical relaxation, the onset of sleep in humans and other mammals is marked by a change in the electrical activity of the brain.</go:definition>
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            <go:name>estivation</go:name>
            <go:definition>The processes by which an organism enters and maintains a period of dormancy, similar to hibernation, but that occurs during the summer. It insulates against heat to prevent the harmful effects of the season.</go:definition>
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            <go:name>hibernation</go:name>
            <go:definition>The processes by which an organism enters and maintains a period of dormancy in which to pass the winter. It is characterized by narcosis and by sharp reduction in body temperature and metabolic activity and by a depression of vital signs.</go:definition>
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            <go:name>stomatal movement</go:name>
            <go:definition>The process of opening or closing of stomata, which is directly related to the stomatal conductance (measuring rate of passage of either water vapor or carbon dioxide (CO2) through stomata).</go:definition>
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            <go:name>regulation of stomatal movement</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of stomatal movement.</go:definition>
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            <go:definition>The processes by which an organism modulates its internal body temperature.</go:definition>
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            <go:name>regulation of biological process</go:name>
            <go:synonym>regulation</go:synonym>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of a biological process. Biological processes are regulated by many means; examples include the control of gene expression, protein modification or interaction with a protein or substrate molecule.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the activity of an enzyme.</go:definition>
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            <go:definition>Any process that modulates the rate or extent of the viral life cycle, the set of processes by which a virus reproduces and spreads among hosts.</go:definition>
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            <go:name>regulation of retroviral genome replication</go:name>
            <go:definition>Any process that modulates the frequency, rate or extent of retroviral genome replication.</go:definition>
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            <go:name>viral life cycle</go:name>
            <go:synonym>viral infection</go:synonym>
            <go:synonym>viral replication cycle</go:synonym>
            <go:definition>A set of processes by which a virus reproduces. Usually, this is by infection of a host cell, replication of the viral genome, and assembly of progeny virus particles. In some cases the viral genetic material may integrate into the host genome and only subsequently, under particular circumstances, 'complete' its life cycle; see viral infectious cycle (GO:0019058) and its children, and lysogeny (GO:0030069).</go:definition>
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            <go:definition>A set of processes which all viruses follow to ensure survival; includes attachment and entry of the virus particle, decoding of genome information, translation of viral mRNA by host ribosomes, genome replication, and assembly and release of viral particles containing the genome.</go:definition>
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            <go:name>virion attachment, binding of host cell surface coreceptor</go:name>
            <go:definition>The process during virion attachment where a virion binds to a host cell surface receptor after an initial binding event has occurred, resulting in the fusion of the virion and host cell membranes and the initiation of viral entry.</go:definition>
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            <go:name>virion attachment, binding of host cell surface receptor</go:name>
            <go:definition>The process during virion attachment where a virion binds to a host cell receptor, resulting in a conformational change of the virus protein.</go:definition>
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            <go:definition>A general term applied to the events that occur after penetration; refers to the 'uncoating' of the viral genome from the nucleocapsid core.</go:definition>
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            <go:definition>The processes involved in the assembly, maturation, egress, and release of progeny virions.</go:definition>
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            <go:definition>The period of virion development during which the capsid components form the immature capsid and encapsulate the viral genome; the capsid often undergoes a number of structural alterations during this period.</go:definition>
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            <go:definition>The assembly and maintenance of the viral scaffold (GO:0046806) around which the viral capsid is constructed.</go:definition>
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            <go:name>viral egress</go:name>
            <go:definition>The process of moving the (often) incomplete virion to the cell surface in order to be released from the cell. Egress can involve travel through the ER or cytoplasm and will often include final maturation stages of the virion, but it occurs entirely within the cell.</go:definition>
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            <go:name>viral particle maturation</go:name>
            <go:definition>The assembly of the component viral parts into an infectious virion.</go:definition>
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            <go:definition>The processes by which a virus is released from a cell.</go:definition>
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            <go:name>lytic viral release</go:name>
            <go:definition>A viral infection and replication that leads to the destruction (lysis) of the infected cell with the release of virions.</go:definition>
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            <go:name>lytic viral budding</go:name>
            <go:definition>A form of viral release in which the viral particles bud out through cellular membranes, resulting in cell lysis. It is also a form of viral envelopment.</go:definition>
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            <go:name>lytic viral exocytosis</go:name>
            <go:definition>The exit of the virion particle from the host cell by exocytosis, resulting in cell lysis.</go:definition>
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            <go:name>non-lytic viral release</go:name>
            <go:definition>The release of virion particles from the cell that does not result in cell lysis.</go:definition>
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            <go:name>non-lytic viral budding</go:name>
            <go:definition>A form of viral release in which the viral particles bud out through cellular membranes without causing cell lysis. It is also a form of viral envelopment.</go:definition>
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            <go:name>retroviral genome replication</go:name>
            <go:definition>Any process involved in the replication of a retroviral genome. Retroviruses use RNA as their nucleic acid and reverse transcriptase to copy their genome into the DNA of the host cells chromosomes.</go:definition>
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            <go:name>viral spread within host</go:name>
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            <go:definition>The process of viral dissemination within an infected host organism where infectious virion particles are passed from infected to uninfected host tissue.</go:definition>
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            <go:name>viral immortalization</go:name>
            <go:definition>A virus-induced cellular transformation arising in immortalized cells, or cells capable of indefinite replication, due to their ability to produce their own telomerase.</go:definition>
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            <go:definition>The transfer of virions in order to create new infection.</go:definition>
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            <go:name>reduction of virulence</go:name>
            <go:definition>Any process that stops, prevents or reduces the severity of viral infection and subsequent disease.</go:definition>
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            <go:name>cellular_component</go:name>
            <go:definition>The part of a cell of which a gene product is a component; for purpose of GO includes the extracellular environment of cells; a gene product may be a component of one or more parts of a cell; this term includes gene products that are parts of macromolecular complexes, by the definition that all members of a complex normally copurify under all except extreme conditions.</go:definition>
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            <go:name>cell</go:name>
            <go:definition>The basic structural and functional unit of all organisms. Includes the plasma membrane and any external encapsulating structures such as the cell wall and cell envelope.</go:definition>
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            <go:name>bud</go:name>
            <go:definition>A daughter cell of an organism that reproduces by budding; formed by pinching off part of the parent cell.</go:definition>
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            <go:name>bud neck</go:name>
            <go:definition>The constriction between the mother cell and daughter cell (bud) in an organism that reproduces by budding.</go:definition>
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            <go:name>contractile ring (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:synonym>cytokinetic ring (sensu Saccharomyces)</go:synonym>
            <go:synonym>neck ring</go:synonym>
            <go:definition>A cytoskeletal structure composed of actin filaments and myosin that forms beneath the plasma membrane at the mother-bud neck after mitosis.</go:definition>
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            <go:name>septin ring (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>Composed of the conserved family of filament forming proteins called septins as well as septin-associated proteins, a septin ring initially forms in unbudded cells at the future site of bud emergence in close apposition to the cytoplasm face of plasma membrane. The ring expands into an hourglass shaped collar as the mother-bud neck develops during bud formation. The septin ring acts as a scaffold for other proteins that function at the bud neck and as a diffusion barrier to prevent the flow of some membrane proteins from the bud into the mother.</go:definition>
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            <go:name>polarisome</go:name>
            <go:definition>Protein complex that helps determine cell polarity, first described in yeast.</go:definition>
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            <go:name>bud tip</go:name>
            <go:definition>The end of a bud distal to the site of attachment to the mother cell.</go:definition>
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            <go:name>cell body</go:name>
            <go:definition>The portion of a cell which includes the nucleus, but excludes all cell processes e. g. axons and dendrites.</go:definition>
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            <go:name>cell fraction</go:name>
            <go:definition>A generic term for parts of cells prepared by disruptive biochemical techniques.</go:definition>
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            <go:name>insoluble fraction</go:name>
            <go:synonym>particle-bound</go:synonym>
            <go:definition>That fraction of cells, prepared by disruptive biochemical methods, that is not soluble in water.</go:definition>
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            <go:definition>That fraction of cells, prepared by disruptive biochemical methods, that includes the plasma and other membranes.</go:definition>
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            <go:name>integral to membrane of membrane fraction</go:name>
            <go:definition>Integral to that fraction of cells, prepared by disruptive biochemical methods, that includes the plasma and other membranes; require detergents, such as Triton X-100, to be released from membranes.</go:definition>
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            <go:name>peripheral to membrane of membrane fraction</go:name>
            <go:definition>Peripheral to that fraction of cells, prepared by disruptive biochemical methods, that includes the plasma and other membranes; can be extracted from membrane fraction with high concentrations of salt or high pH.</go:definition>
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            <go:name>synaptosome</go:name>
            <go:definition>Any of the discrete particles (nerve-ending particles) formed from the clublike presynaptic nerve endings that resist disruption and are snapped or torn off their attachments when brain tissue is homogenized in media isosmotic to plasma.</go:definition>
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            <go:definition>Any of the small, heterogeneous, artifactual, vesicular particles that are formed when some cells are homogenized.</go:definition>
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            <go:name>microsome</go:name>
            <go:definition>Any of the small, heterogeneous, artifactual, vesicular particles, 50-150 nm in diameter, that are formed when some eukaryotic cells are homogenized and that sediment on centrifugation at 100000 g.</go:definition>
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            <go:name>rough microsome</go:name>
            <go:definition>Vesicular particles formed from disrupted endoplasmic reticulum membranes and studded with ribosomes on the outside.</go:definition>
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            <go:definition>Vesicular particles formed from disrupted endoplasmic reticulum and plasma membranes without any adhering ribosomes.</go:definition>
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            <go:name>soluble fraction</go:name>
            <go:synonym>soluble</go:synonym>
            <go:definition>That fraction of cells, prepared by disruptive biochemical methods, that is soluble in water.</go:definition>
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            <go:name>cell projection</go:name>
            <go:definition>A prolongation or process extending from a cell eg. a flagellum or axon.</go:definition>
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            <go:name>axoneme</go:name>
            <go:definition>The bundle of microtubules and associated proteins that forms the core of cilia and flagella in eukaryotic cells and is responsible for their movements.</go:definition>
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            <go:name>axonemal dynein complex</go:name>
            <go:definition>A dynein complex found in eukaryotic cilia and flagella; the motor domain heads interact with adjacent microtubules to generate a sliding force which in converted to a bending motion. May contain two or three dynein heavy chains as well as several light chains.</go:definition>
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            <go:name>axonemal microtubule</go:name>
            <go:definition>A microtubule in the axoneme of a cilium or flagellum; an axoneme contains nine modified doublet microtubules surrounding a pair of single microtubules.</go:definition>
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            <go:name>cilium axoneme</go:name>
            <go:definition>The bundle of microtubules and associated proteins that forms the core of cilia in eukaryotic cells and is responsible for their movements.</go:definition>
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            <go:name>flagellar axoneme</go:name>
            <go:definition>The bundle of microtubules and associated proteins that forms the core of flagellar in eukaryotic cells and is responsible for their movements.</go:definition>
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            <go:name>nexin</go:name>
            <go:definition>A protein complex found in the axoneme of eukaryotic cilia and flagella. It forms interconnections between the microtubule outer doublets that surround the inner central pair of microtubules.</go:definition>
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            <go:name>outer dense fiber</go:name>
            <go:definition>Structure or material found in the flagella of mammalian sperm that surrounds each of the nine microtubule doublets, giving a 9 + 9 + 2 arrangement rather than the 9 + 2 pattern usually seen. These dense fibers are stiff and noncontractile.</go:definition>
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            <go:name>radial spoke</go:name>
            <go:definition>Protein complex that links the outer microtubule doublet of the ciliary or flagellum axoneme with the sheath that surrounds the central pair of microtubules. Composed of a stalk that attaches to each doublet microtubule and a globular structure (spoke head) that projects toward the central pair of microtubules.</go:definition>
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            <go:name>radial spoke stalk</go:name>
            <go:definition>Globular portion of the radial spoke that projects towards the central pair of microtubules.</go:definition>
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            <go:name>radial spokehead</go:name>
            <go:definition>Protein complex forming part of eukaryotic flagellar apparatus.</go:definition>
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            <go:name>basal body</go:name>
            <go:definition>A short cylindrical array of microtubules and associated proteins found at the base of a eukaryotic cilium or flagellum that is similar in structure to a centriole. The basal body serves as a nucleation site for axoneme growth.</go:definition>
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            <go:name>cilium</go:name>
            <go:definition>A specialized eukaryotic locomotor organelle that consists of a filiform extrusion of the cell surface. Each cilium is bounded by an extrusion of the cytoplasmic membrane, and contains a regular longitudinal array of microtubules, anchored basally in a centriole.</go:definition>
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            <go:name>photoreceptor outer segment</go:name>
            <go:definition>The outer segment of a vertebrate photoreceptor that contains discs of photoreceptive membranes.</go:definition>
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            <go:definition>The membrane surrounding the outer segment of a vertebrate photoreceptor.</go:definition>
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            <go:definition>Long whiplike or feathery structures borne either singly or in groups by the motile cells of many bacteria and unicellular eukaryotes and by the motile male gametes of many eukaryotic organisms, which propel the cell through a liquid medium.</go:definition>
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            <go:name>flagellum (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>A 20 nm diameter filament composed of subunits of flagellin driven passively at its base by a motor powered by the transmembrane proton potential.</go:definition>
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            <go:name>flagellar basal body (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>One of the three major substructures of the bacterial flagellum; a structure consisting of a rod, a series of rings, the Mot proteins, the switch complex and the flagellum-specific export apparatus. The rings anchor the flagellum to the cytoplasmic membrane (MS ring), the peptidoglycan (P ring) and the outer membrane (L ring).</go:definition>
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            <go:name>flagellar basal body, C ring (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>Cytoplasmic ring located at the base of the bacterial flagellar basal body; acts as a rotor; includes three switch proteins, which generate torque and can change their conformational state in a bimodal fashion, so that the motor direction can switch between clockwise and counterclockwise.</go:definition>
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            <go:name>flagellar basal body, MS ring (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>GO:0009430</go:synonym>
            <go:synonym>flagellar basal body, mounting plate (sensu Bacteria)</go:synonym>
            <go:definition>One of the rings of the bacterial flagellar basal body; a double-flanged ring that anchors the basal body to the cytoplasmic membrane.</go:definition>
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            <go:name>flagellar basal body, rod (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The central portion of the bacterial flagellar basal body, which spans the periplasm and threads through the rings.</go:definition>
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            <go:name>flagellar basal body, distal rod (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The portion of the central rod of the bacterial flagellar basal body that is distal to the cell membrane; spans most of the distance between the inner and outer membranes.</go:definition>
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            <go:name>flagellar basal body, distal rod, L ring (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>One of the rings of the bacterial flagellar basal body; anchors the basal body to the outer membrane.</go:definition>
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            <go:name>flagellar basal body, distal rod, P ring (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>One of the rings of the bacterial flagellar basal body; anchors the basal body to the peptidoglycan layer.</go:definition>
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            <go:name>flagellar basal body, proximal rod (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The portion of the central rod of the bacterial flagellar basal body that is proximal to the cell membrane; proximal rod connects the distal rod to the flagellar motor.</go:definition>
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            <go:name>flagellar filament (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The long (approximately 20 nm), thin external structure of the bacterial flagellum, which acts as a propeller.</go:definition>
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            <go:name>flagellar filament cap (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The proteinaceous structure at the distal tip of the bacterial flagellar filament.</go:definition>
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            <go:name>flagellar hook (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The portion of the bacterial flagellum that connects the filament to the basal body.</go:definition>
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            <go:name>flagellar hook-filament junction (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The region of the bacterial flagellum where the hook and filament meet.</go:definition>
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            <go:name>flagellum (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:definition>A long, whiplike protrusion from the surface of a eukaryotic cell, whose undulations drive the cell through a liquid medium; similar in structure to a cilium.</go:definition>
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            <go:name>flagellar membrane</go:name>
            <go:definition>Plasma membrane surrounding the flagellum.</go:definition>
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            <go:name>flagellar pocket membrane</go:name>
            <go:definition>That part of the plasma membrane found in the flagellar pocket.</go:definition>
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            <go:name>flagellar pocket</go:name>
            <go:definition>Invagination of the plasma membrane from which a flagellum protrudes.</go:definition>
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            <go:name>neuronal cell projection</go:name>
            <go:synonym>neurite</go:synonym>
            <go:definition>A prolongation or process extending from a nerve cell eg. an axon or dendrite.</go:definition>
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            <go:name>axon</go:name>
            <go:definition>The long process of a neuron that conducts nerve impulses, usually away from the cell body to the terminals which are the site of storage and release of neurotransmitter. Compare dendrite.</go:definition>
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            <go:name>axolemma</go:name>
            <go:definition>The plasma membrane of an axon; it is a specialized trilaminar random mosaic of protein molecules floating within a fluid matrix of highly mobile phospholipid molecules, 7-8 nm in thickness.</go:definition>
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            <go:name>giant axon</go:name>
            <go:definition>Extremely large, unmyelinated axon found in invertebrates. Has high conduction speeds and is usually involved in panic or escape responses.</go:definition>
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            <go:name>dendrite</go:name>
            <go:definition>A freely branching protoplasmic process of a nerve cell that transmits nerve impulses to the body of the cell and that communicates functionally with dendrites or bodies of other nerve cells.</go:definition>
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            <go:name>cell surface</go:name>
            <go:synonym>cell associated</go:synonym>
            <go:synonym>cell bound</go:synonym>
            <go:definition>The external part of the cell wall and/or cell membrane.</go:definition>
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            <go:name>cell surface (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The external part of the plant cell wall and/or plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>longitudinal side of cell surface (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The side of the plant cell parallel to the zygotic axis.</go:definition>
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            <go:name>external side of plasma membrane</go:name>
            <go:synonym>outer surface of cytoplasmic membrane</go:synonym>
            <go:definition>The side of the plasma membrane that is opposite to the side that faces the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:definition>A protective structure surrounding some fungi and bacteria, attached externally to the cell wall and composed primarily of polysaccharides. Capsules play an important role in pathogenicity, preventing phagocytosis by eukaryotic cells.</go:definition>
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            <go:definition>A protective structure surrounding some bacteria attached externally to the cell wall, often, but not always, constructed of polysaccharides. Capsules play an important role in pathogenicity, preventing phagocytosis by eukaryotic cells.</go:definition>
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            <go:definition>A protective structure surrounding some fungi, attached externally to the cell wall and composed primarily of polysaccharides. Capsules play an important role in pathogenicity, preventing phagocytosis by eukaryotic cells.</go:definition>
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            <go:definition>Everything external to the plasma membrane of bacteria. Includes the cell membrane, the periplasm and the cell wall, as well as the outer membrane if one is present.</go:definition>
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            <go:name>cell wall (sensu Gram-negative Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>murein sacculus</go:synonym>
            <go:synonym>peptidoglycan</go:synonym>
            <go:definition>The peptidoglycan layer of the Gram negative cell envelope. In Gram negative cells the peptidoglycan is relatively thin (approximately 2 nm) and is linked to the outer membrane by lipoproteins. In Gram negative cells the peptidoglycan is too thin to retain the primary stain in the Gram staining procedure and therefore cells appear red after Gram stain.</go:definition>
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            <go:name>external outer membrane (sensu Gram-negative Bacteria)</go:name>
            <go:definition>A lipid bilayer that forms the outermost layer of the cell envelope of Gram-negative bacteria; enriched in polysaccharide and protein; the outer leaflet of the membrane contains specific lipopolysaccharide structures.</go:definition>
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            <go:name>integral to external outer membrane (sensu Gram-negative Bacteria)</go:name>
            <go:definition>Penetrating at least one phospholipid bilayer of the external outer membrane, as observed in Gram-negative bacteria. Also refers to the state of being buried in the bilayer with no exposure outside the bilayer.</go:definition>
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            <go:name>periplasmic space (sensu Gram-negative Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The region between the inner (cytoplasmic) membrane and outer membrane of Gram-negative bacteria.</go:definition>
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            <go:name>cell wall (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>envelope (sensu Bacteria)</go:synonym>
            <go:synonym>murein sacculus</go:synonym>
            <go:synonym>peptidoglycan</go:synonym>
            <go:definition>A protective structure outside the cytoplasmic membrane composed of peptidoglycan, a molecule made up of a glycan (sugar) backbone of repetitively alternating N-acetylglucosamine and N-acetylmuramic acid with short, attached, cross-linked peptide chains containing unusual amino acids; also called murein.</go:definition>
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            <go:name>cell wall (sensu Gram-positive Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>murein sacculus</go:synonym>
            <go:synonym>peptidoglycan</go:synonym>
            <go:definition>A layer of peptidoglycan found outside of the cytoplasmic membrane. In Gram positive cells the peptidoglycan is relatively thick (approximately 40 nm) and retains the primary stain of the Gram procedure, thus cells appear blue after Gram stain. Gram positive cell walls often contain teichoic acids (acidic anionic polysaccharides) bound to the peptidoglycan.</go:definition>
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            <go:name>cell wall (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>A rigid yet dynamic structure surrounding the plasma membrane of fungal cells that affords protection from stresses and contributes to cell morphogenesis. Major components of fungal cell walls are glycoproteins and peptidoglycans including mannoproteins, glucans and sometimes chitin. Enzymes involved in cell wall biosynthesis are also found in the cell wall. Note that some forms of fungi develop a capsule outside of the cell wall under certain circumstances; this is considered a separate structure.</go:definition>
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            <go:name>hyphal cell wall</go:name>
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            <go:name>spore wall (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>The specialized cell wall of the ascospore (spore), as described in Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>chitosan layer of spore wall</go:name>
            <go:definition>The second outermost layer of the spore wall, as described in Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>dityrosine layer of spore wall</go:name>
            <go:definition>The outermost layer of the spore wall, as described in Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>inner layer of spore wall</go:name>
            <go:definition>Either of the two innermost layers of the spore wall, as described in Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>yeast-form cell wall</go:name>
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            <go:name>cell wall (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>A more or less rigid membrane enclosing the protoplast of a cell and, in higher plants, composed of cellulose and other organic and inorganic substances.</go:definition>
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            <go:name>primary cell wall</go:name>
            <go:definition>A plant cell wall that is still able to expand, permitting cell growth. Primary cell walls contain more pectin than secondary walls and no lignin is present.</go:definition>
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            <go:name>cellulose microfibril</go:name>
            <go:definition>Cellulose is a straight chain polysaccharide composed of B(14) linked glucose subunits. It is a major component of plant cell walls where it is found as microfibrils laid down in orthogonal layers. Higher plant microfibrils are about 10nm in diameter and extremely long in relation to their width. The cellulose molecules are oriented parallel to the long axis of the microfibril in a paracrystalline array, which provides great tensile strength. The microfibrils are held in place by the wall matrix and their orientation is closely controlled by the protoplast.</go:definition>
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            <go:name>glycoprotein network</go:name>
            <go:synonym>extensin</go:synonym>
            <go:definition>A network of glycoproteins; proteins with covalently attached sugar units, either bonded via the hydroxyl group of serine or threonine (O glycosylated) or through the amino terminal of asparagine (N glycosylated).</go:definition>
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            <go:name>hemicellulose network</go:name>
            <go:definition>Network composed of hemicelluloses; members of a class of plant cell wall polysaccharide that cannot be extracted from the wall by hot water or chelating agents, but can be extracted by aqueous alkali. Includes xylan, glucuronoxylan, arabinoxylan, arabinogalactan II, glucomannan, xyloglucan and galactomannan.</go:definition>
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            <go:name>pectic matrix</go:name>
            <go:definition>The gel-like pectin matrix consists of the interlinked acidic and neutral pectin networks that are further cross-linked by calcium bridges. Pectins consist largely of long chains of mostly galacturonic acid units (typically 1,4 linkages and sometimes methyl esters). Three major pectic polysaccharides (homogalacturonan, rhamnogalacturonan I and rhamnogalacturonan II) are thought to occur in all primary cell walls.</go:definition>
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            <go:name>secondary cell wall</go:name>
            <go:definition>A plant cell wall that is no longer able to expand and so does not permit growth. Secondary cell walls contain less pectin that primary cell walls. The secondary cell is mostly composed of cellulose and is strengthened with lignin.</go:definition>
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            <go:name>Casparian strip</go:name>
            <go:definition>Region of plant cell wall specialised to act as a seal to prevent back leakage of secreted material (analogous to tight junction between epithelial cells). Found particularly where root parenchymal cells secrete solutes into xylem vessels. The barrier is composed of suberin; a fatty substance, containing long chain fatty acids and fatty esters, also found in the cell walls of cork cells (phellem) in higher plants.</go:definition>
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            <go:name>lignin network</go:name>
            <go:definition>A network composed of lignin; a complex polymer of phenylpropanoid subunits, laid down in the walls of plant cells such as xylem vessels and sclerenchyma. It imparts considerable strength to the wall and also protects it against degradation by microorganisms. It is also laid down as a defence reaction against pathogenic attack, as part of the hypersensitive response of plants.</go:definition>
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            <go:name>suberin network</go:name>
            <go:definition>Fatty substance, containing long chain fatty acids and fatty esters, found in the cell walls of cork cells (phellem) in higher plants. Renders the cell wall impervious to water.</go:definition>
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            <go:name>chorion</go:name>
            <go:definition>A protective, noncellular membrane that surrounds the eggs of various animals including insects and fish.</go:definition>
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            <go:name>extracellular matrix (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>Composed of the plant cell wall and middle lamella.</go:definition>
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            <go:name>glycocalyx</go:name>
            <go:definition>The outermost external structures which surround a bacterial cell.</go:definition>
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            <go:name>S-layer</go:name>
            <go:definition>A crystalline protein layer surrounding some bacteria.</go:definition>
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            <go:name>slime layer</go:name>
            <go:definition>A protective structure surrounding some bacteria, usually composed of polysaccharides.</go:definition>
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            <go:name>immature spore</go:name>
            <go:definition>The part of the cell that constitutes an early developmental stage of a spore, a small reproductive body that is highly resistant to desiccation and heat and is capable of growing into a new organism, produced especially by certain bacteria, fungi, algae, and nonflowering plants.</go:definition>
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            <go:name>forespore</go:name>
            <go:definition>Portion of the cell formed during the process of bacterial sporulation that will ultimately become the core of the endospore. An endospore is a type of dormant cell that is resistant to adverse conditions.</go:definition>
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            <go:name>prospore</go:name>
            <go:definition>A spore, of the type seen in some species of fungi and protist, undergoing development, usually consisting of nucleic acid, prospore membrane(s) that encase the nucleic acid, and ultimately a cell wall that covers the membrane(s).</go:definition>
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            <go:name>prospore membrane</go:name>
            <go:definition>The prospore membrane is a double-membraned structure that extends from the cytoplasmic face of the spindle pole bodies to encompass the spindle pole bodies and the four nuclear lobes that are formed during meiosis. It helps isolate the meiotic nuclei from the cytoplasm during spore formation and serves as a foundation for the formation of the spore walls.</go:definition>
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            <go:synonym>protoplasm</go:synonym>
            <go:definition>The living contents of a cell; the matter contained within (but not including) the plasma membrane, usually taken to exclude large vacuoles and masses of secretory or ingested material. In eukaryotes it includes the nucleus and cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>apical part of cell</go:name>
            <go:definition>The apical region of a cell.</go:definition>
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            <go:name>apical complex</go:name>
            <go:definition>Protruding complex at the anterior end of some life cycle stages of all apicomplexan parasites, involved in both the attachment and penetration of the host cell by the parasite.</go:definition>
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            <go:definition>Coiled microtubules within both the polar and basal rings of the apical complex of an apicomplexan parasite.</go:definition>
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            <go:name>microneme</go:name>
            <go:definition>Elongated tubular organelle arranged longitudinally in the apical complex of an apicomplexan parasite.</go:definition>
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            <go:name>polar ring of apical complex</go:name>
            <go:definition>Electron dense ring at the most anterior position of an invasive life cycle stage of an apicomplexan parasite.</go:definition>
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            <go:name>rhoptry</go:name>
            <go:definition>The tubular or sacular organelle of an apical complex.</go:definition>
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            <go:name>subpellicular microtubule</go:name>
            <go:definition>Singlet microtubules that lie underneath the inner membrane complex and emanate from the basal ring of the conoid.</go:definition>
