new()
DESTROY()
get_blast_param()
get_param()
version()
blast_report()
db_num()
db_letters()
query_def()
query_length()
list_hsp()
list_hsp_size()
execute_blast()
print_result()
nice()
_blast()
_CheckSequenceFile()
_parse_blast_report()
_select_hsp()
_search_overlap()
_arrange_dom()
_RemoveOverlaps()
_print_header()
LOG()
ProDomBlast3i.pl
Yoann BEAUSSE / Emmanuel COURCELLE INRA Toulouse LIPM May 16th 2003 beausse@toulouse.inra.fr emmanuel.courcelle@toulouse.inra.fr
This script displays the decomposition of a protein sequence into domains according to a BLAST search against the ProDom database
Format of the source database: >7LES_DROME#PD000001#2210#2484 | 275 | pd_PD000001;sp_P13368_7LES_DROME; | (2773) KINASE PROTEIN TRANSFERASE ATP-BINDING
Option for formatdb: formatdb -d <database> -p T -o T
OUTPUT FORMAT: query_name begin end // Closest_domain; begin end // S=Score E=Expect [F=Frame] // (FamilySize) Commentary
Usage()
Title : Usage Usage : Usage() Function : Print how to use this script
ReadCommandLine()
Title : ReadCommandLine Usage : ReadCommandLine($args) Function : Read the parameters in the command line Args : $args Reference sur un %hash
new()
Title : new Usage : new($arg) Function : Construit une instance de la classe Blast Returns : Une reference sur l instance Args : $arg : reference sur un hash contenant les parametres de la ligne de commande
DESTROY()
Title : DESTROY Usage : automatique Function : Efface les fichier xml du blast
get_blast_param()
Title : get_blast_param Usage : get_blast_param($arg) Returns : Les parametres de la ligne de commande du blast ( p ou x selon $args ), sinon undef Args : $arg : blastp ou blastx
get_param()
Title : get_param Usage : get_param($arg) Function : Accept aux valeurs des parametres du formulaire html Returns : La valeur du parametre $arg ou undef si $arg n\'est pas un parametre Args : $arg : nom de variable du formulaire html : 'blast_path' 'program' 'z_value' 'filter' 'seqfile' 'outfile' 'db' 'header'
version()
Title : version Usage : version() Returns : La version du programme blast utilise
blast_report()
Title : blast_report Usage : blast_report or blast_report($arg) Function : si "blast_report($arg)", initialise la variable avec $arg avant de la retourner Args & Returns : Le nom du fichier de sortie du blast
db_num()
Title : db_num Usage : db_num Returns : Le nombre de sequence de la base
db_letters()
Title : db_letters Usage : db_letters() Returns : Le nombre de lettres de la base
query_def()
Title : query_def Usage : query_def() Returns : La definition de la query
query_length()
Title : query_length Usage : query_length() Returns : La longueur de la query
list_hsp()
Title : list_hsp Usage : list_hsp or list_hsp($arg) Prerequisite : $arg est une reference sur un tableau Function : si "list_hsp($arg)", initialise la variable avec $arg avant de la retourner Args & Returns : Une reference sur le tableau des HSP
list_hsp_size()
Title : list_hsp_size Usage : list_hsp_size or list_hsp_size($arg) Prerequisite : $arg est une reference sur un tableau Function : si "list_hsp_size($arg)", initialise la variable avec $arg avant de la retourner Args & Returns : Le nombre de HSP dans la liste des HSP
execute_blast()
Title : execute_blast Usage : execute_blast() Function : Excute le Blast,analyse les resultats et selectionne les HSP
print_result()
Title : print_result Usage : print_result() Function : Affiche sur STDOUT ou ecrit dans outfile le resultats du blast
nice()
Title : nice Usage : nice($arg) Function : Si $arg = 1, le blast sera execute avec "nice" Returns : La valeur de la variable privee _NICE Args : $arg : 1 si execution du blast avec "nice" : 0 si non
_blast()
Title : _blast Usage : _blast() Function : Constitue la ligne de commande blast et lance son excecution
_CheckSequenceFile()
Title : _CheckSequenceFile Usage : _CheckSequenceFile() Function : Check the sequence file existence and format
_parse_blast_report()
Title : _parse_blast_report Usage : _parse_blast_report() Prerequisite : Un fichier result blast au format xml et son chemin d acces dans this->blast_report Function : Parse le fichier xml de blast et initialise : this->list_hsp, this->list_hsp_size, this->db_num, this->db_letters, this->query_def et this->query_length
_select_hsp()
Title : _select_hsp Usage : _select_hsp() Function : A partir du %hash retourne par arrange_dom, retourne un tableau contenant les meilleurs hsp est sans redondance ou chevauchement, pour chaque domaine
_search_overlap()
Title : _search_overlap Usage : _search_overlap($args) Function : Teste si un hsp est chevauchant avec des hsp deja retenus pour un domaine donne Returns : Une reference sur un @array contenant le hsp a retenir pour un domaine donne Args : reference sue un @array contenant tous les hsp d un domaine donne
_arrange_dom()
Title : _arrange_dom Usage : _arrange_dom() Function : Regroupe dans un meme tableau, tous les hits du meme domaine. Les references a ces tableaux sont placees dans un %hash avec l\'ID prodom de la famille comme cle. Returns : Une reference a un %hash
_RemoveOverlaps()
Title : _RemoveOverlaps Usage : _RemoveOverlaps() Function : Supprime les chevauchements de domaines sur la query en gardant le meilleur des hits
_print_header()
Title : _print_header Usage : _print_header() Function : Concatene dans un scalaire le header du blast, devant etre affiche Returns : Un scalaire contenant le header
LOG()
Title : LOG Usage : LOG($args) Function : Ouvre en ajout un fichier "LOG" dans le repertoire de session et inscrire : le message en argument et la date Args : Une chaine de caracteres (nom de la fonction en execution par exemple)...