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            <go:definition>The region that lies just beneath the plasma membrane on the apical edge of a cell.</go:definition>
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            <go:name>basal part of cell</go:name>
            <go:definition>The basal region of a cell.</go:definition>
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            <go:name>basal cortex</go:name>
            <go:definition>The region that lies just beneath the plasma membrane on the basal edge of a cell.</go:definition>
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            <go:name>cell cortex</go:name>
            <go:definition>The region of a cell that lies just beneath the plasma membrane and often, but not always, contains a network of actin filaments and associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>cnidocyst</go:name>
            <go:definition>An organelle found in cnidoblast (nematoblast) cells. When matured, these stinging organelles store toxins and can deliver them when the cnidocil (a short extension of the cnidocyst) is stimulated by a prey or another stimulus.</go:definition>
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            <go:name>contractile ring</go:name>
            <go:definition>A cytoskeletal structure composed of actin filaments and myosin that forms beneath the plasma membrane of many cells, including animal cells and yeast cells, in a plane perpendicular to the axis of the spindle; as the ring contracts it pulls the membrane inwards to divide the contents of the cytoplasm in cytokinesis.</go:definition>
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            <go:name>contractile ring (sensu Fungi)</go:name>
            <go:synonym>CAR</go:synonym>
            <go:synonym>contractile actomyosin ring</go:synonym>
            <go:synonym>cytokinetic ring (sensu Fungi)</go:synonym>
            <go:definition>The contractile ring formed by a dividing fungal cell.</go:definition>
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            <go:name>septin ring (sensu Fungi)</go:name>
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            <go:name>cortical cytoskeleton</go:name>
            <go:definition>The portion of the cytoskeleton that lies just beneath the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>cortical actin cytoskeleton</go:name>
            <go:definition>The portion of the actin cytoskeleton that lies just beneath the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>actin cap (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>Polarized accumulation of cytoskeletal proteins (including F-actin) and regulatory proteins in a fungal cell.</go:definition>
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            <go:name>actin cap (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>Polarized accumulation of cytoskeletal proteins (including F-actin) and regulatory proteins, as identified in Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>actin cortical patch (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>Discrete actin-containing structure found at the plasma membrane in fungal cells.</go:definition>
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            <go:name>actin cortical patch (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>Discrete actin-containing structure found at the plasma membrane in fungal cells, as identified in Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>spectrin</go:name>
            <go:definition>Membrane associated dimeric protein (240 and 220 kDa) of erythrocytes. Forms a complex with ankyrin, actin and probably other components of the membrane cytoskeleton, so that there is a mesh of proteins underlying the plasma membrane, potentially restricting the lateral mobility of integral proteins.</go:definition>
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            <go:definition>Arrays of microtubules underlying and connected to the plasma membrane of plant cells, in the cortical cytosol, oriented mainly with their axes transverse to the long axis of the cell(and root). It influences the direction of cellulose microfibril deposition.</go:definition>
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            <go:definition>A complex comprised of DNA wound around a multisubunit core and associated proteins, which forms the primary packing unit of DNA in the cytoplasm into higher order structures.</go:definition>
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            <go:definition>A dispersed and relatively uncompacted form of chromatin.</go:definition>
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            <go:name>nuclear euchromatin</go:name>
            <go:definition>The dispersed less dense form of chromatin in the interphase nucleus. It exists in at least two forms, a some being in the form of transcriptionally active chromatin which is the least condensed, while the rest is inactive euchromatin which is more condensed than active chromatin but less condensed than heterochromatin.</go:definition>
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            <go:definition>A compact and highly condensed form of chromatin.</go:definition>
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            <go:name>nuclear heterochromatin</go:name>
            <go:definition>A condensed form of chromatin, occurring in the nucleus during interphase, that stains strongly with basophilic dyes. The DNA of heterochromatin is typically replicated at a later stage in the cell-division cycle than euchromatin.</go:definition>
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            <go:definition>Heterochromatic regions of the chromosome found at the telomeres.</go:definition>
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            <go:definition>A structure found in a female mammalian cell containing an unpaired X chromosome that has become densely heterochromatic, silenced and localized at the nuclear periphery.</go:definition>
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            <go:definition>A structure found in a male mammalian spermatocyte containing an unpaired X chromosome that has become densely heterochromatic, silenced and localized at the nuclear periphery.</go:definition>
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            <go:definition>A complex comprised of DNA wound around a multisubunit core and associated proteins, which forms the primary packing unit of DNA in the nucleus into higher order structures.</go:definition>
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            <go:definition>The portion of nuclear chromatin associated with the nucleolus; includes the DNA encoding the ribosomal RNA.</go:definition>
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            <go:definition>Any of the tandem arrays of rDNA localized at the periphery of the nucleus and protruding into the nucleolus, and associated proteins. May be visible as a single or double spot by DAPI staining.</go:definition>
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            <go:definition>A multisubunit complex that is located at the pericentric region of a condensed chromosome in the nucleus and provides an attachment point for the spindle microtubules.</go:definition>
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            <go:synonym>DDD complex</go:synonym>
            <go:synonym>Duo1p-Dam1p-Dad1p complex</go:synonym>
            <go:definition>A large protein complex, containing around 8-10 subunits in yeast, including Duo1p, Dam1p, Dad1p and Ask1. Associating with microtubules and kinetochores, the complex plays a role chromosome segregation and spindle stability.</go:definition>
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            <go:definition>The region of a condensed nuclear chromosome kinetochore closest to centromeric DNA; this layer may help define underlying centromeric chromatin structure and position of the kinetochore on the chromosome.</go:definition>
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            <go:definition>The region of a condensed nuclear chromosome kinetochore most external to centromeric DNA; this outer region mediates kinetochore-microtubule interactions.</go:definition>
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            <go:definition>The region of a condensed chromosome kinetochore closest to centromeric DNA; in mammals the CREST antigens (CENP proteins) are found in this layer; this layer may help define underlying centromeric chromatin structure and position of the kinetochore on the chromosome.</go:definition>
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            <go:synonym>telomere</go:synonym>
            <go:definition>The terminal region of a linear chromosome that includes the telomeric DNA repeats and associated proteins.</go:definition>
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            <go:synonym>telomere</go:synonym>
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            <go:definition>A highly compacted molecule of DNA and associated proteins resulting in a cytologically distinct structure that remains in the nucleus.</go:definition>
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            <go:synonym>CCC</go:synonym>
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            <go:definition>A connection formed between chromatids, visible during meiosis, thought to be the point of the interchange involved in crossing-over.</go:definition>
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            <go:definition>A multisubunit protein complex that plays a central role in the condensation of chromosomes that remain in the nucleus.</go:definition>
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            <go:definition>An electron dense structure that is associated with meiotic chromosomes.</go:definition>
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            <go:definition>An electron dense structure that is associated with meiotic chromosomes in leptotene or zygotene during meiosis I.</go:definition>
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            <go:definition>An electron dense structure that is associated with meiotic chromosomes in pachytene during meiosis I.</go:definition>
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            <go:definition>A proteinaceous scaffold found between homologous chromosomes during meiosis.</go:definition>
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            <go:definition>A structural unit of the synaptonemal complex found between the lateral elements.</go:definition>
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            <go:definition>A proteinaceous core found between sister chromatids during meiotic prophase.</go:definition>
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            <go:name>transverse filament</go:name>
            <go:definition>A structural unit of the synaptonemal complex that spans the regions between the lateral elements and connects them.</go:definition>
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            <go:name>condensin complex</go:name>
            <go:definition>A multisubunit protein complex that plays a central role in chromosome condensation.</go:definition>
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            <go:name>condensin core heterodimer</go:name>
            <go:definition>The core heterodimer of a condensin complex, a multisubunit protein complex that plays a central role in chromosome condensation.</go:definition>
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            <go:synonym>cytoplasmic ORC</go:synonym>
            <go:synonym>prokaryotic ORC</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit complex that is located at the replication origins of a chromosome in the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial chromosome</go:name>
            <go:definition>A chromosome found in the mitochondrion of a eukaryotic cell.</go:definition>
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            <go:definition>A chromosome found in the nucleus of a eukaryotic cell.</go:definition>
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            <go:synonym>Go, Ichi, Nii and Sans complex</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit complex that associates with replication origins and is required for the initiation of DNA replication.</go:definition>
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            <go:synonym>eukaryotic ORC</go:synonym>
            <go:synonym>nuclear ORC</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit complex that is located at the replication origins of a chromosome in the nucleus.</go:definition>
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            <go:name>polytene chromosome</go:name>
            <go:definition>A type of chromosome in a polyploid cell, formed when multiple copies of homologous chromosomes are aligned side by side to give a giant chromosome in which distinct chromosome bands are readily visible.</go:definition>
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            <go:synonym>polytene chromosome chromocentre</go:synonym>
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            <go:definition>A thread-like connection joining two regions of ectopically paired polytene chromosomes.</go:definition>
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            <go:definition>A stretch of less tightly packed chromatin along the polytene chromosome, found between bands.</go:definition>
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            <go:name>polytene chromosome puff</go:name>
            <go:definition>A swelling at a site along the length of a polytene chromosome, thought to be the site of active transcription.</go:definition>
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            <go:name>polytene chromosome weak point</go:name>
            <go:synonym>constriction</go:synonym>
            <go:definition>A region of the polytene chromosome where the diameter is considerably decreased, probably resulting from local differences in chromosome organization.</go:definition>
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            <go:name>provirus</go:name>
            <go:definition>The name given to a viral genome after it has been integrated into the host genome; particularly applies to retroviruses and is a required part of the retroviral replication cycle.</go:definition>
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            <go:name>replication fork</go:name>
            <go:definition>The Y-shaped region of a replicating DNA molecule, resulting from the separation of the DNA strands and in which the synthesis of new strands takes place. Also includes associated protein complexes.</go:definition>
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            <go:name>MCM complex</go:name>
            <go:synonym>mini-chromosome maintenance complex</go:synonym>
            <go:definition>A hexameric protein complex required for the initiation and regulation of DNA replication.</go:definition>
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            <go:name>replisome</go:name>
            <go:definition>A multi-component enzymatic machine at the replication fork which mediates DNA replication. Includes DNA primase, one or more DNA polymerases, DNA helicases, and other proteins.</go:definition>
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            <go:name>alpha DNA polymerase:primase complex</go:name>
            <go:synonym>primosome</go:synonym>
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            <go:name>delta DNA polymerase complex</go:name>
            <go:definition>A multimeric enzyme complex, which in humans is a heterotetramer of four subunits of approximately 125, 50, 68 and 12kDa. Also includes the delta DNA polymerase cofactor. Functions in DNA replication, mismatch repair and excision repair.</go:definition>
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            <go:name>delta-DNA polymerase cofactor complex</go:name>
            <go:definition>A complex of proteins that interacts with delta-DNA polymerase, promoting elongation. In humans it is a heteropentamer of subunits of 140/145, 40, 38, 37 and 36.5 kDa, which form a complex with the proliferating cell nuclear antigen (PCNA) in the presence of ATP.</go:definition>
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            <go:name>DNA replication factor A complex</go:name>
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            <go:name>DNA replication factor C complex</go:name>
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            <go:name>epsilon DNA polymerase complex</go:name>
            <go:definition>A nuclear DNA polymerase with proofreading exonuclease activity. High processivity in the absence of PCNA. Also involved in nucleotide excision repair and mismatch repair.</go:definition>
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            <go:name>sex chromosome</go:name>
            <go:definition>A chromosome involved in sex determination.</go:definition>
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            <go:name>W chromosome</go:name>
            <go:definition>The sex chromosome present in females of species in which the female is the heterogametic sex; generally, the sex chromosome that pairs with the Z chromosome in the heterogametic sex. The W chromosome is absent from the cells of males and present in one copy in the somatic cells of females.</go:definition>
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            <go:name>X chromosome</go:name>
            <go:definition>The sex chromosome present in both sexes of species in which the male is the heterogametic sex. Two copies of the X chromosome are present in each somatic cell of females and one copy is present in males.</go:definition>
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            <go:name>Y chromosome</go:name>
            <go:definition>The sex chromosome present in males of species in which the male is the heterogametic sex; generally, the sex chromosome that pairs with the X chromosome in the heterogametic sex. The Y chromosome is absent from the cells of females and present in one copy in the somatic cells of males.</go:definition>
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            <go:definition>The sex chromosome present in both sexes of species in which the female is the heterogametic sex. Two copies of the Z chromosome are present in each somatic cell of males and one copy is present in females.</go:definition>
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            <go:synonym>CDK holoenzyme</go:synonym>
            <go:definition>Cyclin-dependent protein kinases (CDKs) are heterodimeric enzymes that contain a kinase catalytic subunit associated with a regulatory cyclin partner.</go:definition>
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            <go:name>nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex</go:name>
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            <go:definition>Cyclin-dependent protein kinase (CDK) complex found in the nucleus.</go:definition>
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            <go:name>acetyl-CoA carboxylase complex</go:name>
            <go:definition>A enzyme complex which, in E. coli, is heterohexameric and composed of biotin carbonyl carrier protein, biotin carboxylase and the acetate CoA-transferase complex. Catalyses the first step in long-chain fatty acid biosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>acetate CoA-transferase complex</go:name>
            <go:definition>A heterotetrameric enzyme complex made up of two alpha subunits and two beta subunits. Part of the acetyl-CoA carboxylase complex. Catalyzes the transfer of a carboxyl group to form malonyl-CoA.</go:definition>
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            <go:name>biotin carboxylase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes the formation of carboxybiotin-carboxyl-carrier protein from biotin-carboxyl-carrier protein and carbon dioxide (CO2).</go:definition>
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            <go:name>acidocalcisome</go:name>
            <go:definition>An electron-dense acidic organelle which contains a matrix of pyrophosphate and polyphosphates with bound calcium and other cations.</go:definition>
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            <go:name>beta-catenin destruction complex</go:name>
            <go:synonym>beta-catenin degradation complex</go:synonym>
            <go:definition>A cytoplasmic protein complex containing glycogen synthase kinase-3-beta (GSK-3-beta), the adenomatous polyposis coli protein (APC), and the scaffolding protein Axin, among others; phosphorylates beta-catenin, targets it for degradation by the proteasome.</go:definition>
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            <go:name>cell plate</go:name>
            <go:definition>The nascent cell membrane and cell wall structure that forms between two daughter nuclei near the center of a dividing plant cell. It develops at the equitorial region of the phragmoplast. It grows outwards to join with the lateral walls and form two daughter cells.</go:definition>
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            <go:name>citrate lyase complex</go:name>
            <go:definition>Citrate lyase is a multienzyme complex with three constituents: the alpha subunit, citrate-ACP transferase; the beta subunit, citryl-ACP lyase; and the gamma subunit, an acyl-carrier protein which also carries the prosthetic group components. All three subunits are required for citrate lyase enzyme activity.</go:definition>
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            <go:definition>Complex of 3'-5' exoribonucleases found in the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>cytoplasmic mRNA processing body</go:name>
            <go:synonym>P body</go:synonym>
            <go:definition>A focus in the cytoplasm where mRNAs may become inactivated by decapping or some other mechanism. mRNA processing and binding proteins are localized to these foci.</go:definition>
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            <go:definition>A ubiquitin ligase complex found in the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:synonym>SCF complex</go:synonym>
            <go:synonym>Skp1/Cul1/F-box protein complex</go:synonym>
            <go:synonym>cullin complex</go:synonym>
            <go:definition>A protein complex usually consisting of three conserved polypeptides (named Skp1, Cdc53/Cul1, Rbx1/Hrt1 in yeast and mammals) and one variable polypeptide (F-box protein), which is involved in the targeting of proteins for proteasome degradation.</go:definition>
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            <go:synonym>VHL complex</go:synonym>
            <go:synonym>pVHL-elongin C-elongin B complex</go:synonym>
            <go:synonym>von Hippel-Lindau tumor suppressor complex</go:synonym>
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            <go:name>cytoplasmic vesicle</go:name>
            <go:definition>A vesicle found in the cytoplasm of the cell.</go:definition>
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            <go:name>chitosome</go:name>
            <go:definition>An intracellular membrane-bound particle found in fungi and containing chitin synthase; it synthesizes chitin microfibrils. Chitin synthase activity exists in chitosomes and they are proposed to act as a reservoir for regulated transport of chitin synthase enzymes to the division septum.</go:definition>
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            <go:definition>The membrane surrounding a chitosome.</go:definition>
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            <go:name>chromatophore</go:name>
            <go:synonym>chromatophore vesicle</go:synonym>
            <go:definition>A membrane enclosed, pigment-bearing vesicle found in certain photosynthetic bacteria and cyanobacteria, derived from invagination of the cytoplasmic membrane.</go:definition>
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            <go:name>chromatophore membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane of a chromatophore, a pigment-bearing vesicle found in certain photosynthetic bacteria and cyanobacteria.</go:definition>
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            <go:name>coated vesicle</go:name>
            <go:definition>Small membrane-bounded organelle formed by pinching off of a coated region of membrane. Some coats are made of clathrin, whereas others are made from other proteins.</go:definition>
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            <go:name>clathrin-coated vesicle</go:name>
            <go:definition>A vesicle with a coat formed of clathrin connected to the membrane via one of the clathrin adaptor complexes.</go:definition>
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            <go:name>clathrin coated vesicle membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding a clathrin-coated vesicle.</go:definition>
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            <go:name>clathrin-coated endocytic vesicle membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding a clathrin-coated endocytic vesicle.</go:definition>
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            <go:name>clathrin-coated phagocytic vesicle membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding a clathrin-coated phagocytic vesicle.</go:definition>
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            <go:name>trans-Golgi network transport vesicle membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding a vesicle transporting substances between the trans-Golgi network and other parts of the cell.</go:definition>
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            <go:name>clathrin vesicle coat</go:name>
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            <go:definition>An adaptor complex that links clathrin to the membrane surface of a vesicle; vesicles with AP-1-containing coats are normally found primarily in the trans-Golgi network.</go:definition>
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            <go:synonym>clathrin-coated phagosome</go:synonym>
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            <go:definition>Secretory organelles, some 50 nm in diameter, of presynaptic nerve terminals; accumulate high concentrations of neurotransmitters and secrete these into the synaptic cleft by fusion with the 'active zone' of the presynaptic plasma membrane.</go:definition>
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            <go:definition>Penetrating at least one phospholipid bilayer of a synaptic vesicle membrane. Also refers to the state of being buried in the bilayer with no exposure outside the bilayer.</go:definition>
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            <go:name>COPII coated vesicle membrane</go:name>
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            <go:name>ER-Golgi transport vesicle membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding a vesicle transporting substances from the ER to the Golgi.</go:definition>
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            <go:name>COPI-coated vesicle</go:name>
            <go:definition>A vesicle with a coat formed of the COPI coat complex proteins. COPI-coated vesicles are found associated with Golgi membranes at steady state, are involved in Golgi to ER (retrograde) vesicle transport, and possibly also in intra-Golgi transport.</go:definition>
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            <go:name>COPI vesicle coat</go:name>
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            <go:synonym>coatomer</go:synonym>
            <go:definition>One of two multimeric complexes that forms a membrane vesicle coat. The mammalian COPI subunits are called alpha-, beta-, beta'-, gamma-, delta-, epsilon- and zeta-COP. Vesicles with COPI coats are found associated with Golgi membranes at steady state.</go:definition>
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            <go:name>Golgi-ER transport vesicle</go:name>
            <go:definition>A vesicle that mediates transport from the Golgi to the endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:name>inter-Golgi transport vesicle</go:name>
            <go:definition>A vesicle that mediates transport of cargo within the Golgi complex (for example, between cisternae of the Golgi stack).</go:definition>
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            <go:name>COPII-coated vesicle</go:name>
            <go:definition>A vesicle with a coat formed of the COPII coat complex proteins; COPII-coated vesicles are found associated with endoplasmic reticulum (ER) membranes at steady state, and are involved in ER to Golgi (anterograde) vesicle transport.</go:definition>
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            <go:name>COPII vesicle coat</go:name>
            <go:definition>One of two multimeric complexes that forms a membrane vesicle coat. COPII is best characterized in S. cerevisiae, where the subunits are called Sar1p, Sec13p, Sec31p, Sec23p, and Sec24p. Vesicles with COPII coats are found associated with endoplasmic reticulum (ER) membranes at steady state.</go:definition>
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            <go:name>ER-Golgi transport vesicle</go:name>
            <go:definition>A vesicle that mediates transport from the endoplasmic reticulum to the Golgi complex.</go:definition>
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            <go:name>vesicle coat</go:name>
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            <go:definition>The membrane surrounding a cytoplasmic vesicle.</go:definition>
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            <go:name>dense granule membrane (sensu Apicomplexa)</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding a dense granule of the type found in apicomplexan parasites.</go:definition>
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            <go:name>endocytic vesicle membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding an endocytic vesicle.</go:definition>
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            <go:name>phagocytic vesicle membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding a phagocytic vesicle.</go:definition>
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            <go:definition>The membrane surrounding a vesicle associated with the Golgi apparatus.</go:definition>
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            <go:definition>The membrane surrounding a secretory granule.</go:definition>
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            <go:name>chromaffin granule membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane of a chromaffin granule, a specialized secretory vesicle found in the cells of adrenal glands and various other organs, which is concerned with the synthesis, storage, metabolism, and secretion of epinephrine and norepinephrine.</go:definition>
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            <go:name>zymogen granule membrane</go:name>
            <go:definition>The outer membrane of a zymogen granule.</go:definition>
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            <go:definition>The membrane surrounding a transport vesicle.</go:definition>
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            <go:name>dense granule (sensu Apicomplexa)</go:name>
            <go:synonym>dense body</go:synonym>
            <go:definition>Electron-dense organelle with a granular internal matrix found throughout the merozoite life cycle stage of apicomplexan parasites; contains proteins destined to be secreted into the parasitophorous vacuole following parasite invasion of a host cell.</go:definition>
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            <go:name>endocytic vesicle</go:name>
            <go:synonym>endocytotic vesicle</go:synonym>
            <go:definition>A membrane-bounded intracellular vesicle formed by invagination of the plasma membrane around an extracellular substance.</go:definition>
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            <go:name>phagocytic vesicle</go:name>
            <go:synonym>phagosome</go:synonym>
            <go:definition>A membrane-bounded intracellular vesicle that arises from the ingestion of particulate material by phagocytosis.</go:definition>
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            <go:name>GARP complex</go:name>
            <go:synonym>Golgi associated retrograde protein complex</go:synonym>
            <go:synonym>VFT tethering complex</go:synonym>
            <go:synonym>Vps fifty three tethering complex</go:synonym>
            <go:definition>A quatrefoil tethering complex required for retrograde traffic from the early endosome back to the late Golgi and biogenesis of cytoplasmic vesicles.</go:definition>
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            <go:name>Golgi vesicle</go:name>
            <go:definition>Any vesicle associated with the Golgi complex and involved in mediating transport within the Golgi or between the Golgi and other parts of the cell.</go:definition>
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            <go:name>secretory granule</go:name>
            <go:synonym>secretory vesicle</go:synonym>
            <go:definition>A small subcellular vesicle, surrounded by a single-layered membrane, that is formed from the Golgi apparatus and contains a highly concentrated protein destined for secretion. Secretory granules move towards the periphery of the cell, their membranes fuse with the cell membrane, and their protein load is exteriorized. Processing of the contained protein may take place in secretory granules.</go:definition>
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            <go:name>azurophil granule</go:name>
            <go:synonym>primary granule</go:synonym>
            <go:definition>Primary lysosomal granule found in neutrophil granulocytes. Contains a wide range of hydrolytic enzymes and is released into the extracellular fluid.</go:definition>
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            <go:name>chromaffin granule</go:name>
            <go:definition>Specialized secretory vesicle found in the cells of adrenal glands and various other organs, which is concerned with the synthesis, storage, metabolism, and secretion of epinephrine and norepinephrine.</go:definition>
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            <go:name>lamellar body</go:name>
            <go:synonym>Odland body</go:synonym>
            <go:synonym>keratinosome</go:synonym>
            <go:synonym>lamellar granule</go:synonym>
            <go:synonym>membrane-coating granule</go:synonym>
            <go:definition>A membrane bounded organelle, specialized for the storage and secretion various substances (surfactant phospholipids, glycoproteins and acid phosphates) which are arranged in the form of tightly packed, concentric, membrane sheets or lamellae. Has some similar properties to, but is distinct from, a lysosome.</go:definition>
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            <go:name>platelet dense granule</go:name>
            <go:synonym>bull's eye body</go:synonym>
            <go:synonym>platelet dense body</go:synonym>
            <go:definition>Electron-dense granule occurring in blood platelets that stores and secretes adenosine nucleotides and serotonin. Contain a highly condensed core consisting of serotonin, calcium, ATP, ADP, pyrophosphate and membrane lysosomal proteins.</go:definition>
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            <go:name>specific granule</go:name>
            <go:synonym>secondary granule</go:synonym>
            <go:definition>Granule with a membranous, tubular internal structure, found primarily in mature neutrophil cells. Most are released into the extracellular fluid. Specific granules contain lactoferrin, lysozyme, vitamin B12 binding protein and elastase.</go:definition>
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            <go:name>zymogen granule</go:name>
            <go:definition>A membrane-bound, cytoplasmic secretory granule found in enzyme-secreting cells and visible by light microscopy. Contain zymogen, an inactive enzyme precursor, often of a digestive enzyme.</go:definition>
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            <go:name>transport vesicle</go:name>
            <go:synonym>secretory vesicle</go:synonym>
            <go:definition>Any of the vesicles of the constitutive secretory pathway, which carry cargo from the ER to the Golgi, between Golgi cisternae, and to destinations within or outside the cell.</go:definition>
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            <go:name>cytoskeleton</go:name>
            <go:definition>Any of the various filamentous elements within the cytoplasm of eukaryotic cells that remain after treatment of the cells with mild detergent to remove membrane constituents and soluble components of the cytoplasm. The term embraces intermediate filaments, microfilaments, microtubules, and the microtrabecular lattice. The various elements of the cytoskeleton not only serve in the maintenance of cellular shape but also have roles in other cellular functions, including cellular movement, cell division, endocytosis, and movement of organelles.</go:definition>
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            <go:name>actin cytoskeleton</go:name>
            <go:definition>The part of the cytoskeleton (the internal framework of a cell) composed of actin. Includes actin cytoskeleton-associated complexes.</go:definition>
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            <go:definition>A long bundle of actin filaments found in fungal cells.</go:definition>
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            <go:name>actin cable (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:definition>A long bundle of actin filaments found in fungal cells, as identified in Saccharomyces.</go:definition>
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            <go:name>actin filament</go:name>
            <go:synonym>F-actin</go:synonym>
            <go:synonym>microfilament</go:synonym>
            <go:definition>A two-stranded helical polymer of the protein actin. Actin filaments are a major component of the contractile apparatus of skeletal muscle and the microfilaments of the cytoskeleton of eukaryotic cells. The filaments, comprising polymerized globular actin molecules, appear as flexible structures with a diameter of 5-9 nm. They are organized into a variety of linear bundles, two-dimensional networks, and three dimensional gels. In the cytoskeleton they are most highly concentrated in the cortex of the cell just beneath the plasma membrane.</go:definition>
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            <go:definition>The actin part of any complex of actin, myosin, and accessory proteins.</go:definition>
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            <go:name>actomyosin, myosin component</go:name>
            <go:definition>The myosin part of any complex of actin, myosin, and accessory proteins.</go:definition>
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            <go:name>Arp2/3 protein complex</go:name>
            <go:definition>A stable complex of seven subunits, two actin-related proteins, Arp2 and Arp3, and five novel proteins (ARPC1-5). Functions in the nucleation of actin filaments.</go:definition>
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            <go:name>cytoplasmic dynein complex</go:name>
            <go:definition>Any dynein complex that catalyzes movement along a cytoplasmic microtubule; cytoplasmic dynein complexes participates in many transport activities in eukaryotes, such as mRNA localization, intermediate filament transport, nuclear envelope breakdown, apoptosis, transport of centrosomal proteins, mitotic spindle assembly, virus transport, kinetochore functions, and movement of signaling and spindle checkpoint proteins. Subunits associated with the dynein heavy chain mediate association between dynein heavy chain and cargoes,and may include light chains and light intermediate chains.</go:definition>
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            <go:name>dynactin complex</go:name>
            <go:definition>A 20S multiprotein assembly of total mass about 1.2 MDa that activates dynein-based activity in vivo. A large structural component of the complex is an actin-like 40 nm filament composed of actin-related protein, to which other components attach.</go:definition>
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            <go:name>actin capping protein of dynactin complex</go:name>
            <go:definition>A heterodimer consisting of alpha and a beta subunits that binds to and caps the barbed ends of actin filaments, nucleates the polymerization of actin monomers but does not sever actin filaments, and which is a part of the dynactin complex.</go:definition>
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            <go:name>F-actin capping protein complex</go:name>
            <go:definition>A heterodimer consisting of alpha and a beta subunits that binds to and caps the barbed ends of actin filaments, nucleates the polymerization of actin monomers but does not sever actin filaments.</go:definition>
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            <go:definition>A protein complex that functions as a molecular motor; uses the energy of ATP hydrolysis to move actin filaments or to move vesicles or other cargo on fixed actin filaments; has magnesium-ATPase activity and binds actin.</go:definition>
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            <go:name>myosin II</go:name>
            <go:definition>Classical myosin, including the major muscle myosin of vertebrate and invertebrate muscle; consists of two myosin heavy chains, two myosin essential light chains and two myosin regulatory light chains.</go:definition>
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            <go:definition>A filament of myosin found in a muscle cell of any type.</go:definition>
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            <go:name>unconventional myosin</go:name>
            <go:definition>A portmanteau term for myosins other than myosin II.</go:definition>
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            <go:name>myosin I</go:name>
            <go:definition>A low molecular weight form of myosin that does not self assemble and is found in the cytoplasm as a globular monomeric molecule that can associate with membranes and transport membrane vesicles along microfilaments.</go:definition>
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            <go:name>myosin III</go:name>
            <go:definition>A monomeric myosin that serves as a link between the cytoskeleton and the signaling complex involved in phototransduction. Differs from all other myosins in having an N-terminal kinase domain.</go:definition>
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            <go:definition>Bundle of microfilaments and other proteins found in fibroblasts.</go:definition>
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            <go:name>striated muscle thin filament</go:name>
            <go:definition>Filaments formed of actin and associated proteins; attached to Z discs at either end of sarcomeres in myofibrils.</go:definition>
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            <go:name>muscle thin filament tropomyosin</go:name>
            <go:definition>An isoform of tropomyosin found associated with actin and the troponin complex in muscle thin filaments.</go:definition>
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            <go:name>troponin complex</go:name>
            <go:definition>A complex of accessory proteins (typically troponin T, troponin I and troponin C) found associated with actin in muscle thin filaments; involved in calcium regulation of muscle contraction.</go:definition>
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            <go:name>cornified envelope</go:name>
            <go:definition>An insoluble protein structure formed under the plasma membrane of cornifying epithelial cells.</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament cytoskeleton</go:name>
            <go:definition>Cytoskeletal structure made from intermediate filaments, typically organized in the cytosol as an extended system that stretches from the nuclear envelope to the plasma membrane. Some intermediate filaments run parallel to the cell surface, while others traverse the cytosol; together they form an internal framework that helps support the shape and resilience of the cell.</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament</go:name>
            <go:definition>A distinct elongated structure, characteristically 10 nm in diameter, that occurs in the cytoplasm of higher eukaryotic cells. Intermediate filaments form a fibrous system, composed of chemically heterogeneous subunits and involved in mechanically integrating the various components of the cytoplasmic space. Intermediate filaments may be divided into five chemically distinct classes: keratin filaments of mammalian epithelial cells; desmin filaments found in cells of muscles of all types; vimentin filaments found in mesenchymal cells; neurofilaments of neurons; and glial filaments found in all types of glial cells.</go:definition>
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            <go:name>keratin filament</go:name>
            <go:definition>A filament composed of acidic and basic keratins (types I and II), typically expressed in epithelial cells. The keratins are the most diverse classes of IF proteins, with a large number of keratin isoforms being expressed. Each type of epithelium always expresses a characteristic combination of type I and type II keratins.</go:definition>
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            <go:name>lamin filament</go:name>
            <go:synonym>type V intermediate filament</go:synonym>
            <go:definition>Any of a group of intermediate-filament proteins that form the fibrous matrix on the inner surface of the nuclear envelope. They are classified as lamins A, B and C.</go:definition>
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            <go:name>neurofilament</go:name>
            <go:synonym>type IV intermediate filament</go:synonym>
            <go:definition>A type of intermediate filament found in the core of neuronal axons. Neurofilaments are heteropolymers composed of three type IV polypeptides: NF-L, NF-M, and NF-H (for low, middle, and high molecular weight). Neurofilaments are responsible for the radial growth of an axon and determine axonal diameter.</go:definition>
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            <go:name>type III intermediate filament</go:name>
            <go:definition>A type of intermediate filament, typically made up of one or more of the proteins vimentin, desmin, glial fibrillary acidic protein (GFAP), and peripherin. Unlike the keratins, the type III proteins can form both homo- and heteropolymeric IF filaments.</go:definition>
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            <go:name>microtubule cytoskeleton</go:name>
            <go:definition>The part of the cytoskeleton (the internal framework of a cell) composed of microtubules.</go:definition>
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            <go:name>microtubule</go:name>
            <go:definition>Any of the long, generally straight, hollow tubes of internal diameter 12-15 nm and external diameter 24 nm found in a wide variety of eukaryotic cells; each consists (usually) of 13 protofilaments of polymeric tubulin, staggered in such a manner that the tubulin monomers are arranged in a helical pattern on the microtubular surface, and with the alpha/beta axes of the tubulin subunits parallel to the long axis of the tubule; exist in equilibrium with pool of tubulin monomers and can be rapidly assembled or disassembled in response to physiological stimuli; concerned with force generation, eg. in the spindle.</go:definition>
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            <go:synonym>non-spindle-associated astral microtubule</go:synonym>
            <go:definition>Any microtubule in the cytoplasm of a cell.</go:definition>
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            <go:name>spindle microtubule</go:name>
            <go:definition>Any microtubule that is part of a mitotic or meiotic spindle; anchored at one spindle pole.</go:definition>
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            <go:definition>Any of the spindle microtubules that radiate in all directions from the spindle poles and are thought to contribute to the forces that separate the poles and position them in relation to the rest of the cell.</go:definition>
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            <go:name>kinetochore microtubule</go:name>
            <go:definition>Any of the spindle microtubules that attach to the kinetochores of chromosomes and maneuver the chromosomes during mitotic or meiotic chromosome segregation.</go:definition>
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            <go:name>polar microtubule</go:name>
            <go:definition>Any of the spindle microtubules that overlap at the midline of the spindle and are responsible for pushing the poles of the spindle apart.</go:definition>
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            <go:definition>A heterodimer of tubulins alpha and beta that constitutes the protomer for microtubule assembly.</go:definition>
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            <go:definition>Any multimeric complex connected to a microtubule.</go:definition>
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            <go:definition>Any of several large complexes that contain two or three dynein heavy chains and several light chains, and have microtubule motor activity.</go:definition>
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            <go:name>kinesin complex</go:name>
            <go:definition>Any complex that includes a dimer of molecules from the kinesin superfamily, a group of related proteins that contain an extended region of predicted alpha-helical coiled coil in the main chain that likely produces dimerization. The native complexes of several kinesin family members have also been shown to contain additional peptides, often designated light chains as all of the noncatalytic subunits that are currently known are smaller than the chain that contains the motor unit. Kinesin complexes generally possess a force-generating enzymatic activity, or motor, which converts the free energy of the gamma phosphate bond of ATP into mechanical work.</go:definition>
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            <go:name>kinesin I complex</go:name>
            <go:definition>A complex of two kinesin heavy chains and two kinesin light chains.</go:definition>
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            <go:name>kinesin II complex</go:name>
            <go:definition>A complex consisting of two distinct motor subunits that form a heterodimer complexed with a third non-motor accessory subunit, the kinesin associated protein or KAP; the KIF3 heterodimer interacts via its C-terminal portion with KAP, which is thought to regulate the binding of the motor to cargo membranes.</go:definition>
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            <go:name>spindle</go:name>
            <go:definition>The array of microtubules and associated molecules that forms between opposite poles of a eukaryotic cell during mitosis or meiosis and serves to move the duplicated chromosomes apart.</go:definition>
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            <go:name>aster</go:name>
            <go:definition>An array of microtubules emanating from a spindle pole MTOC that do not connect to kinetochores.</go:definition>
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            <go:name>spindle pole</go:name>
            <go:definition>Either of the ends of a spindle, where spindle microtubules are organized; usually contains a microtubule organizing center and accessory molecules, spindle microtubules and astral microtubules.</go:definition>
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            <go:name>centrosome</go:name>
            <go:definition>A structure comprised of a pair of centrioles and peri-centriolar material from which a microtubule spindle apparatus is organized. Centrosomes occur close to the nucleus during interphase in many eukaryotic cells, though in animal cells it changes continually during the cell-division cycle.</go:definition>
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            <go:name>centriole</go:name>
            <go:definition>A cellular organelle, found close to the nucleus in many eukaryotic cells, consisting of a small cylinder with microtubular walls, 300-500 nm long and 150-250 nm in diameter. It contains nine short, parallel, peripheral microtubular fibrils, each fibril consisting of one complete microtubule fused to two incomplete microtubules. Cells usually have two centrioles, lying at right angles to each other. At division, each pair of centrioles generates another pair and the twin pairs form the pole of the mitotic spindle.</go:definition>
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            <go:name>katanin</go:name>
            <go:definition>A complex possessing an activity that couples ATP hydrolysis to the severing of microtubules; usually a heterodimer comprising a catalytic subunit (often 60kDa) and a regulatory subunit (often 80 kDa).</go:definition>
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            <go:name>pericentriolar material</go:name>
            <go:definition>A network of small fibers that surrounds the centrioles in cells; contains the microtubule nucleating activity of the centrosome.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin ring complex</go:name>
            <go:synonym>gammaTuRC</go:synonym>
            <go:definition>A multiprotein complex composed of gamma-tubulin other non-tubulin proteins that forms a flexible open ring structure thought to be the unit of nucleation at the minus end of a microtubule.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin ring complex, centrosomal</go:name>
            <go:definition>A centrosome-localized multiprotein complex composed of gamma-tubulin and other non-tubulin proteins assembled into a ring structure that is thought to be the unit of nucleation at the minus end of a microtubule. Gamma-tubulin small complexes are thought to be the core repeating units of the ring.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin ring complex, centrosomal (sensu Animalia)</go:name>
            <go:definition>A multiprotein complex that composed of approximately 10-14 gamma-tubulin molecules and at least six other non-tubulin proteins assembled into a flexible open ring structure, which in animal cells has a diameter of around 25nm. It is thought to be the unit of nucleation at the minus end of a microtubule.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin large complex (sensu Animalia)</go:name>
            <go:definition>A complex thought to be formed by multimerization of gamma-tubulin small complexes in animal cells.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin small complex (sensu Animalia)</go:name>
            <go:definition>A complex usually comprising two gamma-tubulin molecules, at least two conserved non-tubulin proteins that multimerize along with additional non-tubulin proteins in animal cells into larger functional complexes. Gamma-tubulin small complexes are thought to be the repeating unit making up the core of the gamma-tubulin ring complex.</go:definition>
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            <go:name>spindle pole body</go:name>
            <go:definition>The microtubule organizing center in fungi; functionally homologous to the animal cell centrosome.</go:definition>
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            <go:name>central plaque of spindle pole body</go:name>
            <go:definition>One of three laminate structures that form the spindle pole body; the central plaque is embedded in the nuclear envelope.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin complex (sensu Saccharomyces)</go:name>
            <go:synonym>Tub4 complex</go:synonym>
            <go:definition>A complex composed of two gamma-tubulin molecules and conserved non-tubulin proteins isolated by fractionation from cells. The complex, approximately 6S-9S, is analogous to the small complex in animal cells but contains fewer subunits, and is not thought to multimerize into larger functional units, like complexes in those organisms.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin large complex (sensu Schizosaccharomyces)</go:name>
            <go:definition>A multiprotein complex composed of gamma-tubulin and other conserved non-tubulin proteins. Complex size is heterogenous but is around 2000kDa (or greater than 20S) and is comparable to the vertebrate gamma-tubulin large complex.</go:definition>
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            <go:name>half bridge of spindle pole body</go:name>
            <go:definition>Structure adjacent to the plaques of the spindle pole body.</go:definition>
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            <go:name>inner plaque of spindle pole body</go:name>
            <go:definition>One of three laminate structures that form the spindle pole body; the inner plaque is in the nucleus.</go:definition>
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            <go:name>intermediate layer of spindle pole body</go:name>
            <go:definition>Structure between the central and outer plaques of the spindle pole body.</go:definition>
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            <go:name>outer plaque of spindle pole body</go:name>
            <go:definition>One of three laminate structures that form the spindle pole body; the outer plaque is in the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>pellicle</go:name>
            <go:definition>The cell membrane with its associated infrastructure of microtubules, microfilaments and other organelles.</go:definition>
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            <go:name>subpellicular network</go:name>
            <go:definition>A mechanically stable cytoskeletal structure associated with the cytoplasmic face of the pellicle and surrounding the microtubule-based cytoskeleton.</go:definition>
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            <go:name>cytosol</go:name>
            <go:definition>That part of the cytoplasm that does not contain membranous or particulate subcellular components.</go:definition>
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            <go:name>6-phosphofructokinase complex</go:name>
            <go:definition>A allosteric homotetrameric molecule with glycolytic activity.</go:definition>
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            <go:name>chaperonin ATPase complex</go:name>
            <go:definition>Multisubunit protein complex with 2x7 (Type I, in most cells) or 2x8 (Type II, in Archaea) ATP-binding sites involved in maintaining an unfolded polypeptide structure before folding or to entry into mitochondria and chloroplasts.</go:definition>
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            <go:name>chaperonin-containing T-complex</go:name>
            <go:synonym>CCT particle</go:synonym>
            <go:synonym>TriC</go:synonym>
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            <go:name>cytosolic DNA-directed RNA polymerase (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The eubacterial DNA-directed RNA polymerase is a multisubunit complex with a core composed of the essential subunits beta-prime, beta, and two copies of alpha and a fifth nonessential subunit called omega. An additional subunit, a sigma factor, is required for promoter recognition and specificity.</go:definition>
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            <go:name>cytosolic ribosome (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>70S ribosome</go:synonym>
            <go:definition>The ribosome of a bacterial cell; the bacterial ribosome (70S) comprises a large (50S) subunit and a small (30S) subunit.</go:definition>
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            <go:name>cytosolic large ribosomal subunit (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>50S ribosomal subunit</go:synonym>
            <go:synonym>GO:0030498</go:synonym>
            <go:synonym>prokaryotic large ribosomal subunit</go:synonym>
            <go:definition>The large subunit of a prokaryotic ribosome; has a sedimentation coefficient of 50S.</go:definition>
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                <go:reference>TIGR00731 ribosomal 5S rRNA E-loop binding protein Ctc/L25/TL5</go:reference>
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            <go:name>cytosolic small ribosomal subunit (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>30S ribosomal subunit</go:synonym>
            <go:synonym>GO:0030499</go:synonym>
            <go:synonym>prokaryotic small ribosomal subunit</go:synonym>
            <go:definition>The small subunit of a prokaryotic ribosome; has a sedimentation coefficient of 30S.</go:definition>
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            <go:name>cytosolic ribosome (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>80S ribosome</go:synonym>
            <go:definition>A ribosome found in the cytosol; this term can also be used to refer to ribosomes associated with the endoplasmic reticulum in eukaryotic cells.</go:definition>
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            <go:name>cytosolic large ribosomal subunit (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>60S ribosomal subunit</go:synonym>
            <go:synonym>cytosolic large ribosomal subunit</go:synonym>
            <go:definition>The large subunit of a eukaryotic cytosolic ribosome; has a sedimentation coefficient of 60S.</go:definition>
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            <go:name>cytosolic small ribosomal subunit (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>40S ribosomal subunit</go:synonym>
            <go:synonym>cytosolic small ribosomal subunit</go:synonym>
            <go:definition>The small subunit of a eukaryotic cytosolic ribosome; has a sedimentation coefficient of 40S.</go:definition>
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            <go:name>fatty-acid synthase complex</go:name>
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            <go:name>fatty acid elongase complex</go:name>
            <go:definition>A tetrameric complex of four different subunits which catalyzes the elongation of fatty acids chains 2 carbon units at a time in the synthesis of very long chain fatty acids.</go:definition>
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            <go:name>fatty-acyl-CoA synthase complex</go:name>
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            <go:name>hemoglobin complex</go:name>
            <go:synonym>haemoglobin complex</go:synonym>
            <go:definition>An iron-containing, oxygen carrying complex. In vertebrates it is made up of two pairs of associated globin polypeptide chains, each chain carrying a noncovalently bound heme prosthetic group.</go:definition>
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                <go:reference>IPR002336</go:reference>
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            <go:name>IkappaB kinase complex</go:name>
            <go:definition>A protein serine/threonine kinase that phosphorylates IkappaB, thereby targeting this for proteasomal degradation and allowing the nuclear translocation of kB. Composed of alpha, beta and gamma subunits, the latter not having kinase activity but presumed to play a regulatory role.</go:definition>
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            <go:name>phosphoinositide 3-kinase complex</go:name>
            <go:synonym>1-phosphatidylinositol 3-kinase complex</go:synonym>
            <go:synonym>PI3K complex</go:synonym>
            <go:definition>A complex containing a heterodimer of a catalytic subunit and a regulatory (adaptor) subunit of any phosphoinositide 3-kinase (PI3K).</go:definition>
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            <go:name>phosphoinositide 3-kinase complex, class IA</go:name>
            <go:synonym>class IA PI3K complex</go:synonym>
            <go:definition>A complex containing a heterodimer of a catalytic Class IA phosphoinositide 3-kinase (PI3K) subunit bound to a SH2 domain-containing regulatory (adaptor) subunit. Class I PI3Ks phosphorylate phosphatidylinositol [PI], phosphatidylinositol-4-phosphate [PI(4)P] and phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate [PI(4,5)P2], and are divided into subclassses A and B according to the type of adaptor subunit with which they associate. Through the interaction with the SH2-containing adaptor subunits, Class IA PI3K catalytic subunits are linked to tyrosine kinase signaling pathways.</go:definition>
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            <go:name>phosphoinositide 3-kinase complex, class IB</go:name>
            <go:synonym>class IB PI3K complex</go:synonym>
            <go:definition>A complex containing a heterodimer of a catalytic Class IB phosphoinositide 3-kinase (PI3K) subunit bound to a regulatory (adaptor) subunit. Class I PI3Ks phosphorylate phosphatidylinositol [PI], phosphatidylinositol-4-phosphate [PI(4)P] and phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate [PI(4,5)P2] and are divided into subclasses A and B according to the type of adaptor subunit with which they associate. Class IB PI3Ks are stimulated by G-proteins and do not interact with the SH2-domain containing adaptors that bind to Class IA PI3Ks.</go:definition>
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            <go:name>phosphoinositide 3-kinase complex, class III</go:name>
            <go:synonym>class III PI3K complex</go:synonym>
            <go:definition>A complex containing a heterodimer of a catalytic Class III phosphoinositide 3-kinase (PI3K) subunit bound to a regulatory (adaptor) subunit. Class III PI3Ks have a substrate specificity restricted to phosphatidylinositol (PI).</go:definition>
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            <go:name>phosphopyruvate hydratase complex</go:name>
            <go:synonym>enolase complex</go:synonym>
            <go:definition>A multimeric enzyme complex, usually a dimer or an octomer, that catalyzes the conversion of 2-phospho-D-glycerate to phosphoenolpyruvate and water.</go:definition>
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            <go:name>prefoldin complex</go:name>
            <go:synonym>GIM complex</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit chaperone that acts to delivers unfolded proteins to cytosolic chaperonin. In humans, the complex is a heterohexamer of two PFD-alpha and four PFD-beta type subunits.</go:definition>
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            <go:name>proteasome activator complex</go:name>
            <go:synonym>PA28</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit complex that activates the hydrolysis of small nonubiquitinated peptides by binding to the proteasome core complex.</go:definition>
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            <go:name>proteasome complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>26S proteasome</go:synonym>
            <go:definition>A large multisubunit complex which catalyzes protein degradation, as seen in eukaryotes. This complex consists of the barrel shaped proteasome core complex and the regulatory particle that caps the proteasome core complex.</go:definition>
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            <go:name>proteasome core complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>20S core complex</go:synonym>
            <go:synonym>macropain</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit barrel shaped endoprotease complex as seen in eukaryotes, which is the core of the proteasome complex. This complex is involved in the proteolysis of substrates in an ATP dependent manner and consists of four 'rings', two outer and two inner, each containing seven subunits.</go:definition>
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            <go:name>proteasome core complex, alpha-subunit complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:definition>Refers to the subunits that constitute the outer rings of the proteasome core complex, as seen in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>proteasome core complex, beta-subunit complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:definition>Refers to the subunits that constitute the inner rings of the proteasome core complex as seen in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>proteasome regulatory particle (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>19S regulatory particle</go:synonym>
            <go:synonym>PA700 proteasome activator</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit complex, as seen in eukaryotes, which caps one or both ends of the proteasome core complex. This complex recognizes, unfolds ubiquitinated proteins and translocates them to the proteasome core complex in an ATP dependent manner.</go:definition>
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            <go:name>proteasome regulatory particle, base subcomplex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:definition>Refers to the subunits of the regulatory particle that directly associates with the proteasome core complex, as seen in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:definition>Refers to the subunits of the regulatory particle that forms the peripheral lid, as seen in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>proteasome regulatory particle (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>A multisubunit complex as seen in bacteria, that recognizes, unfolds ubiquitinated proteins and translocates them to the core complex in an ATP dependent manner.</go:definition>
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            <go:name>DNA polymerase V complex</go:name>
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            <go:name>zeta DNA polymerase complex</go:name>
            <go:definition>A low fidelity DNA-directed DNA polymerase that functions during replication, to promote the extension of forks whose progression is stopped for any reason; a non-processive enzyme with no 3'-5' exonuclease activity; possesses deoxycytidyl transferase activity, incorporating deoxycytidyl opposite abasic sites. Functions during DNA repair and mutagenesis. Composed of two subunits.</go:definition>
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            <go:name>DNA topoisomerase IV complex</go:name>
            <go:definition>A heterodimeric enzyme, which in most bacterial species is composed of two subunits, PARC and PARE. Functions in chromosome segregation and can relax supercoiled DNA.</go:definition>
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            <go:name>dystrophin-associated glycoprotein complex</go:name>
            <go:definition>A multiprotein complex that forms the critical link between the cytoskeleton and extracellular matrix; typical of, but not confined, to muscle cells. The constituents of the complex are somewhat tissue specific. The rod-like dystrophin forms a link between the actin cytoskeleton and the plasma membrane; links between dystrophin and the extracellular matrix are provided by the sarcoglycan complex.</go:definition>
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            <go:name>dystrobrevin complex</go:name>
            <go:definition>A complex of alpha- and beta-dystrobrevin.</go:definition>
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            <go:name>dystroglycan complex</go:name>
            <go:definition>Includes alpha- and beta-dystroglycan; alternative products of the same gene; the laminin-binding component of the dystrophin-associated glycoprotein complex, providing a link between the subsarcolemmal cytoskeleton (in muscle cells) and the extracellular matrix. alpha-dystroglycan is an extracellular protein binding to alpha-laminin and to beta-dystroglycan; beta-dystroglycan is a transmembrane protein which binds alpha-dystroglycan and dystrophin.</go:definition>
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            <go:name>laminin-2</go:name>
            <go:definition>Laminins are glycoproteins that are major constituents of the basement membrane of cells. Laminins are trimeric molecules; laminin-2 is an alpha-2, beta-1 gamma-1 trimer.</go:definition>
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            <go:name>sarcoglycan complex</go:name>
            <go:definition>Formed of five N-glycosylated sarcoglycans: alpha-, beta-, gamma-, delta-, and epsilon sarcoglycan, single-pass transmembrane proteins that form a complex which is fixed to the dystrophin axis by a lateral association with the dystroglycan complex.</go:definition>
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            <go:name>syntrophin complex</go:name>
            <go:definition>Includes alpha-, beta1-, beta2-syntrophins and syntrophin-like proteins; the syntrophin complex binds to the second half of the carboxy-terminal domain of dystrophin; also associates with neuronal nitric oxide synthase.</go:definition>
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            <go:name>electron transfer flavoprotein complex</go:name>
            <go:definition>A protein complex containing flavin adenine dinucleotide (FAD) and acyl-CoA dehydrogenase, which form a system that oxidizes an acyl-CoA molecule and reduces ubiquinone and other acceptors in the mitochondrial electron transport system.</go:definition>
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            <go:name>electron transfer flavoprotein complex (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>A protein complex containing flavin adenine dinucleotide (FAD) that, together with an acyl-CoA dehydrogenase, forms a system that oxidizes an acyl-CoA molecule and reduces ubiquinone and other acceptors.</go:definition>
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            <go:name>electron transfer flavoprotein complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:definition>A protein complex found in eukaryotes containing flavin adenine dinucleotide (FAD) that, together with an acyl-CoA dehydrogenase, forms a system that oxidizes an acyl-CoA molecule and reduces ubiquinone and other acceptors in the mitochondrial electron transport system.</go:definition>
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            <go:name>endoplasmic reticulum</go:name>
            <go:synonym>ER</go:synonym>
            <go:definition>The irregular network of unit membranes, visible only by electron microscopy, that occurs in the cytoplasm of many eukaryotic cells. The membranes form a complex meshwork of tubular channels, which are often expanded into slitlike cavities called cisternae. The ER takes two forms, rough (or granular), with ribosomes adhering to the outer surface, and smooth (with no ribosomes attached).</go:definition>
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            <go:name>extrinsic to endoplasmic reticulum membrane</go:name>
            <go:definition>Loosely bound, by ionic or covalent forces, to one or other surface of the endoplasmic reticulum membrane, but not integrated into the hydrophobic region.</go:definition>
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            <go:name>GPI-anchor transamidase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme complex which in humans and yeast consists of at least five proteins eg. in humans GAA1, GPI8, PIG-S, PIG-U, and PIG-T. Catalyzes the posttranslational attachment of the carboxyl-terminus of a precursor protein to a GPI-anchor.</go:definition>
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            <go:name>integral to endoplasmic reticulum membrane</go:name>
            <go:synonym>ER integral membrane protein</go:synonym>
            <go:definition>Penetrating at least one phospholipid bilayer of an endoplasmic reticulum membrane. Also refers to the state of being buried in the bilayer with no exposure outside the bilayer.</go:definition>
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            <go:name>oligosaccharyl transferase complex</go:name>
            <go:synonym>OST complex</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit protein complex in the ER membrane of eukaryotes that transfers lipid-linked oligosaccharide precursor to asparagine residues on nascent proteins; includes at least nine different subunits, at least in yeast.</go:definition>
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            <go:name>rough endoplasmic reticulum membrane</go:name>
            <go:definition>The lipid bilayer surrounding the rough endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:name>signal recognition particle receptor complex</go:name>
            <go:synonym>docking protein complex</go:synonym>
            <go:definition>A transmembrane heterodimeric protein located in the membrane of the rough endoplasmic reticulum. Both subunits contain GTPase domains with which signal recognition particle interacts. In the presence of GTP and SRP receptor, SRP is released from the ribosome-nascent chain complex.</go:definition>
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            <go:name>translocon</go:name>
            <go:synonym>sec61 complex</go:synonym>
            <go:definition>A translocation complex that constitutes the specific site of protein translocation across the endoplasmic reticulum, which involves the signal recognition particle receptor. Composed of a heterotetramer of alpha, beta, gamma and delta subunits (translocon-associated proteins or TRAPs).</go:definition>
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            <go:name>serine C-palmitoyltransferase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes the transfer of a palmitoyl on to serine, forming 3-dehydro-D-sphinganine.</go:definition>
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            <go:name>smooth endoplasmic reticulum membrane</go:name>
            <go:definition>The lipid bilayer surrounding the smooth endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:name>MHC class I peptide loading complex</go:name>
            <go:definition>A large, multisubunit complex which consists of the MHC class I-beta 2 microglobulin dimer, the transporter associated with antigen presentation (TAP), tapasin (an MHC-encoded membrane protein), the chaperone calreticulin and the thiol oxidoreductase ERp57. Functions in the assembly of peptides with newly synthesized MHC class I molecules.</go:definition>
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            <go:name>TAP complex</go:name>
            <go:synonym>transporter associated with antigen presentation</go:synonym>
            <go:definition>A heterodimer composed of the subunits TAP1 and TAP2 (transporter associated with antigen presentation). Functions in the transport of antigenic peptides from the cytosol to the lumen of the endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:name>plasmodesmatal endoplasmic reticulum</go:name>
            <go:definition>Endoplasmic reticulum found in plasmodesmata, junctions connecting the cytoplasm of adjacent plant cells.</go:definition>
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            <go:name>rough endoplasmic reticulum</go:name>
            <go:definition>The rough (or granular) ER has ribosomes adhering to the outer surface; the ribosomes are the site of translation of the mRNA for those proteins which are either to be retained within the cisternae (ER-resident proteins), the proteins of the lysosomes, or the proteins destined for export from the cell. Glycoproteins undergo their initial glycosylation within the cisternae.</go:definition>
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            <go:name>sarcoplasmic reticulum</go:name>
            <go:synonym>GO:0008221</go:synonym>
            <go:definition>A fine reticular network of membrane-limited elements that pervades the sarcoplasm (GO:0016528) of a muscle fiber; continuous over large portions of the cell and with the nuclear envelope (GO:0005635); an endoplasmic reticulum (GO:0005783) specialized for the sequestration of calcium ions.</go:definition>
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            <go:name>signal peptidase complex</go:name>
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            <go:name>smooth endoplasmic reticulum</go:name>
            <go:definition>The smooth ER has with no ribosomes attached to it. The smooth is the recipient of the proteins synthesized in the rough ER. Those proteins to be exported are passed to the Golgi complex, the resident proteins are returned to the rough ER and the lysosomal proteins after phosphorylation of their mannose residues are passed to the lysosomes. Glycosylation of the glycoproteins also continues. The smooth ER is the site of synthesis of lipids, including the phospholipids. The membranes of the smooth ER also contain enzymes that catalyze a series of reactions to detoxify both lipid-soluble drugs and harmful products of metabolism. Large quantities of certain compounds such as phenobarbital cause an increase in the amount of the smooth ER.</go:definition>
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            <go:name>endosome</go:name>
            <go:definition>A membrane-bound organelle that carries materials newly ingested by endocytosis. It passes many of the materials to lysosomes for degradation.</go:definition>
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            <go:name>early endosome</go:name>
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            <go:name>endosome membrane</go:name>
            <go:definition>The lipid bilayer surrounding an endosome.</go:definition>
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            <go:name>external side of endosome membrane</go:name>
            <go:definition>The external (cytoplasmic face) of an endosome membrane.</go:definition>
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            <go:name>late endosome</go:name>
            <go:synonym>prevacuolar compartment</go:synonym>
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            <go:name>ER body</go:name>
            <go:definition>A novel compartment found in plant cells that is derived from the ER. The structures have a characteristic shape and size (10 mm long and 0.5 mm wide) and are surrounded with ribosomes. They have been found in Arabidopsis thaliana and related Brassicaceae species.</go:definition>
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            <go:name>ER-Golgi intermediate compartment</go:name>
            <go:synonym>ERGIC</go:synonym>
            <go:definition>A body found in cells where the ER is located several micrometers from the Golgi complex, formed from COP II coated vesicles that fuse with each other shortly after their formation.</go:definition>
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            <go:name>eukaryotic 43S preinitiation complex</go:name>
            <go:synonym>eukaryotic 43S pre-initiation complex</go:synonym>
            <go:definition>The 43S preinitiation complex is the 40S ribosomal subunit plus eIF1A, eIF3, and eIF2-GTP-bound to the initiator tRNA.</go:definition>
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            <go:name>eukaryotic translation initiation factor 2 complex</go:name>
            <go:synonym>eIF-2</go:synonym>
            <go:definition>Complex of three heterogeneous polypeptide chains, that form a ternary complex with initiator methionyl-tRNA and GTP. This ternary complex binds to free 40S subunit, which subsequently binds the 5' end of mRNA.</go:definition>
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            <go:name>eukaryotic translation initiation factor 3 complex</go:name>
            <go:synonym>eIF-3</go:synonym>
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            <go:name>eukaryotic 48S initiation complex</go:name>
            <go:definition>The 48S initiation complex is composed of the 40S ribosomal subunit, the initiator tRNA, and the mRNA.</go:definition>
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            <go:name>eukaryotic translation elongation factor 1 complex</go:name>
            <go:definition>A multisubunit nucleotide exchange complex that binds GTP and aminoacyl-tRNAs, and catalyzes their codon-dependent placement at the A-site of the ribosome. In humans, the complex is composed of four subunits, alpha, beta, delta and gamma.</go:definition>
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            <go:name>eukaryotic translation initiation factor 2B complex</go:name>
            <go:synonym>eIF-2B</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit guanine nucleotide exchange factor which catalyzes the exchange of GDP bound to initiation factor eIF2 for GTP, generating active eIF2-GTP. in humans, it is composed of five subunits, alpha, beta, delta, gamma and epsilon.</go:definition>
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            <go:name>eukaryotic translation initiation factor 4F complex</go:name>
            <go:synonym>eIF-4F</go:synonym>
            <go:definition>The eukaryotic translation initiation factor 4F complex is composed of eIF4E, eIF4A and eIF4G; it is involved in the recognition of the mRNA cap, ATP-dependent unwinding of the 5'-terminal secondary structure and recruitment of the mRNA to the ribosome.</go:definition>
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            <go:name>fusome</go:name>
            <go:definition>A large intracellular spectrin-rich structure that has been found in insect germline cells and mammalian hematopoietic cells. The fusome is an elongated, branched structure, formed from the spherical spectrosome organelle.</go:definition>
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            <go:name>glycine cleavage complex</go:name>
            <go:synonym>glycine cleavage system</go:synonym>
            <go:synonym>glycine synthase complex</go:synonym>
            <go:definition>A multienzyme complex that catalyzes the reversible oxidation of glycine. In E. coli, it has four components: dihydrolipoamide dehydrogenase, glycine dehydrogenase (decarboxylating), lipoyl-GcvH-protein and aminomethyltransferase.</go:definition>
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            <go:name>glycine dehydrogenase complex (decarboxylating)</go:name>
            <go:definition>A component, along with aminomethyltransferase, of the glycine cleavage system; it is found as a homodimer or as a tetramer with two alpha subunits and two beta subunits.</go:definition>
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            <go:name>glycine reductase complex</go:name>
            <go:definition>Complex that possesses glycine reductase activity; usually comprises three subunits, of which two are selenoproteins; the subunits are typically designated selenoprotein A, selenoprotein B and protein C.</go:definition>
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            <go:name>glycine-tRNA ligase complex</go:name>
            <go:synonym>glycine-tRNA synthetase complex</go:synonym>
            <go:definition>A multimeric enzyme complex which, in bacteria, is usually a tetramer of two alpha and two beta chains and in eukaryotes, is usually a homodimer. Functions in the ligation of glycine and tRNA(Gly) to form glycyl-tRNA(Gly).</go:definition>
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            <go:name>glycogen granule</go:name>
            <go:synonym>glycogen particle</go:synonym>
            <go:definition>Cytoplasmic bead-like structures of animal cells, visible by electron microscope. Each granule is a functional unit with the biosynthesis and catabolism of glycogen being catalyzed by enzymes bound to the granule surface.</go:definition>
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            <go:name>glycosome</go:name>
            <go:definition>Organelle found in organisms from the order Kinetoplastida that houses the enzymes of glycolysis.</go:definition>
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            <go:name>glycosome membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding a glycosome.</go:definition>
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            <go:name>Golgi apparatus</go:name>
            <go:synonym>Golgi complex</go:synonym>
            <go:synonym>Golgi ribbon</go:synonym>
            <go:definition>A compound membranous cytoplasmic organelle of eukaryotic cells, consisting of flattened, ribosome-free vesicles arranged in a more or less regular stack. The Golgi apparatus differs from the endoplasmic reticulum in often having slightly thicker membranes, appearing in sections as a characteristic shallow semicircle so that the convex side (cis or entry face) abuts the endoplasmic reticulum, secretory vesicles emerging from the concave side (trans or exit face). In vertebrate cells there is usually one such organelle, while in invertebrates and plants, where they are known usually as dictyosomes, there may be several scattered in the cytoplasm. The Golgi apparatus processes proteins produced on the ribosomes of the rough endoplasmic reticulum; such processing includes modification of the core oligosaccharides of glycoproteins, and the sorting and packaging of proteins for transport to a variety of cellular locations. Three different regions of the Golgi are now recognized both in terms of structure and function: cis, in the vicinity of the cis face, trans, in the vicinity of the trans face, and medial, lying between the cis and trans regions.</go:definition>
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            <go:name>Golgi cis-face</go:name>
            <go:synonym>forming face</go:synonym>
            <go:definition>The convex side of the Golgi apparatus, which abuts the endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:name>TRAPP</go:name>
            <go:synonym>transport protein particle</go:synonym>
            <go:definition>A large complex present on the cis-Golgi that acts prior to SNARE complex assembly to mediate vesicle docking and fusion.</go:definition>
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            <go:name>Golgi lumen</go:name>
            <go:definition>The volume enclosed by the membranes of any cisterna of the Golgi apparatus.</go:definition>
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            <go:name>Golgi membrane</go:name>
            <go:definition>The lipid bilayer surrounding any of the compartments of the Golgi apparatus.</go:definition>
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            <go:name>integral to Golgi membrane</go:name>
            <go:synonym>Golgi integral membrane protein</go:synonym>
            <go:definition>Penetrating at least one phospholipid bilayer of the Golgi complex membrane. Also refers to the state of being buried in the bilayer with no exposure outside the bilayer.</go:definition>
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            <go:name>Golgi stack</go:name>
            <go:synonym>GO:0016940</go:synonym>
            <go:synonym>Golgi cisternae</go:synonym>
            <go:synonym>dictyosome</go:synonym>
            <go:definition>The set of thin, flattened membrane-bounded compartments, called cisternae, that form the central portion of the Golgi complex. The stack usually comprises cis, medial, and trans cisternae; the cis- and trans-Golgi networks are not considered part of the stack.</go:definition>
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            <go:name>Golgi cis cisterna</go:name>
            <go:definition>The Golgi cisterna closest to the endoplasmic reticulum; the first processing compartment through which proteins pass after export from the ER.</go:definition>
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            <go:name>mannosyltransferase complex</go:name>
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            <go:name>Golgi medial cisterna</go:name>
            <go:definition>The middle Golgi cisterna (or cisternae).</go:definition>
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            <go:name>Golgi trans cisterna</go:name>
            <go:definition>The Golgi cisterna farthest from the endoplasmic reticulum; the final processing compartment through which proteins pass before exiting the Golgi apparatus; the compartment in which N-linked protein glycosylation is completed.</go:definition>
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            <go:name>Golgi trans face</go:name>
            <go:synonym>maturing face</go:synonym>
            <go:synonym>trans-Golgi network</go:synonym>
            <go:definition>The concave side of the Golgi apparatus, from which secretory vesicles emerge.</go:definition>
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            <go:name>Golgi transport complex</go:name>
            <go:definition>A complex of proteins that, in vitro, stimulates intra-Golgi transport; a 13S complex, about 800 kDa in size and consists of at least five polypeptides. In yeast, this complex is called the Sec34/35 complex and is composed of eight subunits (Sec34p, Sec35p, Dor1p, Cod1p, Cod2p, Cod3p, Cod4p, and Cod5p).</go:definition>
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            <go:name>hydrogenosome</go:name>
            <go:definition>A spherical, membrane-bounded organelle found in some anaerobic protozoa, which participates in ATP and molecular hydrogen formation.</go:definition>
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            <go:name>hydrogenosomal membrane</go:name>
            <go:synonym>hydrogenosome membrane</go:synonym>
            <go:definition>The membrane surrounding a hydrogenosome.</go:definition>
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            <go:name>lipid particle</go:name>
            <go:synonym>lipid droplet</go:synonym>
            <go:definition>Any particle of coalesced lipids in the cytoplasm of a cell. May include associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>ascus lipid droplet</go:name>
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            <go:name>lipid storage body (sensu Viridiplantae)</go:name>
            <go:synonym>GO:0009520</go:synonym>
            <go:synonym>oil body</go:synonym>
            <go:synonym>oleosome</go:synonym>
            <go:synonym>spherosome</go:synonym>
            <go:definition>A subcellular organelle of plant cells surrounded by 'half-unit' or a monolayer membrane instead of the more usual bilayer. A droplet of triacylglycerol surrounded by a monolayer of phospholipids, interacting with the triacylglycerols and the hydrophilic head groups facing the cytosol, and containing major protein components called oleosins.</go:definition>
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            <go:name>melanosome</go:name>
            <go:definition>A tissue-specific cytoplasmic organelle within which melanin pigments are synthesized and stored. Melanosomes are synthesized in melanocyte cells.</go:definition>
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            <go:name>membrane coat</go:name>
            <go:definition>Any of several different proteinaceous coats that can associate with membranes. Membrane coats include those formed by clathrin plus an adaptor complex, the COPI and COPII complexes, and possibly others. They are found associated with membranes on many vesicles as well as other membrane features such as pits and perhaps tubules.</go:definition>
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            <go:name>clathrin coat</go:name>
            <go:synonym>clathrin cage</go:synonym>
            <go:definition>A membrane coat found on coated pits and some coated vesicles; consists of polymerized clathrin triskelions, each comprising three clathrin heavy chains and three clathrin light chains, linked to the membrane via one of the AP adaptor complexes.</go:definition>
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            <go:name>clathrin adaptor complex</go:name>
            <go:definition>A membrane adaptor complex that links clathrin to a membrane.</go:definition>
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            <go:name>clathrin coat of coated pit</go:name>
            <go:definition>The coat found on coated pits and the coated vesicles derived from coated pits; comprises clathrin and the AP-2 adaptor complex.</go:definition>
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            <go:name>membrane coat adaptor complex</go:name>
            <go:definition>Any of several heterotetrameric complexes that link clathrin (or another coat-forming molecule, as hypothesized for AP-3 and AP-4) to a membrane surface; they are found on coated pits and coated vesicles, and mediate sorting of cargo proteins into vesicles.</go:definition>
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            <go:name>AP-3 adaptor complex</go:name>
            <go:definition>An adaptor complex found associated with endosomal membranes; it is not clear whether AP-3 forms clathrin coats in vivo.</go:definition>
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            <go:name>AP-4 adaptor complex</go:name>
            <go:definition>An adaptor complex found associated with membranes in the trans-Golgi network; it is not clear whether AP-4 forms clathrin coats in vivo.</go:definition>
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            <go:name>microbody</go:name>
            <go:definition>Cytoplasmic organelles, spherical or oval in shape, that are bounded by a single membrane and contain oxidative enzymes, especially those utilizing hydrogen peroxide (H2O2).</go:definition>
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            <go:name>glyoxysome</go:name>
            <go:definition>A microbody that contains the enzymes of the glyoxylate pathway.</go:definition>
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            <go:name>glyoxysomal membrane</go:name>
            <go:synonym>glyoxysome membrane</go:synonym>
            <go:definition>The membrane surrounding a glyoxysome.</go:definition>
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            <go:name>peroxisome</go:name>
            <go:definition>A small, membrane-bounded organelle that uses dioxygen (O2) to oxidize organic molecules; contains some enzymes that produce and others that degrade hydrogen peroxide (H2O2).</go:definition>
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            <go:name>mannosome</go:name>
            <go:definition>A specialised tubular organelle, assembled in hexagonal bundles within an external membrane. Mannosomes are specific to molluscs and are thought to be involved in a general stress reaction.</go:definition>
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            <go:name>P1 peroxisome</go:name>
            <go:definition>A subform of peroxisome that corresponds to an intermediate in a peroxisome assembly pathway, which operates by conversion of peroxisomal subforms in the direction P1, P2 -&gt; P3 -&gt; P4 -&gt; P5 -&gt; P6. P1 peroxisomes are distinguished from the other subforms on the bases of buoyant density and protein content; they contain fewer peroxisomal proteins than the other subforms.</go:definition>
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            <go:name>P2 peroxisome</go:name>
            <go:definition>A subform of peroxisome that corresponds to an intermediate in a peroxisome assembly pathway, which operates by conversion of peroxisomal subforms in the direction P1, P2 -&gt; P3 -&gt; P4 -&gt; P5 -&gt; P6. P2 peroxisomes are distinguished from the other subforms on the bases of buoyant density and protein content; they are the least dense of the subforms observed.</go:definition>
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            <go:name>P3 peroxisome</go:name>
            <go:definition>A subform of peroxisome that corresponds to an intermediate in a peroxisome assembly pathway, which operates by conversion of peroxisomal subforms in the direction P1, P2 -&gt; P3 -&gt; P4 -&gt; P5 -&gt; P6. P3 peroxisomes are formed by fusion of P1 and P2 peroxisomes, and are distinguished from the other subforms on the bases of buoyant density and protein content.</go:definition>
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            <go:name>P4 peroxisome</go:name>
            <go:definition>A subform of peroxisome that corresponds to an intermediate in a peroxisome assembly pathway, which operates by conversion of peroxisomal subforms in the direction P1, P2 -&gt; P3 -&gt; P4 -&gt; P5 -&gt; P6. P4 peroxisomes are distinguished from the other subforms on the bases of buoyant density and protein content.</go:definition>
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            <go:name>P5 peroxisome</go:name>
            <go:definition>A subform of peroxisome that corresponds to an intermediate in a peroxisome assembly pathway, which operates by conversion of peroxisomal subforms in the direction P1, P2 -&gt; P3 -&gt; P4 -&gt; P5 -&gt; P6. P5 peroxisomes are distinguished from the other subforms on the bases of buoyant density and protein content.</go:definition>
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            <go:name>P6 peroxisome</go:name>
            <go:definition>A subform of peroxisome that corresponds to an intermediate in a peroxisome assembly pathway, which operates by conversion of peroxisomal subforms in the direction P1, P2 -&gt; P3 -&gt; P4 -&gt; P5 -&gt; P6. P6 peroxisomes are distinguished from the other subforms on the bases of buoyant density and protein content, and are equivalent to mature peroxisomes.</go:definition>
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            <go:name>peroxisomal matrix</go:name>
            <go:definition>The material contained within the membrane of a peroxisome; in many cells the matrix contains a crystalloid core largely composed of urate oxidase.</go:definition>
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            <go:name>peroxisomal membrane</go:name>
            <go:definition>The lipid bilayer surrounding a peroxisome.</go:definition>
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            <go:name>integral to peroxisomal membrane</go:name>
            <go:definition>Penetrating at least one phospholipid bilayer of a peroxisomal membrane. Also refers to the state of being buried in the bilayer with no exposure outside the bilayer.</go:definition>
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            <go:name>microtubule organizing center</go:name>
            <go:synonym>MTOC</go:synonym>
            <go:synonym>microtubule organizing centre</go:synonym>
            <go:definition>A region in a eukaryotic cell, such as a centrosome or basal body, from which microtubules grow.</go:definition>
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            <go:synonym>EMTOC</go:synonym>
            <go:synonym>equatorial mitotic organizing centre</go:synonym>
            <go:definition>A microtubule organizing center formed by a band of gamma-tubulin that is recruited to a circumferential band of F-actin, at the midpoint of a cell.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin complex</go:name>
            <go:definition>A multiprotein complex composed of gamma-tubulin and other non-tubulin proteins. Gamma-tubulin complexes are localized to microtubule organizing centers, and play an important role in the nucleation of microtubules. The number and complexity of non-tubulin proteins associated with these complexes varies between species.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin large complex</go:name>
            <go:definition>A complex of gamma tubulin and associated proteins thought to be formed by multimerization of gamma-tubulin small complexes.</go:definition>
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            <go:name>gamma-tubulin small complex</go:name>
            <go:synonym>gammaTuSC</go:synonym>
            <go:definition>A complex usually comprising two gamma-tubulin molecules and two conserved non-tubulin proteins. Some gamma-tubulin small complexes are thought to be the repeating unit making up the core of the gamma-tubulin ring complex.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrion</go:name>
            <go:definition>A semiautonomous, self replicating organelle that occurs in varying numbers, shapes, and sizes in the cytoplasm of virtually all eukaryotic cells. It is notably the site of tissue respiration.</go:definition>
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            <go:definition>A sub-structure within the large single mitochondrion of kinetoplastid parasites and which is closely associated with the flagellar pocket and basal body of the flagellum.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial degradosome</go:name>
            <go:definition>The mitochondrial degradosome (mtEXO) is a three-protein complex which has a 3' to 5' exoribonuclease activity and participates in intron-independent turnover and processing of mitochondrial transcripts.</go:definition>
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            <go:definition>The major and minor mitochondrial derivatives are the mitochondria of the sperm tail and derive by the unfolding of the Nebenkern during flagellum elongation.</go:definition>
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            <go:definition>The space between the mitochondrial outer membrane and inner membrane.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial intermembrane space protein transporter complex</go:name>
            <go:synonym>Tim9-Tim10 complex</go:synonym>
            <go:definition>Soluble complex of the mitochondrial intermembrane space composed of various combinations of small Tim proteins; acts as a protein transporter to guide proteins to the Tim22 complex for insertion into the mitochondrial inner membrane.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial matrix</go:name>
            <go:synonym>mitochondrial stroma</go:synonym>
            <go:definition>The gel-like material, with considerable fine structure, that lies in the matrix space, or lumen, of a mitochondrion. It contains the enzymes concerned with fatty-acid oxidation and enzymes of the tricarboxylic acid cycle.</go:definition>
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            <go:name>3-methyl-2-oxobutanoate dehydrogenase (lipoamide) complex</go:name>
            <go:definition>This enzyme complex catalyzes the reaction 3-methyl-2-oxobutanoate + lipoamide = S-(2-methylpropanoyl)-dihydrolipoamide + carbon dioxide (CO2). This requires thiamin diphosphate; the enzyme also acts on (S)-3-methyl-2-oxopentanoate and 4-methyl-2-oxo-pentanoate.</go:definition>
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            <go:name>fatty acid beta-oxidation multienzyme complex</go:name>
            <go:synonym>trifunctional enzyme</go:synonym>
            <go:definition>A complex that includes the long-chain 3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase and long-chain enoyl-CoA hydratase activities in two subunits (alpha and beta), catalyzing two steps of the fatty acid beta-oxidation cycle within the mitochondrial matrix.</go:definition>
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            <go:name>gamma DNA polymerase complex</go:name>
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            <go:name>mitochondrial endopeptidase Clp complex</go:name>
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            <go:name>mitochondrial nucleoid</go:name>
            <go:definition>The region of a mitochondrion to which the DNA is confined.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial processing peptidase complex</go:name>
            <go:definition>This enzyme complex catalyzes the release of N-terminal targeting peptides from precursor proteins imported into the mitochondrion.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial ribosome</go:name>
            <go:definition>A ribosome found in the mitochondrion of a eukaryotic cell; contains a characteristic set of proteins distinct from those of cytosolic ribosomes.</go:definition>
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            <go:name>oxoglutarate dehydrogenase complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:definition>A complex of multiple copies of three enzymatic components: oxoglutarate dehydrogenase (lipoamide) ; GO:0004591 ; EC:1.2.4.2 (E1), dihydrolipoamide S-succinyltransferase ; GO:0004149 ; EC:2.3.1.61 (E2) and dihydrolipoamide dehydrogenase ; GO:0004148 ; EC:1.8.1.4 (E3); catalyzes the overall conversion of 2-oxoglutarate to succinyl-CoA and carbon dioxide (CO2) within the mitochondrial matrix (GO:0005759). Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>pyruvate dehydrogenase (lipoamide) phosphatase complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:definition>A complex of a regulatory and catalytic subunit that catalyzes the dephosphorylation and concomitant reactivation of the alpha subunit of the E1 component of the pyruvate dehydrogenase complex (GO:0005967). Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>pyruvate dehydrogenase complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>pyruvate dehydrogenase complex (lipoamide) (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:definition>Complex that carries out the oxidative decarboxylation of pyruvate to form acetyl-CoA in eukaryotes; includes subunits possessing three catalytic activities: pyruvate dehydrogenase (E1), dihydrolipoamide S-acetyltransferase (E2), and dihydrolipoamide dehydrogenase (E3). Usually contains more subunits than its bacterial counterpart; for example, one known complex contains 30 E1 dimers, 60 E2 monomers, and 6 E3 dimers as well as a few copies of pyruvate dehydrogenase kinase and pyruvate dehydrogenase phosphatase.</go:definition>
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            <go:name>TCA cycle enzyme complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:definition>Any of the heteromeric enzymes that act in the TCA cycle in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>alpha-ketoglutarate dehydrogenase complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>2-oxoglutarate dehydrogenase complex</go:synonym>
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            <go:name>isocitrate dehydrogenase complex (NAD+) (sensu Eukarya)</go:name>
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            <go:name>succinate-CoA ligase complex (GDP-forming)</go:name>
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            <go:synonym>succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) (sensu Bacteria)</go:synonym>
            <go:synonym>succinate-CoA ligase complex (GDP-forming) (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:definition>A heterodimeric enzyme complex, usually composed of an alpha and beta chain and found in eukaryotes. Functions in the TCA cycle, hydrolyzing succinyl-CoA into succinate and CoA, thereby forming GTP.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial membrane</go:name>
            <go:definition>The lipid bilayer surrounding the mitochondrion and separating its contents from the cell cytoplasm.</go:definition>
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            <go:definition>Protease complex of the mitochondrial inner membrane that is involved in mitochondrial protein turnover and in processing of proteins imported into mitochondria.</go:definition>
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            <go:synonym>mitochondrial cristae</go:synonym>
            <go:definition>Any of the inward folds of the mitochondrial inner membrane (GO:0005743). Their number, extent, and shape differ in mitochondria from different tissues and organisms. They appear to be devices for increasing the surface area of the mitochondrial inner membrane (GO:0005743), where the enzymes of electron transport and oxidative phosphorylation are found. Their shape can vary with the respiratory state of the mitochondria.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial electron transport chain</go:name>
            <go:synonym>respiratory chain</go:synonym>
            <go:definition>The protein complexes that form the mitochondrial electron transport system (the respiratory chain). Complexes I, III and IV can transport protons if embedded in an oriented membrane, such as an intact mitochondrial inner membrane.</go:definition>
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            <go:name>respiratory chain complex I (sensu Eukarya)</go:name>
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            <go:synonym>NADH dehydrogenase (ubiquinone)</go:synonym>
            <go:synonym>NADH dehydrogenase complex (ubiquinone) (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing about 25 different polypeptide subunits, including NADH dehydrogenase (ubiquinone), flavin mononucleotide and several different iron-sulfur clusters containing non-heme iron; the iron undergoes oxidation-reduction between Fe(II) and Fe(III). Catalyzes proton translocation linked to the oxidation of NADH by ubiquinone. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>respiratory chain complex I, membrane segment (sensu Eukarya)</go:name>
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            <go:name>respiratory chain complex I, peripheral segment (sensu Eukarya)</go:name>
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            <go:name>respiratory chain complex II (sensu Eukarya)</go:name>
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            <go:synonym>fumarate reductase complex (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:synonym>succinate dehydrogenase</go:synonym>
            <go:synonym>succinate dehydrogenase complex (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:synonym>succinate dehydrogenase complex (ubiquinone) (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing the four polypeptide subunits of succinate dehydrogenase, flavin-adenine dinucleotide and iron-sulfur. Catalyzes the oxidation of succinate by ubiquinone. Connects the TCA cycle with the respiratory chain. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>respiratory chain complex III (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>ubiquinol-cytochrome c oxidoreductase</go:synonym>
            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing about 10 polypeptide subunits including four redox centers: cytochrome b/b6, cytochrome c1 and an 2Fe-2S cluster. Catalyzes the oxidation of ubiquinol by oxidized cytochrome c1. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>ubiquinol-cytochrome-c reductase complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:definition>An enzyme complex that contains cytochrome b/b6 and cytochrome c1. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>respiratory chain complex IV (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>GO:0005752</go:synonym>
            <go:synonym>cytochrome c oxidase</go:synonym>
            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing the 13 polypeptide subunits of cytochrome c oxidase, including cytochrome a and cytochrome a3. Catalyzes the oxidation of reduced cytochrome c by dioxygen (O2). Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial inner membrane peptidase complex</go:name>
            <go:synonym>IMP</go:synonym>
            <go:definition>Protease complex of the mitochondrial inner membrane, consisting of at least two subunits, involved in processing of both nuclear- and mitochondrially-encoded proteins targeted to the intermembrane space.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial inner membrane presequence translocase complex</go:name>
            <go:synonym>Tim23 complex</go:synonym>
            <go:synonym>mitochondrial inner membrane pre-sequence translocase complex</go:synonym>
            <go:synonym>mitochondrial inner membrane translocase complex</go:synonym>
            <go:definition>The protein transport machinery of the mitochondrial inner membrane (GO:0005743) that contains three essential Tim proteins: Tim17 and Tim23 are thought to build a preprotein translocation channel while Tim44 interacts transiently with the matrix heat-shock protein Hsp70 to form an ATP-driven import motor.</go:definition>
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            <go:name>presequence translocase-associated import motor</go:name>
            <go:synonym>PAM complex</go:synonym>
            <go:synonym>mitochondrial import motor</go:synonym>
            <go:synonym>pre-sequence translocase-associated import motor</go:synonym>
            <go:definition>Protein complex located on the matrix side of the mitochondrial inner membrane and associated with the presequence translocase complex; hydrolyzes ATP to provide the force to drive import of proteins into the mitochondrial matrix.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial inner membrane protein insertion complex</go:name>
            <go:synonym>Tim22 complex</go:synonym>
            <go:definition>A multi-subunit complex embedded in the mitochondrial inner membrane that mediates insertion of carrier proteins into the inner membrane.</go:definition>
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            <go:name>proton-transporting ATP synthase complex (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>GO:0016470</go:synonym>
            <go:synonym>hydrogen-translocating F-type ATPase complex (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:synonym>hydrogen-transporting ATP synthase</go:synonym>
            <go:synonym>respiratory chain complex V (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:definition>The enzyme that is responsible for the phosphorylation of ADP to ATP in mitochondria, during oxidative phosphorylation; it catalyzes the hydrolysis of ATP to ADP and orthophosphate. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>hydrogen-transporting ATP synthase, F1 sector</go:synonym>
            <go:definition>The catalytic sector of the mitochondrial hydrogen-transporting ATP synthase; it comprises the catalytic core and central stalk, and is peripherally associated with the mitochondrial inner membrane (GO:0005743) when the entire ATP synthase is assembled. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>proton-transporting ATP synthase, catalytic core (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>hydrogen-transporting ATP synthase, catalytic core (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:definition>The hexamer that possesses the catalytic activity of the mitochondrial hydrogen-transporting ATP synthase. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>proton-transporting ATP synthase, central stalk (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>hydrogen-transporting ATP synthase, central stalk (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:definition>One of two stalks that connect the catalytic core of the hydrogen-transporting ATP synthase to the membrane-associated F0 proteins; rotates within the catalytic core during catalysis. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>hydrogen-transporting ATP synthase, F0 sector</go:synonym>
            <go:synonym>proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(0) (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:definition>All non-F1 subunits of the mitochondrial hydrogen-transporting ATP synthase, including integral and peripheral mitochondrial inner membrane proteins. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>proton-transporting ATP synthase, stator stalk (sensu Eukarya)</go:name>
            <go:synonym>hydrogen-transporting ATP synthase, stator stalk (sensu Eukarya)</go:synonym>
            <go:definition>One of two stalks that connect the catalytic core of the hydrogen-transporting ATP synthase to the membrane-associated F0 proteins; is thought to prevent futile rotation of the catalytic core. Found in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial outer membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane on the outer surface of the mitochondrion, interfacing with the cell cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial outer membrane translocase complex</go:name>
            <go:synonym>GIP complex</go:synonym>
            <go:synonym>TOM complex</go:synonym>
            <go:definition>A large complex of the mitochondrial outer membrane that mediates transport of proteins into all mitochondrial compartments.</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial sorting and assembly machinery complex</go:name>
            <go:synonym>SAM complex</go:synonym>
            <go:definition>A large complex of the mitochondrial outer membrane that mediates sorting of some imported proteins to the outer membrane and their assembly in the membrane; functions after import of incoming proteins by the mitochondrial outer membrane translocase complex (GO:0005742).</go:definition>
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            <go:name>mitochondrial permeability transition pore</go:name>
            <go:synonym>mitochondrial PT pore</go:synonym>
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            <go:name>mitochondrial ribonuclease P complex</go:name>
            <go:synonym>mitochondrial RNase P complex</go:synonym>
            <go:definition>A ribonuclease P complex located in the mitochondrion of a eukaryotic cell, where it catalyzes the 5' endonucleolytic cleavage of precursor tRNAs to yield mature tRNAs. The subunit composition of mitochondrial ribonuclease P complexes varies between species, but the complex often contains a single RNA molecule and a single protein molecule.</go:definition>
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            <go:name>mRNA editing complex</go:name>
            <go:definition>A macromolecular complex that posttranscriptionally catalyzes the insertion and deletion of uridylates at multiple sites in most mitochondrial pre-mRNAs to produce mature mRNAs in eukaryotes.</go:definition>
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            <go:name>Nebenkern</go:name>
            <go:definition>A product of the fusion of the mitochondria during spermatogenesis. After the completion of meiosis the mitochondria of the spermatid collect along side the nucleus and fuse into two masses; these wrap around each other to produce the spherical Nebenkern. During flagellum elongation the Nebenkern unfolds and the two derivatives (major and minor mitochondrial derivatives) elongate down the axoneme.</go:definition>
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            <go:name>muscle fiber</go:name>
            <go:definition>The contractile fibers, composed of actin, myosin, and associated proteins, found in cells of smooth or striated muscle.</go:definition>
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            <go:name>myofibril</go:name>
            <go:synonym>striated muscle fiber</go:synonym>
            <go:definition>The contractile element of skeletal and cardiac muscle; a long, highly organized bundle of actin, myosin, and other proteins that contracts by a sliding filament mechanism.</go:definition>
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            <go:name>costamere</go:name>
            <go:definition>Vinculin-containing myofibril attachment site which connects the Z-discs to the sarcolemma.</go:definition>
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            <go:name>sarcomere</go:name>
            <go:definition>The repeating unit of a myofibril in a muscle cell, composed of an array of overlapping thick and thin filaments between two adjacent Z discs.</go:definition>
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            <go:name>striated muscle thick filament</go:name>
            <go:definition>Filaments formed of polymers of a muscle-specific myosin II isoform, found in the middle of sarcomeres in myofibrils.</go:definition>
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            <go:name>Z disc</go:name>
            <go:synonym>Z line</go:synonym>
            <go:definition>Platelike region of a muscle sarcomere to which the plus ends of actin filaments are attached.</go:definition>
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            <go:definition>The contractile fiber of smooth muscle cells.</go:definition>
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            <go:definition>Electron-dense region associated with a smooth muscle contractile fiber.</go:definition>
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            <go:name>myrosinase complex</go:name>
            <go:synonym>thioglucosidase complex</go:synonym>
            <go:definition>A large (200-800 kDa) multiprotein complex formed by 70-kDa and 5-kDa myrosinases, myrosinase- binding proteins (MBPs), MBP-related proteins and myrosinase-associated proteins. The complex has been identified in Brassica napus seeds.</go:definition>
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            <go:name>oxoglutarate dehydrogenase complex (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>A complex of multiple copies of three enzymatic components: oxoglutarate dehydrogenase (lipoamide) ; GO:0004591 ; EC:1.2.4.2 (E1), dihydrolipoamide S-succinyltransferase ; GO:0004149 ; EC:2.3.1.61 (E2) and dihydrolipoamide dehydrogenase ; GO:0004148 ; EC:1.8.1.4 (E3); catalyzes the overall conversion of 2-oxoglutarate to succinyl-CoA and carbon dioxide (CO2) within the mitochondrial matrix (GO:0005759). Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:name>peroxisome vesicle</go:name>
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            <go:name>phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase complex</go:name>
            <go:definition>Includes phosphoenolpyruvate-protein phosphatase (enzyme I of the phosphotransferase system) and protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase (enzyme II of the phosphotransferase system).</go:definition>
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            <go:name>phragmoplast</go:name>
            <go:definition>Fibrous structure (light microscope view) that arises between the daughter nuclei at telophase and within which the initial partition (cell plate), dividing the mother cell in two (cytokinesis), is formed. Appears at first as a spindle connected to the two nuclei, but later spreads laterally in the form of a ring. Consists of microtubules.</go:definition>
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            <go:name>phragmosome</go:name>
            <go:definition>A flattened membranous vesicle containing cell wall components.</go:definition>
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            <go:name>plastid</go:name>
            <go:definition>Any member of a family of organelles found in the cytoplasm of plants and some protists, which are membrane-bounded and contain DNA. Plant plastids develop from a common type, the proplastid.</go:definition>
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            <go:name>amyloplast</go:name>
            <go:definition>A plastid whose main function is to synthesize and store starch.</go:definition>
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            <go:name>amyloplast starch grain</go:name>
            <go:synonym>amyloplast starch granule</go:synonym>
            <go:definition>Plant storage body for amylose and amylopectin, 1 - 100um in diameter, and located in amyloplasts. Also contains small amounts of enzymes, amino acids, lipids and nucleic acids. The shape of the grain varies widely amongst species, but is often spherical or disk-shaped.</go:definition>
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            <go:name>apicoplast</go:name>
            <go:definition>The plastid organelle found in all apicomplexan parasites.</go:definition>
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            <go:name>chloroplast</go:name>
            <go:definition>A chlorophyll-containing plastid with thylakoids organized into grana and frets, or stroma thylakoids, and embedded in a stroma.</go:definition>
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            <go:definition>The double membrane that encloses the chloroplast.</go:definition>
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            <go:synonym>chloroplast inner envelope</go:synonym>
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            <go:name>chloroplast outer membrane</go:name>
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            <go:definition>The membrane of the chloroplast envelope that is closer to the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:definition>Protein translocon complex at the chloroplast outer membrane.</go:definition>
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            <go:name>chloroplast starch grain</go:name>
            <go:synonym>chloroplast starch granule</go:synonym>
            <go:definition>Plant storage body for amylose and amylopectin, 1 - 100um in diameter, and located in chloroplasts. Also contains small amounts of enzymes, amino acids, lipids and nucleic acids. The shape of the grain varies widely amongst species, but is often spherical or disk-shaped.</go:definition>
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            <go:name>chloroplast stroma</go:name>
            <go:definition>The space enclosed by the double membrane of a chloroplast but excluding the thylakoid space. It contains DNA, ribosomes and some temporary products of photosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>chloroplast nucleoid</go:name>
            <go:definition>The region of a chloroplast to which the DNA is confined.</go:definition>
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            <go:name>chloroplast stromal thylakoid</go:name>
            <go:definition>Unstacked thylakoids that connect the grana stacks through the stroma.</go:definition>
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            <go:name>granum</go:name>
            <go:definition>Distinct stack of lamellae seen within chloroplasts. Grana contain the pigments, electron transfer compounds, and enzymes essential to the light-dependent reactions of photosynthesis.</go:definition>
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            <go:name>granal stacked thylakoid</go:name>
            <go:definition>Appressed thylakoid membranes that are part of a granum (stacked regions). A characteristic of these appressed regions is the preferential localization of photosystem II.</go:definition>
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            <go:name>magnesium chelatase complex</go:name>
            <go:definition>A heterotrimeric enzyme complex composed of three subunits, all of which are required for enzyme activity, which catalyzes the chelation of Mg by proto IX in an ATP-dependent manner.</go:definition>
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            <go:name>thylakoid (sensu Viridiplantae)</go:name>
            <go:definition>Sac-like membranous structures (cisternae) in a chloroplast combined into stacks (grana) and present singly in the stroma (stroma thylakoids or frets) as interconnections between grana.</go:definition>
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            <go:name>chloroplast ATP synthase complex</go:name>
            <go:definition>The enzyme that catalyzes the phosphorylation of ADP to ATP in chloroplasts.</go:definition>
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            <go:name>thylakoid lumen (sensu Viridiplantae)</go:name>
            <go:definition>A cavity enclosed within the plant thylakoid membrane.</go:definition>
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            <go:name>thylakoid membrane (sensu Viridiplantae)</go:name>
            <go:definition>The pigmented membrane of a plant thylakoid.</go:definition>
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            <go:name>hydrogen-translocating F-type ATPase complex (sensu Viridiplantae)</go:name>
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            <go:name>light-harvesting complex (sensu Viridiplantae)</go:name>
            <go:definition>A thylakoid membrane complex of chlorophylls a and b together with chlorophyll a-b binding proteins. In addition, LHCs contain a number of other proteins, the function of which is speculative, together with accessory pigments. The LHCs capture and transfer energy to photosystems I and II.</go:definition>
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            <go:definition>Protein-pigment complex associated with photosystem II.</go:definition>
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            <go:definition>The pigment-protein complex primarily associated to PSII in higher plants, green algae and cyanobacteria that directly transfers electrons to the reaction center.</go:definition>
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            <go:name>PSII associated light-harvesting complex II, peripheral complex</go:name>
            <go:definition>Pigment-protein complex primarily associated to PSII in plants, green algae and cyanobacteria. Involved in state transitions that cause migration to PSI under certain environmental conditions such as high light.</go:definition>
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            <go:name>chromoplast</go:name>
            <go:definition>A plastid containing pigments other than chlorophyll, usually yellow and orange carotenoid pigments.</go:definition>
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            <go:name>chromoplast membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding a chromoplast.</go:definition>
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            <go:name>chromoplast stroma</go:name>
            <go:definition>The space enclosed by the double membrane of a chromoplast but excluding the photosynthetic material.</go:definition>
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            <go:name>cyanelle</go:name>
            <go:definition>Plastid type found in Glaucophyta having unstacked thylakoid membranes bearing phycobilisomes; cyanelles are bound by a double membrane and a peptidoglycan layer.</go:definition>
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            <go:name>cyanelle ribonuclease P complex</go:name>
            <go:synonym>cyanelle RNase P complex</go:synonym>
            <go:definition>A ribonuclease P complex located in the cyanelle, where it catalyzes the 5' endonucleolytic cleavage of precursor tRNAs to yield mature tRNAs. The best characterized cyanelle ribonuclease P complex, from the alga Cyanophora paradoxa, contains a single RNA molecule that is necessary but not sufficient for catalysis, and several protein molecules.</go:definition>
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            <go:name>thylakoid (sensu Glaucocystophyceae)</go:name>
            <go:definition>Photosynthetic membrane resembling that of cyanobacteria found in the cyanelles of certain algae.</go:definition>
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            <go:name>phycobilisome</go:name>
            <go:synonym>cyanosome</go:synonym>
            <go:definition>Any of the granules, approximately 32 nm x 48 nm and consisting of highly aggregated phycobiliproteins, that are attached in arrays to the external face of a thylakoid membrane in algae of the phyla Cyanophyta and Rhodophyta, where they function as light-harvesting devices in photosynthesis. Excitation energy in the phycobilisome flows in the sequence: phycoerythrin, phycocyanin, allophycocyanin before passing to the antenna chlorophyll of photosystem II.</go:definition>
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            <go:definition>A plastid arrested in the development of chloroplasts from proplastids due to absence of light or low light conditions.</go:definition>
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            <go:name>etioplast prolamellar body</go:name>
            <go:definition>A three dimensional regular lattice found in etioplasts. It is composed of a continuous system of tubules but when exposed to light the symmetrical arrangement is rapidly lost as tubules become pinched off into two dimensional sections of lattice. These for perforated sheets of membrane that move apart, extend and increase, finally establishing the typical granal and intergranal lamellae of the mature chloroplast.</go:definition>
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            <go:name>etioplast stroma</go:name>
            <go:definition>The space enclosed by the double membrane of an etioplast but excluding the prothylakoid space. It contains the etioplast DNA.</go:definition>
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            <go:definition>Underdeveloped thylakoids found in etioplasts, lacking competent photosynthetic membranes. Rapidly develop into mature thylakoids in the presence of light.</go:definition>
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            <go:definition>The membrane of prothylakoids, underdeveloped thylakoids found in etioplasts, lacking competent photosynthetic membranes.</go:definition>
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            <go:definition>Colorless plastid involved in the synthesis of monoterpenes.</go:definition>
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            <go:definition>Double membrane structure of plastid, including the intermembrane space.</go:definition>
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            <go:name>plastid inner membrane</go:name>
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            <go:name>plastid outer membrane</go:name>
            <go:definition>The portion of the plastid envelope that faces the cytoplasm and the plastid intermembrane space.</go:definition>
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            <go:name>plastid stroma</go:name>
            <go:definition>The proteinaceous ground substance of plastids.</go:definition>
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            <go:definition>The region of a plastid to which the DNA is confined.</go:definition>
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            <go:name>proplastid nucleoid</go:name>
            <go:definition>The region of a proplastid to which the DNA is confined.</go:definition>
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            <go:definition>A ribosome contained within a plastid.</go:definition>
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            <go:name>proplastid stroma</go:name>
            <go:definition>The space enclosed by the double membrane of a proplastid.</go:definition>
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            <go:name>plastid-encoded plastid RNA polymerase complex A</go:name>
            <go:synonym>PEP-A</go:synonym>
            <go:definition>The plastid-encoded plastid RNA polymerase A (PEP-A) is a plastid-encoded DNA-directed RNA polymerase that resembles eubacterial multisubunit RNA polymerases with a core composed of alpha, beta, and beta-prime subunits. An additional subunit, a sigma factor, is required for promoter recognition. PEP-A is generated from the PEP-B form during chloroplast maturation to generate a complex composed of at least thirteen polypeptides that is not sensitive to the antibiotic rifampicin, like its precursor form the PEP-B complex.</go:definition>
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            <go:name>plastid-encoded plastid RNA polymerase complex B</go:name>
            <go:synonym>PEP-B</go:synonym>
            <go:definition>The plastid-encoded plastid RNA polymerase B (PEP-B) is a plastid-encoded DNA-directed RNA polymerase that resembles eubacterial multisubunit RNA polymerases with a core composed of alpha, beta, and beta-prime subunits. An additional subunit, a sigma factor, is required for promoter recognition. PEP-B is distinguished from PEP-A by its sensitivity to the antibiotic rifampicin. PEP-B is found in both etioplasts and chloroplasts, but is the predominate form in etioplasts. It forms the core of the PEP-A form; the conversion from PEP-B to PEP-A occurs during chloroplast maturation.</go:definition>
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            <go:definition>The precursor of other plastids.</go:definition>
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            <go:name>starch grain</go:name>
            <go:synonym>starch granule</go:synonym>
            <go:definition>Plant storage body for amylose and amylopectin, 1 - 100um in diameter. Also contains small amounts of enzymes, amino acids, lipids and nucleic acids. The shape of the grain varies widely amongst species, but is often spherical or disk-shaped.</go:definition>
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            <go:name>pole plasm</go:name>
            <go:synonym>polar plasm</go:synonym>
            <go:definition>Differentiated cytoplasm associated with the animal or vegetal pole of an oocyte, egg or early embryo.</go:definition>
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            <go:name>polar granule</go:name>
            <go:synonym>P granule</go:synonym>
            <go:synonym>nuage</go:synonym>
            <go:definition>A small protein-containing electron dense organelle, not surrounded a membrane, that induces the formation of and becomes incorporated into germ cells.</go:definition>
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            <go:name>preprophase band</go:name>
            <go:definition>A dense band of microtubules, 1-3 pm wide, that appears just beneath the cell membrane before the start of cell division in the cells of higher plants. It precedes the onset of prophase and then disappears as mitosis begins, yet it somehow determines the plane of orientation of the new cell plate forming in late telophase and marks the zone of the parental cell wall where fusion with the growing cell plate ultimately occurs.</go:definition>
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            <go:name>preribosome</go:name>
            <go:definition>Any complex of pre-rRNAs, ribosomal proteins, and associated proteins formed during ribosome biogenesis.</go:definition>
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            <go:name>nucleolar preribosome</go:name>
            <go:definition>Any complex of pre-rRNAs, ribosomal proteins, and associated proteins formed in the nucleolus during ribosome biogenesis.</go:definition>
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            <go:name>90S preribosome</go:name>
            <go:definition>A preribosomal complex consisting of the 35S pre-rRNA, the 5S rRNA, early-associating ribosomal proteins, and associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>Noc1p-Noc2p complex</go:name>
            <go:definition>A heterodimer associated with 90S and 66S preribosomes in the nucleolus; involved in ribosomal large subunit biogenesis.</go:definition>
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            <go:name>Noc4p-Nop14p complex</go:name>
            <go:definition>A heterodimer associated with precursors of the eukaryotic small ribosomal subunit, including the 90S preribosome; involved in small subunit biogenesis.</go:definition>
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            <go:name>nucleolar preribosome, large subunit precursor</go:name>
            <go:synonym>66S preribosome</go:synonym>
            <go:definition>A preribosomal complex consisting of 27SA, 27SB, and/or 7S pre-rRNA, 5S rRNA, ribosomal proteins including late-associating large subunit proteins, and associated proteins; a precursor of the eukaryotic cytoplasmic large ribosomal subunit.</go:definition>
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            <go:name>Noc2p-Noc3p complex</go:name>
            <go:definition>A heterodimer associated with 66S preribosomes; also found throughout the nucleoplasm; involved in ribosomal large subunit biogenesis.</go:definition>
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            <go:name>nucleolar preribosome, small subunit precursor</go:name>
            <go:synonym>43S preribosome</go:synonym>
            <go:definition>A preribosomal complex consisting of 20S pre-rRNA, ribosomal proteins including late-associating small subunit proteins, and associated proteins; a precursor of the eukaryotic cytoplasmic small ribosomal subunit.</go:definition>
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            <go:name>protein body</go:name>
            <go:definition>Membrane-bound plant organelle found in the developing endosperm, contains storage proteins.</go:definition>
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            <go:name>pyruvate dehydrogenase (lipoamide) phosphatase complex</go:name>
            <go:definition>A complex of a regulatory and catalytic subunit that catalyzes the dephosphorylation and concomitant reactivation of the alpha subunit of the E1 component of the pyruvate dehydrogenase complex (GO:0005967).</go:definition>
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            <go:name>pyruvate dehydrogenase (lipoamide) phosphatase complex (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>A complex of a regulatory and catalytic subunit that catalyzes the dephosphorylation and concomitant reactivation of the alpha subunit of the E1 component of the pyruvate dehydrogenase complex (GO:0005967). Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:name>pyruvate dehydrogenase complex</go:name>
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            <go:synonym>pyruvate dehydrogenase complex (lipoamide)</go:synonym>
            <go:definition>Complex that carries out the oxidative decarboxylation of pyruvate to form acetyl-CoA; comprises subunits possessing three catalytic activities: pyruvate dehydrogenase (E1), dihydrolipoamide S-acetyltransferase (E2), and dihydrolipoamide dehydrogenase (E3).</go:definition>
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            <go:name>pyruvate dehydrogenase complex (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>pyruvate dehydrogenase complex (lipoamide) (sensu Bacteria)</go:synonym>
            <go:definition>Complex that carries out the oxidative decarboxylation of pyruvate to form acetyl-CoA in bacteria; comprises subunits possessing three catalytic activities: pyruvate dehydrogenase (E1), dihydrolipoamide S-acetyltransferase (E2), and dihydrolipoamide dehydrogenase (E3). Usually contains fewer subunits than its eukaryotic counterpart; for example, the E. coli complex contains 12 E1 dimers, 8 E2 trimers, and 6 E3 dimers arranged in highly symmetric cubic order.</go:definition>
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            <go:name>ribosome</go:name>
            <go:definition>An intracellular organelle, about 200 A in diameter, consisting of RNA and protein. It is the site of protein biosynthesis resulting from translation of messenger RNA (mRNA). It consists of two subunits, one large and one small, each containing only protein and RNA. Both the ribosome and its subunits are characterized by their sedimentation coefficients, expressed in Svedberg units (symbol: S). Hence, the prokaryotic ribosome (70S) comprises a large (50S) subunit and a small (30S) subunit, while the eukaryotic ribosome (80S) comprises a large (60S) subunit and a small (40S) subunit. Two sites on the ribosomal large subunit are involved in translation, namely the aminoacyl site (A site) and peptidyl site (P site). Ribosomes from prokaryotes, eukaryotes, mitochondria, and chloroplasts have characteristically distinct ribosomal proteins.</go:definition>
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            <go:definition>A ribonucleoprotein particle of 325 kDa composed of a 7S (300 nucleotide) RNA molecule and a complex of six different polypeptides. This binds both to the N-terminal signal peptide for proteins destined for the endoplasmic reticulum as they emerge from the large ribosomal subunit and also to the ribosome. This binding arrests further translation thereby preventing the proteins from being released into the cytosol. The SRP-ribosome complex then diffuses to the endoplasmic reticulum where it is bound to the signal recognition particle receptor, which allows resumption of protein synthesis and facilitates the passage of the growing polypeptide chain through the translocon. Through a process involving GTP hydrolysis, the SRP-SRP receptor complex dissociates and SRP returns to the cytosol. Of the six polypeptides of SRP the 54 kDa subunit (SRP54) is the central player. It contains an N-terminal GTPase domain and a C-terminal domain that binds directly to the signal peptide and the SRP RNA.</go:definition>
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            <go:definition>Any of various particulate complexes of proteins with molecules of small cytoplasmic RNA, found in the cytoplasm. Their function is unknown.</go:definition>
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            <go:definition>Any of the heteromeric enzymes that act in the TCA cycle.</go:definition>
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            <go:name>succinate-CoA ligase complex</go:name>
            <go:definition>A heterodimeric enzyme complex, usually composed of an alpha and beta chain. Functions in the TCA cycle, hydrolyzing succinyl-CoA into succinate and CoA, thereby forming ATP or GTP.</go:definition>
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            <go:definition>A heterodimeric enzyme complex, composed of an alpha and beta chain, most usually found in (but not limited to) bacteria. Functions in the TCA cycle, hydrolyzing succinyl-CoA into succinate and CoA, thereby forming ATP.</go:definition>
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            <go:name>TCA cycle enzyme complex (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>Any of the heteromeric enzymes that act in the TCA cycle in Bacteria.</go:definition>
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            <go:synonym>eukaryotic peptide chain release factor</go:synonym>
            <go:synonym>peptide chain release factor</go:synonym>
            <go:definition>A heterodimeric complex involved in the release of a nascent polypeptide chain from a ribosome.</go:definition>
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            <go:definition>A closed structure, found only in eukaryotic cells, that is completely surrounded by unit membrane and contains liquid material.</go:definition>
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            <go:name>autophagic vacuole</go:name>
            <go:synonym>autophagosome</go:synonym>
            <go:definition>A double-membrane bound vesicle in which endogenous cellular material is sequestered; known as autophagosome in yeast.</go:definition>
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            <go:name>contractile vacuole</go:name>
            <go:definition>A specialized vacuole of eukaryotic cells, especially Protozoa, that fills with water from the cytoplasm and then discharges this externally by the opening of a permanent narrow neck. Its function is probably osmoregulatory.</go:definition>
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            <go:name>lytic vacuole</go:name>
            <go:definition>A vacuole that is maintained at an acidic pH and which contains degradative enzymes, including a wide variety of acid hydrolases.</go:definition>
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            <go:name>lysosome</go:name>
            <go:definition>Any of a group of related cytoplasmic, membrane bound organelles that are found in most animal cells and that contain a variety of hydrolases, most of which have their maximal activities in the pH range 5-6. The contained enzymes display latency if properly isolated. About 40 different lysosomal hydrolases are known and lysosomes have a great variety of morphologies and functions.</go:definition>
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                <go:reference>40.25 vacuole or lysosome &gt; GO:vacuole ; GO:0005773 &gt; GO:lytic vacuole ; GO:0000323</go:reference>
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            <go:name>acrosome</go:name>
            <go:definition>A structure in the head of a spermatozoon that contains acid hydrolases, and is concerned with the breakdown of the outer membrane of the ovum during fertilization. It lies just beneath the plama membrane and is derived from the lysosome.</go:definition>
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            <go:name>digestive vacuole</go:name>
            <go:synonym>phagolysosome</go:synonym>
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            <go:name>food vacuole (sensu Apicomplexa)</go:name>
            <go:definition>Vacuole within a parasite used for digestion of the host cell cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>lysosomal membrane</go:name>
            <go:definition>The lipid bilayer surrounding the lysosome and separating its contents from the cell cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>lysosomal hydrogen-translocating V-type ATPase complex</go:name>
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            <go:name>lysosomal hydrogen-transporting ATPase V0 domain</go:name>
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            <go:name>mast cell granule</go:name>
            <go:definition>Coarse, bluish-black staining cytoplasmic granules, bounded by a plasma membrane and found in mast cells and basophils. Contents include histamine, heparin, chondroitin sulfates, chymase and tryptase.</go:definition>
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            <go:name>primary lysosome</go:name>
            <go:definition>A lysosome before it has fused with a vesicle or vacuole.</go:definition>
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            <go:name>secondary lysosome</go:name>
            <go:definition>Vacuole formed by the fusion of a lysosome with an organelle (autosome) or with a primary phagosome.</go:definition>
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            <go:name>lytic vacuole within protein storage vacuole</go:name>
            <go:definition>A membrane-bound compartment containing crystals of phytic acid and proteins characteristic of a lytic vacuole, found within a storage vacuole.</go:definition>
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            <go:name>vacuole (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>The fungal vacuole is a large, membrane-bound organelle that functions as a reservoir for the storage of small molecules (including polyphosphate, amino acids, several divalent cations (eg. calcium), other ions, and other small molecules) as well as being the primary compartment for degradation. It is an acidic compartment, containing an ensemble of acid hydrolases. At least in S. cerevisiae, there are indications that the morphology of the vacuole is variable and correlated with the cell cycle, with logarithmically growing cells having a multilobed, reticulated vacuole, while stationary phase cells contain a single large structure.</go:definition>
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            <go:name>vacuolar lumen (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>The volume enclosed within the vacuolar membrane of the fungal vacuole.</go:definition>
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            <go:name>vacuolar membrane (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>The lipid bilayer separating the fungal vacuole from the cytoplasm of the cell.</go:definition>
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            <go:name>parasitophorous vacuole</go:name>
            <go:definition>Vacuole within a host cell in which a parasite resides.</go:definition>
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            <go:name>parasitophorous vacuolar membrane</go:name>
            <go:definition>Membrane surrounding a parasitophorous vacuole.</go:definition>
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            <go:name>parasitophorous vacuolar membrane network</go:name>
            <go:synonym>tubulovesicular network</go:synonym>
            <go:definition>Tubular network of extensions from the parasitophorous vacuolar membrane that protrude into the host cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>parasitophorous vacuolar space</go:name>
            <go:definition>Space between a parasite plasma membrane and the parasitophorous vacuolar membrane.</go:definition>
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            <go:name>storage vacuole</go:name>
            <go:definition>A vacuole that functions primarily in the storage of materials, including nutrients, pigments, waste products, and small molecules.</go:definition>
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            <go:name>protein storage vacuole</go:name>
            <go:definition>A compound organelle of plants where there is a lytic vacuole within a storage vacuole.</go:definition>
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            <go:name>vacuolar lumen</go:name>
            <go:definition>The volume enclosed within the vacuolar membrane.</go:definition>
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            <go:name>vacuolar lumen (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>The volume enclosed within the vacuolar membrane of a plant vacuole.</go:definition>
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            <go:name>vacuolar membrane</go:name>
            <go:definition>The lipid bilayer surrounding the vacuole and separating its contents from the cytoplasm of the cell.</go:definition>
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            <go:name>extrinsic to vacuolar membrane</go:name>
            <go:definition>Loosely bound, by ionic or covalent forces, to one or other surface of the vacuolar membrane, but not integrated into the hydrophobic region.</go:definition>
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            <go:name>HOPS complex</go:name>
            <go:definition>A multimeric protein complex that associates with the vacuolar membrane and is involved in homotypic vacuole fusion and vacuole protein sorting. For example, the Saccharomyces complex contains Vps41p, Vam6p, Pep5p, Vps16p, Pep3p, and Vps33p.</go:definition>
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            <go:name>hydrogen-translocating V-type ATPase complex</go:name>
            <go:definition>Complex composed of a V1 and a V0 domain to form an active V-type ATPase that functions as a proton pump.</go:definition>
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                <go:reference>4.3.A.2 The H+/Na+-translocating F-, V- and A-type ATPase (F-ATPase) Superfamily &gt; GO:hydrogen-translocating F-type ATPase complex (sensu Bacteria) ; GO:0045256</go:reference>
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            <go:name>hydrogen-transporting ATPase V0 domain</go:name>
            <go:definition>The integral domain of the V-type ATPase comprises the pore through the membrane, through which protons are translocated.</go:definition>
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            <go:name>hydrogen-transporting ATPase V1 domain</go:name>
            <go:definition>The peripheral domain of the V-type ATPase contains the section responsible for ATP hydrolysis.</go:definition>
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            <go:name>vacuolar membrane (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:synonym>tonoplast</go:synonym>
            <go:definition>The single cytoplasmic membrane enclosing the plant vacuole.</go:definition>
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            <go:name>vacuole (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>Plant cells contain one or several vacuoles, that may have different functions from each other. Plant cell vacuoles have a diverse array of functions. They can act as a storage organelle for nutrients or waste products, as a degradative compartment, as a cost-effective way of increasing cell size, and as a homeostatic regulator controlling both turgor pressure and pH of the cytosol.</go:definition>
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            <go:name>central vacuole</go:name>
            <go:definition>A membrane-enclosed sac that takes up most of the volume of a mature plant cell. Functions include storage, separation of toxic byproducts, and cell growth determination.</go:definition>
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            <go:name>viral assembly intermediate</go:name>
            <go:definition>Specific locations and structures in the virus infected cell involved in assembling new virions.</go:definition>
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            <go:name>yolk granule</go:name>
            <go:definition>Discrete structures that partition the yolk of oocytes and ova, which may or may not be membrane enclosed.</go:definition>
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            <go:definition>An enzymatically active or inactive multimeric complex comprised of members of the ClpX, ClpC, ClpD, ClpP or ClpR protein families. ClpPs are the proteolytic subunit of active complexes, and ClpA and ClpX form the regulatory subunits.</go:definition>
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            <go:name>enterobactin synthetase complex</go:name>
            <go:synonym>enterochelin synthetase complex</go:synonym>
            <go:definition>A multienzyme complex usually composed of four proteins, EntB, EntD, EntE and EntF. Plays a role in the enterobactin biosynthesis pathway.</go:definition>
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            <go:name>methionine adenosyltransferase complex</go:name>
            <go:synonym>MAT complex</go:synonym>
            <go:definition>A multimeric enzyme complex composed of variable numbers of catalytic alpha subunits, and noncatalytic beta subunits. The beta subunits are believed to have a regulatory function. The enzyme complex catalyzes the synthesis of S-adenosylmethionine (AdoMet), which is is the major methyl group donor, participating in the methylation of proteins, DNA, RNA, phospholipids, and other small molecules.</go:definition>
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            <go:definition>Any complex that binds to an mRNA cap at any time in the lifetime of the mRNA.</go:definition>
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            <go:name>nitrogenase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme complex composed of two proteins, dinitrogenase and nitrogenase reductase; dinitrogenase is tetrameric with an alpha2-beta2 structure and nitrogenase reductase is a homodimer, and both are associated with metal ions, which differ between species. Both proteins are required for the enzyme activity of the complex, the formation of oxidized ferredoxin and ammonia from reduced ferredoxin and nitrogen.</go:definition>
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            <go:name>iron-iron nitrogenase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme complex containing an iron-iron cluster found in species such as the photosynthetic bacterium Rhodobacter capsulatus. It is composed of two main subunits, dinitrogenase and nitrogenase reductase. Dinitrogenase, the iron-iron containing subunit, has an alpha1-beta2 or alpha2-beta2 structure, and the nitrogenase reductase subunit is a homodimer. Functions in the catalysis of the formation of oxidized ferredoxin and ammonia from reduced ferredoxin and nitrogen.</go:definition>
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            <go:name>molybdenum-iron nitrogenase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme complex containing a molybdenum-iron cluster found in many species. It is composed of two proteins, dinitrogenase and nitrogenase reductase; dinitrogenase, the molybdenum-iron protein, is tetrameric with an alpha2-beta2 structure, and nitrogenase reductase is a homodimer.</go:definition>
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            <go:name>vanadium-iron nitrogenase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme complex containing a vanadium-iron cluster found in some species, such as Azotobacter vinelandii. It is composed of two proteins, dinitrogenase and nitrogenase reductase; dinitrogenase, the vanadium-iron protein, is tetrameric with an alpha2-beta2 structure, and nitrogenase reductase is a homodimer.</go:definition>
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            <go:name>apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex</go:name>
            <go:synonym>APOBEC</go:synonym>
            <go:synonym>apoB mRNA editing enzyme complex</go:synonym>
            <go:definition>Protein complex that mediates editing of the mRNA encoding apolipoprotein B; catalyzes the deamination of C to U (residue 6666 in the human mRNA). Contains a catalytic subunit, APOBEC-1, and other proteins (e. g. human ASP; rat ASP and KSRP).</go:definition>
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            <go:name>assemblon</go:name>
            <go:definition>Antigenically dense structures located at the periphery of nuclei, close to but not abutting nuclear membranes. Assemblons contain the proteins for immature-capsid assembly; they are located at the periphery of a diffuse structure composed of proteins involved in DNA synthesis, which overlaps only minimally with the assemblons. More than one site can be present simultaneously.</go:definition>
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            <go:name>cyclin-dependent protein kinase 5 activator complex</go:name>
            <go:definition>Activates cyclin-dependent kinase 5; composed of regulatory and catalytic subunits.</go:definition>
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            <go:name>cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex</go:name>
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            <go:name>dense nuclear body</go:name>
            <go:definition>A location in the host cell nucleus where viral proteins colocalize late in infection prior to the onset of viral DNA synthesis. More than one site can be present simultaneously.</go:definition>
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            <go:name>dosage compensation complex</go:name>
            <go:definition>An RNA-protein complex localized to the X chromosome of a male (or hermaphrodite in C. elegans) where it is required for the hyper-transcriptional activation of the X chromosome.</go:definition>
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            <go:name>dosage compensation complex (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>An RNA-protein complex localized to the X chromosome of male Drosophila (at least) where it is required for the hyper-transcriptional activation of the X chromosome.</go:definition>
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            <go:name>germ cell nucleus</go:name>
            <go:definition>The nucleus of a germ-cell, a cell specialized to produce haploid gametes, and its descendents.</go:definition>
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            <go:name>female germ cell nucleus</go:name>
            <go:definition>The nucleus of the female germ cell, a cell specialized to produce haploid gametes, and its descendents.</go:definition>
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            <go:name>female germ cell nucleus (sensu Animalia)</go:name>
            <go:definition>The nucleus of the female germ cell, a cell specialized to produce haploid gametes, and its descendents, as in animals.</go:definition>
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            <go:name>germinal vesicle</go:name>
            <go:definition>The enlarged, fluid filled nucleus of a primary oocyte, the development of which is suspended in prophase I of the first meiotic division between embryohood and sexual maturity.</go:definition>
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            <go:name>megasporocyte nucleus</go:name>
            <go:synonym>female germ cell nucleus (sensu Viridiplantae)</go:synonym>
            <go:synonym>megaspore mother cell nucleus</go:synonym>
            <go:definition>The nucleus of a megasporocyte, a cell that undergoes meiosis to produce four megaspores, and its descendents.</go:definition>
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            <go:name>antipodal cell nucleus</go:name>
            <go:definition>The nucleus of an antipodal cell, one of three cells of the embryo sac in angiosperms, found at the end of the embryo away from the point of entry of the pollen tube, and its descendents.</go:definition>
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            <go:name>egg cell nucleus (sensu Viridiplantae)</go:name>
            <go:definition>The nucleus of a plant egg cell, the female gamete, and its descendents.</go:definition>
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            <go:name>polar nucleus</go:name>
            <go:definition>Either of two nuclei located centrally in a flowering plant embryo sac that eventually fuse to form the endosperm nucleus.</go:definition>
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            <go:name>male germ cell nucleus</go:name>
            <go:definition>The nucleus of a male germ cell, a cell specialized to produce haploid gametes, and its descendents.</go:definition>
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            <go:name>male germ cell nucleus (sensu Animalia)</go:name>
            <go:definition>The nucleus of the male germ cell, a cell specialized to produce haploid gametes, and its descendents, as in animals.</go:definition>
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            <go:name>microsporocyte nucleus</go:name>
            <go:synonym>male germ cell nucleus (sensu Viridiplantae)</go:synonym>
            <go:synonym>pollen mother cell nucleus</go:synonym>
            <go:definition>The nucleus of a microsporocyte, the mother cell of a microspore or pollen grain, and its descendents.</go:definition>
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            <go:name>pollen germ cell nucleus</go:name>
            <go:definition>The nucleus of a plant pollen cell, the male gamete, and its descendents.</go:definition>
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            <go:name>heterogeneous nuclear ribonucleoprotein complex</go:name>
            <go:synonym>hnRNP</go:synonym>
            <go:definition>Particulate complexes of heterogeneous nuclear RNA (hnRNA; a heterogeneous mixture of RNA molecules of high Mr with a rapid turnover rate that occurs in cell nuclei during protein synthesis; it is the form of RNA synthesized in eukaryotes by RNA polymerase II, that which is translated into protein) with proteins, which are cell-specific and themselves heterogeneous. The protein component may play a role in the processing of the hnRNA to mRNA.</go:definition>
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            <go:name>Mre11 complex</go:name>
            <go:synonym>MRN complex</go:synonym>
            <go:definition>Trimeric protein complex that possesses endonuclease activity; involved in DNA repair and checkpoint signaling. In Saccharomyces the complex comprises Mre11p, Rad50p, and Xrs2p; complexes identified in other species generally contain proteins related to the Saccharomyces proteins.</go:definition>
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            <go:name>Noc complex</go:name>
            <go:definition>Any of several heterodimers containing one or two Noc proteins, associated with preribosomal complexes; involved in ribosome biogenesis.</go:definition>
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            <go:name>nuclear matrix</go:name>
            <go:definition>The dense fibrillar network lying on the inner side of the nuclear membrane.</go:definition>
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            <go:name>nuclear membrane</go:name>
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            <go:synonym>nuclear envelope</go:synonym>
            <go:definition>The envelope that surrounds the nucleus of eukaryotic cells. It is a double membrane composed of two lipid bilayers separated by a gap of width 20-40 nm (the perinuclear space).</go:definition>
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            <go:name>nuclear inner membrane</go:name>
            <go:synonym>inner envelope</go:synonym>
            <go:definition>The inner lipid bilayer of the nuclear envelope.</go:definition>
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            <go:name>integral to nuclear inner membrane</go:name>
            <go:definition>Penetrating at least one phospholipid bilayer of the nuclear inner membrane. Also refers to the state of being buried in the bilayer with no exposure outside the bilayer.</go:definition>
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            <go:name>nuclear lamina</go:name>
            <go:definition>The fibrous, electron-dense layer lying on the nucleoplasmic side of the inner membrane of a cell nucleus, composed of lamin filaments. The polypeptides of the lamina are thought to be concerned in the dissolution of the nuclear envelope and its re-formation during mitosis. The lamina is composed of lamin A and lamin C filaments cross-linked into an orthogonal lattice, which is attached via lamin B to the inner nuclear membrane through interactions with a lamin B receptor, an IFAP, in the membrane.</go:definition>
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            <go:name>nuclear membrane lumen</go:name>
            <go:definition>The intermembrane space between the inner and outer membranes of the nucleus.</go:definition>
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            <go:name>nuclear pore</go:name>
            <go:synonym>GO:0005644</go:synonym>
            <go:synonym>NPC</go:synonym>
            <go:synonym>nuclear pore complex</go:synonym>
            <go:synonym>nuclear pore membrane protein</go:synonym>
            <go:definition>Any of the numerous similar discrete openings in the nuclear envelope of a eukaryotic cell, where the inner and outer nuclear membranes are joined.</go:definition>
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            <go:name>importin alpha-subunit nuclear export complex</go:name>
            <go:definition>A protein complex which usually consists of three components, eg. in Xenopus, the importin alpha-subunit/CAS/Ran, and which functions to shuttle the importin alpha-subunit out of the nucleus through the nuclear pore.</go:definition>
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            <go:name>NLS-dependent protein nuclear import complex</go:name>
            <go:definition>A protein complex which usually consists of three components, eg. in Xenopus, the importin alpha and beta-subunits and any protein which has a nuclear localization sequence (NLS). The complex acts to import proteins with an NLS into the nucleus through a nuclear pore.</go:definition>
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            <go:name>RNA nuclear export complex</go:name>
            <go:definition>A complex which usually consists of three components eg. in Xenopus and yeast, the export receptor CRM1 (also known as exportin 1), the Ran protein and any RNA with a nuclear export sequence (NES). The complex acts to export RNA molecules with a NES from the nucleus through a nuclear pore.</go:definition>
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            <go:name>nuclear ubiquitin ligase complex</go:name>
            <go:definition>A ubiquitin ligase complex found in the nucleus.</go:definition>
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            <go:name>anaphase-promoting complex</go:name>
            <go:synonym>APC</go:synonym>
            <go:synonym>cyclosome</go:synonym>
            <go:definition>A ubiquitin ligase complex that degrades mitotic cyclins and anaphase inhibitory protein, thereby triggering sister chromatid separation and exit from mitosis.</go:definition>
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            <go:name>nucleolus</go:name>
            <go:definition>A small, dense body one or more of which are present in the nucleus of eukaryotic cells. It is rich in RNA and protein, is not bounded by a limiting membrane, and is not seen during mitosis. Its prime function is the transcription of the nucleolar DNA into 45S ribosomal-precursor RNA, the processing of this RNA into 5.8S, 18S, and 28S components of ribosomal RNA, and the association of these components with 5S RNA and proteins synthesized outside the nucleolus. This association results in the formation of ribonucleoprotein precursors; these pass into the cytoplasm and mature into the 40S and 60S subunits of the ribosome.</go:definition>
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            <go:name>dense fibrillar component</go:name>
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            <go:accession>GO:0005736</go:accession>
            <go:name>DNA-directed RNA polymerase I complex</go:name>
            <go:definition>RNA polymerase I, one of three eukaryotic nuclear RNA polymerases, is a multisubunit complex; it produces rRNAs. Two large subunits comprise the most conserved portion including the catalytic site and share similarity with other eukaryotic and bacterial multisubunit RNA polymerases. The remainder of the complex is composed of smaller subunits (generally ten or more), some of which are also found in RNA polymerase III and others which are found in all three nuclear RNA polymerases. Although the core is competent to mediate ribonucleic acid synthesis, it requires additional factors to select the appropriate template.</go:definition>
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            <go:name>fibrillar center</go:name>
            <go:synonym>fibrillar centre</go:synonym>
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            <go:name>granular component</go:name>
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            <go:name>nucleolar ribonuclease P complex</go:name>
            <go:synonym>nucleolar RNase P complex</go:synonym>
            <go:definition>A ribonuclease P complex located in the nucleolus of a eukaryotic cell, where it catalyzes the 5' endonucleolytic cleavage of precursor tRNAs to yield mature tRNAs. Eukaryotic nucleolar ribonuclease P complexes generally contain a single RNA molecule that is necessary but not sufficient for catalysis, and several protein molecules.</go:definition>
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            <go:name>nucleolus organizer complex</go:name>
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            <go:name>ribonuclease MRP complex</go:name>
            <go:synonym>RNase MRP complex</go:synonym>
            <go:synonym>ribonuclease mitochondrial RNA processing complex</go:synonym>
            <go:definition>A ribonucleoprotein complex that performs the first cleavage in rRNA transcript processing and is also involved in mitochondrial RNA processing.</go:definition>
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            <go:name>RNA polymerase I transcription factor complex</go:name>
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            <go:name>RNA polymerase I upstream activating factor complex</go:name>
            <go:synonym>UAF</go:synonym>
            <go:definition>A complex required for the transcription of rDNA by RNA polymerase I. In yeast the complex consists of Rrrn5p, Rrn9p, Rrn10p, histones H3 and H4, and Uaf30p.</go:definition>
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            <go:name>small nucleolar ribonucleoprotein complex</go:name>
            <go:synonym>snoRNP</go:synonym>
            <go:definition>Any of various particulate complexes of proteins with molecules of small nucleolar RNA (any of a class of small RNAs that participate in the processing of ribosomal RNA; they contain a long stretch of sequence complementarity to conserved sequences in mature mRNA), found in the eukaryotic nucleolus. They are possibly the same as processosomes.</go:definition>
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            <go:name>nucleoplasm</go:name>
            <go:definition>That part of the nuclear content other than the chromosomes or the nucleolus.</go:definition>
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            <go:name>chromatin remodeling complex</go:name>
            <go:synonym>chromatin remodelling complex</go:synonym>
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            <go:name>brahma complex</go:name>
            <go:synonym>BRM complex</go:synonym>
            <go:definition>A multi-subunit ATP-dependent chromatin remodeling complex, a counterpart of the SWI/SNF complex that contains the ATPase product of the Drosophila brahma gene.</go:definition>
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            <go:name>chromatin accessibility complex</go:name>
            <go:synonym>CHRAC</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit complex that uses ATP to increase the general accessibility of DNA in chromatin. Unlike other known chromatin remodeling complexes, CHRAC can also function during chromatin assembly; it uses ATP to convert irregular chromatin into a regular array of nucleosomes with even spacing.</go:definition>
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            <go:name>chromatin assembly complex</go:name>
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            <go:name>ACF complex</go:name>
            <go:synonym>ATP-utilizing chromatin assembly and remodeling factor complex</go:synonym>
            <go:definition>A chromatin-remodeling complex that catalyzes the ATP-dependent assembly of periodic nucleosome arrays. In Drosophila, the complex comprises ACF1 and ISWI.</go:definition>
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            <go:name>chromatin silencing complex</go:name>
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            <go:name>RENT complex</go:name>
            <go:definition>A protein complex that mediates transcriptional silencing at the rDNA locus (the name derives from regulator of nucleolar silencing and telophase). In Saccharomyces the complex contains Net1p, Sir2p, Cdc14p, and at least one more subunit.</go:definition>
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            <go:name>COMPASS complex</go:name>
            <go:definition>The COMPASS complex (Complex Proteins Associated with Set1) consists of seven polypeptides, ranging from 130 to 25 kDa, and is related to the trithorax complexes.</go:definition>
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            <go:name>Lid2 complex</go:name>
            <go:definition>A complex containing Lid2; a protein that contains three PHD fingers, a BRIGHT domain, and a JmjC domain. The BRIGHT domain is a helix-turn-helix DNA binding domain with preference for AT-rich regions. The domain has no known function but may be involved in regulation of chromatin remodeling.</go:definition>
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            <go:name>RCAF complex</go:name>
            <go:synonym>replication-coupling assembly factor complex</go:synonym>
            <go:definition>A protein complex that facilitates the assembly of nucleosomes on to newly synthesized DNA. In Drosophila, the complex comprises ASF1 and histones H3 and H4.</go:definition>
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            <go:name>DNA-directed RNA polymerase II, holoenzyme</go:name>
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            <go:name>DNA-directed RNA polymerase II, core complex</go:name>
            <go:definition>RNA polymerase II, one of three eukaryotic nuclear RNA polymerases, is a multisubunit complex; it produces mRNAs, snoRNAs, and some of the snRNAs. Two large subunits comprise the most conserved portion including the catalytic site and share similarity with other eukaryotic and bacterial multisubunit RNA polymerases. The largest subunit of RNA polymerase II contains an essential carboxyl-terminal domain (CTD) composed of a variable number of heptapeptide repeats (YSPTSPS). The remainder of the complex is composed of smaller subunits (generally ten or more), some of which are also found in RNA polymerases I and III. Although the core is competent to mediate ribonucleic acid synthesis, it requires additional factors to select the appropriate template.</go:definition>
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            <go:synonym>TRAP complex</go:synonym>
            <go:definition>A protein complex that enables the RNA polymerase II-general RNA polymerase II transcription factor complex to react to transcriptional activator proteins; also enhances the level of basal transcription.</go:definition>
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            <go:name>Srb-mediator complex</go:name>
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            <go:name>transcription factor TFIIA complex</go:name>
            <go:definition>A component of the transcription machinery of RNA Polymerase II. In humans, TFIIA is a heterotrimer composed of an alpha (P35), beta (P19) and gamma subunits (P12).</go:definition>
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            <go:name>transcription factor TFIID complex</go:name>
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            <go:name>transcription factor TFIIE complex</go:name>
            <go:definition>A transcription factor which in humans consists of a complex of two alpha and two beta chains. Recruits TFIIH to the initiation complex and helps activate both RNA Pol II and TFIIH.</go:definition>
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            <go:name>transcription factor TFIIF complex</go:name>
            <go:definition>A general transcription initiation factor which in humans consists of a heterodimer of an alpha and a beta subunit. Helps recruit RNA Pol II to the initiation complex and promotes translation elongation.</go:definition>
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            <go:name>transcription factor TFIIH complex</go:name>
            <go:definition>A transcription factor which in humans consists of a complex of six protein subunits. Involved in transcription by RNA Pol II and in nucleotide excision repair.</go:definition>
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            <go:name>DNA-directed RNA polymerase III complex</go:name>
            <go:definition>RNA polymerase III, one of three eukaryotic nuclear RNA polymerases, is a multisubunit complex; it produces tRNAs and some of the snRNAs. Two large subunits comprise the most conserved portion including the catalytic site and share similarity with other eukaryotic and bacterial multisubunit RNA polymerases. The remainder of the complex is composed of smaller subunits (generally ten or more), some of which are also found in RNA polymerase I and others which are found in all three nuclear RNA polymerases. Although the core is competent to mediate ribonucleic acid synthesis, it requires additional factors to select the appropriate template.</go:definition>
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            <go:name>mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex</go:name>
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            <go:name>mRNA cleavage stimulating factor complex</go:name>
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            <go:name>nuclear body</go:name>
            <go:definition>Extra-nucleolar nuclear domains usually visualized by confocal microscopy and fluorescent antibodies to specific proteins.</go:definition>
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            <go:name>Cajal body</go:name>
            <go:synonym>coiled body</go:synonym>
            <go:definition>A class of nuclear body, first seen after silver staining by Cajal in 1903, enriched in small nuclear ribonucleoproteins, and certain general RNA polymerase II transcription factors; ultrastructurally, they appear as a tangle of coiled, electron-dense threads roughly 0.5 micrometers in diameter; involved in aspects of snRNP biogenesis; the protein coilin serves as a marker for Cajal bodies. Some argue that Cajal bodies are the sites for preassembly of transcriptosomes, unitary particles involved in transcription and processing of RNA.</go:definition>
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            <go:name>interchromatin granule</go:name>
            <go:synonym>ICG</go:synonym>
            <go:definition>A class of nuclear body measuring 20-25 nm in diameter and distributed throughout the interchromatin space, linked together by thin fibrils. They are believed to be storage centres for various snRNAs, snRNPs, serine/arginine-rich proteins and RNA polymerase II. A typical mammalian cell contains 25-50 clusters of interchromatin granules. Interchromatin granule clusters do not contain the heterogeneous nuclear RNA-binding proteins (hnRNPs).</go:definition>
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            <go:name>Lands</go:name>
            <go:definition>A class of nuclear body (Lands = LYSP100-associated nuclear domains); they are globular, electron-dense structures that may traffic between the nucleus and cytoplasm; they react against SP140 auto-antibodies.</go:definition>
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            <go:name>nuclear speck</go:name>
            <go:synonym>nuclear speckle</go:synonym>
            <go:synonym>speckle domain</go:synonym>
            <go:synonym>speckle focus</go:synonym>
            <go:synonym>splicing speckle</go:synonym>
            <go:definition>A discrete extra-nucleolar subnuclear domains, 20-50 in number, in which splicing factors are seen to be localized by immunofluorescence microscopy.</go:definition>
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            <go:name>omega speckle</go:name>
            <go:definition>A nucleoplasmic speckle distributed in the interchromatin space of cells in close proximity to chromatin. Omega speckles are distinct from interchromatin granules and contain heterogeneous nuclear RNA-binding proteins (hnRNPs).</go:definition>
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            <go:name>paraspeckles</go:name>
            <go:definition>Discrete subnuclear bodies in the interchromatin nucleoplasmic space, often located adjacent to nuclear specks. 10-20 paraspeckles are typically found in human cell nuclei.</go:definition>
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            <go:name>PML body</go:name>
            <go:synonym>ND10</go:synonym>
            <go:synonym>nuclear dot</go:synonym>
            <go:definition>A class of nuclear body; they react against SP100 auto-antibodies (PML, promyelocytic leukemia); cells typically contain 10-30 PML bodies per nucleus; alterations in the localization of PML bodies occurs after viral infection.</go:definition>
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            <go:name>nuclear RNA export factor complex</go:name>
            <go:definition>A complex of NXF1 and NXF2 required for the export of the majority of mRNAs from the nucleus to the cytoplasm; localized in the nucleoplasm and at both the nucleoplasmic and cytoplasmic faces of the nuclear pore complex; shuttles between the nucleus and the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>nucleosome remodeling complex</go:name>
            <go:definition>A protein complex that is required for the induced transcription of many genes; alters chromatin structure so as to allow the binding of specific RNA polymerase II transcription factors.</go:definition>
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            <go:name>ISWI1 complex</go:name>
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            <go:name>NURF complex</go:name>
            <go:synonym>nucleosome remodeling factor complex</go:synonym>
            <go:definition>A four subunit ISWI-containing protein complex that facilitates nucleosome mobility and transcriptional activation in an ATP-dependent manner. In contrast to other chromatin remodeling complexes, the ATPase activity of NURF requires nucleosomes rather than free DNA or histones.</go:definition>
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            <go:name>pre-replicative complex</go:name>
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            <go:name>transcription elongation factor complex</go:name>
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            <go:name>transcription elongation factor complex b</go:name>
            <go:definition>A complex of cyclin T and a cyclin-dependent protein kinase, catalyst (GO:0019907) that facilitates the transition from abortive to productive elongation by phosphorylating the CTD domain of the large subunit of DNA-directed RNA polymerase II, holoenzyme (GO:0016591).</go:definition>
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            <go:name>CCAAT-binding factor complex</go:name>
            <go:definition>A heteromeric transcription factor complex that binds to the CCAAT-box upstream of promoters; in Saccharomyces it activates the transcription of genes in response to growth in a nonfermentable carbon source; consists of four known subunits: HAP2, HAP3, HAP4 and HAP5.</go:definition>
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            <go:name>CCR4-NOT complex</go:name>
            <go:definition>A large multimeric transcription factor complex that can regulate transcription positively or negatively; consists of a core complex plus additional proteins; may interact with other proteins to control initiation of transcription. In Saccharomyces the core complex comprises Ccr4p, Caf1p, Not1p, Not2p, Not3p, Not4p, and Not5p; Caf4p, Caf16p, and several less well characterized proteins.</go:definition>
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            <go:name>CCR4-NOT core complex</go:name>
            <go:definition>The core of the CCR4-NOT transcription factor complex. In Saccharomyces the CCR4-NOT core complex comprises Ccr4p, Caf1p, Not1p, Not2p, Not3p, Not4p, and Not5p.</go:definition>
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            <go:name>core-binding factor complex</go:name>
            <go:definition>A heterodimer with alpha- and beta-subunits that binds the core site 5'-PYGPYGGT-3' of several enhancers and promoters; the beta-subunit enhances the DNA binding of the alpha-subunit.</go:definition>
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            <go:name>histone acetyltransferase complex</go:name>
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            <go:synonym>Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase complex</go:synonym>
            <go:definition>A large multiprotein complex that is required for the normal transcription of approximately 10% of yeast genes.</go:definition>
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            <go:name>SLIK (SAGA-like) complex</go:name>
            <go:synonym>SAGA (alt) complex</go:synonym>
            <go:synonym>SALSA complex</go:synonym>
            <go:synonym>SLIK/SALSA complex</go:synonym>
            <go:definition>A protein complex similar to the SAGA complex (GO:0000124) but with a smaller form of Spt7 and no Spt8. Although little is known about the SLIK complex, evidence suggests involvement of the general amino acid control pathway.</go:definition>
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            <go:name>transcription factor TFIIIC complex</go:name>
            <go:definition>A heterotrimeric transcription factor for eukaryotic RNA polymerase III promoters.</go:definition>
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            <go:name>histone deacetylase complex</go:name>
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            <go:synonym>Mi-2 complex</go:synonym>
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            <go:name>Sin3 complex</go:name>
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            <go:name>insulin control element activator complex</go:name>
            <go:synonym>ICE activator complex</go:synonym>
            <go:definition>Transcription factor complex that binds to the insulin control element (ICE), a DNA sequence element found within the 5'-flanking region of the insulin gene, and activates ICE-mediated transcription.</go:definition>
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            <go:name>selectivity factor SL1 complex</go:name>
            <go:definition>A RNA Pol I-specific protein complex which in humans has two subunits, tata-binding protein (TBP) and TBP-associated factor 1 (TAF1).</go:definition>
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            <go:name>snRNA-activating protein complex</go:name>
            <go:synonym>SNAPc</go:synonym>
            <go:definition>A protein complex that recognizes the proximal sequence element of RNA polymerase II and III snRNA promoters.</go:definition>
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            <go:name>transcription factor TFIIIB complex</go:name>
            <go:definition>A transcription factor for eukaryotic RNA polymerase III promoters that is an RNA polymerase binding protein.</go:definition>
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                <go:reference>TIGR00598 DNA repair protein</go:reference>
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            <go:synonym>NEF4</go:synonym>
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            <go:name>repairosome</go:name>
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            <go:name>perinuclear space</go:name>
            <go:definition>The zone, 20-40 nm wide, between the two lipid bilayers of the nuclear envelope.</go:definition>
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            <go:name>pronucleus</go:name>
            <go:definition>The nucleus of either the ovum or the spermatozoon following fertilization. Thus, in the fertilized ovum, there are two pronuclei, one originating from the ovum, the other from the spermatozoon that brought about fertilization; they approach each other, but do not fuse until just before the first cleavage, when each pronucleus loses its membrane to release its contents.</go:definition>
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            <go:name>replication compartment</go:name>
            <go:definition>Globular nuclear domains where the transcription and replication of the viral genome occurs. More than one site can be present simultaneously.</go:definition>
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            <go:name>retrotransposon nucleocapsid</go:name>
            <go:synonym>VLP</go:synonym>
            <go:synonym>Virus-like particle</go:synonym>
            <go:definition>A complex of the retrotransposon RNA genome, reverse transcriptase, integrase, and associated molecules required for reproduction and integration of the retrotransposon into the host genome; the main structural molecule of the nucleocapsid is often a gag protein homolog.</go:definition>
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            <go:name>signalosome complex</go:name>
            <go:synonym>COP9 complex</go:synonym>
            <go:definition>A complex involved in many regulatory process, including some which control development, in many species; also regulates photomorphogenesis in plants; in many species its subunits are highly similar to those of the proteasome; a distinguishing feature is its activity in deneddylation.</go:definition>
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            <go:name>single-stranded DNA dependent ATP dependent DNA helicase complex</go:name>
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            <go:name>small nuclear ribonucleoprotein complex</go:name>
            <go:synonym>snRNP</go:synonym>
            <go:definition>Any of various particulate complexes of proteins with molecules of small nuclear RNA (snRNA), found in the eukaryotic nucleus; the particles are 250 kDa. They are named according to the snRNAs they contain: the U4/U6 snRNP, eg. contains U4 and U6 snRNA. They are involved in RNA splicing (see spliceosome). Patients with systemic lupus erythematosus make antibodies directed against one or more snRNPs.</go:definition>
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            <go:name>snRNP U1</go:name>
            <go:definition>Ribonucleoprotein complex containing small nuclear RNA U1; a component of the major spliceosome complex.</go:definition>
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            <go:definition>A ribonucleoprotein complex, that includes the U7 snRNA, required for the 3'-end processing of replication dependent histone pre-mRNAs.</go:definition>
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            <go:synonym>U4/U6 . U5 snRNP complex</go:synonym>
            <go:definition>A complex composed of three small nuclear ribonucleoproteins, snRNP U4, snRNP U6 and snRNP U5.</go:definition>
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            <go:name>spliceosome complex</go:name>
            <go:definition>A ribonucleoprotein complex, containing RNA and small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) that is assembled during the splicing of messenger RNA primary transcript to excise an intron.</go:definition>
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            <go:name>commitment complex</go:name>
            <go:synonym>E complex</go:synonym>
            <go:definition>The first portion of the spliceosome to assemble in mRNA splicing; in commitment complex formation the 5' and 3' splice sites are recognized by the U1 snRNP and the U2 snRNP auxiliary factor, respectively.</go:definition>
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            <go:name>major (U2-dependent) spliceosome</go:name>
            <go:synonym>GT-AG spliceosome</go:synonym>
            <go:synonym>major spliceosome</go:synonym>
            <go:definition>The major (U2-dependent) spliceosome is composed of five snRNP complexes (U1, U2, U4, U5, and U6) as well as many non-snRNP proteins. It acts through many RNA-RNA, RNA-protein, and protein-protein interactions to precisely excise each intron and join the flanking exons.</go:definition>
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            <go:name>minor (U12-dependent) spliceosome complex</go:name>
            <go:synonym>AT-AC spliceosome</go:synonym>
            <go:synonym>minor spliceosome</go:synonym>
            <go:definition>The minor (U12-dependent) spliceosome is composed of the snRNPs, U11, U12, U4atac, U6atac, and U5 (which is also a component of the major spliceosome). This minor form of the spliceosome is responsible for the splicing of the majority of introns with atypical AT-AC terminal dinucleotides, as well as other non-canonical introns. The entire splice site signal, not just the terminal dinucleotides, is involved in determining which spliceosome utilizes the site.</go:definition>
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            <go:name>telomerase holoenzyme complex</go:name>
            <go:definition>Telomerase is a ribonucleoprotein enzyme complex, with a minimal catalytic core composed of a catalytic reverse transcriptase subunit and an RNA subunit that provides the template for telomeric DNA addition. In vivo, the holoenzyme complex often contains additional subunits.</go:definition>
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            <go:name>telomerase catalytic core complex</go:name>
            <go:definition>The minimal catalytic core of telomerase is a ribonucleoprotein complex composed of a catalytic reverse transcriptase subunit and an RNA subunit that provides the template for telomeric DNA addition.</go:definition>
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            <go:name>transcription export complex</go:name>
            <go:synonym>TREX complex</go:synonym>
            <go:definition>The transcription export (TREX) complex couples transcription elongation by RNA polymerase II to mRNA export. The complex associates with the polymerase and travels with it along the length of the transcribed gene. TREX is composed of the THO transcription elongation complex as well as other proteins that couple THO to mRNA export proteins. The TREX complex is known to be found in a wide range of eukaryotes, including S. cerevisiae and metazoans.</go:definition>
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            <go:name>THO complex</go:name>
            <go:definition>The THO complex is an oligomeric complex, primarily located in the nucleus, that is involved in transcription elongation by RNA polymerase II and is crucial for transcription of certain coding regions. The complex, though not each of the individual subunits, is found in a range of eukaryotic organisms, from S. cerevisiae to metazoans.</go:definition>
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            <go:name>tRNA-intron endonuclease complex</go:name>
            <go:definition>Catalysis of the endonucleolytic cleavage of pre-tRNA, producing 5'-hydroxyl and 2',3'-cyclic phosphate termini, and specifically removing the intron.</go:definition>
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            <go:name>viral integration complex</go:name>
            <go:definition>Virus specific complex of protein required for integrating viral genomes into the host genome.</go:definition>
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            <go:name>viral replication complex</go:name>
            <go:definition>Specific locations and structures in the virus infected cell involved in replicating the viral genome.</go:definition>
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            <go:name>viral transcriptional complex</go:name>
            <go:definition>Specific locations and structures in the virus infected cell involved in transcribing the viral genome.</go:definition>
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            <go:name>oxoglutarate dehydrogenase complex</go:name>
            <go:definition>A complex of multiple copies of three enzymatic components: oxoglutarate dehydrogenase (lipoamide) ; GO:0004591 ; EC:1.2.4.2 (E1), dihydrolipoamide S-succinyltransferase ; GO:0004149 ; EC:2.3.1.61 (E2) and dihydrolipoamide dehydrogenase ; GO:0004148 ; EC:1.8.1.4 (E3); catalyzes the overall conversion of 2-oxoglutarate to succinyl-CoA and carbon dioxide (CO2) within the mitochondrial matrix (GO:0005759).</go:definition>
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                <go:reference>TIGR00239 2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component</go:reference>
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                <go:reference>TIGR01347 2-oxoglutarate dehydrogenase, E2 component, dihydrolipoamide succinyltransferase</go:reference>
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            <go:name>proton-transporting ATP synthase complex</go:name>
            <go:synonym>hydrogen-transporting ATP synthase</go:synonym>
            <go:definition>The enzyme that is responsible for the phosphorylation of ADP to ATP in mitochondria, during oxidative phosphorylation; it catalyzes the hydrolysis of ATP to ADP and orthophosphate.</go:definition>
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            <go:name>proton-transporting ATP synthase complex (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>hydrogen-transporting ATP synthase</go:synonym>
            <go:definition>The enzyme that is responsible for the phosphorylation of ADP to ATP in mitochondria, during oxidative phosphorylation; it catalyzes the hydrolysis of ATP to ADP and orthophosphate. Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing about 25 different polypeptide subunits, including NADH dehydrogenase (ubiquinone), flavin mononucleotide and several different iron-sulfur clusters containing non-heme iron; the iron undergoes oxidation-reduction between Fe(II) and Fe(III). Catalyzes proton translocation linked to the oxidation of NADH by ubiquinone. Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:synonym>succinate dehydrogenase</go:synonym>
            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing the four polypeptide subunits of succinate dehydrogenase, flavin-adenine dinucleotide and iron-sulfur. Catalyzes the oxidation of succinate by ubiquinone. Connects the TCA cycle with the respiratory chain.</go:definition>
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            <go:definition>A membrane-bound flavoenzyme complex consisting of four subunits, A, B, C, and D. A and B comprise the membrane-extrinsic catalytic domain and C (INTERPRO:003510; INTERPRO:004224) and D (INTERPRO:003418) link the catalytic centers to the electron-transport chain. This family consists of the 13 kDa hydrophobic subunit D. This component may be required to anchor the catalytic components of the fumarate reductase complex to the cytoplasmic membrane. Fumarate reductase couples the reduction of fumarate to succinate to the oxidation of quinol to quinone, in a reaction opposite to that catalyzed by the related complex II of the respiratory chain (succinate dehydrogenase-(ubiquinone); GO:0008177; GO:0008136).</go:definition>
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            <go:definition>A membrane-bound flavoenzyme complex consisting of four subunits, A, B, C, and D. A and B comprise the membrane-extrinsic catalytic domain and C (INTERPRO:003510; INTERPRO:00224) and D (INTERPRO:003418) link the catalytic centers to the electron-transport chain. This family consists of the 13 kDa hydrophobic subunit D. This component may be required to anchor the catalytic components of the fumarate reductase complex to the cytoplasmic membrane. Fumarate reductase couples the reduction of fumarate to succinate to the oxidation of quinol to quinone, in a reaction opposite to that catalyzed by the related complex II of the respiratory chain (succinate dehydrogenase-(ubiquinone); GO:0008177; GO:0008136). Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:definition>A multimeric complex which consists of flavoprotein (subunit A ; INTERPRO:003952), iron-sulfur protein (subunit B) and membrane-bound cytochrome b560 (subunit C; INTERPRO:000701). In some Archaea, the membrane-bound subunits (C or C and D) do not necessarily contain heme. Membrane-bound subunits can bind/react with quinones. Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:definition>A multimeric complex which consists of flavoprotein (subunit A ; INTERPRO:003952), iron-sulfur protein (subunit B) and membrane-bound cytochrome b560 (subunit C; INTERPRO:000701). In some Archaea, the membrane-bound subunits (C or C and D) do not necessarily contain heme. Membrane-bound subunits can bind or react with quinones.</go:definition>
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            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing about 10 polypeptide subunits including four redox centers: cytochrome b/b6, cytochrome c1 and an 2Fe-2S cluster. Catalyzes the oxidation of ubiquinol by oxidized cytochrome c1.</go:definition>
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            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing about 10 polypeptide subunits including four redox centers: cytochrome b/b6, cytochrome c1 and an 2Fe-2S cluster. Catalyzes the oxidation of ubiquinol by oxidized cytochrome c1. Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:definition>An enzyme complex that contains cytochrome b/b6 and cytochrome c1. Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing the 13 polypeptide subunits of cytochrome c oxidase, including cytochrome a and cytochrome a3. Catalyzes the oxidation of reduced cytochrome c by dioxygen (O2).</go:definition>
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            <go:synonym>cytochrome c oxidase (sensu Bacteria)</go:synonym>
            <go:definition>A part of the respiratory chain, containing the 13 polypeptide subunits of cytochrome c oxidase, including cytochrome a and cytochrome a3. Catalyzes the oxidation of reduced cytochrome c by dioxygen (O2). Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:definition>A macromolecular complex containing both protein and RNA molecules.</go:definition>
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            <go:name>micro-ribonucleoprotein complex</go:name>
            <go:synonym>miRNP complex</go:synonym>
            <go:definition>A complex containing both protein and micro-RNA (miRNA) molecules. miRNAs are approximately 22 nucleotide noncoding RNAs derived from endogenous genes; they are processed from the stem of a longer hair-pin like structure termed a pre-miRNA.</go:definition>
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            <go:name>polysome</go:name>
            <go:synonym>polyribosome</go:synonym>
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            <go:name>ribonuclease P complex</go:name>
            <go:synonym>RNase P complex</go:synonym>
            <go:definition>A ribonucleoprotein complex that catalyzes cleavage of the leader sequence of precursor tRNAs (pre-tRNAs), generating the mature 5' end of tRNAs.</go:definition>
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            <go:name>ribonuclease P complex (sensu Archaea)</go:name>
            <go:synonym>RNase P complex (sensu Archaea)</go:synonym>
            <go:definition>A ribonuclease P complex in an archaebacterial cell. Archaebacterial ribonuclease P complexes generally contain a single RNA molecule and several protein molecules.</go:definition>
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            <go:name>ribonuclease P complex (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:synonym>RNase P complex (sensu Bacteria)</go:synonym>
            <go:definition>A ribonuclease P complex in a bacterial cell. Bacterial ribonuclease P complexes generally contain a single RNA molecule that is necessary and usually sufficient for catalysis, and a single protein molecule.</go:definition>
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            <go:name>RNA polymerase complex</go:name>
            <go:definition>Any complex that possesses RNA polymerase activity; generally comprises a catalytic subunit and one or more additional subunits.</go:definition>
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            <go:name>succinate dehydrogenase complex (ubiquinone)</go:name>
            <go:definition>The enzyme that catalyzes the oxidation of succinate and ubiquinone to fumarate and ubiquinol; involved in aerobic respiration, repressed in anaerobic respiration.</go:definition>
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            <go:name>succinate dehydrogenase complex (ubiquinone) (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>The enzyme that catalyzes the oxidation of succinate and ubiquinone to fumarate and ubiquinol; involved in aerobic respiration, repressed in anaerobic respiration. Found in bacteria.</go:definition>
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            <go:name>thylakoid</go:name>
            <go:synonym>photosynthetic membrane</go:synonym>
            <go:definition>A sac-like vesicle that bears the photosynthetic pigments in photosynthetic organisms. In prokaryotes the thylakoids are of various shapes and are attached to the plasma membrane. In eukaryotes they are flattened, membrane-bound disk-like structures located in the chloroplasts; in the chloroplasts of higher plants the thylakoids form dense stacks called grana. Isolated thylakoid preparations can carry out photosynthetic electron transport and the associated phosphorylation.</go:definition>
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            <go:name>light-harvesting complex</go:name>
            <go:synonym>antenna complex</go:synonym>
            <go:definition>A protein-pigment complex that may be closely or peripherally associated to photosynthetic reaction centers that participate in harvesting and transferring radiant energy to the reaction center.</go:definition>
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            <go:name>light-harvesting complex (sensu Proteobacteria)</go:name>
            <go:definition>A light-harvesting complex as found in Proteobacteria.</go:definition>
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            <go:name>light-harvesting complex, core complex</go:name>
            <go:definition>Light harvesting complex associated with the reaction complex of photosynthetic purple bacteria.</go:definition>
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            <go:synonym>LH1 complex</go:synonym>
            <go:synonym>light harvesting complex I</go:synonym>
            <go:definition>Protein complex that surrounds and transfers excitation energy directly to the bacterial reaction center; binds bacteriochlorophyll a and has a single absorption band between 870 and 890 nm.</go:definition>
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            <go:name>light-harvesting complex, peripheral complex</go:name>
            <go:definition>Bacteriochlorophyll a binding complex that is peripherally associated to the bacterial reaction center.</go:definition>
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            <go:name>B800-820 antenna complex</go:name>
            <go:synonym>LH3 complex</go:synonym>
            <go:synonym>light harvesting complex III</go:synonym>
            <go:definition>Protein-pigment complex that absorbs light at 800 and 820 nm; is peripherally associated to the bacterial reaction center; transfers excitation energy to the B875 antenna complex.</go:definition>
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            <go:name>B800-850 antenna complex</go:name>
            <go:synonym>LH2 complex</go:synonym>
            <go:synonym>light harvesting complex II</go:synonym>
            <go:definition>Protein-pigment complex that absorbs light at 800 and 850 nm; is peripherally associated to the bacterial reaction center; transfers excitation energy to the B875 antenna complex.</go:definition>
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            <go:name>photosynthetic electron transport chain</go:name>
            <go:definition>A series of membrane-linked oxidation-reduction reactions in which electrons are transferred from an initial electron donor through a series of intermediates to a final electron acceptor (usually oxygen).</go:definition>
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            <go:name>cytochrome b6f complex</go:name>
            <go:definition>Complex that transfers electrons from reduced plastoquinone to oxidized plastocyanin and translocates protons from the stroma to the lumen.</go:definition>
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            <go:definition>Heterotrimeric enzyme complex, which in humans is composed of two large subunits of the same size, and one smaller subunit. Functions in the addition of nucleotide-activated sugars onto the polypeptide.</go:definition>
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            <go:definition>Double layer of lipid molecules that encloses all cells, and, in eukaryotes, many organelles; may be a single or double lipid bilayer, also includes associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>endomembrane system</go:name>
            <go:definition>A collection of membranous structures involved in transport within the cell. The main components of the endomembrane system are endoplasmic reticulum, Golgi bodies, vesicles, cell membrane and nuclear envelope. Members of the endomembrane system pass materials through each other or though the use of vesicles.</go:definition>
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            <go:definition>The continuous network of membranes encompassing the outer nuclear membrane and the endoplasmic reticulum.</go:definition>
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            <go:name>annulate lamellae</go:name>
            <go:definition>Stacks of ER membranes containing a high density of nuclear pores, thought to form from excess nuclear membrane components, that have been described in a number of different cells. Annulate lamellar membranes are continuous with and embedded within the ER.</go:definition>
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            <go:definition>The outer lipid bilayer of the nuclear envelope; continuous with the endoplasmic reticulum of the cell and sometimes studded with ribosomes.</go:definition>
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            <go:name>vesicle membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane surrounding any vesicle in the cell.</go:definition>
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            <go:name>catenin complex</go:name>
            <go:definition>Complex of peripheral cytoplasmic proteins (alpha-, beta- and gamma-catenin) that interact with the cytoplasmic region of uvomorulin/E-cadherin to connect it to the actin cytoskeleton.</go:definition>
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            <go:name>extrinsic to plasma membrane, GPI-anchored</go:name>
            <go:definition>Bound by covalent linkage to glycosylphosphatidylinositol (GPI), on one or other surface of the plasma membrane, but not integrated into the hydrophobic region.</go:definition>
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            <go:name>heterotrimeric G-protein complex</go:name>
            <go:definition>Any of a family of heterotrimeric GTP-binding and hydrolyzing proteins; they belong to a superfamily of GTPases that includes monomeric proteins such as EF-Tu and RAS. Heterotrimeric G-proteins consist of three subunits; the alpha subunit contains the guanine nucleotide binding site and possesses GTPase activity; the beta and gamma subunits are tightly associated and function as a beta-gamma heterodimer; extrinsic plasma membrane proteins (cytoplasmic face) that function as a complex to transduce signals from G-protein coupled receptors (GO:0004930) to an effector protein.</go:definition>
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            <go:definition>Complexes that bind interleukin-4; consist of alpha, beta, and gamma chains and exist in three forms, one containing extracellular transmembrane and cytoplasmic domains, one lacking the cytoplasmic domain and a third that is secreted.</go:definition>
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            <go:definition>A enzyme complex of which the core is a heterodimer composed of a light (alpha) and heavy (beta) chain, and requires several other water-soluble proteins of cytosolic origin for activity. Functions in superoxide generation by the NADPH-dependent reduction of O2.</go:definition>
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            <go:definition>A heterodimeric receptor for the cytokine oncostatin-M (OSM). In humans the receptor complex is made up of the gene products gp130 and OSMR-beta.</go:definition>
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            <go:synonym>sodium pump</go:synonym>
            <go:definition>Sodium/potassium-exchanging ATPases are tetrameric proteins, consisting of two large alpha subunits and two smaller beta subunits. The alpha subunits bear the active site and penetrate the membrane, while the beta subunits carry oligosaccharide groups and face the cell exterior.</go:definition>
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            <go:name>voltage-gated sodium channel complex</go:name>
            <go:synonym>voltage-sensitive sodium channel complex</go:synonym>
            <go:definition>A sodium channel in a cell membrane whose opening is governed by the membrane potential.</go:definition>
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            <go:synonym>LPS receptor complex</go:synonym>
            <go:definition>A multiprotein complex that consists of at least three proteins, CD14, TLR4, and MD-2, each of which is glycosylated.</go:definition>
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            <go:definition>An enzyme that catalyzes the hydrolysis of protein and peptide substrates, preferentially on carboxyl side of hydrophobic residues.</go:definition>
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            <go:name>pore complex</go:name>
            <go:synonym>pore</go:synonym>
            <go:definition>Any small opening in a membrane that allows the passage of gases and/or liquids.</go:definition>
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            <go:name>proton-transporting two-sector ATPase complex</go:name>
            <go:synonym>hydrogen-transporting two-sector ATPase complex</go:synonym>
            <go:definition>A multisubunit non-phosphorylated ATPase that is involved in the transport of ions. Large enzymes of mitochondria, chloroplasts and bacteria with a membrane sector (F0, V0, A0) and a cytoplasmic compartment sector (F1, V1, A1). The F-type enzymes of the inner mitochondrial and thylakoid membranes act as ATP synthases. All of the enzymes included here operate in a rotational mode, where the extramembrane sector (containing 3 a and 3 b subunits) is connected via the d-subunit to the membrane sector by several smaller subunits. Within this complex, the g and e subunits, as well as the 9-12 c subunits rotate by consecutive 120 degree angles and perform parts of ATP synthesis. This movement is driven by the hydrogen ion electrochemical potential gradient. The V-type (in vacuoles and clathrin-coated vesicles) and A-type (archebacterial) enzymes have a similar structure but, under physiological conditions, they pump hydrogen ion rather than synthesize ATP.</go:definition>
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            <go:name>sodium-transporting two-sector ATPase complex</go:name>
            <go:definition>A multisubunit non-phosphorylated ATPase that is involved in the transport of ions.</go:definition>
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            <go:synonym>plasmalemma</go:synonym>
            <go:definition>The membrane surrounding a cell that separates the cell from its external environment. It consists of a phospholipid bilayer and associated proteins.</go:definition>
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            <go:name>1,3-beta-glucan synthase complex</go:name>
            <go:definition>The complex that catalyzes the transfer of a glucose moiety from UDP-glucose to a 1,3-beta-D-glucan chain.</go:definition>
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            <go:name>apical plasma membrane</go:name>
            <go:definition>Part of the plasma membrane at the apical end of the cell.</go:definition>
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            <go:name>intracellular canaliculus</go:name>
            <go:definition>A narrow enfolded luminal membrane channel, lined with numerous microvilli, that appears to extend into the cytoplasm of the cell. A specialized network of intracellular canaliculi is a characteristic feature of parietal cells of the gastric mucosa in vertebrates.</go:definition>
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            <go:name>apicolateral plasma membrane</go:name>
            <go:definition>The apical end of the lateral plasma membrane of epithelial cells.</go:definition>
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            <go:name>cell-matrix junction</go:name>
            <go:definition>A specialized region of connection between a cell and the extracellular matrix.</go:definition>
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            <go:name>cell-substrate adherens junction</go:name>
            <go:definition>An adherens junction which connects a cell to the extracellular matrix.</go:definition>
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            <go:name>apical hemi-adherens junction</go:name>
            <go:synonym>apical dense plaque</go:synonym>
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            <go:name>connecting hemi-adherens junction</go:name>
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            <go:name>focal adhesion</go:name>
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            <go:synonym>focal contact</go:synonym>
            <go:synonym>hemi-adherens junction</go:synonym>
            <go:definition>Small region on the surface of a cell that anchors the cell to the extracellular matrix and that are points of termination of actin filaments.</go:definition>
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            <go:name>hemidesmosome</go:name>
            <go:definition>Point of contact between the basal surface of epithelial cells and the basal lamina. Morphologically resembles desmosomes; attached to intermediate filaments.</go:definition>
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            <go:definition>An adherens junction which connects two cells to each other.</go:definition>
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            <go:synonym>intercalated disc</go:synonym>
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            <go:definition>Invertebrate-specific cell-cell junctions which form a band around the apical borders of epithelial cells and attach to actin filaments.</go:definition>
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            <go:synonym>zonula continua</go:synonym>
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            <go:name>zonula adherens</go:name>
            <go:synonym>belt desmosome</go:synonym>
            <go:synonym>intermediate junction</go:synonym>
            <go:definition>Cell-cell adherens junction which forms a continuous belt near the apex of epithelial cells.</go:definition>
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            <go:synonym>macula adherens</go:synonym>
            <go:synonym>spot desmosome</go:synonym>
            <go:definition>Button-like point of intercellular contact through which the intermediate filaments of adjacent cells are connected indirectly.</go:definition>
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            <go:synonym>communicating junction</go:synonym>
            <go:synonym>macula communicans</go:synonym>
            <go:synonym>zonula communicans</go:synonym>
            <go:definition>Any specialized areas of the plasma membranes of adjacent cells where the membranes are 2-4 nm apart and penetrated by a connexon.</go:definition>
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            <go:name>connexon complex</go:name>
            <go:definition>An assembly of six molecules of connexin, made in the Golgi apparatus and subsequently transported to the plasma membrane, where docking of two connexons on apposed plasma membranes across the extracellular space forms a gap junction.</go:definition>
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            <go:name>intercellular canaliculus</go:name>
            <go:definition>An extremely narrow tubular channel located between adjacent cells. An instance of this is the secretory canaliculi occurring between adjacent parietal cells in the gastric mucosa of vertebrates.</go:definition>
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            <go:synonym>plasmodesmata</go:synonym>
            <go:definition>A fine cytoplasmic channel, found in all higher plants, that connects the cytoplasm of one cell to that of an adjacent cell.</go:definition>
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            <go:name>plasmodesmatal cytoplasmic sleeve</go:name>
            <go:synonym>plasmodesmatal cytoplasmic annulus</go:synonym>
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            <go:name>plasmodesmatal desmotubule</go:name>
            <go:definition>A narrow cylindrical tubule that runs through the center of a plasmodesma connecting two cells. The latter appears to be continuous with elements of the ER membrane of the interconnected cells.</go:definition>
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            <go:name>subapical complex</go:name>
            <go:definition>The most apical region of the lateral plasma membrane of an invertebrate epithelial cell. The subapical complex lies above the zonula adherens and the septate junction, and is comparable to the position of the tight junction of vertebrate cells.</go:definition>
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            <go:synonym>zonula occludens</go:synonym>
            <go:definition>A belt-like region of very close contact between the plasma membranes of adjacent cells so that the intercellular space is completely occluded. They occur in epithelia and brain endothelia.</go:definition>
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            <go:name>auxin efflux carrier complex</go:name>
            <go:definition>The protein complex associated with the plasma membrane of certain plant cells (eg. root cortex, epidermal cells) that functions to transport auxin out of the cell.</go:definition>
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            <go:name>basolateral plasma membrane</go:name>
            <go:definition>Part of the plasma membrane that includes the basal end and sides of the cell. Often used in reference to animal polarized epithelial membranes, where the basal membrane is the part attached to the extracellular matrix, or in plant cells, where the basal membrane is defined with respect to the zygotic axis.</go:definition>
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            <go:name>basal plasma membrane</go:name>
            <go:definition>Part of the plasma membrane at the basal end of the cell. Often used in reference to animal polarized epithelial membranes, where the basal membrane is the part attached to the extracellular matrix, or in plant cells, where the basal membrane is defined with respect to the zygotic axis.</go:definition>
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            <go:name>brush border</go:name>
            <go:definition>Dense covering of microvilli on the apical surface of epithelial cells in the intestine and kidney; the microvilli aid absorption by increasing the surface area of the cell.</go:definition>
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            <go:name>caveola</go:name>
            <go:synonym>caveolae</go:synonym>
            <go:definition>A small pit, depression, or invagination, such as any of the minute pits or incuppings of the cell membrane formed during pinocytosis, that communicates with the outside of a cell and extends inward, indenting the cytoplasm and the cell membrane. Such caveolae may be pinched off to form free vesicles within the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>caveolar membrane</go:name>
            <go:definition>The membrane area of caveolae, the small pits, depressions, or invaginations found in the plasma membrane of cells. Caveolar membrane is characterized by the presence of caveolins, which constitute the major protein component of caveolar membrane in vivo.</go:definition>
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            <go:name>flotillin complex</go:name>
            <go:definition>A heteromeric complex of flotillin 1, flotillin 2, caveolin 1 and caveolin 2 within the caveolar membrane (GO:0016599).</go:definition>
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            <go:name>cell junction</go:name>
            <go:definition>A specialized region of connection between two cells or between a cell and the extracellular matrix.</go:definition>
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            <go:name>adherens junction</go:name>
            <go:definition>A cell junction at which the cytoplasmic face of the plasma membrane is attached to actin filaments.</go:definition>
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            <go:name>coated pit</go:name>
            <go:definition>An invagination of the cell membrane of many eukaryotic cells, concerned in receptor-mediated selective transport of many proteins and other macromolecules across the cell membrane. During endocytosis it is converted into a coated vesicle. The coat is of clathrin.</go:definition>
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            <go:name>filopodium</go:name>
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            <go:synonym>microspike</go:synonym>
            <go:definition>Thin, stiff protrusion extended by the leading edge of a motile cell such as a crawling fibroblast or an axonal growth cone; usually approximately 0.1 um wide, 5-10 um long, can be up to 50 um long in axon growth cones; contains a loose bundle of about 20 actin filaments oriented with their plus ends pointing outward.</go:definition>
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            <go:definition>A multiprotein complex that functions as an antibody and is embedded in the plasma membrane. Immunoglobulins are composed of two identical heavy chains and two identical light chains, held together by disulfide bonds. Membrane bound Igs include IgA, IgB and IgC.</go:definition>
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            <go:name>immunological synapse</go:name>
            <go:definition>An area of close contact between a lymphocyte (T-, B-, or natural killer cell) and a target cell formed through the clustering of particular signaling and adhesion molecules and their associated lipid rafts on both the lymphocyte and the target cell and facilitating activation of the lymphocyte, transfer of membrane from the target cell to the lymphocyte, and in some situations killing of the target cell through release of secretory granules and/or death-pathway ligand-receptor interaction.</go:definition>
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            <go:name>B-cell receptor complex</go:name>
            <go:synonym>BCR</go:synonym>
            <go:definition>A receptor complex usually consisting of an antigen-binding subunit (the membrane immunoglobulin or mIg), which is composed of two immunoglobulin heavy chains (IgHs) and two light chains (IgLs), and a signaling subunit, which is a disulfide-linked heterodimer of Ig-alpha and Ig-beta proteins. The complex functions in antigen recognition.</go:definition>
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            <go:name>MHC protein complex</go:name>
            <go:definition>A transmembrane protein complex usually composed of an alpha and a beta chain. Functions in the presentation of antigen to the immune system.</go:definition>
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            <go:name>MHC class I protein complex</go:name>
            <go:definition>A transmembrane protein complex usually composed of a polymorphic alpha chain and an invariant beta2-microglobin chain. Functions in the presentation of endogenous antigen to the immune system.</go:definition>
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            <go:name>MHC class II protein complex</go:name>
            <go:definition>A transmembrane protein complex usually composed of an alpha and beta chain. Functions in the presentation of exogenous antigen to the immune system.</go:definition>
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            <go:name>T-cell receptor complex</go:name>
            <go:synonym>TCR</go:synonym>
            <go:definition>A receptor complex usually consisting of a TCR- (T-cell receptor) alpha and beta chain heterodimer, two CD3-epsilon chains, a CD3-gamma chain, a CD3-delta chain and a zeta chain homodimer. The complex mediates antigen recognition, ultimately resulting in T-cell activation.</go:definition>
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            <go:name>internal side of plasma membrane</go:name>
            <go:definition>The side of the plasma membrane that faces the cytoplasm.</go:definition>
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            <go:name>lamellipodium</go:name>
            <go:definition>A thin sheetlike process extended by the leading edge of a crawling fibroblast; contains a dense meshwork of actin filaments.</go:definition>
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            <go:name>lateral plasma membrane</go:name>
            <go:definition>The membranes on the sides of epithelial cells which lie at the interface of adjacent cells.</go:definition>
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            <go:name>lipid raft</go:name>
            <go:definition>Specialized membrane domains composed mainly of cholesterol and sphingolipids, and are relatively poor in polyunsaturated lipids such as glycerophospholipids. The formation of these membrane domains is promoted by the presence of cholesterol in the lipid bilayer: the rigid hexagonal rings of cholesterol can pack tightly against the saturated hydrocarbon chains of some membrane lipids, allowing these lipids to assemble into cohesive units floating in the mass of loosely packed polyunsaturated plasma membrane components.</go:definition>
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            <go:definition>An intracellular, often complex, membranous structure, sometimes with additional membranous lamellae inside, found in bacteria. They are associated with synthesis of DNA and secretion of proteins.</go:definition>
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            <go:name>microvillus</go:name>
            <go:definition>Thin cylindrical membrane-covered projections on the surface of an animal cell containing a core bundle of actin filaments. Present in especially large numbers on the absorptive surface of intestinal cells.</go:definition>
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            <go:name>rhabdomere</go:name>
            <go:definition>The specialized microvillar organelle on the apical surfaces of a photoreceptor cell containing the visual pigment rhodopsin and most of the proteins involved in phototransduction.</go:definition>
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            <go:name>subrhabdomeral cisterna</go:name>
            <go:definition>The internal stores of calcium found at the base of the rhabdomere.</go:definition>
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            <go:name>ruffles</go:name>
            <go:definition>Projections at the leading edge of a crawling cell; the protrusions are supported by a microfilament meshwork.</go:definition>
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            <go:name>sarcolemma</go:name>
            <go:definition>The outer membrane of a muscle fiber, consisting of the plasma membrane, a covering basement membrane (about 100 nm thick and sometimes common to more than one fiber), and the associated loose network of collagen fibers.</go:definition>
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            <go:name>T-tubule</go:name>
            <go:definition>Invagination of the plasma membrane of a muscle cell that extends inward from the cell surface around each myofibril. The ends of T-tubules make contact with the sarcoplasmic reticulum membrane.</go:definition>
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            <go:name>type I protein secretion system complex</go:name>
            <go:definition>A complex of three secretory proteins that carry out secretion in the type I secretion system: an inner membrane transport ATPase (termed ABC protein for ATP-binding cassette), which provides the energy for protein secretion; an outer membrane protein, which is exported via the sec pathway; and a membrane fusion protein, which is anchored in the inner membrane and spans the periplasmic space.</go:definition>
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            <go:name>type II protein secretion system complex</go:name>
            <go:synonym>type II protein (Sec) secretion system complex</go:synonym>
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                <go:reference>TIGR01710 general secretion pathway protein G</go:reference>
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            <go:name>type III protein secretion system complex</go:name>
            <go:definition>A complex of approximately 20 proteins, most of which are located in the inner membrane that carries out protein secretion in the type III secretion system; type III secretion also requires a cytoplasmic, probably membrane-associated ATPase.</go:definition>
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            <go:name>postsynaptic membrane</go:name>
            <go:definition>A specialized area of membrane facing the presynaptic membrane on the tip of the nerve ending and separated from it by a minute cleft (the synaptic cleft). Neurotransmitters across the synaptic cleft and transmit the signal to the postsynaptic membrane.</go:definition>
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            <go:name>presynaptic membrane</go:name>
            <go:definition>A specialized area of membrane of the axon terminal that faces the plasma membrane of the neuron or muscle fiber with which the axon terminal establishes a synaptic junction; many synaptic junctions exhibit structural presynaptic characteristics, such as conical, electron-dense internal protrusions, that distinguish it from the remainder of the axon plasma membrane.</go:definition>
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            <go:name>midbody</go:name>
            <go:definition>A thin cytoplasmic bridge formed between daughter cells at the end of cytokinesis. The midbody forms where the contractile ring constricts, and may persist for some time before finally breaking to complete cytokinesis.</go:definition>
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            <go:name>periplasmic space</go:name>
            <go:synonym>periplasm</go:synonym>
            <go:definition>The region between the inner (cytoplasmic) and outer membrane (Gram-negative bacteria) or inner membrane and cell wall (fungi).</go:definition>
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                <go:reference>7.2 Periplasmic space</go:reference>
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            <go:name>periplasmic space (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>The region between the plasma membrane and the cell wall in fungi.</go:definition>
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                <go:reference>40.28 periplasmatic space &gt; GO:periplasmic space (sensu Gram-negative Bacteria) ; GO:0030288</go:reference>
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            <go:name>septum</go:name>
            <go:synonym>cross wall</go:synonym>
            <go:definition>A structure composed of peptidoglycan and often chitin in addition to other materials. It usually forms perpendicular to the long axis of a cell or hypha and grows centripetally from the cell wall to the center of the cell and often functions in the compartmentalization of a cell into two daughter cells.</go:definition>
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                <go:reference>TIGR00172 maf protein</go:reference>
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            <go:name>adventitious septum</go:name>
            <go:definition>A cell septum whose formation is independent of nuclear division.</go:definition>
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            <go:name>barrier septum</go:name>
            <go:synonym>complete septum</go:synonym>
            <go:definition>A septum which spans a cell and does not allow exchange of organelles or cytoplasm between compartments.</go:definition>
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            <go:name>porous septum</go:name>
            <go:definition>A septum or cross wall which does not entirely span the space between two portions of cell wall and may contain a specialized central pore structure. A porous septum allows the movement of organelles and/or cytoplasm between compartments.</go:definition>
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            <go:name>dolipore septum</go:name>
            <go:definition>A septum, or cross-wall, between two portions of a cell or hypha; contains a central pore around which the septum is swollen to form a barrel-shaped structure; pore is covered on each side of the septum by a septal pore cap (parenthosome).</go:definition>
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            <go:name>primary septum</go:name>
            <go:definition>A cell septum that forms following nuclear division.</go:definition>
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            <go:name>site of polarized growth</go:name>
            <go:definition>Any part of a cell where non-isotropic growth takes place.</go:definition>
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            <go:name>growth cone</go:name>
            <go:definition>The migrating motile tip of a growing nerve cell axon or dendrite.</go:definition>
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            <go:name>site of polarized growth (sensu Fungi)</go:name>
            <go:definition>A part of a fungal cell where non-isotropic growth occurs.</go:definition>
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            <go:definition>A part of a budding yeast cell where non-isotropic growth occurs.</go:definition>
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            <go:name>shmoo tip</go:name>
            <go:synonym>mating projection</go:synonym>
            <go:definition>The narrow end of the pear-shaped cell (shmoo) formed in response to mating pheromone by cells of Saccharomyces and other similar fungi; site of polarized growth. Shmoos are named after the Al Capp cartoon character, whose shape they resemble.</go:definition>
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            <go:name>base of shmoo tip</go:name>
            <go:definition>The region where the shmoo tip meets the bulk of the cell; the base of the mating projection.</go:definition>
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            <go:definition>Used for the annotation of gene products whose localization is not known or cannot be inferred.</go:definition>
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                <go:reference>25510	157	Unknown function	General &gt; GO:molecular_function unknown ; GO:0005554 &gt; GO:molecular_function unknown ; GO:0005554</go:reference>
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            <go:name>extracellular</go:name>
            <go:definition>The space external to the outermost structure of a cell. For cells without external protective or external encapsulating structures this refers to space outside of the plasma membrane. This term covers the host cell environment outside an intracellular parasite.</go:definition>
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                <go:reference>23595	222	Cellular structure, organization and biogenesis	Extracellular/secreted proteins</go:reference>
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            <go:definition>The protoplasts of cells in a plant are connected through plasmodesmata, and plants may be described as having two major compartments: the living symplast and the non-living apoplast. The apoplast is external to the plasma membrane and includes cell walls, intercellular spaces and the lumen of dead structures such as xylem vessels. Water and solutes pass freely through it.</go:definition>
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            <go:definition>A layer consisting mainly of proteins (especially collagen) and glycosaminoglycans (mostly as proteoglycans) that forms a sheet underlying cells such as endothelial and epithelial cells. The proteins are secreted by cells in the vicinity.</go:definition>
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            <go:definition>A thin layer of dense material found in various animal tissues interposed between the cells and the adjacent connective tissue. It consists of the basal lamina plus an associated layer of reticulin fibers.</go:definition>
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            <go:definition>A thin sheet of proteoglycans and glycoproteins, especially laminin, secreted by cells as an extracellular matrix.</go:definition>
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            <go:definition>Laminins are glycoproteins that are major constituents of the basement membrane of cells. Laminins are trimeric molecules; laminin-1 is an alpha1 beta1 gamma1 trimer.</go:definition>
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            <go:definition>Laminins are glycoproteins that are major constituents of the basement membrane of cells. Laminins are trimeric molecules; laminin-3 is an alpha1 beta2 gamma1 trimer.</go:definition>
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            <go:definition>Laminins are glycoproteins that are major constituents of the basement membrane of cells. Laminins are trimeric molecules; laminin-4 is an alpha2 beta2 gamma1 trimer.</go:definition>
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            <go:definition>Laminin are glycoproteins that are major constituents of the basement membrane of cells. Laminins are trimeric molecules; laminin-7 is an alpha3 beta2 gamma1 trimer.</go:definition>
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            <go:definition>A group of fibrous proteins of very high tensile strength that form the main component of connective tissue in animals. Collagen is highly enriched in glycine (some regions are 33% glycine) and proline, occurring predominantly as 3-hydroxyproline (about 20%).</go:definition>
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            <go:name>membrane attack complex</go:name>
            <go:synonym>MAC</go:synonym>
            <go:synonym>TCC</go:synonym>
            <go:synonym>terminal complement complex</go:synonym>
            <go:definition>A complex produced by sequentially activated components of the complement cascade inserted into a target cell membrane and forming a pore leading to cell lysis via ion and water flow.</go:definition>
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            <go:name>microfibril</go:name>
            <go:synonym>extended fibrils</go:synonym>
            <go:definition>Extracellular matrix components occurring independently or along with elastin. Thought to have force-bearing functions in tendon. In addition to fibrillins, microfibrils may contain other associated proteins.</go:definition>
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            <go:synonym>synaptic junction</go:synonym>
            <go:definition>The junction between a nerve fiber of one neuron and another neuron or muscle fiber or glial cell; the site of interneuronal communication. As the nerve fiber approaches the synapse it enlarges into a specialized structure, the presynaptic nerve ending, which contains mitochondria and synaptic vesicles. At the tip of the nerve ending is the presynaptic membrane; facing it, and separated from it by a minute cleft (the synaptic cleft) is a specialized area of membrane on the receiving cell, known as the postsynaptic membrane. In response to the arrival of nerve impulses, the presynaptic nerve ending secretes molecules of neurotransmitters into the synaptic cleft. These diffuse across the cleft and transmit the signal to the postsynaptic membrane.</go:definition>
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            <go:name>synaptic cleft</go:name>
            <go:definition>The narrow gap that separates the presynaptic and postsynaptic membranes, into which neurotransmitter is released.</go:definition>
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            <go:name>extracellular space</go:name>
            <go:definition>That part of a multicellular organism outside the cells proper, usually taken to be outside the plasma membranes, and occupied by fluid.</go:definition>
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            <go:name>activin complex</go:name>
            <go:definition>A nonsteroidal regulator, composed of two covalently linked beta subunits, that is synthesized in the pituitary gland and gonads and stimulates the secretion of follicle-stimulating hormone. The actions of activins are the opposite of those of inhibins. Activin is also a Placental hormone that reaches maximum levels in maternal serum during labor.</go:definition>
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            <go:name>activin A complex</go:name>
            <go:synonym>inhibin beta-A</go:synonym>
            <go:definition>A homodimer of inhibin beta-A is termed 'Activin A complex'. This protein complex is secreted. synonym:inhibin beta-A.</go:definition>
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            <go:name>activin AB complex</go:name>
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            <go:synonym>inhibin beta-B</go:synonym>
            <go:definition>A heterodimer of inhibin beta-A and Inhibin-beta-B is termed 'Activin AB complex'. This protein complex is secreted.</go:definition>
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            <go:name>activin B complex</go:name>
            <go:synonym>inhibin beta-B</go:synonym>
            <go:definition>A homodimer of inhibin beta-B is termed 'Activin B complex'. This protein complex is secreted.</go:definition>
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            <go:name>chylomicron</go:name>
            <go:definition>A particle composed of a central core of triglycerides surrounded by a protein-phospholipid coating. Chylomicrons are found in blood or lymph and carry lipids from the intestines into other body tissues.</go:definition>
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            <go:name>classical-complement pathway C3/C5 convertase complex</go:name>
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            <go:name>complement component C1q complex</go:name>
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            <go:name>complement component C2 complex</go:name>
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            <go:name>fibrinogen complex</go:name>
            <go:definition>A highly soluble, elongated protein complex found in blood plasma and involved in clot formation. It is converted into fibrin monomer by the action of thrombin. In the mouse, fibrinogen is a hexamer, 46 nm long and 9 nm maximal diameter, containing two sets of nonidentical chains (alpha, beta, and gamma) linked together by disulfide bonds.</go:definition>
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            <go:name>immunoglobulin complex, circulating</go:name>
            <go:definition>A multi-subunit complex that functions as an antibody and circulates in the blood, lymph, mucosal areas, and other fluids of the body. In its basic form, circulating immunoglobulin is composed of two identical heavy chains and two identical light chains, held together by disulfide bonds. Some forms are polymers of the basic structure and contain additional components such as J-chain and the secretory component.</go:definition>
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            <go:name>insulin-like growth factor binding protein complex</go:name>
            <go:definition>A complex of proteins which includes the insulin-like growth factor (IGF) and a number of IGF-binding proteins. The complex plays a role in growth and development.</go:definition>
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            <go:name>insulin-like growth factor binary complex</go:name>
            <go:definition>A complex of two proteins, which in animals is 50kDa and consists of the insulin-like growth factor (IGF) and one of the insulin-like growth factor binding protein-1 (IGFBP-1), -2 (IGFBP-2), -4 (IGFBP-4) and -6 (IGFBP-6). The complex plays a role in growth and development.</go:definition>
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            <go:name>insulin-like growth factor ternary complex</go:name>
            <go:definition>A complex of three proteins, which in animals is approximately 150kDa and consists of the insulin-like growth factor (IGF), the insulin-like growth factor binding protein-3 (IGFBP-3), or -5 (IGFBP-5) and an acid-labile subunit (ALS). The complex plays a role in growth and development.</go:definition>
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            <go:name>isoamylase complex</go:name>
            <go:synonym>debranching enzyme complex</go:synonym>
            <go:definition>A protein complex whose composition varies amongst species e. g. in rice it probably exists in a homo-tetramer to homo-hexamer form and in Gram negative bacteria as a dimer. Functions in the hydrolysis of alpha-(1,6)-D-glucosidic branch linkages.</go:definition>
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            <go:name>larval serum protein complex</go:name>
            <go:definition>A multisubunit protein complex which, in Drosophila, is a heterohexamer of three subunits, alpha, beta and gamma. The complex is thought to store amino acids for synthesis of adult proteins.</go:definition>
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            <go:name>middle lamella</go:name>
            <go:definition>Layer of intercellular material, chiefly pectic substances, cementing together the primary walls of contiguous cells.</go:definition>
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            <go:name>host</go:name>
            <go:definition>Any organism in which another organism, especially a parasite or symbiont, spends part or all of its life cycle and from which it obtains nourishment and/or protection.</go:definition>
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            <go:name>host cell cytoplasm</go:name>
            <go:definition>The cytoplasm of a host cell.</go:definition>
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            <go:name>infected host cell surface knob</go:name>
            <go:synonym>knob (sensu Plasmodium)</go:synonym>
            <go:definition>Protrusion that develops in the plasma membrane of a parasitized erythrocyte.</go:definition>
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            <go:name>host cell nucleus</go:name>
            <go:definition>The nucleus of a host cell.</go:definition>
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            <go:name>host cell plasma membrane</go:name>
            <go:definition>The plasma membrane surrounding a host cell.</go:definition>
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            <go:name>intercellular bridge</go:name>
            <go:definition>A direct link between the cytoplasms of sister cells that allows cells to communicate with one another. Germline intercellular bridges facilitate the passage of cytoplasmic components between cells during development. Intercellular bridges have also been found connecting somatic cells.</go:definition>
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            <go:name>ring canal (sensu Drosophila)</go:name>
            <go:definition>Germline specific intercellular bridge. During cyst formation in Drosophila, ring canals interconnect the 16 cystocyte cells, facilitating the passage of cytoplasmic components between cells.</go:definition>
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            <go:name>interstitial matrix</go:name>
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            <go:name>immunoglobulin complex</go:name>
            <go:definition>A multiprotein complex that functions as an antibody. Immunoglobulins (Igs) are composed of two identical heavy chains and two identical light chains, held together by disulfide bonds. The classes of Ig are IgA, IgD, IgE, IgG and IgM; they may be embedded in the plasma membrane or circulate in the blood or lymph.</go:definition>
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            <go:name>obsolete cellular component</go:name>
            <go:definition>These are terms that have been removed from the active component ontology.</go:definition>
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            <go:name>26S proteasome</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A large multisubunit protease found in the cytosol that recognizes, unfolds, and digests protein substrates that have been marked for degradation by the attachment of a ubiquitin moiety. Individual subcomplexes of the complete 26S proteasome are involved in these different tasks: the ATP-dependent 19S caps are believed to unfold substrates and feed them to the actual protease, the 20S proteasome.</go:definition>
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            <go:name>acidic keratin</go:name>
            <go:synonym>type I intermediate filament</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A type of intermediate filament.</go:definition>
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            <go:name>ascus</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A sac-like fruiting body (ascomycete fungi); contains ascospores (typically eight in number).</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>B-cell receptor accessory molecule complex</go:name>
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            <go:name>basic/neutral keratin</go:name>
            <go:synonym>type II intermediate filament</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A type of intermediate filament.</go:definition>
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            <go:name>box C + D snoRNP protein</go:name>
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            <go:name>box H + ACA snoRNP protein</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>cell surface (sensu Magnoliophyta)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>cell wall inner membrane</go:name>
            <go:synonym>cytoplasmic membrane</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. In Gram-negative bacteria the membrane that separates the cytoplasm from the murein sacculus.</go:definition>
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            <go:name>cell wall inner membrane</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The peptidoglycan layer of the cell wall of Gram-negative bacteria.</go:definition>
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            <go:name>centromere</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The region of a eukaryotic chromosome that is attached to the spindle during nuclear division. It is defined genetically as the region of the chromosome that always segregates at the first division of meiosis; the region of the chromosome in which no crossing over occurs. At the start of M phase, each chromosome consists of two sister chromatids with a constriction at a point which forms the centromere. During late prophase two kinetochores assemble on each centromere, one kinetochore on each sister chromatid.</go:definition>
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            <go:name>centrosomal mitotic factor</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>chromatid</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. One of the two daughter strands of a duplicated chromosome that become apparent between early prophase and metaphase in mitosis and between diplotene and second metaphase in meiosis.</go:definition>
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            <go:name>chromatin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The network of fibers of DNA and protein that make up the chromosomes of the eukaryotic nucleus during interphase. It stains strongly with basic dyes. Some parts of the chromosomes are highly dispersed (called euchromatin) and other parts are highly condensed (called heterochromatin). Chromatin is made up of repeating units, each unit consisting of some 200 DNA base pairs and two each of histones H2A, H2B, H3, and H4; most of the DNA is wound around the outside of a core of histories to form nucleosomes. The remainder of the DNA, linker DNA, joins adjacent nucleosomes, thereby contributing flexibility to the chromatin fiber, a flexibly jointed chain of nucleosomes.</go:definition>
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            <go:name>clathrin adaptor</go:name>
            <go:synonym>adaptin</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>clathrin coat</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The coat of coated vesicles, coated pits and synaptic vesicles, a polyhedral lattice of subunits; each subunit, or clathrin triskelion, consists of three clathrin heavy chains and three clathrin light chains.</go:definition>
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            <go:name>coated vesicle</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>coatomer</go:name>
            <go:synonym>COPI vesicle</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>condensin complex</go:name>
            <go:synonym>13S condensin</go:synonym>
            <go:synonym>GO:0008620</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A five-subunit protein complex that plays a central role in mitotic chromosome condensation. The Xenopus condensin complex is composed of two subcomplexes, an 8S core subcomplex (8SC)1 consisting of two structural maintenance of chromosomes (SMC) subunits (XCAP-C and -E) and an 11S regulatory subcomplex (11SR) containing three non-SMC subunits (XCAP-D2, -G, and -H).</go:definition>
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            <go:name>condensin core heterodimer</go:name>
            <go:synonym>8S condensin</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The core heterodimer of a condensin complex; the Xenopus condensin core heterodimer is an 8S subcomplex (8SC)1 consisting of two structural maintenance of chromosomes (SMC) subunits (XCAP-C and -E).</go:definition>
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            <go:name>COPII vesicle</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>cytoplasmic dynein heavy chain</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>glial fibrillary acidic protein</go:name>
            <go:synonym>GFAP</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Glial fibrillary acidic protein forms filaments in the glial cells that surround neurons and in astrocytes.</go:definition>
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            <go:name>Golgi-vacuole transport vesicle</go:name>
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            <go:name>HA1 clathrin adaptor</go:name>
            <go:synonym>AP1</go:synonym>
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            <go:name>HA2 clathrin adaptor</go:name>
            <go:synonym>AP2</go:synonym>
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            <go:name>hydrogen-transporting ATP synthase, coupling factor CF(0)</go:name>
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            <go:name>importin</go:name>
            <go:synonym>karyopherin</go:synonym>
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            <go:name>importin, alpha-subunit</go:name>
            <go:synonym>karyopherin-alpha</go:synonym>
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            <go:name>importin, alpha-subunit transport factor</go:name>
            <go:synonym>CAS</go:synonym>
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            <go:name>importin, beta-subunit</go:name>
            <go:synonym>karyopherin-beta1</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>insulin-like growth factor binding protein</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>inter-Golgi transport vesicle</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>intermediate filament associated protein</go:name>
            <go:synonym>IFAP</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. Proteins that associate with intermediate filaments and function in the supramolecular organization of cellular intermediate filament networks.</go:definition>
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            <go:name>interphase chromosome</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A chromosome found in the cell during interphase of the cell cycle. Chromosomes are usually decondensed during interphase and each long DNA molecule in a chromosome is divided into a large number of discrete domains that are folded differently.</go:definition>
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            <go:name>kinetochore</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A specialized assembly of proteins that bind to the centromere and also attach to microtubules growing out from centrosomes during mitosis. 'They are involved in the separation of chromosomes into the daughter cells. They are composed of centromere-binding proteins.</go:definition>
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            <go:name>laminin receptor protein</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>larval serum protein-1</go:name>
            <go:synonym>LSP1</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>lysosomal membrane hydrogen-transporting ATPase</go:name>
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            <go:name>meiotic chromosome</go:name>
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            <go:name>metaphase chromosome</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A chromosome found in the cell during metaphase. Typically, sister chromatids are held together at their centromeres and chromosomes are covered with a large number of molecules, including ribonucleoproteins.</go:definition>
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            <go:name>mitotic chromosome</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A chromosome involved in the process of mitosis.</go:definition>
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            <go:name>murein sacculus</go:name>
            <go:synonym>capsule</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A peptidoglycan polymer that forms the shape-determining structure of the cell all of Gram-negative bacteria.</go:definition>
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            <go:name>murein sacculus</go:name>
            <go:synonym>peptidoglycan layer</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A structure formed of the cross-linked polymer peptidoglycan (also called murein) that forms a covalently closed net around a bacterial cell, and imparts structural stability to the bacterial cell wall.</go:definition>
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            <go:name>nuclear interphase chromosome</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A chromosome found in the nucleus during interphase.</go:definition>
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            <go:name>nuclear mitotic chromosome</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A chromosome found in the nucleus during mitosis.</go:definition>
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            <go:name>nucleic acid</go:name>
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            <go:name>nucleosome</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A particle that forms the primary packing unit of DNA in chromatin. Each consists of a segment of duplex DNA, 160-240 base pairs long, with associated histone proteins; about 146 base pairs of the DNA comprise a core particle and the remainder form the linker DNA. The core particle is a disk-like structure, 11 nm in diameter and 5.7 nm thick, consisting of two molecules each of histories H2A, H2B, H3, and H4 with approximately two superhelical turns of double-stranded DNA wound round it. In many species, an average of one molecule of histone H1 (or a variant) is on the exterior of each core particle and appears to mediate the packing together of adjacent nucleosomes in condensed chromatin.</go:definition>
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            <go:name>other collagen</go:name>
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            <go:name>peripherin</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Peripherin is a type III intermediate filament protein found in neurons of the peripheral nervous system.</go:definition>
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            <go:name>periplasmic space</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The region in a bacterial or yeast cell between the cell membrane and the cell wall.</go:definition>
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            <go:name>prophase chromosome</go:name>
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            <go:name>protein</go:name>
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            <go:name>proteoglycan integral to plasma membrane</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. Penetrating at least one phospholipid bilayer of a plasma membrane and consisting of proteoglycan. Also refers to the state of being buried in the bilayer with no exposure outside the bilayer.</go:definition>
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            <go:name>RAN-binding protein</go:name>
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            <go:name>RNA</go:name>
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            <go:name>RNA polymerase II transcribed untranslated RNA</go:name>
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            <go:name>SCF complex substrate recognition subunit</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. The portion of the SCF ubiquitin ligase complex that contains sites required for recognition (and recruitment) of the substrate to the complex.</go:definition>
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            <go:name>secretory vesicle</go:name>
            <go:synonym>secretory granule</go:synonym>
            <go:synonym>transition vesicle</go:synonym>
            <go:synonym>transport vesicle</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. A small subcellular vesicle, or granule, surrounded by a single-layered membrane; formed from the Golgi apparatus (GO:0005794) and contains a highly concentrated protein destined for secretion.</go:definition>
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                <go:reference>23540	211	Cellular structure, organization and biogenesis	Intracellular transport vesicles</go:reference>
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            <go:name>secretory vesicle membrane</go:name>
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            <go:name>shmoo</go:name>
            <go:synonym>mating projection</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE. The characteristic projection formed in response to mating pheromone by cells of Saccharomyces and other fungi with similar life cycles. Named after the Al Capp cartoon character, whose shape it resembles.</go:definition>
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            <go:name>small nucleolar RNA</go:name>
            <go:synonym>snoRNA</go:synonym>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>spindle pole</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. One of the pair of centrosomes in a cell undergoing mitosis. Microtubules radiating from these centrosomes form the mitotic spindle.</go:definition>
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            <go:name>synaptonemal complex</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A structure that holds paired chromosomes together during prophase I of meiosis and that promotes genetic recombination.</go:definition>
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            <go:name>telomerase RNA</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:name>telomere</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE. A complex of DNA and protein that seals the end of a chromosome. The telomeric DNA consists of simple tandemly repeated sequences specific for each species. Typically one strand is G-rich and the other C-rich. The G-rich strand forms a 3'-terminal overhang, the length of which varies with species. The single strand overhang is bound by a variety of proteins, including telomere capping proteins that bind to the single-stranded DNA.</go:definition>
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            <go:name>thylakoid (sensu Bacteria)</go:name>
            <go:definition>OBSOLETE (was not defined before being made obsolete).</go:definition>
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            <go:definition>Used as a holding place for cellular components whose precise localization is, as yet, unknown, or has not been determined by GO (the latter is the major reason for nodes to have this parent); this term should not be used for annotation of gene products (see: cellular_component unknown, GO:0008372).</go:definition>
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            <go:definition>A heterodimeric enzyme composed of an alpha and beta subunit. Catalyzes the formation of L-2-aminoadipate from L-2-aminoadipate 6-semialdehyde.</go:definition>
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            <go:name>anthranilate synthase complex</go:name>
            <go:definition>A heterotetrameric enzyme complex made up of two components I and two components II. Catalyzes the formation of anthranilate, pyruvate and L-glutamate from chorismate and L-glutamine.</go:definition>
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            <go:name>aspartate carbamoyltransferase complex</go:name>
            <go:definition>A multienzyme complex that catalyzes the formation N-carbamoyl-L-aspartate from carbamoyl phosphate and L-aspartate. It exhibits a variety of architectural organizations, but in all microorganisms the core catalytic component is a homotrimer of approximately 34 kDa polypeptides.</go:definition>
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            <go:name>beta-galactosidase complex</go:name>
            <go:definition>A multimeric enzyme complex that in E. coli is an heterooctomer made up of four alpha subunits and four beta subunits. Catalyzes the hydrolysis of terminal non-reducing beta-D-galactose residues in beta-D-galactosides.</go:definition>
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            <go:name>CAAX-protein geranylgeranyltransferase complex</go:name>
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            <go:name>calcium/calmodulin-dependent protein kinase complex</go:name>
            <go:synonym>CaMKII</go:synonym>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes the phosphorylation of a protein; it requires calmodulin and calcium.</go:definition>
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            <go:synonym>PKA</go:synonym>
            <go:definition>An enzyme complex, composed of regulatory and catalytic subunits, that catalyzes protein phosphorylation. Inactive forms of the enzyme have two regulatory chains and two catalytic chains; activation by cAMP produces two active catalytic monomers and a regulatory dimer.</go:definition>
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            <go:name>carbamoyl-phosphate synthase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme complex that exists in monomer, dimer, and higher oligomeric forms. Catalysis of the reaction: 2 ATP + L-glutamine + carbon dioxide (CO2) + H2O = 2 ADP + phosphate + L-glutamate + carbamoyl phosphate.</go:definition>
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            <go:definition>A cytosolic endopeptidase with specificity for the hydrolysis of aspartyl bonds. Caspases are involved in apoptosis.</go:definition>
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            <go:name>cysteine synthase complex</go:name>
            <go:definition>Cysteine synthase is a multienzyme complex made up, in E. coli, of the heteromeric hexamer serine acetyltransferase and the homodimer O-acetylserine (thiol)-lyase A.</go:definition>
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            <go:definition>An enzyme that catalyzes the transfer of an acyl group from coenzyme A to dihydrolipoamide.</go:definition>
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            <go:definition>An enzyme complex that catalyzes the transfer of succinyl-CoA to dihydrolipoamide to form S-succinyldihydrolipoamide. The enzyme is a component of the multienzyme 2-oxoglutarate dehydrogenase complex.</go:definition>
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            <go:synonym>dimethyl sulphoxide reductase complex</go:synonym>
            <go:definition>An enzyme complex that catalyzes the formation of dimethyl sulfide from dimethyl sulfoxide.</go:definition>
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            <go:name>DNA topoisomerase complex (ATP-hydrolyzing)</go:name>
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            <go:name>DNA-dependent protein kinase complex</go:name>
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            <go:definition>A large protein complex which is involved in the repair of DNA double-strand breaks and V(D)J recombination events. In mammals, it consists of the DNA-dependent protein kinase catalytic subunit (DNA-PKcs), the DNA end-binding heterodimer, Ku, the nuclear phosphoprotein XRCC4 and DNA ligase IV.</go:definition>
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            <go:name>ethanolamine ammonia-lyase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes the breakdown of ethanolamine to form acetaldehyde and ammonia.</go:definition>
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            <go:name>exodeoxyribonuclease V complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes exonucleolytic cleavage (in the presence of ATP) in either 5' to 3' or 3' to 5' direction to yield 5'-phosphooligonucleotides. Exodeoxyribonuclease V shows a preference for double-stranded DNA and possesses DNA-dependent ATPase activity. It acts endonucleolytically on single-stranded circular DNA.</go:definition>
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            <go:name>exodeoxyribonuclease VII complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes exonucleolytic cleavage in either 5' to 3' or 3' to 5' direction to yield nucleoside 5'-phosphates; it prefers single-stranded DNA.</go:definition>
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            <go:name>farnesyl-diphosphate farnesyl transferase complex</go:name>
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            <go:name>ferritin complex</go:name>
            <go:definition>A iron-storing protein complex, which in humans has 24 subunits. There are two different ferritin subunits, the L (light) chain and H (heavy) chain.</go:definition>
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            <go:name>follicle-stimulating hormone complex</go:name>
            <go:definition>A gonadotrophic glycoprotein hormone secreted, in mammals, by the anterior pituitary gland; consists of alpha and beta subunits, the latter of which confers hormonal specificity.</go:definition>
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            <go:name>formate dehydrogenase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes the dehydrogenation of formate to produce carbon dioxide (CO2).</go:definition>
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            <go:name>glucose-1-phosphate adenylyltransferase complex</go:name>
            <go:definition>Complex that catalyzes the synthesis of ADP-glucose and pyrophosphate from glucose-1-phosphate and ATP. In plants, the complex is a heterotetramer composed of two types of subunits (small and large). In bacteria, the enzyme complex is composed of four identical subunits.</go:definition>
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            <go:name>glutamate synthase complex (NADPH)</go:name>
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            <go:definition>An enzyme that catalyzes the cleavage of a Gly-Phe bond to release an N-terminal, basic peptide of 5-8 residues from type IV prepilin, and then N-methylates the new N-terminal amino group.</go:definition>
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            <go:name>procollagen-proline, 2-oxoglutarate-4-dioxygenase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes the formation of procollagen trans-4-hydroxy-L-proline and succinate from procollagen L-proline and 2-oxoglutarate, requiring Fe2+ and ascorbate.</go:definition>
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            <go:synonym>casein kinase II complex</go:synonym>
            <go:definition>Complex that possesses casein kinase activity. Casein kinase II complexes are usually tetramers of two alpha and two beta subunits, and can phosphorylate many protein substrates in addition to casein.</go:definition>
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            <go:synonym>calcium-dependent protein serine/threonine phosphatase complex</go:synonym>
            <go:definition>A heterodimeric calcium ion and calmodulin dependent protein phosphatase composed of catalytic and regulatory subunits; the regulatory subunit is very similar in sequence to calmodulin.</go:definition>
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            <go:definition>The complex formed by the catalytic subunit of protein phosphatase 4 plus a regulatory subunit.</go:definition>
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            <go:name>protein phosphatase type 1 complex</go:name>
            <go:definition>An ATP, magnesium-dependent protein serine/threonine phosphatase (AMD phosphatase) that consists of a catalytic subunit of 38 kDa and a modulator subunit of 23 kDa, which is subject to phosphorylation, thus activating the phosphatase.</go:definition>
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            <go:name>protein phosphatase type 2A complex</go:name>
            <go:definition>A protein serine/threonine phosphatase that is polycation-stimulated (PCS), being directly stimulated by protamine, polylysine, or histone H1; it constitutes a subclass of several enzymes activated by different histones and polylysine.</go:definition>
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            <go:name>protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes the transfer of a phosphate from protein N(PI)-phosphohistidine to a sugar molecule. It is enzyme II of the phosphotransferase system.</go:definition>
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            <go:name>quinolinate synthetase complex</go:name>
            <go:definition>A heteromeric dimer which acts as a quinolinate synthetase; quinolinate synthetase B (L-aspartate oxidase, GO:0008734) catalyzes the oxidation of L-aspartate to L-iminoaspartate; quinolinate synthetase A condenses L-imidoaspartate and dihydroxyacetone to quinolinate.</go:definition>
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            <go:name>Rab-protein geranylgeranyltransferase complex</go:name>
            <go:synonym>GGTase-II complex</go:synonym>
            <go:synonym>RAB-protein geranylgeranyltransferase complex</go:synonym>
            <go:synonym>Rab geranylgeranyltransferase complex</go:synonym>
            <go:synonym>RabGGTase complex</go:synonym>
            <go:definition>A heterodimeric enzyme complex, which in mammals is composed of an alpha and a beta subunit, and which associates with an accessory protein Rep (Rab escort protein). Catalyzes of the transfer of a geranyl-geranyl moiety from geranylgeranyl pyrophosphate to a Rab protein.</go:definition>
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            <go:name>riboflavin synthase complex</go:name>
            <go:definition>An flavoprotein that catalyzes the reaction the breakdown of dimethyl(ribityl)lumazine to form riboflavin and ribitylamino-amino-dihydroxypyrimidine.</go:definition>
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            <go:name>ribonucleoside-diphosphate reductase complex</go:name>
            <go:definition>An enzyme that catalyzes the formation of ribonucleoside diphosphate and reduced thioredoxin from 2'-deoxyribonucleoside diphosphate and oxidized thioredoxin. The enzyme is an iron protein and requires ATP.</go:definition>
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            <go:synonym>capsomer</go:synonym>
            <go:definition>Any of the protein subunits that comprise the closed shell or coat (capsid) of certain viruses.</go:definition>
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            <go:name>helical viral capsid</go:name>
            <go:definition>The protein coat that surrounds the infective nucleic acid in some virus particles; the subunits are arranged to form a protein helix with the genetic material contained within. Tobacco mosaic virus has such a capsid structure.</go:definition>
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            <go:name>icosahedral viral capsid</go:name>
            <go:synonym>quasispherical viral capsid</go:synonym>
            <go:definition>The protein coat that surrounds the infective nucleic acid in some virus particles; the subunits are arranged to form an icosahedron, a solid with 20 faces and 12 vertices. Tobacco satellite necrosis virus has such a capsid structure.</go:definition>
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            <go:name>viral capsid (sensu Retroviridae)</go:name>
            <go:definition>The protein coat that surrounds the viral nucleocapsid, which in turn encapsulates the infective nucleic acid in retrovirus particles; the structure is complex, and specific structures and functions are associated with different elements of the capsid.</go:definition>
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            <go:name>viral nucleocapsid</go:name>
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            <go:synonym>core</go:synonym>
            <go:synonym>nucleocapsid</go:synonym>
            <go:definition>The complete protein-nucleic acid complex that is the packaged form of the genome in a virus particle.</go:definition>
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            <go:definition>A stable empty viral capsid produced during the assembly of viruses.</go:definition>
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